1O6JA

Tryparedoxin ii from c.fasciculata solved by sulphur phasing
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
149
structure length
149
Chain Sequence
b'MSGLKKFFPYSTNVLKGAAADIALPSLAGKTVFFYFSASWCPPCRAFTPQLIDFYKAHAEKKNFEVMLISWDESAEDFKDYYAKMPWLALPFEDRKGMEFLTTGFDVKSIPTLVGVEADSGNIITTQARTMVVKDPEAKDFPWPNVEAK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title De Novo Phasing of Two Crystal Forms of Tryparedoxin II Using the Anomalous Scattering from S Atoms: A Combination of Small Signal and Medium Resolution Reveals This to be a General Tool for Solving Protein Crystal Structures
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPAREDOXIN II
source organism Crithidia fasciculata
molecule tags Electron transport
total genus 46
structure length 149
sequence length 149
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13905 Thioredoxin_8 Thioredoxin-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1o6jA00
2YV9A 2PMTA 1YKCA 2CV4A 2OBIA 1USBA 4N0ZA 4AGSA 1N8JA 5IMCA 3KP8A 1FG4A 3KMNA 5DAKB 5B6MA 1Y25A 3FW2A 2YWNA 5A5KA 1F3BA 1EOGA 1K0NA 18GSA 6GSXA 2JU5A 4TR1A 3VURA 1KNGA 2B5EA 4NV2A 4TW5A 1YQ1A 3QAWA 3ME8A 1GLPA 2H8LA 5ECHB 2IPAA 4HQZA 4ZXGA 4TR1B 1IYIA 1F9MA 4TR3A 1OE7A 4PNGA 1Z7RA 1GRXA 3L9VA 2MMZA 1EV9A 1V58A 3KXOA 4NHZA 2RLIA 1TDIA 4ECJA 3ZYWA 3VWVA 2PN8A 1GUKA 3ZREA 2IMKA 3IK7A 4PXOA 3GYKA 3DWVA 3LGCA 3PR8A 2JSZA 2H66A 3R2QA 5F05A 1TRSA 3E3EA 3VPQA 4IBPA 5COHA 1K0BA 3P2AA 2O7KA 4E8EA 1A8LA 2XPEA 2F9SA 3TKRA 11GSA 4OMVA 2GGTA 2LS5A 3QAGA 4MLYA 2RM6A 4LA1A 1O6JA 2O89A 3GKKA 4MCUA 3LQ7A 4K6XA 1I9DA 5B8BA 4RUVA 5J9BA 2YNXA 3F6FA 4G10A 2CVKA 3LEFA 3ISOA 1FVJA 3ZRDA 1CQGA 2C1YA 2PVOC 1TTZA 2VLTA 2MYGA 1GLQA 4IJ3A 4IS0A 4BPYA 2B1LA 5IM9A 2WGRA 1OE8A 3QFBC 1GL8A 3VI7A 3ME7A 4ILFA 1ZL9A 4ZL7A 2YCDA 4HS1A 3A3TA 3IE3A 3D4TA 1BG5A 4IQAA 1A2MA 1SU9A 19GSA 3US3A 2IMEA 2E0QA 3DRNA 4ZBAA 4EUYA 1PX6A 1TK0B 1JZRA 1GH2A 5LCZA 3GKXA 3RPPA 3RPNA 2L59A 1TRUA 4NHWA 1K0AA 3ZZXA 2DJ2A 4Q5FA 5ECIB 2L6CA 4K7NA 3KM6A 4OWYA 1Y6EA 1SKSB 1E6BA 5H5SA 4MZCA 4H86A 5ECLB 2LKUA 3APOA 3PGTA 1MD4A 2J9HA 3KTLA 3O6TA 2MBSA 2LJKA 2VO4A 3QD9A 4EDYA 3IC4A 13GSA 5J41A 4KCEA 1URMA 1SYRA 2G0FA 2EIRA 4YQVA 3SWLA 4ZB9A 5CRHA 2YPMA 5AISA 3H1NA 2C0FA 5HQPA 2H71A 1PGTA 1UC7A 4IGJA 5IMFA 1YF1A 2LNTA 3UBLA 2FGXA 1B4QA 4PX1A 1G7OA 1NHYA 1AAZA 3TKQA 3FZ5A 1SK2A 2FD3A 2YZUA 2PPTA 4Z7XA 1PL2A 4ACSA 2JZRA 4LMVA 3L9UA 4K8MA 3EMPA 1GSFA 5H5RA 3VFIA 1VF1A 4MF6A 2CAIA 2JSYA 3FZ4A 1SKWB 2B7JA 4EDZA 1GP1A 3ZTLA 1FAAA 2HE3A 2FCHA 3ZVJD 3EMXA 4PURA 4O7HA 1LBKA 2MBTA 3A2XA 1B9YC 4ID0A 4ZIJA 4WBRD 2IL3A 2WULA 2EIOA 3MAKA 4BWSA 2TRXA 4MH3A 1F2EA 5KN1A 1M9AA 4IVFA 1OC9A 3VWWA 3Q74A 1BJXA 2H01A 1BYEA 2P5RA 4I5QA 3ZIJA 3LYPA 3KGKA 2IMFA 3GFKA 3GL3A 1QFNA 5AGYA 2IIYA 3TKPA 1O7UA 2GQLA 1SD8A 4L0UA 3KCMA 1XVWA 5F06A 3KEBA 4WBJA 2CX3A 1OC9B 5J4UA 2MZCA 2NDOA 1ILOA 4AJ8A 4MMMA 2VUPA 1X5CA 4MP4A 5DQYA 2A4VA 3IR4A 2DJ1A 2K18A 1T7PB 1R26A 3PH9A 3F3RA 3ED3A 4PUFC 1K3YA 5CP1A 6GSYA 3HJOA 1V98A 4O5RA 2FWHA 5FWGA 4NAXA 2FHEA 2PUKC 3EU3A 3CRTA 1WE0A 1EP8A 2GSTA 3RHCA 4TR4A 4QQ7A 4EVMA 2GZZA 2DBCA 5GZZB 1FHEA 1THOA 3GA4A 4AF2A 5LNKe 1SL2B 4MA9A 3TRQA 5JCGA 2FY6A 2HRFA 3F6DA 2OA7A 1AW9A 3WT2A 3H8QA 4K0GA 3HXSA 2VCQA 4V1Ap 5C00A 2DJ3A 5JWOB 4GQFA 3C7MA 3S9FA 1CQHA 4LL1B 2LRTA 3CYNA 3HA9A 4I6XA 3VI5A 1QUWA 1QXHA 4WEYA 5IMAA 2X64A 3H79A 1M2DA 5E4WA 3LSZA 1DBYA 1WWJA 2LTKA 1PRXA 3C8EA 4FYBA 2WZ9A 3RDWA 4EC0A 1MTCA 5JWQB 4ECIA 5B6NA 1DUGA 4YAVA 1TI3A 2HI7A 4V2LA 1M0UA 3Q6OA 1ON4A 1MDIA 2QGVA 2C3NA 1EV4A 4NV5A 4MJEA 1THXA 3FZ9A 3BCKA 2IN3A 2CVBA 4POLA 4I8BA 2CT6A 2DJ0A 1A0FA 2HYXA 5EVOA 1OC8A 2K6VA 3DMLA 2I4AA 2O87A 5CYYA 1XWKA 1T8EB 3GRXA 4TN8A 4MF7A 2VL2C 1UN2A 1GNEA 2YWOA 1YF0A 1PMTA 2GVPA 5JWRB 2B6MA 5ECKB 2P31A 1K0OA 5EY6A 6GSSA 5INYA 3F63A 5DCGA 9GSSA 2VD1A 1G0TA 5D96A 3M1GA 1OYJA 1SJ6A 2VCXA 3I43A 4HJMA 5IMDA 1OKDA 4WF4A 2HRNA 3Q18A 2IFQA 6GSUA 3LYKA 1AC1A 3UBKA 2C3QA 3MNGA 3A5WA 3APSA 4JEDA 4XCSA 1B4PA 3I69A 4F03A 3WGXA 1FVKA 4GRFA 5B8AA 1JHBA 2V2GA 10GSA 3D5JA 3TB2A 5CRDA 1OAZA 3ZMLA 4PQIA 17GSA 1GSSA 6GSTA 2IFQB 1TRVA 1T4YA 2RM5A 5A4WA 1TK8B 3QDNA 1WIKA 3QAVA 4JR6A 5ECSA 2GTUA 3HJPA 1ZYQB 3L0HA 2WB9A 2AJQB 3DVXA 3APQA 2NTOA 6GSVA 3LJRA 3GV1A 3IPZA 4AJ7A 2HXKA 2BMXA 1N2AA 2LJRA 1GNWA 2OE1A 1XPVA 4OCFA 1PL1A 2AUVA 3D4MA 2EIQA 2R37A 2ALBA 2GSSA 3F0IA 4MDCA 1G6WA 2HLSA 4RQRA 1A8YA 2CQ9A 3U6VA 2DIZA 3HYPA 1GSUA 1PX7A 4FYUA 1A2JA 2I81A 2DMMA 4V2MA 1XBSA 2YJHA 2PWJA 2LQQA 1SL1B 4I97A 5C04A 2YWIA 5DQSA 3LG6A 1TK5B 2B5YA 1XXUA 3GN3A 3FHKA 2FWFA 2IMIA 2DJKA 4N11A 4GWRA 5ELAA 2VIMA 1B48A 1U3AA 2M72A 3GTUA 5ELGA 2VCZA 2RUEA 4CDOA 2GDRA 1ZGNA 2H74A 2V1MA 3TKSC 3UARA 1GTIA 2H70A 4WKWA 2E2GA 1EGRA 2N5AA 2VOCA 2GSQA 2CZ3A 4DSRA 5IO0A 1QMVA 4HUAA 3GTUB 3A2VA 2LNSA 3UIWA 2B7KA 2F8AA 2LEGA 3TJBA 4TR0A 3SBCA 2F51A 2LRCA 4XIHA 2X8GA 4K7IA 4LL4B 2GZYA 3TJKA 2B5XA 1RK4A 3RHBA 4HZ4A 1XIYA 4GSSA 2C0EA 1TP9A 4GSTA 4MH2A 2VD0A 1O85A 2VAFA 4KAEA 1WPIA 4XRDA 3GX8A 1ABAA 3CRUA 4ZBBA 4L5LA 5CREA 5GAPD 2X99A 4MJBA 4XHMA 4P3YB 3ERWA 1R5AA 3TDGA 1U3IA 4G2EA 2NBSA 4BVXA 1B8XA 3IHQA 22GSA 5IPHA 4XRAA 1XW5A 3GMFA 2H30A 4I2UA 1JLWA 1NW2A 1JZOA 4KDYA 1U87A 5G5FA 3E0UA 2CX4A 4K7OA 4MZBA 3HVSA 1DE1A 3ZFLA 3C71A 3NOFA 1AQVA 2V6OA 3UVTA 1EP7A 3H93A 1FOVA 1AUCA 2CVDA 5DALA 3WGDA 2PU9C 3F9UA 2RIIA 4KDUA 3ZLPA 1TJDA 4TXVA 1OVNA 4LMWA 4KX4A 4NMUA 3KH7A 1R7HA 3FY7A 4EO3A 2YWMA 3EU4A 2VLUA 2XC2A 3K8NA 4NWYA 3F4RA 4CHSA 5DALB 2QC7A 2HSYA 2EC4A 4J2FA 3EVIA 1Z9HA 2LQOA 3F3QA 2YOIA 3CSJA 1X5EA 3W8SA 5HFKA 5ABRA 3ZIVA 3EWLA 2PVQA 4OO5A 3KIJA 3M9KA 1GSDA 4IHUA 3G7JA 2H73A 4TOPA 3RBTA 1PA3A 2K8VA 1R4WA 4IQ1A 2XPDA 2OKAA 1SL0B 2K9FA 5A4UA 16GSA 5EPFA 1SJIA 2H1DA 3GHAA 1GTAA 2LRNA 3IV4A 5IMVA 1MDJA 2BTOT 3P7XA 3GL5A 2KHPA 1LJRA 2M46A 1SK0A 3GH6A 3UVHA 3U5RE 2REMA 2QKEA 5IQYA 1WRYA 3GIXA 2HT9A 3VK9A 3GSSA 3UMAA 4J56E 2KP1A 3LXTA 3ERFA 3L9SA 1WOUA 1NSWA 1AIUA 4GF0A 1DE2A 3UOMA 4N30A 2ON5A 2VCTA 4AJ6A 2NPBA 3C73A 4KSOA 4HU9A 4MPFA 3WD6A 3L78A 4FH8A 4KH7A 2I1UA 1HD2A 2P5QA 3Q19A 2VL9A 4RI7A 3FRCA 5CO3A 1VF2A 2PBJA 1XW9A 2P0GA 2TRCP 1Q4JA 4POMA 2YZHA 2WRTA 2JADA 3FR3A 4X0XA 2HZEA 5ECRB 2GZPA 1GTBA 1RQMA 3LXZA 2GSRA 2VM2A 4EKZA 1X9MB 4J57E 2V41A 1XWBA 2F8FA 4K1FA 3FEUA 4V1Ag 2HZFA 1XWAA 3BCIA 4WR4A 1YEPA 1X0RA 2XBQA 2MMNA 2HZEB 5IPGA 2J23A 1XZOA 3G7YA 1T4ZA 4V2NA 1WP0A 3CSIA 20GSA 4DVCA 3NIVA 3IAM2 1KEBA 4QL7A 1EWXA 4X1UA 5ID2A 2OADA 1V9WA 1XVQA 4F9ZA 1GULA 2VM1A 5A4VA 1NHOA 2H6YA 1UVZA 2H6XA 1XCCA 1YEXA 3VWUA 3N9JA 4FIWA 1TI1A 1ZMAA 1OC3A 3VPTA 3V1WA 1GSYA 1SK1A 3ZMKA 1KTEA 4YH2A 2IWTA 1M2BA 3TCOA 5ID2B 1TU7A 1K0DA 2H75A 1JZWA 4HDEA 1Q98A 3CBUA 3J7Yb 1MDKA 2HFDA 3HJMA 1MD3A 1ST9A 2DC5A 3DEXA 2C0GA 2FLSA 5GAND 4LLRA 4WF5A 3J7Yk 1K3LA 4GTUA 1K0MA 3EINA 4ZL8A 3IRAA 2JZTA 5B7CA 1XWGA 3GURA 3MSZA 3KMOA 4DEJA 1WMJA 3HZ4A 1O81A 1QQ2A 1BX9A 3FR9A 2AHEA 4JZQA 4ECBA 1AXDA 3QMXA 3TJFA 2R2JA 2OBKA 2R4VA 4ZB8A 2BJXA 3F8UA 3HDCA 3C1SA 2WDUA 3KJYA 1T3BA 3EYTA 2CAQA 1U88A 1F3AA 4WR5A 3TJGA 1HNAA 2CZ2A 2JL4A 5JCUA 2FWGA 3WYWA 3VLNA 3GKMA 2LUSA 2A2RA 1T00A 1SENA 4ZBDA 3W6GA 2H76A 1GWCA 4XS4A 4ZILA 3FR6A 5F07A 4NXIA 1EEMA 1ERUA 4IW9A 3TJJA 4E8HA 2B3SA 1VF4A 2G2QA 2Z9SA 1W4VA 2L5OA 1Z7PA 2XHFA 3D21A 4IELA 5J5NA 4XS4B 2GS3A 4KGIA 5KN0A 1EEJA 1WJKA 1SKRB 3P8WA 2DIYA 4OFNA 4EF0A 2AAWA 3CTGA 6GSWA 4Q5RA 3GSTA 2O85A 5D9WA 5ECQB 4GLTA 3DVWA 5G30A 2L5LA 2WS2A 5ECOB 4L5OA 3BBYA 1FW1A 5HR0A 4EXJA 5CAXA 5IIZA 2PGTA 1BAYA 3M0FA 1A2LA 2M80A 1GTUA 1TXXA 3HY2A 2GLRA 2H0HA 1PKZA 4BVYA 1JZDA 4XS1A 5AN1A 1J0FA 4KA0A 2R6KA 2O8VB 2VL2A 3ZL5A 1UA5A 3QOUA 2L4CA 4L8EA 1HNCA 2ZNMA 2H1GA 2JZSA 4RI6A 3G7IA 4HEA2 1HQOA 3GH9A 4L0WA 3NZNA 1VF3A 3QR6A 5DCHA 3W8JA 3DYRA 5AIXA 2F3MA 3AY8A 3UAPA 1BEDA 1Z6NA 2QSIA 4HJ2A 5G2ZA 3UL3A 4G19A 4GCIA 4RQXA 4BA7A 2WJUA 4N10A 3HCZA 3D0ZA 4MK3A 1XFLA 5DVBA 3EE2A 5G5EA 1ZZYA 1TW9A 3P90A 5FHIA 4KSMA 5E59A 5HFIA 3FYGA 3BJ5A 3F4TA 3IOSA 1YY7A 3GNJA 1J9BA 3ZITA 4Q5NA 1OKTA 2LJAA 4WETA 2YP6A 2I3YA 1GSQA 3ZFBA 4TVEA 1G6YA 1YDKA 3QCPA 1XWCA 2GQKA 2TIRA 5DBQA 2C3TA 1IYHA 1M7TA 1PKWA 4JRRA 1QGVA 1XOAA 3CTFA 4GSNA 4ZL9A 4PNFA 5DJLA 1Z3EA 2N5FA 5CRWA 1TU8A 3H4KA 5G31A 1LU4A 1TRWA 2IJYA 4JBBA 3G9BA 4FO5A 1K3OA 3LORA 1RW1A 3EURA 1S3DA 1PD21 4DSSA 1EOHA 5KN3A 1ML6A 2WFCA 2D2ZA 4WXTA 1PSQA 1NM3A 2YN1A 2DLXA 1HYUA 3E9JB 4MJAA 4KW6A 4TKYA 2KUCA 4KB3A 4QL9A 2DMLA 5DDLA 4K9ZA 5CRGA 1C72A 4XS6A 1X9SB 5G1KA 4DSSB 1GUMA 4BL7A 4TRXA 2KP2A 3MWHA 1W89A 5D9TA 3A2WA 2ZCTA 1F37A 4CW9A 1M9BA 4GQCA 2L6DA 2C8UA 2LV3A 3M8NA 3CSHA 1VRSD 1M2AA 4KCAA 1FO5A 3UJ1A 2N5BA 2JACA 4YQMA 5G1LA 4PQHA 1U6TA 1M99A 4MPGA 1SD9A 2MMAA 2XBIA 3TKSA 3DKSA 5HR2A 4KDXA 2MMOA 2YANA 3KTBA 3C1RA 2DJJA 2R3XA 2OJLA 4OFTA 5GSSA 4F0CA 4YQUA 4ML6A 3TRXA 3IA1A 4HOJA 4EE0A 5IMZA 4K2DA 2V6KA 3KP9A 1ERWA 3PINA 5HR3A 5D9VA 14GSA 1YJ6A 2KLXA 3DD3A 2X8HA 1A24A 5CNWA 1YZXA 1ERTA 1B9XC 2ON7A 2FUG2 2B1KA 1TOFA 1O73A 4MABA 2VLVA 5D93A 1K0CA 2R5GA 3DIEA 4ULXA 4OD7A 4IJIA 4FYCA 4PUAA 2OE0A 2IMDA 4IP6A 1FB6A 3IBHA 1PQNA 1O8XA 5J3RA 1A23A 3FK8A 3HZ8A 3M9JA 2E7PA 4HU7A 4PQ1A 3N5OA 3TOTA 4I2TA 3TGZA 1QK8A 1T1VA 5EL8A 5LD0A 3HHVA 3TRPA 4O32A 1ZCPA 5ECMB 5L71A 5FT3A 2H6ZA 3HD5A 1EZKA 2L4QA 5AIVA 3TUEA 3IK9A 2YJ7A 1SJZA 1X9WB 1XOBA 4IP1A 2VCVA 4HI7A 4OFMA 5GSTA 1PN9A 2X8CA 3LFLA 1J08A 1AQXA 2VL3A 1SYXA 1S3CA 4ISDA 1E2YA 7GSSA 3JCML 1AQWA 3I6AA 3HVXA 4D73A 3BD2A 1V40A 3F4SA 5F8BA 4JE1A 3L4NA 5ECNB 3ZVJA 2AV4A 1ACVA 4N0VA 1GSEA 4ECCA 1S3AA 1MEKA 3KH9A 1H4OA 4TXOA 3GX0A 2AB6A 2RUFA 4D73B 1O8WA 2DSAA 4O92A 1YKAA 2FNOA 5KEJA 4KUNA 2L57A 5D73A 5DJMA 4TXOB 2FA4A 1A0RP 2WCIA 3GKNA 4F2IA 2K8SA 4F82A 3QFAC 4G9HA 4PGTA 3TKSE 3M3MA 1ZOFA 5D8IA 2CA8A 4X43A 4F0BA 4XTSA 2GQMA 1X5DA 3GUSA 3KD0A 4NPBA 1Z6MA 3IDVA 2AYTA 3HKRA 3MDKA 2FWEA 3UEMA 4ZB6A 2C80A 4MF5A 1V57A 2V32A 1GUHA 3WT1A 4K0NA 2VCWA 2C0DA 5H5QA 1XW6A 4POBA 1DSBA 12GSA 2FA8A 4JU5A 5HR1A 2H0IA 5HFGA 3IXRA 1Z5YE 3FZAA 4HZ2A 3DXBA 3D6IA 3QPMA 2GT6A 1JLVA 4KE3A 1BQ7A 2E2MA 3BOAA 1ERVA 4JR4A 5IOXA 2HNLA 2LSTA 4EL1A 3RAZA 3IAS2 4POKA 1R5PA 5ECPB 2H72A 8GSSA 3FKFA 1TKDB 2KOKA 4GXZA 5F0GA 2GT5A 4YAPA 5ENUA 4IN0A 4OO4A 3CMIA 4BWQA 2HSHA 3KZQA 3HVVA 3LWAA 2C4JA 3TOUA 4ML1A 4OCEA 2OE3A 2A2SA 3OR5A 2YV7A 2ES7A 1G7EA 5D9XA 2H1BA 2H19A 3O76A 2H1AA 4HQSA 2ZUPA 5J9CA 3ERGA 2I9HA 1VGLA 3EC3A 5IO2A 1ZYEA 3D22A 5KN2A 2H0GA 4MZWA 3WGEA 5JCWA 4IKHA 3VWXA 3DGQA 4MJCA 2OACA 1FB0A 4DSQA 1KBNA 1V2AA 4KNDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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