4EF0A

Crystal structure of the first catalytic domain of protein disulfide isomerase p5
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
MVIELTPSNFNREVIQSDSLWLVEFYAPWCGHCQRLTPEWKKAATALKDVVKVGAVDADKHHSLGGQYGVQGFPTIKIFGSNKNRPEDYQGGRTGEAIVDAALSALRQLVKDRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the first catalytic domain of protein disulfide isomerase P5
rcsb
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Protein disulfide-isomerase A6
total genus 37
structure length 115
sequence length 115
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2012-03-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ef0A01
3JCML 1W4VA 5G5FA 1BYEA 4PGTA 2LS5A 4NAXA 2H74A 1OE7A 1U3IA 5IMDA 4F03A 4BPYA 3EC3A 5ENUA 2PUKC 3GV1A 4XCSA 1IYHA 2H75A 2G0FA 1THOA 2HLSA 5ECNB 1TI3A 3KMNA 1J0FA 2DLXA 2HZFA 2LKUA 3D22A 18GSA 4Q5NA 4ECIA 2GT5A 4OFMA 4NPBA 2P5QA 1OKDA 1O85A 2C0GA 4FO5A 4V2NA 2IMKA 4KSOA 2PERA 1XWAA 1VGLA 2G2QA 1R5PA 1PX7A 1V98A 4WETA 3KTBA 3KGKA 2GT6A 2CVDA 4LLRA 1UA5A 2OE0A 4ZBDA 4HQSA 3LJRA 3DWVA 2IJYA 1ZMAA 3TKRA 3CMIA 5IMCA 3GL5A 2GTUA 1URMA 2O85A 1PA3A 3K8NA 2H71A 3AY8A 4POLA 3H8QA 3MNGA 3FR3A 4Q5QA 3QPMA 1PKWA 5KEJA 4ZB9A 3HYPA 4DSSB 2PGTA 1SL2B 3RHCA 1VF1A 1F2EA 5DAKA 1E6BA 2YJ7A 4ZIJA 2WDUA 5D9TA 2F51A 3IAS2 5G30A 3F9UA 4ZB8A 4OO4A 1SD8A 4OCFA 5H5RA 7GSSA 1B4PA 4ECBA 1EEMA 3HZ4A 3APOA 4RQXA 1WMJA 2I4AA 4G10A 4WBRD 17GSA 2D2ZA 2LNSA 1GLPA 2VAFA 5HR2A 2WULA 1GNEA 1R26A 3GL3A 4G19A 3ZMKA 3P8WA 4GCIA 2JZTA 1AUCA 4K0NA 4PNGA 1OVNA 3TKPA 2H0IA 1TU8A 4K8MA 1YY7A 1Z9HA 3O3TA 1Z5YE 1GNWA 3IOSA 4KUNA 4DVCA 1GUKA 5JWQB 2E2MA 2HI7A 5AIVA 2L6CA 1M7TA 1XW6A 3CXGA 3G7JA 3L9SA 2VCZA 1T4ZA 3DYRA 2H19A 1ERWA 5H5SA 4ECJA 2VOCA 3APQA 1GRXA 3IK7A 1UN2A 4HS1A 1SL0B 1GP1A 4NMUA 1DUGA 5G1KA 1FG4A 4LA1A 1M9AA 3ZZXA 2VL2A 1F3BA 1YDKA 2L4QA 4IJ3A 4TR3A 2X64A 5B8AA 1GL8A 4EUYA 3MSZA 2CV4A 4L0UA 5B6NA 2HXKA 2LQOA 5IMFA 3TCOA 4PUAA 5CRDA 4TXOB 4TR0A 2F8FA 3G7YA 4CHSA 1F3AA 4XIHA 1K0OA 1GTIA 3TJBA 5CRWA 4TN8A 1ON4A 4V1Ag 3ZREA 2XBIA 2F3MA 2H66A 4YQMA 3F0IA 1B8XA 1FAAA 3HJMA 3KP8A 2IN3A 4WBJA 2H72A 1B48A 2FY6A 3WD6A 3WYWA 4HZ4A 1Z6MA 2ZCTA 1XW5A 2O8VB 4RI7A 14GSA 4DSRA 4Z7XA 5AGYA 2TRCP 2WFCA 3KEBA 13GSA 1PSQA 4MJBA 2RM6A 4MJAA 1ABAA 4JBBA 4MZBA 4PURA 1XW9A 4PQHA 5CNWA 2GS3A 2MYGA 4XS4A 1VF3A 1GSDA 5A4UA 2LRTA 4AJ6A 4IS0A 1LBKA 2H6ZA 2WRTA 5F06A 3FY7A 3L9VA 1LJRA 5ECQB 2L57A 3G7IA 5DQSA 1TOFA 1PL2A 3TB2A 2QC7A 1K0CA 2MMOA 4V1Ap 5DALA 2AJQB 1W89A 3CTFA 5GZZB 20GSA 1XVWA 3ERGA 2H76A 2VL2C 5ECSA 5LD0A 2NTOA 5IOWA 3UJ1A 1DBYA 4KA0A 1WP0A 2B5XA 2DSAA 5FWGA 3VLNA 1K0MA 2LTKA 1V2AA 1G7EA 2NDOA 2HSYA 4FH8A 2I1UA 2L4CA 2K8VA 4X43A 5D96A 3QAGA 1SJZA 2F9SA 2FNOA 4HI7A 4HQZA 4EKZA 1LU4A 1YJ6A 3GH9A 1IYIA 3F3RA 1EGOA 2H70A 4K9ZA 1FOVA 3SBCA 1YF1A 4KGIA 2GSSA 1XWBA 2AV4A 4O7HA 1GSEA 2YV9A 3F63A 5DAKB 3CRUA 4NWYA 2FWFA 3QAVA 3GH6A 1UVZA 2CVKA 1K3YA 3UBKA 2PU9C 2HRNA 3KM6A 5J9CA 2WB9A 4NV2A 3KMOA 4E8EA 1EEJA 1ERTA 4MABA 2VLUA 3IHQA 4WKWA 4BVXA 1XVQA 1Y6EA 1FB6A 2PWJA 3A2WA 3D5JA 2LRCA 4TW5A 1YZXA 2B1LA 5JWOB 4JE1A 5J41A 1SK0A 2OA7A 1SK2A 4EDYA 4TKYA 19GSA 2HSHA 2K18A 2QSIA 1GSQA 2DJ1A 3VURA 3I43A 1J9BA 1SENA 1J08A 3QD9A 4JR6A 4Q5RA 1TXXA 3IV4A 3TRPA 5ELGA 2YN1A 4K7OA 3I6AA 4TVEA 3RHBA 3WGXA 4HUAA 1NHOA 2H1BA 1TP9A 1OE8A 6GSVA 5JCWA 5ECPB 5D9WA 3QMXA 3EINA 4GSNA 2YV7A 1XWGA 2K6VA 5IMZA 2NVLA 3LGCA 3EMXA 1Z7PA 2L59A 2TIRA 4ULXA 3US3A 4I6XA 5D73A 3F4SA 5L71A 3EU3A 2WJUA 4I97A 4K7IA 3E0UA 4K1FA 2H73A 3IE3A 4L5LA 1ST9A 3N9JA 3WGEA 2B6MA 2YZUA 2LJAA 5GSTA 5H5QA 2CX4A 3D0ZA 5IPGA 2HE3A 5GSSA 4GWRA 2JADA 2FWGA 3F4TA 2DJ3A 1ML6A 5A4WA 2FHEA 4MK3A 3UL3A 4PNFA 3ZYWA 2CAQA 3VWVA 1USBA 3KJYA 4ZILA 2RM5A 3FW2A 2O89A 3KZQA 1T4YA 2XC2A 3CYNA 3TOTA 1SD9A 4F0BA 1HD2A 3EMPA 2F8AA 3C8EA 1XIYA 1F6MC 5DVBA 5KN1A 2GSRA 5DCGA 1O8XA 1VF2A 1H75A 2GDRA 4XS4B 1JZOA 3KD0A 3BCKA 5G1LA 4IGJA 4ML1A 3ZFBA 2X99A 4WR5A 5DJMA 5G31A 2I9HA 3HJOA 1DSBA 3UVTA 1XWCA 4KE3A 2YNXA 4ISDA 2WZ9A 3RDWA 4WF5A 3QCPA 3LFLA 5DALB 4OWYA 1HNBA 4AJ8A 3KH9A 4OFTA 6GSYA 2B3SA 2GGTA 1G0TA 3EYTA 3H4KA 1RQMA 3O76A 2DIYA 2VCWA 5HQPA 2LJKA 1O73A 2AB6A 4KDXA 3FZ4A 1XOAA 3UVHA 5CREA 3ZIJA 2C80A 3APSA 2J23A 2OJLA 4TR1A 4I2UA 4K2DA 3FK8A 4F2IA 1C72A 3GN3A 1A2LA 3IDVA 4N0VA 1ZOFA 5DBQA 2R5GA 2H1AA 5KN2A 1ACVA 3HA9A 1U88A 4IP1A 1FVJA 2CX3A 2AHEA 2MBTA 2IMIA 4G9HA 3HVXA 4X0XA 4YAPA 3TKSA 4HZ2A 4WXTA 5D9VA 1GSSA 5AISA 2VD1A 3ISOA 4EXJA 3VK9A 3UOMA 1R7HA 5HFIA 4IN0A 5HFGA 2CZ3A 1THXA 4IHUA 2JZRA 5HR1A 1EP7A 1ZL9A 3GIXA 5AN1A 4HOJA 2V6OA 3FYGA 2GSTA 1O8WA 2K8SA 4ZL9A 3A2VA 4OD7A 2C0EA 4I2TA 1G7OA 1QMVA 1K0NA 11GSA 6GSUA 1MDIA 3GRXA 2WCIA 4F9ZA 5JCUA 1MEKA 4I8BA 1EV4A 2OBIA 2MMAA 4ZXGA 5DDLA 2L5LA 2LUSA 2XPEA 2IWTA 4JR4A 2GZPA 1ILOA 3E9JB 3E3EA 3ERWA 4J56E 9GSSA 3VPQA 1X9SB 1TRSA 1EOGA 2REMA 3I69A 2B1KA 5ELAA 5CRHA 1CQGA 2C0FA 2DJ0A 4BVYA 3DIEA 1F37A 4LMWA 2P31A 3ZTLA 1OC8A 6GSTA 2FWEA 5F0GA 1UC7A 1M0UA 3GX8A 3IR4A 2EIRA 3H93A 4KDUA 1A0FA 5GAND 1NW2A 3LSZA 2VUPA 2J9HA 1PN9A 1JLVA 4PXOA 4KX4A 1AQWA 4LMVA 4Q5FA 1TJDA 4GRFA 2BTOT 5IOXA 2YCDA 4NV5A 5G5EA 2E7PA 5D93A 4WR4A 1WWJA 2VM1A 3W6GA 1YF0A 2N5FA 3EURA 5E59A 5G2ZA 1N8JA 3FKFA 3TKSC 4D73A 4ZBBA 4F0CA 1SKSB 3TOUA 4KH7A 1I9DA 1AC1A 1O7UA 4PQIA 1X5DA 2OACA 4EE0A 1TK0B 3WT2A 2GZZA 3CTGA 1HQOA 2H0GA 4IQAA 1B9YC 2FA4A 3RBTA 1XWKA 1BAYA 3PGTA 1AQVA 2KLXA 3VWXA 2FUG2 2KHPA 1FB0A 2HYXA 1BQ7A 1X9MB 1ZYEA 2JSYA 3GSTA 3V1WA 4POKA 3CSIA 4GQCA 2X8HA 3HVSA 2DMMA 1MDJA 2VL3A 2V1MA 4JU5A 4GF0A 1ZYQB 4MF5A 5CP1A 3WT1A 5EY6A 2TRXA 2R2JA 5J9BA 1SJ6A 3QAWA 2YOIA 3HDCA 4GSTA 5CRGA 3BBYA 1SJIA 2C3TA 1JZWA 4DSQA 3TKSE 2GQKA 3DEXA 4E8HA 3TJFA 2RUFA 1XBSA 5A5KA 3D4MA 3GMFA 5AIXA 4HU9A 5IQYA 3M9JA 4JZQA 1M9BA 2VCXA 4KB3A 1TW9A 5LCZA 1K3LA 4IQ1A 1WIKA 1QK8A 3HKRA 4N0ZA 1GSUA 1JLWA 1HNCA 1R4WA 4L8EA 1TKDB 5B6MA 3IK9A 2WS2A 2GQMA 5HFKA 1T1VA 3DVXA 1AW9A 4EC0A 1PGTA 1VF4A 1NHYA 3H79A 4IW9A 3PINA 1K0AA 3HCZA 3P90A 3HVVA 1KTEA 1PX6A 1M2BA 2Z9SA 1KNGA 2GZYA 4MP4A 1B9XC 3GKXA 1TU7A 1K3OA 1HYUA 3ZVJD 2OE3A 3M8NA 1TK8B 1OC9A 2HRFA 3GSSA 2P0GA 5CO3A 4FYUA 3F4RA 3LXZA 3HD5A 1RW1A 3DVWA 4IKHA 5IIZA 3ZIVA 3HHVA 4IJIA 3C1SA 3GX0A 3IC4A 2A4VA 2JU5A 4OO5A 1BG5A 1ZZYA 3BJ5A 2EC4A 1OKTA 3FR6A 1XCCA 2IPAA 2XPDA 1A0RP 2RIIA 4WF4A 2VCTA 3P7XA 2LRNA 4L5OA 5HR3A 4L0WA 2EIQA 2QKEA 4JEDA 3DXBA 2R6KA 4MPFA 5C00A 2YZHA 1SYRA 6GSWA 5B7CA 4IVFA 4ZL8A 4ML6A 1GWCA 2JSZA 4MJCA 1G6YA 4FYCA 1E2YA 2HT9A 1CQHA 1A8YA 2B7KA 1U87A 3U5RE 1PMTA 4IP6A 4ZBAA 1JZDA 3UBLA 2RLIA 3IAM2 1M2DA 2VD0A 1M99A 1Y25A 1BEDA 4KSMA 4LL4B 4PQ1A 3ERFA 5EVOA 2CT6A 1X5CA 3HJPA 1TRUA 2X8GA 1A8LA 2B5YA 1MD3A 3M1GA 1R5AA 3Q6OA 5IO2A 3A2XA 3RPNA 1Q98A 3LQ7A 2LEGA 3J7Yk 3F8UA 2VCVA 2MMZA 4V2LA 2C3NA 4MJEA 2H01A 4QL9A 4MZWA 3UAPA 3SWLA 3FRCA 2M46A 1G6WA 1NM3A 4XS6A 2VL9A 1A2JA 1YKCA 4I5QA 1K0BA 3CSJA 3TUEA 1GLQA 4K6XA 3ZL5A 1FHEA 3VI7A 2C8UA 3ZVJA 1TRWA 3VPTA 2L5OA 1PQNA 4RUVA 1GULA 1GTAA 2V6KA 3G9BA 2JZSA 4KAEA 2VO4A 5ABRA 4NHWA 3LG6A 1B4QA 3LORA 1V57A 4MPGA 2YPMA 2H0HA 4P3YB 3BD2A 1EV9A 2BMXA 4GQFA 3A3TA 1EZKA 3OR5A 2AYTA 1HNAA 3TKQA 22GSA 4EF0A 4MLYA 5ECIB 3FZAA 2MBSA 2C1YA 5GAPD 2PPTA 1A23A 4BL7A 3M3MA 3IA1A 3GYKA 4ECCA 1TTZA 5IO0A 3VI5A 1RK4A 2DC5A 1ZCPA 2M72A 1AXDA 3GKNA 3ZITA 3I9V2 2AAWA 3MDKA 1GH2A 2PN8A 1U6TA 1V9WA 2YJHA 3FEUA 4AJ7A 3GURA 3GTUA 4XS1A 5DJLA 2O7KA 3M9KA 3ME7A 1QQ2A 3IPZA 1Z6NA 3KIJA 5FT3A 1PKZA 2H30A 1PD21 2CQ9A 5A4VA 1S3AA 3RAZA 1U3AA 5INYA 2H6YA 1TDIA 3L4NA 3VWUA 2B5EA 2PMTA 2IL3A 3LEFA 1AIUA 3UARA 2I81A 8GSSA 4PX1A 3D6IA 5F05A 4J57E 5DQYA 3A5WA 5HR0A 1TK5B 3L78A 3W8SA 2HFDA 1X0RA 4MF7A 3TDGA 2PVQA 4GTUA 1TRVA 4QQ7A 3KP9A 4MMMA 5E4WA 3NIVA 1SKWB 1OC9B 1DE1A 5FHIA 3BCIA 4MDCA 3MAKA 3LXTA 3NZNA 4MF6A 2OADA 3HXSA 5ECHB 4AF2A 3ED3A 2R37A 2HNLA 1XZOA 2YP6A 3QFAC 3VFIA 1PL1A 5COHA 3H1NA 2P5RA 2YWIA 2DJKA 2R4VA 1YQ1A 4XRDA 4G2EA 5EPFA 2E0QA 4IELA 1ERUA 4ILFA 3QDNA 2EIOA 1QFNA 2DBCA 5DCHA 4KNDA 3DKSA 5IMAA 5D8IA 4MCUA 4TOPA 2K9FA 2XBQA 5ID2A 5IMVA 2HZEA 2LV3A 1JFUA 3L9UA 2NBSA 3L0HA 2A2SA 3Q19A 4YQVA 3QR6A 2OE1A 3HZ8A 1KBNA 2E2GA 4YQUA 4RQRA 4KDYA 1OYJA 1SKRB 5J5NA 2DMLA 3D21A 2M80A 1XOBA 3ME8A 3TRXA 3IXRA 3MWHA 4MZCA 3U6VA 1YEXA 4HDEA 1T8EB 3UIWA 5JWRB 5ECMB 5CYYA 2MZCA 1QGVA 2IMFA 1T00A 1FO5A 2IFQA 1EOHA 1EGRA 4O32A 4XHMA 5LNKe 4WEYA 5JCGA 5KN3A 4F82A 1ZGNA 1BX9A 4YAVA 3KH7A 2VIMA 1V58A 2VCQA 2ZUPA 3CBUA 4N30A 5EL8A 3PH9A 1MDKA 2H1DA 3D4TA 3GKKA 4IBPA 3ZRDA 2V32A 3TRQA 4POMA 4BWSA 1XXUA 1EWXA 3FZ9A 1Q4JA 1WRYA 1SL1B 3GFKA 12GSA 2IMEA 5D9XA 1KEBA 2CAIA 4PUFC 3TJKA 3Q18A 4POBA 3J7Yb 1S3DA 3N5OA 2R3XA 1MD4A 5CAXA 3GNJA 1SYXA 5F07A 4ZL7A 1X9WB 3GKMA 1XFLA 4J2FA 3WGDA 3QFBC 3CRTA 3LWAA 3UEMA 2FLSA 2VLVA 3GUSA 3Q74A 2KP2A 4FYBA 1EP8A 3M0FA 3UMAA 2IMDA 3F6DA 2GVPA 1H4OA 2KP1A 2NPBA 2YWOA 3W8JA 1T7PB 1SU9A 4HJMA 2VM2A 4LL1B 5F8BA 3FR9A 3EE2A 2DJ2A 2LJRA 2CZ2A 1DE2A 1AQXA 1XPVA 3DGQA 2IIYA 4HEA2 2H8LA 2OBKA 3IRAA 1JZRA 4QL7A 2ZNMA 2PBJA 3FZ5A 5IM9A 2VLTA 1WJKA 1YEPA 3TJGA 2FD3A 3KTLA 3C7MA 1GSFA 4ACSA 2LSTA 4EO3A 4O5RA 4OMVA 1I5GA 3NOFA 4X1UA 1AAZA 2N5AA 1PRXA 3LYPA 2X8CA 2YANA 3GTUB 4K0GA 5J4UA 1N2AA 2FCHA 1GTUA 1ERVA 4NHZA 4TR1B 3C73A 5KN0A 1FW1A 3TJJA 1WE0A 4YH2A 3ZLPA 1GSYA 5C04A 2YWMA 3VWWA 4O92A 2V2GA 3BOAA 4ID0A 4XTSA 1M2AA 2I3YA 3EVIA 6GSSA 2BJXA 4TRXA 4DSSA 2C3QA 1X5EA 2V41A 2ES7A 2AUVA 2FWHA 4EVMA 3HY2A 1TI1A 4MA9A 4H86A 4BWQA 2GLRA 4N10A 1Z3EA 3DRNA 1BJXA 3RPPA 4EL1A 2JL4A 2ON5A 1WPIA 4RI6A 10GSA 4HJ2A 5ECKB 1O6JA 4MH3A 2A2RA 2WGRA 2KOKA 16GSA 1NSWA 4TXVA 4ZB6A 2B7JA 1S3CA 5ECOB 4GLTA 4GSSA 2FGXA 1K0DA 3S9FA 2OKAA 4V2MA 3ZFLA 3ZMLA 1F9MA 2DIZA 2CVBA 1O81A 5B8BA 3TGZA 4TR4A 1YKAA 2KUCA 2ON7A 5ID2B 2QGVA 2HZEB 1JHBA 3IBHA 1QUWA 1VRSD 5J3RA 3C71A 4K7NA 2GSQA 5ECLB 3F3QA 3KXOA 3C1RA 3R2QA 1FVKA 2C4JA 3QOUA 4OCEA 3PR8A 3F6FA 4EDZA 2FA8A 1MTCA 1QXHA 1Z7RA 1GUMA 1OC3A 2O87A 6GSXA 5IPHA 3EU4A 4N11A 1OAZA 2CA8A 2ALBA 4KCEA 4AGSA 2C0DA 4FIWA 2LNTA 2H1GA 3FHKA 2IFQB 3EWLA 2PVOC 3GHAA 4BA7A 3KCMA 1A2MA 4XRAA 1WOUA 4KW6A 4MH2A 2MMNA 3O6TA 3CSHA 4TXOA 3P2AA 2LQQA 2DJJA 1GTBA 4CDOA 5ECRB 4OFNA 4D73B 1V40A 3DMLA 2H6XA 2YWNA 3DD3A 2JACA 3GA4A 4GXZA 4JRRA 2GQLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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