1O6JA

Tryparedoxin ii from c.fasciculata solved by sulphur phasing
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
149
structure length
149
Chain Sequence
MSGLKKFFPYSTNVLKGAAADIALPSLAGKTVFFYFSASWCPPCRAFTPQLIDFYKAHAEKKNFEVMLISWDESAEDFKDYYAKMPWLALPFEDRKGMEFLTTGFDVKSIPTLVGVEADSGNIITTQARTMVVKDPEAKDFPWPNVEAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title De Novo Phasing of Two Crystal Forms of Tryparedoxin II Using the Anomalous Scattering from S Atoms: A Combination of Small Signal and Medium Resolution Reveals This to be a General Tool for Solving Protein Crystal Structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPAREDOXIN II
molecule tags Electron transport
source organism Crithidia fasciculata
total genus 46
structure length 149
sequence length 149
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13905 Thioredoxin_8 Thioredoxin-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1o6jA00
2AUVA 3QR6A 3F6FA 2E0QA 3ZRDA 1N2AA 3SWLA 1O8WA 1OYJA 3LG6A 1F6MC 4BL7A 10GSA 2FHEA 3J7Yb 4YQUA 1FW1A 4QL7A 2H0HA 2HFDA 2VO4A 5IPHA 12GSA 2F8FA 5CREA 5LCZA 2L6CA 4IBPA 2CVBA 4HS1A 5CRWA 2BMXA 2B5YA 4TR1B 1WMJA 4KSMA 4YQVA 3MDKA 3I9V2 4MJBA 2VD1A 1S3CA 1ERUA 2P31A 1M9BA 3HVXA 4QQ7A 3GUSA 2OADA 1BEDA 2H72A 4GTUA 2B1KA 1XVWA 2L6DA 4K7OA 4XS6A 3TDGA 3W8JA 1KEBA 4LLRA 4ZXGA 3VWVA 3GL3A 1Z7RA 4TR0A 4MMMA 5IMCA 3U5RE 3TOUA 4LMWA 5ECNB 3L4NA 4V2LA 3QD9A 2PPTA 1T8EB 2H8LA 3TRPA 5GAND 1Q98A 3M0FA 4LL1B 4XIHA 1A8LA 3GH9A 3I43A 1SENA 1GSQA 3RBTA 1JLWA 3D4TA 4Q5QA 1R5PA 5H5RA 5IMFA 3P7XA 1AW9A 1WPIA 3F6DA 4I5QA 3CRUA 3CRTA 4XS4A 4QL9A 1WJKA 4WR4A 5GSTA 1PL1A 3OR5A 1SD8A 1OKTA 2ALBA 5HFIA 4ZB8A 6GSTA 1T00A 1FB0A 1TRWA 1GSDA 1PGTA 3DIEA 5F05A 5E4WA 1EV9A 4ZL9A 4PGTA 1UC7A 4XHMA 4FYBA 3F63A 3WT1A 5ECOB 4MJCA 2FWHA 3ED3A 3CSIA 3LSZA 1EOGA 1RW1A 1J9BA 2LKUA 5IMZA 3TKSC 5G5EA 3VLNA 1ZYEA 4IP1A 1FO5A 18GSA 3ERFA 4TXVA 4OCEA 3M1GA 3HZ8A 3TJJA 2FD3A 4KSOA 1TDIA 1T1VA 3IRAA 5FWGA 4G10A 3US3A 4Q5NA 1ACVA 2V41A 2K18A 2YWIA 3TJFA 1PX7A 5HFKA 2HNLA 3UEMA 1JHBA 5INYA 1TW9A 3HXSA 2H6YA 4HDEA 1GTIA 4L0UA 4YAVA 3LEFA 4MJAA 2MBSA 3UBKA 1XW6A 4RQRA 3D6IA 1A24A 4ISDA 4GRFA 2HXKA 3W8SA 2JZTA 4RI7A 3AY8A 1F3AA 1R26A 1PD21 4XRAA 4OO5A 5J5NA 1QXHA 2O87A 2PERA 4MA9A 2LQOA 2RUEA 3LXTA 2N5AA 3BJ5A 2H66A 3QAWA 3TJGA 2VCXA 2VCQA 2F9SA 2CA8A 1GLPA 2F51A 1QGVA 2H74A 5GSSA 5G31A 1WIKA 2WZ9A 1BG5A 3TKSA 4D73A 1S3AA 2G2QA 3CXGA 2YPMA 1H75A 3M3MA 1DE2A 3KMNA 5LD0A 1Y25A 2H01A 2LJRA 3QOUA 2RUFA 2ES7A 4IP6A 6GSSA 1U88A 4X0XA 6GSYA 1ILOA 4ECJA 1M9AA 2RLIA 4GWRA 3ZYWA 4K2DA 2IFQB 3HA9A 4IHUA 2DBCA 3EMXA 5F07A 2GLRA 3RPPA 1DUGA 1T4YA 5ABRA 3DGQA 1NM3A 2FWGA 1UA5A 2LTKA 2C3TA 1YEXA 3DRNA 3GKNA 1TI1A 1KBNA 3K8NA 2IL3A 4IJ3A 2JZRA 1M0UA 5HFGA 3QFBC 6GSUA 1UN2A 1O7UA 5G30A 4V1Ap 6GSXA 3LFLA 3UMAA 1DBYA 2AHEA 4XTSA 3DXBA 4BWSA 1SJIA 5CRGA 3M8NA 5D9VA 4ID0A 5B6NA 4EXJA 2VLUA 3P90A 2BJXA 4O5RA 5ECLB 2M46A 2RIIA 1JLVA 1K0BA 1NW2A 4XS4B 3MNGA 3HZ4A 1IYIA 1WE0A 4WETA 3KP8A 3WYWA 3H79A 4HU9A 2WRTA 4FO5A 3BCIA 1X5DA 3TKSE 4RUVA 3QMXA 4K0NA 1U3IA 2VL3A 4JU5A 2MYGA 4NWYA 1Y6EA 3P2AA 1GNWA 3GFKA 4IW9A 3ZL5A 2EIOA 3CBUA 4GSTA 4MZCA 4KAEA 3APQA 1J08A 3BBYA 3FZ9A 4EDYA 4L5LA 5EVOA 2WGRA 2CV4A 1SK0A 3C1RA 1AC1A 2R37A 2VLVA 3L9VA 4EKZA 2B6MA 1ERWA 3IR4A 2WJUA 3VFIA 3I69A 4K7NA 3EU3A 4PUFC 3GHAA 5IO0A 4O32A 2PGTA 2DJKA 2L57A 3IV4A 4K8MA 4OCFA 4N0VA 3ZITA 4DSQA 2GT6A 2DJ2A 4IKHA 5D9WA 4HEA2 2XC2A 2AJQB 2V6OA 2PUKC 3KZQA 4JRRA 1XWBA 1C72A 1B4QA 3WGXA 5DQSA 1EP7A 4TR3A 3TB2A 3NZNA 3IHQA 4G19A 2E2GA 3TJKA 2TRCP 1ST9A 2MMZA 3M9JA 4MF6A 1BJXA 4JZQA 1SJZA 3FZ4A 5DJLA 2XHFA 4OMVA 1XBSA 5HR3A 1G7EA 2GQMA 4BA7A 2YJHA 3MSZA 2LV3A 1TP9A 5DCHA 1TK5B 4NV5A 1SK1A 2H1GA 4GF0A 4D73B 4KDUA 1XVQA 2ZUPA 3FR9A 2VL2C 4MH2A 1E2YA 4EDZA 3O3TA 1Z6NA 2EIRA 4TVEA 1K0DA 5F8BA 4ZILA 1A2JA 2P0GA 2HRNA 2X99A 1VF4A 2O85A 5IOXA 2LRCA 1XIYA 4PURA 2LRNA 4EO3A 4KDYA 4I6XA 3HCZA 2FGXA 2YWOA 2VIMA 5ECPB 3KCMA 2L5LA 2YV7A 3VPQA 4AF2A 3G7IA 5AGYA 4PQHA 2A4VA 2V2GA 3LQ7A 17GSA 5DAKA 3ISOA 2B1LA 2RM6A 4N30A 2DIZA 3BD2A 1VF1A 1TXXA 5B7CA 3ZFLA 1OKDA 1GWCA 3GURA 5LNKe 2GGTA 2YWMA 4GLTA 1B8XA 2HLSA 2HZEA 2FA8A 2ON5A 2NDOA 1T3BA 2H71A 3HVVA 2O8VB 1EEMA 4ECCA 1WP0A 2V1MA 1HYUA 5J3RA 4AJ8A 3MWHA 1TI3A 1AIUA 1NSWA 3IC4A 1K3YA 5JWQB 2VL2A 4K6XA 3D4MA 2NBSA 2OBIA 5A5KA 2NVLA 8GSSA 4F0CA 3QPMA 2C3QA 2LRTA 4ZB9A 1MDJA 2H76A 3F9UA 2FCHA 3ZZXA 2DMMA 1B9XC 1ZMAA 3HKRA 4DEJA 20GSA 2I1UA 1BQ7A 2XBIA 2DC5A 2B7KA 2H1BA 1XOAA 2V6KA 3ZVJD 2CZ3A 3FRCA 1F2EA 1TOFA 2E2MA 1SL2B 4I2TA 2JL4A 2HRFA 1S3DA 1XZOA 4ULXA 5KEJA 1XFLA 2R6KA 1TK0B 4JR6A 3KH9A 3EWLA 2IMKA 1M2BA 2M72A 1OC8A 3F8UA 5A4WA 5IIZA 1X9SB 2IJYA 1GRXA 1MTCA 4K1FA 5J4UA 4PQIA 2VCTA 1GTUA 1GLQA 3LXZA 6GSVA 1NHOA 1VRSD 2YJ7A 5A4UA 4XRDA 1J0FA 3PINA 3GN3A 1W4VA 3BCKA 2EC4A 3FR6A 4TKYA 3UJ1A 2JSZA 2N5FA 3LYPA 2ZCTA 1F9MA 1Q4JA 3HY2A 1USBA 1YQ1A 1FOVA 1MEKA 3KTBA 4ECBA 4YAPA 5AN1A 4MK3A 2WCIA 4MPGA 2FY6A 1O8XA 3TRXA 4HUAA 2GZPA 3ZLPA 4HZ4A 4OD7A 1G6WA 5COHA 2D2ZA 3KMOA 1TTZA 1SKRB 4KUNA 2JACA 2Z9SA 4IGJA 3ZMLA 3PR8A 5AISA 1A8YA 2IMEA 3KJYA 2VOCA 3TKPA 2PWJA 2KOKA 2GVPA 4WBRD 1Z7PA 4F03A 1A2MA 3A3TA 1OAZA 2TRXA 1SKWB 5A4VA 1ERVA 3APSA 5G1LA 2AB6A 3DYRA 2J23A 3C71A 1PN9A 5ID2B 4O92A 2IPAA 5EY6A 2LJAA 4PX1A 3EVIA 2YANA 2V32A 4IQAA 2CAIA 5DAKB 1NHYA 2VCWA 5F06A 1GSYA 5IMAA 5DALA 5B8AA 2CT6A 4ECIA 1XWCA 4HQZA 3GH6A 1XWGA 1SKSB 1GSEA 4FH8A 2MMNA 2GTUA 3TKRA 2KLXA 1TJDA 3U6VA 2DSAA 3TOTA 4CDOA 5G2ZA 5JWRB 2X8GA 4NPBA 4AGSA 1AUCA 3FY7A 3M9KA 4MDCA 4MF5A 4NMUA 2H1DA 1SK2A 2LJKA 2K8VA 4NHWA 3C8EA 4WBJA 1EOHA 2NPBA 2CX3A 2FWFA 1PA3A 4F2IA 2JZSA 2C0EA 2I3YA 5C04A 3HHVA 4GXZA 1XOBA 4FYUA 2GZZA 3GL5A 2R3XA 1U87A 3EINA 3IAS2 1AQWA 1X5CA 16GSA 2B3SA 2YOIA 2JSYA 2VAFA 5JCWA 3KM6A 2R5GA 4MABA 1K3LA 5JWOB 1LBKA 4N10A 2L59A 1PKWA 3EE2A 3F0IA 3GYKA 3GTUA 3E9JB 3FZAA 5G1KA 3IA1A 3VURA 3HDCA 4XS1A 1EGOA 2H19A 1F3BA 1K0MA 1EZKA 1YF0A 4MZBA 4TW5A 3Q74A 1TRUA 5ECRB 14GSA 3A2XA 4WXTA 4DSSA 3NIVA 2C8UA 4X43A 1MDIA 2C0DA 3EYTA 2DJJA 5G5FA 2JADA 1UVZA 1M2DA 2L4CA 1FHEA 2DJ1A 1K0NA 4OFTA 2IMIA 2LQQA 2HI7A 5GAPD 2QGVA 3FEUA 4ML6A 1OC9A 3RHCA 5J9BA 4GSSA 3F3RA 4ZB6A 2AYTA 1XPVA 4GCIA 1ERTA 2L5OA 5ECQB 4TR1A 2VM1A 2KP2A 2K8SA 4MZWA 2QKEA 2O89A 1JFUA 4X1UA 1QUWA 2VLTA 1AAZA 3D0ZA 2C3NA 2C0FA 3LWAA 2YP6A 4G9HA 1RQMA 3ZIVA 1ZOFA 4HJ2A 1V57A 2PVQA 2IMFA 2VD0A 1LJRA 5H5SA 3N9JA 1PL2A 2HSHA 4EC0A 1Z6MA 4IS0A 1XWKA 3CTFA 3UIWA 1YY7A 2KP1A 2MMOA 2H70A 1K0CA 1SYXA 2GSSA 1EV4A 4TRXA 3ZVJA 3FYGA 2C80A 3E3EA 1EEJA 1MD3A 3CTGA 3CYNA 2LNTA 1PSQA 1TU7A 2DIYA 5H5QA 3KGKA 1X0RA 2A2SA 1SU9A 2GDRA 1EP8A 4ILFA 1V9WA 5DALB 1E6BA 2HE3A 4ZL7A 1PRXA 5IMVA 5DDLA 4E8EA 3F4SA 2OBKA 5GZZB 3VPTA 3GSTA 1W89A 3EU4A 2FWEA 2YNXA 1WOUA 4NXIA 4EF0A 3TGZA 2PBJA 3O6TA 3P8WA 1QQ2A 3GKMA 2DMLA 1HNAA 2CX4A 3E0UA 4KA0A 4TN8A 3QAGA 2LSTA 3FHKA 1SD9A 4NHZA 3VWWA 4CW9A 2F8AA 4HZ2A 3D5JA 4OFMA 1FG4A 2H30A 1ZYQB 3W6GA 4WKWA 4PNGA 1R4WA 1PMTA 2G0FA 4Z7XA 2PMTA 4TR4A 1Z3EA 3EURA 3FZ5A 2YZUA 1IYHA 4DVCA 1XCCA 4ZBAA 1Z5YE 1GUMA 2H0GA 4IQ1A 3QDNA 2RM5A 4JR4A 3APOA 1G7OA 2VM2A 1XXUA 1SYRA 1R7HA 2L4QA 2DLXA 1BX9A 4IELA 3UOMA 2GQKA 1SL0B 4ACSA 4MLYA 1K0OA 5DQYA 3SBCA 3GTUB 5DBQA 4Q5FA 1A0RP 1FVKA 3TUEA 2OE0A 3UBLA 2HYXA 4KCAA 3CSJA 4J56E 2B7JA 5ELAA 2VCZA 4P3YB 1JZRA 2AAWA 4EL1A 2E7PA 2MMAA 3D21A 3R2QA 4DSSB 2LEGA 4K9ZA 3VWXA 2WB9A 3L9SA 5KN0A 22GSA 1QMVA 5D9XA 2N5BA 2FNOA 3F4TA 2H75A 2BTOT 2H6ZA 2PN8A 4GSNA 3UARA 4LMVA 2IN3A 2VCVA 2QC7A 5ECSA 1ZCPA 1ZL9A 1N8JA 2WS2A 2B5XA 3DEXA 1OC9B 2OJLA 4F0BA 4KDXA 3VI5A 3L78A 2CAQA 4F82A 2WDUA 3A2VA 4FYCA 1WRYA 1SL1B 2IFQA 4ZL8A 4L0WA 3PH9A 1I5GA 4IVFA 3UVHA 1PX6A 4MJEA 1FAAA 1YF1A 5C00A 1THOA 5CYYA 3V1WA 2DJ0A 2WFCA 2F3MA 3GA4A 4ZIJA 2R2JA 1WWJA 3IOSA 4OWYA 1GULA 2R4VA 1VF3A 3D22A 1B9YC 1OC3A 4HOJA 1G6YA 1HNCA 5AIVA 5J41A 1M2AA 3IE3A 1YZXA 5CO3A 3DMLA 2K9FA 3IK7A 3GRXA 4WR5A 4BVXA 1X9WB 1K3OA 2C4JA 4POKA 13GSA 2H73A 3ME8A 2HSYA 2DJ3A 5ECKB 4KGIA 1OVNA 4POMA 2REMA 1GTBA 3ME7A 1JZDA 4MCUA 5HR0A 1OE8A 1KNGA 1PQNA 2FUG2 6GSWA 1T4ZA 9GSSA 3S9FA 3A5WA 2CVDA 4PNFA 1T7PB 2J9HA 4E8HA 1XW9A 5D93A 3IPZA 3F3QA 2LUSA 3GX8A 1GH2A 4Q5RA 1THXA 5AIXA 4DSRA 1BYEA 1XWAA 1V58A 3H93A 2GSTA 3LORA 4L5OA 1ZZYA 4YQMA 19GSA 2P5RA 4JE1A 1M99A 3L9UA 5ECIB 1HQOA 4I2UA 2IIYA 1QFNA 2IMDA 3CMIA 1EGRA 5CAXA 4ZBBA 1AXDA 1ML6A 5JCGA 2ZNMA 4ZBDA 3DVWA 4IN0A 1X5EA 2GT5A 2H1AA 5CRHA 3ZMKA 4MP4A 4GQCA 4TXOA 4EUYA 4H86A 3VWUA 2MZCA 4HQSA 2CZ2A 4EVMA 3RHBA 1JZOA 2OACA 3VI7A 4WF5A 3ERGA 3KTLA 4I8BA 4OO4A 3H8QA 4V2MA 3VK9A 3UVTA 4V1Ag 2HZEB 3GIXA 5D73A 2LS5A 3Q6OA 4AJ7A 3TJBA 1F37A 3JCML 1ABAA 1TK8B 2TIRA 1YKAA 3KXOA 1FVJA 2JU5A 1M7TA 2WULA 5CNWA 2C0GA 1I9DA 1YKCA 3KD0A 2QSIA 3GNJA 1RK4A 3Q18A 1YDKA 3IXRA 1V40A 2XBQA 4BWQA 1EWXA 4LA1A 1URMA 2C1YA 1PKZA 4K0GA 5B8BA 1G0TA 1YEPA 4POBA 1Z9HA 4RI6A 4KW6A 4EE0A 2AV4A 3HD5A 1TRSA 2OE3A 1V2AA 3WGDA 5E59A 3N5OA 5IPGA 2B5EA 5ELGA 2EIQA 1TKDB 2I81A 3GX0A 3RDWA 3QCPA 1HNBA 2KHPA 5IMDA 3UAPA 5JCUA 2VL9A 2GQLA 1GSUA 1OE7A 3FR3A 1FB6A 5DJMA 3G7YA 3DWVA 4CHSA 3F4RA 1TU8A 3ERWA 4L8EA 1TRVA 4JEDA 4MF7A 3IK9A 1GUHA 5CP1A 2IWTA 1A0FA 2FA4A 1A2LA 2X8HA 2OKAA 5ECHB 4AJ6A 1YJ6A 3RPNA 2HZFA 2P5QA 4KCEA 3C73A 3G7JA 2I4AA 4KNDA 1DE1A 2GSRA 3DKSA 2PVOC 4HJMA 4POLA 1R5AA 4BVYA 4NAXA 2GZYA 3LYKA 3I6AA 1VF2A 3J7Yk 4IJIA 2LNSA 1O6JA 4WEYA 1JZWA 1B4PA 3Q19A 2O7KA 4KX4A 3ZIJA 3KIJA 3DVXA 5FHIA 1O85A 3IDVA 4O7HA 4OFNA 1AQVA 5ENUA 1DSBA 2PU9C 5B6MA 2MBTA 4K7IA 3KP9A 3G9BA 5IM9A 1GTAA 1VGLA 4YH2A 1CQGA 2X64A 1MDKA 1A23A 2OE1A 3H1NA 4XCSA 5DVBA 3QAVA 1HD2A 1U6TA 1O81A 4PUAA 3HYPA 2KUCA 5FT3A 1ZGNA 4FIWA 1MD4A 5HR1A 3ZFBA 3GSSA 5D8IA 5HR2A 5IQYA 3KH7A 2XPDA 1H4OA 4KH7A 3FW2A 4G2EA 4ML1A 4MPFA 5IO2A 3UL3A 4KE3A 4TXOB 3GKXA 7GSSA 5F0GA 4KB3A 2HT9A 4NV2A 1CQHA 1O73A 2YN1A 3QFAC 3L0HA 3ZTLA 3KEBA 1B48A 3FKFA 3BOAA 3LJRA 1U3AA 1GSSA 3WT2A 5ECMB 3NOFA 5J9CA 2NTOA 2X8CA 1AQXA 4V2NA 3WGEA 2OA7A 1X9MB 4BPYA 3EC3A 2H0IA 2GS3A 2GSQA 3EMPA 2VUPA 3A2WA 1KTEA 5D96A 1LU4A 1GP1A 2XPEA 3DD3A 4J57E 1GUKA 2CVKA 3CSHA 3HVSA 2M80A 1ON4A 5CRDA 3HJOA 3GMFA 5KN3A 5DCGA 2FLSA 1SJ6A 11GSA 1QK8A 4RQXA 4PXOA 4I97A 3GV1A 4GQFA 4J2FA 1XW5A 2YZHA 1K0AA 3PGTA 3MAKA 3O76A 3TCOA 2K6VA 5KN2A 2H6XA 4N0ZA 3IBHA 5KN1A 4HU7A 5HQPA 4N11A 3GKKA 3FK8A 4WF4A 3LGCA 2CQ9A 1GL8A 4TOPA 1GSFA 2YCDA 4MH3A 3TKQA 3ZREA 3IAM2 5ID2A 3C1SA 3TRQA 1GNEA 4PQ1A 5EL8A 2YWNA 2A2RA 4HI7A 1BAYA 1V98A 5IOWA 3WD6A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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