5GAND

The overall structure of the yeast spliceosomal u4/u6.u5 tri-snrnp at 3.7 angstrom
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
140
structure length
140
Chain Sequence
ASVLLPQLRTGWHVDQAIVTETKRLVVIRFGRKNDRQCMIMDELLSSIAERVRNFAVIYLCDIDEVSDFDEMYELTDPMTVMFFYHNKHMMCDFGTGNNNKLNFIVDDKQEMIDILETIFRGARKNKGLVVSPYDYNHKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transcription
publication title Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords U4 snRNA
total genus 37
structure length 140
sequence length 140
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5ganD00
1BEDA 1GUKA 4TR0A 2LEGA 2OE3A 1MDIA 1GNWA 4EF0A 1OVNA 2IMIA 4LMVA 1NHYA 1G6YA 1SJ6A 3A5WA 1T4YA 5A5KA 4PNGA 1JLWA 1T3BA 3CRTA 2GTUA 5J3RA 5E4WA 2P0GA 3NZNA 1B4PA 4PQHA 4MLYA 1SYRA 3IV4A 4NWYA 3ZTLA 1Y6EA 2K6VA 5EY6A 3HJPA 3PGTA 3RHCA 2WDUA 5JWRB 1A23A 1TOFA 1GWCA 2CVDA 4WF5A 2G0FA 4MJCA 2R3XA 2XPDA 2GQMA 1ON4A 2H0GA 5FWGA 4ILFA 1A0RP 4JBBA 3APOA 4RI7A 4DSSB 1PL2A 1ABAA 4K7OA 2H1GA 4AJ6A 4P3YB 4V1Ag 5D96A 1MTCA 5KEJA 1OC8A 4I5QA 4OWYA 1EGOA 5LNKe 2X99A 3ZYWA 3TRQA 1B9YC 1SL2B 2LTKA 6GSSA 3VI7A 20GSA 3IRAA 3ZRDA 11GSA 2YWNA 4MJEA 5B7CA 4ML6A 1AUCA 4MZBA 1ZZYA 1NM3A 5B8AA 3A2VA 5JCGA 4KSMA 2YZUA 3A2WA 4V2NA 3CYNA 2YN1A 3GH9A 2WJUA 1PMTA 4FH8A 3DGQA 5J9BA 5F8BA 5DCGA 1X0RA 1UVZA 2RIIA 3HZ8A 3VWUA 4XCSA 5IOXA 2G2QA 2M80A 4PXOA 4PUAA 1F37A 2H6YA 2OBKA 1YQ1A 3QR6A 1WE0A 1S3AA 3EMPA 3GKMA 5CP1A 1TU8A 3E0UA 3L9UA 3A3TA 3VI5A 1DE2A 1M2AA 1AQVA 3D21A 1KBNA 4BWQA 1FOVA 2KOKA 2R2JA 4EDZA 2R6KA 3TKSA 2PVQA 3KXOA 4TXVA 4WR5A 4PGTA 3LFLA 1UN2A 3QDNA 1K0NA 1E2YA 1SKWB 4XS1A 3EINA 3A2XA 1K0OA 4KE3A 3VPTA 1MD3A 1X5EA 5HR1A 2HZEA 2H30A 3HKRA 1FB0A 4K0NA 3CXGA 3TCOA 4K8MA 1EZKA 4MF5A 2GZYA 2DC5A 3RHBA 3FR3A 3GHAA 3GUSA 1M0UA 3ZREA 5IMCA 3BCKA 4F0BA 1WIKA 3AY8A 5DJMA 3BD2A 3DYRA 4KCEA 1O8XA 5ECOB 5GSSA 1AQWA 2I1UA 3FR9A 1BX9A 2RUEA 3GKKA 3ZMLA 1WPIA 2NVLA 3FK8A 5F06A 1B4QA 3L4NA 4H86A 1F3AA 1NW2A 2C3TA 4I2UA 3VWXA 6GSWA 1RQMA 3IOSA 3IR4A 1OC9A 2KLXA 3MDKA 5F0GA 4ZBAA 2C3NA 1LJRA 2VL9A 4JR6A 1GTUA 2FGXA 2QC7A 7GSSA 3H4KA 5CRWA 1F3BA 1Q98A 1R26A 1GSFA 1FVJA 4QL7A 1FB6A 1SJIA 3GTUB 1SD8A 4N11A 4JE1A 4PQ1A 1BG5A 4TN8A 1URMA 3US3A 3ERFA 4CHSA 4EE0A 3WT2A 3UVTA 4IVFA 3IAS2 1ILOA 2WULA 1XW9A 1XZOA 1TI1A 2PVOC 4MH3A 2NPBA 2MBSA 1U88A 2H74A 4O92A 3LJRA 1A2LA 2VLUA 3FW2A 2VLTA 3WGEA 4HEA2 3ZIVA 1YKCA 4IGJA 3GL3A 2YANA 3RPPA 1T00A 1XWKA 4GF0A 5IMDA 4MPGA 2LRCA 1QFNA 1TJDA 4HQZA 1F9MA 5GZZB 1H4OA 1BQ7A 2FA4A 2K9FA 3RBTA 2CA8A 3FZAA 5IMVA 2XBIA 2DJJA 2AYTA 2FWEA 3HCZA 3LXZA 1XWCA 3P90A 1BAYA 5ID2B 2VD0A 4RUVA 2GZZA 4GSTA 1EOHA 3DMLA 2I4AA 4PUFC 3CSHA 3WGXA 2VM2A 4QQ7A 4XS6A 2YP6A 3KTBA 3CSJA 4TVEA 4IP1A 2DLXA 1THXA 4OMVA 1XWBA 1E6BA 4ID0A 4ACSA 3TGZA 2J9HA 4MF7A 2LJKA 3LORA 1FVKA 4KDYA 2GZPA 4AF2A 4DSRA 2YJHA 4HU9A 3M0FA 2YJ7A 5AGYA 1EGRA 4TOPA 5DCHA 3APSA 5KN1A 5EVOA 1Z7RA 1K0MA 3UBLA 4EUYA 1TTZA 3L0HA 2GQKA 2C0DA 1XIYA 3Q18A 1Z9HA 1I5GA 2IMEA 3DD3A 2LJRA 1Z6NA 4X43A 2C80A 2NTOA 4IS0A 12GSA 4KGIA 2XC2A 1ZGNA 1QQ2A 1K0BA 5C04A 2PMTA 1X5DA 3KZQA 1PQNA 3W6GA 3P8WA 3GX8A 3HXSA 4IQ1A 2IFQB 3CTGA 2GSSA 1PRXA 2H01A 2JSZA 3M3MA 3QFAC 1XVWA 2LKUA 3GRXA 4EL1A 4I6XA 4HU7A 3ERWA 4JU5A 2WZ9A 2IPAA 1G6WA 1PA3A 1XOBA 5D9VA 5H5SA 4D73B 5G2ZA 3TJKA 1M2BA 3MAKA 4ECCA 2A2SA 5ELAA 14GSA 1ZL9A 17GSA 1LU4A 1OE7A 3I69A 4LLRA 3UMAA 3QAVA 2H72A 5G1KA 2L4CA 2RUFA 1K3LA 5F07A 3TRPA 2HNLA 2HRNA 1ERTA 2CX3A 5IPGA 1SKSB 3FKFA 1GSSA 5LCZA 3K8NA 2KHPA 1XBSA 1T4ZA 4J57E 3L78A 5AN1A 1A0FA 1PKZA 4PURA 3QCPA 4BVXA 3KP8A 2E7PA 3IPZA 2C4JA 4E8HA 2FNOA 4XRAA 2ES7A 2IMFA 1KEBA 1W89A 2WGRA 2CQ9A 2ZUPA 4FYCA 4LA1A 3CBUA 2X8HA 2TRXA 4Z7XA 2NDOA 4LL4B 1CQGA 3VFIA 3DXBA 13GSA 4XS4A 2GVPA 4TR1A 2I9HA 4BVYA 4HS1A 2VL3A 3WT1A 10GSA 2KP2A 1JZWA 2P5QA 3BOAA 2FA8A 5ECIB 2H71A 2VCWA 3GKNA 4GQCA 1EEMA 1ERWA 2GQLA 1A2MA 1YEPA 4FIWA 1OKDA 5D8IA 1OYJA 3LSZA 3J7Yb 1U87A 3EE2A 2XPEA 1A24A 2B5YA 2QKEA 3HD5A 1B9XC 2EIRA 2PGTA 3F3RA 1FW1A 2VUPA 2VCQA 4EO3A 1GRXA 1GSUA 4N30A 4ZL9A 2JZSA 3ZLPA 4J56E 2FWGA 2OJLA 3C71A 4HJ2A 2PWJA 1VF2A 2IIYA 5D9TA 3DVXA 5D73A 3GX0A 4G10A 3L9VA 1O73A 2GSRA 5DVBA 4HJMA 3KMNA 1ZYQB 1M99A 4CW9A 2PBJA 4YQVA 4NV5A 4DSQA 3KP9A 1AQXA 1XPVA 2MMAA 4HZ2A 4YAPA 2L59A 3ED3A 2JL4A 19GSA 2N5AA 4ZL7A 4K1FA 3IHQA 1SJZA 2AHEA 3F4TA 5FHIA 4TKYA 1ERUA 3FRCA 1B8XA 2DMLA 2CAQA 2H70A 3D5JA 3EC3A 3KD0A 5GAND 3LQ7A 3UJ1A 3ISOA 1EWXA 4GCIA 2RM5A 3ME7A 3RAZA 4L5LA 5L71A 1KNGA 3UVHA 1PKWA 3P7XA 2DJ0A 3RDWA 2IMDA 3I43A 4HQSA 1TP9A 4PX1A 3LEFA 2RLIA 5HFIA 1YEXA 2EC4A 2AV4A 2I3YA 1WWJA 3TUEA 5IO0A 5KN2A 2M72A 1R5PA 1A8LA 3KJYA 3F6FA 4IP6A 1XOAA 4F9ZA 2GLRA 5ECMB 5IOWA 2DSAA 2LQQA 3G7JA 1K0CA 5A4WA 3I6AA 4GWRA 1YZXA 3M1GA 3FY7A 4K6XA 4HDEA 4POMA 1R7HA 4ZIJA 5HR0A 4EXJA 5DALB 4JR4A 8GSSA 4IBPA 3KEBA 2PERA 3N5OA 5D9XA 1ZOFA 4ZL8A 2NBSA 5G1LA 3GNJA 1GSEA 3HVVA 3EYTA 1BJXA 2C0GA 4F03A 4E8EA 4JRRA 4YH2A 1G7OA 2VM1A 5ABRA 2AAWA 2N5BA 2B7KA 2LRNA 3F3QA 3HJMA 3FEUA 4V2MA 4IKHA 3IXRA 5IQYA 5GSTA 3MNGA 4N0VA 2B7JA 4JEDA 2C3QA 3F9UA 3IAM2 4MA9A 2K18A 2JZTA 3FYGA 5DBQA 4OCFA 2PUKC 2HSHA 2LSTA 4HI7A 1GULA 5HQPA 2H73A 3KMOA 1GLPA 3IDVA 3O3TA 4WXTA 1N8JA 2JADA 1AAZA 4ULXA 2FD3A 3FHKA 2P5RA 2YZHA 2F9SA 3TJGA 2R37A 3FZ9A 1IYIA 3TJJA 1AW9A 2FWFA 3TKSC 1VF4A 3ERGA 1RW1A 4EDYA 1SENA 2H6XA 4OCEA 5G5EA 2DBCA 4XIHA 9GSSA 2HZFA 1EV4A 4NPBA 3JCML 3BJ5A 3QAWA 2WS2A 3GTUA 3EWLA 1M7TA 1TU7A 3TOUA 3SWLA 1WMJA 3LYKA 1TRWA 1FO5A 3UBKA 3VWWA 4KA0A 3GV1A 4BPYA 3VURA 3ZVJA 5B6MA 2F8AA 4MJAA 1J9BA 4BL7A 4GQFA 5IMAA 4RI6A 3TRXA 2HSYA 1X5CA 1PL1A 3HVXA 2HXKA 3I9V2 2ON5A 1R4WA 1XVQA 2L5LA 3UEMA 2IJYA 4KW6A 3EU4A 5DJLA 1K0AA 1M9AA 1TK0B 3FZ4A 1N2AA 4IHUA 1A8YA 1ZYEA 5HFKA 3NOFA 5ID2A 1Q4JA 1PSQA 4ZXGA 4WBJA 4FYBA 2B5XA 4ECBA 3GSSA 1TK5B 1GTBA 1AC1A 4L0UA 1GLQA 4K2DA 2VCVA 3TDGA 1YF1A 2CZ2A 1XWAA 1O6JA 5AISA 3G9BA 1ACVA 4K7IA 3ZFBA 1SK0A 2WRTA 3QMXA 2LV3A 1NHOA 2V41A 3Q6OA 2Z9SA 3F4RA 1G0TA 1Y25A 1TRSA 1O7UA 2H1DA 2J23A 3MSZA 4IW9A 2LUSA 5ECSA 2IN3A 2YCDA 4KH7A 2H66A 3KGKA 3FR6A 3ZMKA 1DUGA 2M46A 2HT9A 1M9BA 3UAPA 4ZB8A 3DVWA 2VIMA 3LYPA 2VL2A 1B48A 1EOGA 1GTAA 4MDCA 3TKQA 4YAVA 1GP1A 1K3OA 4WETA 2YWOA 2A4VA 1OAZA 1U3AA 3S9FA 1T7PB 1XW6A 4HZ4A 3ZIJA 5GAPD 4IJ3A 3V1WA 3CTFA 1BYEA 6GSUA 1FG4A 1M2DA 3M8NA 2ZNMA 5ECNB 2C0FA 4NXIA 2OE0A 2ZCTA 1S3DA 4I97A 5ENUA 3O76A 3F0IA 1J0FA 5DAKB 3DEXA 4D73A 2FWHA 3D6IA 1PX7A 1UC7A 5JWOB 5JCUA 1TRVA 3GA4A 1QGVA 3GL5A 5ELGA 3F8UA 4TR3A 5DDLA 3DWVA 3VPQA 2YV9A 2H8LA 3EU3A 3Q19A 5J9CA 5CO3A 2YPMA 2B6MA 4GSSA 1MDKA 3KM6A 2CVBA 5ECKB 2IMKA 1C72A 1JLVA 3D0ZA 1K0DA 4YQMA 3KIJA 5DQYA 1TI3A 4GXZA 4L5OA 3L9SA 3ZFLA 1YF0A 5JWQB 2O8VB 5IMFA 1AXDA 4AJ7A 2IL3A 1HYUA 4TXOB 5A4VA 4CDOA 4XTSA 4MP4A 4PNFA 4KB3A 4IQAA 5KN0A 4NV2A 2YWIA 5G30A 4N0ZA 5CAXA 2RM6A 4K7NA 1ERVA 2PPTA 2MMOA 3H1NA 1JZRA 1JFUA 2WFCA 4MZWA 2GSTA 4Q5NA 4GSNA 1OKTA 1R5AA 2L5OA 2TIRA 2F51A 1SD9A 5EPFA 5CRDA 2LNTA 1GUHA 1F6MC 4TW5A 2DJ3A 5ECHB 1VF3A 3IBHA 3F63A 4O5RA 3U5RE 3O6TA 2C0EA 2OBIA 4PQIA 3LXTA 3FZ5A 5J4UA 2IWTA 1Z7PA 4TRXA 4N10A 4ECIA 5G5FA 4YQUA 3R2QA 1SK1A 2MYGA 3GSTA 5CRGA 2B5EA 3C73A 4MK3A 1TKDB 3UL3A 5J41A 1WOUA 2H76A 3HVSA 5C00A 3QD9A 4KDXA 3D4TA 1X9SB 1PN9A 4K9ZA 1HQOA 1SL1B 5H5QA 3H93A 2FLSA 2O7KA 1F2EA 4DSSA 2O87A 2I81A 5ECLB 4V1Ap 3UOMA 6GSTA 2GT6A 2X64A 4OO5A 3F4SA 4WKWA 2DIZA 5AIXA 1YKAA 3D22A 2DJKA 2LJAA 1J08A 4F0CA 2H1BA 1TK8B 1ZCPA 5G31A 3QFBC 4FYUA 4L8EA 2VLVA 1TXXA 2E2GA 3HDCA 2BJXA 5JCWA 1NSWA 3TJFA 1DSBA 5HR2A 3U6VA 3ZITA 5KN3A 4KSOA 3MWHA 4OFTA 3SBCA 1QK8A 2FUG2 2DMMA 1MDJA 4IJIA 3ME8A 4F2IA 1O85A 1FHEA 1YJ6A 2CX4A 2R4VA 4OO4A 3HA9A 1MEKA 3HY2A 4POKA 2REMA 5IM9A 1QMVA 1WP0A 2LRTA 3TOTA 3E9JB 5F05A 1ZMAA 2K8SA 2H0IA 5E59A 2GSQA 2L57A 4G19A 2H1AA 3UARA 1DBYA 1V98A 2DJ2A 2YNXA 4RQXA 1CQHA 1JZOA 1XW5A 1T1VA 2FY6A 2P31A 4AGSA 4F82A 1A2JA 3HHVA 1KTEA 4KCAA 3RPNA 2XBQA 5DQSA 2ALBA 3CSIA 3F6DA 2OADA 2QGVA 2GT5A 4MPFA 4FO5A 2GS3A 1GL8A 1ST9A 4QL9A 1GH2A 3QOUA 5DALA 1GTIA 4MH2A 3EURA 4DVCA 1XWGA 2X8GA 2V1MA 4MMMA 2F3MA 2HFDA 3ZZXA 3GH6A 5IO2A 2AJQB 4LMWA 4ZB6A 3KH9A 1GSDA 2HYXA 2HZEB 2EIQA 2VCZA 1H75A 2CT6A 4Q5QA 3ZVJD 3W8JA 1PX6A 2BTOT 1X9WB 2AB6A 5HFGA 2OKAA 3PINA 3LG6A 3OR5A 3TB2A 2HI7A 4WF4A 1K3YA 3DRNA 2R5GA 3W8SA 3BCIA 4IN0A 3H8QA 2VAFA 4POLA 1V57A 1O8WA 2C8UA 2O85A 3C1RA 3E3EA 2C1YA 1Z3EA 4GRFA 3G7YA 2JACA 4JZQA 4K0GA 4O7HA 2TRCP 5AIVA 4OFNA 1S3CA 2OACA 1DE1A 4MJBA 1VGLA 4X0XA 4BA7A 4ECJA 1OE8A 1VRSD 2DJ1A 2MMNA 2OA7A 1OC9B 3TKPA 3WD6A 3GYKA 4KNDA 2B3SA 2CZ3A 3VLNA 3HJOA 4LL1B 5HR3A 1HNCA 1X9MB 1PD21 1RK4A 2V32A 4GTUA 2H6ZA 2E2MA 4EKZA 1EEJA 4XRDA 3M9JA 2ON7A 2BMXA 5A4UA 4ZILA 2VCXA 3WYWA 3WGDA 1USBA 4ISDA 2FHEA 2LNSA 5D9WA 1XFLA 2L6CA 1XCCA 4L0WA 1SL0B 3IK7A 2XHFA 3BBYA 4HUAA 4NHWA 4KX4A 5LD0A 4EC0A 3IA1A 3GN3A 2X8CA 1XXUA 2LQOA 3LWAA 3QPMA 2H0HA 2L6DA 3P2AA 4HOJA 18GSA 3PH9A 1YDKA 2JU5A 2VD1A 3ZL5A 3TKSE 5IPHA 3LGCA 2B1LA 4OD7A 5IMZA 4Q5RA 22GSA 4KAEA 1TRUA 2YWMA 3N9JA 4KDUA 4MABA 4MF6A 2OE1A 4BWSA 3TKRA 2CVKA 1G7EA 4ZBDA 1U6TA 2YOIA 1GNEA 3QAGA 2O89A 1JZDA 3IC4A 1I9DA 3KH7A 4NHZA 4GLTA 2KUCA 1QXHA 2F8FA 5B6NA 1GUMA 1GSQA 1QUWA 2V2GA 1LBKA 1UA5A 3VWVA 3TJBA 1Z6MA 3CMIA 2WCIA 2EIOA 4MZCA 4AJ8A 1O81A 1PGTA 1YY7A 2VCTA 1EP8A 4KUNA 2N5FA 4EVMA 1OC3A 6GSVA 1Z5YE 4O32A 3NIVA 2DIYA 1GSYA 2CAIA 5CYYA 1T8EB 1SYXA 3C7MA 3H79A 4I2TA 2VO4A 1U3IA 4IELA 1HNBA 4G2EA 4DEJA 3APQA 1THOA 2IFQA 4POBA 2V6KA 3M9KA 4XHMA 2WB9A 3GFKA 5FT3A 4ZBBA 4I8BA 2L4QA 3Q74A 2K8VA 1WJKA 3PR8A 3EVIA 1V2AA 2B1KA 1WRYA 2PN8A 2H75A 4J2FA 4G9HA 1AIUA 2GDRA 2LS5A 1SK2A 3DIEA 5INYA 2GGTA 4WEYA 1TDIA 2HE3A 1V9WA 2KP1A 3UIWA 2E0QA 4RQRA 2FCHA 5COHA 3KCMA 2JSYA 5D93A 1HNAA 3GIXA 6GSYA 5DAKA 2MBTA 3VK9A 2AUVA 2HRFA 1SKRB 4Q5FA 3GURA 3C1SA 3D4MA 5EL8A 4V2LA 1V58A 1W4VA 5CREA 1FAAA 5CRHA 6GSXA 2HLSA 4ZB9A 4TR4A 3GKXA 2MZCA 3DKSA 4MCUA 2PU9C 3HYPA 3C8EA 16GSA 2VOCA 4WR4A 1SU9A 3EMXA 1EP7A 5H5RA 2V6OA 1VF1A 2A2RA 5ECQB 4OFMA 4NMUA 5B8BA 2D2ZA 5CNWA 1JHBA 3HZ4A 3CRUA 1MD4A 3J7Yk 5ECRB 3KTLA 2JZRA 4WBRD 2CV4A 1V40A 2H19A 3GMFA 1ML6A 1IYHA 2VL2C 2YV7A 5ECPB 4TXOA 3IE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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