5B8BA

Crystal structure of reduced chimeric e.coli ahpc1-186-yfskhn
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MSLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEITEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYAVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVASHPGEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
publication title Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule tags Oxidoreductase
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5b8bA00
1ACVA 4KSOA 1KNGA 3CRUA 4TVEA 1K0AA 2O89A 1WP0A 1O85A 5ENUA 1QUWA 1XWKA 4JR6A 1VF4A 3FEUA 1A0FA 1SJ6A 3H8QA 1XVWA 4G10A 2V1MA 2VOCA 3BD2A 5F0GA 20GSA 3ERWA 2DMLA 2B5XA 2B5EA 3NIVA 3W8SA 3APQA 4J56E 5ECNB 3IPZA 4RQXA 3GN3A 3UBKA 1GNEA 1BAYA 3JCML 3DVXA 3A3TA 2HT9A 3C73A 3L9VA 1EV9A 2LV3A 3LJRA 4D73B 3I43A 3FZAA 2M46A 1DE1A 1GULA 1XWBA 5IO2A 4IN0A 4XS4B 1K3OA 2ON7A 2GSTA 2ES7A 3DXBA 3EC3A 4ML1A 3BOAA 5HFGA 2GQKA 4F2IA 2H1GA 4TKYA 2CV4A 2VD1A 2H0GA 3MWHA 1R26A 3Q19A 3P90A 2YOIA 3FR3A 3LYKA 2VM1A 1G7OA 3TKPA 2K9FA 1K0CA 2LJKA 5DALA 3LG6A 5J4UA 1FB6A 4RI6A 3O76A 1G6YA 4MH3A 5FT3A 3DKSA 1B48A 4KDYA 3HJOA 2HZEB 3HKRA 1ST9A 5L71A 1Z7PA 4L5LA 3WGEA 4MH2A 4MMMA 4GQFA 3WD6A 3H93A 3HVVA 4RI7A 4G2EA 2R2JA 4DVCA 1WWJA 3DYRA 3VURA 2GSSA 2TRCP 3UOMA 2FWGA 2HNLA 2PUKC 5D9VA 4TN8A 1I5GA 4P3YB 2DJ0A 1SL2B 3EYTA 5CRWA 4NV2A 3CTFA 2EIRA 3VK9A 2XBIA 4POLA 1PKZA 5ECRB 3Q6OA 4IJ3A 5J9BA 4DEJA 1V57A 2VCQA 4HQSA 2B1KA 2H71A 4BWSA 2VO4A 8GSSA 2BJXA 1USBA 3E3EA 2K18A 3HJMA 4V2NA 3LXZA 3VFIA 5JWOB 1SYRA 3KJYA 1SK2A 1EP8A 2H1DA 3TKRA 3D0ZA 2IL3A 4WETA 4LLRA 2Z9SA 1EV4A 3APSA 2PVQA 1GP1A 2FGXA 4EO3A 4ZL7A 1ZYQB 2YCDA 2C3NA 5DCGA 4EE0A 2JSYA 3PGTA 2R3XA 1RK4A 5C00A 1F3AA 1SKRB 2LJRA 5HR0A 1RQMA 3TGZA 3LGCA 5CRDA 2GVPA 2GZYA 1F2EA 4FYUA 1JZRA 2R5GA 2VCWA 4EXJA 3CTGA 4ZB6A 2H1BA 4NPBA 5IMCA 1SYXA 2J9HA 1XWGA 2DLXA 2MMNA 3HVXA 3UIWA 2VL9A 3IBHA 1B9YC 3IOSA 5G5FA 3ZL5A 4CDOA 3HHVA 2PWJA 1A8YA 2KP2A 3KH9A 5ECMB 2H0IA 2OE3A 5IM9A 2HYXA 4PXOA 2L5LA 1GSFA 5KEJA 2IFQB 3US3A 4WKWA 2OE0A 1XCCA 1HYUA 2EIOA 1WPIA 1S3DA 3WGXA 2A2SA 4EDZA 4BWQA 1ZCPA 3DGQA 1Z7RA 1K0BA 2NPBA 3C7MA 2GSQA 2C0FA 5HR3A 3F9UA 3F4TA 4K1FA 3GSTA 1PN9A 5G31A 2CX4A 2DBCA 4E8HA 4HQZA 3ZLPA 2MMOA 3VI5A 2LTKA 3V1WA 2VCTA 4PURA 3M9JA 1HNCA 4V1Ap 4KNDA 1BEDA 2FY6A 3L9UA 3TDGA 3M0FA 3GKMA 3RPNA 3QOUA 2HXKA 3TRQA 3EU4A 2H66A 1W89A 5JWRB 4GSSA 4XTSA 4PQIA 1JZWA 1OKTA 1AUCA 4X43A 1GSUA 3GL5A 4MCUA 1RW1A 3NZNA 1M2BA 2AYTA 1Z6MA 4NAXA 2AUVA 4MPFA 1PL2A 1TU8A 4QL7A 2HSHA 3VPQA 2L6DA 4RUVA 2LNTA 4DSSA 1OC3A 3HYPA 1M2AA 3HZ8A 4GRFA 4XIHA 2VL3A 1NW2A 1U88A 2BMXA 13GSA 4EUYA 2WULA 4KDXA 1FVKA 2VM2A 1NSWA 4V1Ag 4ZILA 1SU9A 4Z7XA 2R6KA 2EC4A 3HDCA 3HVSA 2V6KA 4I8BA 1THXA 1MD3A 4PNFA 2GS3A 3IAS2 4IELA 3GSSA 4EL1A 5ID2B 5H5SA 4HU9A 1M9BA 2L5OA 2F9SA 5DBQA 1J08A 2GSRA 2H6XA 2B7JA 4GSNA 4ID0A 1PSQA 1JZOA 2KUCA 4LMWA 1TRUA 5J3RA 1OKDA 2I81A 2DMMA 4I2UA 5E59A 1SK1A 3QPMA 4K7IA 3APOA 5IOWA 2DIYA 4TW5A 1T00A 1LJRA 3KTLA 1EEMA 3VPTA 5IO0A 3TUEA 3ZRDA 1EP7A 5D8IA 5DAKB 2QKEA 5IIZA 2XPDA 3H79A 1XPVA 1TP9A 2FWHA 2N5FA 4K0GA 1OAZA 1IYIA 3D21A 5JCGA 4LA1A 2PPTA 4XRDA 4MF6A 5ECOB 3KEBA 3TOUA 4GSTA 4K6XA 3KGKA 1PRXA 3TKSA 3N9JA 2WB9A 3F4SA 4HS1A 3GFKA 3LORA 3AY8A 3CSHA 3GH9A 2LUSA 2YV9A 2L57A 3QFAC 3C8EA 2AJQB 1MDIA 1WE0A 1GTBA 1MD4A 4Q5RA 2IN3A 1ON4A 2YP6A 4IP6A 4PX1A 2JL4A 4N30A 4OD7A 1X9SB 1SENA 4WXTA 1FVJA 2IJYA 4MLYA 3F0IA 2MZCA 3ZYWA 3WGDA 2D2ZA 2YZUA 3ZMKA 2AB6A 3D4MA 1EEJA 2H01A 2JZTA 2QC7A 2WJUA 5GAPD 2QSIA 1EOGA 1GH2A 2L6CA 1HD2A 2OBIA 1JHBA 1MDKA 5ELAA 4KAEA 1T8EB 2PGTA 3ZTLA 3GTUA 5G5EA 1M7TA 4MF7A 5JWQB 4F0CA 4TOPA 5EL8A 4O7HA 4N10A 1PQNA 3D4TA 4CHSA 1GSEA 3L0HA 3ZFBA 2RUEA 2ZNMA 1TK8B 1FHEA 4XS4A 5A4VA 1TJDA 6GSWA 4OFMA 1EWXA 4IVFA 2OADA 3DEXA 5HR1A 4ZB8A 2XPEA 2G0FA 4JU5A 1VF1A 1CQGA 1BX9A 4JEDA 3H4KA 2LQQA 1SJIA 1QXHA 2H75A 1GRXA 5EPFA 3A5WA 3VWXA 2GZPA 4HU7A 1PX7A 3G7JA 3Q74A 16GSA 12GSA 2LNSA 2GT5A 5DJMA 2VIMA 1V9WA 1B8XA 3IE3A 2CT6A 3F6FA 4F03A 3ZIJA 4POMA 2C3TA 4HOJA 1YQ1A 2F8AA 3A2WA 2CQ9A 4NMUA 5DJLA 1XVQA 4IS0A 5G1LA 2H0HA 5GSTA 5CRHA 3IV4A 2N5BA 3GHAA 3UMAA 4J57E 2OA7A 3TCOA 3LYPA 4HDEA 3RDWA 2XBQA 1SJZA 3RPPA 1BQ7A 1T3BA 5F05A 5B8AA 4OFTA 5EY6A 3QFBC 3L4NA 1ZGNA 4X1UA 3GL3A 1OE7A 5F06A 2V32A 5IPHA 3HJPA 3PH9A 4NHZA 4MA9A 4K2DA 5D9WA 5HFKA 2RIIA 1G6WA 2LSTA 1EGRA 1TRWA 5DQSA 3TKQA 1WRYA 4JBBA 3I9V2 2WDUA 4OMVA 3BCKA 2O87A 3ZIVA 1XWCA 1YZXA 2FA8A 1O73A 2CAIA 5DDLA 3EMXA 1YEXA 3EE2A 4PUAA 3FKFA 5ABRA 1F3BA 3A2XA 2LRNA 2JZSA 4ZBAA 2REMA 4KDUA 4BPYA 2E7PA 1TI3A 1O8XA 2F3MA 2XHFA 4XCSA 2OACA 2HE3A 2I9HA 4IQ1A 1O81A 2BTOT 3I6AA 1ZMAA 1OVNA 4XHMA 5CAXA 1X9WB 5DALB 1FOVA 4TR1A 2VLUA 4POBA 2JACA 3J7Yb 2OBKA 1R4WA 5B6NA 1E6BA 2YPMA 1ERWA 2CZ3A 5IOXA 2WCIA 1B4QA 5ECKB 2F51A 3SWLA 3G9BA 1TXXA 2DJJA 2GGTA 4HI7A 4KCEA 3GIXA 1WOUA 1EZKA 4I5QA 1TRVA 1PD21 14GSA 4FYCA 2PMTA 2KHPA 2IFQA 2WS2A 3LFLA 1V2AA 1TTZA 3S9FA 4PNGA 9GSSA 3NOFA 2VLVA 5D9TA 1DBYA 1H75A 3DIEA 4OWYA 5CNWA 1Z9HA 5F07A 1I9DA 2GZZA 4ZIJA 3IDVA 1LBKA 3ME7A 3O3TA 5HFIA 1UN2A 3CSJA 2YANA 4K8MA 4O32A 4K0NA 3GKNA 1YKAA 4XS1A 1KTEA 3QAVA 3OR5A 3C1RA 4GF0A 2F8FA 1TRSA 4L0WA 3QD9A 3K8NA 5J5NA 2O8VB 4G19A 1AQXA 2IMFA 2LEGA 4JE1A 5CRGA 3TRPA 4YQMA 3G7IA 2TRXA 1GUHA 2RLIA 4XRAA 1OC9A 1F6MC 5LNKe 4AF2A 3TJKA 2I3YA 2L4CA 4IGJA 4L8EA 2LS5A 1JFUA 22GSA 4F82A 4ECBA 1AQVA 3F8UA 1YJ6A 3GNJA 3EWLA 3D22A 1JZDA 3TKSE 1JLWA 3ZVJD 2DJKA 1YF1A 3GUSA 2FD3A 2A4VA 4GCIA 2GDRA 2H8LA 4KGIA 1U3IA 4FYBA 4MZCA 6GSXA 2WZ9A 2GTUA 1TI1A 4EDYA 1K3YA 2YN1A 1SD8A 4NHWA 2X8GA 3EINA 2L4QA 4JR4A 3MSZA 1X5EA 4GXZA 1XZOA 2M80A 1XW6A 5ECPB 4NXIA 3ED3A 1TW9A 4MJCA 1YKCA 1MEKA 2PU9C 5ID2A 3IA1A 2WFCA 4E8EA 1XW5A 2HRNA 2YZHA 3C71A 2H74A 5FHIA 3CBUA 1O6JA 3ZZXA 4TXOA 2DJ3A 5DCHA 3VWWA 5CYYA 2DSAA 2YV7A 3DVWA 3RHCA 2K8VA 4QL9A 3EU3A 2C80A 1YF0A 2ZUPA 1O7UA 5GAND 2E0QA 4OO5A 2DIZA 4TR0A 6GSSA 2CVKA 5C04A 1K0NA 3MNGA 3GKKA 4WBRD 1FW1A 2PVOC 1X5DA 4LL4B 1XOBA 3IR4A 1NHYA 1C72A 4N0ZA 4ZBBA 1OE8A 2B3SA 1HQOA 3R2QA 5ECLB 4GQCA 1AIUA 2RM5A 1Y6EA 2NDOA 2K6VA 2VD0A 5ECIB 1PA3A 2IMIA 4XS6A 3ZITA 2YWMA 1GLPA 2LQOA 3ZVJA 1K0OA 1GSYA 1A2LA 4K7NA 3HCZA 2H6ZA 3L9SA 4KW6A 5A4WA 4O92A 4PGTA 5H5RA 4NWYA 3FZ5A 1S3AA 1PGTA 4DSSB 1VRSD 1UA5A 4YH2A 3HY2A 2C0GA 3UJ1A 3GURA 1O8WA 5B7CA 1UVZA 1A0RP 3LWAA 3TRXA 3GMFA 3ERFA 4L0UA 3GRXA 4HEA2 2FLSA 4WBJA 4ECIA 1PX6A 1U6TA 2AV4A 3KMOA 4MK3A 3QDNA 2XC2A 2I4AA 3F63A 2C8UA 1XOAA 1OC8A 2QGVA 5B6MA 2HRFA 2E2MA 6GSUA 2OJLA 3GYKA 5KN0A 4KCAA 3WT2A 3DWVA 4JZQA 1GSSA 5CO3A 4CW9A 1Y25A 1JLVA 4Q5NA 1SK0A 5JCUA 1Z5YE 3IK7A 4I97A 3BJ5A 3HA9A 2HZFA 4HZ4A 3UAPA 3TJFA 5AISA 1URMA 4GWRA 1A8LA 1TKDB 1GTAA 2P5RA 3KH7A 5KN2A 2HLSA 3ERGA 2GLRA 2CAQA 1KBNA 4HUAA 2MMZA 3DMLA 5IMFA 5B8BA 4IW9A 3W8JA 4YQUA 1SKSB 1HNBA 4ECCA 3TOTA 1ERTA 5AGYA 5A5KA 1GSQA 3IXRA 4IKHA 1EGOA 1R5PA 1DE2A 4AJ6A 1QK8A 2H6YA 3FR9A 2VL2C 4D73A 4HJ2A 1U3AA 1N2AA 1YDKA 1XFLA 3PINA 1IYHA 1OYJA 3LEFA 4V2MA 3U5RE 3F6DA 4HJMA 2VUPA 4TR4A 2YWOA 3UVTA 2YWNA 2H76A 2RUFA 1TOFA 1SL0B 5LD0A 2B7KA 4N0VA 3P7XA 3UBLA 3CYNA 3KTBA 3HZ4A 1F9MA 2N5AA 4OFNA 3TB2A 2AHEA 1UC7A 2FWFA 1QMVA 2IIYA 7GSSA 5KN3A 1G7EA 1PKWA 6GSVA 3DD3A 1PL1A 4YQVA 3IK9A 2E2GA 4IHUA 4G9HA 3HD5A 2HZEA 5E4WA 2DJ2A 1GTUA 2YJ7A 4AJ7A 1A2MA 5AIXA 1HNAA 1U87A 3GTUB 2NBSA 2NTOA 4O5RA 5GSSA 1V98A 3F3QA 4ECJA 1VGLA 3QCPA 1Q4JA 3ME8A 5J41A 4WF5A 2HSYA 1QFNA 5IMVA 2VCVA 5G2ZA 1J9BA 2OE1A 5D93A 1FAAA 2PERA 3FYGA 1ZZYA 5AN1A 1BJXA 2JU5A 3D6IA 2O7KA 2ALBA 2FCHA 3QR6A 4EF0A 1AQWA 4BL7A 3QMXA 3GA4A 3GX8A 3LQ7A 2G2QA 5GZZB 1H4OA 1ZOFA 3FRCA 3L78A 2JSZA 3ZREA 2LRTA 5CP1A 2VAFA 2H19A 3RHBA 1K0MA 3P8WA 3FK8A 4X0XA 1NHOA 2DJ1A 2P5QA 2OKAA 1BG5A 1A2JA 4MPGA 3GV1A 1ERVA 1GNWA 3FW2A 2KLXA 3FHKA 1M9AA 3LSZA 2YWIA 2WRTA 5ECQB 3VLNA 2R37A 2H30A 3E0UA 4TXVA 3MAKA 3BCIA 2LJAA 3TJBA 2J23A 4KH7A 2V2GA 3TJGA 4V2LA 1ML6A 4IP1A 3CSIA 4MZBA 1XXUA 4MABA 1Z6NA 3P2AA 4MJBA 3KP8A 3ZFLA 4YAPA 3UARA 5IQYA 1BYEA 11GSA 1SL1B 1N8JA 2WGRA 4F0BA 1TU7A 4BVXA 2CX3A 3EVIA 2LRCA 2TIRA 3O6TA 1V58A 3VWVA 2CZ2A 3TJJA 4GLTA 5IPGA 2FNOA 4OO4A 4KSMA 4OCEA 1K0DA 4PQHA 1WIKA 2PBJA 3DRNA 3MDKA 4EC0A 5A4UA 1XW9A 2ZCTA 2EIQA 4K9ZA 5LCZA 1EOHA 3M3MA 1WMJA 3M9KA 4IJIA 2K8SA 3FZ9A 4TR1B 1YEPA 3RBTA 1Z3EA 4H86A 1DSBA 1GWCA 3E9JB 2GT6A 2DC5A 2IWTA 5IMZA 4AJ8A 2ON5A 4KA0A 4LMVA 3C1SA 1ZYEA 6GSYA 3M1GA 1QQ2A 3RAZA 2H1AA 2HI7A 3Q18A 2CVDA 3SBCA 4ZBDA 4KUNA 4AGSA 1A23A 4FH8A 4QQ7A 1X9MB 19GSA 2O85A 4BVYA 5D96A 1ERUA 1WJKA 3FY7A 2IPAA 2HFDA 18GSA 2NVLA 4OCFA 2IMEA 5IMDA 1QGVA 1MDJA 3A2VA 3KM6A 2AAWA 2C4JA 4JRRA 1M0UA 4WR4A 3J7Yk 3UVHA 5H5QA 1TK0B 2MYGA 2H72A 3KZQA 3D5JA 3EMPA 3GH6A 5D9XA 10GSA 3FZ4A 3WT1A 4MP4A 1B4PA 2LKUA 5EVOA 1F37A 4F9ZA 2IMKA 3UEMA 4J2FA 2X64A 1M2DA 1VF3A 1OC9B 3CXGA 3U6VA 2B5YA 2MMAA 5INYA 1MTCA 3IRAA 2C0EA 3IC4A 3WYWA 4MF5A 3EURA 5KN1A 4N11A 1K3LA 3KD0A 1J0FA 2JADA 3FR6A 3F3RA 3CMIA 5AIVA 5FWGA 3QAGA 4MJEA 1AAZA 2VLTA 3H1NA 3IHQA 5DAKA 4FIWA 2YNXA 5DQYA 4FO5A 2FA4A 4KX4A 1TDIA 2MBTA 2R4VA 1YY7A 4Q5QA 4ZL8A 1A24A 4POKA 4ZB9A 1GLQA 4I2TA 2C1YA 1GSDA 5HR2A 3IAM2 1R5AA 2PN8A 2VCXA 5F8BA 4HZ2A 3ISOA 2GQMA 4LL1B 4DSRA 1G0TA 1GUMA 1R7HA 4KE3A 5ECSA 1FG4A 4WEYA 1GTIA 3F4RA 1Q98A 2JZRA 4WR5A 1S3CA 4TR3A 3PR8A 4EVMA 5G30A 5ELGA 1T4YA 4MZWA 4ZXGA 1AXDA 2A2RA 5IMAA 1XBSA 4ISDA 3GKXA 2V41A 4TXOB 2FHEA 3BBYA 3CRTA 3M8NA 2IMDA 2M72A 2CVBA 2I1UA 4K7OA 3VI7A 1T7PB 2C3QA 1CQHA 4DSQA 1ILOA 1TK5B 2B1LA 4Q5FA 5JCWA 1ZL9A 3W6GA 1AC1A 1E2YA 3G7YA 5D73A 1DUGA 4I6XA 2CA8A 2X99A 3I69A 4ULXA 1LU4A 2X8CA 3UL3A 2B6MA 4EKZA 3QAWA 2L59A 1XIYA 3KP9A 4RQRA 5CREA 4GTUA 4ILFA 2MBSA 1XWAA 4MJAA 2P31A 2VCZA 2H70A 3VWUA 2KOKA 4IQAA 1ABAA 1SKWB 2C0DA 2YJHA 2FUG2 2V6OA 3TKSC 2KP1A 2X8HA 5ECHB 4PUFC 1B9XC 3HXSA 4ACSA 1M99A 4BA7A 1FB0A 1T1VA 1W4VA 3GX0A 4WF4A 3N5OA 1SD9A 4NV5A 3LXTA 2VL2A 1NM3A 6GSTA 5HQPA 1PMTA 1T4ZA 3ZMLA 1VF2A 4PQ1A 4YAVA 3KCMA 2RM6A 1X0RA 17GSA 2FWEA 3KMNA 4KB3A 4L5OA 2H73A 4ML6A 5COHA 1THOA 1X5CA 1GL8A 2P0GA 1AW9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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