4I8BA

Crystal structure of thioredoxin from schistosoma japonicum
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
b'SNVLHIETDDDFDSFLKENKDKLIVVDFFATWCGPCKKIAPAFEALSADRSALYVKVDVDKLEETARKYDVSAMPTFIVIKNGEKVDTVVGASIENVEAAIRKHK'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Expression, characterization and crystal structure of thioredoxin from Schistosoma japonicum.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin
source organism Schistosoma japonicum
molecule tags Oxidoreductase
total genus 32
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.8: Protein-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4i8bA00
2WZ9A 1XWCA 4MH3A 1SKSB 3GFKA 2YOIA 1Z7PA 2K6VA 3KD0A 3GH6A 3GUSA 2CAIA 1B8XA 1K0AA 3GV1A 4D73B 3A5WA 4PUFC 3WYWA 5DCGA 1T7PB 4PQHA 2N5BA 2R4VA 2GT5A 2VLUA 4YH2A 1RK4A 2H0GA 3F6FA 2ON7A 3FYGA 2PPTA 2FWGA 5KN2A 1GTBA 1NW2A 3C73A 5D9XA 1LJRA 3HKRA 2IL3A 4GSTA 2C0DA 3SBCA 4YQVA 4GLTA 18GSA 2TRXA 4V2NA 4GQCA 1FW1A 4ZBAA 1XPVA 1YKCA 3GYKA 1V2AA 5IMZA 2CT6A 2M46A 4K0NA 3TDGA 2MYGA 6GSVA 3UARA 3DYRA 5GAND 1WOUA 4I8BA 5DVBA 5A4VA 3KXOA 3RAZA 3A2VA 2VIMA 2N5FA 3QAGA 1DSBA 1J0FA 2NBSA 2DJ1A 5JCWA 3LGCA 2GSRA 2FGXA 2FUG2 4F0BA 1TK5B 1GRXA 3M0FA 4WBJA 4OFNA 17GSA 5AIVA 5DALB 5J3RA 3HHVA 2YV9A 2QKEA 1THXA 3IA1A 4MJBA 5HFGA 2H72A 1WRYA 2ZCTA 4K1FA 1J08A 3KMOA 1SYRA 1NM3A 1B4QA 5CNWA 3TJBA 2JACA 2OE0A 3ZVJD 2H6ZA 1OC9B 2DJ3A 4F9ZA 4PQ1A 1MDKA 2XHFA 1IYHA 1YKAA 2MMZA 4HJMA 4ECJA 5IQYA 2VCZA 2B3SA 3D22A 5AISA 1R4WA 5ECNB 4F82A 4K7NA 4ZXGA 1Z5YE 5IO0A 1SD8A 1ERUA 3P8WA 3TUEA 2K8VA 3M3MA 4HJ2A 4F03A 1XVWA 5G2ZA 3HXSA 1AQXA 5IOWA 3TRXA 1USBA 5ECIB 5CO3A 2FWHA 22GSA 2B5XA 1ERTA 1S3AA 3P90A 3QOUA 3GTUB 3IXRA 2N5AA 5FT3A 3IHQA 4TXVA 2LQQA 4N0ZA 4L5OA 4KW6A 3TRPA 3F63A 3WGXA 2WDUA 1WE0A 3LXZA 2B7KA 1X9MB 3KGKA 3CBUA 1GL8A 4KDYA 1EOHA 3EMXA 4LLRA 1GH2A 4XIHA 4HZ2A 5JCGA 4HEA2 1SL0B 5D73A 5IMFA 2MMOA 1QGVA 4O92A 2VO4A 4MJAA 3CRTA 3D5JA 1U87A 1B9XC 4YAVA 4PX1A 4CDOA 2H76A 4POLA 3ZREA 1U3AA 1SJ6A 5F07A 5IO2A 2I4AA 4WETA 1ACVA 2R3XA 4HI7A 2WULA 1G0TA 2J9HA 1GLQA 2BMXA 3ISOA 2OKAA 4HZ4A 2X8HA 4BL7A 1ZYEA 1WWJA 3QR6A 2FD3A 5DJMA 3GX0A 4KA0A 4RUVA 2YWNA 1M2BA 1VF3A 3DIEA 1FOVA 2LRNA 13GSA 2K8SA 1HQOA 1X5EA 3EVIA 5ECOB 2VOCA 1K0OA 4EUYA 1U6TA 3LYPA 4IELA 3GX8A 4XTSA 3GKKA 3VFIA 3U6VA 1GTAA 4K2DA 4Q5RA 4I2TA 3QDNA 3UIWA 4MZWA 2WCIA 5F05A 5ECMB 4IGJA 4IVFA 1DUGA 4YQMA 5LD0A 3Q18A 3HYPA 1BEDA 5KEJA 1K3OA 4K7IA 5EY6A 4E8HA 1OKTA 3RPNA 3UEMA 2DJJA 4D73A 2C1YA 3ME8A 4GSSA 2VAFA 3Q19A 1HNBA 4EE0A 2YJHA 3N5OA 1R5AA 5JCUA 2FLSA 2L6CA 5DJLA 5HR0A 4HS1A 2QSIA 1EP7A 2CX4A 4PQIA 3IR4A 3KH7A 4ACSA 1T8EB 4HDEA 3KMNA 1ON4A 2B5YA 4OFMA 3EU3A 1O8WA 2HT9A 5CYYA 4G19A 1KBNA 3VWXA 1MDIA 5DCHA 3FZ4A 5CRHA 1PSQA 2VL2A 2KHPA 4Q5NA 3IAS2 3IK7A 2HYXA 3KH9A 2V1MA 1W4VA 2JZSA 2GLRA 3TJKA 2LJKA 1T00A 2CVDA 4KNDA 2GZZA 3QAVA 4IS0A 2LEGA 2WB9A 2YZHA 1EP8A 1T4ZA 4IP1A 2VCWA 3DVWA 4NPBA 5A4WA 1OC3A 1H4OA 4GCIA 1XXUA 3D0ZA 3I69A 5DALA 3J7Yk 3L0HA 1A23A 2NDOA 2FWFA 1F3BA 3HD5A 3GA4A 3KZQA 3D4TA 4OO5A 16GSA 1JZRA 3QPMA 1RQMA 5IMDA 2TIRA 1XCCA 4KSOA 1UN2A 2O85A 2DJ2A 2IMDA 3BOAA 4HOJA 1QXHA 4O7HA 1WMJA 2DC5A 2PVQA 3K8NA 4EXJA 1KEBA 4IBPA 4DSRA 2LNTA 5C04A 4IQ1A 1MEKA 1QUWA 4ZB6A 5J41A 1GULA 1QMVA 4YQUA 3TKQA 1VF2A 4OMVA 3IK9A 5DBQA 4JR4A 3APOA 1S3CA 3PR8A 4MZCA 1YY7A 4KAEA 1CQGA 2QGVA 3FR3A 4K6XA 2VCVA 2R2JA 4TXOB 3KTLA 4NHWA 3TGZA 4PNGA 5D96A 2HLSA 1ST9A 4HQZA 4EDYA 1PGTA 8GSSA 1OYJA 2VLTA 2OADA 1R5PA 3CSHA 1K3YA 3UVTA 4POKA 3VWVA 3P2AA 2HE3A 3VI5A 2LJAA 3VLNA 5B8BA 2HZEB 2YPMA 4MK3A 3ZFLA 1K0NA 5D8IA 1X0RA 1XWBA 1GNEA 4L5LA 5DDLA 2CA8A 2AJQB 1GUMA 1N8JA 1XVQA 4KDUA 1TK8B 1EV4A 2OE1A 3N9JA 4KH7A 5FWGA 4KSMA 2V32A 4V2LA 4V1Ag 1GSYA 1TOFA 4BPYA 2FA4A 2VLVA 3FZ5A 1OAZA 3HZ4A 3L78A 3ZMKA 2ZUPA 2MZCA 4ZIJA 2MBTA 1TK0B 2C8UA 4Q5FA 2RM6A 6GSUA 1H75A 1O85A 1XW5A 2B6MA 4HUAA 1TRWA 1V58A 4V2MA 1GP1A 1HD2A 1PX6A 1FVJA 5ABRA 2YANA 4AJ8A 1V9WA 4K7OA 2C4JA 4WF4A 4IJIA 1EZKA 1THOA 2I81A 2V6OA 1Y25A 4WBRD 2V6KA 5HR1A 5INYA 3EU4A 2C3TA 3ZIVA 2AV4A 1GTUA 2PUKC 1ZZYA 3TKSC 3WT1A 4OWYA 2H30A 1OKDA 2VD1A 3EINA 2H1AA 1HNCA 3ZMLA 4BA7A 3I43A 2LRTA 4MJCA 4ML6A 2IMIA 5EPFA 5D9VA 2GGTA 4ULXA 3I9V2 2VM1A 2OJLA 1JHBA 4BWSA 2VCXA 3U5RE 4EDZA 1B4PA 4AJ7A 1YQ1A 1E2YA 2M72A 1XIYA 2L4QA 4EC0A 2P5QA 2XBIA 1AIUA 3GSSA 1ILOA 6GSTA 2BJXA 1PD21 1TI3A 2ON5A 3W8JA 1C72A 2HFDA 1G6YA 3FR6A 2VL9A 4TVEA 2DLXA 2NVLA 1Z9HA 5CREA 2DIZA 1GUKA 3QMXA 5H5RA 2F9SA 3VURA 20GSA 1F6MC 3Q74A 1M7TA 5D9WA 3C8EA 3VWUA 2I1UA 4FYCA 3CYNA 4YAPA 1ZMAA 2PU9C 1EEJA 3L9UA 3Q6OA 1O73A 1GSSA 2EIOA 5HR3A 3EE2A 1JZWA 1TU8A 3P7XA 2AYTA 3BCKA 2H66A 1M9BA 3HCZA 6GSXA 2E2GA 2GQMA 4ZB8A 3VPTA 1W89A 3RHCA 3M8NA 2YWIA 4IN0A 4O32A 1A8LA 2LJRA 3LWAA 3LXTA 3WGEA 3WD6A 2WS2A 3ZRDA 2VD0A 3IE3A 1DE1A 5AIXA 3KIJA 1M0UA 4GTUA 2GSQA 1SK1A 6GSYA 3ERFA 2YWOA 2DJKA 4F2IA 1Q4JA 5COHA 2E7PA 2K18A 3ZLPA 1YZXA 1YJ6A 5G1LA 1AQVA 4E8EA 1X5CA 3O6TA 3TJGA 4HU7A 19GSA 3E9JB 3BCIA 4LA1A 5J9CA 4K9ZA 2H8LA 3G7IA 4XS6A 5A5KA 4K0GA 3O76A 4XS4B 5DQYA 2GQLA 3WGDA 5IIZA 2KP1A 4DSSA 3IBHA 2AUVA 2C0GA 4GRFA 1TI1A 4ZL7A 2L4CA 1GSDA 2E0QA 3IRAA 3DKSA 2ZNMA 3V1WA 4FYBA 3WT2A 2L5OA 3TCOA 1T4YA 1BX9A 3CRUA 3LJRA 4BWQA 3HZ8A 1UVZA 2CX3A 2WJUA 3KP8A 3QAWA 2FWEA 2H0IA 4XRAA 4IHUA 3TKPA 3TRQA 4IQAA 1BAYA 2CVBA 1O81A 2AB6A 1G6WA 3EURA 4TR3A 1TRUA 3EMPA 3QCPA 4MZBA 4Q5QA 11GSA 5HFKA 3C71A 3HVXA 5ELAA 1A2MA 1TU7A 2H0HA 2IMFA 2RLIA 4XCSA 4EKZA 2PERA 3L4NA 3VK9A 2WFCA 3GRXA 3ZZXA 4ECIA 1FB6A 5DAKB 2FCHA 1K0DA 4FH8A 3ME7A 2LV3A 1ZCPA 4JRRA 3EYTA 2KLXA 3O3TA 5IPHA 3UMAA 4GQFA 2O7KA 1BQ7A 3QFBC 3LSZA 4GSNA 5CAXA 4GF0A 1NHYA 2EIQA 1UC7A 1K0BA 3EWLA 3DXBA 3GHAA 1A0FA 2PWJA 1U3IA 2FNOA 1LBKA 3ED3A 5AN1A 2VCQA 2OBKA 2B1LA 1XWGA 2HI7A 1F37A 3CXGA 4MF7A 2C80A 3F4SA 1UA5A 1OE8A 5J5NA 1AQWA 1DBYA 1YF0A 2HSHA 1JLWA 3CSIA 4MJEA 5IMVA 3UBKA 1FHEA 3ZYWA 4O5RA 1PQNA 2LUSA 4ZL9A 3ERGA 3FEUA 4K8MA 3GIXA 4MABA 1YEXA 2IN3A 2GS3A 1PRXA 1JFUA 2A4VA 4EF0A 1ZL9A 4JZQA 4LL1B 5B7CA 2WGRA 1XOAA 1SKWB 3CTFA 3ZTLA 5A4UA 1Z3EA 2WRTA 3RBTA 3BJ5A 3RDWA 1MD4A 1PKWA 2X8CA 1EOGA 2LS5A 4XRDA 5F06A 3C1SA 4X0XA 2H01A 2O8VB 1XWAA 4QQ7A 1V57A 2H1GA 4J56E 3TJFA 4ILFA 2PGTA 3F4RA 2L6DA 5CRGA 3H79A 1OC9A 4EL1A 3TKSE 2JZRA 1GLPA 5KN3A 2VUPA 4J57E 5IMAA 1R7HA 5GSTA 4KCEA 1WJKA 2LQOA 5EVOA 2K9FA 4OCEA 4PNFA 1M2AA 2RUFA 4MLYA 2I3YA 1CQHA 1FAAA 1O7UA 14GSA 4JR6A 4KCAA 3DEXA 1V98A 1R26A 1DE2A 4XHMA 5ECKB 4IKHA 3W6GA 3HA9A 3GTUA 2L57A 1A24A 2GVPA 1F9MA 2YP6A 3IDVA 4FIWA 1TTZA 4KE3A 5HFIA 4DEJA 1WP0A 4OD7A 2DSAA 3IAM2 5GZZB 9GSSA 4X43A 5C00A 4HU9A 1SL2B 3F4TA 1K0MA 2M80A 3A3TA 1YF1A 3GL5A 2KP2A 5ECLB 3UJ1A 5B6MA 1GSEA 2X8GA 1M9AA 3DMLA 2Z9SA 2F8FA 4WEYA 2YV7A 2P31A 1PN9A 1VF1A 3C7MA 4AGSA 2OA7A 4TR4A 1EWXA 3KM6A 1NSWA 3AY8A 2YNXA 3LEFA 2XPEA 3F9UA 2B7JA 3KP9A 4N30A 4MH2A 4HQSA 3R2QA 1SL1B 1U88A 2YCDA 1AXDA 4NHZA 4IJ3A 4X1UA 1B9YC 2AAWA 4POBA 2FHEA 3GL3A 2GZPA 3DGQA 1SKRB 3L9VA 2L59A 4MP4A 3GH9A 4XS1A 4OFTA 2LTKA 2RUEA 2DMLA 4TR1B 3FZ9A 2C0FA 4PXOA 4EVMA 3QFAC 1PL1A 2C3QA 3FW2A 1B48A 3HJPA 3BD2A 1XFLA 3FZAA 4AJ6A 1A8YA 3NZNA 2KUCA 5D9TA 2CZ3A 3ZIJA 3NOFA 3UL3A 3BBYA 4L0WA 1WIKA 3H1NA 1N2AA 4ZB9A 4RI7A 4PGTA 5DQSA 5ECHB 1TJDA 5ECSA 4DSQA 5HR2A 2H19A 2OE3A 5DAKA 1X9SB 4ZILA 2H1DA 3D6IA 4WR4A 3DD3A 4TW5A 3LQ7A 4IP6A 3GKNA 2DJ0A 1TRSA 2DIYA 4DVCA 4NV5A 3E0UA 4TRXA 2JZTA 4QL9A 1IYIA 4JBBA 3UVHA 5JWOB 4AF2A 2CZ2A 4MDCA 2H70A 1GSQA 1AUCA 3GN3A 1TXXA 3JCML 1VF4A 3HDCA 2H73A 1AW9A 4TN8A 1F3AA 2GDRA 2O87A 2PVOC 2C0EA 2GZYA 4MA9A 2A2SA 1GSUA 4FYUA 3VI7A 2H1BA 2F3MA 1HNAA 3G9BA 3HJOA 3MAKA 2H6XA 4MPGA 1EV9A 2IFQB 1YDKA 3F0IA 5F0GA 5HQPA 2L5LA 5CRWA 1X5DA 4PURA 4POMA 3GKMA 2IWTA 3I6AA 4ZBDA 4BVXA 3F8UA 5ID2B 4G9HA 2RIIA 1LU4A 5KN1A 5KN0A 3ERWA 4QL7A 3SWLA 1RW1A 12GSA 4WXTA 2HSYA 2CQ9A 5CRDA 2VM2A 1XZOA 5FHIA 5L71A 4WKWA 1Z6NA 3PINA 4NMUA 1TRVA 2B5EA 3US3A 4LMVA 1ZOFA 2I9HA 4CHSA 2XBQA 1GNWA 1AC1A 5IMCA 1BG5A 5D93A 5H5QA 3FR9A 2VL3A 3LFLA 4N0VA 3TKSA 1FG4A 5F8BA 5IPGA 4L8EA 3C1RA 2HXKA 2IIYA 3IV4A 3W8SA 1Y6EA 4ECCA 3FRCA 1TW9A 3HVVA 5ECPB 2IMKA 2LSTA 2JU5A 1AAZA 3CSJA 3KTBA 3F3QA 2P5RA 1PA3A 2HZFA 4NXIA 3IOSA 2OBIA 4LMWA 2RM5A 3IPZA 4BVYA 2YZUA 1PKZA 1ERVA 2BTOT 5G31A 1SU9A 1FVKA 1JZDA 1I9DA 1YEPA 1ML6A 2J23A 3DRNA 2H74A 3D4MA 3MWHA 4L0UA 1MD3A 5JWQB 4TXOA 3HY2A 2VL2C 3UAPA 2HRNA 3DWVA 4FO5A 4JEDA 3OR5A 5JWRB 1TDIA 4OO4A 1F2EA 3A2XA 2X99A 3H8QA 2R6KA 4NWYA 1SJIA 1PMTA 1OC8A 3APQA 4N10A 4G2EA 1O6JA 2HZEA 1K0CA 4JU5A 1GWCA 3ZL5A 1OVNA 1Z6MA 5LCZA 7GSSA 3APSA 2NTOA 2JSYA 4I2UA 1V40A 4MMMA 4MCUA 6GSSA 1SK0A 3NIVA 3UOMA 4RQRA 4TOPA 1KTEA 3KEBA 2JSZA 3M9JA 3A2WA 2O89A 3CTGA 4V1Ap 3RHBA 3FKFA 1XBSA 3VWWA 3M1GA 2GSSA 4ECBA 1WPIA 1FB0A 1NHOA 5E59A 2H71A 1EEMA 4GXZA 1ZYQB 1G7EA 2NPBA 4GWRA 4N11A 5AGYA 2JL4A 4TR1A 3F6DA 1BYEA 1A0RP 1XWKA 3D21A 4LL4B 1SJZA 5IOXA 1KNGA 1GTIA 3FHKA 1PX7A 5ECQB 3ZFBA 4ZBBA 4NV2A 1T3BA 2A2RA 2R5GA 3TOUA 3PGTA 2IJYA 3GSTA 2CAQA 4CW9A 4I97A 5G5FA 3VPQA 1K3LA 2MMNA 2ES7A 3L9SA 2HRFA 5G1KA 1URMA 2E2MA 2V41A 1M2DA 2GT6A 4RI6A 3TJJA 4EO3A 3GMFA 3PH9A 1HYUA 1GSFA 3HJMA 3S9FA 1G7OA 2AHEA 2TRCP 2H6YA 4PUAA 1X9WB 2GSTA 2DMMA 5EL8A 2PMTA 4KGIA 5ENUA 2VCTA 2LNSA 4KB3A 4I5QA 5G5EA 2XC2A 2GTUA 3H4KA 1OE7A 1SK2A 1J9BA 2CVKA 1MDJA 4MPFA 1M99A 5B8AA 4NAXA 5CP1A 2D2ZA 5B6NA 4ISDA 5LNKe 4H86A 2OACA 3LG6A 2B1KA 2HNLA 1XW9A 1ERWA 2DBCA 2QC7A 1Z7RA 5J4UA 3G7JA 4OCFA 1XW6A 6GSWA 2PBJA 1TKDB 3DVXA 3EC3A 4KUNA 10GSA 1GUHA 3IC4A 1EGRA 1A2JA 4MF5A 1MTCA 2IFQA 2G0FA 1BJXA 3E3EA 1QK8A 4ID0A 3MSZA 5ID2A 4IW9A 2ALBA 4P3YB 4TKYA 3FY7A 1E6BA 2X64A 2H75A 1JZOA 3G7YA 3MDKA 1A2LA 2MBSA 2MMAA 4Z7XA 5H5SA 1SYXA 2R37A 1EGOA 5ELGA 2IPAA 2YWMA 4I6XA 1ZGNA 4F0CA 4G10A 2F8AA 5G30A 3H93A 1TP9A 4JE1A 1SENA 4MF6A 4DSSB 3TB2A 1Q98A 2YJ7A 1QQ2A 4RQXA 1S3DA 3LYKA 2XPDA 1VGLA 4ZL8A 3MNGA 2FY6A 3CMIA 2F51A 2EC4A 2JADA 2V2GA 4KX4A 1JLVA 2GQKA 5ECRB 4XS4A 2G2QA 3GKXA 3TKRA 3FK8A 3J7Yb 2KOKA 5GAPD 2YN1A 2FA8A 1QFNA 3KJYA 3TOTA 4TR0A 1FO5A 1PL2A 1T1VA 2C3NA 4KDXA 3ZVJA 1ABAA 1O8XA 3QD9A 2REMA 2LKUA 2EIRA 3M9KA 4ML1A 1SD9A 4WR5A 2P0GA 5J9BA 2CV4A 1XOBA 3ZITA 3KCMA 3F3RA 2IMEA 1I5GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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