2P5RA

Crystal structure of the poplar glutathione peroxidase 5 in the oxidized form
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
SKNPESVHDFTVKDAKENDVDLSIFKGKVLLIVNVASKCGMTNSNYAEMNQLYEKYKDQGLEILAFPCNQFGEEEPGTNDQITDFVCTRFKSEFPIFDKIDVNGENASPLYRFLKLGKWGIFGDDIQWNFAKFLVNKDGQVVDRYYPTTSPLSLERDIKQLLEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Glutathione peroxidase 5
publication title Crystal Structures of a Poplar Thioredoxin Peroxidase that Exhibits the Structure of Glutathione Peroxidases: Insights into Redox-driven Conformational Changes.
pubmed doi rcsb
source organism Populus trichocarpa x populus deltoides
molecule tags Oxidoreductase
total genus 43
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.-:
pdb deposition date 2007-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00255 GSHPx Glutathione peroxidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2p5rA00
2TIRA 4HZ4A 3EVIA 3GNJA 3LJRA 4QL7A 1DBYA 1V58A 4PNFA 3ERWA 4YQMA 1MDKA 2XHFA 3F0IA 3IAM2 3IA1A 1GSDA 4EC0A 3APOA 5DALA 5IMDA 2YWMA 3S9FA 4WBJA 3BBYA 4GTUA 1MD3A 1ILOA 4X43A 4RQRA 4FYBA 1GSFA 1VF4A 5ELGA 1PRXA 2IL3A 2AHEA 3A5WA 3BOAA 4EDZA 4ID0A 4XHMA 1XWGA 2WB9A 1GTAA 2L4CA 1T3BA 2F9SA 3TRPA 2B1LA 3GKMA 4LMWA 3D4MA 1TW9A 4OO5A 2E2GA 2H71A 3M0FA 2OBKA 3KM6A 3WGDA 4F0BA 1A2LA 4ECCA 1Z7RA 5C00A 3QPMA 4BPYA 5DQSA 3GSSA 2ZNMA 2IMKA 4WKWA 4EL1A 1PKZA 3SBCA 3NOFA 1U3IA 2K8SA 4BVYA 4IGJA 1A23A 2YJ7A 1UN2A 1FO5A 3EE2A 4ZILA 4XS1A 4K7IA 2DBCA 1EEMA 1O7UA 1RQMA 4AJ6A 1GTIA 2N5FA 4NV5A 5JCWA 3EURA 4TKYA 2HZEB 1T1VA 3ME7A 1QXHA 5IPGA 2WS2A 3GKXA 5EPFA 2DC5A 4HU7A 3VWVA 2L6DA 3DD3A 5KN1A 5CYYA 2GQKA 3BCKA 4G9HA 2NPBA 3N5OA 4KDXA 4ACSA 5J4UA 1FB6A 4X0XA 4IQ1A 3FK8A 2DJJA 1SL2B 1E2YA 4YQUA 1OC8A 1PA3A 3GRXA 4I8BA 3O3TA 4JU5A 3H93A 2DMMA 1M0UA 4ULXA 2H66A 2H76A 2LKUA 3F4SA 2M72A 3G7IA 2LNSA 1LBKA 4IP1A 2I4AA 3HZ8A 1MEKA 1ZGNA 3WT2A 4TVEA 1KNGA 2IN3A 4KA0A 3F6DA 3ZIJA 1XIYA 1ACVA 2GDRA 5D9XA 1XWAA 2LRCA 4MZWA 5LCZA 2HZEA 3ZMLA 4PUFC 2GTUA 1K0OA 1U87A 1N8JA 4PQ1A 3QFAC 1YKAA 1FG4A 2H1GA 4AGSA 5G2ZA 3J7Yb 2DJKA 3UVHA 4ISDA 2E7PA 2AJQB 1FHEA 2FD3A 3CTGA 3ZVJA 3TKSA 1UC7A 4G10A 4AJ7A 5D96A 2YPMA 1UA5A 2JADA 1EOHA 2RUEA 1X5CA 1QMVA 3ZFLA 3UAPA 4L5LA 2L4QA 1A24A 2O85A 2HFDA 3CMIA 1GSSA 1CQHA 2GZZA 5ECHB 2REMA 2MBSA 14GSA 1NHOA 2HSYA 5EY6A 4MA9A 3IBHA 3ZTLA 3G7YA 3LFLA 3KTLA 8GSSA 2HSHA 4XTSA 3HXSA 3EMXA 3TGZA 5B8AA 2GGTA 3H1NA 1TP9A 1JHBA 1XWCA 2LEGA 1X5DA 4LA1A 3HYPA 5ID2B 1R5PA 2GS3A 2B1KA 5HFKA 2A4VA 2CVKA 1OC9B 1DSBA 1A0RP 2HLSA 2DIYA 2LRTA 4WF5A 4YAVA 4NWYA 3Q74A 1EV9A 4LLRA 2DJ1A 2YWNA 4MF6A 3PR8A 1Z3EA 5JWQB 4Q5RA 4MH3A 5HR3A 2ALBA 3ED3A 1HD2A 3ZREA 2V6KA 1TXXA 4MH2A 5A4VA 1B9XC 9GSSA 4MPFA 1IYIA 3GTUA 2IWTA 1Z6MA 2R4VA 4IQAA 4TXVA 4K0GA 3ZL5A 4MJBA 4N0ZA 4I2UA 2H19A 4KCEA 1YY7A 2GSTA 5B8BA 2P0GA 1WOUA 2IFQB 3APSA 2LTKA 4LL4B 5IOXA 4KGIA 1TRVA 2L57A 3GL3A 2YANA 3G9BA 3VURA 4PQHA 2GQMA 1VF2A 3IPZA 4PQIA 1V98A 1Z9HA 4BWSA 2MMAA 1X9SB 3LORA 2I3YA 1GNWA 1OC3A 3L4NA 4POKA 3FZ5A 5ID2A 1GUKA 1QQ2A 4D73B 1O8XA 2K8VA 1OC9A 2F8FA 1GUMA 1HNBA 5IIZA 3KIJA 4F9ZA 1XWBA 1XZOA 3ISOA 3QFBC 4LL1B 3EU3A 4DVCA 2WGRA 2JACA 2JL4A 2H1DA 4CHSA 1FVKA 5AISA 5J9CA 2LS5A 4J56E 5A4WA 2P5QA 5DCHA 2LV3A 2WRTA 3DKSA 1U6TA 3UL3A 2FHEA 1V57A 3AY8A 2V6OA 3C1RA 3I9V2 4ECJA 5JWRB 4DSSA 3NZNA 2B5EA 22GSA 3PINA 1Q98A 2CQ9A 5FWGA 2IFQA 3P7XA 3HDCA 4MZBA 6GSSA 3D21A 3DWVA 1GH2A 2JU5A 3C8EA 3V1WA 2X64A 4TN8A 4EDYA 1ZOFA 3M9KA 1I9DA 4IJIA 4OFNA 2TRCP 5CREA 2YCDA 3LG6A 3RDWA 1NHYA 2LJAA 4HEA2 5D93A 1DUGA 3BD2A 4ML6A 2KLXA 2EC4A 5JWOB 1V2AA 1B9YC 2V41A 5CRDA 1TDIA 1BG5A 3EU4A 5E59A 4BA7A 4HDEA 5G5FA 4NMUA 1O8WA 4AJ8A 2RM6A 1QFNA 3TKQA 2CX3A 2HT9A 2IMFA 2YOIA 5F05A 3FKFA 5B6MA 1U88A 3MDKA 1T00A 3QCPA 1YEPA 4MK3A 4PUAA 5CNWA 2VAFA 3WYWA 2FY6A 1SKRB 3D5JA 3F3QA 3E3EA 3APQA 1WP0A 1GWCA 3C73A 3KH9A 1GTUA 3KTBA 3IDVA 4OFTA 2OE1A 3HZ4A 3DYRA 2AYTA 3VPQA 4GXZA 1JZDA 1TU8A 2O89A 1M99A 4F03A 3W8JA 3LYKA 4KSMA 2CT6A 3E0UA 4WR5A 4Q5FA 2WCIA 2B6MA 1T7PB 4TR1A 4IP6A 1EWXA 1JZRA 4V2NA 1M9BA 3LGCA 4O32A 1TRWA 2GZPA 2OACA 1X5EA 1WRYA 4FH8A 5B7CA 2NBSA 3WD6A 3FRCA 3QAWA 3QD9A 5J9BA 2PVOC 5ABRA 3W6GA 3QDNA 3TKRA 3KCMA 3OR5A 4RI7A 1XFLA 3NIVA 3GX8A 1TRSA 2VLVA 3UBLA 3CBUA 5D8IA 2I1UA 3DRNA 5ECSA 2YV9A 1ERTA 1OKTA 4OFMA 4IS0A 4EF0A 4ECBA 5DAKA 3RHCA 2CAQA 1GRXA 5HQPA 1JFUA 4JZQA 4GSSA 16GSA 4ZL8A 3FW2A 5GAPD 4F2IA 4XS6A 13GSA 3ERGA 3HHVA 3KMNA 3ZMKA 3RPNA 3HVVA 4KNDA 3GYKA 2CV4A 2CVDA 3CSHA 4ZB6A 1Z6NA 3FZ9A 4ZB8A 3RHBA 1SENA 4V1Ap 4KCAA 2O8VB 3GA4A 1A0FA 4V2LA 4RUVA 1K0DA 2D2ZA 4ZBBA 3D0ZA 2LQOA 1A2JA 4Q5NA 2A2RA 4WETA 1SL0B 4OCFA 6GSXA 5ECLB 3F3RA 1OVNA 5H5QA 3DMLA 1XXUA 1MTCA 1B4PA 3P2AA 2VO4A 11GSA 1LJRA 3M1GA 1F37A 3SWLA 2FA8A 5D9VA 5ECKB 1XCCA 3MAKA 2ON7A 4DSQA 1YQ1A 2V2GA 3G7JA 5ECMB 5EL8A 3TJGA 1EEJA 4OWYA 1TTZA 2MMNA 3WGXA 1PMTA 1EGOA 2E2MA 3QAGA 4J57E 5IMFA 2H73A 2YNXA 1RW1A 4IBPA 2KOKA 4IELA 3ZLPA 5COHA 1PD21 2ZUPA 2C0GA 1H75A 3UVTA 3GIXA 1ZZYA 1XOAA 4FO5A 4JE1A 1MDJA 2KHPA 5KN0A 4NHZA 3IR4A 2RUFA 3GSTA 1SK2A 3IK9A 4V1Ag 1OKDA 4PX1A 1M9AA 4OMVA 5G1LA 1JZOA 3M8NA 3F8UA 3LXTA 3KJYA 5H5SA 4K7OA 1XW9A 2IMDA 4XCSA 2R5GA 4IJ3A 5HR1A 4TXOB 4IW9A 10GSA 3EINA 4HQZA 2C0FA 1AAZA 1T4YA 3QR6A 2RLIA 2KP2A 2HXKA 3L9VA 2MBTA 2MZCA 1E6BA 1MD4A 1USBA 2JSZA 1HYUA 5F8BA 1M7TA 3GV1A 3L9SA 2H1AA 1GSQA 2DLXA 4Z7XA 4HU9A 4NAXA 2VCXA 2C0EA 2TRXA 1WWJA 2DJ0A 4F0CA 1VF3A 1TOFA 1TKDB 1PX6A 3VI7A 4MZCA 2GVPA 3GUSA 3VK9A 5DQYA 1FVJA 2RM5A 4KDYA 3UBKA 2YWIA 3UJ1A 1ML6A 4K9ZA 4TR0A 1KTEA 3HJMA 1O81A 3LEFA 4MF5A 19GSA 2QKEA 2WDUA 3TJJA 2VIMA 1AQVA 3RPPA 1X9WB 4HJMA 2PU9C 3KH7A 3HVXA 1WPIA 2XPDA 2HZFA 1JLWA 1K3YA 3GURA 1PGTA 2C3QA 2O87A 3H8QA 2M46A 2YZHA 4N0VA 2X99A 4TXOA 1AC1A 2AUVA 3GKNA 3PGTA 2H01A 1S3DA 3LQ7A 3JCML 1NSWA 5C04A 2IJYA 2VM2A 4ECIA 2N5AA 4E8HA 1SJIA 1OE7A 1TI1A 5J41A 2VLTA 1YJ6A 1AQWA 4KH7A 4EXJA 5INYA 4WXTA 4J2FA 3MSZA 4TOPA 2WZ9A 4KUNA 2DIZA 3GH9A 4YH2A 1TK0B 2OE3A 3VI5A 20GSA 2A2SA 2F8AA 4K7NA 5DVBA 5EVOA 1DE2A 1U3AA 5F07A 1WIKA 3KXOA 3TOUA 4ZL7A 5F06A 1O6JA 1AQXA 1K0AA 4N30A 3GH6A 3UARA 1AXDA 1URMA 2J9HA 2DJ3A 2PPTA 1K0NA 1G7OA 2YJHA 2HNLA 3QOUA 1XWKA 4XIHA 3TJBA 5ENUA 3HJOA 3O76A 1YZXA 5G5EA 1IYHA 3WGEA 2EIQA 2NTOA 3A3TA 5IMVA 3KMOA 4IN0A 4EUYA 3D6IA 4KSOA 4KDUA 3UEMA 1X9MB 2KUCA 1HNAA 3UOMA 4AF2A 1GNEA 4NXIA 4POMA 3Q19A 5ECRB 1GSUA 5CRHA 4RQXA 2EIOA 4TW5A 3CRTA 3MWHA 1Y25A 3VWUA 7GSSA 2C3TA 4FYCA 2H74A 4MPGA 1MDIA 1W4VA 2GQLA 1Z7PA 2CAIA 2FUG2 3ZYWA 1YEXA 2IPAA 1EOGA 1BJXA 4ZXGA 1TI3A 2H30A 4I5QA 1FOVA 5CRWA 5J5NA 1R26A 3D22A 1ABAA 2BJXA 3CYNA 1YF0A 2VL3A 2VM1A 3DGQA 4G19A 1QK8A 3HCZA 2JZRA 1BX9A 1NW2A 4TR3A 1V40A 5FT3A 2FWGA 3ERFA 2O7KA 3FR3A 4D73A 2B5XA 4I6XA 4EVMA 3IK7A 4GRFA 4XS4B 2XBIA 4HQSA 1WJKA 2V1MA 2ES7A 3F9UA 4ZL9A 4CDOA 3Q18A 5ECPB 1LU4A 3R2QA 1RK4A 3GL5A 5D73A 5E4WA 1A8LA 4HOJA 6GSVA 2VOCA 5CP1A 3O6TA 2L5OA 2VCQA 2I81A 2H72A 2FGXA 1XW5A 3IOSA 1S3AA 4OO4A 2VCWA 2MMOA 4ZB9A 4ZBAA 1PQNA 1B4QA 1ZYQB 5JCUA 2AV4A 4GQFA 3TCOA 3RAZA 3DVXA 3TDGA 1F2EA 2JZSA 1SK0A 1BEDA 2OA7A 4IKHA 2AAWA 4MMMA 3ZIVA 1YKCA 2WFCA 4JRRA 4LMVA 3A2WA 4O7HA 1F9MA 4N10A 5ECIB 1ERWA 4DSRA 1EP7A 2FWHA 3IHQA 1KEBA 2VCZA 2R37A 5DBQA 5B6NA 2LUSA 2QC7A 4KW6A 1H4OA 3P90A 3A2XA 4YQVA 3ME8A 2GZYA 2MMZA 3H4KA 2GSQA 1Y6EA 4GCIA 4Q5QA 4K6XA 1NM3A 3GKKA 3U6VA 1F3AA 4HUAA 5IMZA 2G0FA 1OE8A 1JLVA 1OYJA 4BWQA 3DVWA 2K9FA 5LNKe 1B8XA 3VWXA 2P5RA 4G2EA 1GUHA 6GSUA 1J0FA 3C1SA 4GQCA 1G6WA 5ECOB 2X8GA 3VWWA 4I2TA 4ML1A 1DE1A 3IC4A 18GSA 5A4UA 1UVZA 3ZRDA 3FY7A 2X8CA 2V32A 3MNGA 5CRGA 1GTBA 3DXBA 5CO3A 3GX0A 5AIVA 1EP8A 2QGVA 3Q6OA 3I43A 2G2QA 2DSAA 2PBJA 3I69A 2GT6A 3FHKA 4L0UA 5IOWA 2XPEA 4GLTA 2PN8A 1GSEA 3FR6A 1GULA 1A8YA 1M2AA 2LSTA 3W8SA 3TKSC 5IO0A 3EYTA 1K3OA 1AW9A 3F4RA 1ZCPA 3LSZA 4POBA 3CXGA 3TJKA 3DEXA 4K8MA 4O92A 4L5OA 2BTOT 2N5BA 3TRQA 1BAYA 1XVQA 5HFGA 1C72A 1M2DA 3C7MA 3RBTA 2FNOA 4MJAA 5H5RA 3GHAA 3KZQA 2AB6A 4OCEA 1CQGA 3EWLA 4JR6A 4ILFA 4GWRA 3VPTA 3TKSE 2PERA 4GF0A 1I5GA 3TKPA 2R3XA 5GZZB 4FYUA 5A5KA 4PNGA 4EO3A 1W89A 5ECNB 2OE0A 2CVBA 3KGKA 2R6KA 1XVWA 3GFKA 5IM9A 1AUCA 3C71A 4JBBA 3EMPA 1PKWA 4QL9A 2DMLA 3HY2A 2C8UA 3HA9A 3HKRA 2YV7A 1THOA 1TK5B 5ELAA 4P3YB 1Q4JA 5AGYA 4HI7A 2J23A 4MJCA 2B3SA 4O5RA 4BL7A 3L9UA 3UMAA 4V2MA 5G1KA 2KP1A 5DDLA 2HI7A 4L0WA 4PXOA 2HYXA 5CAXA 1SK1A 3IV4A 2IIYA 4L8EA 5GSSA 1BYEA 1HNCA 2H1BA 3FZAA 2H6XA 4MF7A 4NV2A 2H0IA 4JEDA 4MJEA 4EKZA 1XW6A 1ZL9A 2X8HA 1GLQA 4K2DA 2FWEA 3I6AA 3H79A 1FW1A 4MDCA 4F82A 2NVLA 1TU7A 2NDOA 2WJUA 3ZFBA 4BVXA 3UIWA 2C0DA 1TK8B 3KP8A 4N11A 1K0CA 2LJRA 5IMCA 2OADA 2F51A 2H75A 1SJZA 3F63A 1O73A 3L0HA 2L6CA 2P31A 1OAZA 1XOBA 4FIWA 1O85A 3F6FA 2OJLA 2FCHA 3J7Yk 2DJ2A 2IMIA 2RIIA 3WT1A 3IXRA 5G30A 2K6VA 3P8WA 1F6MC 4RI6A 4WBRD 1AIUA 2H0HA 1SD8A 2ON5A 2OBIA 5GSTA 3CRUA 3GTUB 5HR0A 3US3A 4EE0A 4HJ2A 5HFIA 2VL9A 1PN9A 3HD5A 4XRDA 1THXA 4KE3A 1G7EA 4TRXA 2C1YA 4DEJA 2CX4A 1G6YA 1XBSA 4NHWA 3CTFA 3DIEA 2YWOA 2VD1A 1PL1A 2H70A 5KN3A 1A2MA 4IHUA 5D9TA 1SJ6A 4X1UA 5F0GA 1N2AA 2L59A 2CZ3A 3N9JA 1ST9A 3BJ5A 1S3CA 2VCTA 5DCGA 4MLYA 2GLRA 2JSYA 3ZITA 2VL2C 1ZMAA 3IAS2 1WE0A 3CSIA 1ON4A 3HVSA 3QMXA 1SU9A 4ZIJA 2PWJA 3LWAA 2L5LA 5IO2A 3FEUA 4WF4A 1TRUA 3D4TA 4CW9A 2H8LA 4JR4A 2OKAA 2XC2A 2VUPA 4OD7A 1XPVA 2VD0A 5J3RA 1SL1B 1T4ZA 2HE3A 5DJLA 6GSYA 1EGRA 5KN2A 4ZBDA 3VFIA 3ZZXA 3TUEA 4K1FA 6GSWA 1SD9A 4DSSB 1VF1A 2EIRA 2H0GA 4K0NA 3U5RE 3HJPA 3TJFA 2PVQA 1J9BA 4MCUA 5IQYA 1EV4A 2C80A 2XBQA 5GAND 3IRAA 3A2VA 4PURA 4XRAA 5LD0A 2FA4A 3M9JA 4KB3A 2LJKA 1SKSB 2PMTA 4H86A 4WEYA 2HRFA 3TOTA 3K8NA 3QAVA 1PSQA 1KBNA 2LNTA 4KX4A 1F3BA 2LQQA 4MABA 2FWFA 2PGTA 1VGLA 5JCGA 5KEJA 2PUKC 1SYRA 1GP1A 1M2BA 1WMJA 2LRNA 2ZCTA 1SYXA 2GSSA 2BMXA 2H6ZA 1J08A 4HZ2A 4QQ7A 2B7JA 2Z9SA 1QUWA 1K0MA 3GN3A 1GL8A 4KAEA 1ERUA 5IPHA 3TB2A 2WULA 3KD0A 3BCIA 1ZYEA 2IMEA 2B7KA 1FB0A 1FAAA 1V9WA 2C4JA 3TRXA 2QSIA 2GSRA 4HS1A 4YAPA 2MYGA 2CA8A 4I97A 3PH9A 2CZ2A 2YN1A 2GT5A 5AIXA 2VL2A 1YF1A 3CSJA 3FZ4A 2FLSA 3KEBA 12GSA 2C3NA 1QGVA 3GMFA 1JZWA 4WR4A 5ECQB 1B48A 2I9HA 3IE3A 2VCVA 2YZUA 4TR4A 2K18A 3KP9A 1PX7A 1BQ7A 1K3LA 5AN1A 5HR2A 2H6YA 4TR1B 1TJDA 3L78A 1R4WA 3M3MA 3ZVJD 4PGTA 1YDKA 4MP4A 5FHIA 5DALB 3VLNA 3F4TA 1T8EB 2HRNA 3LXZA 4GSNA 1R7HA 2VLUA 3LYPA 2E0QA 1K0BA 1X0RA 1SKWB 1VRSD 3FR9A 2B5YA 3E9JB 5G31A 4NPBA 4E8EA 17GSA 2R2JA 3EC3A 4GSTA 5DJMA 1HQOA 2M80A 4XS4A 1EZKA 3FYGA 1ERVA 1R5AA 4POLA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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