3KEBA

Thiol peroxidase from chromobacterium violaceum
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
EDFWVQYGDEMLPVIGDFPRKGDYLPSFMLVDDQKHDAALESFSHTPKLIVTLLSVDEDEHAGLLLLRETRRFLDSWPHLKLIVITVDSPSSLARARHEHGLPNIALLSTLRGRDFHKRYGVLITEYPLSGYTSPAIILADAANVVHYSERLANTRDFFDFDAIEKLLQEGEQQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Probable thiol peroxidase
publication title X-ray crystal structure of thiol peroxidase from Chromobacterium violaceum
rcsb
source organism Chromobacterium violaceum
total genus 55
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2009-10-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kebA00
2MYGA 4ISDA 2MZCA 4EO3A 1AIUA 1A8YA 2K9FA 3KIJA 4KAEA 3GX8A 1UC7A 3G7YA 1KEBA 2FY6A 2VL2C 2JSZA 2VO4A 2DLXA 2FWFA 3WT1A 3MDKA 3TKPA 5IO0A 2O89A 2H0IA 4I8BA 3ZIVA 1GUMA 3FRCA 2HRNA 4FH8A 2J23A 2HXKA 1EP8A 4LLRA 4PQIA 3VI7A 1ST9A 2KUCA 2OA7A 1XFLA 5KEJA 1RK4A 2VCXA 2FUG2 2K8SA 2PMTA 3GMFA 2FD3A 3IK9A 2B5EA 4XS4A 5DVBA 4GRFA 1OKTA 3LQ7A 5ECMB 5ECNB 1WJKA 3M1GA 4JRRA 3GRXA 2MMNA 2X64A 3I9V2 4F2IA 5HFKA 3VFIA 2B5YA 2DMMA 1YF0A 5A4UA 4OFNA 2VL2A 2LNTA 3CTFA 1O85A 2K8VA 2H73A 2WZ9A 1DE2A 1ILOA 2ON5A 2HT9A 4MZBA 2CZ3A 3IPZA 2B7KA 4MA9A 3R2QA 5F8BA 3E0UA 4FYUA 5IO2A 3GL3A 4V1Ap 2L6CA 2H70A 3FYGA 4O5RA 1YZXA 2WGRA 1JFUA 2YV7A 4DSSA 5C04A 4EF0A 4I2TA 5ENUA 3IOSA 2X8HA 1NHOA 3V1WA 4EDYA 1UN2A 3G7IA 1JZOA 4I5QA 1OC8A 3KH9A 3CYNA 4HEA2 1V40A 2VCZA 3D22A 5F06A 1GSSA 2R6KA 1SL2B 2GQLA 5ECRB 5IPGA 5EY6A 2M72A 2O7KA 1TK5B 4TR1B 2HLSA 2XBIA 3APQA 5ECPB 4H86A 4DEJA 4WR5A 2AV4A 3I43A 2V2GA 4IBPA 1EWXA 1HD2A 1SL0B 1K0BA 4XCSA 5ELAA 4PUFC 4EC0A 1F37A 4HQZA 5B8BA 1SK2A 3N9JA 3GYKA 1SYXA 1XOAA 5ECKB 2LTKA 3Q19A 5HFIA 5KN3A 2C4JA 4GCIA 1YEPA 2V6OA 4GWRA 4TKYA 4DVCA 1VF1A 1GLPA 2VLVA 3EWLA 5HQPA 1ZYEA 2C3TA 3LGCA 2OKAA 1AAZA 4LL1B 1EOGA 1QK8A 1PX7A 4ML1A 3ZFBA 3D0ZA 3PINA 1J9BA 1XWKA 3ED3A 5LD0A 1T3BA 1U3AA 1FAAA 5B6NA 1FB0A 2Z9SA 2KP1A 3IBHA 1Q98A 2R5GA 5ECOB 2PVQA 3CBUA 1IYIA 2B3SA 2GGTA 2GT6A 3C8EA 1GTUA 2XPEA 1G6YA 1PQNA 3EINA 5JWOB 1KNGA 2FLSA 1SK0A 4ZBAA 3FKFA 2HNLA 2LS5A 2B7JA 2A4VA 5EVOA 4XIHA 17GSA 1A24A 5B6MA 2H0HA 4IW9A 3HDCA 1TKDB 2GSSA 1GTAA 1THOA 5DAKB 2JZRA 4V2NA 2REMA 4OO5A 2JADA 2ZUPA 1HNCA 1ABAA 2O8VB 2H66A 4NXIA 1EOHA 2C0FA 1PGTA 2JU5A 3EURA 4MH3A 3TJBA 1KBNA 4MPFA 5DCHA 2LRTA 3GA4A 3KH7A 5G2ZA 2G0FA 5ECHB 4NHZA 4HDEA 2L57A 4L0UA 2EIOA 1HNAA 3GN3A 2YOIA 1NHYA 4K0GA 5ECLB 4YAVA 3FEUA 4LA1A 2C0DA 2VUPA 2L5OA 4X0XA 5JCWA 2TIRA 3HCZA 4HZ2A 4K9ZA 3TJKA 4LL4B 3U6VA 2GSQA 4IP1A 1SKWB 3A2VA 1ML6A 1HNBA 4GSNA 1B9YC 3CRTA 1M2AA 3IC4A 1TK8B 2DMLA 4AJ8A 2MBTA 2YJ7A 5JCGA 4QL7A 4IHUA 4WKWA 5CYYA 1GL8A 4KCAA 4MP4A 1XWAA 4NV5A 4JEDA 3QMXA 4OMVA 2LJRA 2YNXA 1BAYA 3KZQA 3IXRA 5H5QA 1QQ2A 1XW5A 4MF5A 3F6FA 2I3YA 1U3IA 2IFQA 3PH9A 3RPPA 3UBLA 3WYWA 1MDKA 3UOMA 2H6XA 3GUSA 1OC9A 5INYA 1TW9A 2B1LA 3MWHA 4IQAA 3VWXA 1SU9A 5D9WA 4GSSA 2VOCA 2LJKA 1VRSD 1Q4JA 1WP0A 4JR6A 3A5WA 2LQOA 1QXHA 2MMAA 1M2BA 2IN3A 1SD8A 2H0GA 1VGLA 4MLYA 2XHFA 1LU4A 1V57A 4WETA 1V98A 1YY7A 1SENA 2DJ1A 4ACSA 2M80A 5J9BA 5ID2B 2EIQA 5DJLA 2VLTA 2WCIA 2VL3A 5D73A 4GTUA 1JLWA 1JZWA 3CTGA 3HVSA 4CDOA 3I69A 4JZQA 4ZBBA 4HJ2A 4XTSA 1FG4A 2KHPA 5J3RA 1XVQA 2DJJA 4MMMA 3GKKA 5AIVA 5IM9A 2PN8A 3IHQA 4XS6A 5HR1A 2IWTA 3D21A 5ABRA 2F8AA 1PKZA 6GSVA 4NAXA 2E2GA 3CRUA 1XXUA 5E4WA 3HXSA 4ZB9A 1VF3A 4EE0A 2HI7A 1M9BA 5CRDA 3J7Yk 2LUSA 3BCKA 1S3AA 3GV1A 1GNEA 4BWQA 4J57E 4L0WA 5J41A 2LEGA 2YWIA 3GKNA 5CO3A 2V32A 3BOAA 5G30A 1F6MC 4F0BA 3L9SA 4CW9A 2ES7A 6GSTA 1WPIA 3S9FA 1EP7A 5G5EA 2CT6A 2PPTA 4L5LA 5AN1A 2L6DA 1FO5A 2YCDA 3TOUA 1Z7PA 1VF4A 4Q5FA 2OBKA 1W89A 9GSSA 1T8EB 4TXOA 1X9WB 4PGTA 3C1RA 3VWUA 3CXGA 1SL1B 3IRAA 3HA9A 2PVOC 3HKRA 1OC3A 3EMXA 5DALB 3DKSA 3VLNA 4WBJA 1X9SB 2CQ9A 3HVXA 4G9HA 3UVHA 4IKHA 5GAPD 3H79A 1XIYA 1XOBA 1M0UA 4K7IA 5KN1A 3VURA 1TI1A 12GSA 3EU4A 2LQQA 3KCMA 1ACVA 2X8CA 2L5LA 5GSSA 1NW2A 4ECIA 4POBA 1TJDA 1ZCPA 4N30A 3KEBA 4HI7A 3C1SA 4IP6A 2HZEB 3HZ8A 3FZ9A 1TI3A 2ALBA 4TVEA 2GZYA 3L78A 3ZREA 2N5FA 5DQSA 3NIVA 1TTZA 1DE1A 4K0NA 3H1NA 5CNWA 4XS4B 3H8QA 4MF7A 5G1LA 1JLVA 1M99A 3VWVA 4WF5A 3GHAA 3ME7A 2OACA 4ZL9A 4F03A 1C72A 3GKMA 3U5RE 1MEKA 1OE7A 1GSEA 3UAPA 2H76A 5CAXA 2IMEA 5G5FA 4O32A 4EUYA 1YJ6A 2YP6A 1O7UA 2F8FA 3ERGA 4ZILA 3FY7A 4MABA 1TRWA 4AF2A 4WEYA 4IVFA 3LWAA 3PR8A 3TKSE 3RBTA 1G7OA 4HU9A 1GTIA 2WB9A 4D73B 3DGQA 4L5OA 5JCUA 1WE0A 4KUNA 3ZFLA 1GSFA 1R7HA 4JBBA 1R4WA 2OJLA 2HYXA 1Z3EA 1SKSB 3JCML 2GVPA 3CMIA 1W4VA 2MMZA 1X0RA 14GSA 4DSSB 1WOUA 4MJBA 2XBQA 2RUFA 2YWNA 1GSYA 1XZOA 4ZB6A 4POMA 4ULXA 4NHWA 4YQUA 4TR3A 1DBYA 4HOJA 1F2EA 4XS1A 3F4SA 1LJRA 4G10A 1DUGA 3TB2A 1TU7A 3RHCA 1V9WA 3HYPA 2H01A 1Z5YE 4TW5A 4HS1A 3ZLPA 1K3OA 2N5AA 4POLA 2PUKC 1H75A 3IAS2 4X1UA 2FA4A 2B6MA 5G1KA 3G7JA 2VCVA 4MZWA 3RPNA 3LYPA 1ERUA 3CSIA 3O3TA 3FR6A 4K8MA 3DEXA 3TUEA 3DIEA 2JZTA 2NTOA 4P3YB 2H19A 2LKUA 4KSOA 4ZL7A 4J2FA 3DXBA 1XWGA 6GSYA 2CX3A 1UVZA 1ZMAA 6GSUA 2C0EA 2H6YA 3LXZA 4KCEA 3KP8A 5A4VA 4GF0A 16GSA 2P5RA 5EPFA 2GTUA 3ZTLA 2GS3A 1HQOA 3EYTA 3P7XA 1X9MB 2TRCP 3AY8A 3DMLA 2AAWA 2H1GA 4O92A 2E0QA 3QPMA 4K1FA 3GH6A 2OADA 4XRDA 1AQXA 3L4NA 3DD3A 3GSTA 1TK0B 1K3LA 5D9TA 2FWEA 3QAVA 2VCQA 2QSIA 2XPDA 2LJAA 1YF1A 1PMTA 2LSTA 4IELA 5D96A 4OWYA 4POKA 1I9DA 3E9JB 3ZL5A 2FCHA 5IOWA 2OE0A 2YN1A 4EKZA 3KJYA 4ML6A 1PSQA 2YZUA 5EL8A 4I6XA 2RM6A 4PURA 2PGTA 4FIWA 2QC7A 5FT3A 4ID0A 3F4RA 5B8AA 5E59A 3M0FA 3F6DA 3OR5A 3EE2A 2RUEA 1NSWA 4EVMA 5IPHA 3UBKA 3IE3A 3QOUA 1EGOA 3M8NA 1A23A 3M9JA 5COHA 3GTUA 3QCPA 2GT5A 1F9MA 5IIZA 2G2QA 3TKSC 4MJEA 4PNFA 2DSAA 3QFAC 2VCTA 3HJPA 3HHVA 2VD1A 5IOXA 3WGXA 4ZIJA 5A4WA 2CVKA 3EMPA 3APSA 4HQSA 5JWQB 1PA3A 3LORA 1R5AA 2QGVA 2HE3A 4Q5NA 4HZ4A 1EV9A 1JZRA 1S3CA 1M9AA 2YWMA 1VF2A 4WF4A 2YWOA 19GSA 4TOPA 3F4TA 2YJHA 1BEDA 1BJXA 1N8JA 2OE3A 1GSUA 2IPAA 1GUKA 4K7NA 2X99A 5CP1A 1URMA 2H72A 1XWBA 1G0TA 4KW6A 2CV4A 3GIXA 2I81A 3BJ5A 1BG5A 4AGSA 2JZSA 1GULA 1TU8A 3TJFA 3WD6A 1USBA 2C1YA 2HRFA 4TXVA 2RIIA 3ZIJA 4E8EA 5F0GA 2ZNMA 3KP9A 3DVXA 5IMZA 1BQ7A 2GLRA 2BMXA 5CRWA 4BWSA 4TR4A 3Q6OA 4RQXA 3ZZXA 1K0AA 5KN2A 2E7PA 4YAPA 1MTCA 1A2JA 3NOFA 3WGDA 4TRXA 3D6IA 3UVTA 3D4MA 2GSRA 1Z6NA 8GSSA 2V6KA 1U88A 3NZNA 4BL7A 2IJYA 2EC4A 4KNDA 2YPMA 3IDVA 5DCGA 2H1BA 3ME8A 5CREA 2H75A 4PQHA 3F63A 4PNGA 2GZPA 3TOTA 3M9KA 4G19A 13GSA 1JZDA 2LV3A 1YQ1A 2AUVA 3TDGA 5ID2A 3GL5A 1AW9A 4ZL8A 1OC9B 2IIYA 4FO5A 3ZVJA 4OD7A 4AJ7A 1BYEA 2CVDA 2C8UA 4IN0A 2XC2A 1TOFA 1AQVA 5GSTA 1GRXA 1EEMA 4KE3A 5ECQB 1Y25A 3UIWA 1EZKA 2NVLA 1TP9A 5ECIB 3F3RA 4TN8A 1WWJA 1S3DA 1R26A 1E2YA 3EVIA 5FWGA 4N0ZA 1LBKA 1PX6A 5GZZB 3D4TA 3BBYA 1XPVA 1FOVA 2F51A 2P31A 4G2EA 1ERWA 1E6BA 3GSSA 3TJJA 4IGJA 1CQHA 2LRCA 2WS2A 1XBSA 1KTEA 2LRNA 4RUVA 4PUAA 3SBCA 2I4AA 1H4OA 1PRXA 4N10A 3QFBC 4JU5A 4ZB8A 1EEJA 1WMJA 4NV2A 5L71A 2H1DA 1G7EA 3ZRDA 2IL3A 3HZ4A 4RI7A 1OAZA 2WDUA 1K0OA 4KSMA 1I5GA 2X8GA 3VPQA 3FZAA 4FYBA 1IYHA 3C73A 5D8IA 1SJZA 4KX4A 1EV4A 1PL2A 1FB6A 2RLIA 1XWCA 2NBSA 2L59A 2AYTA 2DBCA 3M3MA 2IMFA 3KXOA 2V41A 2CAIA 2R4VA 2O85A 3MSZA 2C0GA 1T1VA 1MD3A 3WGEA 5C00A 2H6ZA 1MDJA 4E8HA 3BCIA 4EDZA 5H5SA 1B48A 1A8LA 5J9CA 1GH2A 1SJ6A 2WFCA 2BJXA 3VWWA 1NM3A 3QR6A 2FGXA 2GQMA 3DYRA 3LG6A 2H30A 2GSTA 2FHEA 3RDWA 4TXOB 5H5RA 5LNKe 4K2DA 2VM2A 5HR3A 3Q18A 4L8EA 1A0FA 4NMUA 3US3A 3ZYWA 3L9VA 2PU9C 3N5OA 4WBRD 4QL9A 2R3XA 5DDLA 2HZEA 1QUWA 1FVJA 1PD21 1T00A 2M46A 4I97A 3KGKA 1U87A 1XW9A 3QAGA 2PWJA 1J0FA 3VPTA 2IMIA 1QFNA 1MDIA 1TDIA 2H8LA 4MJAA 2GDRA 3HJMA 2FNOA 3TKRA 4OFMA 4HUAA 1OE8A 5IMCA 1FW1A 2AHEA 3F8UA 1N2AA 1K3YA 6GSXA 5HR0A 4MPGA 2H1AA 4JR4A 5DJMA 2WRTA 4ZBDA 3VK9A 4YQVA 4GSTA 2VCWA 4MJCA 3O6TA 3W8JA 2DJKA 2WJUA 2I9HA 5JWRB 2IMKA 1YKAA 4TR0A 1SD9A 3KMNA 2A2RA 5IMDA 5LCZA 4MZCA 1GLQA 2C80A 4D73A 1OYJA 4XRAA 1QMVA 2DIYA 2F3MA 3TRPA 2VM1A 3ZVJD 2DIZA 2H74A 5ECSA 1AC1A 2J9HA 1F3BA 3LSZA 3IAM2 2PERA 4ECJA 1XCCA 4GQCA 4TR1A 3KM6A 1EGRA 2DC5A 3FHKA 3H4KA 2HSHA 3ERFA 4Z7XA 5DBQA 3LEFA 1OKDA 3HD5A 4HJMA 1JHBA 3F9UA 2MMOA 3H93A 4MF6A 3FK8A 4DSRA 3HY2A 3GKXA 3KTBA 11GSA 3C71A 2V1MA 4F82A 2A2SA 1B9XC 1ON4A 7GSSA 3F3QA 2VD0A 4Q5RA 4KGIA 5B7CA 1K0CA 3LJRA 5F05A 3Q74A 2WULA 5D93A 5IMAA 2K6VA 2JSYA 1M7TA 3TRXA 3D5JA 1GP1A 1GSDA 4JE1A 1AQWA 3TRQA 4EXJA 4XHMA 5A5KA 4N0VA 4KA0A 2YZHA 2FWHA 2HSYA 3IV4A 3LFLA 3EC3A 1A2MA 2D2ZA 4Q5QA 2LNSA 1GSQA 3TGZA 3UMAA 1ZL9A 3RHBA 3MAKA 2CZ2A 1BX9A 2C3QA 3UL3A 2GZZA 1WIKA 2AB6A 1J08A 1MD4A 4WXTA 3J7Yb 4WR4A 3GX0A 1PN9A 2HFDA 4V1Ag 4BA7A 3L0HA 5G31A 4IJIA 2BTOT 3QDNA 3MNGA 4PXOA 1QGVA 4RI6A 2R2JA 3TJGA 1TXXA 5DAKA 4OCFA 1X5DA 3FZ4A 3RAZA 1O8XA 3IR4A 1T4ZA 4K6XA 3P2AA 2CA8A 2DJ2A 2KOKA 5IMVA 3ZMLA 2F9SA 4IS0A 4PX1A 4N11A 3A3TA 2GQKA 2VL9A 3E3EA 2L4CA 1A0RP 1CQGA 1GUHA 4YQMA 4BVXA 1HYUA 5AISA 1B4PA 1TRSA 3KD0A 5IQYA 4ECBA 5AGYA 4ECCA 1V2AA 3CSJA 3F0IA 5DQYA 1T4YA 2IMDA 2PBJA 3IK7A 1B8XA 1OVNA 1WRYA 2NDOA 4OCEA 3FW2A 22GSA 3I6AA 4FYCA 1A2LA 1R5PA 2FWGA 1YKCA 3GTUB 1ZOFA 4QQ7A 2YANA 1F3AA 3W6GA 1Y6EA 4EL1A 2L4QA 4V2MA 2AJQB 4OO4A 2ON7A 2ZCTA 3SWLA 5IMFA 4I2UA 4F0CA 3EU3A 2CAQA 6GSSA 4ZXGA 3UEMA 3GNJA 4OFTA 4PQ1A 2MBSA 3VI5A 1GTBA 5GAND 1SKRB 4O7HA 5AIXA 1PL1A 1K0NA 2OBIA 3A2XA 5ELGA 1K0DA 1RW1A 3TKSA 4AJ6A 2RM5A 2O87A 5HFGA 4BVYA 5CRHA 3G9BA 1SYRA 1SK1A 5F07A 1B4QA 4KB3A 1TRVA 4GXZA 3DVWA 1V58A 5HR2A 3PGTA 3ISOA 1ERVA 5D9XA 1FHEA 4GQFA 3IA1A 1T7PB 1THXA 3W8SA 3GH9A 3LYKA 3ERWA 2K18A 1GWCA 4KDUA 3DWVA 2JL4A 1ERTA 3GURA 3APOA 4F9ZA 4YH2A 10GSA 3A2WA 3CSHA 5D9VA 3FR9A 1ZYQB 3O76A 2DJ0A 4ILFA 2IFQB 3HJOA 3ZITA 5FHIA 1X5CA 3GFKA 2CX4A 2P0GA 3C7MA 2KP2A 4DSQA 2R37A 1M2DA 4X43A 5CRGA 3KTLA 6GSWA 2VAFA 3DRNA 1XW6A 1ZZYA 3P90A 4K7OA 4IQ1A 3TCOA 3P8WA 4MK3A 3HVVA 1YEXA 2H71A 2P5QA 1DSBA 1YDKA 2VLUA 1Z6MA 1GNWA 4NWYA 4IJ3A 1XVWA 4LMVA 4KDXA 2C3NA 4MH2A 2DJ3A 2NPBA 1O73A 4V2LA 18GSA 4KH7A 3UJ1A 1AUCA 5KN0A 1SJIA 4HU7A 4KDYA 2B5XA 1UA5A 20GSA 2FA8A 2VIMA 2OE1A 4J56E 4BPYA 3QD9A 2E2MA 2JACA 3L9UA 3UARA 4RQRA 4MDCA 4CHSA 1O6JA 1FVKA 1RQMA 1AXDA 1O8WA 3BD2A 1TRUA 1Z7RA 2CVBA 2KLXA 3FR3A 3ZMKA 2HZFA 4MCUA 3KMOA 1PKWA 3TKQA 2EIRA 1X5EA 4NPBA 3K8NA 3QAWA 1ZGNA 1G6WA 2QKEA 4LMWA 5J5NA 2TRXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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