3VFIA

Crystal structure of a metagenomic thioredoxin
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
LRSLSDSDFQLEVRQHPDPIIIMFTGSWCQPCKKMKPTFEEMASQMEGDIRFAYMDAEDAEKTMAELNIRTLPSLALFVDGMIREVFSGTMNKSDLRYWINNNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of a Metagenomic Thioredoxin
rcsb
molecule tags Electron transport
source organism Silicibacter phage dss3phi2
molecule keywords thioredoxin
total genus 30
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3vfiA00
2GSQA 5G1LA 1XFLA 1K0CA 4NV5A 3TJGA 1SD9A 1SJIA 1TRSA 4O92A 4YQUA 4IJIA 3RPPA 2LTKA 4MK3A 2C3TA 4WF4A 4NWYA 1Z7RA 1SL2B 3LEFA 3KXOA 4BA7A 6GSUA 6GSVA 5KN3A 1T3BA 1TRVA 4ZL8A 3HZ8A 6GSYA 6GSSA 20GSA 3VWUA 4I2TA 1AUCA 1XOBA 5JCGA 1WP0A 1B4PA 4MDCA 2H70A 4AJ7A 3H4KA 2MZCA 3UIWA 1GSUA 4EKZA 1ERTA 3WT1A 22GSA 4P3YB 1W89A 2H66A 2VUPA 1T00A 4KGIA 4ACSA 2ES7A 4LL1B 3GKKA 3VURA 3TRPA 3VLNA 2HNLA 2IFQA 2ON5A 3C71A 4TVEA 1XWAA 1H4OA 3ZREA 3DVXA 2B1KA 2E2MA 4OFNA 2LUSA 1V2AA 3BCIA 2IN3A 1Q4JA 2JADA 4TRXA 3CBUA 3WGDA 2C8UA 4AF2A 5ECHB 5KN0A 3EINA 3HYPA 3CSHA 1FVJA 4JRRA 2NPBA 2WGRA 1TTZA 3D4TA 2G2QA 4YAVA 1XVQA 3F0IA 1N2AA 4F9ZA 4PUFC 3CTFA 2OKAA 3C1SA 5F05A 2IMKA 4ZXGA 1M0UA 2VLTA 4RI6A 3UVHA 5CREA 5HR0A 4HU9A 3LORA 4G10A 2VCXA 3L78A 2VL3A 2XBIA 5JWRB 3BOAA 2LS5A 3KM6A 4K0GA 1SL0B 1UN2A 1FOVA 1SYRA 2PPTA 4EO3A 4GSTA 4JEDA 1OYJA 6GSWA 2P31A 3G7YA 1NHYA 2VO4A 3D5JA 5J9BA 3SWLA 4POLA 2JZTA 3F63A 4L5LA 1F2EA 1THXA 4RUVA 5DDLA 1ILOA 1V58A 4NXIA 1EEMA 2GLRA 1TU7A 4MMMA 2L4QA 5DAKB 2Z9SA 1YEPA 3G9BA 2YWMA 4YQVA 2VOCA 4PXOA 3FZ4A 2A2RA 2CX4A 4O7HA 2D2ZA 4KA0A 2PUKC 3FYGA 4N10A 1V40A 2MYGA 4MZWA 5IMCA 3PR8A 4JU5A 2VD1A 3I69A 1NW2A 5AISA 4LA1A 3HD5A 4GSSA 2YJ7A 2PMTA 2N5FA 4ECIA 4ZIJA 3L9VA 1A8LA 2OBKA 2HZFA 2VCTA 2GQKA 2AAWA 3F6DA 3C7MA 2V6OA 2VL2C 2IMFA 2WFCA 2B7KA 2CVDA 2YJHA 4BWSA 4MCUA 4TXOB 4WBRD 1DE1A 4F0CA 4ULXA 1WPIA 4PNGA 1XBSA 4G9HA 3HZ4A 2L4CA 1A2MA 1OKTA 2L57A 3KP9A 3HVVA 4IS0A 4F03A 5B8AA 1TK0B 4XIHA 2R4VA 1MEKA 4WKWA 3GX8A 3LJRA 4KNDA 3MWHA 5HFKA 2I81A 4AGSA 1EV4A 3LYKA 2H30A 2YV9A 1GSFA 4ZBBA 3MDKA 1EP7A 4EDYA 3M9KA 1G7OA 4ZBAA 3GKNA 2G0FA 4GTUA 1GSQA 3C8EA 1TK8B 4KCEA 1JLWA 2NDOA 1ZCPA 2VCVA 5ECRB 2FA4A 1HNAA 1GNWA 4XCSA 1U3AA 3FRCA 3QD9A 3M8NA 2PVQA 1SK0A 3IRAA 1E2YA 3U6VA 3UARA 1JZOA 3US3A 1FO5A 4V2LA 3FW2A 2PERA 1O85A 5ID2B 1NM3A 3TKSE 1A24A 2O87A 4D73B 2YPMA 2LRTA 5G31A 1YKCA 1XPVA 3D21A 2GQMA 5CRGA 1GRXA 4KAEA 2P5QA 5JCUA 4IJ3A 2FCHA 4PNFA 3VI5A 4ZB6A 2REMA 4TR1B 3UOMA 4FO5A 2YWNA 4Q5NA 1XVWA 4LMVA 4TR3A 3W8SA 3ME8A 3TOUA 3Q74A 1A23A 3GRXA 1M2DA 2HI7A 2I4AA 1QK8A 1R5PA 5KEJA 2CZ3A 4ZB9A 3WYWA 3L0HA 5HR1A 5A4WA 1QGVA 2F51A 3IK7A 1RW1A 3VI7A 3F3RA 1GTAA 4QQ7A 2PVOC 3K8NA 2JACA 4QL7A 4FYUA 3TDGA 5AN1A 1ZZYA 3IXRA 1OVNA 3KJYA 1S3DA 2AJQB 3RBTA 5HQPA 4L0UA 6GSTA 5J5NA 4NPBA 5GZZB 4HZ4A 5B7CA 1KNGA 1JHBA 3QAWA 1TU8A 4RI7A 3ZVJA 2P0GA 1X9SB 3Q6OA 1X0RA 3WGXA 1U3IA 5ECMB 3HJMA 2YWIA 3LSZA 5IMAA 1A8YA 1M99A 3FHKA 2H71A 2HZEA 3ZFBA 2OE3A 4GLTA 3FKFA 2OJLA 4EL1A 2DC5A 2LQQA 5ECPB 2DBCA 5DALA 2LJKA 1ACVA 3RHCA 1MD3A 3GN3A 3J7Yb 3IK9A 2VCQA 5E4WA 2FNOA 3F4RA 3FZAA 3KMOA 4IP1A 1K0BA 3V1WA 3HHVA 4EXJA 2DJ0A 4TR0A 2HFDA 5CRDA 3ZRDA 4EUYA 5CNWA 4WR5A 1OC8A 3IE3A 3TJKA 2V2GA 3UEMA 2LJAA 5IO0A 1N8JA 4K6XA 1Z6NA 2LV3A 3LG6A 18GSA 3GL5A 5ELAA 1YJ6A 1O6JA 5F07A 1QQ2A 2XBQA 4CW9A 1GL8A 3DKSA 2V32A 4YH2A 4IW9A 5D93A 4TOPA 4KDYA 2BTOT 2AV4A 2H73A 3ZIVA 2LRCA 2M46A 3WT2A 4KSOA 3GKMA 2J9HA 4I5QA 2OACA 3KP8A 1ZYEA 3QDNA 4HS1A 2FHEA 1X5DA 3ERFA 3FR6A 4E8EA 3D6IA 2DJKA 4HJ2A 4IHUA 4WR4A 5GSTA 1WE0A 1V98A 1R26A 3GH9A 2ZNMA 3KH9A 1USBA 4BL7A 3EYTA 2WJUA 5JWOB 1K0DA 3KZQA 1K0MA 3RAZA 5CO3A 1QFNA 2HLSA 5GAPD 2JU5A 3IV4A 1MDKA 4OD7A 3EU3A 5CAXA 2K9FA 3JCML 4PUAA 5HR3A 1Z9HA 3UMAA 2A2SA 4G2EA 2WULA 5D96A 3F9UA 4RQRA 4ML1A 5IMZA 1CQGA 2DJ2A 2J23A 4PQIA 5IO2A 3DWVA 2TRCP 1H75A 4DSSA 3M3MA 4HZ2A 1I5GA 1RK4A 1LJRA 3ZLPA 5G5FA 1GLPA 5EPFA 4POMA 4MZBA 3UJ1A 2IFQB 1ST9A 1YY7A 5DVBA 4KH7A 5ECNB 3ME7A 1EGRA 5FHIA 2ZUPA 1K3YA 2HRNA 2H19A 2FWFA 3LQ7A 5E59A 2M80A 3F6FA 3HY2A 2CZ2A 4EF0A 5D9WA 4IQAA 1YF1A 2GQLA 1XXUA 1WMJA 2I1UA 3I6AA 2C0GA 2H0GA 1HD2A 2DJJA 3DEXA 1FB6A 3VWVA 3F4SA 3H93A 4H86A 2H8LA 4O32A 2WZ9A 2VL9A 1NSWA 3G7IA 1K0AA 1AW9A 1J0FA 1DUGA 4N0VA 1YEXA 3PGTA 2H74A 1AXDA 1TXXA 3PINA 1LBKA 5B8BA 1LU4A 5B6NA 4GSNA 1X5EA 1A0FA 1QMVA 3IA1A 4HI7A 4F2IA 1FHEA 2BJXA 1WOUA 3HVSA 3VWXA 6GSXA 4EDZA 3CSJA 4GWRA 3GL3A 1SL1B 4L0WA 5ECLB 2H76A 2LNTA 1IYIA 1MTCA 4OO5A 1VF2A 3HCZA 1EEJA 1KTEA 4HOJA 3C73A 3TKSC 4ECBA 2YANA 16GSA 3GURA 4PURA 1PQNA 3HJOA 4KCAA 4X0XA 3KEBA 1YDKA 5GSSA 2DSAA 2X8HA 1PRXA 4WBJA 4L8EA 3O76A 3FZ5A 2A4VA 4Z7XA 3GKXA 4ML6A 2O7KA 3H1NA 2OE0A 2L59A 3VK9A 2FA8A 5ABRA 4FIWA 2XHFA 1M2BA 1MDJA 3GHAA 3G7JA 4HUAA 5A5KA 1UVZA 3APSA 4V1Ap 2RIIA 2JZSA 3BCKA 2YCDA 5IMFA 4BVYA 2XPEA 4WXTA 4JR4A 1U87A 3TJFA 3NZNA 4MJBA 3CTGA 3ZTLA 5F8BA 3M0FA 5H5QA 5CRWA 2FLSA 1SYXA 3GYKA 5J9CA 3GA4A 4NMUA 2VM1A 1XIYA 1FVKA 4KDUA 2NBSA 1FG4A 3FK8A 3IAM2 5ECIB 1NHOA 2R5GA 1AAZA 2RUFA 1FAAA 2YZHA 3IPZA 4XRAA 4K8MA 2OE1A 4OCFA 1FB0A 2MMNA 1K0OA 1X9MB 1PKWA 1OE8A 2YZUA 2GTUA 3APQA 1GSDA 1GWCA 5CP1A 1YKAA 1J9BA 3EU4A 5JWQB 2N5BA 5D8IA 3DVWA 3IR4A 4I8BA 4TW5A 1K0NA 1GTBA 1OC9B 2GT6A 3EVIA 3GV1A 3P90A 1MD4A 1TRWA 1SK2A 1AQWA 2HSYA 1A2JA 3E0UA 4IQ1A 2RUEA 1ERVA 3UVTA 1PKZA 2O85A 5IPHA 1E6BA 5A4UA 2R3XA 1M9BA 3CSIA 4GQFA 1SU9A 2N5AA 2VLUA 2PWJA 7GSSA 4DVCA 2C80A 1O8XA 2FWGA 3KCMA 4GXZA 2EIRA 1V57A 1EP8A 3P2AA 3OR5A 2M72A 5G2ZA 1X5CA 1Q98A 2AYTA 5FWGA 3P8WA 4IBPA 4POBA 4YAPA 3HA9A 3IOSA 4LL4B 1WJKA 1G6YA 3LXZA 3O3TA 3RDWA 3FY7A 1G0TA 1XWKA 2L6CA 5ECKB 4D73A 4NHZA 1GP1A 3A5WA 4OWYA 2H72A 3O6TA 4ZL9A 1XCCA 1PGTA 1WIKA 1JZDA 3CMIA 2QGVA 2B5XA 1R5AA 3DXBA 1B9XC 2E7PA 4XS1A 3M9JA 3BJ5A 3TRXA 2C3NA 2K18A 5C00A 2K8VA 1F3BA 3TKSA 4I6XA 1GUHA 3N9JA 4BWQA 1AIUA 1PD21 5AIXA 1VF3A 3GX0A 4TR1A 3TCOA 3ZITA 1XWBA 3ERGA 4JBBA 3TKQA 4J56E 2GZZA 3GIXA 2KHPA 3NIVA 1TDIA 1HNBA 3KIJA 5ECOB 5IIZA 4RQXA 3TUEA 3QR6A 3TRQA 3GFKA 1UA5A 3GTUB 4CDOA 1GNEA 4L5OA 4MJCA 1B48A 1HYUA 1GH2A 2X64A 3LWAA 5D9VA 1VF4A 1OC3A 2QC7A 4PX1A 1AC1A 2WS2A 4MABA 2HSHA 2VL2A 4OCEA 2OBIA 1ZMAA 5D9TA 4J57E 1YF0A 4FYCA 5AIVA 2GGTA 4MH2A 2AB6A 3TKRA 5IMDA 2VD0A 3DD3A 5AGYA 3ZFLA 5IOXA 1EWXA 1V9WA 2HZEB 4MF5A 4MLYA 2RM6A 4IGJA 3GNJA 4HQZA 2H1BA 19GSA 4MPFA 4DSQA 4KW6A 4LMWA 3EURA 1DSBA 3TB2A 2E0QA 2GVPA 3U5RE 4IVFA 1ZOFA 3HVXA 2FWEA 4XS4A 2HT9A 2EIOA 4G19A 4ZB8A 2V1MA 2L6DA 1BYEA 2YN1A 4WF5A 1T4ZA 5KN1A 3Q18A 1U6TA 1MDIA 3E3EA 1F3AA 1PN9A 1Z6MA 3FR3A 4K7NA 3IDVA 3DMLA 4MF7A 2C1YA 4HJMA 2H0HA 2IJYA 2LQOA 2IL3A 1F9MA 1A2LA 3APOA 4HU7A 3CYNA 1Z3EA 4IKHA 1SJZA 2LKUA 2C4JA 1QUWA 2HYXA 2PN8A 4HEA2 1XW6A 2PU9C 4LLRA 2X8GA 3CRUA 3LYPA 4E8HA 1GUMA 4I2UA 3N5OA 5LCZA 2KOKA 3GH6A 4JR6A 3M1GA 1GLQA 5DJLA 3HDCA 2XC2A 4K2DA 4TKYA 1ZGNA 1DBYA 4GF0A 2B1LA 2VCZA 3LXTA 1S3CA 4K7OA 3ZMLA 4ZL7A 3UBKA 1Z5YE 2FUG2 1PA3A 2DIYA 8GSSA 1PX6A 3F3QA 4XHMA 1ERWA 1B4QA 2AHEA 1TOFA 2E2GA 2B6MA 9GSSA 2MMZA 3HJPA 1SENA 4FYBA 1R4WA 1XW5A 4Q5RA 4V2MA 2PGTA 1JZWA 5D9XA 1J08A 2WRTA 2H6YA 2FGXA 4DSSB 5LNKe 4ZBDA 4ILFA 4GCIA 3R2QA 4MH3A 2CT6A 2GZPA 2FY6A 2IPAA 2DJ1A 4PGTA 3BBYA 2R37A 3D0ZA 5L71A 2KUCA 5IMVA 1JZRA 1GSYA 3MNGA 2TIRA 4AJ6A 5H5RA 1I9DA 1YQ1A 3L9UA 2C0FA 1ML6A 2JL4A 2YNXA 1VGLA 5H5SA 1BJXA 2IIYA 1ABAA 1O7UA 1PMTA 1AQXA 5J41A 2F9SA 3EMXA 3RPNA 1TP9A 5G5EA 3UAPA 1T4YA 4GRFA 3A2WA 2DLXA 1KEBA 14GSA 5J4UA 5IQYA 2H01A 2NTOA 2YP6A 2MBSA 1GTIA 4ISDA 1HNCA 2CV4A 3FR9A 2OADA 1OE7A 2EIQA 2CVKA 3J7Yk 4I97A 1A0RP 3WD6A 5DQSA 5EY6A 1GSSA 4EE0A 2LRNA 1S3AA 2LNSA 3DYRA 3LFLA 5HR2A 2VIMA 10GSA 2KP1A 2RLIA 3ZZXA 3L9SA 2CAIA 2VM2A 4K7IA 3QPMA 1Z7PA 1F37A 2H75A 2ZCTA 2X8CA 3RHBA 3VFIA 2C3QA 1RQMA 3H79A 5HFGA 1URMA 2H6ZA 3KTBA 1TJDA 2GZYA 2O8VB 1SD8A 2H1DA 5COHA 5DAKA 4ZILA 1B9YC 2IMDA 2KLXA 3QFAC 2BMXA 1TI3A 2DIZA 4XRDA 3TJBA 2B5YA 4YQMA 5J3RA 2JSZA 2QSIA 4Q5FA 2V41A 3F4TA 4QL9A 1T8EB 4X43A 3MAKA 1TKDB 1T7PB 2IMEA 3W8JA 3ED3A 3TKPA 2JZRA 3PH9A 3SBCA 1BG5A 4KUNA 12GSA 3HXSA 5ECSA 3CXGA 5GAND 2XPDA 5JCWA 1PL1A 4NHWA 1SKRB 4HQSA 5DBQA 3ZYWA 4Q5QA 11GSA 5DJMA 1BEDA 2CVBA 4OO4A 2B7JA 3ZL5A 5EL8A 4MP4A 3VWWA 4BVXA 2VCWA 4V1Ag 1K3LA 5F0GA 2B5EA 4BPYA 2O89A 4TXOA 3DRNA 2GDRA 3DIEA 3TOTA 1GULA 3ZMKA 4KX4A 3GUSA 2FD3A 3KH7A 4K0NA 4NAXA 1O8WA 2H0IA 5KN2A 1JLVA 3CRTA 1O81A 2RM5A 3A2VA 3F8UA 2X99A 1G6WA 2CAQA 4GQCA 3VPTA 1THOA 1G7EA 4F0BA 2WB9A 1K3OA 5ELGA 4TXVA 3P7XA 1Y25A 1OC9A 5IPGA 3TJJA 1M7TA 2YV7A 2LSTA 3QAVA 2K8SA 2V6KA 4V2NA 1EZKA 2YOIA 2NVLA 1IYHA 1C72A 2GSSA 2DJ3A 2VAFA 3IHQA 1GSEA 1JFUA 1ON4A 4O5RA 3I43A 4MJAA 4MJEA 4N11A 3KGKA 4XS6A 1U88A 1BX9A 1ZL9A 2MMAA 2H1AA 1W4VA 13GSA 1F6MC 4ECJA 2EC4A 5DCHA 2MBTA 1PX7A 5D73A 1VF1A 3TGZA 3AY8A 2F8FA 1WRYA 5EVOA 1HQOA 1BAYA 5ID2A 4KSMA 3IAS2 4KE3A 2CX3A 3KD0A 2WDUA 4CHSA 1EOGA 5CYYA 4EVMA 3EMPA 2MMOA 1O73A 1FW1A 1TI1A 2OA7A 1AQVA 4XTSA 3MSZA 2GS3A 3LGCA 4JZQA 2GT5A 3UBLA 2HRFA 1ZYQB 2CA8A 3QCPA 4X1UA 5IOWA 2L5OA 3DGQA 4N30A 3EWLA 2R6KA 1GUKA 5B6MA 1TRUA 1XWCA 2H1GA 3VPQA 2HXKA 4OMVA 2LJRA 2H6XA 2JSYA 4FH8A 1WWJA 3A2XA 5HFIA 3Q19A 5DCGA 3KTLA 3H8QA 5FT3A 1EGOA 4KB3A 1R7HA 1UC7A 5G30A 2R2JA 4N0ZA 3GTUA 3IC4A 2F3MA 1SJ6A 2HE3A 3GSTA 2K6VA 1QXHA 3I9V2 3BD2A 1KBNA 2ON7A 5IM9A 2QKEA 1PL2A 3ERWA 1TK5B 1Y6EA 1T1VA 1XW9A 4IELA 3QAGA 4DSRA 4MZCA 3S9FA 1GTUA 2YWOA 5ENUA 1XZOA 4ID0A 1OKDA 4PQ1A 4MA9A 4ECCA 2B3SA 3QMXA 2KP2A 2I9HA 2AUVA 1PSQA 2ALBA 3WGEA 4HDEA 1X9WB 1SK1A 2DMLA 5DALB 3NOFA 2TRXA 4MF6A 4OFTA 4AJ8A 2DMMA 1EV9A 3EC3A 4XS4B 3KMNA 1VRSD 3GMFA 3UL3A 2LEGA 2PBJA 2CQ9A 2F8AA 5ECQB 4KDXA 2C0EA 1SKSB 5LD0A 5G1KA 1YZXA 2L5LA 1SKWB 3E9JB 3FZ9A 4TR4A 3D4MA 4OFMA 3L4NA 1M2AA 3W6GA 4TN8A 4NV2A 3HKRA 5C04A 3A3TA 2FWHA 5INYA 3QOUA 2IMIA 4K1FA 3QFBC 5F06A 3ZVJD 4F82A 1TW9A 4WETA 1B8XA 3C1RA 2P5RA 3GSSA 4EC0A 4JE1A 4POKA 1ERUA 3D22A 2C0DA 5CRHA 4K9ZA 1BQ7A 3FEUA 2GSRA 1DE2A 5DQYA 3ZIJA 3IBHA 1XOAA 2WCIA 1CQHA 4IN0A 1OAZA 4PQHA 2GSTA 2VLVA 4IP6A 17GSA 3EE2A 3ISOA 4J2FA 5A4VA 2I3YA 4DEJA 1M9AA 1EOHA 4MPGA 1XWGA 2IWTA 4WEYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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