5B8BA

Crystal structure of reduced chimeric e.coli ahpc1-186-yfskhn
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MSLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEITEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYAVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVASHPGEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
publication title Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli (strain k12)
total genus 48
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5b8bA00
2LS5A 1ZYEA 1X9SB 2EC4A 2TIRA 3KH7A 1U3IA 2KLXA 3CYNA 2P0GA 2H0GA 3FZ5A 4EDZA 5HR1A 5G5FA 4TKYA 1AAZA 1HYUA 4I2TA 2FA8A 3VWVA 1XVWA 1YKCA 3FKFA 1YZXA 1V98A 1PSQA 4WBJA 1EP7A 1X9WB 4DSSA 4TR0A 3HJOA 4IELA 1Z6MA 1Y25A 4KAEA 1TRWA 2IMFA 3U6VA 4MDCA 3ZMLA 4POBA 1H75A 1XVQA 1Q98A 2BMXA 4TVEA 2CQ9A 3KM6A 1PN9A 1FB0A 5HFIA 4JEDA 1Y6EA 1Z9HA 1NHYA 4NXIA 3FZ4A 3UAPA 1B8XA 5J3RA 2C80A 2YZHA 1GSFA 5EY6A 2V1MA 3HCZA 3ZVJD 2H70A 4ZB6A 4TR3A 1KTEA 2MZCA 2QKEA 5COHA 5DDLA 4BVYA 1ST9A 5DJMA 3L9UA 4HI7A 2I3YA 2YJHA 1XCCA 1QMVA 2FHEA 1LJRA 2YV7A 3I6AA 4ZB8A 5IIZA 2OE0A 4LLRA 3BCKA 2CVKA 2EIQA 4GWRA 4QL7A 2H6ZA 2WDUA 4EF0A 5ID2A 4H86A 1PMTA 3TKQA 1O8XA 4XCSA 2V2GA 2HSYA 1K0DA 2M80A 4FYUA 3RPPA 4MP4A 6GSXA 3D5JA 4LA1A 4N0VA 2IN3A 1GP1A 1GSQA 5CYYA 3JCML 5B6MA 4TXOA 1SJ6A 1GWCA 1Q4JA 4O5RA 4HQSA 1WWJA 3P2AA 4K2DA 2YPMA 5ELGA 2AHEA 4GTUA 1WP0A 4IN0A 3GL3A 3UBKA 3KGKA 3LG6A 5D9VA 2KP2A 5IPHA 5GAPD 4HJMA 1O6JA 4WXTA 1FW1A 4KH7A 2B3SA 3L9SA 2B7JA 3WT1A 2ZCTA 3IRAA 3IAM2 2ZUPA 3GIXA 5D93A 1B9YC 1R7HA 1IYHA 1FVJA 1HNCA 2GSRA 1R26A 4RUVA 4F0BA 2CX3A 2ON5A 3SWLA 8GSSA 4POMA 5DJLA 2LEGA 1BJXA 3L78A 1ZCPA 2HE3A 4NHWA 4AGSA 1K0NA 4KSOA 5AISA 4CDOA 1XIYA 4LMVA 3PGTA 4GRFA 3KJYA 2PU9C 5AIVA 4PGTA 3GKKA 2WRTA 3CXGA 1K3LA 1XW9A 3I69A 3ZREA 2DMMA 1WIKA 1OKTA 1YDKA 5D9TA 3TJFA 2JL4A 2N5AA 2FWHA 4HZ4A 5ECOB 5D8IA 4HJ2A 2PGTA 1ABAA 3F8UA 3KIJA 1XWGA 3Q18A 2VLUA 1K0OA 1XWKA 4WBRD 4GXZA 2WZ9A 1AQVA 4MJEA 4I6XA 3GHAA 3Q74A 3FY7A 3EINA 3C1SA 3GKXA 4KDYA 1BYEA 4KA0A 3CBUA 1CQHA 3A2WA 2IMDA 4EKZA 2F9SA 5DBQA 1GLPA 3L0HA 3KTBA 4XIHA 2FCHA 2IMEA 3MWHA 3QPMA 5INYA 3LWAA 3TJJA 4NV2A 4K7IA 5F07A 2GS3A 3HKRA 4BVXA 3I43A 2C3QA 2VCXA 2EIRA 4KSMA 4HZ2A 2I4AA 1JFUA 17GSA 3APSA 1G6YA 1N2AA 2FWFA 3DD3A 4DSRA 1CQGA 5CRGA 4HDEA 1YQ1A 3M9JA 1AIUA 3FK8A 3S9FA 3UMAA 2AUVA 2F8FA 2O87A 3GRXA 5HQPA 5B7CA 1EOHA 1GTUA 2KHPA 3GUSA 3WGEA 1A0RP 2C0GA 2R3XA 3ED3A 4Q5QA 1VF4A 3QAWA 1OAZA 3IK7A 3DVWA 2VCVA 3HA9A 3M3MA 2PBJA 2B6MA 4OD7A 1SKWB 3F9UA 2H01A 1KEBA 1HNAA 3GURA 1U6TA 1Z5YE 3KCMA 1V40A 2OA7A 4EE0A 1XOBA 3LYKA 2MBTA 1GTAA 3J7Yb 3V1WA 3CTGA 2JADA 5J41A 2V32A 2H75A 2R37A 5IOWA 2LJAA 4IJIA 3HJMA 1OYJA 5CAXA 4BL7A 3UVTA 2WGRA 5A4VA 4RI6A 5JCUA 1U87A 3VPQA 4OWYA 4Q5FA 2HYXA 5IMDA 3HZ4A 2H76A 2MBSA 2OBIA 1GNEA 1FHEA 3WD6A 4JU5A 1ERUA 2LSTA 4NPBA 4TR1B 1R5AA 3KP8A 2R4VA 4K9ZA 3IV4A 6GSUA 1MD3A 2ES7A 1EWXA 1K0MA 4MZWA 2B1KA 5IMAA 3EYTA 2VM2A 1PX6A 4MK3A 4ECCA 1PQNA 2HLSA 2XC2A 1M9AA 2GTUA 2H72A 3KEBA 1BAYA 1GRXA 2WJUA 4PNGA 4YQVA 1M9BA 2RM6A 4KDUA 6GSTA 1YF0A 2LQQA 2WFCA 2HNLA 2TRCP 4X1UA 2RIIA 3TRPA 4QL9A 2C0FA 3APOA 2VL2A 3DYRA 3NOFA 5G31A 1YKAA 2OJLA 3QFBC 2VL9A 2K8SA 3QD9A 2X99A 3GL5A 3M1GA 2JSZA 2GZPA 1TRSA 2P5RA 1GULA 4WETA 5ECKB 3ZIVA 1ZGNA 5C00A 1E2YA 5IQYA 3O6TA 4PQIA 2YWNA 4FO5A 3W6GA 1TK5B 4N0ZA 1M2AA 2YOIA 2FA4A 2JU5A 4NHZA 4QQ7A 2QSIA 1X5EA 1AXDA 3F4SA 3GTUB 3HXSA 3Q6OA 3KZQA 4EL1A 1Z7PA 4ML6A 5H5RA 3GMFA 3CRTA 3DIEA 5C04A 2IFQB 1ON4A 3EWLA 1TJDA 2IMKA 2MMAA 4EXJA 4MH3A 1OC9A 4NAXA 3TKRA 1QGVA 3K8NA 5A5KA 4J56E 4MABA 4KCAA 2CZ2A 1K0BA 1PKZA 2LJKA 3GH9A 1TK0B 1I5GA 3HJPA 3US3A 1SENA 2L5LA 2HXKA 2LKUA 4OFMA 2V6KA 1G0TA 3CSJA 1SL1B 3IAS2 1TOFA 1OKDA 1FB6A 3MSZA 4ZBBA 2HRNA 4PQHA 4F2IA 3GX0A 5D96A 4YQMA 5IMCA 1M2DA 5L71A 2YN1A 6GSWA 7GSSA 4J57E 5ABRA 3P8WA 4IQAA 1ERVA 2HZEA 3IPZA 1PKWA 1EEMA 2O7KA 2DJ0A 2LRNA 2L6CA 1W89A 3H8QA 1MDIA 1TI1A 3J7Yk 2AAWA 3G7YA 2LNTA 3E3EA 4I5QA 1UVZA 4Q5NA 4MLYA 4MJBA 1DSBA 1O7UA 4MJCA 2VM1A 2MYGA 5CP1A 3LXZA 5J5NA 2YANA 1O81A 3A2VA 1YJ6A 5IO0A 5KN0A 4O92A 3GN3A 1F3BA 4ID0A 3DVXA 3EVIA 1X5DA 4IBPA 4XTSA 4BPYA 3LEFA 2ZNMA 4IP6A 1XW6A 3C71A 2PUKC 3KH9A 4XS4A 4EO3A 1PL1A 2CAQA 3P7XA 3FZ9A 5GSTA 1T8EB 3KP9A 4BWSA 2FUG2 3FRCA 1B9XC 3FYGA 3UOMA 4ZBDA 4JE1A 5DAKA 4MH2A 2H71A 4MCUA 5IMFA 3ZIJA 6GSVA 2GVPA 1LBKA 3F0IA 4GQCA 1THOA 4L8EA 3BOAA 3VWXA 3NZNA 1ZOFA 2VCZA 1PD21 5DQSA 1GUMA 2TRXA 2YZUA 1ZZYA 4JRRA 2YWMA 3BCIA 3GSSA 2C1YA 4WEYA 4CHSA 1JZDA 4TR4A 3FR9A 10GSA 3QMXA 3EU4A 3KD0A 5CO3A 4GQFA 1V9WA 2DSAA 5JWRB 4WR4A 2N5BA 2OBKA 1V2AA 3RBTA 1TU7A 4OO5A 4G9HA 2GQKA 1AQXA 2H8LA 2GT5A 2QGVA 4WR5A 4PURA 1PA3A 3TDGA 5D73A 1SK0A 3D22A 1G6WA 1GSEA 2HT9A 2KUCA 3VI7A 1M0UA 4K8MA 1T7PB 5EVOA 4TOPA 2YV9A 3DWVA 1B4PA 3HZ8A 5LCZA 2HRFA 4YH2A 4BWQA 2OKAA 2DJKA 2YCDA 3N5OA 2PMTA 1FO5A 3VFIA 4POLA 3F6DA 2PVOC 2JZTA 2C3TA 4WF5A 3EC3A 2K6VA 3VPTA 20GSA 2VCTA 2GDRA 3FR3A 2I9HA 1GSYA 2LTKA 3LQ7A 2RUFA 3W8JA 2L5OA 2CVBA 4L5LA 3GH6A 2OADA 5ECSA 2GQLA 3I9V2 1TTZA 4XRAA 4KE3A 3N9JA 3DXBA 3ZFLA 5EPFA 1SD8A 1BEDA 4F03A 1ACVA 2X8CA 4POKA 1AUCA 1MD4A 1ILOA 4K7NA 1U3AA 1GLQA 1T4ZA 4AJ8A 1SYXA 2B5EA 1XW5A 4DSSB 5J9CA 4HUAA 2PPTA 2P5QA 2LRCA 1FG4A 1A0FA 4FIWA 2NDOA 1TI3A 1A8LA 3PINA 2DC5A 1A23A 1JZWA 1GNWA 2VL2C 2H1AA 1RQMA 2C4JA 1TRVA 5GZZB 3QDNA 1J08A 5ECMB 4HU9A 4DEJA 1O73A 4TW5A 1GTIA 3ZMKA 5ELAA 2V6OA 1N8JA 5CRHA 2PWJA 1Z7RA 3A3TA 2VAFA 2FLSA 3LSZA 2DJJA 3C1RA 2BJXA 1YF1A 3TB2A 4WKWA 2DIZA 5ENUA 2WULA 2WS2A 1EZKA 4WF4A 2VD1A 3UEMA 2JACA 3E9JB 3IE3A 2GZYA 5CRDA 16GSA 4IVFA 4MF6A 3D6IA 1F2EA 4D73A 2JZSA 3IDVA 2WCIA 2C8UA 1K3YA 3GSTA 4K7OA 5ID2B 3C7MA 1VF3A 3G7IA 3QOUA 6GSYA 5JWOB 3HYPA 3UJ1A 3VWUA 3IA1A 4KCEA 2B7KA 5ECIB 3WYWA 1F9MA 5CREA 1XXUA 3TRXA 4MZCA 5HFGA 3ZTLA 1OC3A 4TXOB 1S3AA 3ME7A 2X8HA 3MAKA 4HS1A 2C3NA 18GSA 1LU4A 2H73A 1M7TA 4ACSA 2DJ2A 4PXOA 3G9BA 4I97A 1PRXA 2DIYA 1VGLA 5ECHB 1HQOA 3FW2A 1UA5A 1O85A 3CRUA 22GSA 4P3YB 1M2BA 2H66A 5B6NA 1AC1A 5FHIA 3HY2A 2NTOA 1XWCA 1THXA 2XHFA 4G19A 4GSSA 2KP1A 2PVQA 3RAZA 2FY6A 1JZRA 2JSYA 2M46A 3IHQA 1J9BA 4E8EA 3U5RE 2GSQA 4IKHA 2H74A 2R2JA 1WE0A 2OACA 5G1LA 1BQ7A 2YWOA 2VL3A 4GF0A 3F3RA 3D21A 2C0EA 3ISOA 1JLWA 2CVDA 3BJ5A 1U88A 1WMJA 2CT6A 5G5EA 1URMA 1GSSA 5IMZA 3TRQA 3EURA 4AJ7A 3TGZA 3ZVJA 1RW1A 5A4UA 2X64A 1A2LA 1TP9A 3QR6A 3DEXA 5IPGA 1JHBA 2HSHA 2G0FA 2WB9A 2I1UA 4PUAA 2BTOT 3UARA 2H6YA 2IMIA 5JWQB 2HI7A 3FR6A 1VRSD 3APQA 1T00A 1SKSB 4FH8A 3TCOA 4G10A 2IIYA 3IR4A 4ISDA 3QCPA 5A4WA 2FGXA 3RHBA 2H1DA 4LL1B 3W8SA 3HDCA 4PQ1A 4IHUA 4FYBA 4IP1A 4MZBA 3VWWA 1WJKA 2LJRA 1SJIA 9GSSA 1ZMAA 1KBNA 4AF2A 2YJ7A 4YAPA 3NIVA 5DCHA 5F05A 1TKDB 4ML1A 4ZL9A 2FD3A 3ERFA 1DBYA 4LL4B 3E0UA 2PN8A 3F4TA 2OE3A 2E0QA 4GSNA 4JR6A 1RK4A 1I9DA 1GTBA 1QK8A 2O8VB 1K3OA 3FEUA 3TKPA 5HFKA 5DALA 4V2MA 4ECIA 5KN1A 2DMLA 1JZOA 2FWEA 4RI7A 1WPIA 4I2UA 3IOSA 5JCWA 3HVVA 3LFLA 2YNXA 3O3TA 4N30A 4OO4A 1QFNA 2N5FA 3A5WA 1R4WA 4KX4A 4L5OA 1C72A 1A24A 5J9BA 1VF2A 2ALBA 3Q19A 4RQRA 5EL8A 5G2ZA 1EV4A 1AW9A 2VCWA 5IOXA 5G30A 1PGTA 5FWGA 5KN3A 4O7HA 4EDYA 4J2FA 2M72A 2HFDA 1PL2A 2OE1A 5FT3A 4OFNA 1X0RA 2FNOA 3EU3A 3MNGA 1FAAA 3OR5A 2J9HA 1OE8A 4KW6A 3UIWA 5AN1A 3KMNA 2VO4A 4IQ1A 4GCIA 4HU7A 4GLTA 1OE7A 1YY7A 4X43A 3GX8A 1G7EA 3F6FA 1R5PA 3TOUA 1GUKA 3UBLA 4O32A 3IBHA 2RM5A 1HNBA 2DBCA 4G2EA 4PNFA 4ZL7A 1EGRA 1MDKA 4MPFA 1K0AA 3ZYWA 4ECJA 2CX4A 3RPNA 2B1LA 4K0GA 2CV4A 3SBCA 5J4UA 1XBSA 1Z3EA 4TXVA 14GSA 1ZL9A 1TK8B 4IGJA 4AJ6A 2GLRA 4V2NA 1B48A 3ZLPA 2MMNA 2VLTA 2L4CA 4KB3A 2H6XA 1FOVA 1XFLA 4X0XA 3GA4A 2C0DA 2G2QA 11GSA 2HZFA 4LMWA 3TKSA 2X8GA 1NW2A 2VUPA 1XWAA 3QFAC 2H30A 3ERWA 5HR0A 5E4WA 2K9FA 1B4QA 2GGTA 1SJZA 1SK2A 3D4MA 2R6KA 5H5QA 4NV5A 1WOUA 1VF1A 4TR1A 3UL3A 3P90A 3QAVA 5IO2A 4NMUA 13GSA 3VLNA 1ML6A 2E2MA 5AGYA 2QC7A 4MA9A 4MMMA 1MTCA 3LORA 4TRXA 2MMZA 1EGOA 1DE2A 4ILFA 1OC9B 2F3MA 3CTFA 1SK1A 2AYTA 6GSSA 1GL8A 2DLXA 3FZAA 1X5CA 2REMA 1PX7A 2K8VA 1DUGA 3ZZXA 1IYIA 2VCQA 1KNGA 4JZQA 4OFTA 2IWTA 3H79A 4IS0A 1DE1A 1ERTA 1BX9A 3GFKA 4HQZA 1SL2B 4GSTA 2F51A 2RUEA 2E2GA 3HHVA 1TU8A 4XS1A 1T3BA 4K6XA 5LNKe 1S3CA 1O8WA 5DALB 3MDKA 5GAND 5F0GA 3L4NA 2L4QA 4KDXA 4V2LA 2HZEB 1A2JA 5HR3A 2AV4A 4ZIJA 3AY8A 4BA7A 3KXOA 3TOTA 4MF7A 3GYKA 3TJGA 2XBQA 2E7PA 1SD9A 2IJYA 19GSA 3D0ZA 2I81A 1W4VA 3KTLA 4K1FA 1USBA 2LRTA 1TW9A 4FYCA 2FWGA 3O76A 4CW9A 4F9ZA 1V58A 1XZOA 5D9WA 4YAVA 3EMPA 3GTUA 4HOJA 2IL3A 3LGCA 4F82A 3BD2A 2AJQB 2IPAA 5JCGA 4L0UA 1NSWA 2B5YA 2YWIA 1TXXA 4XS4B 2A4VA 5ECRB 1SL0B 4L0WA 3DGQA 1SU9A 2IFQA 5E59A 1X9MB 4TN8A 1UC7A 4JBBA 3IXRA 1HD2A 5ECNB 2RLIA 3LXTA 2L6DA 4PUFC 3DRNA 1QUWA 5DAKB 4OCEA 3F63A 3C8EA 3EMXA 1MEKA 2Z9SA 1EOGA 5B8BA 3QAGA 4IJ3A 2O89A 4ZXGA 3DMLA 4EUYA 1OVNA 4NWYA 2DJ3A 3ZITA 5ECPB 3H93A 1FVKA 5H5SA 1BG5A 2NVLA 2R5GA 2VIMA 1QXHA 5DQYA 12GSA 2XPEA 2O85A 1XOAA 5DCGA 3ZFBA 4RQXA 1G7OA 2K18A 3F4RA 3UVHA 2VLVA 5HR2A 2KOKA 2V41A 1E6BA 1GUHA 3CSHA 2B5XA 3H1NA 3TJBA 2P31A 1ERWA 5GSSA 1T4YA 3FHKA 2F8AA 2LQOA 2XPDA 4EC0A 1T1VA 2EIOA 4I8BA 4DVCA 2GSTA 2MMOA 3RHCA 3GV1A 1WRYA 3ERGA 3C73A 4DSQA 3CMIA 1GSUA 5KN2A 2LNSA 1UN2A 3WGXA 2H0HA 3DKSA 4YQUA 2CA8A 1F3AA 3M8NA 5IMVA 5CRWA 1GH2A 2A2SA 4XHMA 1A8YA 4K0NA 4F0CA 2CAIA 4OMVA 3EE2A 4ZILA 1AQWA 3R2QA 4E8HA 3GKNA 3VK9A 2GT6A 2XBIA 1J0FA 1NHOA 2DJ1A 1V57A 2D2ZA 3IK9A 5ECLB 2GZZA 3D4TA 2L57A 2JZRA 2LUSA 2CZ3A 2H0IA 3WT2A 4OCFA 4IW9A 3ZRDA 5ECQB 2AB6A 3H4KA 1NM3A 3F3QA 5IM9A 3GNJA 4ECBA 1S3DA 3HD5A 4MPGA 5KEJA 3M0FA 1QQ2A 3RDWA 5G1KA 2PERA 3KMOA 3GKMA 5LD0A 4KGIA 1F37A 2J23A 4MF5A 4EVMA 3VURA 3VI5A 1EV9A 4KNDA 4V1Ap 4V1Ag 1Z6NA 1JLVA 1MDJA 3HVXA 2GSSA 4ZL8A 2A2RA 1YEPA 4Q5RA 4KUNA 5AIXA 4ZB9A 5F8BA 1TRUA 3ME8A 2H1BA 1OC8A 1YEXA 1A2MA 1H4OA 4PX1A 1XPVA 2LV3A 2VD0A 2NPBA 3LJRA 4JR4A 2ON7A 3PH9A 3M9KA 1EEJA 3TKSC 1GSDA 5B8AA 5CNWA 5D9XA 3TKSE 3TUEA 3HVSA 2GQMA 1K0CA 1SKRB 3IC4A 3CSIA 3L9VA 4N10A 1TDIA 5DVBA 3ZL5A 3A2XA 2YP6A 3WGDA 1EP8A 1ZYQB 2H19A 3PR8A 4ZBAA 4XRDA 1SYRA 2L59A 3G7JA 4Z7XA 2NBSA 3BBYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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