3IAM2

Crystal structure of the hydrophilic domain of respiratory complex i from thermus thermophilus, reduced, 2 mol/asu, with bound nadh
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
179
structure length
179
Chain Sequence
GFFDDKQDFLEETFAKYPPEGRRAAIMPLLRRVQQEEGWIRPERIEEIARLVGTTPTEVMGVASFYSYYQFVPTGKYHLQVCATLSCKLAGAEELWDYLTETLGIGPGEVTPDGLFSVQKVECLGSCHTAPVIQVNDEPYVECVTRARLEALLAGLRAGKRLEEIELPGKCGHHVHEVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords NADH-quinone oxidoreductase subunit 1
publication title Structural basis for the mechanism of respiratory complex I
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 179
sequence length 179
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.6.99.5: Transferred entry: 1.6.5.11.
pdb deposition date 2009-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
2 PF01257 2Fe-2S_thioredx Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.1590 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3iam201
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3iam202
2JZTA 2M72A 3VWUA 1T1VA 3A2VA 4MA9A 1T4ZA 4MK3A 5B8AA 2H0GA 4IQAA 5C00A 2K6VA 3LORA 4QQ7A 3IPZA 1CQGA 2FLSA 4NHWA 1SJIA 2JZRA 2KP2A 3U6VA 1HYUA 1ON4A 3DYRA 1JZOA 2F3MA 3QR6A 3IAS2 1OYJA 2TIRA 4KX4A 2ZUPA 1XVQA 3GKNA 1YZXA 1OC9A 4XTSA 4OO5A 1E6BA 2YWMA 2Z9SA 4IQ1A 5A4VA 5JCWA 1PX7A 1JHBA 4O92A 4ZL7A 5ELGA 1O8WA 3F3RA 1JLVA 1NHYA 1E2YA 4DSRA 2HRFA 3HZ4A 1K3YA 1U6TA 2QGVA 3EVIA 4AJ7A 3US3A 4MJCA 1IYHA 1S3AA 3DVXA 2PUKC 1M0UA 2FGXA 1BEDA 3KMOA 1PN9A 2LRCA 2V6OA 3RHCA 1H4OA 3D6IA 1G0TA 2CA8A 2L59A 2A2RA 4GTUA 3UEMA 4GXZA 5L71A 3FR6A 4NPBA 2BTOT 3EU3A 2IMIA 4KNDA 1M2AA 2L5OA 4ISDA 1TXXA 3F6DA 3A3TA 5AN1A 3QCPA 4IJ3A 4Q5NA 2GTUA 2GZYA 5HR1A 3EURA 3LJRA 4KH7A 2YP6A 3G7JA 1MDIA 4V1Ap 1GNWA 1IYIA 5JCGA 3ZIJA 4GQFA 5ABRA 5HFIA 1LU4A 3M8NA 4EUYA 3TJGA 1Y6EA 1ZGNA 2VO4A 3LSZA 1JZRA 4K7NA 1PL1A 5IPHA 3APQA 3DRNA 3ISOA 3FZAA 2GVPA 1X9MB 3M0FA 5ECMB 3LWAA 1GSDA 2H72A 5C04A 1M2DA 2PWJA 2XC2A 2GT6A 3KP9A 1G6YA 2VL9A 5JCUA 2VM1A 3LQ7A 4BVYA 1SYRA 2G0FA 2OACA 4O32A 1A23A 2H1DA 4TR1B 1B8XA 1XOAA 2VL2A 3IK9A 2H1GA 3QAWA 1URMA 4J56E 1AW9A 3BBYA 5J5NA 3QAGA 3TJFA 2V1MA 3KTBA 1GLQA 3TKSE 3GH9A 5IMDA 3TJBA 4FIWA 4HUAA 2X64A 1QXHA 4N0VA 1F2EA 1WP0A 3M9KA 3UARA 2R6KA 3KGKA 2N5BA 3C1RA 2M80A 2FCHA 1DE1A 2QC7A 4N0ZA 1HNAA 4EE0A 1RK4A 4E8EA 1FB6A 2YOIA 1K0OA 1YY7A 4RUVA 2YN1A 4XS4B 2WZ9A 3GFKA 5HR2A 1FAAA 5AGYA 5CREA 4GF0A 3GURA 2K8VA 3QPMA 4PNGA 2GSRA 4GSSA 3F4SA 2NBSA 3WGDA 4Q5QA 2H71A 2GS3A 4L5OA 5D8IA 3RPNA 1X9SB 4I2UA 1UN2A 5KN1A 5AIVA 4TN8A 2LTKA 3KIJA 1F3BA 4WEYA 1ZL9A 2YZHA 2HXKA 4TR1A 2V6KA 5ECKB 5JWRB 2ON5A 2DJKA 2DMMA 4YAVA 3VPQA 2HI7A 3C71A 3D4TA 2VCWA 2GZZA 2IMFA 3QAVA 4P3YB 5IMCA 1ERVA 1XCCA 2NTOA 2HSHA 1K0DA 1B9YC 4PX1A 5CNWA 5KN0A 4K7IA 5IMVA 4TOPA 1N8JA 1XWKA 2XBIA 4EKZA 3EYTA 1YJ6A 1Q4JA 4EDZA 2K9FA 2DJ3A 1ERUA 1GH2A 2H0IA 2NVLA 5ID2B 2O8VB 4AF2A 5DCHA 3Q19A 4I2TA 2M46A 1GSFA 4XS4A 1OC3A 4K0GA 1V98A 1A8LA 2FWEA 1U87A 1JFUA 3QDNA 2E2GA 1HQOA 3KMNA 4HEA2 1CQHA 1SKRB 1X0RA 1YEPA 4WR4A 4OCEA 3ZL5A 4MZWA 3DD3A 4BA7A 3ZMLA 1VF2A 2ON7A 1FOVA 4L0UA 3KH7A 4HJ2A 3UBLA 1R26A 3D4MA 2BMXA 5DDLA 2VLTA 5J41A 4BWQA 3J7Yk 1U3AA 3MWHA 2H1BA 1Z6MA 4MPGA 16GSA 2PERA 3P8WA 5A4UA 14GSA 5CP1A 4PNFA 2V41A 2FWFA 4K9ZA 2MMAA 2TRCP 1ZZYA 4LLRA 5COHA 3FEUA 4HQSA 4WBJA 4OWYA 3ZREA 2OE0A 1TRSA 2WJUA 1HNCA 1GNEA 1Q98A 3HVVA 2KP1A 2H30A 3N9JA 4KA0A 5ENUA 5ECOB 1SL2B 1SK1A 3ME8A 3TKRA 3F0IA 1FG4A 5ID2A 2IFQB 3CSIA 1B48A 5E59A 2RUEA 4HS1A 3HVXA 3TOTA 5CO3A 4PQHA 11GSA 2VOCA 2EIQA 3EU4A 1K0BA 2K8SA 2KLXA 4KCEA 1EV9A 4NHZA 2B7KA 2AJQB 1M2BA 1DUGA 2P31A 1XW6A 4HU7A 5DAKB 1QFNA 3C8EA 3QOUA 1YEXA 3LXTA 3IA1A 3DWVA 1KEBA 2EIOA 3GHAA 3IR4A 1SKSB 2LJRA 2VLVA 2VL3A 2HFDA 2FNOA 3ZITA 2P5QA 1PKZA 5CRGA 3LXZA 1GUMA 4KGIA 1R5PA 1Z9HA 1XW9A 4MJBA 1ABAA 2H1AA 2IMKA 2WS2A 1K0AA 4YQUA 3IHQA 3FHKA 2X99A 22GSA 1FW1A 2L5LA 3EMPA 2LKUA 3CRTA 1XWGA 1V9WA 4XS6A 2GLRA 3IV4A 5IOXA 2IFQA 3P90A 2CVBA 2F8AA 1FB0A 4I97A 5HQPA 3EE2A 3R2QA 1TRWA 3V1WA 3QFAC 3ZFBA 2VUPA 1T8EB 2PBJA 1UC7A 3HVSA 1WE0A 1O8XA 3HA9A 5DAKA 4XIHA 2C0FA 2RM5A 5ECRB 2DC5A 3DKSA 4E8HA 2DSAA 4LL1B 1X5CA 2PVQA 3P2AA 3F3QA 3HHVA 2HYXA 4JR6A 1WOUA 5D9XA 3GYKA 5J3RA 1LJRA 12GSA 2LS5A 2B1KA 5CYYA 1NHOA 4ZIJA 4JZQA 1F6MC 1MDKA 3P7XA 3Q6OA 4ZL8A 3BJ5A 2H6XA 2YJHA 4DEJA 3E3EA 2NPBA 3GNJA 1DE2A 4EF0A 3EC3A 3APOA 4TXVA 3I69A 1EV4A 4AJ6A 2LJKA 5IO2A 4H86A 2PVOC 1PKWA 1QGVA 2HNLA 3GA4A 3GN3A 5IMZA 1XWBA 2C3QA 2GQKA 5G2ZA 1NSWA 2JSZA 1AIUA 3CYNA 1PD21 1PSQA 3DXBA 4V1Ag 1YQ1A 1FVKA 1GP1A 4TVEA 1ZCPA 2PN8A 3BD2A 2DJJA 2CX4A 3VWVA 4V2MA 4RI6A 3GL5A 3EINA 3ZFLA 2C4JA 4IP1A 2H6ZA 3GKMA 4HQZA 1I5GA 4GSNA 3TGZA 2TRXA 4OCFA 2YPMA 3M9JA 2DMLA 1W4VA 3VWXA 1GUKA 3MNGA 1GUHA 3KJYA 3ZZXA 1NM3A 2H01A 4X43A 4MZCA 4KB3A 1BX9A 4F82A 1WPIA 3G7YA 2BJXA 2PMTA 3A2XA 4GRFA 4ECCA 4N30A 2FWHA 5F8BA 3TCOA 3GRXA 4MF7A 4N11A 4PGTA 2J9HA 1AQVA 4BWSA 1X5DA 1GTBA 4FH8A 3F4RA 2B6MA 1KTEA 3FK8A 3MDKA 3W8SA 1THXA 3ZLPA 1AQWA 1TW9A 2L4CA 1OAZA 1HD2A 2H74A 1QMVA 1GSYA 4WBRD 4LA1A 3VI7A 2CX3A 5DALB 5ECPB 2K18A 3VPTA 19GSA 4HU9A 4KCAA 5F06A 4CW9A 3LGCA 2OE3A 5D9TA 2OJLA 3NOFA 3HYPA 2C0DA 4PQ1A 17GSA 2DIZA 4ZB6A 4BVXA 4MH3A 5H5RA 4EDYA 2VM2A 3FR9A 3D21A 9GSSA 3DMLA 4KSMA 1DSBA 2MYGA 6GSXA 5J9BA 1U88A 4YAPA 2LUSA 1EP7A 4ECIA 1TK0B 4FYUA 4TXOB 3HDCA 1EP8A 5CRWA 3ERGA 5ELAA 2EC4A 3L9SA 4L0WA 1SL1B 1PX6A 5G31A 3APSA 2VCQA 3CRUA 1A2LA 2WGRA 2I81A 4QL7A 1GL8A 2JZSA 2GQLA 1GSQA 3O76A 4EC0A 2EIRA 1K0NA 2FA4A 1YDKA 2CVKA 4ZBDA 4GWRA 5LD0A 2LV3A 3F8UA 1V2AA 1O81A 2MMOA 1SL0B 4X0XA 1AAZA 1K3OA 2HSYA 4EO3A 3IDVA 5DALA 4IJIA 3ED3A 3EWLA 5FHIA 1S3DA 3HJOA 4OFTA 3PH9A 2B1LA 3N5OA 1PQNA 1SD8A 4DVCA 10GSA 3VWWA 5EL8A 4G10A 4HDEA 5ECIB 1K0MA 5GAND 1VGLA 2QKEA 3SWLA 5HR3A 3JCML 1EGOA 4WF5A 3HCZA 4TXOA 1SK2A 1ZYQB 1EOGA 3VI5A 3FYGA 4K1FA 2WCIA 4WR5A 2V2GA 1EOHA 1M7TA 5CAXA 4MZBA 3HD5A 6GSYA 1A0FA 4MH2A 2H75A 2VL2C 4G9HA 5DQYA 2IPAA 1PA3A 2GQMA 2X8CA 1ST9A 3TB2A 2VAFA 3SBCA 3H93A 4TR0A 1XW5A 5J9CA 2WDUA 4MCUA 1TRUA 3TKSA 4ID0A 5ECNB 8GSSA 2FHEA 2X8GA 1UA5A 1MEKA 4POMA 1SJ6A 2CZ3A 3TRPA 3KP8A 1SK0A 1OKDA 3M1GA 1MDJA 4HOJA 1YKAA 2B3SA 4KDYA 2H19A 2HE3A 2R37A 2REMA 2HRNA 3NZNA 4F0CA 3HKRA 2VCVA 2L4QA 3PR8A 4ZB9A 6GSUA 4MABA 4IN0A 3GKXA 3FKFA 3EMXA 3GUSA 3D5JA 1SU9A 1T7PB 3H8QA 5A5KA 3E0UA 1Z5YE 3RAZA 1GSUA 2L6CA 2KHPA 2LEGA 4G2EA 3GX0A 4IELA 1A24A 2IN3A 1DBYA 2O7KA 5IO0A 2QSIA 5D93A 5DJLA 3S9FA 1VF3A 4JBBA 4KUNA 2CQ9A 3F6FA 2YWOA 4OO4A 5G1KA 4XS1A 5KN3A 2F9SA 1OE7A 1MTCA 3MAKA 3TUEA 1AXDA 2WULA 3ZRDA 3E9JB 3K8NA 1ERWA 3HJPA 2P5RA 3VK9A 2N5FA 2WFCA 1YF1A 2YWIA 1USBA 3IRAA 5D96A 1TU8A 4KE3A 1ACVA 3KXOA 4K7OA 3IBHA 3WT1A 2FA8A 4ZBAA 1M9BA 2LNTA 5CRHA 1WJKA 5EPFA 3D0ZA 2OADA 1TTZA 3LYPA 4PUAA 20GSA 13GSA 4HI7A 3VLNA 4L5LA 1KBNA 1K0CA 4JU5A 2MMZA 2MMNA 4K6XA 3QD9A 2C0GA 2P0GA 2O87A 2PPTA 4KDXA 1SYXA 1TJDA 2DIYA 3I6AA 3KM6A 3TKPA 5LNKe 4WKWA 5FWGA 3A5WA 2LJAA 3KH9A 2C80A 2AV4A 2XHFA 2R5GA 1WIKA 3UBKA 3L0HA 3DGQA 6GSTA 1VF4A 3TDGA 2GSQA 2YNXA 4ZILA 3O6TA 4LL4B 3H4KA 1EEJA 4ULXA 5GSSA 1TK5B 1Y25A 1R5AA 1QQ2A 1BAYA 4I5QA 1T3BA 4ILFA 2CZ2A 5HR0A 2IJYA 3G9BA 3CSHA 1W89A 5DQSA 4LMWA 2LRTA 4POBA 1ZOFA 1GLPA 1THOA 1FVJA 3FRCA 1GTIA 1XOBA 1A8YA 2LQQA 1G6WA 3GTUB 1JLWA 1GSEA 3IC4A 2J23A 1V57A 2HT9A 2KUCA 3I9V2 2DLXA 5GSTA 4F2IA 2YV7A 1OC8A 4JRRA 3UVHA 2PU9C 1JZDA 4IHUA 3RDWA 5EY6A 3DIEA 2OBIA 4IBPA 1JZWA 3QFBC 1A2JA 2AHEA 4IVFA 4XRAA 2L57A 1R7HA 1A2MA 4EXJA 1FHEA 4ZL9A 3UOMA 1LBKA 1SJZA 4O5RA 2NDOA 5ECLB 3CSJA 3CTGA 1XPVA 6GSSA 2YZUA 2XPEA 1G7OA 5IMFA 4J57E 4JE1A 3KEBA 4Q5FA 1PL2A 3W6GA 2JACA 1TI1A 2DBCA 5G1LA 3RPPA 4ZXGA 4MLYA 4CHSA 2VCXA 1RQMA 2L6DA 3IXRA 4IW9A 4ECBA 2HZFA 2V32A 4AJ8A 1FO5A 5B8BA 1VF1A 3H79A 1U3IA 4MP4A 4OD7A 3GTUA 1Z7RA 4AGSA 1WRYA 3GSSA 2GGTA 1ZMAA 1SKWB 3UAPA 3IK7A 3GKKA 4TKYA 1QK8A 2C3TA 2IMEA 3CXGA 2LSTA 4O7HA 3HZ8A 4ECJA 2CAIA 2N5AA 3GSTA 4ZBBA 3F4TA 3KCMA 2VD1A 1GULA 1XFLA 4HJMA 4NXIA 1GSSA 5IPGA 18GSA 3GX8A 4NMUA 4J2FA 4TR3A 4NAXA 2JU5A 3LFLA 1KNGA 1VRSD 1PRXA 5AIXA 2XPDA 4I8BA 3ZVJA 3G7IA 4KDUA 4K2DA 2JL4A 2D2ZA 4XRDA 5JWOB 4I6XA 4FYBA 5HFGA 1Z3EA 4V2LA 2MBTA 5GAPD 4MJEA 3KD0A 4IP6A 1GTUA 2B5YA 5J4UA 1O7UA 5IM9A 3ZIVA 4K8MA 2C0EA 4V2NA 3RBTA 2GSSA 3GH6A 2FUG2 5E4WA 2DJ2A 4XHMA 1S3CA 5H5SA 5D9VA 5DJMA 2F51A 2RLIA 3FR3A 6GSWA 3UL3A 4QL9A 1PGTA 2E0QA 5B6MA 4MF5A 2O89A 2YWNA 2H73A 2MZCA 2IMDA 3C1SA 2F8FA 2YANA 1J0FA 2VCTA 4MPFA 4D73B 1B9XC 3ME7A 1C72A 4PURA 1TP9A 1ZYEA 3IOSA 2XBQA 1J08A 2H76A 3F63A 3H1NA 3ZVJD 1WWJA 4L8EA 5KN2A 1ML6A 2OA7A 2LRNA 2OBKA 4F0BA 5D9WA 2ZCTA 3TKQA 2VD0A 4F03A 5G5FA 1M99A 4PXOA 4X1UA 1HNBA 1OKTA 2ALBA 4DSSB 4BPYA 2R3XA 4ZB8A 3FW2A 5IOWA 1TK8B 5KEJA 1MD3A 3I43A 3F9UA 3C73A 5ECHB 1BQ7A 2WB9A 2I9HA 1ILOA 1B4PA 1PMTA 2ES7A 2FD3A 2GSTA 2I4AA 1YKCA 2GDRA 5HFKA 3BCIA 4PQIA 3RHBA 4YQVA 4MDCA 2H0HA 2AUVA 1X5EA 2GT5A 4DSQA 4YH2A 2CT6A 4NV2A 5IQYA 4TR4A 1UVZA 3LYKA 1XZOA 1XVWA 1GWCA 3WYWA 1BYEA 3ERFA 4D73A 4ML6A 3L9VA 1O85A 3AY8A 5INYA 3VURA 3KZQA 1SD9A 2KOKA 5IIZA 2DJ1A 1I9DA 4OMVA 4TW5A 4OFMA 2B5EA 4POLA 2FWGA 2AAWA 4NWYA 3PGTA 1TOFA 1YF0A 4TRXA 1XWAA 3ZTLA 5F0GA 3WGXA 1BG5A 3DVWA 5A4WA 1OE8A 4JEDA 4DSSA 2A4VA 5LCZA 1X9WB 4XCSA 4WETA 1F37A 2WRTA 2C3NA 4RI7A 1RW1A 2H8LA 3O3TA 4POKA 2I1UA 1EEMA 5ECSA 2R2JA 3IAM2 5G5EA 2VCZA 4MF6A 1TKDB 1AQXA 1G7EA 3PINA 2MBSA 3GL3A 2RM6A 3TJKA 1EZKA 2RIIA 1H75A 3A2WA 3TRQA 1Z6NA 1TRVA 4FO5A 3HXSA 3WD6A 1T00A 3DEXA 3BCKA 3TRXA 3WT2A 3ZYWA 3TJJA 2B5XA 5EVOA 4IKHA 4RQXA 3D22A 3BOAA 3CMIA 5B6NA 1ERTA 3GMFA 2HZEB 3J7Yb 2IWTA 1MD4A 3UIWA 2LNSA 4Q5RA 1Z7PA 1T4YA 3IE3A 4GCIA 1AUCA 1GRXA 3FZ4A 4GQCA 1V58A 4IS0A 1M9AA 3ERWA 4IGJA 2O85A 2CV4A 4GSTA 2YCDA 4NV5A 2JSYA 5ECQB 3VFIA 3L78A 4MJAA 1XWCA 3CBUA 3WGEA 3GV1A 2R4VA 4WF4A 1SENA 4KSOA 5G30A 4BL7A 4HZ2A 2FY6A 4GLTA 1TI3A 3QMXA 3Q18A 1NW2A 1O6JA 4YQMA 5B7CA 1V40A 1N2AA 2AYTA 1K3LA 2CVDA 2H66A 1GTAA 4K0NA 5H5QA 3C7MA 5DCGA 1B4QA 2YV9A 5FT3A 2B7JA 5IMAA 4EVMA 4EL1A 2X8HA 2DJ0A 1A0RP 3FZ5A 2ZNMA 5CRDA 1EGRA 3MSZA 2H70A 2HZEA 2AB6A 1J9BA 5D73A 3FZ9A 3L4NA 4WXTA 2HLSA 4ACSA 2OKAA 2VLUA 2VIMA 2C1YA 2IL3A 4Z7XA 3U5RE 4LMVA 2GZPA 2E7PA 2C8UA 1O73A 4N10A 4PUFC 1F9MA 3NIVA 3TKSC 3HJMA 4F9ZA 1XBSA 5F05A 1TU7A 2E2MA 3GIXA 4CDOA 4JR4A 1QUWA 4HZ4A 5GZZB 3W8JA 2JADA 3M3MA 1WMJA 1F3AA 5DBQA 4FYCA 2I3YA 1TDIA 3FY7A 5AISA 3KTLA 6GSVA 5F07A 2OE1A 1OC9B 5JWQB 4RQRA 2A2SA 3Q74A 1XXUA 2RUFA 4G19A 4KAEA 3OR5A 1R4WA 2G2QA 3HY2A 1BJXA 3LEFA 2H6YA 1EWXA 3L9UA 4ML1A 4OFNA 3LG6A 3TOUA 3UJ1A 1OVNA 3UVTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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