1HD2A

Human peroxiredoxin 5
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
APIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords PEROXIREDOXIN 5 RESIDUES 54-214
publication title Crystal Structure of Human Peroxiredoxin 5, a Novel Type of Mammalian Peroxiredoxin at 1.5 A Resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Antioxidant enzyme
total genus 46
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2000-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1hd2A00
3IA1A 3IXRA 1FB0A 1BX9A 1TRSA 3KD0A 4XS1A 4MZCA 4F0CA 4ZIJA 3H93A 3HD5A 4ZBBA 2FWFA 2MMNA 3IV4A 2H0IA 1DUGA 2Z9SA 1QFNA 3LYPA 3TCOA 1TU7A 2FGXA 2OBIA 3FEUA 5H5QA 5EPFA 4MMMA 5ECKB 4KSMA 2YP6A 1B4PA 3TUEA 1EGRA 3KEBA 4MZBA 3GIXA 4YQVA 2P31A 2IFQB 1SK1A 4AJ7A 3DIEA 2RUFA 3APSA 4WR5A 5G1LA 1F2EA 3A5WA 2HZFA 2NBSA 1HD2A 2HZEB 1R26A 2N5BA 1PX6A 4J56E 2DJ2A 5D93A 4NV5A 2NVLA 5A4VA 2CX3A 1O8XA 1ERTA 1GSQA 1I9DA 3GKMA 1MDJA 3BD2A 3KH7A 5B7CA 4I5QA 3F4TA 1A0FA 4O92A 1EP7A 3GNJA 3LQ7A 4OMVA 2VCZA 1TW9A 1U88A 1Y25A 2JSZA 2ON7A 1T8EB 1OYJA 3DRNA 2WB9A 3G7IA 3US3A 3WT2A 1JLVA 2GTUA 2J23A 1PRXA 3SWLA 3EE2A 4N11A 2QKEA 1B8XA 1ILOA 4ISDA 3D6IA 3UJ1A 2O7KA 1ZOFA 1JZRA 7GSSA 5F07A 2H0HA 5DVBA 3TOUA 2H19A 5GSSA 2H0GA 3KP9A 2CZ2A 5IMFA 5JCGA 5D9WA 5HR3A 4O5RA 1K3LA 5DAKA 4HZ4A 6GSWA 2LNTA 1A0RP 2OJLA 1T4ZA 4DEJA 2TRXA 4XIHA 2X8CA 4E8EA 1OAZA 1YF1A 1AUCA 2R37A 4BVXA 3FR6A 1EOGA 12GSA 4PURA 5INYA 3W6GA 3CTGA 3HVSA 2VM2A 2EIOA 4FYBA 2OADA 19GSA 2R2JA 5C00A 2H1AA 2PPTA 4FYUA 2YZUA 3IR4A 2K9FA 4RQXA 5A4UA 4DSSA 4X0XA 5DALB 3CSJA 1KBNA 1OC8A 1VF4A 2M72A 1CQGA 3AY8A 3TGZA 4N30A 2HYXA 2MMAA 4HQZA 1S3CA 1HYUA 2PERA 3IC4A 2PBJA 1SKRB 3TRQA 5D9VA 6GSXA 3W8SA 5F06A 4ZL7A 2VO4A 3F63A 1G7EA 5B6NA 5J5NA 2YNXA 1DBYA 2JZTA 3Q74A 5HR0A 3GH9A 3KGKA 2DMLA 3BJ5A 4MK3A 4EC0A 5IO2A 3FRCA 5CNWA 3UIWA 1FB6A 1MD4A 1OKDA 2IMDA 1GULA 1ERVA 4MJCA 5ABRA 4I2UA 1NSWA 5AGYA 3NIVA 4Q5RA 2GQKA 2IFQA 5EVOA 5ECIB 3FY7A 2LRTA 1QQ2A 1WWJA 4GSTA 1WIKA 5AIVA 5F05A 3UARA 1WOUA 3BBYA 1M0UA 3IPZA 4I97A 5B8AA 2XBQA 1BYEA 1YZXA 3P7XA 4EE0A 3DMLA 2HZEA 3APOA 4XRDA 5ECNB 5EL8A 4WBJA 3F4SA 3HDCA 1K0NA 3J7Yk 3PH9A 6GSTA 4N10A 1Z6MA 2WDUA 3TJJA 4NXIA 3BOAA 2OACA 2WULA 2VCXA 4NPBA 4MA9A 4WF4A 4IGJA 4Q5NA 4DSRA 1R7HA 2KP2A 4HJMA 4J57E 3ZIJA 2GT5A 2CA8A 2WCIA 1WPIA 4J2FA 2F51A 3VK9A 3KXOA 1GTBA 1GSFA 4MCUA 1YKCA 4POMA 3ERWA 3VI5A 1AC1A 4IJIA 1OVNA 4D73B 1J0FA 5E59A 3LXTA 4KCAA 4EF0A 3RPNA 1DE1A 3FZAA 4ZXGA 4LA1A 2L6CA 2V6KA 1GTUA 4RI7A 1XBSA 1GLPA 2GZZA 1JLWA 4XRAA 1JHBA 3ZVJA 2WRTA 4BPYA 2XBIA 2C3QA 1O8WA 4MLYA 1X5CA 4JBBA 3LGCA 4RUVA 2LJRA 2F8AA 4O32A 2L4QA 1JZDA 2MMOA 1EWXA 2DBCA 4KSOA 3FYGA 4PUAA 3Q6OA 3EU4A 1B9YC 4XS4A 1F37A 3P90A 2N5FA 4EVMA 5CRGA 5J41A 4OFNA 3KTLA 5KN2A 5J4UA 4CDOA 3FZ4A 3LSZA 3D21A 3FR3A 1E2YA 3NOFA 5D73A 5D9XA 5IMCA 1X5DA 2DIZA 1K0CA 4GLTA 1YKAA 1LU4A 2AUVA 1TDIA 2P5RA 3VI7A 2IMKA 1AQXA 4KA0A 1A24A 3H1NA 2B1KA 1R4WA 2LRCA 2DJJA 2I1UA 2M80A 4TXOB 1Z5YE 5G2ZA 1AQVA 2HXKA 4BWQA 1Z7PA 3W8JA 1XCCA 3RDWA 1XOBA 4I2TA 2LV3A 4F0BA 22GSA 4EDYA 2KLXA 2A2RA 4EL1A 3TOTA 3IRAA 3ERFA 3I43A 2FWEA 2REMA 1X0RA 3GKNA 2FWHA 1S3DA 1TRVA 2HRFA 2VD1A 5CRWA 4HU9A 5GZZB 3ZFLA 1HNAA 2C0GA 1ABAA 2EIRA 3D4TA 5G30A 4IKHA 3F0IA 2YWOA 5G5FA 4MPGA 1ZGNA 1O81A 1PKZA 3JCML 4IQ1A 2LS5A 4PNFA 1GWCA 1Z9HA 1GSEA 5DCGA 3QPMA 2YOIA 4XCSA 4ECJA 1WJKA 5IMVA 2AV4A 4P3YB 3EYTA 3U5RE 3QAGA 4V1Ag 11GSA 3MWHA 2HE3A 3PR8A 1GH2A 1TP9A 4PQ1A 1UN2A 2I81A 4HOJA 4GRFA 1ZYQB 3GHAA 1PL1A 3QOUA 3C1SA 2V32A 2MZCA 2VLVA 4ILFA 4V2MA 1PX7A 2K8VA 3ERGA 4WBRD 4TKYA 4XHMA 1BEDA 1A8YA 5ECQB 2A2SA 2O8VB 4YQMA 5COHA 4G9HA 3HVXA 3L9UA 4D73A 4TW5A 1T00A 5DBQA 10GSA 2O85A 5IOWA 1ZYEA 1GUKA 4MF5A 2VIMA 1K0AA 2LTKA 1G0TA 4IQAA 3TJFA 4K7NA 3L9VA 3ZVJD 1X9SB 1SL0B 3QR6A 4ZL9A 2MBTA 1PL2A 4WF5A 3VWWA 1V58A 4KE3A 4KDUA 5D96A 4HUAA 4NHZA 2JL4A 3F6DA 2RLIA 3R2QA 2IMFA 4ULXA 1MDKA 2E2GA 1NM3A 1SD9A 2B5XA 2VL2C 2F3MA 3E3EA 4AJ8A 1XVWA 4AJ6A 5AISA 4PXOA 3ISOA 2VAFA 4YH2A 3EWLA 1NW2A 3ZLPA 1URMA 1MD3A 2IN3A 2HT9A 4TXVA 2YCDA 20GSA 4WR4A 4DSQA 4DVCA 1FHEA 2VL9A 1LJRA 4ML6A 1A2MA 4F2IA 5IIZA 5ECSA 3GSSA 3WGXA 3TKQA 1XW5A 1F3AA 4L5LA 4L5OA 4KW6A 3HZ8A 3DYRA 2YANA 3IK7A 5G31A 4KNDA 5D9TA 3QFBC 2LEGA 2IIYA 3ZRDA 3D5JA 1SU9A 3UEMA 2YV9A 2CVBA 5B6MA 1QUWA 4MF7A 3C1RA 4PGTA 4WETA 3HXSA 4H86A 2NDOA 4FIWA 4X1UA 1JZOA 3IAS2 3CSHA 1XWGA 1Y6EA 3DEXA 3L78A 4K7IA 2DIYA 1M9AA 6GSUA 2H6ZA 4PX1A 1Z6NA 3TJBA 4EDZA 1G6WA 5HFGA 1N2AA 1ACVA 1E6BA 5JCUA 4GCIA 3UBLA 3QAWA 3L0HA 3GTUA 5C04A 2FD3A 2A4VA 1NHYA 4HU7A 1V40A 2VL2A 5ELGA 3O6TA 1GLQA 1GTIA 1YF0A 3PINA 4IVFA 4TVEA 2LQOA 2JACA 5DJLA 4ZB6A 3V1WA 3C71A 2D2ZA 1WE0A 5JCWA 5HFIA 3N9JA 4JRRA 2R6KA 2K8SA 4ZBDA 2AHEA 1VGLA 5IM9A 1FW1A 1XXUA 3QDNA 2YWNA 3ZTLA 1GSYA 4LMWA 4TR0A 1J08A 2VCQA 1YDKA 3BCIA 1HNBA 1FO5A 3TJGA 1UC7A 4ML1A 4KX4A 4LLRA 3J7Yb 1YY7A 2CV4A 2DSAA 4JR4A 3ZFBA 2P5QA 1MTCA 3LYKA 1EGOA 4OCEA 3FZ9A 4F9ZA 1OC3A 2PUKC 3IE3A 3QAVA 1SKWB 2OE3A 3VPQA 3GL3A 5FHIA 4N0ZA 1UA5A 3HCZA 2VLUA 4K0GA 1TK0B 3FK8A 3WD6A 3RBTA 3GX0A 2GZPA 2TRCP 5KN3A 1H4OA 3P2AA 3E0UA 3P8WA 2YWMA 5E4WA 1U6TA 2H73A 3LJRA 2I4AA 2CVDA 2M46A 3E9JB 2KUCA 1FOVA 5J9BA 2GSTA 2X8HA 3TJKA 1Z7RA 1TJDA 2VCWA 1LBKA 4CHSA 4MPFA 3D22A 1QGVA 2B1LA 1GNEA 3GMFA 5HQPA 5CYYA 3LG6A 4TR3A 4K6XA 4MP4A 3KTBA 1EV9A 1K0MA 2IMIA 1XWAA 5CRDA 2H1BA 1M2AA 4BL7A 3RAZA 2H6YA 3NZNA 5ECPB 2PVQA 2C3NA 2VCTA 5JWQB 3M8NA 5IPGA 2ES7A 2YJ7A 2VLTA 1YQ1A 3A2XA 2XPEA 4KH7A 1XWCA 2H30A 1CQHA 2L5LA 3F4RA 5LNKe 1ST9A 4KUNA 2F9SA 2J9HA 5IMAA 3TKSE 3VPTA 5L71A 1K0OA 4IP6A 2X99A 1B9XC 3KP8A 2LNSA 3HJMA 2L6DA 3ME7A 2GT6A 1RQMA 2B5YA 4ECIA 1RK4A 6GSVA 2H1GA 1XIYA 3TRPA 3IBHA 1F3BA 4IP1A 4K8MA 3DWVA 4I8BA 3QD9A 2GS3A 5DALA 1FVJA 3O3TA 1PD21 4ZILA 1NHOA 1F9MA 1GTAA 1SK2A 4TR1B 2OKAA 3ZL5A 1SL1B 1USBA 5GSTA 2LSTA 5G5EA 1YEXA 2E7PA 1TI1A 1T3BA 5IMZA 1ZL9A 2RUEA 2YZHA 3HJPA 3L9SA 2LJAA 2WJUA 5ENUA 3UL3A 2JZRA 1VF1A 2LUSA 3H4KA 1MDIA 2OE0A 3EC3A 1SL2B 1M2BA 5A5KA 5D8IA 2V6OA 4POBA 1EEMA 5G1KA 3FR9A 4KGIA 2HSYA 1M9BA 1BJXA 3G7YA 3HHVA 4GQFA 2TIRA 3DVWA 4BWSA 5CREA 2K6VA 3CRTA 1K3OA 1AIUA 3KJYA 4ZB8A 3ED3A 1SYXA 4G2EA 5HFKA 5F0GA 1ERUA 4IELA 4QL7A 3GSTA 4AGSA 4K1FA 4EXJA 1M99A 1XPVA 2H76A 1R5PA 3DD3A 4OO4A 4QQ7A 3TRXA 4GWRA 5H5RA 1SENA 1K0DA 1A23A 1HQOA 4EUYA 2B7JA 2GVPA 1VF3A 2O87A 3ZYWA 3RPPA 2C0EA 1TOFA 2K18A 1X5EA 5AN1A 4YAPA 8GSSA 3VFIA 1SK0A 4OFMA 2IL3A 2H75A 1EEJA 1TRWA 4K2DA 2ZUPA 3F3QA 2PGTA 2MBSA 16GSA 4EKZA 1V9WA 1PSQA 1QMVA 1XW6A 2E0QA 2B5EA 2DC5A 1H75A 2RM5A 1SKSB 1T7PB 1X9MB 4FYCA 2H70A 2AB6A 4YAVA 3GA4A 3LEFA 17GSA 1EOHA 3F3RA 5DQSA 2GQLA 3HZ4A 4AF2A 2B6MA 2G0FA 2YN1A 3ME8A 3UVTA 4Q5FA 5KEJA 3MAKA 13GSA 3UAPA 4O7HA 5B8BA 3EINA 1U3AA 3EVIA 1B48A 2PWJA 3FW2A 4V2NA 3RHBA 3APQA 4L0UA 1JFUA 4K0NA 3LFLA 3WGEA 1M7TA 2XHFA 2FUG2 1QXHA 1SJZA 4L8EA 1G6YA 3I9V2 1PKWA 2ZNMA 2DLXA 3S9FA 5HR1A 4MF6A 2IPAA 4IW9A 3IAM2 3LWAA 3KZQA 4GSSA 2GQMA 4WXTA 1FG4A 1OKTA 4PUFC 4XS6A 3CSIA 3A2WA 4RI6A 3Q19A 2RM6A 1V98A 3I6AA 1F6MC 2CT6A 5H5SA 2VM1A 1Q4JA 3VWVA 2OBKA 1Z3EA 2C1YA 1WP0A 4ZB9A 3ZIVA 5ID2B 2N5AA 3KH9A 4MJAA 3IOSA 2R4VA 2EIQA 1VF2A 3Q18A 4F03A 3F8UA 3IDVA 4TR1A 1PN9A 1ON4A 1EP8A 1K3YA 3C8EA 4TXOA 4IS0A 4MH3A 2GZYA 3HYPA 2WFCA 3LXZA 4ECCA 4KCEA 1W89A 5DDLA 4MZWA 3M9JA 4JZQA 2ALBA 3QCPA 4PNGA 1HNCA 3GL5A 3GX8A 1A2LA 3K8NA 2BJXA 2C0DA 5CAXA 2L5OA 2L57A 1VRSD 18GSA 1TI3A 4MH2A 2QGVA 3G7JA 5FWGA 1DE2A 2V41A 3ZITA 4BA7A 1XZOA 5ECMB 4G19A 3GUSA 4F82A 4FH8A 2PVOC 3TKPA 1GRXA 4WKWA 4TN8A 2OA7A 2B3SA 1TXXA 2YPMA 4NWYA 1AQWA 3L4NA 5DJMA 3EMXA 3C7MA 1BAYA 1J9BA 1SJIA 4LMVA 3UOMA 4Z7XA 1THOA 2JADA 1ZCPA 2PU9C 2LKUA 3O76A 1GNWA 3KMOA 4EO3A 1S3AA 1I5GA 5J9CA 4MABA 4XS4B 2CAQA 2CZ3A 5IPHA 3EURA 2QC7A 2P0GA 2WGRA 4HQSA 4HJ2A 2X64A 3HJOA 1EV4A 2L59A 3HVVA 2GSRA 2C0FA 3VURA 3TKRA 3GN3A 2H74A 2KP1A 3DKSA 1XVQA 2V2GA 2NPBA 1IYIA 1PQNA 3IHQA 1XW9A 2ZCTA 1ML6A 4NAXA 4ZBAA 1N8JA 4GSNA 4MDCA 1O73A 2F8FA 1EZKA 1ZMAA 5KN1A 9GSSA 5IQYA 1KEBA 4TR4A 3M1GA 1GL8A 4N0VA 1YEPA 2BMXA 3D0ZA 2FWGA 1FAAA 3WT1A 2LQQA 1O85A 2HFDA 4OD7A 2HI7A 4MJEA 3SBCA 2I3YA 3MDKA 3GV1A 2VOCA 2CQ9A 2CVKA 1A2JA 2XC2A 2DJ3A 3GKKA 1TKDB 2AYTA 3EU3A 3VWUA 3CRUA 1KTEA 1O6JA 3FHKA 1KNGA 4PQIA 1QK8A 4HEA2 2PMTA 3MNGA 2B7KA 5IOXA 4KAEA 1WRYA 2KHPA 5A4WA 2R3XA 1ZZYA 4PQHA 2R5GA 4NMUA 1GSSA 3DVXA 1GSUA 4L0WA 2DJ0A 4QL9A 3GFKA 5ELAA 1GUMA 5FT3A 3UBKA 3TKSC 1TK5B 2HNLA 1A8LA 2HSHA 2V1MA 1M2DA 1JZWA 1YJ6A 5AIXA 6GSYA 4ACSA 1OC9B 1SJ6A 1UVZA 3A2VA 4E8HA 3U6VA 5DCHA 4GXZA 1V2AA 2XPDA 1GSDA 1K0BA 3BCKA 2DJ1A 5LD0A 5ID2A 4HS1A 3H79A 4KDXA 1TTZA 1R5AA 2GSQA 3KCMA 3CXGA 4HDEA 2H01A 4POLA 4GTUA 1SD8A 3QFAC 1PA3A 1U3IA 5IMDA 4IJ3A 3M3MA 5HR2A 3HKRA 2YWIA 3DGQA 3ZMLA 4YQUA 4FO5A 3A3TA 4GQCA 2VD0A 2JZSA 2VUPA 1TK8B 1W4VA 4JR6A 3GH6A 3FZ5A 2IWTA 3PGTA 3QMXA 2YV7A 4OCFA 5IO0A 2I9HA 3CTFA 5KN0A 4NV2A 2O89A 5F8BA 2BTOT 4XTSA 1SYRA 1AW9A 4RQRA 1PMTA 3C73A 4IBPA 4I6XA 4G10A 2C8UA 1WMJA 4LL4B 2FA8A 2RIIA 1MEKA 2FHEA 2DJKA 4TRXA 2C3TA 4IN0A 1BG5A 2VCVA 2PN8A 1XWKA 4KB3A 4CW9A 4WEYA 5CO3A 3ZMKA 2CX4A 5ECHB 4LL1B 3TKSA 1IYHA 5DQYA 2X8GA 2KOKA 2H8LA 3M9KA 3CBUA 5EY6A 3KM6A 3MSZA 4JE1A 3EMPA 3OR5A 3N5OA 1AAZA 14GSA 2FY6A 3ZZXA 4JU5A 5J3RA 1BQ7A 3LORA 2H1DA 2LJKA 2OE1A 4OO5A 1DSBA 2YJHA 2DMMA 2AJQB 3D4MA 4NHWA 2HLSA 3DXBA 1GP1A 5CP1A 2GSSA 3KMNA 1T1VA 2FCHA 2NTOA 4IHUA 1X9WB 4K9ZA 2WS2A 3VLNA 1GUHA 3G9BA 3ZREA 2IMEA 4ID0A 1C72A 2EC4A 2H71A 2G2QA 3M0FA 3WYWA 2E2MA 1XFLA 3UVHA 5DAKB 2GGTA 5ECLB 1THXA 3WGDA 3TB2A 2JSYA 1T4YA 2AAWA 3GYKA 1RW1A 2C4JA 4V1Ap 4HI7A 3H8QA 2FLSA 2GDRA 5JWRB 3UMAA 5GAND 3IK9A 2MMZA 2ON5A 1XWBA 2C80A 2FNOA 4OFTA 4ZL8A 4ECBA 4KDYA 1B4QA 4POKA 1OE7A 1TRUA 3HY2A 3CYNA 2VL3A 3GTUB 1TU8A 1O7UA 3FKFA 1AXDA 2LRNA 4GF0A 1OC9A 5GAPD 4MJBA 2H72A 4X43A 3GRXA 2WZ9A 4V2LA 6GSSA 3HA9A 2IJYA 2JU5A 4HZ2A 4BVYA 3VWXA 2H66A 4Q5QA 5LCZA 4DSSB 2MYGA 4JEDA 5ECRB 3F9UA 5JWOB 4K7OA 3CMIA 2GLRA 3GKXA 2HRNA 1ERWA 4TOPA 3RHCA 3I69A 1OE8A 4OWYA 2L4CA 1U87A 3KIJA 5ECOB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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