1SKSB

Binary 3' complex of t7 dna polymerase with a dna primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
total genus 27
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1sksB00
4CDOA 2E0QA 2MBTA 3GURA 3GX0A 2DJKA 3HYPA 2H75A 1ABAA 3QMXA 2CX3A 4WKWA 3ZL5A 1O73A 2JU5A 5ECRB 3S9FA 3O6TA 4HU7A 2YWIA 3PGTA 2VL2C 2VLTA 5DQSA 1M7TA 1AQWA 1K0MA 5IO2A 1K0OA 1XW6A 5CRWA 4QL9A 3ISOA 1TP9A 4WF4A 5DJLA 1ACVA 1T7PB 2RM5A 5DCHA 4V2NA 1A2MA 2K6VA 1V98A 4GRFA 1Z7PA 5JCUA 2B5YA 4OO5A 2TRXA 4PNFA 1JZWA 2FUG2 2YV7A 5ENUA 1O6JA 5DAKA 3LJRA 2HYXA 3GSTA 2FWHA 4PUAA 4IKHA 1TRUA 3HVXA 3IHQA 1TRSA 8GSSA 1EGOA 3DVWA 3GKXA 5A5KA 5JWRB 1SD8A 2FHEA 3GIXA 3L9VA 4HS1A 3ZIJA 5KN1A 5JCWA 2GSSA 4MJBA 2A4VA 3VLNA 2AAWA 5IOWA 5IMCA 5GAND 1DSBA 1LU4A 3HKRA 2GSQA 4GSNA 1A8YA 1EZKA 3C73A 1GULA 3UJ1A 2V1MA 4NXIA 1MEKA 4YQUA 4D73B 2NVLA 3DXBA 5IO0A 1SJ6A 4MF7A 2OA7A 4IJ3A 1A2JA 4DEJA 2H8LA 1A0FA 2L59A 2VLVA 2H73A 1V2AA 2VD1A 2CAQA 5IMDA 2IMIA 2YV9A 1S3DA 2MYGA 4MH2A 1Z3EA 1M2DA 1HYUA 2IMDA 3LEFA 3EURA 1VGLA 3FYGA 5D9WA 4XRDA 4RUVA 3VURA 3M0FA 1G6WA 3N9JA 4KAEA 3GV1A 5HR3A 4ILFA 1GTAA 1TRWA 1XIYA 2KOKA 4KE3A 3LXTA 2GSRA 3Q74A 2VAFA 1ZYEA 1K0DA 4NMUA 2CT6A 1BG5A 3EU3A 2O87A 1PX7A 4GWRA 3BBYA 12GSA 2BMXA 1K3YA 4G10A 1XCCA 5CRHA 1JZRA 3QOUA 4F82A 5J9CA 5CP1A 4RQRA 2AJQB 3UARA 2JZTA 2LEGA 2LSTA 1PN9A 2B1LA 3QPMA 2B5XA 1NHOA 5E4WA 4ZBDA 2KUCA 1Z6MA 1F2EA 3KP8A 3APQA 4YQMA 1TDIA 1F9MA 1OVNA 1GTIA 3L9SA 5CO3A 2HT9A 2CVKA 3HZ8A 1WIKA 4MCUA 4TR1B 4EUYA 3H1NA 2H74A 2CQ9A 4EXJA 5DCGA 2VM1A 3U6VA 2IPAA 2R3XA 4KNDA 1A24A 1JFUA 4L5OA 4E8EA 2F8FA 18GSA 2H0GA 4FH8A 2PVOC 2H71A 3W6GA 1F37A 1SD9A 4WETA 2LRTA 3H79A 2FGXA 3IXRA 1JLWA 2GT6A 1SK1A 2PWJA 4HOJA 4XS4A 4MP4A 3GL5A 1SJIA 2LV3A 2H0IA 1JZDA 1V9WA 3BCIA 1PL2A 3U5RE 3L0HA 3O76A 1QXHA 2V32A 3ZLPA 4BVYA 2TIRA 3WYWA 5CREA 2G0FA 1YZXA 2L5LA 4KCAA 5ECLB 1FHEA 1GSEA 5AN1A 1AUCA 1SL0B 2WZ9A 1TKDB 3TKSC 19GSA 4IP1A 1EOHA 4EVMA 3DMLA 1KTEA 1U3IA 4K7NA 1RQMA 1GSQA 3CRTA 3M9JA 3CSHA 2REMA 2NPBA 4ZB9A 3GH6A 3TJGA 1HNBA 1UC7A 2C3TA 4IW9A 3O3TA 3KM6A 3ZVJA 1GSFA 3J7Yk 1SL1B 1R26A 3TDGA 4N11A 1Z7RA 1ZYQB 1QGVA 4EF0A 5J5NA 4I97A 2FCHA 5EY6A 3KXOA 3DKSA 3I43A 4BL7A 4DSSB 3W8JA 4CW9A 1UN2A 2YP6A 4ZILA 2DJJA 5C00A 2VCZA 3QCPA 2XHFA 2HSYA 3KD0A 1J9BA 5F8BA 4X43A 2JL4A 3VWVA 4Q5QA 2IJYA 4DSQA 3F4TA 3GNJA 3RHCA 2HRNA 3HY2A 1X0RA 2DIYA 2GGTA 1UVZA 1R7HA 2C3NA 4EO3A 3MWHA 2H1BA 4FO5A 1I5GA 1PL1A 1R4WA 1BYEA 2DMMA 3L78A 3BJ5A 5CYYA 2I4AA 4EC0A 3UVTA 2AB6A 5J3RA 4IGJA 1NHYA 1S3AA 3FR6A 3D5JA 4HQZA 4GLTA 2KHPA 1DBYA 2QKEA 5DAKB 3ZTLA 5ID2A 2MBSA 1GNWA 2EIQA 2GTUA 4K0GA 4H86A 3KGKA 3RBTA 2OBIA 1Q4JA 5COHA 6GSVA 5CNWA 1GNEA 2XPEA 5J4UA 1K0BA 2L6DA 1WE0A 2HLSA 1EEMA 2XPDA 2LTKA 1YF0A 5FT3A 4NPBA 4POKA 3TCOA 4V2MA 4AJ7A 1GTBA 3MNGA 2VL9A 1B4QA 1ON4A 2KP1A 20GSA 4K8MA 2EC4A 1PA3A 5ECHB 3TRXA 1F3AA 3KMNA 4IJIA 3ZMLA 4ZL7A 1XOBA 1Y25A 2R4VA 4X1UA 5B7CA 3Q18A 4ML1A 3LSZA 5KN3A 1Z5YE 3NOFA 5DALB 2YZHA 4IELA 1GSSA 1OC8A 2AHEA 2L57A 6GSYA 3EINA 1ERVA 5A4VA 1B9YC 1MDIA 3TJJA 1FB0A 2JZSA 2C0FA 4IQ1A 4KDXA 2B5EA 2CA8A 2GQMA 3IA1A 1SENA 1AQVA 1W89A 2MMAA 4O7HA 3KCMA 2GQKA 2TRCP 4ECCA 1FG4A 3TGZA 2V6OA 3IV4A 1XFLA 3WGXA 5DVBA 4Q5RA 3F4SA 3IAM2 4K9ZA 4DSRA 2LNTA 2RM6A 2CZ3A 1KNGA 1PX6A 1XWKA 3KTLA 3ERGA 2V41A 2OE0A 5J9BA 3UIWA 5LD0A 2LRCA 5AIXA 3TRPA 3FRCA 3FZAA 1THOA 4JR6A 1FW1A 1KBNA 3TJFA 5HFKA 4L5LA 2JZRA 1U6TA 1VF3A 5ECKB 2J23A 3ZIVA 1OAZA 5F0GA 4N30A 4KSMA 2GLRA 5B6MA 3F3QA 2YPMA 2VCTA 2C3QA 1BQ7A 1MD3A 5G5EA 4PQHA 2R37A 3MAKA 4ML6A 5HR0A 3G9BA 4I2UA 3ZFLA 5H5RA 4MZCA 2WGRA 1AW9A 2HNLA 4PQIA 2DJ3A 5IOXA 3KH7A 2IFQB 1PMTA 1R5PA 1OC9B 3D0ZA 4K2DA 3RHBA 4WF5A 4TR0A 3D21A 2VL2A 1NW2A 3DD3A 4MZBA 3GSSA 1N2AA 1TU7A 1U3AA 3PR8A 1XPVA 2A2RA 1TOFA 4LMVA 2OBKA 3DVXA 2HZFA 3LG6A 1TK5B 3F63A 3IBHA 1V40A 5G1LA 3LYKA 1T3BA 2VL3A 4Q5FA 3GX8A 3LXZA 2GT5A 1DUGA 3QAWA 2XC2A 3NZNA 2CZ2A 2YWMA 3DGQA 4GXZA 1ZCPA 1N8JA 2PMTA 3CSIA 2NBSA 4EL1A 6GSXA 2VCVA 3DRNA 1Z6NA 3ZREA 5F05A 2H0HA 4ZL9A 4ID0A 2KP2A 1A8LA 3A3TA 4NV2A 3HA9A 4MF6A 4MK3A 3TOTA 4XS1A 3VFIA 4ZXGA 1AIUA 2IN3A 2L4CA 4HI7A 4WR5A 3TKQA 3BD2A 2ZUPA 3M3MA 4O5RA 4WXTA 2PU9C 1G7OA 3APOA 4F9ZA 3UVHA 1GRXA 4G2EA 4WR4A 1SKSB 5L71A 4XIHA 3LQ7A 2VO4A 1MD4A 5ECPB 2WRTA 4IHUA 2GDRA 2HFDA 1UA5A 2C0GA 5ECQB 5E59A 1SYRA 3FZ4A 3RPNA 2B6MA 2X8GA 1A2LA 4YAVA 2PUKC 1FVJA 2IL3A 3TUEA 1YKCA 3P7XA 4GTUA 2O8VB 5ECMB 1M99A 3QFBC 1URMA 2R5GA 1JLVA 4AGSA 5AISA 4MJAA 1SKWB 4WEYA 5ID2B 2JSZA 3QR6A 3EYTA 2R6KA 3EWLA 3VPQA 1SKRB 5DDLA 2BJXA 2ON7A 5G2ZA 1FO5A 2NDOA 2I3YA 1GWCA 4XRAA 2GZZA 2YZUA 4ZBAA 3ZRDA 1ZL9A 2LKUA 2VCXA 5CRDA 3GTUA 1R5AA 4POMA 1EP8A 3EVIA 1V58A 3N5OA 3UAPA 2OACA 3BOAA 4LMWA 5A4UA 1THXA 4JZQA 1WWJA 1C72A 1SJZA 3HCZA 1H75A 2M46A 1GSDA 4EDZA 1CQGA 2H6XA 3L9UA 3GH9A 1ZMAA 4V2LA 3WT1A 1AQXA 3A2VA 3G7JA 1PKZA 3JCML 4OWYA 1G0TA 2M72A 5G5FA 4KW6A 2QGVA 5IIZA 3EMXA 2RLIA 4JU5A 4AJ8A 5EL8A 2DBCA 5GAPD 3RDWA 4O32A 2VCQA 1ERTA 2QSIA 4HZ4A 2MMZA 1GUMA 3GL3A 4PXOA 2IIYA 5HR1A 2K8VA 16GSA 1YF1A 2H72A 2C0EA 4K7OA 4BWSA 3SBCA 4ECJA 1M9BA 2PERA 2I1UA 5IPHA 2DJ1A 2K8SA 2LJAA 3GUSA 1A23A 1WPIA 1XOAA 2P5QA 1XWAA 1XVWA 3TKSA 5KN0A 22GSA 2CVBA 3CSJA 4MZWA 2P5RA 3H8QA 1WP0A 3ZVJD 2HSHA 1T00A 1USBA 3HHVA 3M1GA 2PN8A 1G7EA 2JACA 1KEBA 3I9V2 2YNXA 1MTCA 2NTOA 2H1GA 3KZQA 3K8NA 3HVSA 5DQYA 3DYRA 4NHWA 4TR4A 4ULXA 1VF2A 1X5CA 2FLSA 3TOUA 2H66A 3L4NA 3CMIA 13GSA 2XBIA 1FAAA 1TK0B 3HZ4A 4OMVA 3IDVA 3WD6A 1GUHA 1YKAA 1E2YA 3D22A 3Q6OA 3PINA 2DJ0A 4N10A 4K7IA 2VIMA 1WJKA 2MMNA 1HNCA 2CAIA 3ERFA 3M9KA 2LRNA 1S3CA 2DMLA 3VK9A 5LNKe 2ALBA 3D4MA 1Y6EA 3UMAA 1GLPA 1SK0A 1K0AA 5B8BA 3GFKA 3C8EA 5HR2A 1X5DA 2OJLA 1TI3A 1DE2A 3IAS2 3H4KA 4OO4A 2R2JA 4QL7A 3AY8A 4XCSA 1YQ1A 3TB2A 2N5AA 4KA0A 4K6XA 1O7UA 5IPGA 1GUKA 2LNSA 2X8HA 3GYKA 4PGTA 3RPPA 17GSA 4K1FA 1QFNA 3LYPA 4TN8A 1GL8A 1J08A 1TJDA 3QDNA 4PQ1A 2V2GA 1JZOA 3A2XA 5D93A 3ERWA 2PVQA 2VOCA 4NV5A 2E2GA 1GLQA 3LFLA 2WFCA 1EP7A 1YEXA 1XWBA 4POBA 3UL3A 4FYCA 4YH2A 2E2MA 4OCFA 3OR5A 4OD7A 4ZBBA 4P3YB 1FVKA 4MH3A 1B9XC 3E0UA 2I81A 2RIIA 1PSQA 4WBRD 5IMVA 2PBJA 4EDYA 2L4QA 4MJEA 1BX9A 2PGTA 1GSYA 2LQOA 1HQOA 3HDCA 2H70A 4TXVA 3P90A 4TOPA 1TW9A 3FR3A 2B3SA 2O7KA 4XTSA 1YEPA 2RUFA 5AIVA 4Z7XA 11GSA 1F6MC 1QQ2A 4RQXA 3I69A 1TRVA 2A2SA 4YAPA 4I8BA 3P8WA 3GN3A 2DJ2A 2H1AA 2WJUA 1EEJA 2DLXA 2FWGA 1XWGA 5H5SA 3UEMA 1EV4A 2GSTA 1EV9A 4F0BA 3TJBA 3KEBA 3UBLA 2L6CA 1GSUA 1SL2B 2F51A 2WDUA 3F6DA 2J9HA 5ABRA 3F3RA 3F8UA 4DSSA 4JBBA 5EPFA 2MZCA 3G7YA 2ON5A 3PH9A 2H30A 2YOIA 4Q5NA 4OFTA 3KH9A 3HVVA 1PRXA 4F03A 3SWLA 3V1WA 4GSTA 4IBPA 2X99A 1O81A 2FWEA 1SU9A 1QUWA 1GP1A 2XBQA 1K3OA 2VLUA 3G7IA 3GTUB 4QQ7A 3Q19A 1Q98A 2LUSA 4K0NA 4TKYA 2RUEA 4DVCA 2P0GA 4GQFA 1ST9A 1TK8B 4V1Ag 1CQHA 4XS6A 1X9MB 4EE0A 4XS4B 1RK4A 2ZNMA 3QFAC 5F06A 3C71A 4N0ZA 3VI7A 2YN1A 2H1DA 2FA8A 3VWWA 2H6YA 1OKTA 1XZOA 5JWQB 7GSSA 4GSSA 3D4TA 5J41A 3VI5A 3APSA 1T4ZA 1XBSA 3EU4A 4HU9A 4GQCA 1F3BA 2O85A 3UBKA 4G19A 1T1VA 5A4WA 5D96A 4ZB8A 2OADA 10GSA 3CYNA 3EE2A 1K0NA 1NSWA 4PUFC 4MDCA 1W4VA 2HZEA 3KTBA 1VF1A 3IOSA 4NHZA 5AGYA 2EIOA 4KB3A 3F4RA 3E3EA 3FR9A 2AYTA 1AXDA 3GKNA 3MSZA 5HFIA 1XW5A 4ZIJA 1I9DA 4L0WA 4ACSA 3ZMKA 1B8XA 3QD9A 3HD5A 4TXOA 5DALA 3A2WA 6GSWA 4GCIA 4WBJA 3C7MA 4BA7A 3GKKA 2C8UA 2HXKA 3KMOA 3E9JB 4FIWA 4MPFA 2LJKA 4ECIA 4HQSA 4KH7A 1T4YA 2YWNA 4KCEA 4BVXA 2DC5A 1X9WB 3VWUA 4PURA 1WMJA 2VD0A 2ZCTA 1XVQA 1G6YA 5D73A 5HFGA 1QK8A 1MDJA 5GZZB 4ZL8A 2GZYA 2CVDA 3IRAA 3H93A 2N5FA 2K9FA 1LBKA 2F9SA 4OFNA 3W8SA 3IR4A 1DE1A 1BJXA 2H01A 5IQYA 3D6IA 1M0UA 2N5BA 2YJ7A 5INYA 4JE1A 4ZB6A 3HJPA 1RW1A 4N0VA 2H6ZA 4J56E 2YCDA 1ZZYA 2FD3A 4J2FA 1SYXA 4JRRA 5ECSA 1EOGA 3GMFA 2X8CA 6GSTA 5G30A 4KUNA 4EKZA 4KGIA 1ERUA 4TW5A 2H76A 5HQPA 3ZZXA 2B1KA 1M2AA 2IMFA 2KLXA 2CV4A 4AF2A 5DBQA 4AJ6A 3FHKA 1M2BA 4L8EA 2WB9A 5KEJA 4OCEA 2FNOA 4HJMA 4MMMA 2IFQA 4OFMA 1OC9A 2WS2A 1EGRA 3KIJA 2B7KA 4BWQA 3IE3A 3RAZA 4HEA2 4I5QA 3TRQA 1X5EA 1YJ6A 2C4JA 2IMKA 4KSOA 5FWGA 3VPTA 2GQLA 1AC1A 4TR3A 3LORA 1J0FA 4JR4A 5LCZA 6GSUA 4FYUA 2WULA 2F8AA 3DIEA 2D2ZA 3FKFA 5GSTA 5G31A 1Z9HA 3FK8A 1SK2A 4I2TA 3ME7A 3KP9A 2QC7A 2VCWA 4F2IA 1U88A 1PQNA 3CBUA 4LL1B 1XWCA 3ED3A 2IWTA 2LS5A 3IK7A 1AAZA 2L5OA 1JHBA 5IMFA 3WGDA 4D73A 1IYIA 4BPYA 4FYBA 2YJHA 2B7JA 1V57A 1BEDA 4KX4A 4V1Ap 1H4OA 2ES7A 5D9XA 2X64A 1OE8A 1PGTA 2GVPA 5D9VA 1GTUA 4IQAA 3M8NA 1TTZA 3FW2A 3US3A 1M9AA 4LL4B 4POLA 3ZITA 1ILOA 2V6KA 2LQQA 3NIVA 4IVFA 4PNGA 1E6BA 2GZPA 1HD2A 2MMOA 4HDEA 9GSSA 1VF4A 1B4PA 3LWAA 5GSSA 4HJ2A 5IM9A 4MA9A 2G2QA 4X0XA 4YQVA 4MF5A 4MPGA 4G9HA 5F07A 2HE3A 4ISDA 4NWYA 4LA1A 2O89A 1IYHA 3HJOA 3CTGA 1O8WA 5C04A 2OE1A 3I6AA 2OE3A 3MDKA 4GF0A 2M80A 1O85A 3TKRA 3GA4A 4L0UA 4F0CA 2HRFA 1U87A 3KJYA 5D9TA 3ZFBA 1ZOFA 3C1SA 1LJRA 4KDUA 2AV4A 4E8HA 1XW9A 2DSAA 3TKPA 3BCKA 3CTFA 1QMVA 3J7Yb 5ECIB 1WRYA 1A0RP 3IPZA 5IMAA 1BAYA 1OC3A 1TXXA 2YANA 5ELGA 4TVEA 2AUVA 3QAVA 3HJMA 2E7PA 1GH2A 3DEXA 4IS0A 5CRGA 1ERWA 2K18A 14GSA 1TI1A 3C1RA 1TU8A 4TR1A 3IC4A 1PD21 2I9HA 2VUPA 4MJCA 5FHIA 2FA4A 3F0IA 1YDKA 2JSYA 4CHSA 4RI6A 3IK9A 3DWVA 5ECNB 2C1YA 6GSSA 4HZ2A 5KN2A 2EIRA 4XHMA 3UOMA 2HZEB 3CXGA 4RI7A 5ECOB 2WCIA 2OKAA 2C80A 3P2AA 1FB6A 2PPTA 1VRSD 4IN0A 3F9UA 4HUAA 2BTOT 4ECBA 2VM2A 2FWFA 3F6FA 3EMPA 4TXOB 2JADA 1OKDA 3VWXA 2IMEA 2HI7A 5ELAA 1B48A 4O92A 1O8XA 3GHAA 4IP6A 3ME8A 4LLRA 3CRUA 1FOVA 5JCGA 1XXUA 3R2QA 1HNAA 2LJRA 2YWOA 1NM3A 1PKWA 3QAGA 4MLYA 3GRXA 5DJMA 3ZYWA 1MDKA 3EC3A 5IMZA 5G1KA 1K0CA 1ZGNA 4NAXA 2GS3A 4I6XA 4PX1A 3FEUA 3HXSA 1T8EB 2Z9SA 3FZ9A 5EVOA 1YY7A 2FY6A 4J57E 1EWXA 4TRXA 5CAXA 1OE7A 3LGCA 3WT2A 5B8AA 3WGEA 2CX4A 5JWOB 1OYJA 2P31A 2C0DA 1ML6A 3FZ5A 3GKMA 5H5QA 2H19A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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