4BWSA

Crystal structure of the heterotrimer of pqbp1, u5-15kd and u5-52kd.
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
LPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A
total genus 42
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4bwsA00
5HR3A 1XW9A 3HZ8A 5AN1A 1PX7A 4ZIJA 1YEXA 1GUMA 2FWGA 1PL2A 5J3RA 3FY7A 5ELAA 4HQSA 3TKSA 2YPMA 1A2MA 2P31A 2A2SA 2R6KA 2H6XA 6GSXA 2H1DA 1HD2A 4LL1B 2F9SA 2CX4A 1Z6NA 3GN3A 4IHUA 1WIKA 4BL7A 1M2AA 4IW9A 3GKKA 5DCHA 2O7KA 1OVNA 1TU7A 2MMZA 4K0GA 4KGIA 3DRNA 3TB2A 4KW6A 1A23A 1ABAA 4N30A 1YKAA 1SL2B 3DD3A 3TKRA 4NHWA 4IN0A 3J7Yk 5JWQB 4BWSA 5ID2A 2TRXA 3IRAA 3ZZXA 2OE1A 4NXIA 4OFTA 4GXZA 3TGZA 5G30A 2C0FA 2O85A 2PBJA 3WGDA 2DLXA 3QR6A 1QMVA 1YKCA 1JZDA 4H86A 3D5JA 3I9V2 4K6XA 1BAYA 3IDVA 1F37A 1FG4A 4Q5FA 3LXZA 3GIXA 2HSYA 2KP1A 2GT6A 1YF1A 2M46A 4IGJA 5LNKe 2AV4A 3US3A 3HVXA 1LU4A 3ZMKA 4POLA 4MJBA 3ZFBA 2QC7A 2B5XA 2YV9A 1U87A 4XS6A 6GSVA 2B7JA 3AY8A 5GAND 3KP9A 5A4UA 1USBA 1B4PA 3LYKA 1V9WA 3F9UA 4TR4A 3KTBA 4OFMA 2GQKA 4YQUA 1FO5A 1ZOFA 1ZGNA 1EOHA 1I5GA 2VCQA 2I81A 2GZPA 5DCGA 2H0GA 3IAM2 1SD9A 1IYHA 3GH9A 3VK9A 4XRAA 1YY7A 2LQQA 3FZ5A 3WGEA 3G7JA 1T00A 3KZQA 2VL3A 4PUAA 3ZTLA 2I9HA 4MZCA 4EC0A 2YZUA 3TOUA 3GH6A 3HY2A 2X99A 2JSYA 3TKSE 2V1MA 4F2IA 4IP1A 4ZL9A 4PQIA 3GNJA 1BYEA 1YZXA 4GCIA 4EDYA 4KAEA 2H0HA 2OBIA 3UVHA 4XRDA 2DMMA 2CV4A 2DJ3A 2F51A 1X0RA 3HVVA 1TRVA 4GTUA 5F05A 3DVXA 5CREA 1S3DA 2PVOC 2YZHA 3FK8A 1TKDB 1Z9HA 1SYXA 4WKWA 5DALA 2CVDA 5J5NA 3C8EA 5G2ZA 4FYCA 4I8BA 1B9XC 3BJ5A 4HUAA 4TN8A 5AIXA 5LCZA 4V1Ap 2V32A 14GSA 5IMAA 2JSZA 1A0RP 5IO0A 5IMDA 4GSSA 1PGTA 3H4KA 4ISDA 4LLRA 3IE3A 4QL9A 4WETA 3UOMA 2VUPA 3I69A 4OO5A 3TCOA 3EC3A 1SJZA 5D93A 5CRWA 4FIWA 2H75A 2OE0A 3F4TA 1X9WB 3CTFA 2GSQA 4CW9A 5B8AA 3K8NA 3GHAA 2DIZA 5AGYA 4ECBA 1IYIA 4RUVA 6GSYA 2WGRA 2G2QA 3HDCA 3GMFA 4N10A 3APOA 1RK4A 3GL5A 1SKRB 2DBCA 2VO4A 5ECHB 4ZXGA 1VF4A 1M0UA 1Z7PA 1FVKA 4KCEA 3ZITA 2C3NA 1VF2A 4BPYA 3EWLA 3Q6OA 2KUCA 5D9XA 1HYUA 4RI6A 1NHOA 2TRCP 3F63A 2C0EA 1V98A 2LQOA 1YEPA 3GSSA 4MMMA 1XOBA 4MP4A 3W8SA 3APQA 4ZL8A 4ZILA 1R26A 4ZB9A 1XBSA 2NDOA 1KBNA 2LEGA 2VCXA 2VL2C 6GSWA 4NWYA 2J23A 4OFNA 1EZKA 3Q19A 2LV3A 2LRTA 2CVKA 4TRXA 2JZSA 5JCUA 5C04A 1M9BA 2ON5A 3HJPA 4AJ8A 1FHEA 4TXVA 1AUCA 2FWEA 4IKHA 4L0WA 2DSAA 4ZB8A 3QFBC 2VM2A 3FR9A 3D0ZA 2YWIA 2VD1A 1A2LA 1OAZA 3HHVA 5B6NA 4KCAA 1F6MC 4ID0A 5ECPB 1UVZA 1PA3A 3CYNA 3IBHA 2FY6A 3GKXA 4POMA 3ZYWA 1CQHA 3U6VA 2O8VB 4OO4A 1MD4A 2GZZA 5CYYA 2B1LA 5CRHA 2D2ZA 2GVPA 2HXKA 1WWJA 2GT5A 1H4OA 1UN2A 3GTUA 3CSHA 4OCEA 2H19A 2HZFA 1TDIA 2H76A 3D4MA 4KDUA 2GTUA 2A4VA 2JADA 3UARA 2VLTA 2H74A 4V2MA 2K6VA 1GSSA 1OC3A 5GZZB 2QKEA 4MABA 3TKQA 3L4NA 3HJOA 2NPBA 1SL0B 3PH9A 4HOJA 4ILFA 2FWHA 4XTSA 1K0MA 1TRWA 4KSOA 4F0BA 2R37A 1PKWA 3KH9A 1KTEA 1OYJA 2HSHA 4EXJA 1HNCA 2JZTA 4G2EA 1NM3A 1SK0A 4CDOA 4DSQA 4KH7A 3LFLA 2GQMA 3UVTA 8GSSA 4MJCA 1RQMA 2OACA 1EV4A 4N11A 4KSMA 4MPFA 2VL2A 1AXDA 4AGSA 5IMFA 1X9SB 4QL7A 2B7KA 3VWVA 2DJ1A 1E6BA 2R4VA 3IOSA 3C7MA 4D73B 2GSTA 5G5EA 5HR2A 2BMXA 2JL4A 1TK0B 5ABRA 1TK8B 19GSA 2LKUA 3OR5A 2DJJA 4NV5A 2QGVA 4IBPA 1AAZA 3LGCA 1WPIA 1XPVA 1I9DA 2YV7A 5ECKB 2X8HA 5DVBA 3TRXA 3W8JA 5INYA 3GFKA 1N8JA 3ZRDA 1GWCA 4F9ZA 4POKA 4I2UA 2KLXA 1W4VA 3GV1A 3E3EA 1Z6MA 3IXRA 5J9CA 4FYBA 1EEJA 10GSA 1PKZA 3ZREA 2QSIA 2CA8A 5J41A 5F0GA 2JU5A 3HCZA 4D73A 3I6AA 2IMFA 5AIVA 2OA7A 1SK1A 1GUKA 1KEBA 2YCDA 3NZNA 1F3AA 3ZL5A 1DE2A 1J0FA 2AYTA 3A2VA 3VFIA 1M2DA 1SL1B 2LUSA 3EMPA 3A2WA 3RAZA 1EV9A 2HZEB 4ULXA 4BWQA 3VURA 4YAVA 1K0BA 2PUKC 5ECNB 16GSA 2MZCA 4PXOA 5D8IA 1AC1A 1VF3A 2XBIA 1U3IA 1Y25A 5FHIA 3TRQA 1GTAA 1TW9A 4PQ1A 2YJ7A 2MMNA 2R2JA 5IPHA 1BX9A 5GSSA 1O6JA 3MSZA 3Q18A 4KX4A 2V6KA 5G1KA 1R5AA 1DUGA 1XXUA 2PMTA 2VCZA 1XWAA 3EU4A 2I4AA 4V2LA 5ENUA 2HZEA 4AJ7A 3Q74A 4G10A 2R5GA 3F4SA 3UJ1A 5H5RA 3C1SA 1ZCPA 3CSIA 1TRSA 3VLNA 4GQFA 3BBYA 1PN9A 1EGRA 3KCMA 2FA8A 1ST9A 3O6TA 1GLPA 4PNGA 2X8CA 2FGXA 5DBQA 1GSUA 3TUEA 2V41A 2MBTA 4I2TA 2C8UA 1XFLA 1G6WA 3M9KA 4JU5A 4IP6A 2GDRA 1PSQA 4N0ZA 1Q4JA 1TP9A 3I43A 3F3RA 2LRNA 4ML1A 1M99A 1AW9A 2E7PA 3M9JA 1G0TA 4MK3A 3CXGA 4MJAA 4PQHA 1VGLA 1EP7A 5IOWA 5COHA 3F6DA 3VPQA 4WBRD 3C73A 4GSTA 1H75A 2OJLA 5HR0A 1HQOA 3UMAA 1O73A 4J57E 3ERFA 3L78A 2A2RA 1O7UA 2GLRA 1OC8A 4HJMA 1R4WA 3CRTA 3C1RA 1MDJA 1U88A 2P5RA 3GUSA 1ML6A 2YN1A 1WMJA 3IPZA 2AB6A 1Y6EA 2Z9SA 3IC4A 5L71A 4F82A 5J9BA 5IIZA 1F9MA 4GWRA 1JZOA 3QMXA 3TJKA 3ZFLA 2K18A 3HVSA 2M80A 2RIIA 1PRXA 1GL8A 1BJXA 1ILOA 2XPDA 2GSSA 3ERWA 4K7NA 5HFIA 4N0VA 4TR3A 3ISOA 2MMOA 2XPEA 2H72A 2C0DA 2PU9C 3O76A 2VCTA 3WYWA 1WRYA 2VIMA 5KEJA 1FB0A 3ZLPA 1XWBA 2VM1A 4MZWA 1PD21 1SYRA 1U3AA 4LMVA 2FD3A 4JRRA 2MMAA 3G7IA 3FZ4A 1YDKA 4GF0A 4YQVA 1O8WA 2EIRA 2IMIA 5D9TA 3G7YA 1EOGA 2PN8A 2NVLA 3BCIA 3D4TA 4KB3A 2EIQA 3P90A 3FYGA 5C00A 5A4WA 1Z7RA 2PVQA 2RLIA 3HD5A 5J4UA 4I6XA 3L0HA 5CNWA 5JCGA 3FEUA 1AQXA 4NAXA 12GSA 4G9HA 4NV2A 4PX1A 1G7EA 2H6YA 1TJDA 1R7HA 2G0FA 2FHEA 3PGTA 5DQYA 4YQMA 3IK9A 3QAGA 3DWVA 3RHCA 4PUFC 3GKNA 2CT6A 1GSQA 2DMLA 1F3BA 4HEA2 3GX8A 3QCPA 4EVMA 1TXXA 4GSNA 1URMA 2EC4A 1LBKA 3DMLA 1BEDA 5CO3A 4IJIA 1A8LA 1NHYA 1A0FA 1OKDA 4I97A 3DEXA 5KN0A 2AHEA 5EY6A 1JZWA 4V1Ag 5CRGA 1GSDA 2N5FA 4IQAA 1X5DA 2TIRA 2LNTA 4OMVA 3EVIA 4L5LA 1A8YA 2CAQA 1QXHA 2VD0A 1QK8A 2LTKA 3JCML 1FB6A 1T3BA 3N5OA 1ON4A 2REMA 1DBYA 4HU9A 5ECSA 5EL8A 4MLYA 5D96A 2VAFA 4POBA 3DXBA 2DC5A 2H1AA 1ERWA 3KIJA 3NIVA 1XWGA 4ACSA 4PURA 5DAKB 5IQYA 1WE0A 1EGOA 4FO5A 5B8BA 3KXOA 5D9VA 2B5EA 2DJKA 3FZ9A 3KJYA 2IL3A 1E2YA 2WULA 1M7TA 1ZL9A 1SU9A 1FOVA 2C80A 3KMOA 2WB9A 5JCWA 1K0NA 2H71A 4O5RA 4K7IA 2H66A 4XCSA 3H93A 4HZ2A 3TJBA 18GSA 2L5LA 2M72A 1EEMA 1X5EA 1FVJA 1B4QA 3NOFA 3HKRA 1T4ZA 5AISA 4YAPA 4K2DA 3DYRA 3E9JB 5DAKA 4YH2A 1FAAA 5DJLA 3HXSA 1XW5A 2NBSA 2L4QA 2P5QA 3MNGA 3H8QA 3M8NA 2RM6A 4MA9A 1V2AA 4XIHA 3BOAA 3TRPA 3F3QA 5HFKA 4ML6A 2H8LA 1R5PA 2H6ZA 3ZVJD 3BD2A 5ECIB 4JZQA 1ERUA 1GTIA 1T7PB 1AIUA 2KHPA 1X5CA 3IAS2 1B48A 1JZRA 5DDLA 4ECJA 1CQGA 3M1GA 4E8HA 3V1WA 2GQLA 3ERGA 3G9BA 4CHSA 4LA1A 2IFQB 2H1GA 2CQ9A 5ELGA 1GTUA 2HNLA 6GSUA 3PINA 2O87A 2KP2A 4MF7A 1RW1A 4JR4A 4WBJA 3TJFA 2PPTA 4TKYA 4LMWA 2HE3A 3RPNA 4Q5NA 3KD0A 5IMZA 4KA0A 4DEJA 3CRUA 1K0OA 1K3LA 1V58A 3DKSA 3ZVJA 4K7OA 3FW2A 4EL1A 1NSWA 3VWXA 3LSZA 1GH2A 2JZRA 1SD8A 5G1LA 3HA9A 3DVWA 2IFQA 1K3YA 1GNWA 4MPGA 4GLTA 1XWKA 1A24A 1BQ7A 3F8UA 5D73A 3C71A 3E0UA 2WZ9A 2I3YA 4DSSB 3S9FA 1GSYA 3L9UA 1JLWA 1G6YA 4WR4A 2YOIA 4J56E 2IMDA 3RPPA 1UA5A 5HR1A 5GAPD 3IV4A 1OE7A 1SJIA 4KDYA 3HYPA 5EVOA 3LXTA 3PR8A 1V57A 1T1VA 2WS2A 3VI7A 2DJ0A 4MCUA 2C0GA 3GL3A 4HZ4A 3WT1A 3TOTA 4NHZA 1JFUA 3P2AA 1OE8A 1QFNA 5ID2B 2L4CA 1F2EA 1AQVA 4DSSA 4QQ7A 1S3CA 4EE0A 4MZBA 2PWJA 2H01A 5CAXA 2F8FA 3VWWA 4V2NA 1K3OA 4RQXA 4TOPA 5B7CA 4ZBAA 1ZYQB 1XIYA 2LRCA 1SKSB 1W89A 2VCVA 1EP8A 5H5QA 5IMCA 1GRXA 1KNGA 2L57A 1OKTA 2HYXA 5IOXA 4NPBA 4KUNA 4J2FA 4Z7XA 5JWRB 2CAIA 4HDEA 4XHMA 2LJAA 1NW2A 3TDGA 2LNSA 4O32A 1JHBA 4WF5A 3QFAC 2PGTA 5IM9A 4OCFA 1PL1A 1XOAA 3P7XA 2B3SA 2L6CA 1WP0A 3J7Yb 5F06A 2RUFA 4FH8A 2YANA 1DSBA 3FR3A 4ECIA 1K0AA 4XS4B 1K0DA 4MH3A 1XVQA 4EF0A 3O3TA 4JEDA 3GYKA 3FKFA 3CMIA 3L9VA 4O92A 2H70A 2FUG2 1M2BA 2FNOA 1ERVA 3F0IA 2F3MA 4K9ZA 1GSEA 4IS0A 4RI7A 2YWOA 1M9AA 1O8XA 3UIWA 1YF0A 1J08A 2IIYA 2HRNA 3P8WA 3EU3A 5KN2A 4ZL7A 3LQ7A 4DSRA 1G7OA 3UL3A 1EWXA 1TTZA 1Q98A 2O89A 4XS4A 1VRSD 3CTGA 3M0FA 5FWGA 4ZB6A 3A3TA 3GRXA 2X64A 3L9SA 4AJ6A 3KMNA 3FRCA 2OE3A 3EINA 3QDNA 5KN1A 4EO3A 3GSTA 1N2AA 3SWLA 3BCKA 1O81A 4ZBBA 2WRTA 2GGTA 3WT2A 5DALB 1GNEA 4X43A 2VOCA 3VPTA 2P0GA 3ZIVA 2I1UA 4P3YB 1THOA 1S3AA 2L6DA 3W6GA 3QD9A 2YWNA 2AJQB 4K8MA 4NMUA 3CSJA 2VLUA 2IMEA 2CX3A 4JE1A 3IR4A 11GSA 2ZNMA 4MH2A 4MF6A 3EMXA 3APSA 5CP1A 5ECMB 1YJ6A 2ES7A 1C72A 2L5OA 4XS1A 3TJJA 2LJKA 4JR6A 3WGXA 3DIEA 4HQZA 3GA4A 3R2QA 2F8AA 4JBBA 4HJ2A 1ERTA 1MD3A 5ECQB 2V2GA 5D9WA 3EE2A 2LJRA 4I5QA 2MYGA 1U6TA 5ECOB 5H5SA 3SBCA 2IWTA 4TW5A 2HRFA 4MF5A 2PERA 2ON7A 1MDIA 1QUWA 4KE3A 3H79A 3FR6A 4BVXA 1DE1A 5A5KA 3H1NA 2C4JA 4L5OA 5A4VA 6GSTA 1T4YA 3LORA 2ZUPA 2L59A 9GSSA 1JLVA 3QAWA 4TVEA 4X0XA 1AQWA 4HI7A 3VI5A 1OC9B 2HT9A 3A2XA 3D6IA 1MTCA 4MJEA 1VF1A 2XC2A 3KTLA 1XCCA 1QQ2A 2FLSA 3DGQA 1PX6A 5LD0A 4L8EA 2CZ3A 1ACVA 2OKAA 1GTBA 3UAPA 4ECCA 1GP1A 2GS3A 2E2GA 2B1KA 1Z5YE 3ED3A 4IELA 5ECLB 4OWYA 1TRUA 4HS1A 3F4RA 1SKWB 2E2MA 2K8VA 1MEKA 3QAVA 2CVBA 20GSA 2BJXA 1THXA 13GSA 1SK2A 2AAWA 1A2JA 3ZIJA 4EKZA 4K1FA 2K9FA 5G5FA 4PGTA 3HJMA 4TR0A 1OC9A 2VCWA 3MDKA 1HNAA 5EPFA 2VL9A 5IMVA 3A5WA 2HLSA 2H73A 1XW6A 1QGVA 2HI7A 2B6MA 2HFDA 1PQNA 2C3TA 3IK7A 2K8SA 4Q5QA 1MDKA 5CRDA 1GULA 2FWFA 1ZYEA 3RDWA 2MBSA 3GTUB 2J9HA 5F8BA 2VLVA 3N9JA 4IQ1A 1TI3A 4TXOB 1T8EB 2E0QA 4ZBDA 2IN3A 1UC7A 2DJ2A 3M3MA 2WDUA 3UBLA 5G31A 4F03A 2LSTA 4AF2A 1WJKA 3GKMA 1TK5B 2RUEA 3GX0A 4Q5RA 22GSA 4WEYA 4GQCA 4F0CA 1TI1A 4KNDA 1HNBA 5HFGA 2WFCA 2X8GA 3IHQA 4O7HA 2N5AA 5FT3A 3VWUA 3FHKA 4BVYA 3FZAA 3LJRA 4TXOA 3D22A 2BTOT 3MAKA 2EIOA 1GUHA 4HU7A 1J9BA 3KGKA 3LWAA 4TR1B 4GRFA 2LS5A 3IA1A 2ALBA 3UBKA 3WD6A 4FYUA 1V40A 5ECRB 1WOUA 2B5YA 3TKSC 3KM6A 7GSSA 4IVFA 5JWOB 5HQPA 3EURA 1XWCA 4L0UA 1SJ6A 3U5RE 2IJYA 3QPMA 2AUVA 2C1YA 3MWHA 4EUYA 1TOFA 6GSSA 5B6MA 2GZYA 5E4WA 3D21A 5IO2A 4G19A 17GSA 2C3QA 2YP6A 4OD7A 1GSFA 2N5BA 4LL4B 1TU8A 2DIYA 1ZMAA 4DVCA 1O85A 3HZ4A 3RBTA 1SENA 2WCIA 2YJHA 4WXTA 4TR1A 4PNFA 4BA7A 5DQSA 1BG5A 2R3XA 3QOUA 4RQRA 5GSTA 3UEMA 4WF4A 3TKPA 5E59A 1YQ1A 4E8EA 3LYPA 2WJUA 5F07A 2IMKA 2ZCTA 4EDZA 3ME8A 1XVWA 3TJGA 3GURA 1B9YC 3LEFA 1B8XA 1K0CA 2OBKA 1X9MB 1ZZYA 2XHFA 2FA4A 2GSRA 1GLQA 4X1UA 3KEBA 2H30A 2CZ2A 3EYTA 3RHBA 2IPAA 2OADA 2YNXA 2FCHA 2H1BA 4K0NA 3CBUA 5IPGA 1Z3EA 4IJ3A 3F6FA 2H0IA 2NTOA 2JACA 2RM5A 3LG6A 4KDXA 2KOKA 1PMTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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