4DSSA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in complex with thioredoxin trx2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTSTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Peroxiredoxin type-2
publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule tags Oxidoreductase/transport protein
total genus 50
structure length 174
sequence length 174
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dssA00
3DGQA 1SKSB 2CT6A 1GNEA 1XVWA 4RQRA 2K8SA 4DEJA 3VWWA 4HS1A 3O6TA 5ELGA 5G1LA 2GZZA 2I4AA 1JLWA 2X8CA 2KP2A 5ENUA 3A2WA 3ERFA 2OBIA 4XS4A 3KJYA 5JCWA 1V40A 3C1SA 1Z3EA 1DE2A 4OO5A 3HY2A 1TU8A 4MPGA 2GS3A 2HZFA 3G7JA 1XWAA 2VIMA 1GTUA 2DBCA 4PUAA 1KNGA 2H66A 3H93A 5ID2A 1ZMAA 4G19A 1FVKA 2CAQA 2EIRA 4JE1A 4N0VA 1S3CA 1NM3A 3C7MA 1X5CA 2EIOA 4K7NA 5CRHA 2R6KA 3TJKA 3M0FA 5F07A 2CZ2A 4EVMA 4PX1A 4KDYA 2LQOA 4EDYA 3FR9A 2L5LA 1WWJA 5CO3A 2N5FA 1FOVA 2L59A 1UVZA 1F3AA 1YY7A 4EO3A 2H1BA 2FNOA 5IMFA 2WCIA 5D73A 2LS5A 8GSSA 2H6XA 2ZCTA 4I97A 1MTCA 2JZRA 1TJDA 1O73A 3TJGA 1EWXA 3LSZA 2JZTA 1H75A 2JL4A 5ABRA 5G30A 4ML6A 2F9SA 5E4WA 4KDUA 1K0CA 5D8IA 3PR8A 4D73B 3DVXA 1GP1A 1BX9A 3TB2A 1TI3A 2C1YA 4HDEA 5JWOB 3E3EA 4OWYA 5DALB 2OE0A 3EWLA 2XBIA 5JWRB 3APOA 3M3MA 5ID2B 3I69A 1O81A 5D9TA 4JBBA 4XHMA 4XRDA 3IBHA 4YQMA 5G5FA 1SK1A 1SK0A 3RPPA 1YKCA 1GSDA 3F3QA 3KMNA 1ERUA 3S9FA 3PINA 4TRXA 2DC5A 9GSSA 3UVTA 1G7OA 4BWSA 4EL1A 3G7IA 2C4JA 1R7HA 1U88A 3HD5A 1USBA 2V6OA 2HLSA 2CAIA 2QGVA 5AISA 2A2SA 16GSA 4NAXA 4ECIA 5ECKB 2IWTA 3A2VA 3QMXA 4POKA 3L0HA 4YH2A 2KHPA 2HSYA 1GTBA 2DJKA 4G9HA 1JFUA 2WFCA 3UBKA 2YOIA 5CYYA 4IS0A 1KEBA 2XHFA 4TKYA 2K8VA 4OO4A 4V2NA 1SL0B 4TR0A 1E2YA 4IJIA 2IIYA 4AF2A 5ECNB 2LJKA 1V98A 1K0DA 3F0IA 2MZCA 17GSA 2L5OA 3HZ4A 4K8MA 1BYEA 2MYGA 1B8XA 5IMVA 5GAPD 5DBQA 4PGTA 1XWCA 1LU4A 3HZ8A 4TR1A 4JRRA 2C3NA 4MH3A 1ERTA 1K0AA 1X9SB 1B4PA 1KBNA 4MP4A 2FD3A 5KN3A 4OMVA 1X5EA 1PL2A 2VL2C 3F63A 3ZIVA 2VCVA 2AYTA 3TRQA 1AC1A 4V2LA 1B48A 1PSQA 3CSJA 2VLVA 4L5LA 2GSRA 20GSA 5ECOB 2GZPA 3FY7A 1Z7PA 4XCSA 3NOFA 5DVBA 4KSMA 2VD1A 2WZ9A 3IXRA 5DAKA 13GSA 1T8EB 1X5DA 6GSVA 1SJZA 5DCHA 3I9V2 3VWUA 2N5AA 3GH9A 1KTEA 3QCPA 1GL8A 5EPFA 3UOMA 2LRCA 1S3DA 4JZQA 1K0BA 4GSTA 3LG6A 3IDVA 5IMZA 3D21A 1WRYA 1IYIA 3VI5A 4IKHA 4JR6A 2LJAA 3EMXA 2KUCA 3I6AA 5GAND 2L6CA 2B1KA 5LD0A 3TKSA 2P31A 3EE2A 3TJFA 2PBJA 1GSSA 3BBYA 1PQNA 3HJOA 4QL7A 4TR3A 4MF7A 4O7HA 4TR1B 1M2BA 3G9BA 3F4RA 2CA8A 3FK8A 1EP7A 4XIHA 2OADA 3GMFA 2D2ZA 3UARA 4WETA 3GH6A 3QR6A 1XOBA 4RQXA 3FEUA 2VCWA 1RQMA 4KGIA 1ILOA 3ME8A 3GURA 1U3AA 5DJLA 2VL3A 3D4MA 3KH7A 5DAKB 3L9UA 2RIIA 4LLRA 2C3QA 4I2UA 2H74A 3DYRA 1ZYQB 1Y25A 4CHSA 3IHQA 5IO2A 2DIYA 4FYUA 1XW5A 3IOSA 4TVEA 4ECJA 3OR5A 1PA3A 3MNGA 3DVWA 2BJXA 3IC4A 1PN9A 1WOUA 4BA7A 2H01A 1SYRA 4KH7A 3DEXA 4J56E 2GSSA 1A8YA 2JU5A 4ZBAA 1SL1B 2IMDA 4PURA 5B6NA 5A4VA 4ID0A 1SKRB 3FZ5A 2CVKA 2H71A 2DJJA 1URMA 1QUWA 2C0FA 2LNTA 1MDIA 2I3YA 2GDRA 1T4ZA 1Z9HA 2LUSA 1TRWA 2F3MA 3QAGA 1R4WA 3GSSA 1HQOA 5AGYA 1R26A 2JACA 2CZ3A 2DJ3A 2PWJA 1FG4A 1HYUA 3EU3A 1FB6A 5AIVA 1FVJA 4MJBA 1Z5YE 3M1GA 4MDCA 1TDIA 3LYKA 1F37A 4WR5A 1YF1A 4NV5A 1F6MC 4PQHA 3MSZA 2BMXA 4DSRA 4F0BA 4Z7XA 2DLXA 4AGSA 4WXTA 2IMEA 2R2JA 3A2XA 2E0QA 2MBSA 4KW6A 5F06A 4V1Ag 2C0GA 4LL4B 3IAS2 2AHEA 4DSQA 2FWEA 1WPIA 1XXUA 2FWHA 4FH8A 3ZMKA 1SKWB 4GLTA 4K7OA 1FW1A 2IN3A 1EV9A 3LXZA 1K3OA 4EE0A 4LL1B 3DXBA 2VOCA 2V41A 4FYBA 2R37A 5H5SA 4AJ7A 14GSA 3WGEA 1O7UA 1S3AA 3VI7A 3DMLA 4G10A 5AN1A 4N30A 4IW9A 2O8VB 4ECBA 3H1NA 1BEDA 4ZILA 2K6VA 5J4UA 3HDCA 3GN3A 4G2EA 1TRSA 6GSWA 5FHIA 5ECMB 2B7JA 1YDKA 1FAAA 1OE8A 2CVDA 4LA1A 3TKSE 1C72A 4ZBDA 3AY8A 1GSYA 1NHOA 3TKQA 4F9ZA 2HRNA 1GTAA 4JEDA 3KCMA 4IVFA 1THXA 2F51A 1YKAA 4TR4A 3CXGA 4OD7A 1GLPA 2X8GA 4MJCA 1CQGA 1G7EA 2HSHA 1GTIA 3D5JA 2G0FA 3H8QA 3FW2A 1GRXA 2H30A 1PD21 4MF6A 3GL5A 1QQ2A 2PUKC 1Q98A 1QMVA 5HFKA 2H1GA 3GKXA 1AUCA 2HE3A 4TXVA 4HU9A 4NXIA 1EP8A 18GSA 1FHEA 3LGCA 1UN2A 5J3RA 2CX3A 1R5AA 5C04A 5IPHA 2K18A 2O89A 1K3LA 3D22A 2FUG2 3R2QA 2H1DA 1V58A 1VF3A 3KEBA 1LBKA 1TK8B 2IPAA 3VWVA 5F05A 3GA4A 2MBTA 3KMOA 4FIWA 1AQVA 5D9WA 2PPTA 1GSFA 1Z6NA 3FR6A 1G6WA 1DE1A 1JZRA 4WF5A 5B8AA 2YJHA 4E8EA 2E2MA 1W89A 2DSAA 1XWKA 4DSSA 2I1UA 2AAWA 2IMKA 3ZVJA 4XS4B 5H5RA 2OJLA 3P90A 1AXDA 3HVVA 2FA8A 2IFQA 5LCZA 5DCGA 3DD3A 2PVQA 1OC3A 1TTZA 3US3A 2VCTA 2GT6A 1YEXA 3DRNA 1ERWA 3P8WA 3A3TA 4AJ6A 5B6MA 2L4CA 4XS1A 3P7XA 4ML1A 3VPQA 1BJXA 2FLSA 3QFBC 1GLQA 3WD6A 1T3BA 4ZIJA 2OE1A 4RI7A 5A4WA 3HA9A 3GX8A 1VF4A 4NV2A 2L6DA 4ULXA 5AIXA 1N8JA 4TN8A 3LJRA 4K6XA 5G31A 2B3SA 2VO4A 2CVBA 1GSEA 1SJIA 4X43A 5ECLB 5B7CA 3F9UA 3VLNA 1XW9A 1Y6EA 1O8WA 3PGTA 4IP6A 1SYXA 5CREA 3GTUA 3CTGA 4L8EA 3K8NA 3QFAC 4GQFA 3TRPA 3UMAA 5IQYA 2YCDA 2IMIA 4WF4A 2OA7A 3KP8A 5B8BA 1ST9A 4N0ZA 3WGDA 4DSSB 2I9HA 2FCHA 5COHA 1I5GA 1J0FA 1SU9A 2IFQB 5CRDA 4MZCA 3UVHA 3BJ5A 3CBUA 4ZBBA 4HQSA 19GSA 2H8LA 5DQYA 4NHWA 5ECPB 1T1VA 1YQ1A 4NPBA 3BCKA 5J9BA 3IRAA 1TU7A 1U3IA 3APSA 2XC2A 1SD9A 2H19A 4NHZA 4OFTA 5ECQB 3IPZA 2RUEA 2JSZA 2WULA 3EVIA 4K1FA 2IMFA 4XS6A 1X9MB 1Z7RA 2BTOT 4O92A 1ZL9A 3APQA 4F03A 10GSA 2V1MA 3FZ9A 1GUHA 1GSQA 4L0UA 3TOTA 3GTUB 4MPFA 2LQQA 2V6KA 1PX7A 2AUVA 4YAPA 3GKNA 3D0ZA 3GIXA 1T00A 4F82A 3HXSA 2IJYA 1K3YA 3GSTA 4ZB8A 3VPTA 2PN8A 3NIVA 3JCML 2VCZA 3ZFLA 5IMDA 1MDJA 2DJ0A 3PH9A 4KCAA 1TRUA 3EC3A 1UA5A 2PVOC 2YV9A 1TI1A 2GTUA 2DJ1A 2K9FA 2VUPA 2X99A 4X0XA 3L78A 4Q5FA 1A23A 3VK9A 1GH2A 3IAM2 5A4UA 5GZZB 4KSOA 3ZVJD 1XOAA 2X64A 5IIZA 3FR3A 1TK5B 1XW6A 4WEYA 3ZIJA 2LKUA 4EDZA 2AB6A 1M2DA 4HOJA 4HUAA 1NHYA 3QDNA 3RBTA 4PQ1A 5J9CA 2R3XA 1GUKA 2HFDA 3L4NA 3QOUA 1I9DA 4Q5NA 3G7YA 3O3TA 2YJ7A 3D4TA 2L4QA 5HFIA 3ZL5A 3WT2A 1K0NA 4NMUA 1XIYA 4IBPA 3DIEA 1WP0A 3RHCA 1B4QA 1XPVA 4EC0A 3CMIA 2WRTA 3F8UA 3H4KA 4KAEA 3CRTA 4PNFA 1THOA 3M9KA 1PX6A 2YPMA 4HJMA 4BVYA 3WT1A 1G0TA 3W8JA 2R5GA 1R5PA 1HNBA 4F2IA 5G5EA 3ERWA 4MK3A 4FYCA 3TKPA 3UL3A 2XPEA 2H1AA 2NTOA 4IN0A 3NZNA 2TRXA 1XZOA 3EINA 2VL9A 1M7TA 5G2ZA 5HR3A 3EURA 2ON5A 4EXJA 3ED3A 2H75A 1V57A 2DJ2A 1NSWA 4POLA 5IMCA 3SWLA 1QGVA 3M9JA 1AQXA 3CSHA 1OVNA 3GL3A 2VM2A 1PGTA 2NDOA 2KLXA 11GSA 3KGKA 3C73A 3HJPA 2LRNA 3HVXA 5JCUA 1GSUA 2LV3A 1BAYA 1M2AA 2O87A 2YWNA 1EEJA 3Q74A 2YWIA 1XFLA 3TKRA 4N11A 1EV4A 4ZXGA 3RAZA 4K0GA 1TW9A 2H6ZA 3CSIA 4K0NA 4PXOA 2DIZA 2GQMA 4POBA 4MJAA 1O6JA 1M9AA 4GCIA 5ECRB 1XBSA 2CQ9A 1E6BA 3KH9A 4OCFA 3U5RE 3FRCA 1GWCA 4J57E 4BPYA 4KE3A 4MCUA 1WMJA 5INYA 4KNDA 3N9JA 5CAXA 3GFKA 4HJ2A 3KP9A 2H0IA 4OFMA 1F3BA 3ZRDA 3LORA 4HZ4A 2YWOA 3EU4A 1VF2A 3KZQA 4IELA 3TRXA 1QK8A 6GSUA 4ZB9A 3J7Yb 4K7IA 2DMMA 3RHBA 3TKSC 3LQ7A 4V1Ap 2FWGA 2AV4A 3BD2A 2VAFA 3GV1A 3F3RA 3ERGA 1OKTA 2JSYA 4TW5A 2A2RA 5HR1A 2RM6A 2YNXA 5J41A 2YN1A 5HR2A 3V1WA 2ZUPA 3DWVA 5IPGA 1XCCA 1YEPA 1CQHA 3VURA 2V32A 1ML6A 1PKZA 5D9XA 3KD0A 4OFNA 2GSTA 5CNWA 1NW2A 1B9YC 3CTFA 4IJ3A 2HZEA 1VRSD 3GKKA 4IQ1A 3FZ4A 3FHKA 1HNCA 5IO0A 2HT9A 3VFIA 2WB9A 2ES7A 5IOWA 2GQKA 4GXZA 3I43A 4ISDA 1EGRA 2X8HA 3MWHA 1XWBA 2ALBA 3L9VA 4PNGA 2OBKA 2OACA 1K0MA 3BCIA 2ON7A 4PUFC 4JU5A 1U6TA 4MABA 4DVCA 1AAZA 1EGOA 4D73A 6GSXA 5GSSA 2NBSA 1TXXA 4I5QA 3GUSA 1ERVA 3M8NA 5DALA 2O85A 5D93A 4MMMA 4L0WA 4GSSA 1U87A 3KM6A 4F0CA 3F4TA 2PGTA 3IE3A 3DKSA 2HYXA 2VL2A 3TJBA 5ECSA 2JZSA 2C3TA 4IP1A 5KN2A 4GF0A 2LJRA 1W4VA 3IK9A 4GQCA 3P2AA 1HNAA 4POMA 1EOGA 5GSTA 2TIRA 1BQ7A 1ZYEA 2EIQA 5FWGA 2WS2A 4Q5QA 2HZEB 2NPBA 3ZTLA 1AIUA 3QPMA 3MDKA 2YV7A 3E9JB 3QAVA 5F0GA 2AJQB 2VLTA 3QAWA 1X0RA 4I6XA 1UC7A 5ECHB 5L71A 3ZYWA 5HQPA 5DDLA 2LEGA 4LMWA 4YAVA 1SL2B 1WIKA 1OC9A 4IHUA 1JHBA 1V9WA 3WYWA 2CV4A 2QC7A 2PU9C 3TCOA 1ACVA 4ZL9A 2VCQA 1H4OA 4KX4A 3IA1A 2FY6A 5JCGA 2WJUA 6GSYA 1FO5A 1Z6MA 2VD0A 3GKMA 1TP9A 4BVXA 2XBQA 3GRXA 1A0FA 7GSSA 1FB0A 3U6VA 1B9XC 2FGXA 1ZGNA 2Z9SA 3UBLA 3MAKA 2NVLA 1PKWA 1A2LA 4J2FA 3Q6OA 3RDWA 4IGJA 2KP1A 1DSBA 3VWXA 2P0GA 4EKZA 4JR4A 2P5QA 2LRTA 2F8AA 2GSQA 3F6FA 2HNLA 4MJEA 2HI7A 5EL8A 3H79A 4GRFA 2A4VA 1T4YA 1F9MA 2VLUA 4XRAA 2PERA 1DUGA 4P3YB 4CDOA 5HR0A 3ZZXA 3KTLA 3F4SA 3GX0A 4MZWA 1A0RP 3ME7A 2B5XA 3N5OA 3C1RA 2MMOA 1JZWA 1GULA 4K9ZA 1OC9B 2RM5A 4LMVA 5A5KA 5KEJA 1OE7A 1RW1A 3UIWA 5LNKe 3TGZA 1QXHA 1EEMA 1SJ6A 3A5WA 1MDKA 5KN0A 1J9BA 3Q19A 3EYTA 1PRXA 3W8SA 2LNSA 3LXTA 2MMZA 5ELAA 2I81A 1M99A 12GSA 1JZOA 3FKFA 2M46A 5DQSA 2RLIA 1XVQA 4CW9A 4TXOA 3KIJA 5C00A 3FZAA 2REMA 4KB3A 2H0HA 2FWFA 2E2GA 2L57A 5G1KA 3KXOA 2WDUA 2FHEA 3HYPA 2OE3A 1M0UA 4EF0A 3HJMA 4XTSA 1T7PB 2B7KA 3SBCA 3D6IA 4MF5A 3CYNA 3Q18A 2LSTA 4L5OA 3UJ1A 2RUFA 2H6YA 4PQIA 4O5RA 4AJ8A 2J23A 2F8FA 3EMPA 5JWQB 4KUNA 1SK2A 6GSTA 1A8LA 3TJJA 4WR4A 1TKDB 3C8EA 4YQVA 1VGLA 4QQ7A 1BG5A 2N5BA 4HEA2 1N2AA 1K0OA 3LYPA 3FYGA 5ECIB 4HU7A 1V2AA 2M80A 4E8HA 3IR4A 4KA0A 4WBRD 1QFNA 1A24A 4ACSA 1OAZA 1OC8A 5KN1A 1EZKA 3CRUA 2C0DA 1AW9A 1ZOFA 2H73A 1HD2A 5H5QA 3GHAA 1VF1A 3WGXA 4Q5RA 4TXOB 3TUEA 5EY6A 2YP6A 3LFLA 3HCZA 5CRWA 1PL1A 2B5EA 1JLVA 2WGRA 3KTBA 1IYHA 3TDGA 3ZFBA 2KOKA 1DBYA 1MD3A 4X1UA 4HQZA 2H72A 4MLYA 3ZITA 1TK0B 4MA9A 4ZL8A 2DMLA 4ILFA 1EOHA 2LTKA 5J5NA 4KDXA 2JADA 3RPNA 1MEKA 3J7Yk 2ZNMA 1RK4A 2FA4A 3L9SA 5FT3A 3LWAA 1WJKA 4RI6A 1SENA 1O85A 5IM9A 5DJMA 2IL3A 2H76A 5F8BA 2P5RA 5D96A 2EC4A 3ZLPA 4HI7A 1SD8A 5D9VA 2E7PA 5E59A 2GZYA 2V2GA 4NWYA 5IOXA 1J08A 5EVOA 3HVSA 4GSNA 4RUVA 1G6YA 5HFGA 2B5YA 2VCXA 5IMAA 2C8UA 1F2EA 3UAPA 2YZUA 2GT5A 2HRFA 22GSA 3QD9A 3HHVA 3LEFA 4H86A 2C80A 4HZ2A 4I2TA 1OYJA 2B6MA 2R4VA 5CP1A 3ZMLA 1OKDA 3O76A 1X9WB 1JZDA 1A2MA 3GYKA 2M72A 2H0GA 2H70A 2VM1A 3UEMA 2GQLA 1TOFA 1ZZYA 2B1LA 3ISOA 3BOAA 1WE0A 2PMTA 4FO5A 1A2JA 4EUYA 4GWRA 2MMNA 4I8BA 4BL7A 2YANA 4GTUA 1XWGA 3C71A 2GVPA 2OKAA 5CRGA 4OCEA 3E0UA 4IQAA 2QSIA 4MH2A 2TRCP 4WKWA 1O8XA 3IK7A 4ZB6A 2QKEA 2GGTA 1Q4JA 4ZL7A 1LJRA 3ZREA 3W6GA 1YZXA 2CX4A 4V2MA 3HKRA 4TOPA 3TOUA 4QL9A 6GSSA 2XPDA 4N10A 2O7KA 3IV4A 1TRVA 2MMAA 4O32A 4K2DA 2YWMA 1YF0A 1PMTA 4MZBA 4YQUA 4WBJA 4KCEA 2J9HA 1MD4A 4BWQA 1GNWA 2G2QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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