1YF0A

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and oligomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
167
structure length
167
Chain Sequence
SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFIHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 49
structure length 167
sequence length 167
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yf0A00
5IOWA 3CXGA 1XWBA 3D22A 4PNGA 4RQXA 1XW6A 2KP2A 4TOPA 5DQYA 3ME7A 5IIZA 3F4RA 2C0GA 2LUSA 1Z6MA 1JHBA 4K9ZA 4FYCA 4LMWA 2CA8A 5KN1A 4IW9A 1ZMAA 3LXTA 4BPYA 4I2TA 3KMOA 3N5OA 3KH7A 3EC3A 1GUMA 1OC9A 4Q5NA 4ECBA 2KUCA 2L4QA 3MAKA 4JRRA 3FZ5A 4PX1A 1B9XC 1ERWA 4ACSA 2JZRA 3KIJA 2GS3A 2HZFA 1F2EA 3QOUA 6GSWA 4PQIA 4HZ2A 4EC0A 4EVMA 4GQFA 4V1Ap 4MJEA 4TKYA 1E2YA 4FIWA 3MDKA 5ELAA 1M7TA 4NAXA 1ZCPA 3I69A 2AJQB 4IQAA 3GV1A 3L78A 3LEFA 1OKTA 1GUHA 2YOIA 1DE1A 4V2NA 3GX0A 4MF5A 4G10A 2P5QA 1XWGA 3QDNA 2VCTA 5IO0A 2LRTA 2OE1A 3GIXA 4PXOA 4I2UA 1EEJA 2CVBA 2LJRA 5H5QA 4KCEA 3FKFA 1MDIA 4BVXA 5GAPD 3QAVA 4YQVA 4RQRA 2RUFA 2FCHA 3U6VA 3KTLA 4BA7A 3P2AA 3BCKA 4HJ2A 2H75A 1OVNA 2R5GA 1Y25A 1PQNA 2YJHA 3BD2A 4NPBA 18GSA 3RHBA 2YWIA 4OCFA 2NVLA 1YZXA 4F2IA 6GSSA 2B7KA 1Z9HA 2DJKA 2WGRA 4QL7A 2DBCA 2NBSA 1EEMA 5INYA 3HVSA 2I3YA 1TK0B 11GSA 2REMA 3ZIJA 5ECRB 1TU7A 5F05A 4KSOA 2TRXA 5F8BA 3RPNA 4WR5A 2I4AA 1B8XA 2K18A 5D9VA 5B8BA 1A2JA 1C72A 4N30A 4BVYA 2GVPA 2PVQA 4RUVA 3HZ8A 3RBTA 1KTEA 5HR2A 3WT1A 2GTUA 3H93A 3ZVJD 2JSZA 3IK7A 1K0BA 1F9MA 3LORA 1K3OA 5DALA 4WKWA 4ZB9A 5A4VA 3M1GA 1UVZA 3KJYA 2C0EA 3I6AA 4HDEA 1Z5YE 4NHZA 2YN1A 2H1BA 3CTGA 4K7IA 1WOUA 3P8WA 3ZFBA 1GSQA 1TU8A 5CRWA 5JCUA 2ON5A 2HRFA 1BG5A 2I81A 2LKUA 5DJLA 1GNWA 1GL8A 1RK4A 1THXA 1O7UA 1FW1A 4TXOB 5AIXA 3QCPA 3ZLPA 4MDCA 3LWAA 4AJ7A 3GFKA 2X64A 4GSSA 2DMMA 3M8NA 4X43A 4ECCA 1GSSA 1EWXA 17GSA 2FGXA 1GSEA 1U87A 2Z9SA 2B3SA 1H4OA 3H4KA 2MZCA 1AQWA 1F3BA 1MD3A 1VF2A 5KN2A 2YJ7A 5CRHA 3UOMA 3QFAC 1ML6A 3HZ4A 3TJGA 1SU9A 13GSA 4IKHA 2FA4A 4Z7XA 4MK3A 3FR6A 4HUAA 4PUFC 3TRQA 1X5DA 5ECHB 4OWYA 3HJPA 2IMFA 4GXZA 3LGCA 2AUVA 1SYXA 2RIIA 1OKDA 1PL2A 1OC8A 2WB9A 3FR9A 1UA5A 2VL9A 2PN8A 4YQUA 1FVKA 1YF0A 1GSYA 4IJ3A 3TDGA 3QAWA 1BAYA 8GSSA 2JZSA 2BJXA 2RM6A 3IC4A 2WS2A 3C7MA 1GLPA 1SKWB 1O8WA 1A23A 4NV2A 2VCWA 1NHYA 2O7KA 2P5RA 4KAEA 1LU4A 3S9FA 1LJRA 5ECOB 5ECKB 1YJ6A 3CBUA 1Z7RA 5G1LA 3DMLA 4KB3A 2PWJA 4TR4A 6GSYA 3VWUA 4ZBAA 3UMAA 1XW9A 1ZGNA 2I9HA 1OC9B 2CV4A 3FHKA 5IO2A 3W6GA 3TOUA 1AQXA 1V2AA 4JR6A 2FY6A 1FB0A 2CAIA 4ZBDA 1DE2A 1WJKA 1GSUA 1MDKA 2TIRA 1ON4A 4EDZA 1QK8A 1T4YA 2H76A 4CW9A 2MMOA 4F0BA 2DIZA 3EURA 4KH7A 1AAZA 4ZB6A 5J5NA 3TKSC 2H19A 4DVCA 1CQGA 1A8YA 1XVWA 1SK1A 3CYNA 2L57A 2L59A 3LG6A 4K1FA 1M9AA 4J57E 5D9WA 4KW6A 3Q74A 3BCIA 4TRXA 4TR1A 4JEDA 1ZOFA 4HZ4A 3D4MA 2AB6A 2JZTA 4MPFA 3VWXA 2EIRA 1PN9A 3BJ5A 3F3QA 1A8LA 4HQSA 3TKRA 1V57A 2HT9A 2R4VA 3L9VA 4XHMA 5EVOA 3MNGA 2B6MA 1F37A 2X8CA 5AN1A 2V32A 5EPFA 2DLXA 2IJYA 3W8SA 3CRTA 3FZAA 1AQVA 12GSA 4ISDA 1VF3A 1TW9A 3LQ7A 4EUYA 4XS4A 1G6YA 4AJ8A 2WJUA 5D9XA 2ZCTA 1TI3A 3D21A 5LD0A 1SK2A 2N5BA 3UVTA 4V1Ag 3IOSA 1XWAA 1JZWA 3GMFA 3F4SA 5ECQB 1FOVA 2LJAA 3Q6OA 2VCZA 5IMZA 3F4TA 4PGTA 2GQLA 1URMA 2L4CA 1J0FA 2AAWA 2DJ0A 3V1WA 5DALB 3L4NA 1SL0B 4OFMA 4D73A 4K8MA 1X5EA 1KNGA 4KUNA 2F3MA 3KM6A 4KA0A 2MMNA 4K7OA 2FNOA 2H74A 2CVKA 3C1RA 4GTUA 5HR1A 4FO5A 1SD8A 1SYRA 5G5EA 3J7Yk 1XOBA 5GAND 5CP1A 3VWWA 2X99A 2VLTA 3TCOA 4WBRD 3DEXA 1TI1A 2MBTA 1XPVA 5CNWA 4TR3A 2FHEA 3FW2A 2H71A 3IE3A 3E9JB 2FWGA 2B1LA 1LBKA 1SENA 2HI7A 1YDKA 4E8EA 3PR8A 3A2VA 2O89A 3VPTA 3JCML 2HSHA 1FB6A 1BX9A 4HU7A 2IMEA 2LJKA 4V2LA 3RDWA 1VGLA 3IV4A 2OE0A 4PUAA 3MWHA 3QFBC 2PGTA 1O8XA 1X9SB 3O6TA 1T1VA 1GRXA 14GSA 4TVEA 5ID2A 1MTCA 4JU5A 5G2ZA 2K8SA 4XS1A 3APSA 4IVFA 3ERFA 3LFLA 4MJCA 4ZIJA 2H1AA 2B7JA 2M46A 3WT2A 4PNFA 4NXIA 3A2WA 3QR6A 3G7YA 3HXSA 2EIQA 3PGTA 3F8UA 2XHFA 3LXZA 2YZUA 2KHPA 3HCZA 1U3AA 1YEPA 2OKAA 2DJ1A 2N5AA 3GNJA 4ZXGA 2O8VB 2H01A 2C8UA 1A2MA 5DQSA 2FWFA 2H6ZA 1SK0A 1X9MB 3G7IA 4ZL7A 5HR0A 1XZOA 4OCEA 2VD1A 3DVXA 2H6XA 1NSWA 4I6XA 1JZOA 2G0FA 5CAXA 5ECPB 4I8BA 3UBLA 1A2LA 2GSTA 2C4JA 4NWYA 3WGDA 3F6DA 3TJKA 5FWGA 5DJMA 2VCVA 1F3AA 2L5LA 2H0HA 1SKRB 1K0DA 1M2BA 1WMJA 3HHVA 3M0FA 4AF2A 1QFNA 3P7XA 4LA1A 3L0HA 2YCDA 4NV5A 1THOA 1TK5B 2CX3A 3IK9A 1PMTA 1X9WB 3GTUB 4DSSA 1SJZA 3BBYA 3C1SA 4XRDA 2RLIA 3GKMA 2CAQA 1N2AA 1WRYA 4L0UA 3HD5A 5B8AA 3GH9A 5F07A 3G9BA 5F06A 4WEYA 1MD4A 1XBSA 4YH2A 1TRWA 4GLTA 3UJ1A 1B4QA 3C73A 2R6KA 3GYKA 3IHQA 3ERGA 2L5OA 1NHOA 5ECNB 2E2GA 1OE8A 1TKDB 2ES7A 3K8NA 4LL4B 1V58A 2HFDA 4ML6A 3KD0A 2IMDA 2YANA 5C00A 3PINA 1BYEA 2A2RA 3HVXA 3HVVA 3NZNA 4WBJA 1B48A 3F3RA 3KP8A 5ABRA 1EP7A 3ZMKA 2GQMA 3CSJA 4XS4B 5F0GA 4IELA 3TJBA 2VCQA 3HYPA 3FEUA 1USBA 2XC2A 2FWHA 5IMAA 5DDLA 4H86A 1TRVA 4L8EA 2E2MA 16GSA 2GSRA 2WRTA 4N0VA 2XBQA 4KNDA 4G2EA 4YAVA 5ECLB 4XRAA 5IQYA 5JCGA 4HOJA 2IMIA 2WCIA 3ISOA 1KEBA 1JZRA 3IPZA 1PKWA 2A2SA 1G0TA 3UBKA 1PA3A 4GQCA 2GGTA 1JFUA 1YY7A 5J4UA 4YAPA 2C3TA 3F9UA 2YPMA 2V1MA 5JWQB 2FLSA 2FD3A 2OACA 1TXXA 4MH3A 1K0MA 3H8QA 2DJ2A 3IAM2 4GRFA 3EVIA 2GT6A 2I1UA 4Q5QA 3UAPA 4CHSA 3H1NA 1MDJA 2PU9C 22GSA 2PPTA 1V40A 1OYJA 3H79A 2N5FA 3KCMA 1UN2A 3L9UA 1H75A 1YKCA 5G30A 1QQ2A 1Y6EA 4EL1A 4G9HA 5H5SA 3TOTA 4OO5A 2H1GA 3TJJA 5ECMB 4GF0A 3GURA 2R37A 4RI6A 4J56E 2CQ9A 3CTFA 3BOAA 1TTZA 4GCIA 2R3XA 4ILFA 2VL3A 1NM3A 1PKZA 3FR3A 3KP9A 1TJDA 1Z6NA 4TR0A 1FG4A 5LNKe 5GZZB 3QD9A 3ZRDA 1AXDA 3TKPA 3M9JA 3ZYWA 5C04A 2PBJA 1ST9A 6GSTA 4L5OA 2DIYA 4WXTA 1K0CA 5B6NA 3J7Yb 3QPMA 2LNSA 1V9WA 3DXBA 3DVWA 2MYGA 3UIWA 3M3MA 4FYBA 2XPDA 2B5XA 5HQPA 2IFQA 2ON7A 2C3NA 3G7JA 2YWNA 2GT5A 2JL4A 1S3CA 1B9YC 3APOA 2IMKA 4MZWA 2YP6A 5G1KA 4ZL8A 3RAZA 5HR3A 2JSYA 1Q98A 1TP9A 2GSSA 1I9DA 4HQZA 2H1DA 4JE1A 2YNXA 7GSSA 4NHWA 3DYRA 1AIUA 1I5GA 5D96A 5DAKA 3GL5A 1T4ZA 2NTOA 2TRCP 2GZZA 4O92A 5DVBA 1CQHA 5JWOB 2AHEA 2IPAA 3UARA 2GZPA 4MF7A 1A24A 3GA4A 2YV7A 5DCGA 4MLYA 1GP1A 2QKEA 1QMVA 1X5CA 3C8EA 3IBHA 4IP6A 2VLUA 3EMPA 3KMNA 2C0FA 1QGVA 6GSUA 3LYKA 2VO4A 3KTBA 5LCZA 1K0AA 3E0UA 4OO4A 5CO3A 2P31A 1ZZYA 4WF4A 1TRUA 3SWLA 2VOCA 5G5FA 1YKAA 4P3YB 1NW2A 3D0ZA 2FUG2 4V2MA 3TJFA 5KEJA 1ERTA 1PGTA 4DSQA 1T3BA 4KX4A 4OMVA 2VD0A 2V41A 4N0ZA 2KP1A 2EIOA 3OR5A 2H6YA 4TXOA 2YZHA 3WGEA 2HSYA 3NIVA 3WGXA 2EC4A 1EGRA 5H5RA 2B5EA 4IP1A 2DSAA 4MP4A 1Z3EA 1QXHA 2PMTA 3HJMA 2CVDA 1GNEA 3Q18A 4I5QA 1N8JA 4TW5A 1U3IA 4KGIA 4IHUA 5E4WA 5COHA 4L0WA 3KXOA 2CZ2A 2WZ9A 2M72A 2WULA 3E3EA 2H66A 1T8EB 4K7NA 5JCWA 1HD2A 2IWTA 2GLRA 1S3AA 3CMIA 2XPEA 1VF1A 1AW9A 1ZL9A 4K2DA 3FY7A 3SBCA 2OBKA 4EXJA 1M2AA 3KEBA 2O87A 4MZBA 2YV9A 3QMXA 4IS0A 1X0RA 4BWQA 3DD3A 2OJLA 1XCCA 1UC7A 3RHCA 4CDOA 4XIHA 2VLVA 3ZTLA 1B4PA 10GSA 3VLNA 2KLXA 1DSBA 20GSA 2AV4A 5ECSA 2ZUPA 4MPGA 3UL3A 2X8HA 5D93A 3TRXA 4POKA 1HYUA 4KDUA 3A3TA 3ZL5A 4MCUA 4POLA 3W8JA 2LRCA 4WF5A 4FH8A 4QL9A 3GKXA 1OAZA 2CX4A 3VPQA 1ACVA 4AGSA 2VIMA 1G7OA 3DWVA 3VWVA 1SKSB 4JZQA 3PH9A 2JADA 5IMVA 1R7HA 3EMXA 3TKQA 1GSDA 3EYTA 1MEKA 3IAS2 1ABAA 2GSQA 2HE3A 2H70A 1WE0A 1SD9A 4FYUA 6GSVA 3FK8A 1W4VA 5J9BA 4ZILA 3VURA 2L6DA 1XWCA 2P0GA 5HFKA 5CYYA 3CRUA 1EV4A 3DRNA 1R5AA 2VL2C 4LLRA 3APQA 3M9KA 2L6CA 3ERWA 4EO3A 1K3YA 3QAGA 3F6FA 2C3QA 4F0CA 5IPGA 2K8VA 1O81A 4O7HA 5AGYA 3UEMA 5KN3A 1U88A 1PD21 1HNCA 5B7CA 4GWRA 3ED3A 5EY6A 4GSNA 4GSTA 3GSTA 3KZQA 1BEDA 2GDRA 2YWOA 1DBYA 2IFQB 4KDYA 3A5WA 1GTAA 3F63A 3I9V2 1WWJA 2IN3A 1GLQA 4POMA 2NDOA 5ECIB 5B6MA 1V98A 2WFCA 4OFNA 3KGKA 5KN0A 2D2ZA 4HI7A 3ZVJA 4DSRA 1HNAA 4TR1B 1RW1A 2LQQA 2QSIA 1G6WA 1OC3A 4ZL9A 3FYGA 3HDCA 5DAKB 1GWCA 3VI7A 4BL7A 1YQ1A 1EOGA 3HA9A 3GKKA 3TRPA 2ZNMA 4LL1B 2JACA 3HJOA 5J3RA 5IOXA 3FZ4A 2VM1A 2AYTA 1QUWA 1XWKA 3FZ9A 1GULA 1AUCA 5D73A 5E59A 4WETA 1M0UA 4RI7A 2DC5A 1GSFA 2PERA 2VM2A 1K3LA 5CREA 4O32A 2OE3A 2M80A 3DIEA 1T7PB 3TB2A 2C0DA 1O6JA 3TKSA 2YWMA 4KSMA 1R5PA 3FRCA 4ECJA 2DMLA 1WP0A 3EE2A 1FAAA 1ILOA 5IMCA 3GL3A 4IQ1A 5L71A 4DEJA 3IXRA 1F6MC 2VAFA 19GSA 3HY2A 1WPIA 3P90A 3EINA 2J23A 1XOAA 4K0NA 4D73B 4J2FA 2HXKA 5IM9A 4ID0A 2O85A 1TRSA 2HZEA 1ERVA 3WYWA 4HEA2 6GSXA 2BTOT 4KDXA 2H73A 2HNLA 3ZITA 4N11A 5GSSA 4LMVA 4NMUA 3U5RE 1ZYQB 4IBPA 3TGZA 3EU4A 3US3A 2V6OA 1O73A 3D6IA 4KE3A 3O76A 5ENUA 4F82A 3A2XA 1O85A 2FWEA 1M9BA 4PQ1A 3NOFA 3IR4A 4ZB8A 2IL3A 2OBIA 4HS1A 2DJJA 2WDUA 3UVHA 3IDVA 3ZZXA 4EE0A 1R4WA 2QC7A 2F8FA 2B1KA 4G19A 4MF6A 5HFGA 4K0GA 3EU3A 3IRAA 3N9JA 1Z7PA 3GKNA 1J9BA 1E6BA 1XXUA 2CZ3A 5ID2B 4O5RA 3VFIA 2RM5A 3DGQA 3R2QA 2JU5A 4MJBA 4F03A 2GZYA 4ZBBA 2OA7A 5IMDA 3GUSA 1OE7A 2FA8A 1JZDA 3AY8A 4Q5FA 1M2DA 5IPHA 5JWRB 1W89A 9GSSA 1M99A 1EOHA 5ELGA 1XIYA 1XW5A 1GTUA 1SJ6A 3O3TA 2BMXA 2NPBA 3GSSA 3D4TA 4ECIA 2K6VA 4YQMA 5J9CA 3LJRA 3IA1A 1GTIA 5AISA 5EL8A 2C1YA 1TDIA 4OFTA 3CSHA 4MJAA 1AC1A 1EV9A 4TXVA 3TKSE 1PL1A 2PUKC 3GH6A 3VI5A 4MZCA 1PX6A 1GTBA 5A4UA 4EKZA 4X0XA 5IMFA 3F0IA 3D5JA 2LNTA 3DKSA 3Q19A 4WR4A 1KBNA 2MMZA 3GTUA 2VUPA 1VF4A 3I43A 4MMMA 4XCSA 4ML1A 2LSTA 5D8IA 2J9HA 3RPPA 2K9FA 5J41A 1GUKA 4IN0A 4EDYA 4JBBA 4POBA 2MBSA 1EZKA 3CSIA 2RUEA 1PX7A 4F9ZA 2A4VA 1PRXA 4MA9A 1EP8A 1VRSD 1T00A 2HLSA 2R2JA 3L9SA 3WD6A 4MH2A 2G2QA 3EWLA 1EGOA 4K6XA 1A0FA 4PURA 5CRGA 4DSSB 1ZYEA 4PQHA 3LSZA 2V6KA 2F8AA 1G7EA 2GQKA 2KOKA 4Q5RA 1GH2A 3ZFLA 5CRDA 3ZIVA 1R26A 4HJMA 3KH9A 2VCXA 3ME8A 4OD7A 2H30A 2X8GA 3GN3A 5DBQA 1IYIA 1FHEA 3HKRA 1J08A 2LV3A 1HQOA 4AJ6A 2LRNA 2CT6A 1JLWA 2VL2A 4MABA 2V2GA 1ERUA 1U6TA 2MMAA 4QQ7A 1IYHA 1RQMA 2F51A 4JR4A 1A0RP 5GSTA 2C80A 2LQOA 1YEXA 2PVOC 3C71A 2LEGA 3GX8A 1SJIA 2HYXA 4HU9A 4XS6A 4E8HA 5G31A 2H72A 1JLVA 3GRXA 1TK8B 4IJIA 4EF0A 4N10A 2LS5A 1XVQA 2XBIA 2ALBA 3ZREA 4XTSA 2F9SA 1YF1A 2IIYA 2LTKA 2OADA 4I97A 4BWSA 1BJXA 2DJ3A 1FVJA 4ULXA 5D9TA 1K0OA 2HRNA 2E7PA 4KCAA 2H8LA 1PSQA 3VK9A 2H0GA 1WIKA 5FT3A 1SL2B 1Q4JA 2E0QA 5A5KA 1HNBA 3GHAA 1S3DA 5FHIA 5DCHA 2B5YA 1FO5A 4TN8A 4IGJA 4X1UA 1BQ7A 1DUGA 2H0IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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