3E9JB

Structure of the charge-transfer intermediate of the transmembrane redox catalyst dsbb
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
188
structure length
188
Chain Sequence
AQYEDGKQYTTLEKPVAGAPQVLEFFSFFCPHAYQFEEVLHISDNVKKKLPEGVKMTKYHVNFMGGDLGKDLTQAWAVAMALGVEDKVTVPLFEGVQKTQTIRSASDIRDVFINAGIKGEEYDAAWNSFVVKSLVAQQEKAAADVQLRGVPAMFVNGKYQLNPQGMDTSNMDVFVQQYADTVKYLSEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
publication title Preparation and structure of the charge-transfer intermediate of the transmembrane redox catalyst DsbB.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thiol/disulfide oxidoreductase DsbA
total genus 54
structure length 188
sequence length 188
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 1.8.4.-:
pdb deposition date 2008-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF01323 DSBA DSBA-like thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3e9jB00
1FW1A 4GCIA 5CRGA 1EV4A 1QUWA 4J56E 1XWKA 3ZVJA 1WWJA 4JBBA 4IJIA 1YZXA 3M3MA 3O3TA 3FK8A 3EMXA 5E4WA 3NZNA 4D73A 2MMZA 1N2AA 4LMVA 3HZ8A 2J9HA 3M9JA 4FIWA 2LNSA 4HUAA 22GSA 1F3AA 2H6XA 2RUEA 2WJUA 3HD5A 2JACA 5IMZA 1XWCA 4XS4B 4IKHA 1TDIA 1K3LA 1ZCPA 2DIZA 5GAND 2PMTA 1S3AA 1LBKA 7GSSA 1V9WA 3F3QA 3LJRA 1M9AA 5JCGA 3KH7A 1NHOA 2GZPA 2HT9A 1ERTA 2JZSA 1NHYA 3WGDA 2DMLA 4KB3A 4K7NA 3DYRA 4MMMA 2EIQA 3ZFBA 5HFKA 4JR6A 2VL2A 4ZXGA 2OA7A 1W4VA 4LL4B 2B5YA 4EXJA 3QAGA 5KEJA 4ZBAA 4KCAA 4IP6A 2H0HA 5CAXA 2DMMA 5FHIA 4ZL9A 2FGXA 3CBUA 4Z7XA 3TJGA 1B4QA 2FNOA 2X8CA 2M46A 1PN9A 1GRXA 2KOKA 1BYEA 2CA8A 5F07A 1IYIA 3HHVA 1XW5A 1XVQA 2IN3A 1O81A 4MJAA 1U87A 4POKA 2E2GA 2R37A 1TTZA 4WF5A 4YQMA 2IMEA 4POBA 1PQNA 4XRDA 4YQUA 3J7Yb 5F06A 5FT3A 4MJCA 1PGTA 4OO4A 2B7JA 1ABAA 4ILFA 2OBIA 2CZ3A 2RIIA 1JLWA 1SK0A 1SK2A 2PN8A 3DXBA 3FZ5A 3FR9A 2PVOC 2DC5A 2P5QA 2LQOA 1EGRA 2LRNA 5D9XA 1EWXA 1O85A 3E0UA 4IS0A 2L6DA 3ZFLA 4NHWA 1OVNA 3G7IA 3VWUA 2XBQA 1TKDB 1FVJA 2NVLA 4TR1B 3NIVA 3VI7A 1A2JA 1SYXA 1SL1B 1DSBA 3H1NA 4MZWA 4KX4A 1K0MA 4L5LA 2DIYA 1T1VA 1OC9B 5AIVA 3KTBA 1A8LA 1V57A 2OE1A 2WCIA 4GSNA 1KNGA 2PGTA 1AQWA 3KTLA 2CVBA 3F6FA 5JWQB 5J41A 1VRSD 3GTUB 3QR6A 3WT1A 1BX9A 1OAZA 1WPIA 4F2IA 2MMAA 5CYYA 3ZMKA 4I97A 1T4ZA 1K0BA 5D9WA 2VL9A 4X0XA 3HA9A 1PL2A 1AUCA 4MP4A 5CNWA 5GZZB 1XIYA 3GYKA 3G7YA 4K7IA 4TR4A 5ECSA 2FWGA 3UBKA 3CYNA 1YKCA 4ZILA 3GA4A 2VM1A 19GSA 4Q5FA 3TGZA 2YOIA 3TOUA 4ZIJA 5ECHB 3FZ4A 4I2TA 2B1LA 2IWTA 2LS5A 20GSA 3BJ5A 3KZQA 4X43A 4EO3A 5G31A 1M2AA 4RQXA 2IJYA 2VLVA 2YJHA 2LRCA 2BMXA 2HRFA 2C3NA 4JR4A 1F9MA 2X8HA 4GSTA 5EVOA 4LLRA 1X5DA 4NXIA 5ECLB 3CXGA 1DBYA 5IMFA 1ZMAA 3DMLA 5INYA 4ECCA 1F37A 5CP1A 2AB6A 1K0DA 3PGTA 13GSA 1U3AA 2VCVA 1AW9A 1EP7A 5ECKB 3D4MA 2GDRA 1KTEA 1GL8A 1X5CA 3TB2A 3EC3A 1K3OA 2O8VB 3GFKA 1A23A 3E3EA 2LTKA 1G6YA 2R4VA 5EL8A 4HS1A 1V40A 5JCUA 2AUVA 4PQIA 3GH9A 1UN2A 1BJXA 2E0QA 3U5RE 5FWGA 2H0IA 2VLTA 5AIXA 2LRTA 2H70A 5JWRB 3FZ9A 4ZBBA 3WGEA 4NHZA 2HXKA 4IP1A 3MAKA 4JE1A 2C3QA 6GSSA 1TU8A 2F51A 1ILOA 2HE3A 3EWLA 3VPTA 4NPBA 1PSQA 4WKWA 6GSVA 2WB9A 1X9WB 4XS1A 1GUMA 3KP9A 4QL9A 3TCOA 3JCML 4F0CA 2KHPA 2OE3A 3F4TA 1O6JA 1E6BA 3D21A 1Z9HA 4I8BA 3IK7A 14GSA 1DE1A 1M2BA 4V2LA 5ID2B 2HSYA 3P2AA 3RAZA 5A5KA 3J7Yk 3IHQA 5HQPA 1CQHA 4I6XA 2FA8A 3QPMA 1H75A 2VL2C 3IAM2 1GUKA 3UMAA 4MF6A 2L4QA 1Q98A 3Q18A 4TKYA 1YF1A 4L0UA 1X5EA 1THOA 1TK5B 1BQ7A 3HKRA 1T4YA 4AJ6A 3D22A 3FR3A 2IL3A 3BOAA 4PX1A 3LYKA 4HOJA 4KDUA 1AQVA 1QK8A 2IFQB 2LV3A 2ON7A 1MEKA 4BPYA 2X64A 4IVFA 3H4KA 3APSA 1USBA 2EIOA 3RDWA 4JU5A 2K6VA 5B7CA 1FB0A 1YEPA 4TXOA 2MBSA 2YWIA 3DIEA 1GSYA 4E8EA 4MH2A 2VUPA 3D4TA 4IQ1A 5HR0A 3VURA 3IAS2 3HJPA 1X0RA 3A5WA 4FO5A 4PUAA 5D8IA 3I43A 3KCMA 1Y6EA 3R2QA 4PGTA 2DSAA 3F9UA 2P31A 1WJKA 2MZCA 2F8AA 4K9ZA 3I69A 5DAKA 3HCZA 3VWXA 2JSZA 1QGVA 1SENA 1RK4A 1QQ2A 3RPNA 2HI7A 3TRPA 3HDCA 1QMVA 1O8WA 3ZL5A 2DJJA 3C1SA 3W6GA 4TW5A 5CRWA 4DSSB 1PX6A 4BL7A 2JL4A 2FLSA 2OBKA 2B5XA 2V6OA 1DE2A 1R26A 5DCGA 4K8MA 2I4AA 4QQ7A 1GH2A 1M99A 3TKRA 3ED3A 1A2LA 2YWOA 1F6MC 2LEGA 3C7MA 1JZWA 2GGTA 3HVSA 2VLUA 2PPTA 3ZRDA 3WGXA 2YZUA 1GSFA 1UC7A 4KW6A 5IMAA 3ISOA 1G0TA 5B6MA 3H79A 3WD6A 1OYJA 4YAPA 3FY7A 1KBNA 1GULA 2DJ3A 4HU7A 2XHFA 1ERUA 1PL1A 1XW6A 3G7JA 4YAVA 4YH2A 4G19A 5J3RA 4WBRD 3PR8A 3LXTA 2V32A 3TDGA 2F3MA 3GSTA 4ISDA 1PRXA 1TRUA 2TIRA 3HY2A 6GSUA 8GSSA 1PD21 2H1DA 2YP6A 3F4SA 4G2EA 4TR3A 4FYCA 1I9DA 3GUSA 2E7PA 1FOVA 2L4CA 1AC1A 3K8NA 3DVXA 4P3YB 2JZRA 1K0OA 2YWNA 4IGJA 1W89A 1K0NA 2YCDA 1HNAA 2FHEA 2C80A 2H30A 2WDUA 5F0GA 2ES7A 1WP0A 2A4VA 1GTUA 2MBTA 3FHKA 5DALA 2X99A 4OFNA 5A4VA 5J9BA 4G10A 1SD9A 3TKSA 4POLA 4GQCA 4GRFA 2GLRA 2OJLA 2C4JA 3GL5A 4J2FA 3CTGA 1VF1A 2B6MA 3TJJA 2BTOT 2FWEA 4ML6A 1G7OA 3VI5A 2H75A 2LJAA 4DVCA 1Z7PA 2NTOA 1U88A 4OFTA 5B6NA 5H5RA 2YZHA 4OCEA 1ERVA 4TR0A 4CW9A 2H66A 3BCKA 3HYPA 2H19A 2YJ7A 3AY8A 1FO5A 4V1Ap 2GZYA 5A4UA 2H8LA 4NV5A 1URMA 2LJKA 5GSTA 1A0RP 2DJ1A 1EOHA 1GSDA 1K3YA 5LD0A 3UEMA 4EDZA 4WETA 4MPFA 2XC2A 3P8WA 3EE2A 2AHEA 1ML6A 3APQA 2P5RA 1LJRA 4V2MA 2B5EA 16GSA 4KSOA 4MABA 4KH7A 2CVDA 4IJ3A 2CAQA 3GURA 4IELA 1V98A 4MLYA 1S3DA 3EU3A 4D73B 2NPBA 2CT6A 1V58A 2HNLA 2G2QA 1GWCA 2YANA 3O76A 5DQYA 4FYUA 4BWQA 4RI6A 4KA0A 2VO4A 5CO3A 11GSA 4AGSA 2PWJA 3IK9A 2WGRA 2GSQA 3ZMLA 2XBIA 4MZBA 4K0NA 4KCEA 1V2AA 1YQ1A 3QAVA 1FB6A 2ALBA 5IOWA 3F3RA 1FHEA 3GX8A 1SJ6A 3GKKA 3KMOA 3DRNA 5CREA 5GSSA 4KE3A 1EOGA 4GLTA 2RM5A 1HD2A 4ID0A 1KEBA 1GSUA 1VF2A 4KDXA 5COHA 1ZOFA 3CSIA 2I81A 5GAPD 3RPPA 2VAFA 2LUSA 3C71A 1JLVA 4AJ8A 5KN3A 3P90A 4J57E 4LA1A 1EV9A 4MF7A 1O73A 4GSSA 3DEXA 4PQ1A 1SKRB 3UVHA 3TRQA 1G6WA 1WOUA 5B8BA 5ELGA 1OKDA 4WF4A 1PKWA 2RM6A 2OE0A 1ERWA 3LYPA 4KDYA 3RBTA 2YN1A 3DD3A 3GKXA 4N30A 3V1WA 2L5LA 4GTUA 2NDOA 5IIZA 2OKAA 3FYGA 2GSRA 4WR5A 2M72A 4LL1B 3A2WA 2OACA 2VCXA 1A2MA 2MMOA 3ZTLA 2GQLA 6GSYA 3N9JA 1MD3A 2M80A 1B9XC 2WS2A 3HZ4A 5CRHA 1R7HA 3FR6A 2YPMA 4PQHA 1OKTA 4EKZA 1XZOA 1MTCA 2N5FA 2PERA 4GQFA 1TJDA 1XW9A 4F03A 2JZTA 2VCZA 1C72A 1CQGA 3UVTA 3HJMA 4O7HA 5F8BA 2VCTA 1GTBA 3UBLA 4RI7A 5DJLA 3ZZXA 1B9YC 4BWSA 2A2RA 3KXOA 3F8UA 4MPGA 2HFDA 5D9TA 3PH9A 2ZCTA 2HZEA 4Q5RA 2H1AA 3O6TA 3SWLA 1J08A 4OMVA 3CRUA 1XVWA 1EEMA 3GIXA 5J9CA 3HXSA 1YF0A 3C8EA 3DGQA 3QOUA 2C0DA 2HYXA 5ABRA 2RUFA 3IR4A 4AJ7A 2H0GA 5IMCA 1ON4A 4V1Ag 3LG6A 1GNWA 4L8EA 2PUKC 1S3CA 1JZDA 1XXUA 1E2YA 3L4NA 5HFIA 3MDKA 5D73A 2BJXA 2ON5A 1T8EB 2V41A 5ELAA 4PUFC 3GL3A 3Q74A 5IMVA 3GX0A 4HEA2 4LMWA 5B8AA 4XS4A 5D96A 3SBCA 3EVIA 3I9V2 2DJKA 2B3SA 3IE3A 4OD7A 4YQVA 3QAWA 4MJBA 4ZBDA 1AQXA 2QSIA 1GSEA 3LXZA 4HI7A 1YDKA 3A2XA 2K8VA 2Z9SA 2P0GA 2H71A 1UVZA 2GVPA 1PKZA 4KSMA 2IMKA 4O32A 2FWHA 3EU4A 3EMPA 3MNGA 2KP1A 3GKNA 3QMXA 4QL7A 3LFLA 5IOXA 4Q5NA 3ZIVA 1G7EA 3BCIA 1YKAA 3DWVA 4IN0A 1WE0A 1R5PA 2H73A 2MMNA 1TXXA 2H1BA 1ZZYA 2NBSA 2K18A 1PMTA 2R2JA 2R5GA 2CVKA 5KN1A 1XFLA 2O7KA 4HZ2A 2R3XA 1TK0B 2LSTA 2HLSA 1PX7A 2V2GA 4MK3A 1GLPA 4ZB9A 3FRCA 2FWFA 5G5FA 2WFCA 3LGCA 4ACSA 2EIRA 3IDVA 1WRYA 4FYBA 5ENUA 2IPAA 4OWYA 1HQOA 3KH9A 3D0ZA 2L59A 2JADA 5ECRB 1B4PA 4ZB8A 3TRXA 4TRXA 2I9HA 1A0FA 4EE0A 2F8FA 3ZVJD 4OCFA 3I6AA 4XIHA 4K2DA 4ULXA 5ECQB 4MCUA 3RHBA 4IHUA 4ML1A 3GRXA 5ECNB 1GUHA 1N8JA 1IYHA 5J5NA 4N0ZA 3PINA 4G9HA 2YV9A 4K0GA 3TJKA 1VGLA 3UARA 4ECIA 1Z7RA 2HSHA 4BVXA 4TR1A 1J9BA 3Q6OA 2V6KA 3FZAA 4MF5A 3WYWA 1J0FA 1TRVA 3UIWA 2L6CA 1OC9A 1A8YA 2C0GA 4GF0A 3LSZA 3RHCA 1GTAA 4XRAA 3WT2A 1GNEA 4EF0A 2VD1A 1XWAA 3IA1A 3GTUA 1GP1A 1EZKA 1FAAA 1NM3A 2CAIA 5ECOB 2TRCP 4V2NA 4MA9A 5IPHA 2D2ZA 3UOMA 2TRXA 3LQ7A 5A4WA 1XWGA 5J4UA 4HDEA 2H74A 4XHMA 3GV1A 3CSJA 2CX3A 5ECPB 4DSQA 1I5GA 1H4OA 1ST9A 1U3IA 3OR5A 4TXOB 2FD3A 2L5OA 4HQSA 4NWYA 4XTSA 3VLNA 3TKPA 5AGYA 1TU7A 4DEJA 1EGOA 1SJIA 2IIYA 1X9MB 3L0HA 5G1KA 2VM2A 3QFAC 5ECMB 4E8HA 2LKUA 4X1UA 2QC7A 2H01A 3Q19A 5AN1A 1TOFA 3KD0A 4EUYA 4TVEA 3IC4A 1Z5YE 3GNJA 2PU9C 5DAKB 2DJ2A 5LCZA 3IBHA 1GSSA 4PNGA 4NMUA 4O5RA 5JWOB 3L9UA 4I5QA 3UL3A 3ME7A 4H86A 4KUNA 1TP9A 4CDOA 1DUGA 2KP2A 3D5JA 3MSZA 2OADA 4PNFA 1TRSA 2AYTA 3HVXA 3N5OA 2C1YA 3TJFA 5ECIB 2FY6A 1TRWA 2LNTA 6GSXA 3F4RA 1ZYEA 5JCWA 3FW2A 4K7OA 5F05A 1HYUA 1Z6MA 3TOTA 2GZZA 1F2EA 1OC8A 5H5SA 1SL0B 2WRTA 2QKEA 1MDKA 3IRAA 1XOBA 2GS3A 5IQYA 5D93A 1FVKA 1SL2B 2L57A 3TUEA 5CRDA 3ZYWA 3L78A 1ACVA 4DSRA 5G2ZA 3GMFA 3ZLPA 1RW1A 2DJ0A 1TK8B 2AJQB 1B8XA 3ZIJA 4FH8A 1GTIA 4KNDA 5DDLA 1ZGNA 3KIJA 4TN8A 1AAZA 3QD9A 3VWVA 3CMIA 3VPQA 2WZ9A 4XS6A 2VD0A 4CHSA 3U6VA 12GSA 2HRNA 5DJMA 5E59A 2H6ZA 1Y25A 5ID2A 1O8XA 5HFGA 2GQMA 6GSWA 4HQZA 2IMDA 3ERGA 4HJMA 1VF3A 2C8UA 3VK9A 3LWAA 3BBYA 1AIUA 3W8JA 5G5EA 3P7XA 3M9KA 2GSSA 4NV2A 2K9FA 1T3BA 3DKSA 1JHBA 3IXRA 2X8GA 2QGVA 1F3BA 2VL3A 1JZOA 5IO0A 4EC0A 3S9FA 4IQAA 1XOAA 4Q5QA 2VCQA 3VFIA 2R6KA 5G30A 1R5AA 3FEUA 4F9ZA 1JFUA 2O85A 5IPGA 2DBCA 4HZ4A 4KAEA 1SYRA 2FUG2 5DALB 2FCHA 4WBJA 5L71A 4PURA 3QDNA 3KMNA 4MJEA 2N5BA 3CSHA 3GH6A 2GT6A 1AXDA 4ZL7A 1K0CA 1WMJA 2IFQA 2ZNMA 2J23A 1QXHA 4TOPA 1MDIA 1THXA 3A3TA 2C0EA 4EDYA 3APOA 1HNBA 2MYGA 1MD4A 2IMFA 3ZREA 2PVQA 2B1KA 5IM9A 1UA5A 2IMIA 3EYTA 4F82A 1ZYQB 5KN2A 2YV7A 1T00A 3C73A 4IBPA 1M9BA 3ZITA 1TI3A 5C00A 5IMDA 1XBSA 3E9JB 4RQRA 3QFBC 4XCSA 1YEXA 2REMA 4ZB6A 2PBJA 3M0FA 3D6IA 4BA7A 3L9VA 4POMA 4F0BA 2I3YA 3C1RA 3UJ1A 3FKFA 18GSA 1VF4A 3W8SA 3MWHA 4GWRA 4GXZA 4DSSA 4L0WA 2V1MA 3KJYA 4N11A 2RLIA 3DVWA 4AF2A 5DBQA 3CRTA 2E2MA 1Z6NA 2VOCA 1Q4JA 2EC4A 3EINA 4K1FA 1NSWA 2B7KA 1M2DA 10GSA 3H8QA 3F63A 1GLQA 2I1UA 4MZCA 3GN3A 1NW2A 5DVBA 1OE8A 2K8SA 4PXOA 3GHAA 4ZL8A 1SJZA 4JZQA 1YJ6A 2GSTA 4NAXA 3TKQA 1GSQA 4WR4A 3EURA 3LEFA 1XWBA 2AAWA 2GTUA 1XCCA 4IW9A 4ECBA 1SU9A 2KLXA 5C04A 1BG5A 2CZ2A 1K0AA 2O87A 4EL1A 4KGIA 5HR3A 5DQSA 3GSSA 4I2UA 2CV4A 2G0FA 3US3A 3HVVA 2H1GA 3TKSC 2VIMA 3LORA 6GSTA 5EY6A 4K6XA 3BD2A 5DCHA 4TXVA 17GSA 2FA4A 5IO2A 3ERFA 4RUVA 3KM6A 4HJ2A 1ZL9A 1BEDA 2YWMA 4JEDA 3ERWA 3M1GA 5D9VA 4O92A 2F9SA 1LU4A 2DLXA 4L5OA 2GQKA 5G1LA 1M7TA 5HR1A 2C0FA 3IPZA 3ME8A 3NOFA 2H72A 1XPVA 4MH3A 5H5QA 4N10A 3IOSA 5KN0A 3M8NA 3F6DA 3UAPA 4N0VA 2VCWA 4ECJA 1JZRA 1RQMA 3G9BA 2N5AA 3GKMA 1O7UA 1TW9A 2A2SA 2XPEA 1FG4A 2C3TA 1SKWB 5LNKe 3A2VA 5EPFA 2YNXA 1M0UA 2CX4A 5HR2A 1YY7A 2JSYA 2WULA 2KUCA 1QFNA 1X9SB 2ZUPA 1T7PB 4JRRA 4MDCA 1U6TA 2GT5A 2LJRA 3KGKA 1EEJA 1B48A 3VWWA 3CTFA 9GSSA 3QCPA 1SK1A 1PA3A 1SD8A 1MDJA 2HZEB 2H6YA 2XPDA 4OO5A 3TJBA 2LQQA 3HJOA 2CQ9A 2AV4A 3KP8A 1A24A 3L9SA 4WXTA 3F0IA 5AISA 4WEYA 1R4WA 1WIKA 3H93A 1HNCA 4OFMA 1OC3A 2JU5A 1OE7A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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