3KEBA

Thiol peroxidase from chromobacterium violaceum
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
EDFWVQYGDEMLPVIGDFPRKGDYLPSFMLVDDQKHDAALESFSHTPKLIVTLLSVDEDEHAGLLLLRETRRFLDSWPHLKLIVITVDSPSSLARARHEHGLPNIALLSTLRGRDFHKRYGVLITEYPLSGYTSPAIILADAANVVHYSERLANTRDFFDFDAIEKLLQEGEQQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystal structure of thiol peroxidase from Chromobacterium violaceum
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Chromobacterium violaceum
molecule keywords Probable thiol peroxidase
total genus 55
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2009-10-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kebA00
3VK9A 1WJKA 1NHYA 5DQSA 1AC1A 4RI7A 4PQ1A 4XRAA 5IMDA 1G0TA 2WDUA 4MP4A 2P0GA 4X0XA 2GQMA 1F2EA 2QKEA 1V98A 3TKRA 2R4VA 2PGTA 4WXTA 2CA8A 20GSA 3EVIA 3EYTA 4PNFA 4MZCA 4O5RA 3JCML 2JZTA 1NSWA 2FWFA 1IYIA 3GKXA 2GQLA 2YV7A 3M9JA 2L6CA 1Z5YE 1VRSD 3FZ5A 1BJXA 4K0GA 3DGQA 2OBKA 4BL7A 2R3XA 5JWOB 4HU9A 3EE2A 1GULA 3IBHA 2DJ2A 2PN8A 1UA5A 2AV4A 2I3YA 1WE0A 2N5AA 4G10A 2FHEA 1YZXA 1T4ZA 2XHFA 3ZYWA 2LUSA 1JHBA 3SWLA 1MD3A 3GH6A 3TOUA 3GL5A 1K0BA 5DJMA 2KP2A 2OADA 3RPNA 1M9AA 2P5RA 4KSOA 2B5XA 5CYYA 5KN1A 2I4AA 3GV1A 3BOAA 2CVKA 2NVLA 2BJXA 1MD4A 4EC0A 2DC5A 2WRTA 5IQYA 18GSA 4WR5A 3GTUB 1ERUA 4KDXA 4FO5A 4OO4A 3LORA 3A2XA 1M99A 3QCPA 4L8EA 1T8EB 4ZIJA 4K6XA 2HRNA 1SL2B 1XPVA 1GNWA 1A8YA 4QL7A 1SKWB 3TRXA 1A23A 3TJGA 4BWSA 2WGRA 5KN3A 1GTBA 3HJMA 2WZ9A 2YOIA 1JLWA 2I81A 3D22A 3VWVA 5DBQA 1EV9A 5ID2B 1BX9A 1MTCA 1OYJA 1AQVA 4RI6A 3TGZA 5EL8A 5L71A 5IO2A 4OO5A 1XWCA 3P2AA 1U87A 1EEJA 2H70A 3F0IA 5KEJA 2HFDA 1QFNA 3EMXA 2IFQA 2KHPA 4AJ7A 4EL1A 4Q5FA 4XTSA 5EVOA 1X0RA 2DIYA 1FVKA 1WIKA 2HSHA 2VLVA 2TIRA 3VPTA 3IDVA 4MF5A 2FWGA 3IR4A 3KM6A 3E9JB 3QAVA 1B8XA 1XZOA 2B6MA 1U88A 3CSIA 1GP1A 2VIMA 3GSSA 3WT2A 4QQ7A 2LRNA 2ALBA 2XPDA 3Q19A 1FO5A 5DALB 3E0UA 5A4VA 1ZL9A 3KP8A 1HNAA 3WGEA 2WJUA 3VURA 4PQIA 3IC4A 2FLSA 4MJBA 4F0CA 3QMXA 3M9KA 1JLVA 2H1GA 5J5NA 5C04A 3IRAA 2IN3A 3GUSA 4HJ2A 1FAAA 1OC9A 2L57A 1DBYA 3LJRA 3BJ5A 2LJRA 3SBCA 1BG5A 3HKRA 5F06A 3H1NA 4IGJA 1FB6A 2PVQA 3UVTA 4POKA 5D9WA 1K0DA 2TRCP 3U6VA 4WKWA 1THXA 4XRDA 1QGVA 4JBBA 4ZXGA 2VAFA 4ECJA 3Q18A 3GHAA 3EU3A 2XBIA 2YP6A 5LCZA 2PERA 2H74A 2JZSA 4K0NA 4ML1A 2YWIA 4TRXA 3KXOA 4ISDA 1PX7A 3CTFA 4EUYA 1ABAA 3FHKA 3CRTA 22GSA 2OE0A 2EC4A 2EIQA 2LTKA 1SL1B 3LG6A 1USBA 2WULA 1TI1A 3O76A 4OFNA 2DJKA 3PR8A 5ELAA 4L0WA 1FOVA 1GUKA 1WWJA 4H86A 3HXSA 2R2JA 3UBLA 5A5KA 1QQ2A 3APSA 1T4YA 3ME8A 2IIYA 2CX3A 4MDCA 1X5DA 2F8AA 5KN2A 5KN0A 2RIIA 1SD9A 4BA7A 5AGYA 3P7XA 4ID0A 2H30A 5JCGA 3PINA 3TRPA 4TXVA 2C4JA 3P90A 2VO4A 3G9BA 3HJOA 2GSSA 1XWAA 4I6XA 3GN3A 2BTOT 5G1KA 3CBUA 2DBCA 2H71A 5CP1A 1W89A 2H0IA 4ZL8A 3I6AA 1Q98A 1GSYA 2C3TA 1YEPA 1SKRB 3F63A 4KAEA 4K8MA 3FW2A 2LRCA 1YF1A 4NV2A 1XFLA 3H79A 4HQSA 5ECNB 2X8GA 2GZPA 2H1AA 4TW5A 3KD0A 3ZTLA 4LL4B 1URMA 4IHUA 5AN1A 3BD2A 5COHA 3WD6A 2OA7A 3DYRA 4DVCA 2VCXA 4RQRA 3IK7A 2VL3A 5CRGA 1OC9B 2AHEA 1PL1A 5IMAA 3G7YA 2NPBA 3L4NA 2CZ3A 2GSTA 4KH7A 3ZMKA 4DSSB 2P31A 1M2AA 4CDOA 3C8EA 1AAZA 5D9VA 4KCAA 2X99A 3J7Yb 3GURA 3ERWA 4AF2A 2HYXA 1O8XA 4MZWA 2D2ZA 2KUCA 1QXHA 4F2IA 5J9BA 2GT5A 4ZBAA 2VLTA 2C0GA 2C3NA 1B4PA 3FZ4A 1GRXA 1GWCA 4IVFA 1A2JA 1OKTA 1SYRA 1O73A 5D9XA 2DMMA 2QC7A 4KGIA 4HUAA 1EWXA 1F3AA 4YQMA 4K2DA 4FYUA 4KSMA 2YZUA 3GMFA 2V6KA 3L9VA 5ECSA 3TJBA 1X9WB 1S3CA 3F9UA 2K18A 3F4RA 1TKDB 5J4UA 2FY6A 2B1KA 4E8HA 2RUEA 3HZ4A 1PN9A 1E6BA 3A2WA 2ZUPA 3E3EA 4BVXA 3D21A 4WF5A 5IMFA 1EOHA 4G9HA 3DVXA 2K8VA 3UJ1A 1SENA 4TN8A 2VL9A 1O85A 2IMKA 3HA9A 3DWVA 4N11A 6GSVA 4PGTA 4MF6A 2OE3A 2FGXA 1OC3A 4PX1A 3TJKA 1PKWA 4NWYA 5ECLB 2KLXA 2IMIA 1MDKA 1V9WA 2YN1A 2NDOA 2VCQA 2AJQB 4ZL7A 3HD5A 1U6TA 1THOA 1A2LA 2EIOA 3ED3A 5IOXA 3LQ7A 4TR1B 3APQA 1YKCA 1QK8A 2AYTA 1ILOA 3GA4A 2OACA 4IS0A 3GNJA 2KP1A 4FIWA 2IJYA 4ECCA 4JU5A 1GSQA 1GLQA 1R5PA 1PX6A 1NW2A 1VGLA 1ST9A 4JEDA 4WETA 3EU4A 4POBA 5IMCA 2IMFA 1DE2A 5HQPA 12GSA 1J0FA 4Q5NA 2VCWA 4POMA 5GSSA 5GAPD 2H0HA 5H5SA 4L5LA 1ZYQB 2VOCA 4IP1A 2J23A 4HOJA 3NOFA 3IE3A 2IWTA 1TXXA 3F3RA 3D6IA 2CVDA 1TRWA 4I2TA 3UIWA 4HU7A 3OR5A 2LNSA 2H6YA 1BYEA 1WPIA 5DAKB 3N5OA 1XWBA 3H8QA 2B7JA 5D8IA 4HZ2A 4N30A 5IO0A 2F51A 3KMNA 2VL2C 1B9XC 5ECMB 13GSA 4FYBA 2M72A 3PH9A 2L5LA 3D0ZA 2H0GA 1PKZA 2LSTA 4KUNA 4CHSA 3DMLA 4K7OA 2J9HA 2GGTA 4MZBA 1EGRA 5J41A 2ON7A 3UVHA 3EURA 2YWNA 4ULXA 3D5JA 2CAIA 2VM1A 2GSRA 3FYGA 2WCIA 4N0ZA 4IELA 1RQMA 1ZGNA 1AXDA 2RM6A 1PGTA 4NV5A 3ZZXA 1MDIA 1ERTA 1LBKA 2AAWA 2GLRA 3KH7A 1SD8A 4I8BA 1YEXA 3LGCA 3RHCA 5IPHA 1J9BA 3GKNA 4P3YB 2H1DA 3M3MA 4TR3A 2C80A 1Y25A 2FA8A 5G5EA 3QAWA 2VD1A 3D4TA 4MJAA 3KMOA 2FWEA 2L59A 4GQCA 4DSRA 5IMZA 4V1Ap 1TJDA 1Z3EA 5B8AA 3QR6A 3ZIVA 5ECPB 1AQWA 5H5RA 1JZRA 1A0RP 2N5BA 3AY8A 1YY7A 1TK0B 2A4VA 3KGKA 1ZMAA 10GSA 2JSZA 3ERFA 4GLTA 4KX4A 1WMJA 2NBSA 3FKFA 1G6YA 1PD21 1FHEA 3QAGA 4ZBDA 6GSXA 8GSSA 1FVJA 5EY6A 5A4WA 4X43A 3EMPA 4ZL9A 2IMDA 3A2VA 2M80A 2HLSA 4OWYA 2L6DA 2WFCA 17GSA 3IAS2 3NIVA 5B6NA 2WB9A 4KW6A 3U5RE 4EE0A 4EVMA 2G2QA 4GRFA 6GSYA 1FW1A 5CRWA 4CW9A 1GTUA 4L0UA 2B5YA 1SYXA 4ZILA 4RUVA 2HSYA 2VCVA 1WRYA 3GFKA 4TXOA 3FK8A 3D4MA 1M2DA 3L0HA 1WOUA 1VF2A 4G19A 2GZZA 2CQ9A 4WBJA 4JRRA 4NHWA 1F6MC 1XWKA 5HFGA 5B8BA 2OE1A 2DJ0A 5F8BA 3ISOA 5GZZB 2GVPA 3ZREA 2AUVA 4D73A 4PUFC 2YPMA 1KBNA 3C1SA 1TTZA 4XS4A 1I9DA 2QGVA 4N0VA 1R7HA 4AJ8A 1XVWA 6GSTA 4NHZA 3DEXA 4YQUA 2MMNA 2XC2A 2FD3A 2CX4A 2LQQA 6GSSA 3F3QA 3FZAA 3MDKA 3F6DA 3LYKA 3HY2A 3I43A 3EWLA 5F05A 1EGOA 3G7IA 3TCOA 4F9ZA 4MA9A 4HZ4A 4MLYA 2FNOA 1V2AA 1TK5B 5ECRB 2MBSA 1GTIA 4OMVA 3TKSE 2YZHA 3C7MA 4QL9A 2PWJA 4LMWA 1GLPA 5E59A 2AB6A 3VI5A 2REMA 1SKSB 5G2ZA 4FH8A 4OFTA 4LL1B 3DRNA 2IFQB 4O92A 4O32A 1U3IA 1EOGA 1U3AA 4WBRD 3ME7A 1OE8A 1K0NA 1K3OA 3LXTA 3G7JA 1UN2A 3RPPA 1FB0A 3HVXA 1XWGA 4GWRA 3TOTA 3GSTA 3H4KA 3FEUA 3F4TA 4HEA2 3L78A 2IL3A 3LXZA 1GUHA 3IV4A 3RHBA 2B3SA 4IW9A 3Q6OA 4MF7A 4EDZA 5IM9A 5INYA 3DIEA 3ERGA 2B1LA 5FT3A 1TOFA 3HYPA 4ML6A 5DDLA 2H73A 1HD2A 4PNGA 5HR0A 2B7KA 4GSNA 2P5QA 3WT1A 2C8UA 1YDKA 3IPZA 3O3TA 5F07A 4V2NA 3A5WA 1EEMA 2HZFA 4F0BA 2VD0A 2RLIA 4ZB9A 3WYWA 3GIXA 1HYUA 4F82A 1RK4A 2CAQA 4Q5RA 4GSTA 1KEBA 3W8SA 2HZEA 1OVNA 1YKAA 4ILFA 5JCUA 3TKSC 4MPGA 2KOKA 3MSZA 2OKAA 4Z7XA 5DCGA 1V58A 3IHQA 16GSA 1T7PB 2ON5A 1PQNA 2IMEA 2E2MA 2HE3A 3W6GA 1SJIA 3EINA 2DJ3A 4IQ1A 1X9SB 2O85A 4KE3A 2H75A 1E2YA 2CV4A 4NMUA 4K7NA 2OJLA 2C1YA 2DMLA 5DCHA 4XCSA 2PU9C 1PMTA 1TK8B 2YANA 2GTUA 1Y6EA 3DVWA 4MJEA 3QPMA 5GAND 1TRVA 1GL8A 3L9SA 1SJZA 1CQGA 1DSBA 3HHVA 4I97A 3V1WA 3ZIJA 3ZFBA 1ERVA 4F03A 1XIYA 3NZNA 1GSFA 2PMTA 4MPFA 5H5QA 1XW5A 1YF0A 2CZ2A 4ECBA 2PVOC 2DJJA 3C73A 1BQ7A 2TRXA 3KJYA 5ECQB 2FA4A 1XOBA 2X8HA 2L4QA 2ZNMA 3TB2A 5F0GA 1V40A 3N9JA 1J08A 3IXRA 3M1GA 1YQ1A 1A24A 3IA1A 2R5GA 3GTUA 5JCWA 1X9MB 5DJLA 1N2AA 5J9CA 1GH2A 1ZCPA 2DSAA 2GQKA 2BMXA 3DD3A 3M0FA 1PA3A 5IIZA 5AISA 4PUAA 3IOSA 1B4QA 2VL2A 5HR3A 1ZYEA 1EZKA 3GX8A 2HZEB 1C72A 4ZB8A 4XS6A 2R6KA 4XS1A 1A8LA 5ID2A 4KCEA 1SK1A 4IJ3A 1XBSA 3A3TA 1XCCA 4DSQA 2LV3A 1B48A 2VCTA 5DVBA 1GSEA 2DJ1A 4KA0A 3HVVA 4FYCA 5AIVA 2HRFA 3BCKA 4GSSA 3K8NA 4OCEA 2HNLA 2RM5A 2DLXA 3IAM2 3VI7A 1TI3A 1G6WA 4BVYA 2PBJA 4KDYA 1JZWA 2O7KA 5G30A 2K8SA 2XBQA 1IYHA 3GRXA 2EIRA 3UAPA 5DALA 2LQOA 2FCHA 3UOMA 4V1Ag 1XVQA 2LS5A 3HVSA 5HFIA 4KB3A 4IJIA 1SU9A 4J57E 4EF0A 1LJRA 1VF3A 3HZ8A 2LJKA 4JZQA 5ENUA 1X5CA 5G5FA 3LWAA 1B9YC 3FR6A 5EPFA 2DIZA 4IN0A 3GKMA 5D93A 2LNTA 3KP9A 3US3A 4EO3A 1V57A 2LEGA 3S9FA 1I5GA 1JZDA 1ZZYA 4HQZA 2M46A 3LYPA 3FY7A 2V1MA 3ZVJD 2YJHA 3VWXA 1Z7RA 2MBTA 2V2GA 2JACA 4EKZA 3J7Yk 2E0QA 4ZBBA 3FR3A 4J56E 4N10A 2K9FA 1OC8A 3GL3A 3MAKA 5G1LA 3TJFA 11GSA 3FZ9A 1Z9HA 4OCFA 5IPGA 3I9V2 14GSA 3ZVJA 5CREA 1ERWA 3DKSA 3H93A 19GSA 1HQOA 1M9BA 3O6TA 1XOAA 4K7IA 2G0FA 3P8WA 1F9MA 3LEFA 4PQHA 2GZYA 1K0MA 1JFUA 1VF1A 5IOWA 3BCIA 1NHOA 4TKYA 2I1UA 1LU4A 1TDIA 4MABA 1YJ6A 3CRUA 2O89A 2H6ZA 1DE1A 1GTAA 3CMIA 3RAZA 4JR6A 1SK0A 1R5AA 2H66A 3CSJA 2JU5A 2F3MA 4I2UA 5JWQB 4L5OA 5ECKB 2HT9A 3C1RA 3UL3A 5CO3A 4GTUA 4RQXA 4V2MA 4GXZA 1QUWA 5ECOB 2ZCTA 2H19A 5E4WA 5LD0A 1GNEA 1Q4JA 4WEYA 2H6XA 2YJ7A 4HDEA 1K3YA 4LA1A 3ZFLA 1SL0B 1PSQA 1T3BA 4ACSA 2IPAA 3ZRDA 1Z6MA 4I5QA 2OBIA 3KIJA 4GCIA 2H72A 3QOUA 5J3RA 4NXIA 3TKQA 1T1VA 2GT6A 3CSHA 3CYNA 4WF4A 1S3DA 3APOA 3BBYA 5HFKA 1O81A 1TP9A 3I69A 3F6FA 3TJJA 2YV9A 2LKUA 4DSSA 2YWMA 3KTBA 5IMVA 1KTEA 3RDWA 2C3QA 2NTOA 2XPEA 2YWOA 2LJAA 2X8CA 4XHMA 5D73A 1R4WA 5CRHA 3DXBA 1W4VA 2GDRA 2V41A 2F9SA 3HJPA 3WGXA 1WP0A 4E8EA 4YAPA 2YCDA 3KEBA 4IKHA 5D9TA 1T00A 1GSDA 2X64A 1OAZA 2QSIA 2WS2A 4YQVA 2CT6A 3WGDA 1AW9A 1GSUA 3ZL5A 4K1FA 2C0DA 1O6JA 2L5OA 3UBKA 4KNDA 1O8WA 2H8LA 3W8JA 4GQFA 2GS3A 1GUMA 4NAXA 4X1UA 2H01A 4MH2A 2K6VA 2VM2A 4OFMA 1NM3A 4LMVA 4HS1A 3ZITA 2VLUA 3PGTA 4IQAA 2MMZA 3VWWA 5ECHB 1ZOFA 3FRCA 3MNGA 3QFBC 4MJCA 3ZLPA 5FHIA 1M2BA 3UARA 5CNWA 1PRXA 4IP6A 2MZCA 2C0FA 2JSYA 1H4OA 4YH2A 4J2FA 3TDGA 3TKSA 1R26A 3C71A 1XW6A 4NPBA 2O8VB 4BWQA 2JZRA 5B6MA 2H1BA 4BPYA 5G31A 3ZMLA 5FWGA 3GKKA 6GSUA 1TRUA 4TXOB 2JL4A 2E7PA 1AIUA 2V32A 1PL2A 3CTGA 3CXGA 1K3LA 3VWUA 4YAVA 2O87A 4TOPA 1UVZA 4PURA 4DEJA 1OKDA 5ABRA 5B7CA 1HNCA 3Q74A 1N8JA 1TU8A 1F37A 3EC3A 4TR1A 1RW1A 4AGSA 4D73B 1JZOA 5D96A 3F4SA 3TRQA 5ECIB 2N5FA 4XS4B 3R2QA 1UC7A 4LLRA 4POLA 4G2EA 2A2RA 2F8FA 3LSZA 1SJ6A 2PPTA 1CQHA 4OD7A 5A4UA 2Z9SA 1X5EA 2FUG2 2VCZA 1O7UA 1M0UA 2MMAA 1F3BA 1MEKA 1TW9A 4JR4A 1Z7PA 4IBPA 3MWHA 3QD9A 1K0AA 1BAYA 3VPQA 3KZQA 1KNGA 5HR2A 2L4CA 1VF4A 5DAKA 3KCMA 1ON4A 3FR9A 5DQYA 4WR4A 3UMAA 2V6OA 5AIXA 1TU7A 2PUKC 2HXKA 3QFAC 2H76A 2RUFA 2VUPA 2B5EA 3M8NA 3KH9A 5ELGA 2MYGA 3TKPA 1G7OA 4MK3A 4GF0A 4ZB6A 4V2LA 1XXUA 4HI7A 2YNXA 2LRTA 1BEDA 3L9UA 1G7EA 3KTLA 2A2SA 4Q5QA 3VFIA 3TUEA 3RBTA 3GYKA 2R37A 1EV4A 2HI7A 4PXOA 4HJMA 3F8UA 4TR0A 7GSSA 1MDJA 3QDNA 1A0FA 2MMOA 5C00A 1ACVA 4JE1A 2ES7A 1Z6NA 1K0CA 1SK2A 2C0EA 3IK9A 1S3AA 2E2GA 1HNBA 3GX0A 2GSQA 5CRDA 1FG4A 3VLNA 4MCUA 2CVBA 1QMVA 4XIHA 1H75A 5HR1A 4MMMA 1ML6A 4TR4A 1OE7A 2JADA 4KDUA 1K0OA 1AUCA 5LNKe 4TVEA 4ECIA 5GSTA 1A2MA 1TRSA 1M7TA 3GH9A 5CAXA 4AJ6A 1EP8A 5JWRB 3HDCA 6GSWA 1XW9A 1GSSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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