1OC9B

Tryparedoxin ii from c.fasciculata solved by mr
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
147
structure length
147
Chain Sequence
b'HMSGLKKFFPYSTNVLKGAAADIALPSLAGKTVFFYFSASWCPPCRAFTPQLIDFYKAHAEKKNFEVMLISWDESAEDFKDYYAKMPWLALPFEDRKGMEFLTTGFDVKSIPTLVGVEADSGNIITTQARTMVVKDPEAKDFPWPNV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tryparedoxins from Crithidia Fasciculata and Trypanosoma Brucei: Photoreduction of the Redox Disulfide Using Synchrotron Radiation and Evidence for a Conformational Switch Implicated in Function
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPAREDOXIN II
source organism Crithidia fasciculata
molecule tags Electron transport
total genus 41
structure length 147
sequence length 147
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF13905 Thioredoxin_8 Thioredoxin-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1oc9B00
1LBKA 5G5EA 1NHYA 3TKQA 1N2AA 2FCHA 1Y25A 3HDCA 5ID2A 4MPGA 1OKTA 1BX9A 1OC9B 2YWOA 3H79A 4OMVA 5B6MA 4L5LA 3APSA 1K0DA 2CVDA 3NIVA 3DIEA 2GTUA 4PXOA 2HYXA 10GSA 4PQHA 2CAQA 3P7XA 5CP1A 2CA8A 1HD2A 3VK9A 2L6DA 4TXOA 2IMIA 2MMOA 1SENA 4Q5RA 3TKPA 2P5RA 3C1SA 1V40A 14GSA 3L9VA 1YKAA 4LL4B 1ERTA 4TXVA 1BQ7A 5CYYA 1YEPA 2DJ0A 2CZ2A 1GSFA 4DSSA 1Q4JA 3KD0A 4EL1A 1U6TA 5FT3A 1XW6A 1EEJA 4CW9A 2MMNA 5DALA 4OCEA 5J4UA 5C00A 3FRCA 2K6VA 3O76A 3DRNA 3KEBA 3IV4A 4I97A 1GRXA 3ISOA 4BL7A 4RI6A 3EU4A 3Q18A 1PN9A 3HA9A 3TOTA 3EYTA 2N5BA 1O85A 1RQMA 2VCVA 1O81A 4K8MA 3HZ4A 1XFLA 3HVSA 3GTUB 5COHA 2ES7A 2OA7A 3O6TA 2GGTA 4DVCA 3ZIVA 4YQVA 5KN3A 1YKCA 3PGTA 2HSHA 3APOA 1SYRA 1GUMA 2DIZA 3KTBA 2DJ2A 3IK9A 1XWBA 3BCIA 20GSA 1M2AA 4EDZA 1T3BA 18GSA 3US3A 1GTAA 3RPNA 4JE1A 5CO3A 3LXZA 1QUWA 2B3SA 2GLRA 2VLVA 1NSWA 2HFDA 4RUVA 4WF5A 1VRSD 4ILFA 1GH2A 2DJ3A 2GSSA 2OADA 2FD3A 1TU7A 3IC4A 2G0FA 1B9XC 4NWYA 2L59A 5GSTA 3FHKA 4QL7A 2B6MA 5HFGA 2O87A 2AYTA 2CAIA 3UEMA 3IE3A 3QOUA 4K2DA 1B4QA 4I6XA 4JRRA 2ZNMA 3KH7A 3DKSA 3QR6A 1U3AA 1T00A 1IYHA 4KCAA 4MF6A 3F4RA 1FVKA 4FO5A 1VGLA 3BBYA 1A8YA 2H72A 1X9SB 1T7PB 1SJZA 1EZKA 4KB3A 5GAND 5D9XA 3K8NA 3I43A 2YWNA 3ZMLA 3FR9A 1R7HA 4O32A 2PU9C 2X8HA 2QSIA 2WB9A 3D21A 2H1BA 3RBTA 1TI1A 4V2MA 4PUAA 4KH7A 1G6WA 2K9FA 5LCZA 1A0RP 3ZMKA 4JEDA 3LORA 1SD8A 4O92A 1JHBA 5D96A 1YF1A 3UVHA 1A2LA 3BJ5A 4TKYA 1YF0A 1PA3A 2GSTA 4K1FA 1QMVA 1CQHA 3WGDA 3GN3A 2L5OA 5HR2A 2VOCA 4GCIA 3IHQA 4ZL8A 2YZUA 2PERA 4KUNA 4MJCA 4IW9A 1QFNA 3F3QA 4LA1A 2H1GA 2B7KA 5HQPA 5E4WA 3KIJA 5DDLA 2H0IA 4OFNA 5H5RA 2R4VA 4NHZA 4NPBA 4ECCA 2CV4A 3FZ9A 4OO5A 1GNEA 3V1WA 3FZ4A 1DE1A 1MD3A 4IP6A 5ECSA 1A2JA 1LU4A 1S3CA 4JR4A 4GF0A 3W8SA 4X43A 1SKRB 1KEBA 4QL9A 2DBCA 3KGKA 2YV9A 2KHPA 1Y6EA 2VM2A 2L6CA 2MBTA 3KCMA 1V58A 3LJRA 2AHEA 1PSQA 4EXJA 5B8BA 1VF4A 1F9MA 5DVBA 2KUCA 1A24A 2IJYA 1PL2A 3M0FA 5J9CA 3WT1A 3BD2A 1OC3A 1TRVA 3ME8A 3M8NA 1X5CA 3PR8A 1O7UA 1F3AA 1UC7A 3GX8A 2LRCA 2H6XA 4RQXA 1TRSA 2HNLA 2VCWA 2A2RA 3EU3A 4HDEA 3SBCA 1GLQA 3F4TA 2NTOA 3LFLA 4TR1B 1ACVA 1BEDA 1OE7A 1THOA 2YP6A 2NBSA 4BWSA 4ML1A 3UARA 2PMTA 1EGOA 2FUG2 4ID0A 1OC8A 3GURA 4MK3A 2YANA 4K7IA 1GWCA 1A23A 4HOJA 3KXOA 5DCGA 4G9HA 4IN0A 1FB6A 3QDNA 2WDUA 2I1UA 3IA1A 1ERUA 4NV5A 4IQ1A 4OCFA 3U6VA 3RHCA 2B7JA 2LRNA 2A2SA 2TRCP 1OC9A 5IIZA 3QPMA 3DEXA 5DCHA 3KMNA 3IRAA 3A2WA 2MZCA 2RUEA 3HYPA 3L4NA 4EUYA 3H93A 16GSA 1R5AA 1USBA 4AGSA 2OBIA 4JBBA 3AY8A 1AC1A 3I6AA 2DC5A 1X5DA 4IJ3A 9GSSA 1GUHA 6GSWA 5A4UA 2DMMA 3LQ7A 2C8UA 3S9FA 4TN8A 1KNGA 1GSSA 2CZ3A 2FNOA 3IK7A 1A8LA 5IOWA 4KDXA 1GNWA 1K3YA 2DMLA 3LWAA 3LSZA 2VCTA 4HU7A 1ON4A 4WR5A 4ZBBA 5LD0A 1XW5A 4XS6A 1GTUA 3VWUA 1A2MA 2DIYA 4ZB9A 2PBJA 2YV7A 2TRXA 1PRXA 4J57E 4N11A 4OWYA 1F2EA 3QAWA 3FY7A 3CMIA 1XWGA 1K0MA 2HI7A 2YN1A 2PVOC 3TOUA 3JCML 1WP0A 3KZQA 2HZFA 2IMFA 5D8IA 1G7OA 3KP8A 3GTUA 4WEYA 4ZBDA 3EURA 4YQMA 2IL3A 3TKSE 1M2BA 4BVYA 5G2ZA 2HZEB 3CBUA 4PNFA 3TCOA 2O8VB 2AJQB 3TUEA 2WS2A 13GSA 2B5YA 1YZXA 1XWCA 2GDRA 5CAXA 3GH6A 2DJ1A 3CSHA 3N5OA 1ZYQB 1HNCA 5GAPD 4J2FA 4LMVA 3M3MA 2AB6A 3HVVA 2E2MA 2IN3A 2LNTA 1GL8A 3I69A 1MDJA 2C0DA 3GL3A 2RUFA 3MDKA 1THXA 2LJAA 3H4KA 5D9VA 2HT9A 2LRTA 4HQSA 1PQNA 2YNXA 1B9YC 1U88A 5ABRA 2EIRA 2K18A 3BOAA 1FW1A 2O89A 5HFIA 3DVWA 4K0GA 1XVQA 2YWMA 1GUKA 5CRHA 4ECJA 4EKZA 1UA5A 1GSYA 1ZL9A 5G1KA 3VWWA 3C73A 1WMJA 3TJBA 3D5JA 2MMZA 5D93A 1DE2A 3F3RA 5IMAA 2KP1A 1ERWA 6GSTA 5JCGA 5HR0A 2IPAA 1NM3A 2JZRA 2R2JA 3ZLPA 3TRPA 4KE3A 2VCZA 4RI7A 2AV4A 3UMAA 4HUAA 2PPTA 1FAAA 4MH3A 4ZL9A 1SD9A 1ZGNA 5G30A 1GSQA 2VAFA 2V6KA 3A2VA 5IPHA 1F6MC 1M9AA 3IPZA 2B1KA 1VF1A 3CRTA 1T4ZA 4KDUA 3UOMA 2NPBA 1ZOFA 3TJKA 1FO5A 4MA9A 6GSXA 4KAEA 1ZMAA 3FR6A 1XWAA 2FWHA 2EC4A 2RIIA 3ZITA 2V2GA 1TW9A 4XS4B 1R5PA 1PMTA 2R6KA 1E6BA 2VM1A 2FA4A 5IMDA 1GSUA 2EIQA 3ZVJD 1B4PA 5G5FA 5GZZB 5EY6A 2X99A 2GZYA 3KJYA 2K8SA 1GLPA 1XXUA 4GTUA 5ECOB 2V41A 2AUVA 1YJ6A 2OE0A 3HXSA 2L4QA 3CTFA 3GRXA 3BCKA 5KN2A 3GIXA 1ZCPA 1R4WA 4N0VA 1Z3EA 3GNJA 1H75A 2LS5A 4GQFA 2IMDA 4KA0A 4XRDA 5A5KA 2VO4A 4V1Ag 3GFKA 3H1NA 2I3YA 4QQ7A 2BMXA 3HHVA 2J9HA 1ST9A 2VCXA 3QFBC 2H70A 2YCDA 3H8QA 1FOVA 4TR1A 3EINA 1EP8A 1SL2B 2JZSA 2N5AA 2ZCTA 4L0WA 3F4SA 2GZZA 4I8BA 1TRUA 5EPFA 3ERGA 2GT5A 2VUPA 3R2QA 2FHEA 2P5QA 4RQRA 3J7Yb 3GKXA 2XC2A 1ERVA 4IQAA 6GSSA 3GV1A 2P31A 4WETA 3QD9A 1WWJA 2H0GA 1LJRA 4PUFC 2LQOA 3FK8A 1O73A 4JZQA 3LGCA 2OE1A 3VWVA 1FVJA 3GL5A 1GULA 2LTKA 3MWHA 5KN1A 5DJMA 4NV2A 1Z6NA 5DAKB 1DUGA 2Z9SA 4LLRA 1F37A 5ECKB 4G10A 1PGTA 1O8WA 4PURA 2OE3A 17GSA 3IAM2 4MZCA 4ECIA 3MNGA 2KOKA 2XBIA 2VIMA 2YWIA 4F0CA 3IDVA 4ZBAA 4GWRA 2OACA 1AQWA 2M80A 1AAZA 1SJIA 3P8WA 2H6ZA 3VPTA 1TOFA 4ISDA 2C3QA 5ECRB 2PVQA 3MSZA 3UAPA 3C1RA 1M7TA 1Z9HA 2L57A 2R37A 3DGQA 4FYBA 1FG4A 2EIOA 2KLXA 3FYGA 3UL3A 4V1Ap 3D6IA 5DBQA 3ZYWA 1BYEA 1HNAA 1OKDA 4D73B 4TRXA 4L0UA 1J0FA 4K7OA 3EVIA 2IIYA 2D2ZA 2MBSA 5EVOA 1JLWA 1OVNA 4POBA 1EOHA 1W4VA 2QGVA 1GP1A 1R26A 5B7CA 2HZEA 1HYUA 1UVZA 4JU5A 1PX6A 7GSSA 3OR5A 3VLNA 3TKSC 2WRTA 3KTLA 2NVLA 4ZB6A 4ULXA 2F51A 4PX1A 1SYXA 2H1DA 5J3RA 5ENUA 5AGYA 3O3TA 2VL2C 2LJKA 4LL1B 2GT6A 4PNGA 4G19A 3FEUA 3UJ1A 1X9MB 4PGTA 1T4YA 1JFUA 2GZPA 1AUCA 3L9SA 22GSA 4YAPA 4J56E 1BAYA 1FHEA 4ZL7A 1C72A 4HU9A 5E59A 5G1LA 4IELA 5ELGA 1MDKA 2H71A 4XS1A 4MJEA 3G9BA 4Q5NA 2LEGA 3FR3A 1BG5A 1GTIA 4XHMA 5EL8A 4LMWA 3W6GA 2KP2A 4GQCA 4GRFA 2P0GA 4OD7A 4F82A 4BA7A 2LKUA 1X9WB 2REMA 5IO2A 1K3OA 4NXIA 1QGVA 1X0RA 2ON7A 4XIHA 2I4AA 5ECQB 4CDOA 6GSUA 4N30A 4P3YB 4HEA2 5F8BA 1WRYA 2YOIA 4KDYA 2F9SA 2RM6A 3E3EA 4XTSA 1YY7A 4ZB8A 1XIYA 3CRUA 3UBKA 1GTBA 2VD0A 5IPGA 2GSQA 4MDCA 3ZIJA 2FLSA 2DLXA 3EE2A 3CXGA 1V9WA 5JCWA 1PX7A 2XPDA 4OFTA 1JZOA 4ECBA 5IO0A 2BTOT 3KMOA 4XS4A 4AJ7A 1SL1B 4HS1A 4IP1A 1V2AA 1SKWB 1I9DA 4PQ1A 1WOUA 4OO4A 5DJLA 4TW5A 3GKMA 1TK5B 3C7MA 3APQA 2VD1A 1VF2A 4WR4A 4NAXA 3G7YA 4F0BA 2FWGA 1JZWA 4XCSA 4NHWA 4WXTA 5ECLB 2HLSA 1K3LA 4TR3A 2V1MA 3WGXA 6GSYA 3E9JB 2IMEA 5AN1A 2ALBA 1O6JA 2FWEA 5KEJA 3GSSA 3PINA 3F6FA 2YPMA 3VI7A 3U5RE 1TDIA 1PKZA 4Q5QA 1HQOA 3C8EA 2PGTA 5CRWA 1RK4A 3NOFA 2TIRA 2M72A 1QXHA 3Q74A 1G0TA 3L0HA 1J9BA 4EVMA 3HJOA 4OFMA 3LG6A 4MF5A 4GXZA 1M9BA 2CVKA 3IXRA 3QFAC 2VLTA 2O7KA 2C1YA 1YEXA 5JWOB 1TU8A 2HRNA 2H01A 2VL3A 2IFQB 4HJMA 2I81A 3F6DA 1Z5YE 3A3TA 2E0QA 3QAVA 5JWRB 2DJKA 5FWGA 3LYKA 1EEMA 2LJRA 1URMA 1EGRA 3GHAA 2F8AA 2B1LA 4KGIA 3HJPA 4MP4A 3IAS2 3M1GA 3F63A 1PKWA 5J9BA 2MYGA 2YZHA 5DAKA 5HR3A 5H5SA 1AQXA 2CT6A 2K8VA 3ZVJA 2H74A 4AJ8A 3FZAA 1NHOA 4ZILA 1MDIA 1OAZA 2CX3A 4GLTA 4L5OA 1A0FA 3KH9A 2WULA 3GH9A 1SK0A 1U87A 4FYCA 2HRFA 2JSYA 4TR4A 3D0ZA 3EC3A 1FB0A 2OJLA 3TB2A 3GSTA 1N8JA 3HJMA 5GSSA 1PL1A 3TJGA 5G31A 12GSA 4YH2A 2GSRA 2LV3A 3ZZXA 4D73A 2VCQA 4MJAA 2GQLA 2JACA 5D9WA 2E2GA 3GYKA 5A4VA 2C0FA 1XPVA 4POLA 3ZFBA 4N0ZA 3DVXA 3TRXA 3RAZA 3UBLA 5ECIB 3VPQA 5IMCA 2CVBA 2LSTA 1H4OA 2C3TA 2LNSA 4MJBA 3TDGA 5IQYA 2DSAA 2YJ7A 3SWLA 2JZTA 5DQYA 1M2DA 1T8EB 1B48A 2PN8A 3WYWA 1XOAA 3ERWA 2BJXA 1M99A 4YQUA 3RDWA 1EP7A 4V2NA 2QC7A 5IMZA 1V57A 3RHBA 4WBJA 3IBHA 2H8LA 2RLIA 4MZWA 5ECPB 4DSRA 3TRQA 3LYPA 3HY2A 1AQVA 2O85A 3I9V2 3GMFA 1MD4A 5ELAA 2J23A 2C4JA 1K0NA 3L78A 5JCUA 4X1UA 2VLUA 2JADA 3DD3A 1SU9A 1ILOA 3CSJA 4K9ZA 2GQMA 1AIUA 3W8JA 2H76A 2ON5A 4L8EA 4IVFA 4IHUA 5D73A 3IR4A 4TR0A 4HZ2A 3RPPA 1I5GA 5INYA 1MEKA 2PUKC 1K0CA 2OKAA 2X8CA 3IOSA 3TJJA 5B6NA 1Z7PA 1KBNA 2X8GA 1GSEA 4GSNA 4MMMA 1TJDA 4WBRD 4E8HA 3F8UA 5ID2B 3F9UA 3GX0A 2GQKA 3Q19A 2H73A 5A4WA 1HNBA 4POKA 1UN2A 4Z7XA 2L5LA 3EMPA 2HE3A 4I5QA 4K0NA 4IKHA 5F0GA 4MLYA 2L4CA 4I2UA 4POMA 4F03A 3TJFA 1SKSB 3A5WA 4TXOB 3D4MA 4XRAA 4EC0A 2N5FA 3TKRA 4EF0A 2C3NA 2H6YA 5KN0A 1YQ1A 5CREA 3VFIA 2F8FA 3EMXA 2H30A 5LNKe 4AF2A 2YJHA 3DXBA 4DSQA 3J7Yk 1GSDA 4DSSB 1G7EA 1SJ6A 4O7HA 5F07A 1XWKA 3E0UA 3ZFLA 3GKKA 1W89A 2HXKA 5DALB 1JLVA 1X5EA 1K0BA 3VURA 1XCCA 3QMXA 4IGJA 4JR6A 4BPYA 4FIWA 4GSTA 2FY6A 2H19A 2G2QA 5IMVA 3G7JA 5CRGA 2LUSA 2C0EA 4FH8A 2MMAA 2C0GA 2IMKA 4MABA 2PWJA 2XPEA 4ZIJA 3ED3A 2ZUPA 1TK0B 1S3AA 1KTEA 4MCUA 1AXDA 4G2EA 1TK8B 4K7NA 2B5XA 3G7IA 3P2AA 4MPFA 1WE0A 4IJIA 3ZTLA 6GSVA 4TOPA 1TKDB 2GS3A 2XHFA 3A2XA 4E8EA 3N9JA 2FA8A 1NW2A 3QCPA 1XVWA 4HJ2A 3M9JA 3DMLA 5ECHB 3UIWA 1TTZA 1PD21 2B5EA 4F2IA 2JSZA 4KSMA 3CYNA 5IMFA 3TKSA 2DJJA 2C80A 1T1VA 1EWXA 3EWLA 1K0OA 4BWQA 1DBYA 1G6YA 3GA4A 2VL2A 3DWVA 1JZDA 2HSYA 2RM5A 1S3DA 2FWFA 1U3IA 3ERFA 4KCEA 1Q98A 2CX4A 3FW2A 1BJXA 1TI3A 4MZBA 4EO3A 2GVPA 8GSSA 4IBPA 1RW1A 1ZYEA 3DYRA 4EDYA 3WD6A 2IFQA 5HFKA 5HR1A 1SK2A 1O8XA 1OYJA 3ZREA 4K6XA 5J5NA 2WGRA 5AIVA 1EV9A 3TGZA 3MAKA 4KX4A 3HD5A 3C71A 3GKNA 2XBQA 4Q5FA 5F06A 1F3BA 3QAGA 5C04A 4BVXA 2R5GA 5FHIA 4KNDA 1ML6A 3M9KA 1QQ2A 4ZXGA 1XOBA 5B8AA 4FYUA 2WCIA 3F0IA 2JL4A 4H86A 1K0AA 4HI7A 3LEFA 1QK8A 3L9UA 2AAWA 2WFCA 2H66A 5F05A 4HQZA 1TP9A 4YAVA 1XZOA 1JZRA 4EE0A 4AJ6A 5IM9A 3ZRDA 3KM6A 4WF4A 2A4VA 1ZZYA 3GUSA 3WGEA 4N10A 1J08A 1TRWA 1WIKA 4MH2A 1OE8A 3P90A 1B8XA 5AIXA 2NDOA 3VI5A 11GSA 4V2LA 4GSSA 2LQQA 3Q6OA 2H0HA 2V32A 2H1AA 2WJUA 2E7PA 3PH9A 3FKFA 4PQIA 5CRDA 5L71A 3CSIA 3HCZA 3WT2A 3D4TA 3LXTA 4MF7A 3KP9A 19GSA 4CHSA 4ML6A 5D9TA 3VWXA 2FGXA 1Z6MA 1ABAA 4KSOA 2VL9A 5CNWA 5H5QA 1E2YA 2R3XA 1XBSA 3UVTA 2WZ9A 3HZ8A 4I2TA 2OBKA 3D22A 3ZL5A 5IOXA 2X64A 1CQGA 1EV4A 1YDKA 1AW9A 5AISA 5ECMB 3NZNA 5J41A 2F3MA 1MTCA 4HZ4A 1IYIA 1WPIA 4X0XA 2JU5A 1EOGA 2V6OA 2M46A 5DQSA 2CQ9A 4IS0A 2QKEA 3HKRA 1SL0B 4F9ZA 4KW6A 1XW9A 1TXXA 2I9HA 1Z7RA 1VF3A 1V98A 4ACSA 3CTGA 1M0UA 1DSBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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