4DSSB

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in complex with thioredoxin trx2
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
MVTQLKSASEYDSALASGDKLVVVDFFATWCGPSKMIAPMIEKFAEQYSDAAFYKLDVDEVSDVAQKAEVSSMPTLIFYKGGKEVTRVVGANPAAIKQAIASNV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase/transport protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
total genus 29
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dssB00
4NHZA 4FO5A 1SYXA 2PU9C 4L0WA 4TKYA 1K0CA 2C3NA 1USBA 4GQFA 4WR5A 4KCEA 4IGJA 4G10A 5KN2A 1S3AA 2QKEA 1DSBA 2O8VB 4I6XA 4FYBA 2B1KA 1OC9A 4JEDA 1J08A 4X0XA 3ZRDA 2PVQA 2VL9A 3MWHA 4E8EA 3F4TA 4RI7A 3GL5A 1O8WA 6GSXA 1A0FA 4D73B 4POMA 4PURA 4FYCA 1F3BA 3IV4A 4ZB9A 1B8XA 5D9TA 5IMAA 3KP8A 3VK9A 1QFNA 3N5OA 1PRXA 5EL8A 1R26A 4WF4A 2GSSA 2ON7A 3I43A 1GUHA 2B7KA 2FNOA 2IMKA 3E0UA 5D9WA 1AQXA 5CRGA 3GKNA 3BCIA 3KXOA 3IDVA 3QFBC 1AC1A 1TU8A 1T4YA 3GV1A 2NPBA 1HNCA 3TGZA 2BMXA 1GUMA 3BBYA 2YWOA 1GLPA 2E0QA 3UBLA 3HZ4A 1WJKA 1EP8A 5IMCA 1AQVA 2JADA 3W8SA 4BPYA 3RPNA 1QGVA 3FKFA 2GZPA 2L5LA 1W89A 1ERTA 1XBSA 2L5OA 5AISA 5FHIA 1Z7RA 3F3QA 3D21A 3KTLA 3TRQA 1OE7A 5F05A 3ISOA 4KDUA 2FUG2 4GLTA 1PMTA 2K6VA 1OAZA 22GSA 5FT3A 1PX6A 4TVEA 4MCUA 2IJYA 4IQAA 2H1AA 3VPQA 4ULXA 4KE3A 1M99A 2YZHA 3N9JA 1TRSA 5CYYA 2VL2C 5EY6A 2V32A 2PMTA 4AJ6A 4JE1A 4ML6A 2YANA 3A2VA 3A3TA 2B7JA 4BVYA 6GSYA 1F2EA 3AY8A 2LJAA 1QK8A 5G2ZA 2B5EA 1TW9A 6GSSA 1U3IA 5KN1A 4MLYA 3PH9A 3KH9A 2CV4A 3DEXA 2VLVA 3KH7A 4IKHA 5AIVA 3J7Yk 2F9SA 2ON5A 2F8AA 4LL1B 2VCQA 3FR3A 2V6OA 4OCEA 1FG4A 4MP4A 4JR6A 1C72A 4JR4A 5JCUA 1SENA 5DALB 3KGKA 3IAM2 3JCML 2H72A 3LSZA 1RK4A 1TU7A 4MA9A 2C80A 5D93A 2AV4A 2RM5A 1MDIA 2YNXA 3UMAA 4CHSA 2VCTA 1U88A 3VWVA 2AYTA 3WD6A 2DJ1A 3HKRA 3UEMA 1ZOFA 1WOUA 2R5GA 2HRFA 2HSHA 4DEJA 4XHMA 2O7KA 5D8IA 3TOUA 2WFCA 4FIWA 1V40A 1AW9A 3RDWA 2RUFA 3FEUA 1JLWA 2H30A 5J4UA 2GZYA 5A4VA 2X8CA 3TJJA 2HZFA 2I9HA 13GSA 3ZMLA 1KNGA 3HJMA 5GSTA 3GX0A 1R5PA 4TR3A 3QMXA 1RQMA 4V1Ap 4EL1A 1Z6NA 5CAXA 1B9XC 4H86A 4I8BA 2HI7A 4ZILA 3DYRA 3L78A 4ISDA 2EIRA 4IN0A 1OE8A 5HR0A 4FH8A 3UL3A 1XOAA 1J0FA 4IW9A 4NWYA 4HQZA 1JZOA 2O87A 2MMNA 5J5NA 3GFKA 4TR1A 2VCXA 3HXSA 1EZKA 1SK2A 5ECMB 3I69A 2H1BA 4LMWA 4MDCA 3NOFA 5IIZA 2X8HA 3M3MA 2IMEA 2AAWA 1SD9A 3HHVA 4KX4A 3FZ9A 3ME7A 1A8LA 3KIJA 5CRDA 3EU4A 4N0VA 1ACVA 4RQXA 1GLQA 2GVPA 3DMLA 3IXRA 2WGRA 2IMDA 4NMUA 2DIZA 1NHOA 4LL4B 1RW1A 4POLA 4EDYA 3VURA 5EPFA 3ERFA 1O85A 5DALA 3WGEA 4WR4A 4NXIA 3L0HA 1QXHA 1EWXA 3K8NA 1SJZA 2GGTA 2FGXA 2EIOA 1AIUA 3FRCA 2DIYA 1GSQA 1ZYEA 2DSAA 2B5YA 1S3DA 5HFIA 3HVXA 4V2MA 5GAND 2JU5A 2GDRA 1GSSA 1V9WA 3P8WA 3UBKA 2H6YA 1Z7PA 3GKKA 1VF2A 1O73A 2CVBA 1I9DA 4HS1A 3G9BA 1AXDA 5A5KA 4EC0A 2P0GA 2E2GA 2ALBA 1M2AA 3VI7A 4HZ2A 2B1LA 1GH2A 2V41A 5GAPD 2QGVA 2F51A 2AHEA 3APSA 3F4SA 2I4AA 4JRRA 3QPMA 2A2SA 2OA7A 4Q5QA 4GF0A 5DBQA 1BG5A 4HEA2 1ERUA 3M9KA 4OFMA 1VF4A 1K0NA 1XW9A 2YJHA 2DJJA 3G7JA 1Z9HA 5ECKB 2LNTA 2JZTA 5HR2A 4ML1A 4IQ1A 4IHUA 1Z6MA 4PUAA 2PGTA 3CTGA 4TXOB 4LMVA 1PKZA 1SKWB 3TKRA 4NHWA 4KNDA 3UVTA 5IO0A 2MYGA 3DXBA 3NZNA 1GSEA 1K3OA 3KTBA 1YQ1A 1TRVA 2JL4A 4GRFA 3CRTA 1XFLA 3KZQA 4BWQA 3FR9A 1BX9A 4K7OA 4TW5A 4CW9A 1G0TA 1EOGA 3CYNA 4K7IA 1A24A 4MPGA 5D73A 2TRXA 4OO5A 1E6BA 2JZRA 2MZCA 3GNJA 4ECJA 1O7UA 1DE2A 3CXGA 5LNKe 3KM6A 1GSYA 1SL0B 5E59A 2ZCTA 5G5EA 1JZWA 4K2DA 1AUCA 2LJRA 4PUFC 2VLUA 1GNEA 3F3RA 4V1Ag 4WBJA 4AGSA 1H75A 3VLNA 2EIQA 3EURA 1TK5B 1FW1A 5ELAA 4K1FA 1PQNA 1SL2B 4WXTA 3LYPA 3APOA 3L9UA 1HD2A 2IPAA 2VD1A 3H79A 2CZ3A 3EE2A 3GRXA 3VWWA 5IMZA 1TRWA 4HU7A 4LLRA 2K18A 2DJ3A 4N0ZA 3GMFA 1CQHA 2J9HA 2H1DA 3CTFA 2H73A 4F0CA 1GUKA 3QAWA 4XS4B 3C1SA 1WWJA 2AB6A 2OBKA 4F9ZA 3RAZA 5B6NA 2OJLA 4O92A 4GSSA 2TRCP 2YWMA 3TKQA 3TCOA 1FB6A 1EEJA 5JWRB 5F07A 1GSFA 1MD3A 3NIVA 4PGTA 2XBQA 3M8NA 3APQA 2VLTA 1HNBA 2YCDA 4EO3A 3O6TA 2GT6A 5L71A 3F6DA 2NDOA 4N11A 1T1VA 1PSQA 2L59A 3L4NA 5EVOA 1WMJA 2DJ0A 3A2XA 3W8JA 4GSTA 2O89A 2IFQA 3U6VA 4OO4A 1EGRA 1WRYA 5ECLB 1LU4A 1B48A 3SWLA 1KBNA 3ERWA 4ZL8A 2OACA 4XCSA 4YAPA 4TRXA 4NPBA 2REMA 3BCKA 2K9FA 3ZYWA 3P7XA 1Z5YE 3BOAA 2DJ2A 1QMVA 4G19A 2C3TA 3BD2A 2GQLA 1V58A 5HFGA 1A2JA 1SKSB 3HJOA 2C1YA 3LFLA 5G1KA 1T7PB 1ML6A 2LQQA 2H0IA 5G30A 1HNAA 4TN8A 4OFNA 5HQPA 2CZ2A 3MNGA 4TR0A 2JZSA 5ECNB 2HLSA 2M46A 5AGYA 2LS5A 2YPMA 5D96A 2I1UA 3UJ1A 1HYUA 2VL3A 1Y6EA 4BA7A 3HZ8A 2R3XA 3RPPA 1V98A 5DCGA 3TKPA 1DUGA 3WGDA 2VO4A 2GSTA 3WT1A 2Z9SA 1FO5A 1ZCPA 1BYEA 5DAKA 4HOJA 2H8LA 1GTAA 4G9HA 2MBTA 1GSUA 2ZNMA 3ZL5A 2WJUA 1SJ6A 1R4WA 4JBBA 4XS4A 2QSIA 3Q74A 2GTUA 1TK0B 1EGOA 3S9FA 3C1RA 2RIIA 5IMDA 2DMMA 1T3BA 2G0FA 2FHEA 4XRAA 3H1NA 4V2NA 2X64A 1PX7A 4XTSA 1O6JA 2BJXA 4MABA 1SK0A 3TRXA 1OKTA 3HY2A 3FY7A 4D73A 4ZB6A 5H5SA 2YV7A 4ZBDA 4OMVA 2NBSA 5DQYA 2WS2A 2H19A 4F03A 3KMNA 2V2GA 1YY7A 3DGQA 1UA5A 4HQSA 4AJ8A 3IAS2 1YEPA 1N8JA 2XBIA 1UVZA 2NTOA 1A23A 4K8MA 2R6KA 4GSNA 3LGCA 5GZZB 5E4WA 4KUNA 2PN8A 4IBPA 2P5RA 4YAVA 3VI5A 3FK8A 2M72A 5J3RA 2G2QA 2XPDA 4DSSB 5IOXA 4NV2A 3F8UA 3ZLPA 2GLRA 4DSRA 2VCWA 3O76A 3ZZXA 5DQSA 4PX1A 5ECHB 3VFIA 1QQ2A 4IELA 3ZREA 5CREA 2N5FA 3TRPA 6GSTA 2AJQB 1YKAA 5J41A 3E9JB 2HZEB 2GSQA 3DIEA 3GYKA 3M1GA 5INYA 2GZZA 3QR6A 3UARA 5IOWA 2LTKA 1B9YC 1M9AA 3WT2A 2C0FA 2FCHA 2WDUA 1UC7A 4X1UA 4GQCA 4MF5A 5KEJA 2X8GA 1F37A 3PR8A 2HSYA 5JWOB 2P5QA 3IOSA 1X9WB 4ZB8A 4OD7A 3C73A 3HVSA 2KP1A 1JZRA 1NSWA 4KW6A 1FHEA 3GA4A 3GTUB 2MMOA 5B7CA 1EV9A 1OKDA 3TKSE 2IL3A 3GSSA 2FWEA 1XWCA 2V6KA 1K3LA 2F3MA 1VF3A 4KSMA 3UOMA 2WB9A 2B3SA 16GSA 1XXUA 3TJKA 2CQ9A 2H76A 3ZITA 4ID0A 1GTIA 4O5RA 1MDKA 3DVXA 2YJ7A 4TOPA 3P90A 3CBUA 1PL1A 3IC4A 4KH7A 3GUSA 3CRUA 3V1WA 4RUVA 4MK3A 5ELGA 2VCZA 3R2QA 1U87A 1XW6A 3ZIVA 2VAFA 2C8UA 1W4VA 2WRTA 2HFDA 1BJXA 2V1MA 3DVWA 5IPHA 2M80A 4DSSA 3J7Yb 4XS1A 4WBRD 4QL9A 2MMAA 2DMLA 5CRHA 5H5QA 4ILFA 4TR4A 2H66A 2VM2A 1G7EA 2I3YA 2CX4A 3LXTA 2JACA 4XIHA 1G7OA 3TDGA 2D2ZA 3EINA 5DVBA 4ECBA 2L4CA 1PL2A 2N5BA 4JU5A 2FD3A 3GHAA 1M2BA 3HDCA 5IMVA 2DBCA 4L5OA 5ID2B 1NM3A 1E2YA 3D5JA 4MH2A 1EEMA 1ZGNA 3A5WA 4HJ2A 1YKCA 5HFKA 2QC7A 2LRTA 17GSA 3QAVA 6GSVA 2FWFA 4AF2A 2FWGA 4IVFA 3GTUA 1V57A 3ZTLA 1MD4A 4WETA 2LEGA 4N30A 4ZBAA 5FWGA 2OE1A 2CA8A 4ECCA 2XHFA 3GH9A 3QFAC 5AIXA 3H8QA 1LBKA 2FY6A 4K0NA 2LRNA 3FZ5A 5IO2A 3A2WA 5C04A 2L6CA 1TXXA 2PERA 3TB2A 4F2IA 1GNWA 3TOTA 2H71A 1F6MC 2H6ZA 2IMFA 2A2RA 3ZVJA 2L6DA 2ZUPA 1IYHA 3KJYA 4WEYA 1OYJA 4KCAA 5JCWA 5ECRB 2PVOC 2K8VA 2JSYA 5DJMA 2C0GA 4I2UA 2GT5A 3O3TA 4IP6A 4K0GA 5HR3A 1TP9A 3DD3A 1XWKA 2MMZA 3CSIA 3UIWA 2H6XA 2OKAA 1M9BA 1ZYQB 1ABAA 1YJ6A 2FA4A 3C71A 3FZAA 12GSA 5G5FA 2YN1A 1GULA 1WIKA 4I97A 2IMIA 2H70A 1X5CA 1QUWA 2E7PA 3EC3A 1TDIA 2A4VA 5LD0A 1OC3A 4PQHA 1NW2A 3QCPA 5KN0A 4RQRA 18GSA 2HE3A 4ZXGA 1PKWA 4HU9A 1TKDB 4O7HA 1SL1B 3C7MA 6GSWA 2PUKC 3QAGA 5ID2A 3HYPA 2IIYA 1DBYA 1U3AA 5B8AA 4TXVA 1FVJA 2R2JA 3IHQA 5G31A 1DE1A 1V2AA 4OCFA 3GN3A 5JCGA 1XVWA 2YWNA 1B4PA 1AAZA 4QQ7A 1K0AA 1G6YA 4TXOA 1XZOA 4RI6A 20GSA 4MZWA 4EF0A 4GCIA 2H01A 2DC5A 2PWJA 3QD9A 4PXOA 4DSQA 1PGTA 1GWCA 3KEBA 1GP1A 3GKMA 5CO3A 4ECIA 3Q19A 2BTOT 1IYIA 2LUSA 7GSSA 14GSA 3HA9A 2HYXA 2OBIA 3ERGA 1GTBA 3RHCA 1H4OA 1TI1A 4ZIJA 2VCVA 1GSDA 3F9UA 4HJMA 1TI3A 2KLXA 4Q5NA 1KTEA 4ZL9A 6GSUA 1THOA 1JFUA 2LRCA 2OADA 1Q4JA 3UVHA 2YV9A 3VWXA 4EKZA 4ZBBA 2XC2A 3FYGA 2VM1A 4MF6A 5LCZA 3D6IA 4PNFA 4KDYA 4YQUA 3RHBA 3H93A 4QL7A 2VIMA 4L5LA 3LEFA 2LSTA 1A2MA 3D22A 4Q5FA 1OVNA 1XW5A 1ZZYA 3EMXA 4ZL7A 2JSZA 3Q6OA 5COHA 4JZQA 4V2LA 4KB3A 1T8EB 4EVMA 1YF0A 4P3YB 1M7TA 19GSA 3C8EA 2C4JA 1R5AA 4MMMA 1EOHA 2H74A 3TUEA 3E3EA 2FWHA 1FOVA 1F9MA 5GSSA 3IK7A 4WKWA 1M2DA 4MF7A 4TR1B 5ECOB 5DCHA 4OWYA 2KHPA 2O85A 1THXA 2PPTA 5AN1A 1M0UA 1K0MA 3BJ5A 2LJKA 1YDKA 3HJPA 1X9SB 1YEXA 1XWBA 2XPEA 1YZXA 3D4MA 2HNLA 4F0BA 2GSRA 4EDZA 4AJ7A 4HUAA 4OFTA 2OE3A 4NAXA 1SYRA 1O81A 3MSZA 4HZ4A 3P2AA 2B5XA 1TJDA 1TRUA 4GWRA 3US3A 4XRDA 3LJRA 3IK9A 4DVCA 4N10A 3OR5A 5CNWA 4MH3A 3IBHA 5IQYA 4YQMA 1X5DA 2FA8A 3GKXA 3EU3A 4MZBA 4O32A 1CQGA 1UN2A 2I81A 3WGXA 5J9CA 2HXKA 2DLXA 3ZIJA 1HQOA 1T00A 4IP1A 2WZ9A 5KN3A 2PBJA 3TKSC 2X99A 1GRXA 2H0GA 3PINA 2KUCA 1OC8A 4BL7A 5C00A 3ED3A 1K3YA 1Q98A 3GL3A 2B6MA 1Z3EA 3D0ZA 3LG6A 1XOBA 1X0RA 1EV4A 2VD0A 1BAYA 2N5AA 1PN9A 4ACSA 3IPZA 1GL8A 2VOCA 5IPGA 3FW2A 2F8FA 3F4RA 8GSSA 5A4UA 2CT6A 3WYWA 1SK1A 4J2FA 3H4KA 3HVVA 3IA1A 3MAKA 4POBA 1K0OA 2LV3A 4MZCA 2GS3A 2LKUA 1ILOA 4KAEA 2H0HA 4I5QA 5IM9A 3D4TA 4LA1A 3L9VA 3IRAA 3FR6A 3LQ7A 1JZDA 3M0FA 2C3QA 1VRSD 3GH6A 3DKSA 4I2TA 4KSOA 2TIRA 1BQ7A 1XWAA 3VPTA 3GIXA 2NVLA 2VUPA 2HRNA 4K6XA 5ENUA 3KMOA 9GSSA 4EUYA 1ERVA 2GQMA 2L4QA 1XIYA 5HR1A 1XVQA 4CDOA 4F82A 2R37A 3HCZA 2K8SA 3LWAA 4MJAA 1A0RP 4G2EA 2CAQA 4Q5RA 1N2AA 3QDNA 3KP9A 3Q18A 5F8BA 4KGIA 2MBSA 3EMPA 1SD8A 3LYKA 1FAAA 2H75A 2RUEA 5IMFA 1WPIA 5ECIB 1VF1A 4MJCA 4IJ3A 1XPVA 3F0IA 2GQKA 4MPFA 1F3AA 2L57A 3DWVA 3CSJA 3UAPA 1FB0A 2HZEA 3MDKA 1B4QA 3PGTA 2E2MA 5D9XA 2YZUA 3GX8A 4E8HA 1KEBA 3ZMKA 3M9JA 1U6TA 4GXZA 1T4ZA 2WCIA 3G7IA 5JWQB 1MTCA 3ME8A 5B8BA 3L9SA 4L0UA 1JHBA 1R7HA 1X5EA 3W6GA 4X43A 3LORA 10GSA 1PD21 2IN3A 2KP2A 2C0DA 3IR4A 1JLVA 4XS6A 1ON4A 4MJBA 5J9BA 1LJRA 1ZL9A 2YWIA 3EYTA 5H5RA 1I5GA 2H1GA 1WP0A 1K0DA 4WF5A 5CP1A 2VL2A 3CSHA 4K7NA 1FVKA 2CVDA 2CX3A 1OC9B 1S3CA 2EC4A 1URMA 5ECQB 4FYUA 1SU9A 4MJEA 3ZVJD 3TJGA 2ES7A 1NHYA 2FLSA 2RLIA 4YH2A 4IJIA 4GTUA 1BEDA 4HDEA 3I9V2 4NV5A 1ERWA 3SBCA 1Y25A 3ZFBA 5ECPB 3IE3A 3LXZA 4KA0A 2CVKA 3TJFA 3VWUA 2R4VA 3KD0A 2IFQB 3FHKA 1TTZA 2AUVA 3FZ4A 4K9ZA 1X9MB 4EE0A 3RBTA 3DRNA 5F0GA 5D9VA 4YQVA 4EXJA 1YF1A 4PQ1A 2J23A 1VGLA 5ECSA 11GSA 5DDLA 4BVXA 2YOIA 1MDJA 2DJKA 1PA3A 4PQIA 5F06A 4PNGA 4L8EA 5B6MA 2LNSA 1GTUA 1XCCA 1A8YA 3I6AA 1O8XA 2P31A 3F63A 1SKRB 3EVIA 1A2LA 3ZFLA 4Z7XA 5CRWA 4J56E 5DJLA 3GURA 1XWGA 2KOKA 5G1LA 1J9BA 1ZMAA 2LQOA 4IS0A 2RM6A 3TKSA 3TJBA 3QOUA 1TOFA 2OE0A 1SJIA 5A4WA 1AQWA 1MEKA 2C0EA 4J57E 4POKA 4BWSA 1ST9A 3F6FA 3EWLA 1EP7A 3G7YA 2WULA 2HT9A 2IWTA 2YP6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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