1X9MB

T7 dna polymerase in complex with an n-2-acetylaminofluorene-adducted dna
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
b'KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of 2-acetylaminofluorene and 2-aminofluorene in complex with T7 DNA polymerase reveal mechanisms of mutagenesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*GP*GP*AP*GP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*GP*
source organism Enterobacteria phage t7
molecule tags Transferase/electron transport/dna
total genus 29
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1x9mB00
4EF0A 1Y6EA 1U3AA 2GT6A 2RIIA 1UA5A 6GSUA 4GQCA 1TP9A 2NTOA 1FB0A 3ZVJA 2H66A 2H1GA 2MBTA 2EIOA 1X5CA 2DMMA 1SK0A 3PINA 3ME8A 2LV3A 2IMIA 2IJYA 3ZFBA 4ECJA 2H76A 1ZL9A 4MCUA 5AIXA 3TRQA 4EDZA 4KGIA 3ZZXA 3MWHA 2OJLA 1M9AA 2RUFA 2VUPA 1XCCA 4E8HA 1C72A 4XTSA 5D96A 5IMCA 2VCWA 4PNGA 2FGXA 4KDXA 4MZCA 1H4OA 13GSA 5EY6A 3TJGA 2HE3A 3LEFA 3PH9A 4ECBA 4F2IA 2A2RA 3HYPA 1AC1A 1PQNA 2R2JA 3KIJA 3JCML 3NIVA 2QC7A 4N10A 5KN0A 5HR3A 2LUSA 3ERWA 3P8WA 4AGSA 1GSFA 3FHKA 3M0FA 2O85A 4N30A 1YKCA 5H5QA 2CX4A 5AN1A 2VCTA 5E59A 1THOA 1EP8A 1AQVA 2X8GA 2YOIA 3QD9A 1AUCA 4MP4A 4L8EA 2VAFA 2FD3A 3F63A 2JSZA 1GSDA 4POLA 9GSSA 1OC8A 3KM6A 4Q5QA 2LRTA 1WJKA 2JZSA 1AQXA 4IQ1A 4ZL7A 1BG5A 4YQMA 1PKWA 2YZHA 1GTUA 4WEYA 3HA9A 3O6TA 5HQPA 5GAPD 3V1WA 1TRUA 1HQOA 4EUYA 1GNEA 1UN2A 1HNAA 4JR6A 4EXJA 2I4AA 3QAGA 3QMXA 1FAAA 1TK0B 19GSA 2PBJA 4KCAA 4H86A 2PPTA 1WOUA 1B9XC 1F2EA 4XRDA 5INYA 5IOWA 1SKRB 1TTZA 2DJKA 4MA9A 1GRXA 2FHEA 1R4WA 3CYNA 2IMKA 3IAM2 3W6GA 2LJAA 3MSZA 4OWYA 2OA7A 4KSOA 4DEJA 1GSUA 1EV9A 2C4JA 2MMNA 1HNBA 3ZTLA 4RUVA 3GHAA 4G9HA 4IW9A 1I5GA 2X8HA 2P5RA 2H71A 4WF4A 2TIRA 3HVSA 3GUSA 3BCIA 2PUKC 3GN3A 3I43A 4HJ2A 5AGYA 2VCQA 5IMVA 1XWGA 2C3QA 2VD0A 2CAQA 3C71A 1EP7A 1ACVA 3FZ5A 2LNTA 5LD0A 5G1KA 2ON7A 5DBQA 3F3RA 3LGCA 4K0GA 4I97A 1IYIA 3ERGA 1J0FA 1S3AA 1A2LA 1ERWA 4EKZA 2V32A 4CW9A 2EIRA 2XPEA 3IK7A 1R5AA 3UJ1A 1K0CA 3AY8A 4XRAA 3EC3A 3ZREA 1BAYA 1YEXA 5LNKe 4AJ6A 1GSYA 3CRUA 2B7KA 3F3QA 2IFQB 1BJXA 3TOTA 4F9ZA 4HOJA 5ECOB 4XS1A 3FR9A 1B8XA 3M9JA 2CT6A 3N9JA 3ZFLA 2HI7A 6GSTA 5DAKA 5ECNB 6GSYA 2RM5A 2L57A 3VFIA 4J57E 3FZ4A 4GCIA 1G6YA 5A4UA 3IRAA 4ZL8A 5DDLA 2IMEA 3F4TA 3UBKA 12GSA 1A24A 3N5OA 2YPMA 2VL3A 2CZ3A 1O85A 4TR1A 2HT9A 1Z3EA 2E2GA 4HEA2 2MYGA 2OADA 2H72A 2JZRA 3A2XA 3EU4A 2XBIA 2XPDA 1T4ZA 1BEDA 3HZ4A 1GP1A 1GTBA 5IQYA 4OO4A 3GURA 1W89A 3LORA 4J56E 1Z7PA 3VK9A 2FCHA 4OO5A 4LMVA 1A8LA 4POMA 5IMDA 1XFLA 4TOPA 3TKSC 1O81A 4HZ4A 4EO3A 4QL7A 4NV5A 3WGEA 4LMWA 4JE1A 1V58A 2P5QA 5CRGA 4ZL9A 3VWUA 3Q74A 2H74A 10GSA 2VCVA 5HR0A 5CNWA 4GSNA 2GTUA 1WIKA 1OC9A 1YQ1A 3C7MA 3IPZA 3VPQA 5ID2B 2YCDA 4K6XA 3GSSA 2JL4A 5CP1A 1O7UA 4ILFA 1MTCA 2E7PA 1BYEA 2CVDA 4NV2A 1PA3A 3LYPA 3L9UA 3KGKA 1F3BA 2AV4A 3IXRA 3WYWA 4OFNA 1SKWB 3GH6A 2HRFA 3DGQA 4MF7A 5ABRA 1X5DA 1WE0A 2GT5A 5E4WA 5A4WA 1U3IA 2G0FA 4XS6A 1A0FA 2VM2A 1TU7A 2GZYA 2K9FA 1Y25A 8GSSA 4I8BA 4TRXA 2X64A 1RQMA 2VCZA 4KB3A 1EOHA 5DALB 2FWEA 2ES7A 5J4UA 1M7TA 3CXGA 3KCMA 4O32A 5J5NA 1Q4JA 4KNDA 1GTIA 1TK8B 1K0MA 1V98A 1M9BA 3KD0A 2GLRA 4TKYA 2OBKA 1TU8A 5ECSA 1NHOA 3ZIVA 3VI7A 3QFBC 1GSSA 4ULXA 3K8NA 4ZILA 5IMFA 2X99A 3IA1A 5IM9A 1BX9A 2DJJA 4PX1A 3F4RA 3GMFA 5DALA 3G7IA 3LJRA 1SL1B 3CRTA 2L5OA 2FNOA 3GH9A 4PGTA 3KEBA 2B7JA 1QGVA 4ACSA 11GSA 3RHCA 3HVXA 2JZTA 2HYXA 2L4CA 22GSA 5HR1A 4N11A 1RW1A 2LQOA 4ECCA 2FWGA 2IMDA 2YWOA 1S3CA 2EC4A 1ERVA 1F9MA 3O76A 4KE3A 1SL2B 2VO4A 1AIUA 3I9V2 1SL0B 3E9JB 3IR4A 4HQSA 5JWRB 4JR4A 1TJDA 1WPIA 2VL2C 2AHEA 5KEJA 5HFGA 3I6AA 5JWQB 18GSA 4POBA 4G19A 1GUHA 4V2NA 3D0ZA 3RPNA 3GX8A 5ECQB 4ID0A 1Z6NA 4HJMA 2YJHA 2VD1A 2WRTA 2NBSA 4OMVA 2PWJA 2LRCA 1CQHA 4IN0A 5GZZB 1XVWA 3FRCA 3DRNA 5LCZA 4F0CA 1TRVA 1Z9HA 6GSXA 3IK9A 1R7HA 1JHBA 5JCGA 4OCEA 2R37A 2LNSA 1B9YC 1QXHA 3LXZA 4XS4A 2DC5A 2F3MA 2GQLA 2DMLA 4WKWA 3F4SA 4DSQA 1XBSA 2R4VA 1E6BA 2IWTA 3CTGA 4O5RA 3CMIA 4G2EA 3C73A 1G6WA 2OE1A 1EGOA 3EINA 3TKSA 3DKSA 1FW1A 2GZZA 3HXSA 4WBRD 4HDEA 5G2ZA 1LJRA 4MK3A 3VLNA 2B1KA 2DSAA 1K0OA 2H30A 3RDWA 2LKUA 4MF6A 2H8LA 1FB6A 2YN1A 4V1Ap 2XHFA 2PGTA 2CZ2A 1KBNA 1MD4A 3GYKA 5HR2A 2B6MA 3ERFA 3EU3A 4GTUA 2MBSA 3VWVA 1OKTA 2QKEA 3TJKA 5B6NA 4KSMA 3F9UA 1U88A 4XIHA 1V40A 3ZIJA 1G0TA 1GLPA 2TRCP 4P3YB 1Q98A 3KP9A 4OFTA 2V41A 2HNLA 1J08A 4MMMA 4V2MA 1YKAA 1I9DA 4MABA 4K8MA 4N0ZA 2M80A 5F06A 4O92A 1ZYEA 4MZWA 2PMTA 1T7PB 4MZBA 4TN8A 3SWLA 3SBCA 1DE1A 4MJAA 1KEBA 1JZDA 4GRFA 3UAPA 1U87A 1K3LA 4N0VA 5IPHA 4GQFA 3EMPA 4YAPA 2O8VB 1T8EB 3HVVA 3DEXA 3R2QA 4MH3A 3UL3A 2KHPA 4HUAA 4GSSA 3D6IA 1HYUA 4MH2A 3UARA 1AW9A 5C00A 4ZBDA 2DJ2A 3BBYA 4ISDA 4OCFA 4IS0A 5B7CA 1B48A 2FA8A 4Q5FA 2RLIA 1JZWA 1M2DA 1K3YA 2KLXA 1XXUA 5CO3A 3BJ5A 4BL7A 3HJPA 4IBPA 1OE7A 1ZZYA 1GL8A 2HZFA 4JBBA 3W8SA 4YQUA 3F8UA 2YWIA 2FWHA 2PVQA 3KH7A 2LRNA 4EVMA 2BMXA 3QCPA 4CHSA 5DAKB 2HSHA 4FH8A 1E2YA 4WF5A 4PQHA 1SD8A 4ZBAA 1XPVA 3HCZA 2O87A 2QSIA 3P2AA 3GIXA 3ED3A 2LJRA 3L9SA 1O8WA 2L4QA 5ECMB 4KDUA 1VF1A 3LSZA 4TR1B 2HZEA 2FY6A 3UBLA 3EMXA 3TB2A 2CVKA 3C1SA 2PU9C 5J3RA 2GSRA 1PRXA 1DUGA 3GL5A 4OFMA 2PERA 3KP8A 4MDCA 1K0DA 1PL2A 3QDNA 2LQQA 3GA4A 1M2BA 2JU5A 5DVBA 5JCUA 2JADA 4DSSA 2YJ7A 4ECIA 3VPTA 4CDOA 2E0QA 4WBJA 2H0HA 3FYGA 5B8BA 2CX3A 3D21A 5F07A 5AISA 3GSTA 1SYRA 2LEGA 3KMNA 3Q18A 1MDIA 5D9WA 3HJOA 4QL9A 3BOAA 4EE0A 1AAZA 1O8XA 5EVOA 3QPMA 2MMAA 1ZMAA 3FR3A 5FWGA 5CRDA 1UVZA 2D2ZA 3S9FA 1OC9B 1LBKA 4HS1A 1JZRA 3IV4A 1XZOA 5DQSA 1YJ6A 1Z5YE 3G7JA 1QK8A 2FWFA 4NHWA 3NOFA 2FLSA 4NMUA 2IIYA 1GSEA 2NPBA 3LWAA 2IMFA 3KMOA 4KH7A 2OE3A 3EURA 16GSA 3TJJA 1ON4A 2AYTA 4BWSA 4NHZA 4EDYA 3FY7A 2GSQA 4WR5A 2MMZA 1T4YA 2C0FA 3BD2A 4NPBA 4HI7A 5FT3A 5FHIA 2R6KA 2EIQA 3QAWA 2JSYA 3TJFA 4IGJA 5KN3A 2F9SA 3EYTA 4MJBA 3WD6A 3GNJA 6GSSA 3PGTA 1ABAA 2DBCA 5ECLB 4L0UA 3FEUA 4JU5A 1YF0A 2TRXA 3GKNA 4KDYA 2KP2A 1HD2A 3ZMKA 4AJ7A 3ISOA 1MDKA 5CYYA 2WDUA 3L9VA 2V6OA 4I5QA 3RAZA 1EZKA 4PQIA 4D73B 1SU9A 4AF2A 5F0GA 1ML6A 2ZUPA 3DWVA 5IIZA 2I9HA 2O7KA 5GAND 3UVHA 3GKKA 5G31A 1N2AA 3KXOA 1A23A 1EOGA 1XOBA 4FIWA 1WWJA 3DMLA 3H4KA 5G5EA 3ZITA 1YDKA 3ZMLA 3TKQA 4IJ3A 2YWMA 1GH2A 4F82A 3KJYA 2R3XA 1S3DA 5B6MA 5EL8A 2CAIA 2K6VA 1WMJA 5DJMA 3TGZA 4TW5A 2C3NA 4D73A 1O6JA 2XBQA 1VF2A 5C04A 2DIYA 3L78A 5HFIA 4MJCA 2E2MA 4RI7A 2LTKA 2B3SA 3KTBA 5D93A 3GX0A 17GSA 3ZVJD 2P0GA 1V2AA 4IP1A 4E8EA 5ECRB 3GKXA 2ON5A 4IVFA 2GZPA 1H75A 1TRWA 2V6KA 1FVKA 1KTEA 5A5KA 2KP1A 2WFCA 1SJZA 5ECPB 2M72A 2H19A 3HDCA 4NAXA 4FYCA 3TCOA 4TR4A 5ENUA 1QFNA 2O89A 2DJ1A 4LLRA 4GSTA 2QGVA 2NVLA 4ZIJA 2H1AA 2HRNA 4TR0A 3A5WA 4L5OA 1G7OA 2WJUA 2K8VA 3QR6A 1GWCA 1NW2A 4IHUA 4PUFC 3GL3A 2AAWA 2M46A 3TOUA 2LSTA 4XS4B 2DJ3A 5D73A 2IL3A 2H75A 1M2AA 2GVPA 3GFKA 1ILOA 1PD21 4ML6A 2K8SA 4IP6A 4J2FA 1VRSD 2VIMA 5G1LA 4DVCA 2YV9A 1A2JA 5IPGA 2NDOA 4DSRA 5J9CA 3GTUA 5CREA 1B4PA 1FG4A 1R26A 2N5AA 4K7OA 3TRXA 4XHMA 2L6DA 1TDIA 3IAS2 4BVYA 2OE0A 1X9WB 1G7EA 3H79A 2L59A 2CA8A 1XWKA 1VF3A 3DVXA 2GDRA 2H6XA 3M8NA 3VURA 3M1GA 20GSA 4KX4A 3LQ7A 4KCEA 3RHBA 3CBUA 1PL1A 3M9KA 2VLVA 5EPFA 1T00A 4RQRA 3J7Yb 3A3TA 5J41A 2C0DA 1PSQA 2XC2A 3EE2A 2HFDA 3F6FA 4AJ8A 1USBA 1X0RA 3GRXA 1N8JA 3H93A 3Q19A 2OKAA 1F6MC 4ZB8A 5IMZA 2YZUA 3HKRA 3L4NA 3TRPA 3ME7A 1FVJA 1K3OA 4KA0A 2A2SA 1QMVA 1IYHA 3GV1A 1FHEA 2OBIA 1Z6MA 1PX7A 2CVBA 4K0NA 5DCHA 1NHYA 5ELAA 1AQWA 2LJKA 4MF5A 1A8YA 4LL1B 2A4VA 1OVNA 1XOAA 4K7IA 4JZQA 5H5SA 1VGLA 1J9BA 1A2MA 3WT2A 4ZB6A 1JLWA 3APOA 1TXXA 1WP0A 2H6ZA 2IPAA 3NZNA 3U5RE 3ZL5A 2C8UA 3KTLA 4X0XA 3FW2A 5KN1A 3TJBA 1ZYQB 1GLQA 1V9WA 2G2QA 4I6XA 4BA7A 4K9ZA 2WZ9A 3D4MA 5IO0A 3U6VA 3WGXA 14GSA 2FA4A 2HSYA 3CSJA 1YEPA 3IE3A 3F0IA 3CSIA 4F0BA 3FK8A 2HXKA 1XW5A 3C1RA 1JLVA 5ECHB 2ALBA 5GSTA 3FKFA 4PURA 4NXIA 4ZBBA 4BWQA 2AUVA 5G30A 4RQXA 3DYRA 2DJ0A 1DSBA 1X5EA 4GWRA 2WCIA 1HNCA 3TDGA 4IELA 4V1Ag 1GNWA 3HHVA 2VM1A 4IQAA 4FYBA 4WETA 3Q6OA 2H01A 2YWNA 2N5FA 3LG6A 2KUCA 4PUAA 3G9BA 4TXVA 4O7HA 3VWXA 3E0UA 4MPFA 4X1UA 1YZXA 4TXOB 2I1UA 4K1FA 4RI6A 1AXDA 2H6YA 1ZGNA 2HZEB 1XWCA 2HLSA 2L5LA 4F03A 2DIZA 3ZRDA 4IJIA 4ZXGA 3I69A 1XWBA 1V57A 4GLTA 1GTAA 1SJ6A 3ZYWA 2OACA 2PVOC 5A4VA 5D9VA 1T1VA 4DSSB 2VLTA 2GS3A 2GGTA 2VL2A 1VF4A 3DD3A 1XW6A 4EL1A 4TXOA 1SK2A 1OAZA 2B5EA 1X9MB 3LXTA 2C3TA 4YQVA 3LYKA 2WULA 4MPGA 5DCGA 1DBYA 4FYUA 5JWOB 3MAKA 3IBHA 1ERUA 3IHQA 1SYXA 3FZ9A 3PR8A 1ST9A 2F8AA 3MNGA 2KOKA 3HD5A 5IMAA 1K0AA 2IN3A 4NWYA 2H1DA 2VLUA 2GQMA 5J9BA 5ECIB 1EEMA 5DQYA 3ZLPA 3VI5A 4LL4B 3TKSE 1RK4A 2H1BA 3P7XA 1URMA 4K7NA 2DLXA 3APSA 1EGRA 2VL9A 1PGTA 3W8JA 1PMTA 1SENA 3MDKA 4IKHA 1EEJA 1PN9A 2GSTA 5COHA 3US3A 4GF0A 4HU9A 1SKSB 3C8EA 5GSSA 2IFQA 2MMOA 3BCKA 5F8BA 5ECKB 4V2LA 3D22A 4L0WA 1T3BA 2C0EA 3CSHA 1XIYA 1Z7RA 3GKMA 3APQA 4BPYA 4YH2A 4PQ1A 1EWXA 5DJLA 2GSSA 1OE8A 3LFLA 1W4VA 1M0UA 1BQ7A 4FO5A 4MLYA 4EC0A 1CQGA 2REMA 4JEDA 2V2GA 2Z9SA 1B4QA 2YANA 1A0RP 2H73A 2LS5A 2R5GA 5D9XA 3E3EA 3P90A 3DXBA 4BVXA 1SK1A 3DIEA 2H70A 2CQ9A 1WRYA 2V1MA 2CV4A 2I81A 1ZCPA 1OKDA 5H5RA 1KNGA 2I3YA 1X9SB 4YAVA 1PKZA 2C80A 2FUG2 1JZOA 2WGRA 3UMAA 2H0IA 3UOMA 2AB6A 1XW9A 4TR3A 1OC3A 5IO2A 2B5XA 3OR5A 1JFUA 4ZB9A 1ZOFA 1QUWA 3QAVA 5AIVA 4HZ2A 2F8FA 6GSVA 1TW9A 1GULA 2N5BA 4PXOA 4Q5NA 2RM6A 1O73A 4L5LA 3RBTA 5CRHA 5F05A 1FOVA 3HZ8A 5JCWA 2BJXA 1K0NA 3RPPA 2C1YA 2YP6A 2J23A 3TKRA 4POKA 2C0GA 4ML1A 4QQ7A 1K0BA 3EVIA 1YY7A 2B1LA 5ID2A 3UVTA 4MJEA 3IDVA 1TK5B 4KUNA 5D8IA 3H8QA 1GUKA 3HJMA 5B8AA 5KN2A 2VCXA 2AJQB 3KH9A 2ZCTA 1XWAA 3IOSA 5D9TA 3G7YA 4Q5RA 4I2TA 3WGDA 4LA1A 3FZAA 3A2VA 2BTOT 3J7Yk 1MDJA 2YV7A 1DE2A 2WB9A 2J9HA 4WXTA 3O3TA 1PX6A 1TKDB 3EWLA 1EV4A 1GUMA 2K18A 1FO5A 3D5JA 3UIWA 2RUEA 3H1NA 4I2UA 1YF1A 4X43A 3UEMA 2F51A 4XCSA 3CTFA 5L71A 2ZNMA 4G10A 4K2DA 3WT1A 1NM3A 2GQKA 1GSQA 5HFKA 1QQ2A 5CAXA 2PN8A 6GSWA 1NSWA 1F3AA 1TOFA 4HU7A 1LU4A 4KW6A 2X8CA 3GTUB 1M99A 1MD3A 1ERTA 4TVEA 3VWWA 2YNXA 2MZCA 3F6DA 1XVQA 3DVWA 4JRRA 3D4TA 3FR6A 5CRWA 1UC7A 3QFAC 3A2WA 4KAEA 4Z7XA 1SJIA 4PNFA 2H0GA 1TI1A 3TKPA 2WS2A 3M3MA 1MEKA 1R5PA 3HY2A 5G5FA 4WR4A 1OYJA 1TI3A 5IOXA 3QOUA 3KZQA 2B5YA 2JACA 2VOCA 4GXZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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