4DSQA

Crystal structure of peroxiredoxin ahp1 from saccharomyces cerevisiae in oxidized form
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
174
structure length
174
Chain Sequence
DLVNKKFPAGDYKFQYIAISQSDADSESCKMPQTVEWSKLISENKKVIITGAPAAFSPTCTVSHIPGYINYLDELVKEKEVDQVIVVTVDNPFANQAWAKSLGVKDTTHIKFASDPGCAFTKSIGFELAVGDGVYWSGRWAMVVENGIVTYAAKETNPGTDVTVSSVESVLAHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Snapshots of Yeast Alkyl Hydroperoxide Reductase Ahp1 Peroxiredoxin Reveal a Novel Two-cysteine Mechanism of Electron Transfer to Eliminate Reactive Oxygen Species
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
molecule keywords Peroxiredoxin type-2
total genus 50
structure length 174
sequence length 174
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4dsqA00
1OC3A 1I9DA 4FYUA 2I1UA 4QL9A 2GSTA 4GSNA 1MEKA 3GMFA 3H1NA 2X8CA 1V40A 3ERGA 2GQKA 4OCFA 1EGRA 5D9TA 1Z6MA 2YP6A 1FVKA 4OO4A 4KAEA 2WRTA 5JCWA 1ERUA 4GWRA 2MBTA 1ZL9A 5COHA 5ECSA 4J57E 2N5BA 4ZXGA 4J2FA 3BBYA 3F4TA 3GA4A 2AAWA 4NPBA 1NM3A 1OVNA 3HJPA 4K7OA 4WEYA 4IHUA 3TCOA 4EUYA 1K0BA 1EOHA 3H79A 4G2EA 1A0RP 1PGTA 4GRFA 3GL3A 3JCML 2YJ7A 3TRPA 2JL4A 2NTOA 4HEA2 3ZRDA 2GVPA 5EPFA 2M46A 2R37A 2WB9A 5HR3A 3A3TA 1EGOA 3GHAA 3RHBA 3VPQA 1SD9A 3E3EA 5DBQA 2ON5A 1XCCA 3LG6A 2ALBA 4KCAA 1YF0A 3ZZXA 3D22A 2GS3A 4WBRD 1GTAA 5G1KA 2CVDA 5G31A 2DJ2A 2HT9A 2IL3A 3M8NA 4O5RA 1BAYA 2B1KA 3Q74A 2YPMA 3VFIA 4ECJA 2FY6A 3H93A 1TI1A 3IDVA 4V1Ag 2E0QA 5EY6A 4BPYA 3UAPA 1LU4A 2X64A 1T00A 4JZQA 1PKWA 3EU3A 4IGJA 1F3AA 3CSIA 2F8AA 3VI7A 2DJ0A 4K0NA 2TRXA 3WT1A 2RM5A 3Q6OA 1XWCA 1FVJA 3KXOA 4MF6A 4ACSA 1O7UA 4JR6A 4PNFA 5F8BA 2K6VA 1DUGA 4MF5A 4TR3A 1G6WA 3MDKA 3UIWA 4WXTA 4MZWA 5ELGA 3GH6A 5IOWA 1S3DA 2DJKA 1Z7PA 1TKDB 3DEXA 1QGVA 1JHBA 2LUSA 4NMUA 4WR5A 1T4ZA 3DGQA 3D21A 1V58A 4LMVA 2K18A 1Y6EA 4WF4A 1ZYEA 4FIWA 4J56E 2H6XA 4MJCA 1JZDA 2GQMA 1PMTA 3BCKA 2LEGA 3RHCA 2IJYA 1M0UA 4DSSB 3P90A 5AGYA 3A5WA 1X5DA 4WKWA 3VWWA 2LNSA 3Q18A 3ZLPA 3LORA 4V2LA 3MWHA 1ON4A 4HUAA 2FWGA 3KMOA 2EIRA 3W8JA 4OCEA 8GSSA 4JU5A 4V1Ap 1XWBA 5ECNB 2I81A 5IMFA 5FHIA 3TJGA 2YWIA 3M0FA 4D73A 5JCUA 2V6OA 2HNLA 1GTBA 3R2QA 3I9V2 2KLXA 5ECPB 1EOGA 2RIIA 2BMXA 5ECHB 4XS1A 3IBHA 1GP1A 3EU4A 3UVTA 2YWMA 1SJIA 1WE0A 4Z7XA 1XBSA 2N5FA 3VWVA 1KEBA 3HVSA 1GWCA 3LWAA 3EWLA 1A24A 1GUHA 1ZMAA 4OO5A 3KMNA 3F4SA 3KEBA 2FUG2 3J7Yb 4E8EA 3E0UA 1WIKA 2CQ9A 1XWAA 4HOJA 2LKUA 1YQ1A 1WWJA 4PUFC 3LQ7A 2L59A 5B7CA 4KX4A 2H1AA 3G7JA 4GQFA 1FOVA 2LV3A 2YZHA 3WYWA 4TXVA 2OKAA 5IQYA 2R3XA 5H5SA 2BTOT 1ERVA 2VCZA 4PNGA 1H75A 2VLTA 3TOUA 4ZL7A 1YEPA 3DWVA 1G0TA 1IYHA 5G5EA 2BJXA 1A8YA 3TGZA 2JSZA 1SENA 1OYJA 1TOFA 3CTFA 1JLWA 1GH2A 2JACA 4EXJA 1Z7RA 2V32A 2PMTA 3DXBA 5LCZA 2YV9A 3HDCA 5JWRB 4RQXA 3HXSA 3GTUA 2OBIA 5ENUA 3AY8A 1MDJA 4TKYA 1ZYQB 3LEFA 5DALB 1BG5A 2G2QA 4YQUA 1PSQA 4HU7A 3L9UA 3VLNA 1SKRB 3N5OA 1SKSB 1PL2A 2B7KA 4K9ZA 4POKA 2H6ZA 1O8WA 2TRCP 3F8UA 4JRRA 2E2MA 3L4NA 1F9MA 4HJMA 4QL7A 5AN1A 4IS0A 2H0IA 3ZVJD 4RI7A 2K8VA 3QAVA 4MZBA 2B1LA 5G5FA 3KH9A 1ZCPA 3GFKA 2IPAA 4IP1A 4DSRA 4PXOA 1GRXA 1I5GA 3VURA 4ECCA 4AJ8A 2C1YA 1UN2A 1MDIA 1XZOA 4L8EA 2PERA 3TRXA 1AQWA 3TB2A 2AJQB 1TRSA 2NDOA 1XOAA 1O73A 4ZBBA 1N8JA 4IQ1A 1GUMA 1USBA 5CO3A 4LMWA 2CVKA 2AUVA 4YAVA 6GSWA 4HDEA 4KW6A 5A4UA 1FAAA 4EF0A 3HY2A 3TDGA 2C3NA 1OC8A 3GRXA 2MMZA 3NIVA 4MCUA 2DJ1A 2C0FA 4AGSA 2MMAA 3UARA 6GSVA 4IELA 2L6DA 5CREA 1V2AA 2GT6A 3G7IA 20GSA 4NHZA 1ERTA 5D8IA 4EC0A 2GSSA 2HRFA 2GTUA 4ZIJA 4GF0A 3M3MA 3VPTA 5DDLA 3US3A 2C4JA 2VL2A 3U6VA 1PRXA 4N30A 1OC9B 2VAFA 3A2WA 4EL1A 2OA7A 4LL1B 1EP8A 3HZ8A 6GSSA 1FHEA 18GSA 1AC1A 2R5GA 3BOAA 3ZIJA 1RK4A 3F3QA 4FO5A 2VD1A 1O81A 4PGTA 1B8XA 5GZZB 4ZILA 4XIHA 3HJOA 3UL3A 4P3YB 3SWLA 3O6TA 2JZTA 5ECQB 1QMVA 3UBKA 2PVOC 1M2DA 1JLVA 4PQHA 1JZOA 1K0OA 2B7JA 4KA0A 3WT2A 3O3TA 1SKWB 3V1WA 3APSA 3IE3A 4EDZA 3APQA 3PGTA 1G7EA 4ZBDA 4K7IA 4POLA 1U3IA 3GKNA 2YJHA 1E2YA 1PN9A 1UVZA 4MPFA 3QFAC 2HSHA 4HU9A 4FYCA 1R5AA 2OE1A 3ISOA 2LS5A 3FYGA 3FKFA 3FZ9A 2VCXA 2A2RA 2H74A 5AIVA 1K3LA 2M72A 4TN8A 2GDRA 2CZ3A 2V1MA 1VF1A 2CAQA 3D4TA 3ME8A 4BVXA 3P7XA 14GSA 3F0IA 2OADA 4HS1A 3CTGA 4Q5RA 3TJJA 2PGTA 4MLYA 3GKXA 2LJKA 1EP7A 4XRDA 1B4QA 1XFLA 3DVXA 4TR1A 2ON7A 3VK9A 4EDYA 1WJKA 3EINA 1PX7A 5CRDA 2CZ2A 1WMJA 12GSA 1GNWA 1AQVA 3OR5A 2RUEA 5JWOB 2K9FA 2P5RA 1X9MB 3BD2A 2PN8A 2ES7A 4F03A 3BCIA 1T3BA 1SK1A 1XW9A 2HXKA 5J4UA 1K0AA 1U6TA 3IPZA 1EEJA 3W6GA 1ERWA 1PA3A 3HD5A 2XPDA 2JZSA 4OFMA 2RUFA 6GSXA 4CW9A 1GLPA 2VL2C 2H0GA 1CQHA 3VI5A 2O7KA 5E59A 5DCGA 3WGEA 2IWTA 1CQGA 4LLRA 4CHSA 3HA9A 1K3OA 1PD21 4TOPA 3RDWA 4ISDA 4WR4A 1TXXA 1FB0A 1U87A 2MMOA 4TR4A 4I8BA 3CSJA 2PVQA 3KZQA 5ECMB 2FHEA 1A0FA 2IFQB 2AV4A 1M99A 3CRUA 4K2DA 2WJUA 2H70A 2H76A 3M9KA 1O8XA 2GQLA 5HFKA 4IBPA 1T7PB 4PQ1A 4AF2A 1HYUA 1GSEA 5GSTA 4GSTA 4KGIA 4MJEA 2O87A 3ZTLA 5DAKB 5F05A 1DE2A 2Z9SA 4H86A 4XS4B 1J0FA 4QQ7A 1KTEA 1V98A 2XHFA 1K3YA 1M9BA 3I69A 2H75A 2HYXA 4F9ZA 1X0RA 2C0GA 3TKSE 1XVWA 1BX9A 1J08A 5ABRA 1TJDA 3F9UA 3QOUA 5CRHA 3D4MA 4WF5A 3F3RA 5KN0A 6GSUA 7GSSA 3HHVA 3A2VA 3WGDA 3KJYA 4XCSA 1SJZA 1S3CA 3FR3A 2MYGA 4YAPA 1W89A 1TK8B 2LQQA 2HZEA 5J3RA 5C04A 1KNGA 4DSQA 1AQXA 1G7OA 4MP4A 2VL9A 4MZCA 2WGRA 2H66A 1GSDA 1SJ6A 1NSWA 3UVHA 2C3QA 2QSIA 4IN0A 4NHWA 4OD7A 2HRNA 3C8EA 2CVBA 5IIZA 3UMAA 4K7NA 3GKKA 2VO4A 3FZ4A 1QXHA 2YCDA 3H8QA 2VD0A 4GQCA 4F82A 1ACVA 1AW9A 5D96A 4NWYA 5FWGA 4O7HA 4KCEA 4L0WA 4K0GA 4ZL9A 1JFUA 4TXOA 4KDXA 3GIXA 4OMVA 1T1VA 3EMXA 4BWQA 3IC4A 1PX6A 1URMA 4KSMA 3KTLA 1ST9A 3HKRA 1HNAA 4KH7A 1ILOA 1WOUA 3KM6A 3FZAA 3P8WA 1V57A 2B5XA 5CP1A 3EURA 2C3TA 1TU7A 3DYRA 4HZ2A 2YZUA 5HQPA 2O85A 1AIUA 2L6CA 1OKTA 4GCIA 3DMLA 3GX8A 3D6IA 4XHMA 2N5AA 1EV9A 4RQRA 3HJMA 1JZWA 3LXZA 1GTUA 5G30A 5F0GA 2ZUPA 3ZL5A 1RQMA 2IMFA 2R6KA 3LJRA 1XOBA 1AAZA 2FA4A 1THOA 2FLSA 5HR1A 2LRCA 2B6MA 2PPTA 4KE3A 5B6NA 1YEXA 4Q5QA 5AIXA 5GAPD 1VGLA 4NV2A 4N11A 2VL3A 3ZVJA 3C71A 3BJ5A 2DJJA 2H01A 2H0HA 2IN3A 5ECKB 1U3AA 1XPVA 3KGKA 5CNWA 1B4PA 3W8SA 1X5CA 3ZIVA 3KD0A 4G10A 3UBLA 4MMMA 2X99A 3RPPA 4KUNA 3C1RA 2HSYA 1BYEA 3LXTA 2GSQA 3FRCA 4BVYA 3CYNA 4KSOA 2PUKC 3LYPA 3NOFA 5EL8A 1TP9A 1THXA 3KH7A 4IQAA 4MA9A 2RLIA 1ZGNA 3VWUA 3HZ4A 4TRXA 2REMA 2VCWA 3IK9A 4X1UA 2XPEA 3LGCA 4PQIA 2VCVA 2JADA 4OFTA 5KN2A 11GSA 5DQSA 4FH8A 4L0UA 2GZYA 2V6KA 1X9SB 1K0DA 5A4WA 1S3AA 2HI7A 2TIRA 1F3BA 2P31A 2FWFA 4IP6A 3ZFBA 1Z3EA 2FGXA 5B6MA 2H6YA 2IIYA 2VCTA 1NW2A 1M7TA 2WS2A 2F8FA 3PH9A 4L5LA 1FO5A 5CAXA 3UOMA 2LJAA 4YQVA 5F06A 4ZB8A 4BA7A 1UA5A 4KDYA 1DBYA 1YDKA 2F3MA 3GSTA 1A23A 4ZL8A 4I2TA 3PR8A 4IVFA 2WZ9A 3IAM2 3CXGA 5CRWA 2H8LA 1X5EA 2FWEA 19GSA 1W4VA 1Q4JA 2JU5A 5IO0A 1B48A 3LFLA 4MH3A 3CMIA 1WPIA 1R7HA 4IJ3A 4BWSA 1GNEA 1VRSD 1VF4A 2FCHA 1K0NA 2YOIA 3D0ZA 4PUAA 3L9SA 2B5YA 4TVEA 3FHKA 3S9FA 1TK0B 1A8LA 1FG4A 3TJBA 1HNBA 3DD3A 3IOSA 5A4VA 1JZRA 5A5KA 2CX3A 2KHPA 2B3SA 1EZKA 5ID2A 2AB6A 3FK8A 3GX0A 1XW5A 3HYPA 2VM2A 3HVVA 1DSBA 1SK2A 5H5QA 1PQNA 2DMMA 3RAZA 2CX4A 5ECOB 2F51A 2P5QA 5F07A 2VCQA 2JSYA 2XC2A 5DQYA 6GSTA 1XIYA 2O8VB 4TR0A 22GSA 5HFGA 1Z9HA 1TDIA 5LD0A 4RI6A 5ECLB 3LSZA 3TKPA 1VF3A 3C1SA 4D73B 2GZPA 3EC3A 2YV7A 4Q5NA 1F6MC 1SD8A 5IPGA 2XBIA 1QUWA 3ZREA 4K1FA 2LJRA 3ZMLA 2I3YA 5KN3A 3L9VA 1T8EB 4GTUA 3FR6A 4YQMA 1TTZA 1R5PA 2G0FA 1XXUA 2XBQA 2E7PA 4ML1A 1ML6A 2EC4A 1RW1A 1VF2A 3KTBA 1M2BA 2WDUA 3N9JA 1X9WB 4F0BA 2H1DA 3EMPA 3FZ5A 3FEUA 1E6BA 2PBJA 2X8GA 1PKZA 2JZRA 2YNXA 5GAND 2FNOA 4NAXA 4JR4A 2L5OA 5J41A 2H1BA 4ECIA 2V2GA 2VIMA 1TU8A 1R4WA 1DE1A 3EYTA 5GSSA 4MF7A 3GNJA 2VUPA 2VM1A 2DMLA 3J7Yk 1YKCA 5DALA 2F9SA 5G2ZA 2VLUA 4POMA 5D9XA 4AJ6A 5HR0A 1MD4A 2LRTA 3IAS2 4I6XA 4CDOA 1PL1A 1A2LA 5FT3A 4I97A 1EV4A 2QC7A 2IMKA 2HFDA 1F37A 2OE0A 3GV1A 2C0DA 3APOA 1GSFA 4POBA 4N10A 2EIQA 1EEMA 3GTUB 4OWYA 1GSUA 3SBCA 2GSRA 2NPBA 3L78A 1GSYA 4ZBAA 3TKSA 3ERWA 3TUEA 2GT5A 5E4WA 4NXIA 2NVLA 1O6JA 5DVBA 4YH2A 5JWQB 2WULA 1J9BA 4E8HA 3M9JA 2AHEA 1OE8A 3CSHA 3G9BA 3TJFA 2LNTA 5IMDA 2I9HA 3QAGA 1NHOA 17GSA 3UJ1A 1ABAA 4MDCA 3ME7A 2WFCA 3ERFA 2IMEA 3QCPA 1T4YA 3DKSA 1GULA 1GL8A 5J9BA 3TJKA 5IPHA 4MH2A 4G19A 2H71A 1MTCA 3GH9A 3IRAA 2DBCA 1FB6A 5B8BA 2DC5A 3F6DA 3ED3A 4KNDA 5JCGA 1OC9A 2A2SA 5B8AA 5D73A 2DIYA 5IOXA 1FW1A 3I43A 4ECBA 2MMNA 5CYYA 3KCMA 3I6AA 1MDKA 2C0EA 3C7MA 2QGVA 5G1LA 5LNKe 1XWGA 3CBUA 5H5RA 4MJBA 3NZNA 1TRUA 4JBBA 1H4OA 2GZZA 2CA8A 1TI3A 3KP8A 3HCZA 3DVWA 1YKAA 3QMXA 4HJ2A 4HI7A 1QFNA 1QQ2A 1YJ6A 1SL0B 2GGTA 4OFNA 5C00A 2H19A 3UEMA 2CV4A 1AXDA 5ID2B 4V2NA 2QKEA 2YWOA 4AJ7A 3IK7A 3G7YA 1C72A 2EIOA 3A2XA 4PURA 1GSSA 3ZMKA 2X8HA 1BJXA 5KN1A 3TKSC 3DRNA 4L5OA 4K6XA 3D5JA 3L0HA 3MAKA 3ZITA 2LSTA 1O85A 3VWXA 2OJLA 2IMIA 3RBTA 3H4KA 1OAZA 1TK5B 2LQOA 5IMVA 2ZCTA 2CT6A 4HZ4A 3KIJA 2CAIA 5DJLA 2FWHA 3FW2A 2AYTA 4WETA 10GSA 5IM9A 1XW6A 2GLRA 4XRAA 2RM6A 3C73A 2H73A 5ECIB 4X0XA 4ZB6A 4GXZA 2LRNA 5D9WA 3QAWA 1SYXA 4ID0A 5J5NA 2PWJA 3ZFLA 4JE1A 4FYBA 2OACA 3EVIA 4Q5FA 1SK0A 2PU9C 1LJRA 4TW5A 2LTKA 2NBSA 1HD2A 3GUSA 1B9XC 3CRTA 4WBJA 3K8NA 1V9WA 2A4VA 4TR1B 2YANA 3GSSA 2L4QA 1BQ7A 1ZOFA 2VOCA 4NV5A 2E2GA 2L57A 2IMDA 2KOKA 4KDUA 1XVQA 2FA8A 2YWNA 1Y25A 2DJ3A 3P2AA 5HR2A 1KBNA 6GSYA 2DIZA 3QD9A 3KP9A 2B5EA 13GSA 4ULXA 2C8UA 1N2AA 2DLXA 2M80A 2J9HA 1XWKA 1G6YA 3O76A 4IKHA 3QR6A 2C80A 3GURA 4MJAA 3GN3A 4LA1A 2J23A 1EWXA 1GUKA 2IFQA 2HE3A 5D93A 4LL4B 3E9JB 2H30A 2V41A 4N0VA 5ECRB 1U88A 1TW9A 2OE3A 2I4AA 1ZZYA 3MSZA 4O32A 2MBSA 4O92A 3IR4A 4IW9A 1IYIA 2ZNMA 3WGXA 5IMAA 2DSAA 3M1GA 2K8SA 1SYRA 5DAKA 4JEDA 2OBKA 5IO2A 1WP0A 1R26A 1M2AA 3GYKA 4G9HA 1GTIA 5ELAA 1M9AA 4MK3A 2FD3A 5DCHA 4XS4A 5L71A 2VLVA 3FR9A 5D9VA 1YY7A 1AUCA 3LYKA 4XS6A 3F4RA 2L4CA 3DIEA 1MD3A 4ML6A 3QFBC 4RUVA 3MNGA 5KEJA 1Z5YE 5EVOA 4DEJA 4EO3A 1BEDA 5J9CA 4HQSA 2D2ZA 4ZB9A 1NHYA 2WCIA 2YN1A 4IJIA 2H1GA 1SU9A 4MPGA 4V2MA 2O89A 5IMCA 3TRQA 1Q98A 4DSSA 3F63A 1OKDA 2H72A 3QDNA 3GL5A 4I5QA 3Q19A 4XTSA 3HVXA 5CRGA 1GLQA 3QPMA 1A2JA 3EE2A 4EVMA 16GSA 5INYA 5AISA 2R4VA 1GSQA 3WD6A 1TRVA 4PX1A 1Z6NA 4HQZA 4GLTA 2R2JA 3PINA 1K0CA 5IMZA 9GSSA 2HZEB 1WRYA 1B9YC 3TKRA 4DVCA 2HZFA 4KB3A 3RPNA 1LBKA 1F2EA 2P0GA 1YF1A 4MABA 2HLSA 4N0ZA 1OE7A 4EE0A 1SL1B 3FY7A 3ZYWA 4F2IA 4K8MA 1HNCA 4GSSA 1A2MA 1UC7A 5HFIA 1K0MA 3GKMA 4I2UA 3U5RE 1SL2B 1YZXA 3IHQA 2KUCA 4F0CA 1TRWA 3TKQA 5DJMA 2KP2A 1QK8A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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