5CYYA

Structure of the c-terminal domains of dipz from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
333
structure length
333
Chain Sequence
TGTEIREQLNLGGIVNAQNAQLSNCSDGAAQLESCGTAPDLKGITGWLNTPGNKPIDLKSLRGKVVLIDFWAYSCINCQRAIPHVVGWYQAYKDSGLAVIGVHTPEYAFEKVPGNVAKGAANLGISYPIALDNNYATWTNYRNRYWPAEYLIDATGTVRHIKFGEGDYNVTETLVRQLLNDAKPGVKLPQPSSTTTPDLTPRAALTPETYFGVGKVVNYGGGGAYDEGSAVFDYPPSLAANSFALRGRWALDYQGATSDGNDAAIKLNYHAKDVYIVVGGTGTLTVVRDGKPATLPISGPPTTHQVVAGYRLASETLEVRPSKGLQVFSFTYG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Membrane protein
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structure of the ectodomain of the electron transporter Rv2874 from Mycobacterium tuberculosis reveals a thioredoxin-like domain combined with a carbohydrate-binding module.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein DipZ
total genus 91
structure length 333
sequence length 333
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF17991 Thioredoxin_10 Thioredoxin like C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.260 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Galactose-binding domain-like 5cyyA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5cyyA01
2B7KA 4HJMA 1VF2A 2VLUA 3FR3A 2BERA 1Z3EA 17GSA 4DUVA 1XOAA 2VO4A 2MMNA 4BVXA 1PMTA 5F8BA 3LSZA 1A0RP 2RLIA 3OEAA 3H4KA 2W46A 4MPGA 2X99A 3WQBA 2YC4A 4K2DA 5IO0A 5KN0A 4PXOA 1UC7A 2B1KA 1TOFA 3FZ4A 3OGVA 2YP6A 2YFUA 1U3AA 3GN3A 5CZKA 5J41A 1W8OA 5F07A 3FZAA 2GT5A 4OYUA 3TCOA 5JWOB 1OH4A 3US3A 4OFMA 2K9FA 4V1Ag 1HYUA 4K9ZA 1YKAA 3Q74A 3W8SA 2OA7A 3KH9A 4UAPA 2AJQB 3CRUA 4XIHA 1GSSA 4FYBA 4K0NA 4RN5A 5ECKB 3I3DA 3L4NA 1FVKA 1XWCA 2L5LA 1VF1A 4NHWA 2QQKA 1F4AA 2WO1A 1PKWA 1U88A 4QL9A 4YAVA 1UXXX 3TJFA 4BK5A 1OYJA 2CZ2A 2LJRA 3T2OA 3FZ9A 1ERWA 5CRHA 2JL4A 4V2MA 1MEKA 3GURA 2VO5A 1ZL9A 4IQAA 2NVLA 1OF4A 1Z7RA 2WAAA 3TJGA 3FY7A 1SYRA 4Q5FA 3C7EA 4IUGA 3ECQA 4A41A 5FHIA 2ALBA 3NJXA 3I69A 4EXJA 3UBKA 1QQ2A 3WD6A 2LS6A 1K0MA 3ZMLA 2VZVA 3QAVA 2V5DA 3GM8A 5EIYB 3I2IA 4N30A 1UY3A 4CUBA 3CSHA 4M4RA 6GSVA 6GSUA 3KMNA 4ILFA 3D5JA 1X9SB 2EICA 4TOPA 4IP1A 3F3RA 5B4XA 2P5QA 3VWVA 2HT9A 3G7YA 3K4DA 4AF2A 1OE7A 5JCGA 2OBIA 4MF5A 2PMTA 3E3EA 1FHEA 1V58A 3HEIA 4EO3A 3UEMA 3TJJA 1IYHA 4ARXA 3CKHA 2EIOA 3GL5A 1P8JA 4ECBA 2MYGA 3HHVA 2JSZA 2NBSA 3P7XA 4XS4B 4DEQA 4HDEA 1OKTA 4ZB6A 2B5YA 4HUAA 4K7IA 3HJMA 1X5EA 3SBCA 4QX2A 2QKEA 3N9JA 2J1AA 2R6KA 3ACFA 3CTGA 2WO2A 1TVGA 3HJOA 3MUY1 3TUEA 3OR5A 3FL7A 5DPNA 4LKSA 1JZDA 2DBCA 2WB9A 5IIZA 3F2ZA 4JKMA 3DYRA 3TRQA 1TK8B 2VR4A 2P5RA 1JU4A 1TI3A 5IJRA 4I8BA 4W8JA 1GSDA 1TU8A 1U6TA 1CZTA 1AXDA 4X43A 5INYA 1VF3A 1WJKA 5DVBA 3LYKA 3KZQA 1A0FA 3IXRA 3L9VA 3Q19A 2WUHA 3WT1A 3LYPA 5CRWA 4E8EA 3A5WA 5CRGA 4BA7A 5EJZB 1UWWA 3TJBA 5E59A 4GQFA 1MTCA 5DDLA 5IMAA 1AIUA 1FG4A 2JU5A 2J9HA 1TP9A 3QAWA 4J2FA 3E9JB 2H74A 2NDOA 1W4VA 2R2JA 3QDNA 1AW9A 3RPNA 4KDUA 4I6XA 3LORA 2TIRA 2KUCA 3ACGA 5GZZB 5ABRA 5HR3A 3JCML 2RV9A 3TJKA 4YPJA 2CVKA 3OEBA 4MF7A 5G05L 4NWYA 3KMOA 3ZREA 4O5RA 2PVOC 3EE2A 3A2WA 5IM9A 2L4QA 4CUAA 2L9LA 1DE2A 5F05A 1DBYA 2VUPA 2CQ9A 1GTBA 4ACSA 3FR6A 3ISOA 2XOMA 2RUEA 4P00B 1HNBA 2PGTA 5CAXA 4TR1B 2KHPA 1CIYA 1KEXA 4NV2A 2YB7A 2QQJA 4QX0A 1O85A 1H75A 3HY2A 5D9WA 1TW9A 4G10A 3H1NA 3DYMA 2P0GA 4Q5NA 1XCCA 2X05A 2OBKA 1SK2A 3IBHA 2VCAA 3CSIA 3FK8A 4GF0A 4XRAA 2GVPA 2I9HA 4TR4A 2C0FA 1XNTA 1UY1A 2IL3A 5HQPA 5ID2B 3FW2A 1OAZA 3NNGA 2H6YA 3WNNA 2L5OA 2PPTA 4JHZA 2H66A 1AAZA 3HA9A 5EL8A 4MZBA 5EY6A 5F06A 2L57A 3GH6A 3UIWA 2DLXA 3NRUA 2FWFA 5ECSA 2MBSA 4MZCA 1Z9HA 2LV3A 1PN9A 3F4SA 5LD0A 4E8DA 4YQVA 3VD7A 1QGVA 2W1QA 1A23A 2GZZA 4BPYA 2E2MA 2VZSA 2W92A 6GSWA 4J56E 1YQ1A 1GULA 2FGXA 2C8UA 13GSA 4O92A 2M80A 2R5GA 3T0DA 1GTIA 2VMFA 4TR1A 4GSTA 5EJ1B 3I97A 4DEVA 4TN8A 4OFNA 2VMEA 4MGQA 4JU5A 4ZXGA 3H79A 2WN3A 3VD9A 3IK7A 3CZUA 2TRXA 2B5XA 3I2GA 4KSOA 3MAKA 3IC4A 4CU9A 3P8WA 4ULXA 1OC3A 4TR3A 5ID2A 2WFCA 1PSQA 1Z5YE 3LXTA 1WOUA 1THOA 2O89A 2QQMA 1ABAA 3GRXA 4G9HA 4JZQA 3G9BA 1TRUA 2IFQB 3LFLA 2J23A 2OACA 3BD2A 5IO2A 2W1WA 4MLYA 3M9JA 2VL4A 3IHQA 2LRTA 1EUUA 3IDVA 1J84A 1XPVA 3VDCA 2GTUA 1T4ZA 2LUSA 4BWSA 1R26A 5G04L 4D73B 3MNGA 2HYXA 1PD21 5GSSA 4TXWA 2FY6A 5B8BA 4WBRD 1O73A 2FA4A 1BAYA 5JXJA 2DJKA 2JZSA 4MJCA 3GHAA 4LMVA 2GSQA 2W9XA 1X0RA 1YJ6A 5DQSA 2BMXA 3ZIVA 1XFLA 1EUTA 4PQIA 2VIMA 4MK3A 1RQMA 2JACA 3VDBA 4FH8A 3KCMA 1XW5A 2WO3A 5AISA 3VPTA 2YV9A 5ECNB 4FI9A 1ZCPA 3CTFA 3EMXA 1ZYEA 2FWEA 1WWJA 3M3MA 2ON5A 5HFKA 1JLVA 3IA1A 3UMAA 1TK5B 3LEIA 3F63A 2IFQA 3GMFA 2VCBA 2DJJA 1GRXA 2F51A 1R7HA 2V72A 3CIHA 3EMPA 1K3LA 2LQQA 4ECIA 1VGLA 2YJ7A 4WKWA 1KTEA 1V9WA 1UZ0A 5IMDA 3CYNA 1J08A 1WRYA 4K7NA 3I2HA 1JYXA 1M9AA 3ZM8A 3GV1A 4ZL7A 1GSYA 4I97A 4IN0A 4JE1A 2MMAA 4D73A 5JCUA 1A24A 5B8AA 3KEBA 4PNFA 4XZUG 1US3A 10GSA 3KD0A 1E2YA 3IK9A 3LQ7A 4AJ6A 2I4AA 4A44A 3C7HA 2WZEA 1NW2A 2WS2A 4H86A 3D4TA 1F2EA 1GP1A 1K0DA 2C3QA 2HLEA 5ECPB 4TTGA 1B4PA 3DXBA 3VI7A 4ML1A 4K1FA 4UOJA 4YH2A 3GA4A 3I9V2 2GT6A 5D9XA 3QAGA 4OUEA 1Q98A 2H0HA 3LEGA 2H1DA 4QB1A 2N5BA 4A42A 4EDYA 1EEMA 2F8AA 2O7KA 5DQ0A 4TRXA 3CSJA 4PQ1A 3VWUA 3D3AA 1QFNA 5IOWA 4MADA 1GQPA 2Y6LA 4P02B 5F7UA 3D4MA 4HU9A 5IFPA 4DSRA 4JBBA 1THXA 2IJYA 3I3BA 1FAAA 3HN3A 4MH2A 3I3EA 2XBIA 4K6XA 1JYWA 1K3YA 5F0GA 5CYYA 1PQNA 5FUIA 1RYYA 3KTBA 4WBJA 1PX3A 3ED3A 4MP4A 2VL9A 1GLQA 2GSSA 3SKJE 4ML6A 3ERWA 3UAPA 4KDXA 1O8SA 2H0GA 3EC3A 2NPBA 1GSUA 3IDAA 3UESA 1XXUA 1XWAA 2H73A 5HFGA 3GSTA 1TRWA 2QC7A 3UETA 3Q18A 4RQXA 1LNSA 2R4VA 1H6XA 2CAQA 1DP0A 3HNBM 3FHAA 1XBSA 1F3AA 2VZ1A 3CZJA 3GXUA 1NHYA 3M0FA 3ACIA 4ZXEA 1B9XC 2OJLA 5DALB 2VC9A 1CX1A 4QL7A 2L6CA 2FD3A 1OKDA 1G0TA 1W9WA 3GSSA 3MDKA 3O6TA 2PN8A 4L0WA 2CA8A 4N0ZA 4NMUA 3TKQA 4LLRA 1ILOA 2C1YA 4DXSA 2OKAA 2W94A 1KBNA 4IJIA 1GLPA 4TXVA 1MDJA 3KP9A 2WZ9A 3VK9A 1XVWA 2EIBA 4HJ2A 2E26A 4PUAA 3D22A 2LJKA 3ZMKA 1I5GA 1C72A 1O8WA 1MPXA 4AG4A 1UXZA 2VZQA 5G1LA 4WF5A 4XURA 4PT6A 2H1BA 1XPWA 2K18A 2Y6JA 3DYPA 4PURA 2W3JA 1YZXA 2LEGA 2C0EA 3LXZA 2J1TA 5A5KA 2BTOT 1YEPA 4KUNA 3WNPA 3WNKA 1ACVA 6GSYA 2X10A 2VMCA 3ME8A 5DCGA 1UX7A 1UVZA 1K3OA 4BVYA 3K46A 4TR0A 4RI6A 2JZTA 5ECOB 2HXKA 5B4NA 3FHQA 4JRRA 5D96A 2W91A 4K0GA 5DALA 5G30A 3TKSC 5GAPD 5CRDA 3R2QA 4V1Ap 4A3ZA 3HZ8A 1ZMAA 5FT3A 3C71A 2XHNA 2HZEB 4ZBAA 4P5YA 1K45A 2VLTA 5HFIA 4EL1A 2CX4A 1JYVA 4QX3A 3WF4A 3DYOA 3KGKA 2VZOA 1A2LA 1K0CA 4GWIA 4UI9L 4DSQA 5LNKe 2DDUA 2R3XA 3IOSA 5DMYA 3BCKA 3RAZA 3MBWA 4HQSA 1BX9A 4FIWA 1EZKA 1JYNA 2W47A 1BEDA 2BJXA 4QX1A 3FR9A 2J1VA 1ML6A 5HR0A 1PMJX 5HR2A 1M7TA 3BBYA 3K4AA 5J3RA 3HD5A 2WCIA 2XQXA 4WR5A 2JSYA 2H1GA 2YNXA 2LKUA 4F82A 5DJMA 5D9VA 3H93A 4KX4A 2HZEA 2GSTA 4KCAA 3C7GA 4LQRA 2K8SA 3TGZA 4HZ2A 2GQLA 2LQOA 3DIEA 3IRAA 3T0BA 1EP8A 3SEPA 2X8GA 1SL2B 2C26A 2E33A 1GOHA 2IN3A 1J9BA 4YAPA 2V41A 3PGTA 3EYTA 2HE3A 5ELGA 2L4CA 4PUFC 4BWQA 2CV4A 2W5FA 3VD4A 4WEYA 4AAXA 1T2XA 1I9DA 3EB7A 2WZ8A 2VL3A 1UN2A 2PWJA 5IOXA 5IPGA 4HZ4A 4POLA 2H30A 4O7HA 4AGSA 3QFAC 3J7Yb 4P3YB 2BGOA 2A4VA 4A4AA 3C1SA 2H70A 4K8MA 5ECHB 2N5AA 2VZ3A 3FN9A 3A22A 5CP1A 1R64A 2VAFA 2WAOA 3C8XA 2LNSA 3HNYM 2G0FA 9GSSA 5HXMA 4M4PA 5LCZA 2B6MA 1MDIA 3C7OA 2JADA 1FW1A 1M2AA 1CQGA 4X0XA 1XWKA 1WPIA 3IAQA 2HRNA 4XVHA 3EINA 4L0UA 1MDKA 2I1UA 3ERGA 3CRTA 4EDZA 1SD9A 2O8VB 4BJ0A 3F3QA 2XC2A 3GGLA 3OG2A 2H19A 1JZRA 1F9MA 5D9TA 3IAM2 3LJRA 1XW6A 3HCZA 2VL2C 2XBQA 2CAIA 5C7GA 2YOIA 3BJ5A 2MMZA 1GSEA 2EIDA 2MBTA 1T00A 4F0BA 4FO5A 3ZTLA 2C4JA 1EV4A 2LJAA 1L7RA 5DAKB 8GSSA 4KH7A 2VD0A 4TKYA 1GUKA 2YWIA 4NPBA 2C4XA 4MJAA 5H5SA 2W87A 1SYXA 4DXRA 1GTUA 2LS5A 4E8HA 1UY2A 1O8PA 3CBUA 2VLVA 1TRVA 16GSA 3VWXA 1O59A 4IHUA 1UYYA 4O32A 2B1LA 4BL7A 2DIZA 4Z7XA 1Y6EA 4MCUA 3TKPA 1UY4A 1GUIA 3FZ5A 1GUMA 4L5LA 2VZTA 5D8IA 2C0DA 3VD5A 3PR8A 2R7EB 4AJ8A 5COHA 2W1UA 3I2JA 3GKMA 3G7IA 2C80A 1GTAA 2PQSA 3THCA 1GL8A 1BG5A 4IBPA 3C8EA 2V1MA 12GSA 1QK8A 2HNLA 1J83A 3GYKA 4RYDA 1F4HA 3UL3A 3K77A 4K7OA 2Z4FA 4OCFA 3TOUA 4I2TA 4KAEA 3VDAA 5G5EA 1OT5A 3K8NA 2IMFA 3K75B 3DVXA 2VCZA 2I81A 2VJXA 5I0DA 2DSAA 3RBTA 2OKXA 2PERA 2RUFA 3F6FA 3LPGA 3UOMA 2YC2A 5DAKA 2RM6A 1GNYA 2IMIA 2J1SA 1EWXA 2H8LA 2YN1A 4JR4A 1K3IA 5KN2A 4DSSB 1JHJA 2JZRA 1JLWA 1EOGA 1S3DA 3WNLA 1O7UA 5G2ZA 3U5RE 4ZZ5A 4LPLA 1EEJA 2CT6A 2WDUA 4TVEA 5CNWA 2JE8A 1DYOA 2VCXA 4XS6A 3ZIJA 3GX0A 2O87A 2OADA 1SJIA 4KCEA 1W8NA 1GU3A 1TK0B 4PGTA 2EIQA 3UARA 2F9SA 1UYXA 4QB2A 1K0OA 1M0UA 1UA5A 3I2KA 1M2DA 5ECRB 18GSA 2CVBA 3IV4A 2AYTA 1TDIA 4RI7A 4X1UA 3LE0A 1M9BA 3DWVA 2HRFA 1HQOA 1TU7A 14GSA 3VLNA 3F8UA 1ZYQB 3GNJA 1NAEA 2DMLA 4GLTA 5G5FA 1WMJA 1USBA 1S3AA 3F4TA 3LPFA 3O76A 3L0HA 2HSYA 2E0QA 1PL2A 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1JZ7A 2HZFA 1YY7A 4WF4A 3UVTA 3BGAA 2YWMA 5DQYA 5KEJA 2DCJA 3C7FA 3NJVA 4GQCA 3VI5A 4KB3A 4Z2AA 2TRCP 1ULOA 3ZYWA 2NTOA 4ZBDA 4YQUA 2LRNA 2OE1A 2C9KA 4KI5M 1A2MA 4HS1A 2XHFA 4MGSA 3MUZ1 3CDZB 3T0AA 1XZOA 1JZ2A 3EU4A 3A2VA 3TB2A 2CVDA 4DUXA 4DEJA 5JXHA 3ZRDA 2ZEYA 1V98A 1O8XA 1EV9A 2A2SA 5J9BA 2X64A 3O3TA 3ERFA 3E0UA 3S9FA 1DSBA 2MMOA 3WF1A 4E8CA 1Z7PA 3LG6A 4EC0A 2VD1A 1HD2A 1K0AA 3APQA 3RPPA 4ZBBA 4ZB9A 4XS1A 1NHOA 2ID4A 2FNOA 1R5PA 3N5OA 4WR4A 4LMWA 2DJ0A 1FB6A 1PX6A 3OBAA 4BK4A 2WYSA 2WDBA 3WGXA 3HJRA 2GZYA 4CVUA 1NSWA 11GSA 4NAXA 3KIJA 3ZFBA 3HDCA 3D6IA 5C70A 1ULPA 4MO3M 3W8JA 4AJ7A 4POMA 4XTSA 4POBA 3SKVA 5KN1A 1FO5A 2Y64A 3QPMA 1SENA 1JZ4A 2J22A 4F03A 2VOTA 5IMVA 2JKXA 3TKRA 1OC8A 4XUQA 1SJZA 2XPEA 4IQ1A 2LTKA 5JWQB 4OO4A 2RVAA 4N10A 5JCWA 1B4QA 2H6XA 2R37A 4GSNA 1BHGA 5B6MA 1O6JA 2V4VA 2FLSA 2FHEA 3KP8A 5GSTA 2X09A 3QD9A 4OFTA 4I2UA 4CU8A 5CO3A 1D7PM 4ISDA 5IYYA 1PGTA 1S3CA 2VCTA 1URMA 19GSA 1YDKA 2EIRA 1TJDA 4LL1B 4LHSA 1SU9A 3ME7A 4D8MA 1QXHA 4MABA 2WRTA 4L8EA 1HNCA 3GX8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3GKM A;  1W0P A;  3SMH A;  4XTP A;  4IBP A;  1QK8 A;  5A80 A;  4LLO A;  1F4H A;  3E6B A;  3K77 A;  4K7O A;  4OCF A;  4CDX B;  3M3Q A;  1ASJ 2;  4I2T A;  5G5E A;  1AR6 1;  1LOF C;  5I0D A;  4NIA A;  5E6H A;  5KXB A;  2RUF A;  3F6F A;  1H9W A;  1RUG 3;  2YC2 A;  1GNY A;  1GBG A;  2XBO 2;  2H8L A;  1EWX A;  1ZBA 2;  2YBK A;  4DSS B;  1JHJ A;  1DGW A;  2JZR A;  1RVF 3;  4LBQ D;  1EOG A;  3IDB B;  3U5R E;  3ZYH A;  3D4K A;  3MYX A;  1EEJ A;  3VBR C;  1W90 A;  2HKX A;  3HVD A;  2R49 A;  3VB9 A;  2VCX A;  2OAD A;  4KCE A;  4ERO A;  5F5A A;  5IVV A;  4QB2 A;  4QX7 A;  1K0O A;  4YG0 A;  1UA5 A;  3I2K A;  1M2D A;  4Q4Y 3;  2AYT A;  1O4Z A;  3BUC A;  3LE0 A;  3DWV A;  5CBL A;  1TU7 A;  14GS A;  4M0N A;  4QXC A;  4CDX A;  2IVJ A;  1QMJ A;  1NE6 A;  2DML A;  1B35 C;  5JSR A;  3POJ A;  2HSY A;  2QQU A;  4BIO A;  1M99 A;  2DTW A;  3R4S A;  1N8J A;  5FYS A;  3CMG A;  3WDV A;  3UNP A;  4DSS A;  1VBE 3;  4FPL A;  1KNG A;  3WEZ A;  2LW8 A;  4EN8 B;  1UU6 A;  2ET1 A;  2WWS A;  2Y6H A;  4GWR A;  3RMX A;  4IV3 B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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