3A2XA

Peroxiredoxin (c50s) from aeropyrum pernix k1 (acetate-bound form)
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
243
structure length
243
Chain Sequence
PGSIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVSTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLHAESATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRCLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Aeropyrum pernix
publication title Crystal structure of peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 complexed with its substrate, hydrogen peroxide
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable peroxiredoxin
total genus 80
structure length 243
sequence length 243
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 3a2xA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3a2xA01
2P31A 3BCIA 3KP8A 3E3EA 4XRAA 3KGKA 5DDLA 5D9TA 3RHBA 1FB0A 2OJLA 1GSDA 2GDRA 2PUKC 1XWCA 4YQMA 2DJKA 1EOHA 3ZVJD 3CBUA 3HA9A 4BWSA 1VF3A 1YF1A 2VL2C 3DXBA 4KB3A 2QC7A 1O73A 3ZMKA 2MMOA 2LRCA 2ZNMA 3HY2A 3KMNA 3TJKA 2YANA 2VO4A 3UVHA 3KH7A 2PMTA 3GKMA 3MNGA 4KAEA 4YH2A 3KJYA 2R4VA 1EP8A 4PX1A 4WKWA 4LMVA 3D4TA 3C71A 1GUHA 2DC5A 2HLSA 3GX0A 1M2AA 3M1GA 4NHWA 4NXIA 2OBIA 2L59A 2RIIA 3KIJA 2DMLA 3ZITA 1SK0A 1AC1A 3TOTA 3KTLA 2VLUA 1K0BA 1LU4A 1IYIA 3GNJA 1JLWA 2YZHA 1AIUA 1GTIA 1E6BA 3DYRA 3RHCA 2OE0A 2E2GA 3SBCA 1JZWA 5LNKe 3ZREA 4MJCA 5IPHA 14GSA 4K7IA 2H0HA 2P5RA 1GSQA 2R2JA 5HR3A 4IJIA 4Q5FA 2IJYA 11GSA 3WGXA 3QMXA 5E4WA 3G7JA 3VWVA 2E0QA 3EU3A 3Q74A 2H1AA 4TR4A 1XFLA 1GUKA 1O85A 4XS4A 4RI6A 5B7CA 3Q6OA 6GSYA 1JLVA 1BYEA 1OE8A 3TJFA 1QGVA 3C73A 1GTUA 3KXOA 4DVCA 1PA3A 4YQVA 5J41A 1TRWA 3Q18A 3VFIA 2H0IA 2X99A 1RK4A 2PVOC 2CZ3A 1XW9A 1MTCA 4KGIA 3W8JA 2REMA 4MPGA 5C00A 4G2EA 4OMVA 3W6GA 3TKQA 2H01A 2CAQA 1AW9A 5DALB 1T7PB 3MDKA 4POMA 1OC8A 5DJMA 5G2ZA 3UOMA 3N5OA 3WD6A 1THOA 1GLPA 3GTUA 4FYUA 1TXXA 1M99A 5ECSA 3HKRA 5CRWA 1VGLA 2HE3A 2EC4A 3L78A 3FKFA 5IQYA 3IC4A 2VAFA 4OD7A 4MJAA 5CO3A 4WF4A 2YOIA 5F8BA 3UAPA 2R5GA 4MJEA 3HZ8A 1TI1A 3WGDA 2E2MA 4H86A 3E9JB 3W8SA 2L5OA 5DCHA 4K7OA 1O8XA 1YKAA 2LJKA 4GWRA 3MWHA 1NHYA 4N10A 2VCTA 3APOA 5AGYA 1PMTA 1B9YC 3UARA 4K7NA 1DBYA 13GSA 2WS2A 4ZBBA 4MF5A 4ZL7A 3PINA 5IMCA 2LTKA 4TVEA 1V2AA 1EWXA 1WWJA 4ECBA 1Q4JA 4MZWA 5F07A 4POBA 2H1DA 3APQA 4V2NA 3DMLA 2RUFA 1YJ6A 4J56E 5HFKA 4TOPA 3F6DA 3P90A 1B9XC 3CMIA 2OE1A 4IJ3A 4OFMA 5EY6A 5GSSA 5AISA 4WF5A 5IMVA 4IN0A 4MLYA 2AV4A 3QPMA 2NDOA 3S9FA 1AXDA 2DIZA 5CREA 3HVSA 1WJKA 2FA8A 3ERWA 4EC0A 1MDKA 4ZL8A 2LJAA 2XPDA 4ML1A 3GKKA 5JCWA 1GSEA 4DSSB 3HYPA 3A2VA 4I2UA 4GSSA 4ECCA 2JL4A 4WR4A 1CQGA 2F3MA 6GSSA 3KCMA 5A4UA 1GTBA 2G2QA 3F4SA 3IA1A 3QFBC 3WGEA 4IS0A 5CP1A 4DSRA 1Y6EA 3TJJA 3SWLA 3ED3A 1BEDA 1T1VA 2HXKA 4PQIA 4EO3A 3F3RA 1B8XA 1GNWA 4IP6A 9GSSA 3RPNA 2PBJA 1WIKA 4I6XA 3IAS2 2BTOT 3I9V2 3VPTA 5HR2A 3IHQA 4Q5NA 5LD0A 3TKRA 3D22A 4V1Ap 2B7KA 3LXZA 1E2YA 3D0ZA 1GP1A 1EOGA 4GQFA 4IW9A 2K6VA 4WR5A 1XVWA 3GRXA 3EMPA 4L5LA 1PKZA 2VUPA 5D93A 2HT9A 2A2SA 4TXVA 1HYUA 1AAZA 2C8UA 2IN3A 3GH9A 3LGCA 3QAVA 5D73A 4AGSA 1Z9HA 4PNFA 4OO4A 2FA4A 2HSHA 1UN2A 1QUWA 10GSA 4AJ8A 1SKWB 2LEGA 3G7IA 4XS1A 3CTFA 4MDCA 2X64A 1ERUA 1A8YA 1ZOFA 3F4RA 1YQ1A 3D21A 2CX3A 1K3OA 2XHFA 2FGXA 1R26A 20GSA 4ZXGA 3DVXA 2LRNA 1I9DA 2CT6A 4EL1A 1TU8A 1V58A 4AJ6A 5LCZA 2HZEA 2JSYA 1UVZA 3RDWA 1OE7A 5CYYA 1Z6NA 5G31A 4XS6A 1PN9A 4NWYA 3ERFA 4D73A 2WULA 4JBBA 3FZ9A 3VK9A 4XS4B 3DVWA 3GX8A 5IMFA 4ACSA 3ZIJA 3GH6A 4PGTA 5EPFA 4JR6A 4ULXA 5ECIB 1THXA 5IO2A 5L71A 2CZ2A 3H79A 1MD4A 4TRXA 1GSSA 3TJBA 3HD5A 1B4QA 2GZZA 2ZCTA 3F3QA 1ERWA 3DGQA 2WB9A 2QKEA 1R5AA 3QR6A 1GSFA 4WETA 2H6XA 1TOFA 2YWIA 4TW5A 5DAKA 1XCCA 1JZDA 1Z3EA 2BJXA 1W4VA 1DUGA 5J4UA 1OKTA 2AHEA 5G30A 3A2XA 3ZFBA 4HJ2A 3GTUB 4RUVA 1PQNA 3FHKA 1ILOA 3ME7A 2VD0A 3U5RE 1TKDB 1J0FA 2RM5A 3FYGA 3BJ5A 2ES7A 1AQVA 3CSHA 2GLRA 2YWNA 2V6OA 3F8UA 2J9HA 3EURA 4HJMA 2VM2A 4ECIA 1FHEA 1G0TA 3A3TA 2A4VA 3UBLA 2P0GA 3GSSA 2I3YA 3TRQA 3LXTA 1RQMA 4LA1A 1XWGA 2AUVA 1SKRB 3KZQA 5ECLB 1O81A 2YJ7A 4KX4A 3P2AA 3PR8A 1EV9A 4N11A 2B7JA 5IMAA 2YJHA 4IQAA 1T4ZA 2VCVA 4TR1A 5IOXA 5D8IA 1OC9A 2V41A 3F9UA 2QGVA 2B1KA 3BD2A 1ZYQB 4F0CA 2KUCA 4JZQA 3HDCA 4F82A 2O8VB 2GTUA 2DLXA 2LS5A 2LQQA 2TIRA 3GMFA 1ZMAA 1ST9A 2N5FA 4XTSA 3TDGA 2ALBA 5ELAA 1XWAA 4MPFA 3VURA 4JR4A 1U6TA 2JU5A 2LKUA 2GSTA 5ECPB 3VWWA 3GIXA 3AY8A 3ERGA 1R5PA 2VCXA 4L0WA 2H0GA 1PX6A 2FWFA 1PX7A 2VCZA 4BPYA 1PD21 1TU7A 3FZAA 1ABAA 5FHIA 1T3BA 1DSBA 2C0EA 1U3IA 3GURA 1TW9A 5H5QA 1HNCA 1YDKA 2R3XA 1TRSA 4EVMA 2Z9SA 4V2LA 4ZBDA 2YWOA 4POLA 3DRNA 4X0XA 2IMIA 5EL8A 4MP4A 3NOFA 2CX4A 4OCEA 3E0UA 2F8FA 3F4TA 1SJIA 4ZB9A 5DJLA 4HOJA 1W89A 3QCPA 3DD3A 1XPVA 5A4VA 4F2IA 4Q5QA 2E7PA 1X9SB 3L9SA 4ZL9A 1ZCPA 4MH2A 3IV4A 3QAWA 1X9MB 4P3YB 2B5YA 1NW2A 1JZOA 1YEPA 2IMKA 2O87A 4CHSA 1U87A 4HU9A 3EU4A 2VD1A 3P8WA 4I2TA 1GULA 3DEXA 2LV3A 1SD9A 2L6DA 3FZ4A 5H5RA 2J23A 1QK8A 4ZB6A 4HDEA 1TJDA 4WXTA 2WFCA 1FAAA 3RBTA 2L6CA 4J57E 4HZ2A 2KP2A 3LWAA 1A0FA 1ON4A 2B3SA 1YEXA 3VWXA 1OAZA 2GGTA 2NTOA 1B4PA 4O7HA 4G19A 3U6VA 4TXOA 2ON7A 5GSTA 4XIHA 2YCDA 2PU9C 4ILFA 3UVTA 5COHA 1KBNA 2HZEB 4OO5A 2WRTA 4OWYA 1S3DA 4YAVA 4KCEA 3IK7A 5HR0A 1V40A 3GSTA 4DEJA 2X8GA 3GN3A 3WT2A 2FWEA 4EKZA 4D73B 2MZCA 2MBTA 1GSYA 1G7EA 4GRFA 3US3A 1OC3A 2JADA 3L0HA 5H5SA 3VI7A 3QFAC 4KSOA 2OBKA 2TRCP 3LORA 4G10A 2K9FA 2MMZA 1XWKA 1JZRA 2CA8A 4JU5A 3F63A 1WOUA 4NHZA 1A2JA 1K3YA 5C04A 2RUEA 3FRCA 1EZKA 2H1BA 4HEA2 3D5JA 2NPBA 5IPGA 2CVDA 1XW5A 4BL7A 3ZLPA 5B6NA 1PGTA 5ECNB 2QSIA 3Q19A 1UA5A 2FWHA 2MMNA 4NMUA 1AQXA 2PWJA 1Q98A 3ZYWA 1QMVA 1O6JA 2IMFA 1S3AA 1NSWA 2VLVA 4K9ZA 3G9BA 4IQ1A 1SJ6A 2EIOA 1ERTA 4PUFC 3IK9A 3A2WA 2JACA 4MABA 5ENUA 1FG4A 2IFQA 5B8BA 1X0RA 2H6ZA 17GSA 2IWTA 1NM3A 1B48A 4DSQA 4GXZA 3ZMLA 1PKWA 2RLIA 2O89A 3EMXA 4O32A 5JWOB 5JCGA 3CSIA 1M2BA 7GSSA 2F8AA 4N0VA 4Q5RA 1H4OA 4HU7A 4IVFA 3M0FA 1OC9B 2FHEA 8GSSA 4ZIJA 3HJPA 5B6MA 1PL2A 1T8EB 5KN0A 2C1YA 1K0OA 2WDUA 3A5WA 3R2QA 4Z7XA 3ZFLA 2KHPA 4NV2A 5ELGA 4JRRA 3TKPA 3TCOA 1XOBA 3GL3A 4F0BA 1SJZA 4IKHA 3LSZA 3MAKA 18GSA 2L4QA 3GL5A 5GAPD 1G6YA 6GSUA 3IXRA 2XC2A 4TKYA 1SENA 1XW6A 1MD3A 1F9MA 2C0DA 2IMEA 3GUSA 3H4KA 4KDYA 2AJQB 5E59A 1SYXA 1SL2B 2C0FA 2CQ9A 3M9JA 1MDJA 1FO5A 3HXSA 1USBA 1M2DA 2C80A 4XRDA 2IL3A 4GSTA 2WCIA 3FZ5A 4WBRD 3TJGA 2H6YA 4KDUA 1WRYA 3IAM2 1OYJA 1TRVA 2YZUA 5INYA 2V32A 1X5DA 3IE3A 1GSUA 5B8AA 3LYPA 1Z7RA 1A2MA 1M9BA 3IR4A 2O7KA 2DBCA 2AYTA 3DIEA 1TP9A 1HNBA 1J9BA 4CDOA 3VWUA 2C3QA 4XCSA 2IMDA 5CNWA 3ZVJA 4HUAA 1KNGA 3IPZA 2M72A 3M3MA 3BCKA 1BJXA 1SK1A 2YNXA 3QD9A 3C8EA 5F06A 3KEBA 4F9ZA 3F0IA 3EWLA 3H93A 4K1FA 1FVJA 3KM6A 4KCAA 1G7OA 4V2MA 1N8JA 2DJ1A 5JWQB 4ML6A 1WP0A 3KMOA 3H1NA 3C7MA 3PGTA 2JZRA 5A5KA 3UIWA 4F03A 3CRUA 2HZFA 4XHMA 2PN8A 5ECHB 4IHUA 2FY6A 3UMAA 1F37A 1A2LA 3IDVA 2HI7A 4MF7A 5EVOA 1A0RP 3UBKA 3APSA 5FT3A 3VLNA 4PUAA 3CXGA 5KEJA 2C3TA 4YAPA 4TXOB 4MZBA 1TRUA 4EXJA 2GVPA 2VL9A 3F6FA 2VL3A 5KN2A 3KD0A 2YN1A 4MCUA 1PL1A 1U3AA 4X1UA 1UC7A 3CSJA 2H76A 2M46A 2F51A 1M9AA 3L9UA 4K8MA 1K0AA 3UJ1A 3ZRDA 2MMAA 3TKSE 1R4WA 3HJMA 2WJUA 4HQSA 3DKSA 5IMZA 5IM9A 4YQUA 1XOAA 1K3LA 4G9HA 1U88A 1GL8A 3FK8A 4BVXA 4KA0A 3LQ7A 3TUEA 1LJRA 3LJRA 4NAXA 2V6KA 2YP6A 5G1KA 4EF0A 2I1UA 2LNSA 3GKNA 1XBSA 3FW2A 1KEBA 1FB6A 1TK8B 3FR9A 1GLQA 5JWRB 4TN8A 2H19A 2LQOA 2YV9A 1K0DA 1FOVA 1CQHA 5D9WA 1QXHA 1Z7PA 3BOAA 4RQXA 3GHAA 1PRXA 4BA7A 1IYHA 3TOUA 2M80A 2G0FA 2H66A 2PVQA 3I69A 1SKSB 2CVKA 2LJRA 3KP9A 3EC3A 3V1WA 2IFQB 2C4JA 1MEKA 5F0GA 4KH7A 2LNTA 3H8QA 3NIVA 4NV5A 3KTBA 1Y25A 2JZTA 4HI7A 2H75A 2YV7A 5IIZA 1DE1A 2GT6A 2CAIA 1SD8A 4KE3A 2DJJA 2AB6A 5D96A 2KLXA 2B6MA 3VPQA 1EGOA 1SL0B 2X8CA 2GT5A 1JHBA 2CVBA 3OR5A 2GS3A 2EIQA 1KTEA 5FWGA 1TTZA 3ME8A 2I4AA 3ISOA 3EE2A 1AQWA 2H70A 2HRNA 2R37A 1X5EA 2JZSA 1M7TA 1ERVA 2N5BA 1WMJA 4K6XA 4GTUA 5ID2A 5F05A 4KUNA 3GA4A 4X43A 5G1LA 3O76A 2BMXA 3CYNA 2VL2A 5HFGA 3I43A 2OKAA 2I81A 2LSTA 4IBPA 2GQMA 4TR3A 3QOUA 2L4CA 5KN3A 3GFKA 1SYRA 3DWVA 2DIYA 1O8WA 4ZBAA 1F3AA 1Z5YE 4QL7A 5D9VA 3N9JA 2N5AA 4EDYA 1TK5B 2GSQA 4V1Ag 1GUMA 2V1MA 1C72A 4PQHA 4O92A 5CAXA 2PERA 2H73A 2DSAA 3J7Yb 1YKCA 4IGJA 3GV1A 2P5QA 2FLSA 4ISDA 2F9SA 6GSTA 1OKDA 1XVQA 2HRFA 1T4YA 3ZIVA 4LMWA 4N30A 1EP7A 4MF6A 3LYKA 3O3TA 2GQKA 4MZCA 3QDNA 5DVBA 5ECQB 1NHOA 1VRSD 1XZOA 2L57A 5AN1A 4FYBA 2WZ9A 4L5OA 2OE3A 2K18A 3RAZA 1RW1A 2XPEA 1F6MC 4GQCA 5DQSA 4ECJA 5ABRA 1GNEA 4BVYA 2KOKA 1EEMA 5GZZB 1SL1B 3TRXA 2IPAA 4MK3A 5DCGA 1V9WA 1YF0A 4PNGA 19GSA 2HYXA 1V98A 3EVIA 5KN1A 1TDIA 2KP1A 5IO0A 2WGRA 2FUG2 2D2ZA 2B5XA 4EDZA 2ON5A 4ZILA 5J9BA 4LL4B 3M9KA 4PXOA 5A4WA 1K0CA 3TGZA 2XBQA 2A2RA 5J5NA 3I6AA 5DAKB 1HQOA 2GZYA 2OADA 4L8EA 5DBQA 1GWCA 2GSRA 3L4NA 3ZZXA 4GF0A 5DQYA 1F2EA 1XIYA 2VCWA 4GCIA 4GSNA 1VF4A 3FY7A 3P7XA 4K2DA 4IELA 4CW9A 4KW6A 4WBJA 3O6TA 1GTAA 2B1LA 1X5CA 1N2AA 5HR1A 1FW1A 1YZXA 2DMMA 5IOWA 2PPTA 1T00A 4PQ1A 1BX9A 4AJ7A 3TB2A 1HD2A 3IBHA 2VLTA 4KSMA 4N0ZA 4TR1B 3HJOA 1LBKA 5JCUA 4KDXA 2CV4A 2FCHA 3EINA 5CRHA 4MJBA 1TK0B 6GSVA 1O7UA 2OA7A 3HZ4A 3G7YA 2H8LA 4EUYA 1ZZYA 1V57A 1H75A 4JE1A 2V2GA 3ZL5A 3FR6A 2NBSA 3M8NA 5G5EA 2DJ3A 2TRXA 2FWGA 3IRAA 4TR0A 2C0GA 4POKA 2DJ2A 3UEMA 1K0MA 1URMA 3ZTLA 2MBSA 2HFDA 1MDIA 2MYGA 1EV4A 3MSZA 5J3RA 4K0NA 4J2FA 1F3BA 4O5RA 1PSQA 1SK2A 3EYTA 3TKSC 4HQZA 1ZGNA 2LUSA 3CRTA 5ECOB 3NZNA 2ZUPA 2X8HA 3L9VA 4I97A 3D6IA 4FYCA 5CRDA 2VIMA 5G5FA 2C3NA 2DJ0A 2HSYA 2B5EA 1ACVA 2L5LA 4QQ7A 1SU9A 1TI3A 3TKSA 1OVNA 1YY7A 5ID2B 5J9CA 6GSWA 5DALA 2EIRA 2H30A 4I8BA 2H74A 12GSA 4JEDA 3CTGA 5AIVA 2R6KA 3FR3A 1JFUA 1DE2A 2PGTA 1ML6A 2JSZA 2I9HA 1M0UA 3WYWA 4QL9A 5HQPA 4MMMA 3HHVA 2LRTA 1I5GA 1BQ7A 2K8VA 4OFTA 5CRGA 3UL3A 1EEJA 2OACA 2H71A 5ECMB 4E8EA 1S3CA 2YPMA 4PURA 2O85A 16GSA 2HNLA 5D9XA 3K8NA 3LEFA 1XXUA 1G6WA 2VCQA 2VOCA 1ZYEA 1GRXA 2H72A 4RI7A 1AUCA 2FD3A 3HVVA 4FO5A 1BAYA 4HS1A 2VM1A 1QFNA 4AF2A 3GYKA 3D4MA 4FH8A 5ECRB 3IOSA 2GSSA 6GSXA 2XBIA 1EGRA 3J7Yk 3PH9A 2IIYA 4LLRA 4E8HA 5HFIA 3HCZA 4ZB8A 1X9WB 4LL1B 2GQLA 4FIWA 2K8SA 1VF2A 1VF1A 2NVLA 1K0NA 1XWBA 1GH2A 4KNDA 1J08A 4HZ4A 4GLTA 1A23A 5ECKB 4IP1A 1WPIA 4OFNA 1R7HA 5IMDA 2FNOA 4WEYA 1WE0A 3KH9A 4NPBA 3FEUA 1ZL9A 2GZPA 1BG5A 4OCFA 2H1GA 3C1RA 2YWMA 3VI5A 1HNAA 3GKXA 2AAWA 3HVXA 4MH3A 4DSSA 5AIXA 3WT1A 3C1SA 4ID0A 3QAGA 4K0GA 4RQRA 3BBYA 4BWQA 1A8LA 1FVKA 1QQ2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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