3GKKA

Insights into the alkyl peroxide reduction activity of xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate/ligand complex structures
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
159
structure length
156
Chain Sequence
AMTDAVLELPAATFDLPLSLSGGTQTTLRAHAGHWLVIYFYPKDSTPGCTTEGLDFNALLPEFDKAGAKILGVSRDSVKNFCAKQGFAFPLVSDGDEALCRAFDVIKEKNMYGKQVLGIERSTFLLSPEGQVVQAWRKVKVAGHADAVLAALKAHA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Insights into the alkyl peroxide reduction pathway of Xanthomonas campestris bacterioferritin comigratory protein from the trapped intermediate-ligand complex structures
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Xanthomonas campestris pv. campestris
molecule keywords Bacterioferritin comigratory protein
total genus 44
structure length 156
sequence length 159
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2009-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3gkkA00
3A3TA 1HNBA 3LEFA 4IJIA 1O81A 3WGDA 2CVBA 1V57A 2HXKA 2VCXA 1T00A 1ZOFA 4KAEA 5IM9A 3CTFA 1SJIA 2FY6A 1WRYA 3TUEA 3KTBA 4MH2A 1O7UA 1X5EA 5ECOB 2O87A 1M9AA 3KD0A 2K8VA 1AXDA 1A8YA 1B4PA 3KJYA 7GSSA 3UBKA 4I2TA 3CSHA 2F51A 3GX8A 1NHYA 4ZL7A 3F63A 1YZXA 2MMOA 4KGIA 5IMFA 2TRXA 2JZSA 2R3XA 1JLVA 4RI6A 3HJPA 1WWJA 2G2QA 3GHAA 1UVZA 3C71A 3U5RE 1M99A 3F8UA 3D21A 4FYUA 2DC5A 1G6YA 1RW1A 4K7IA 2MMAA 3I43A 4WF5A 4ZILA 1OC8A 4YH2A 3ISOA 4KNDA 1AC1A 3GL3A 3J7Yk 2LNSA 6GSSA 4WXTA 3ZREA 3APQA 4K9ZA 1R7HA 2R37A 1M7TA 5HR3A 5DBQA 1O8XA 1TI3A 2FWFA 5KN2A 2GZZA 2LQQA 4MZBA 5J5NA 1A23A 4J56E 3P90A 1URMA 1XBSA 4L0WA 4XTSA 1JLWA 4HOJA 4IQ1A 5ELGA 4H86A 1SK0A 1Z3EA 3GTUA 3BJ5A 4EL1A 1RQMA 1ZGNA 5LCZA 2AAWA 5GAPD 5DJMA 4IVFA 1K0DA 2YV7A 4IHUA 2L4QA 1Q98A 1XFLA 3IDVA 3L4NA 2JZRA 2F3MA 4GLTA 1EGRA 3NZNA 1U6TA 4HJ2A 1ACVA 3M0FA 5EL8A 1ABAA 1EOGA 3GUSA 4Q5RA 4ZXGA 1SKSB 1DUGA 3IHQA 2AB6A 5A5KA 2HYXA 4K7NA 3MSZA 5HFIA 4KX4A 1TP9A 1YF0A 5J3RA 3VPQA 4TN8A 3ERGA 3TCOA 4POBA 4F2IA 4KSOA 4XS4A 3SBCA 3GRXA 3EE2A 2V6OA 1PQNA 3GA4A 3EINA 3MAKA 3IBHA 1V2AA 4F03A 1GTAA 4K2DA 2R2JA 2MBSA 5A4UA 4XS1A 4HEA2 4G10A 4PXOA 3IE3A 4X1UA 3L9UA 2HE3A 5DQSA 3VPTA 1QQ2A 1TJDA 1IYIA 3LSZA 5DALB 3CRUA 4O32A 2OE3A 2XBIA 3DWVA 5F07A 2PMTA 5B8AA 4I2UA 2YP6A 4JRRA 1I5GA 2BJXA 2GT6A 1NSWA 4MJAA 2DLXA 3VI7A 2PGTA 3UARA 3EURA 2VCWA 3FW2A 4MLYA 2DSAA 3KP8A 4EUYA 1KTEA 3VI5A 3WT2A 3TDGA 1OVNA 3LYPA 2DMLA 1O73A 3KTLA 4TXOA 2C0EA 3R2QA 1M9BA 1ERVA 5DJLA 2LRCA 3QFAC 2LKUA 2KLXA 2VD0A 5E59A 3F0IA 5GZZB 3WYWA 2CX3A 2H72A 3A2VA 1N8JA 4ECIA 2NVLA 1H75A 3AY8A 2R4VA 1A0RP 4OFMA 1E6BA 3FKFA 2VL2A 2H75A 3M1GA 3KZQA 3H79A 1DE2A 4OO5A 4BWQA 4GQFA 2DJ2A 1QK8A 3ZMKA 2GVPA 4GQCA 4ECBA 2ZNMA 5J9CA 4BL7A 5JCWA 1Q4JA 1YEXA 4YAVA 5KN3A 2QGVA 4GWRA 2K9FA 2Z9SA 2L5LA 5ECHB 4IBPA 16GSA 4PQHA 2ALBA 3HYPA 2B1LA 3K8NA 1FVJA 3DXBA 1K0OA 2LJAA 3GTUB 2GDRA 3D22A 2FUG2 1PX7A 5G5EA 3N5OA 2EC4A 1HNCA 3RPPA 3I69A 2IPAA 2OA7A 2K8SA 4I5QA 2ES7A 1TDIA 3UMAA 4NV5A 3VURA 1MDIA 4OCFA 1TU7A 1TOFA 2GSQA 5KEJA 4G9HA 1AW9A 5AN1A 2YANA 3GSSA 4OMVA 4K0NA 1OKTA 4V2LA 3BBYA 5HFGA 4DSQA 1XOAA 2X64A 3DRNA 5IPHA 2VCZA 2X8HA 3RPNA 3VK9A 3GKMA 3GH6A 2GTUA 1QGVA 3DD3A 4MJBA 1V40A 5KN0A 1GSUA 4G19A 4K1FA 2LRNA 4Q5FA 3IK7A 2VLUA 3HVVA 4GTUA 4RUVA 3TRXA 2O7KA 4XS4B 2C80A 3IRAA 2YZUA 1WIKA 4IKHA 2CVKA 4G2EA 4OCEA 5ECNB 2VO4A 4WKWA 4MA9A 1CQGA 2R5GA 1GRXA 1VF2A 3TKSA 4OD7A 5DDLA 2YCDA 4LL1B 3GKNA 4V2NA 4IGJA 2GGTA 2YWIA 5CREA 1PSQA 1G6WA 10GSA 1YDKA 3ZRDA 4ZL9A 2DMMA 1YKCA 3KH7A 3PH9A 3ZTLA 4V1Ap 4DVCA 1A2MA 4HZ2A 2FA8A 1EV9A 3LGCA 2ZUPA 2RUFA 2VAFA 4FH8A 2YWMA 1TTZA 3IAM2 1X9MB 4POKA 5D9WA 3APOA 5G30A 3UAPA 2GQLA 2RM6A 1DE1A 4O5RA 1LJRA 3GURA 2C0GA 3RHCA 2E7PA 2QSIA 2F8FA 4O92A 4TXOB 4LL4B 5ID2A 1B9YC 3EYTA 2IMKA 2XPDA 2K6VA 2J9HA 4EXJA 1TW9A 1Z6NA 2YZHA 2H30A 3QDNA 4LMVA 5F0GA 2CQ9A 3HCZA 4X0XA 5G2ZA 4IS0A 1GSYA 1SK2A 3OR5A 2OADA 4ECCA 5IO0A 6GSYA 1GTIA 2FA4A 5C00A 1WE0A 4Q5NA 4E8EA 3D5JA 2CAIA 5FT3A 1ERTA 1KEBA 3ZFLA 2IMIA 4K0GA 1GSEA 4GXZA 1ML6A 2RIIA 2PUKC 3O3TA 4MF7A 3RAZA 4NMUA 1O8WA 5FWGA 2MMZA 1XWBA 4CW9A 6GSWA 5B6MA 1XOBA 1GUHA 3CBUA 1NM3A 2P5RA 5DQYA 2WB9A 3J7Yb 4DSRA 1OE7A 3EU4A 1PGTA 1SYXA 5INYA 4I97A 5IIZA 4N0VA 1T3BA 2DJ3A 1TKDB 3D0ZA 1TI1A 2I1UA 3DVXA 3KGKA 1KNGA 2CX4A 2IMDA 3DIEA 2V41A 2H6YA 4DEJA 3IAS2 4TOPA 3LXTA 3P8WA 5EVOA 3G9BA 3VWUA 3CRTA 1H4OA 1XW6A 2MZCA 2OBKA 3GKXA 3LORA 3IXRA 1FB6A 2FWEA 2WCIA 3MDKA 4MJCA 3QAGA 3GKKA 2CV4A 4XRDA 2HSHA 3ZFBA 1OC3A 4MCUA 2A4VA 3RHBA 2HFDA 2LNTA 2FCHA 3A2WA 4PX1A 1X5DA 2H1DA 3G7IA 2GQMA 5HFKA 2KP2A 2M46A 5GSTA 2F9SA 4J57E 3WT1A 4HQSA 2AV4A 2K18A 3F9UA 2EIQA 5C04A 3FR9A 1FB0A 2MBTA 5D73A 5FHIA 1T7PB 1J08A 2LSTA 4IP1A 3KIJA 2V32A 3LG6A 4PQIA 4J2FA 5ECLB 4KW6A 1BEDA 1AUCA 4TKYA 1LBKA 3TKPA 9GSSA 4ZBBA 3O76A 3HZ8A 2P0GA 3JCML 5ECRB 3TB2A 3ZITA 2LJRA 4HS1A 1PN9A 2JSZA 2VM2A 2BTOT 4ULXA 3NOFA 2PPTA 3UBLA 4XRAA 2CVDA 4MF6A 4DSSA 4Q5QA 4YQUA 2I81A 3A2XA 2ON7A 4PURA 2YWNA 2GZYA 5ID2B 2H0GA 4KDYA 2H1BA 3BCKA 4IJ3A 3N9JA 1W89A 4JE1A 1GH2A 4WBRD 4GF0A 1OYJA 3UOMA 4EKZA 2B5EA 1V58A 5CAXA 1WMJA 2NBSA 4F9ZA 2KHPA 3W8JA 2VCVA 3QCPA 1UA5A 2BMXA 1XPVA 3F6DA 2AJQB 4TRXA 3I9V2 2HI7A 4JZQA 1XWKA 3Q74A 4MF5A 1PD21 2L59A 1X5CA 2VLTA 4NXIA 1A2LA 1T1VA 2XPEA 1MDKA 3UL3A 1M2AA 4N11A 3TJKA 1JHBA 1AIUA 3DEXA 2B6MA 18GSA 1U87A 1PL1A 5JWOB 4K8MA 3C8EA 3IK9A 4V2MA 1JFUA 3DKSA 2TIRA 5D9XA 2XC2A 12GSA 1SK1A 3PR8A 2YJ7A 3TOUA 1XVWA 3E3EA 1SL1B 3VWWA 3FZ5A 4AJ8A 4GRFA 1QXHA 2QKEA 5G1KA 1TXXA 3EWLA 1SD8A 5G1LA 1UC7A 2PU9C 3GH9A 1YF1A 1GWCA 3V1WA 1EEJA 3HVSA 1QUWA 4MABA 3PINA 2LUSA 1A24A 2C3NA 3UIWA 2FLSA 3QOUA 5ECIB 3ZL5A 1EP8A 4WF4A 5CYYA 2C3TA 3HJMA 2VL2C 2VL9A 4POLA 5L71A 3FK8A 4V1Ag 5JWRB 1AQWA 5IMDA 3DMLA 1TRWA 4JEDA 5ECQB 5D9VA 2VM1A 4KUNA 5ABRA 1USBA 2PWJA 3GSTA 5F05A 3ME8A 3VWVA 1ZZYA 2L57A 2IJYA 3QFBC 1K3LA 3HHVA 1UN2A 4NAXA 3VFIA 3GNJA 5IMCA 2QC7A 3W8SA 2RLIA 4NPBA 2JU5A 1ON4A 1BG5A 2GQKA 4EVMA 4ML6A 4NHWA 4KSMA 3CXGA 5IO2A 3TRPA 4OFTA 5AISA 2HT9A 4GCIA 3L78A 1GTUA 1ERWA 5D8IA 5HR1A 1XWAA 2YN1A 1VGLA 1FO5A 4FIWA 3MWHA 3GIXA 5IMZA 2WGRA 3FYGA 1GNWA 5JCGA 1OKDA 1HNAA 2O85A 3GFKA 4OFNA 6GSTA 4IN0A 1X9WB 4DSSB 2LQOA 6GSUA 4JR4A 1K3OA 3US3A 1JZRA 1X0RA 3DVWA 4HU9A 3TGZA 5AIXA 1K0MA 14GSA 4ID0A 3BCIA 3W6GA 4KA0A 2KUCA 3E0UA 1S3AA 3TKRA 1FHEA 2O89A 1I9DA 2CZ2A 1ZMAA 3IC4A 4MZWA 1BX9A 4N10A 4O7HA 4MDCA 1GNEA 3EVIA 4KCEA 3CSIA 2PERA 2O8VB 1ZYQB 3HD5A 5D9TA 4TR0A 3FR3A 4N0ZA 1A0FA 4HI7A 4AJ7A 5AIVA 4EDYA 2VD1A 4TXVA 3ZIJA 3LXZA 4IW9A 1SJ6A 3UVHA 1B9XC 2HZEA 1NW2A 2C3QA 4MP4A 3DGQA 3TKSC 1XWCA 11GSA 2PVOC 1SL0B 5JWQB 2TRCP 5J4UA 3I6AA 4PNFA 3FZ4A 5A4WA 2E2MA 4ZBDA 1GTBA 4PUFC 1XXUA 2H6XA 3TRQA 3IR4A 3LYKA 2HRFA 1YY7A 5CO3A 4MJEA 3QAVA 4PGTA 2N5FA 1G7EA 3ME7A 5IQYA 1OC9A 2LS5A 2WDUA 1PL2A 2H01A 2DJ1A 3F3RA 1JZWA 2ON5A 2H0IA 3UEMA 2WULA 13GSA 2LV3A 1XZOA 6GSVA 4LLRA 3ZLPA 4FYBA 1MD4A 2OJLA 2FWHA 5EY6A 3L9VA 1S3DA 3GN3A 17GSA 1F2EA 2G0FA 4LMWA 2V2GA 1F9MA 3H1NA 2DIZA 3U6VA 4F82A 1YEPA 1BQ7A 3Q6OA 2P31A 2B7JA 3HVXA 1N2AA 4YQMA 2PVQA 8GSSA 1HYUA 2OKAA 2L6DA 2C0FA 4CDOA 1YQ1A 1SKRB 2H19A 2B5XA 5H5QA 3F6FA 2GSSA 4IELA 1FW1A 1NHOA 2IWTA 1TRSA 3EMPA 3G7YA 3S9FA 2IMFA 4ZIJA 3C1SA 4BA7A 2H70A 1PMTA 5F8BA 2VLVA 1GSDA 2B7KA 20GSA 1Z9HA 3ED3A 4AF2A 1GP1A 1SKWB 4WR5A 4JR6A 4HZ4A 3O6TA 1WOUA 1BYEA 4MK3A 3ERWA 3KMOA 2YPMA 5EPFA 2A2RA 3FR6A 1KBNA 3HY2A 2NTOA 2H8LA 3HJOA 3F4SA 1YKAA 2YNXA 5KN1A 3TJJA 4EDZA 1A8LA 4Z7XA 2DJKA 2REMA 4TR1B 3BD2A 6GSXA 1AQVA 3KMNA 5ECPB 1FAAA 2VCQA 4FO5A 4GSNA 5ECSA 1G0TA 1O6JA 4NWYA 4OWYA 2VIMA 4KH7A 1B4QA 2L5OA 5ECKB 3WGXA 4YAPA 3TKSE 4ECJA 2DBCA 2HNLA 2OE0A 5DCGA 3WGEA 3C73A 1DBYA 2IN3A 3LJRA 2IL3A 5LNKe 1TK0B 3CMIA 3BOAA 2GS3A 3TOTA 3ZIVA 2HSYA 2JSYA 2B1KA 2GLRA 4BVXA 5D96A 4KE3A 2H6ZA 2GZPA 1TK8B 2J23A 2LJKA 5DCHA 5B7CA 3M3MA 4POMA 1F3BA 2YWOA 2WFCA 4E8HA 2IMEA 4IP6A 3HXSA 5J9BA 4KB3A 3UVTA 5GSSA 1WP0A 2I4AA 3GL5A 1S3CA 2FWGA 5AGYA 4EF0A 19GSA 4BPYA 3IOSA 2C4JA 1O85A 2H66A 1Y25A 2HZEB 1EEMA 1XW5A 4NHZA 3Q19A 4PQ1A 1HD2A 1IYHA 4OO4A 3L9SA 1M2DA 1THOA 1R26A 5HR0A 5IPGA 2JADA 4HUAA 4QQ7A 3F3QA 3EMXA 3HDCA 2M80A 5IOWA 1PX6A 3F4RA 1PA3A 2AUVA 5ECMB 2H76A 1MD3A 1G7OA 1OC9B 2PN8A 3CYNA 1TK5B 1R5PA 1U88A 1SYRA 4L5OA 2CAQA 1GL8A 5H5SA 4K6XA 5DAKA 2H0HA 2L6CA 2DIYA 4EE0A 1W4VA 3QR6A 2ZCTA 3RDWA 2X8GA 4F0BA 3Q18A 2C0DA 4XHMA 4ACSA 1BAYA 1EWXA 1GSSA 1Z7RA 3KXOA 2P5QA 1ERUA 2IFQA 4L0UA 2WZ9A 2E0QA 5CRHA 4WEYA 1T8EB 1VRSD 4TVEA 4ILFA 3RBTA 4EO3A 2KOKA 1GLPA 4XCSA 2C1YA 5GAND 1QMVA 3DYRA 1GSFA 4JU5A 3FHKA 1BJXA 1K0NA 2WRTA 2KP1A 2VCTA 1LU4A 3EC3A 1C72A 1GUMA 4YQVA 1VF3A 4CHSA 2VUPA 1J0FA 1PRXA 2M72A 3HA9A 2YJHA 1X9SB 2XHFA 2H71A 1Z6MA 1J9BA 3H4KA 2A2SA 3WD6A 3GMFA 4ML1A 1GSQA 1ZYEA 1PKWA 5CNWA 4XIHA 5B6NA 1ZL9A 5LD0A 1WPIA 4NV2A 4HJMA 1V9WA 1OE8A 3QPMA 1MEKA 5G5FA 4HQZA 4MMMA 1K3YA 1K0CA 5CRGA 4RQRA 3D6IA 2LEGA 3TJFA 3TKQA 3D4MA 2OE1A 2WS2A 1SENA 1MTCA 1TU8A 3M9KA 2HLSA 2CZ3A 3ZZXA 1THXA 2DJJA 2H73A 4PUAA 5CP1A 4F0CA 3TJGA 3GYKA 4D73A 4EC0A 4ZB8A 2AHEA 2MMNA 1EGOA 5D93A 2H1AA 3LWAA 4GSSA 3KCMA 4I6XA 2GT5A 3M8NA 4N30A 5IMAA 3HZ4A 2HZFA 5IMVA 3QAWA 2OACA 2RUEA 2X99A 2FGXA 4PNGA 3A5WA 2V1MA 5CRWA 5HR2A 1XVQA 2YV9A 4BWSA 5DVBA 2LRTA 4TR1A 1QFNA 1JZDA 3CTGA 1B8XA 1AQXA 1B48A 1U3AA 3TJBA 2H1GA 5E4WA 4ZB6A 4ZBAA 4TW5A 2VOCA 3G7JA 1K0AA 1ZCPA 4RI7A 4WBJA 3IV4A 1SU9A 3APSA 3NIVA 5ENUA 4KDUA 3M9JA 4HU7A 4GSTA 2LTKA 4QL7A 3ZYWA 4AGSA 1GULA 3QD9A 1EV4A 1T4ZA 1XIYA 1RK4A 3FY7A 1T4YA 2JL4A 3L0HA 4L8EA 1F37A 2R6KA 1FVKA 1Z7PA 4MZCA 3LFLA 2L4CA 1ILOA 3ZVJD 5DAKB 4IQAA 4KDXA 2IIYA 4HDEA 3F4TA 1HQOA 4TR4A 2GSRA 2VL3A 2CT6A 2FHEA 2FNOA 2DJ0A 2WJUA 4FYCA 1FOVA 3H8QA 2NPBA 1Y6EA 5CRDA 1R4WA 3FZAA 3FEUA 2N5BA 1U3IA 1GUKA 3VWXA 2IFQB 4K7OA 5COHA 3KH9A 4XS6A 2YOIA 3P2AA 2XBQA 2GSTA 1Z5YE 3E9JB 5H5RA 1ST9A 3UJ1A 22GSA 1MDJA 3ERFA 1XWGA 3IPZA 1AAZA 3KM6A 3ZVJA 5J41A 3FRCA 1E2YA 4KCAA 2PBJA 3CSJA 1F3AA 4WETA 4ZB9A 2D2ZA 4MPFA 2N5AA 1EZKA 3MNGA 2OBIA 3IA1A 1XW9A 5F06A 5G31A 2RM5A 3ZMLA 2B3SA 1M2BA 2I9HA 3H93A 4ZL8A 4BVYA 5A4VA 5B8BA 1TRVA 3P7XA 2E2GA 2JZTA 1VF1A 5ELAA 2HRNA 4P3YB 4MH3A 3D4TA 4ISDA 2V6KA 4AJ6A 3FZ9A 1JZOA 3LQ7A 4I8BA 1V98A 1WJKA 3C1RA 3KEBA 1EOHA 1SL2B 3GV1A 4RQXA 2I3YA 3KP9A 1R5AA 1FG4A 1DSBA 3GX0A 1SD9A 4TR3A 1EP7A 3C7MA 1PKZA 1YJ6A 3HKRA 1M0UA 3EU3A 2MYGA 1XCCA 3PGTA 2JACA 4MPGA 1K0BA 5IOXA 4D73B 2EIRA 2H74A 2FD3A 4LA1A 1VF4A 1A2JA 2AYTA 2X8CA 2CA8A 1SJZA 4QL9A 5JCUA 2NDOA 4L5LA 1GLQA 5DALA 1OAZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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