2B7JA

Crystal structure of yeast sco1 with copper bound
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
172
structure length
158
Chain Sequence
GKPSLGGPFHLEDMYGNEFTEKNLLGKFSIIYFGFSNCPDICPDELDKLGLWLNTLSSKYGITLQPLFITCDPARDSPAVLKEYLSDFHPSILGLTGTFDEVKNACKKYRVYVDHSIFFYLMDPEGQFVDALGRNYDEKTGVDKIVEHVKSYVPAEQR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Metal binding protein
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Crystal structure of yeast Sco1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SCO1 protein
total genus 46
structure length 158
sequence length 172
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02630 SCO1-SenC SCO1/SenC
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2b7jA00
2H6YA 5KN2A 2RIIA 1TTZA 3TKSC 2DIZA 1PSQA 1GTAA 1XFLA 3UL3A 1GUKA 2QGVA 3VFIA 1AQVA 4ECCA 2GGTA 3DEXA 5ECSA 3CYNA 4LLRA 3N9JA 2YANA 3CSJA 4WEYA 4K0GA 1SJIA 1UC7A 2YPMA 3QDNA 2LUSA 4K8MA 4HQSA 2JZRA 2XBQA 1XPVA 3R2QA 1A8YA 3ZZXA 2IMDA 3KM6A 3TRQA 2YJHA 2PPTA 3IRAA 4PURA 5IQYA 1FOVA 1OC9A 1THOA 2QSIA 4HZ4A 2WZ9A 3FKFA 5GZZB 3DIEA 4MMMA 4DSQA 6GSVA 2H6ZA 3TJBA 4I8BA 2L5LA 1AQWA 4FH8A 5EVOA 3UMAA 4HI7A 2X64A 2I1UA 4F0BA 4MF6A 4TN8A 1THXA 2IJYA 4TR1A 3UBKA 2HYXA 1FHEA 1A0RP 1V2AA 1FB0A 2IMKA 4WBJA 2WB9A 3GNJA 5HR3A 1NSWA 1BJXA 3CRUA 3Q6OA 5A4VA 1XIYA 4NWYA 4IHUA 1SKRB 2YV7A 2VCQA 17GSA 4XCSA 2PMTA 5G1LA 2DMLA 1ZOFA 2OACA 4K1FA 2C3NA 3HCZA 2R3XA 5AIVA 1A2LA 3GURA 2ON5A 1T4ZA 4EO3A 2M72A 2GQMA 3LG6A 3QMXA 4JE1A 5JWRB 5HR0A 2LSTA 4YAVA 2CA8A 1GL8A 1CQHA 4TXOB 2LRNA 4MZBA 1BQ7A 3EMXA 3FRCA 1VRSD 1O7UA 2KOKA 1G0TA 1JZOA 2MBTA 1SK2A 4XTSA 3LSZA 5GSSA 1KEBA 2X8GA 2R2JA 2FNOA 1ERVA 1NHOA 3KZQA 3C73A 18GSA 1XOAA 1UVZA 2X8HA 1X9MB 3D21A 2GS3A 3F63A 4AF2A 2ES7A 1FW1A 4ZB8A 4N11A 2CVBA 2CV4A 5B7CA 3GKMA 3ZYWA 2DSAA 2Z9SA 5F8BA 3F8UA 5J9BA 3J7Yb 2FY6A 5IMDA 4EUYA 5EPFA 4ZB9A 1ST9A 5CYYA 3FW2A 1MDJA 1K0MA 3HVSA 1YZXA 3FZ9A 1DSBA 4DEJA 4PUFC 3GTUA 1M2AA 4KDYA 5F05A 1X5CA 1K0AA 4YAPA 5CNWA 3A3TA 1GSFA 2H71A 5ELAA 4HZ2A 4MPGA 2O7KA 1T4YA 2TRXA 4JEDA 2RLIA 2LJAA 4EL1A 2PVOC 3WYWA 1GSUA 2LRTA 3LGCA 2LQQA 2MMAA 1VF2A 4NXIA 1LU4A 1VF3A 1BX9A 1JZDA 2GVPA 3IOSA 3VI7A 1YEXA 3S9FA 13GSA 3ZMKA 4OO4A 5E59A 1TRSA 3I9V2 2GZYA 2PGTA 3LFLA 2LEGA 5JCWA 3GYKA 3GH6A 3RHCA 1TKDB 4FO5A 4K2DA 2VCTA 2WFCA 4V2NA 4YQMA 1O85A 1EOGA 4IS0A 2VD1A 4IP1A 3CRTA 2M46A 4NMUA 3FR9A 1TRWA 2IMFA 1OE7A 4G2EA 2VD0A 5CRHA 1EP8A 3LWAA 1X9SB 4DSRA 1XWBA 3QAVA 3ZVJA 4GQFA 4RQXA 2EC4A 6GSYA 1FG4A 5ID2A 1WWJA 14GSA 2V32A 2VM1A 3HZ4A 4ZB6A 4IKHA 1GP1A 2L5OA 4BWSA 1K0OA 1A8LA 3WT1A 3NOFA 1T8EB 2H1GA 3QOUA 2AHEA 4GLTA 1U87A 2H0HA 20GSA 4CHSA 2KLXA 4PGTA 2A2SA 3UVTA 4KDUA 1QMVA 4O32A 1EEMA 1WRYA 2YN1A 5D93A 2HZEB 2GZZA 3JCML 3ERFA 1KBNA 4FIWA 2C0EA 3KP8A 4LMVA 4Q5QA 2FLSA 2V1MA 1FVJA 1HQOA 1TK5B 5LNKe 5DBQA 4XS4A 1QXHA 5L71A 1XCCA 2M80A 3GX8A 2WS2A 5ECRB 1JFUA 4X43A 3HXSA 3FHKA 1TJDA 2E2GA 2GT5A 3FZAA 3VK9A 5A5KA 2AJQB 1X5EA 1R5PA 3APOA 1JHBA 4RUVA 2IFQB 3FZ4A 1R5AA 5JWQB 4Z7XA 1TP9A 2V6OA 1JZWA 2IPAA 1E6BA 4IN0A 1XW5A 2PUKC 2MBSA 3HZ8A 1N8JA 2VCXA 1O8WA 4WKWA 2B7KA 2QC7A 5J3RA 4TOPA 3ED3A 5DALB 1FO5A 5D8IA 2B1KA 1AW9A 1GSYA 1M9AA 4GSNA 1YDKA 4AJ6A 1K0DA 4MP4A 1XWGA 1WMJA 1TI3A 3KMOA 1M2DA 4L5LA 4OCEA 4D73B 2JSYA 2P31A 4ZBBA 2AYTA 2MMNA 5C00A 3LEFA 4POLA 2XC2A 2FUG2 4OFTA 4ZILA 4OFNA 1NW2A 2B5EA 1G7OA 5HFIA 3L0HA 1PMTA 3VWWA 2YNXA 2WDUA 1YF0A 5ENUA 4WF5A 2L4CA 1CQGA 3FZ5A 3BOAA 5ECQB 1K0CA 2I9HA 4ZXGA 1TK0B 2CAIA 2YWNA 2A4VA 5CAXA 1T3BA 1ERUA 3LQ7A 3ZL5A 3ERGA 3IA1A 3C8EA 3HVVA 5GSTA 4POMA 1SD9A 2XPDA 2VCVA 5ECHB 1AIUA 3CTGA 4CDOA 5D73A 1F37A 1WIKA 4RI7A 2OBKA 2DJ1A 2CX3A 3DXBA 3GMFA 1Z5YE 3HY2A 1ZYQB 2VLTA 3EVIA 4G10A 4EDZA 1SYXA 3RBTA 4IW9A 5J41A 3LYKA 4GXZA 4IP6A 2O89A 5AN1A 4AGSA 3H8QA 1UA5A 3C1SA 4IELA 2WJUA 3IPZA 3ERWA 4PNGA 4XIHA 1MDKA 3D22A 2FCHA 2RM5A 1TU7A 4IQ1A 4NAXA 1O81A 3MAKA 5B6MA 2V2GA 4X1UA 3M0FA 5B8BA 1IYIA 3E9JB 1A2MA 1M99A 3D0ZA 2D2ZA 4POKA 4TXVA 1F3BA 2GQKA 3MWHA 1SYRA 4ML1A 2GSTA 1PX6A 3BCIA 4TVEA 1B4PA 1TXXA 4QL9A 2FA8A 1EV9A 5D9XA 1FB6A 1W89A 3M1GA 2EIOA 2AV4A 2LJKA 3TUEA 1M2BA 3VWXA 2WRTA 3Q74A 1TU8A 1U6TA 3HJOA 2NTOA 3KXOA 2C1YA 1EGOA 4MPFA 2REMA 4I2UA 1PGTA 2GQLA 19GSA 1XVWA 4WR4A 2PU9C 4EF0A 3V1WA 2MMZA 2OE0A 3ZIVA 1B9XC 4XS6A 2ALBA 5HR1A 2L57A 4GWRA 2LNTA 2R37A 4GSTA 3ME7A 3IC4A 2MYGA 4EE0A 5DQSA 5HR2A 1TDIA 2JSZA 3D4TA 1A2JA 5J5NA 1B48A 1OC3A 2H0IA 1ILOA 1Z7PA 3QFBC 5ELGA 1U3IA 4MLYA 5A4WA 2NBSA 4ECBA 1TW9A 3US3A 3TKSE 4K7NA 2WULA 3DD3A 1X0RA 4HU9A 5IMAA 3VI5A 3A2WA 3KH9A 4N10A 3W6GA 4EVMA 2GLRA 4QL7A 2O87A 1GH2A 1VGLA 2C0GA 5GAND 2FWEA 5DDLA 4OMVA 2H6XA 5DAKA 3TCOA 4EDYA 5G31A 4XHMA 2H70A 1EWXA 2H74A 2PVQA 5IO0A 1K3LA 3O6TA 4ID0A 2CAQA 1OC9B 3F9UA 4L8EA 4J2FA 8GSSA 2C0FA 2H0GA 1OKDA 5GAPD 2P0GA 1J08A 4KAEA 3E0UA 1YKAA 4KDXA 1YY7A 3M3MA 3FYGA 4O5RA 2YZUA 4BA7A 2B5YA 2H01A 1QGVA 1GNEA 1LBKA 1W4VA 1FAAA 4L0WA 1B9YC 3QFAC 4Q5RA 2WCIA 3VURA 5IMFA 5CRWA 4KW6A 3RDWA 1XXUA 2OKAA 1DE1A 2XBIA 5CO3A 5FHIA 3IDVA 5D9TA 2VCZA 6GSSA 3RHBA 4LA1A 2C80A 3GN3A 3VLNA 5ECOB 2YJ7A 2YWIA 2FGXA 3QCPA 4X0XA 4XRAA 2FD3A 2FWHA 1PD21 1DE2A 3ZRDA 2L59A 2AUVA 2KHPA 2AB6A 1Z7RA 4PQHA 1PQNA 4PQIA 10GSA 2VLUA 3PGTA 1KTEA 3M9JA 3P7XA 4GSSA 4OWYA 3G7JA 1RQMA 4PQ1A 1U3AA 1OYJA 3BCKA 2X8CA 5C04A 11GSA 5J4UA 4HJMA 1ZMAA 3CXGA 4I6XA 4PNFA 4DSSA 5DJLA 1BEDA 3ZITA 3F6FA 2DIYA 4I97A 3LYPA 1N2AA 2DJ2A 1PX7A 1SL0B 2N5BA 3O3TA 3EYTA 4KX4A 6GSWA 1GUHA 2TIRA 1GUMA 4MA9A 4HUAA 3ZREA 4K9ZA 3EU3A 4JRRA 3HJMA 3E3EA 3EWLA 3G9BA 4N30A 5IPHA 4ULXA 1RK4A 2G2QA 3UEMA 1GULA 3GTUB 5E4WA 1Z6MA 4ZBAA 3A2XA 2H1DA 3I69A 3BJ5A 2IMIA 3KJYA 3TKQA 5KN0A 3F6DA 1R26A 2GTUA 3VWVA 4ZIJA 2KP1A 3UBLA 4TR0A 3CBUA 4E8EA 3FY7A 2E0QA 5JWOB 1XWAA 2DJ3A 5G2ZA 4MZCA 2O85A 6GSTA 1O8XA 3HD5A 2LKUA 4NV5A 1V57A 2C0DA 4BPYA 4N0ZA 5D96A 1WOUA 2I4AA 4ECJA 4OO5A 1PL1A 3Q19A 1TI1A 2LRCA 3QD9A 1SK1A 4H86A 4TRXA 4ILFA 3BD2A 4KSOA 3RPPA 2GT6A 1IYHA 3GX0A 2GSRA 4ZL8A 5CREA 1AQXA 3CSIA 5D9WA 4PX1A 4ZBDA 4OFMA 1PKWA 2KP2A 6GSUA 1Z6NA 1OC8A 2OBIA 1YEPA 3O76A 1XWKA 2VLVA 4OD7A 3HJPA 5J9CA 1GTIA 2JL4A 1QK8A 2VAFA 3RAZA 2H73A 1S3AA 5D9VA 4RI6A 2F8AA 5ID2B 1EGRA 3DKSA 2DJJA 1HD2A 1SD8A 2AAWA 2VL3A 1MD4A 2QKEA 3GFKA 3FEUA 4G9HA 2GZPA 1EV4A 1AC1A 3GKXA 3BBYA 2IL3A 3APSA 1I5GA 6GSXA 4Q5NA 3ZIJA 2LS5A 1OAZA 3APQA 4KH7A 1JLWA 1GSDA 4XS4B 3C1RA 4BVYA 1GNWA 3G7YA 2VL9A 4NV2A 3TOUA 3KGKA 3CSHA 1XZOA 1TRVA 2GDRA 4O7HA 5KEJA 5DJMA 1S3DA 4HU7A 2FWGA 3KEBA 3EU4A 5EY6A 5INYA 4EKZA 5IO2A 1V98A 2ZNMA 2C8UA 3F3RA 1GSSA 2P5QA 2JZTA 3PINA 4MH3A 3VPQA 4MJBA 4V2MA 3UIWA 2CT6A 2F9SA 1ML6A 2H1AA 4BL7A 1FVKA 5A4UA 3DVXA 2HFDA 2F51A 4K6XA 1JLVA 3WGDA 5G5EA 4KUNA 2FWFA 3TGZA 2HXKA 4PUAA 1QFNA 3H79A 4KA0A 1AUCA 5G1KA 1I9DA 3KCMA 2CVKA 3W8JA 2L6CA 2RM6A 3GSTA 4HJ2A 4IGJA 3HKRA 2HT9A 3P90A 5DCHA 2VUPA 1QQ2A 3DGQA 4RQRA 1J9BA 3UAPA 2NDOA 3TKPA 2DJ0A 2DMMA 1ERWA 4I5QA 4BWQA 4FYUA 2F3MA 3J7Yk 3TOTA 5IPGA 1HNAA 1M7TA 4KCEA 3F0IA 5EL8A 4MK3A 5H5QA 5AGYA 3ZLPA 3GRXA 1YJ6A 3UJ1A 4I2TA 2K8VA 2WGRA 1C72A 2YWMA 3EE2A 2O8VB 2CZ3A 5IOXA 1SENA 4O92A 1SK0A 4HDEA 3P2AA 4E8HA 1BAYA 2R4VA 3G7IA 4MF7A 2HSHA 5ECPB 1SU9A 5IMVA 1A24A 1ACVA 4YH2A 4ZL7A 4GRFA 3M8NA 1G7EA 2GSQA 3MSZA 1HYUA 4F9ZA 3PH9A 5F0GA 1HNCA 1SL1B 2JACA 3FR6A 3SBCA 3EINA 1MTCA 1MD3A 4HEA2 5IIZA 4IBPA 2LNSA 2LJRA 2VL2A 1S3CA 4WF4A 3WGEA 2LTKA 5ECKB 1JZRA 2K18A 2RUEA 4P3YB 1V9WA 4Q5FA 1ZGNA 4TR3A 5ECMB 2B7JA 1H75A 3GIXA 2YZHA 1GTUA 4KGIA 5F07A 3W8SA 3WGXA 3GA4A 2ON7A 2YOIA 2N5AA 3IV4A 3WT2A 2OE1A 1E2YA 4AJ7A 2MZCA 2PBJA 3TRXA 3L9VA 2HRFA 2YWOA 2J9HA 12GSA 3LJRA 5G5FA 1GSQA 2C3TA 4V1Ag 1SKSB 2V6KA 1ERTA 5ECLB 2NVLA 3Q18A 5HFGA 3ME8A 1PRXA 2LV3A 3QPMA 5FT3A 5LD0A 5ABRA 3SWLA 5DCGA 2H75A 1G6YA 2E7PA 3C7MA 1GLPA 3KH7A 3IBHA 3I6AA 4TXOA 2YCDA 2HSYA 4F0CA 4MABA 4IJ3A 5G30A 1TRUA 3IAM2 5HFKA 1O73A 3QAGA 5JCGA 4KE3A 3FR3A 2JU5A 1NM3A 4IJIA 4YQUA 1ZZYA 1PL2A 3AY8A 3HHVA 5COHA 2K6VA 1Q4JA 5JCUA 4YQVA 3TJJA 1Y6EA 1B4QA 1ZCPA 5F06A 4TKYA 1YF1A 2BMXA 3KTBA 4F2IA 4JU5A 1F3AA 4TR1B 1X9WB 1PN9A 3DRNA 1R7HA 4JZQA 2HI7A 4MJEA 1R4WA 3VPTA 2BTOT 2DBCA 4TR4A 3D5JA 1EEJA 3ZFBA 4HS1A 4J56E 2I3YA 5AISA 1ON4A 5DAKB 4FYCA 1M0UA 3KTLA 2PN8A 4L0UA 4QQ7A 4IQAA 5FWGA 4GTUA 4LMWA 1UN2A 1PKZA 1Z3EA 2KUCA 2VM2A 3NIVA 2BJXA 1XVQA 2ZCTA 2IWTA 1ABAA 3F4SA 5H5SA 3GV1A 2EIRA 1XW6A 3LXTA 3PR8A 2ZUPA 5LCZA 1Q98A 2F8FA 5DVBA 2IN3A 2CQ9A 3QR6A 2PERA 1K0BA 2IMEA 3K8NA 1GWCA 4IVFA 1XOBA 2TRCP 3TRPA 1T00A 4LL4B 1K3YA 2OJLA 1DUGA 2K9FA 4HQZA 2A2RA 3L78A 2K8SA 3HA9A 1F6MC 3ZVJD 1T7PB 1GSEA 1GLQA 4WXTA 3GL5A 1OKTA 4K7IA 1A23A 4JR4A 2JZSA 3DYRA 22GSA 4AJ8A 3VWUA 3TKSA 1WJKA 4F82A 1WP0A 3WD6A 3HYPA 3L9UA 1OVNA 2H66A 2YV9A 1URMA 3KIJA 5H5RA 2H30A 3TJFA 2MMOA 4MJAA 3TKRA 2H1BA 1AAZA 1H4OA 2FHEA 2XPEA 5CP1A 5KN3A 3IR4A 4G19A 4L5OA 3IK9A 5HQPA 2VO4A 2HZEA 1K0NA 1YKCA 4ACSA 1T1VA 2VOCA 5B8AA 3A5WA 1ZYEA 2HLSA 7GSSA 2V41A 4DSSB 1G6WA 3UOMA 1VF4A 5CRDA 5IMCA 4CW9A 2H76A 4NPBA 1XWCA 5KN1A 4GCIA 3TJKA 2GSSA 2H72A 4FYBA 1XW9A 2R5GA 2PWJA 2IFQA 2I81A 3GKKA 3TDGA 2VL2C 2N5FA 3CTFA 3DWVA 4MJCA 3DVWA 5DQYA 3EC3A 4WETA 2DC5A 1LJRA 2LQOA 2HNLA 3H1NA 1MDIA 1USBA 3FK8A 5DALA 3RPNA 3UARA 4MCUA 3DMLA 3C71A 3H4KA 1SKWB 1TK8B 2B5XA 4BVXA 3GSSA 4NHZA 3N5OA 1RW1A 2H19A 1NHYA 1SL2B 2DJKA 3U6VA 1X5DA 4MDCA 2HRNA 4D73A 1ZL9A 16GSA 3ISOA 2XHFA 3CMIA 3IAS2 5ECNB 3U5RE 4K0NA 2JADA 3I43A 1PA3A 1M9BA 3UVHA 4TW5A 2YP6A 4KCAA 1Z9HA 1KNGA 2EIQA 3TB2A 4KSMA 3QAWA 4N0VA 2E2MA 1BG5A 1GRXA 3KMNA 3GL3A 4WR5A 4EC0A 2R6KA 1K3OA 3IXRA 4MZWA 5AIXA 3HDCA 2X99A 2J23A 1V58A 1A0FA 1SJZA 2NPBA 3NZNA 4ISDA 1MEKA 1TOFA 4MH2A 2OE3A 3EMPA 1GTBA 3MNGA 1EZKA 4XRDA 1O6JA 3ZFLA 3ZTLA 5B6NA 2RUFA 2C4JA 5IMZA 4JBBA 3F4RA 3ZMLA 1WPIA 4DVCA 4POBA 3M9KA 4JR6A 3GUSA 3GHAA 2B6MA 2B1LA 3MDKA 3TJGA 3KP9A 5ECIB 4ML6A 2IIYA 2L6DA 3F4TA 4XS1A 1B8XA 2OADA 4V1Ap 4MF5A 3L4NA 4ECIA 1V40A 3D4MA 4K7OA 2CZ2A 2H8LA 4PXOA 3IE3A 2OA7A 2P5RA 2B3SA 1QUWA 5IM9A 1EP7A 1VF1A 2DLXA 1DBYA 1OE8A 4KNDA 5IOWA 2CX4A 3H93A 4F03A 3P8WA 9GSSA 1EOHA 4KB3A 2G0FA 1YQ1A 1WE0A 1Y25A 4GF0A 2CVDA 2FA4A 2VIMA 1J0FA 4EXJA 3GH9A 4NHWA 4ZL9A 2L4QA 3GKNA 3LORA 1F2EA 2C3QA 3D6IA 3IHQA 4WBRD 2HZFA 3EURA 1AXDA 1XBSA 3F3QA 3HVXA 3LXZA 4HOJA 2HE3A 5CRGA 1BYEA 1F9MA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#similar chains, but unknotted
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#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
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