2P5RA

Crystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the oxidized form
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
SKNPESVHDFTVKDAKENDVDLSIFKGKVLLIVNVASKCGMTNSNYAEMNQLYEKYKDQGLEILAFPCNQFGEEEPGTNDQITDFVCTRFKSEFPIFDKIDVNGENASPLYRFLKLGKWGIFGDDIQWNFAKFLVNKDGQVVDRYYPTTSPLSLERDIKQLLEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of a Poplar Thioredoxin Peroxidase that Exhibits the Structure of Glutathione Peroxidases: Insights into Redox-driven Conformational Changes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutathione peroxidase 5
molecule tags Oxidoreductase
source organism Populus trichocarpa x populus deltoides
total genus 43
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2007-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2p5rA00
3WGEA 3IHQA 3DEXA 2AAWA 3GTUA 1ZZYA 2HT9A 3EVIA 4KX4A 2HZEA 2DMMA 1GH2A 1GNEA 3TRPA 2FWHA 1TK0B 2H72A 2GSQA 3AY8A 4XCSA 4HUAA 3ZL5A 2HYXA 4MPFA 4K8MA 3UJ1A 3KMOA 4TXOA 1XPVA 5COHA 4YQUA 3A2VA 3GTUB 5DDLA 3UVHA 4YQMA 1U88A 3APOA 2FWEA 2IMEA 1GSQA 1A0RP 2HZEB 1XW9A 2FA8A 6GSUA 3F63A 3SBCA 2H1BA 4LL1B 5CYYA 2C3TA 3IAS2 4HJ2A 4TR1A 2M72A 1MDIA 5DCGA 3EURA 3GKMA 1LJRA 3HVXA 3EINA 2M80A 4WR5A 5JCWA 2EIOA 4JE1A 2H74A 3C73A 2JZRA 2OJLA 3DRNA 4EVMA 3V1WA 4YQVA 2VL2A 5JWRB 1ML6A 5CRGA 4MK3A 2H8LA 2DJKA 2P0GA 1V57A 2RLIA 5ECQB 3HCZA 4KW6A 3C8EA 1V9WA 3DD3A 4AGSA 3UBLA 1E6BA 1R5PA 2OA7A 3VI7A 4IW9A 3W8JA 2IL3A 1PKWA 3GN3A 3QR6A 3GYKA 4IHUA 4PNFA 2XPEA 2MBTA 5ECIB 1U6TA 3DYRA 2VL2C 3D4MA 3QCPA 1AQXA 2CA8A 4XIHA 4KAEA 1F6MC 4JR6A 3FZ5A 5CAXA 1M9AA 2EIRA 2C8UA 3KEBA 4K7IA 4HQZA 5JWOB 2QKEA 5G30A 1QXHA 2HSYA 3L78A 3HJPA 5D93A 1TI3A 2I3YA 2OBKA 2C1YA 1FVJA 2A2SA 2VD0A 1Y6EA 3LXZA 5F06A 1GSEA 3NIVA 5HFIA 3EE2A 1C72A 1NHYA 3F4TA 2QC7A 1TK8B 1YJ6A 3E0UA 4BPYA 3J7Yb 4F9ZA 4KSMA 2E7PA 4Q5QA 2F8AA 4AJ8A 1O81A 5C00A 4OD7A 4K6XA 2VM2A 3HVSA 1XW5A 2C3NA 2R3XA 2GZZA 5ECPB 3TCOA 2C0EA 1ZYQB 2DMLA 2KP2A 1TXXA 4KGIA 22GSA 2YV9A 2L5LA 6GSTA 2MMZA 2C80A 2VAFA 4IQAA 4N10A 1YEPA 4NV5A 1IYHA 2LTKA 2LSTA 3QMXA 5DJLA 1OC8A 1Z6MA 1BQ7A 4ILFA 1WMJA 2NDOA 2VO4A 4DSSA 3IPZA 3HD5A 1OE7A 3APQA 1GLPA 2HLSA 2HFDA 1A8YA 3GX0A 3W6GA 1CQGA 1EOHA 4XHMA 2B5YA 2IMKA 2M46A 4KE3A 1B9YC 4I6XA 4ECCA 1NW2A 4OFMA 3L9UA 3DIEA 3VK9A 1ILOA 3HY2A 3P90A 1EGOA 4DSSB 1HNCA 3QAGA 1A23A 3TKSE 1B4PA 1FO5A 12GSA 2VCZA 2O85A 5HQPA 2GZPA 3UBKA 3N9JA 2IIYA 5AGYA 5G1KA 2G2QA 4WR4A 4G9HA 5HR1A 4KNDA 4FYBA 3GIXA 3CXGA 3IA1A 3L0HA 3KXOA 1S3DA 1TJDA 1QUWA 5LNKe 1GSSA 4HZ4A 4F82A 3L9VA 3TKSA 1AW9A 4NWYA 2GSSA 3ISOA 2L5OA 2MMNA 4TN8A 5CO3A 2B6MA 2LQOA 4PQHA 2H6YA 5KN1A 4V2NA 2NTOA 4FIWA 5D8IA 2PGTA 1X9WB 3O3TA 2JZSA 1ERVA 3TUEA 1RW1A 3M8NA 1VF3A 4LMWA 1V40A 2R6KA 2FNOA 5IOXA 3FZ9A 3VWWA 2R4VA 5JWQB 1ZMAA 1XXUA 3RBTA 1JFUA 2VL9A 1TKDB 14GSA 3H4KA 1TRWA 2VL3A 3M9KA 5GAPD 4POMA 3LJRA 4QL9A 1XOAA 3LYKA 4FH8A 4XS4A 2JADA 2AHEA 3KTLA 5GZZB 2E2MA 4O5RA 1T1VA 2E0QA 3APSA 2PMTA 4IN0A 2YV7A 2LEGA 1YF0A 2F9SA 1GUKA 1KNGA 3IRAA 3TOTA 1WIKA 4PUFC 2YPMA 1BYEA 1EOGA 4MZWA 5IMCA 5J4UA 4XS4B 1O6JA 1Z7PA 3NZNA 2LQQA 2YWNA 1BJXA 3ZVJA 2A2RA 2V41A 1XVWA 2L57A 3VWVA 2PPTA 2JSZA 2X99A 3E9JB 1R7HA 4D73A 2FD3A 5A5KA 5A4UA 1XIYA 2O8VB 3IBHA 2O87A 1U3AA 2ZUPA 2XBIA 3ZMKA 5CREA 3LWAA 3VWXA 3ZYWA 2JSYA 1GULA 3EMPA 4WEYA 1BG5A 3HXSA 2PU9C 4EDYA 1F2EA 4IP1A 4D73B 4RQXA 4MJEA 3F3RA 3U5RE 5CP1A 5IPGA 3DKSA 1TK5B 4NHZA 1T4YA 1CQHA 2F3MA 4KA0A 1SL1B 5DQSA 1PX7A 1V98A 4GLTA 3RPNA 1K0OA 1JZRA 4OWYA 1E2YA 2B1KA 2GQKA 3G9BA 1N2AA 3GRXA 3K8NA 2YWIA 4HS1A 1K3YA 1TI1A 3A3TA 5IMFA 4MF6A 3LQ7A 1J0FA 3GMFA 1JLWA 4V1Ap 2B5EA 5ELGA 3GSSA 3ZVJD 4HU7A 2WDUA 4BVYA 2EIQA 3TDGA 1G7EA 1R26A 1A24A 1SYXA 7GSSA 3UIWA 2N5AA 3NOFA 4TVEA 1F9MA 4HQSA 3MSZA 3LXTA 2VCWA 5F05A 1WE0A 5DQYA 1THXA 3FHKA 3F6DA 5ECHB 3VFIA 2WJUA 3LYPA 1WOUA 4PURA 1LU4A 2FLSA 3ZTLA 4K9ZA 2GTUA 2WFCA 5E59A 4NMUA 4E8HA 1WP0A 3ERFA 1GSDA 1A0FA 1WRYA 1OKTA 2BJXA 2K9FA 2DJ1A 2IMIA 6GSWA 3ZITA 4AF2A 4GTUA 5GSSA 1ST9A 4ZXGA 2VCQA 5IOWA 3ZMLA 2DJ0A 1K3OA 1DUGA 1SU9A 1BAYA 5IM9A 3RDWA 4X1UA 4EXJA 2CVKA 5ID2A 5ECMB 2IPAA 2C0FA 3TJFA 1ERTA 1PL2A 2H0HA 4WKWA 3H93A 1T8EB 2NBSA 5DJMA 1OC3A 3LGCA 3FRCA 1JZWA 2LRCA 3GV1A 5D96A 5ID2B 4TXOB 3HJOA 2FGXA 1PX6A 2F8FA 1EP7A 1T4ZA 3IAM2 4KCEA 17GSA 2LNTA 3F6FA 4YAPA 4TR1B 1K0BA 2C0DA 4PQ1A 3GH9A 3H1NA 2GT5A 1FAAA 1X9MB 1EWXA 1RK4A 3HYPA 1SK0A 1UVZA 4MJCA 3DMLA 2VIMA 4Q5FA 1SD9A 1MD4A 1X5CA 1G7OA 4TOPA 2JU5A 4TR4A 1MTCA 2K8SA 3MNGA 3R2QA 4JU5A 1MDJA 4PXOA 3GSTA 2CX3A 3UAPA 3BCKA 2MMOA 4KDXA 3IXRA 1ERWA 2D2ZA 18GSA 2TRCP 1XWBA 5H5QA 1S3CA 3TRXA 1WWJA 1B8XA 3WD6A 1BEDA 2L6CA 3IC4A 2V6OA 2CV4A 2LKUA 1B4QA 4IGJA 3US3A 3BD2A 1O8WA 2FA4A 1YF1A 5EY6A 5ECNB 1USBA 3I69A 4N30A 2B1LA 3IV4A 2WULA 1FG4A 2EC4A 4ZL9A 1M99A 4ECBA 5L71A 2X8HA 3IOSA 3UL3A 1HNAA 4ULXA 1Q98A 1FVKA 4X43A 3RAZA 1YZXA 4TR3A 1PGTA 1VF4A 1N8JA 4JEDA 1NSWA 4JBBA 1X0RA 3PH9A 2J23A 2OE3A 2K6VA 2LV3A 5FWGA 1GL8A 4TR0A 3KGKA 2O7KA 2C0GA 4Z7XA 4KB3A 3GUSA 4MJAA 5J9CA 2HI7A 1YEXA 1AQWA 2OKAA 3D0ZA 2WGRA 1XWCA 1QFNA 3QDNA 2KLXA 1QK8A 1M2DA 3TGZA 4PQIA 5GAND 3EU3A 4IS0A 4GWRA 2LUSA 2IWTA 4TW5A 2OADA 1AUCA 1XW6A 3I9V2 1X5EA 2DJJA 3L9SA 4MF7A 3N5OA 3PGTA 3GKXA 3DGQA 5IPHA 2YZHA 3CSHA 1K0MA 4GXZA 1M7TA 2DIYA 1SJIA 3D4TA 4NPBA 4Q5RA 3UARA 4WETA 5FT3A 4LA1A 1PKZA 5CNWA 2BMXA 2L6DA 5F8BA 1QQ2A 3F8UA 1VF1A 1A8LA 1J9BA 5JCGA 4V1Ag 1SL0B 1FB0A 5E4WA 1GUHA 3TJKA 1MEKA 2PVQA 3KM6A 3IE3A 2GQMA 2YNXA 5J9BA 2I1UA 1PN9A 3F0IA 3F3QA 4XS6A 3KZQA 1TU7A 2VLUA 4LLRA 2QSIA 2DIZA 2HE3A 4HDEA 2KP1A 2MYGA 3TOUA 3FYGA 5AIVA 1PD21 4WBJA 3QOUA 2WCIA 2OACA 2V6KA 2H01A 1VRSD 4F03A 4IVFA 3ZFBA 6GSYA 1OC9A 1WJKA 3KJYA 1EZKA 4EL1A 5G5FA 3TKSC 3O6TA 1GUMA 2CX4A 2HRNA 2L4CA 3Q74A 2P5RA 2YCDA 3D22A 1XFLA 3CTGA 1F3BA 1HNBA 4MH2A 1SL2B 1OC9B 5AN1A 2FCHA 3A2WA 3QAWA 5B6MA 5B8BA 5H5RA 2H19A 3EU4A 4V2LA 3M1GA 2YWOA 5ECSA 1K3LA 4X0XA 1R4WA 4J57E 5F07A 3C71A 2H75A 1GNWA 3A2XA 2GSTA 3GNJA 3A5WA 3UEMA 1Z5YE 1T00A 1GTAA 3F4SA 1GP1A 3VLNA 4IKHA 3FY7A 5F0GA 2LRNA 1UC7A 1SD8A 4K1FA 2KHPA 2H73A 1GSYA 3VURA 1GTUA 2PVOC 4IELA 3ZIVA 1PA3A 2HRFA 5DALA 3FZAA 3HA9A 1PRXA 4MA9A 2A4VA 2H1GA 9GSSA 2AB6A 1AXDA 4O92A 4AJ7A 3H8QA 4ZB9A 4F2IA 2FY6A 4DSRA 4GSNA 3G7JA 3L4NA 4CDOA 2BTOT 3BOAA 5B7CA 2LS5A 2ON5A 4F0CA 4OCEA 3ERWA 2IFQA 4OO4A 3LG6A 3VI5A 3MDKA 2MZCA 5DALB 1VGLA 3ZREA 1A2JA 8GSSA 3O76A 4K2DA 3HZ8A 1Y25A 4J2FA 3Q6OA 1NM3A 1PMTA 3VWUA 1QGVA 13GSA 3TJGA 4RQRA 4H86A 2IMFA 1NHOA 2CAIA 3CSIA 1W89A 2GT6A 1I9DA 2ES7A 3FK8A 4L5LA 1MD3A 3KIJA 3C1SA 4L8EA 3U6VA 5KEJA 4POLA 4NV2A 4BL7A 4KDYA 3ME7A 2XPDA 5IMDA 1TW9A 2JL4A 4I2TA 3HJMA 3DWVA 4K0GA 4WXTA 2MMAA 3ZRDA 5IMZA 4MPGA 2YZUA 2FWGA 2V32A 4ACSA 2Z9SA 3CSJA 2OE0A 1YKAA 1XOBA 4MLYA 3CBUA 1GRXA 4I97A 2R5GA 4PX1A 1AQVA 4HI7A 1OKDA 2ON7A 4WBRD 4G2EA 4QQ7A 2GGTA 5IMAA 1SJZA 3UOMA 4MF5A 1YKCA 3BJ5A 3LEFA 3UVTA 3TKPA 1U3IA 2RUFA 5D9WA 3IDVA 4KCAA 4TRXA 1XWAA 2RUEA 3EWLA 3WGXA 2P5QA 4N11A 3WYWA 1Z7RA 4GRFA 5AISA 3ERGA 4GF0A 4NXIA 3HVVA 3WT1A 4I2UA 3QFBC 3D5JA 4NAXA 2C4JA 2PBJA 4CW9A 4N0VA 2GVPA 11GSA 2CZ3A 4ECIA 1FHEA 2RM6A 3ZIJA 3C7MA 1THOA 1TRVA 1GLQA 3QPMA 2CVDA 3TJJA 2PERA 5IO2A 3IK9A 3FR6A 5D9VA 2GDRA 2VCVA 1HYUA 4HOJA 3CMIA 2I4AA 4HU9A 2H30A 4ZIJA 5ECOB 3WGDA 1TOFA 4GQCA 4GCIA 4K7OA 1VF2A 4BWQA 2PWJA 2PN8A 1ERUA 4WF4A 3GL3A 5DBQA 4HZ2A 5HR2A 1DSBA 2PUKC 5JCUA 3OR5A 3F9UA 2H1DA 4EO3A 1WPIA 1EV9A 3TJBA 3GX8A 2LJAA 5FHIA 1DE1A 3KCMA 3HDCA 5G1LA 5KN0A 1XCCA 3KP8A 1SKRB 1TDIA 1H75A 3GH6A 3HHVA 4ECJA 4O32A 3G7IA 2OBIA 4F0BA 5G2ZA 2H0IA 1O73A 4YH2A 1ON4A 2N5FA 2GS3A 2LNSA 3G7YA 2KUCA 1Z3EA 2C3QA 4L0WA 2TIRA 4IQ1A 4IJIA 4XRAA 1PL1A 1K0DA 3MWHA 2QGVA 4POBA 1SK1A 4RI6A 2HXKA 4OFTA 3M0FA 2CT6A 1X5DA 2LRTA 1G6YA 4JRRA 2YN1A 5G5EA 3EYTA 4CHSA 3S9FA 5C04A 3Q18A 3QAVA 1TP9A 3TRQA 2WRTA 3VPTA 2GSRA 5D9XA 2H6ZA 2IMDA 1PQNA 2HZFA 4IBPA 2YANA 4P3YB 3IK7A 1G0TA 2AV4A 6GSVA 1OVNA 2ZCTA 3TKQA 4PUAA 5DCHA 1GSUA 1SKWB 1ABAA 4EE0A 2RIIA 1KBNA 4MZCA 5IIZA 4FO5A 4ZB8A 4AJ6A 1O7UA 1G6WA 5ECKB 1KTEA 2VLTA 5EPFA 5A4VA 4MJBA 4TXVA 1M9BA 3J7Yk 4OCFA 3W8SA 2VLVA 4MABA 6GSSA 3KTBA 1URMA 2NPBA 2CQ9A 1SYRA 2TRXA 2XHFA 4EF0A 4KUNA 16GSA 2B7JA 4JR4A 3FR9A 5IMVA 2X64A 2H70A 6GSXA 1H4OA 4KSOA 4OO5A 3WT2A 1S3AA 3LFLA 4MMMA 1YDKA 1K0AA 3GA4A 3KH7A 1OAZA 2DC5A 2XBQA 2GZYA 2I9HA 2KOKA 1ZYEA 1JLVA 2J9HA 2K18A 1M2AA 3EMXA 1EGRA 4FYUA 1ZCPA 5DAKA 1LBKA 2YP6A 4LL4B 1O8XA 3FEUA 5J5NA 1R5AA 2FWFA 4BVXA 1TRUA 2V1MA 2CAQA 4GSTA 3MAKA 3TKRA 20GSA 2DLXA 2AUVA 3D6IA 4DEJA 4I5QA 1B9XC 2OE1A 1IYIA 2YOIA 1XZOA 1M2BA 1TTZA 3I43A 2B5XA 4MH3A 3FW2A 2DSAA 2VUPA 5DAKB 1W4VA 2YWMA 5CRWA 1JZOA 4ZBDA 2X8CA 1UN2A 1TRSA 4TKYA 1ZL9A 4PGTA 5ECLB 5B6NA 2JZTA 1PSQA 1Q4JA 3HKRA 1GTBA 4ISDA 1A2MA 1U87A 3FKFA 2JACA 4G19A 5IO0A 2VM1A 1AIUA 4QL7A 5HR0A 3ME8A 4LMVA 1BX9A 4EUYA 2B3SA 2H1AA 3KMNA 3DXBA 5LCZA 2CZ2A 1HQOA 4ZBAA 3H79A 5LD0A 3GFKA 3ZLPA 2IJYA 1GWCA 2WZ9A 4WF5A 2LJKA 5CRDA 3TB2A 1OE8A 4XRDA 3BCIA 5AIXA 4XTSA 4L0UA 1ZOFA 5G31A 4I8BA 4ID0A 1X9SB 5B8AA 2AYTA 2H76A 1SJ6A 3D21A 1T3BA 3P2AA 4KH7A 4ZL7A 2WS2A 1RQMA 4FYCA 5D9TA 5HFKA 3CTFA 3SWLA 3GL5A 3CRUA 3DVWA 5INYA 3RHBA 3PR8A 4POKA 3E3EA 2YJ7A 3ZZXA 1AC1A 4J56E 4XS1A 1FB6A 3DVXA 1M0UA 2R2JA 4MDCA 5H5SA 5EVOA 1EEJA 1HD2A 3FZ4A 3RPPA 2WB9A 2H0GA 1J08A 1FW1A 2HNLA 4HEA2 3QFAC 2ALBA 3IR4A 5IQYA 19GSA 3VPQA 1KEBA 2AJQB 3EC3A 4JZQA 4ML6A 2REMA 1AAZA 2GLRA 3LORA 2DBCA 2N5BA 2VOCA 5HFGA 1MDKA 4L5OA 1I5GA 5J41A 4K0NA 4EC0A 4ZL8A 5HR3A 1V2AA 3KH9A 2XC2A 4E8EA 2I81A 3BBYA 1YY7A 2R37A 3GKKA 1GTIA 2H6XA 4DVCA 1XBSA 2B7KA 2IN3A 4O7HA 4RI7A 1EEMA 1JHBA 5EL8A 3GURA 1XWKA 1Z6NA 3UMAA 2DJ2A 4BWSA 2IFQB 1XWGA 3FR3A 2FHEA 4RUVA 2K8VA 2L59A 2LJRA 1T7PB 1UA5A 2E2GA 5ENUA 1SENA 5D73A 5GSTA 2X8GA 3I6AA 4G10A 1JZDA 4V2MA 1EP8A 5ELAA 10GSA 4ZILA 2GQLA 5J3RA 4OMVA 2DJ3A 2H66A 4ZB6A 4BA7A 3JCML 3CYNA 2VCXA 4K7NA 3HZ4A 4GSSA 4EKZA 1DBYA 1QMVA 4OFNA 4KDUA 3ED3A 1SK2A 1ZGNA 2NVLA 4DSQA 1V58A 2F51A 4ZBBA 2O89A 1SKSB 1K0NA 2FUG2 5ECRB 2HSHA 4MCUA 2YJHA 1FOVA 4IJ3A 4ML1A 4EDZA 3KD0A 3M3MA 5KN3A 3C1RA 2L4QA 1K0CA 2VCTA 5KN2A 3LSZA 2ZNMA 3QD9A 1GSFA 3RHCA 2P31A 1DE2A 2VD1A 5ABRA 3CRTA 3P7XA 1B48A 4Q5NA 3GKNA 1EV4A 4MZBA 1OYJA 3P8WA 1O85A 2MBSA 4PNGA 4IP6A 3ZFLA 2G0FA 4HJMA 4N0ZA 2RM5A 1XVQA 1F37A 3KP9A 1ACVA 5DVBA 5CRHA 1TU8A 1F3AA 3GHAA 4NHWA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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