2K18A

Solution structure of bb' domains of human protein disulfide isomerase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
GPLGSPAATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQTAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEEEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution structure of the bb' domains of human protein disulfide isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 228
sequence length 228
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2008-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2k18A02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2k18A01
1SL2B 1O8WA 1TTZA 1KNGA 4HUAA 5ID2A 2P5QA 2JZTA 2MBSA 3FZ4A 5CO3A 3FZAA 1MDKA 1V40A 1EWXA 2H0HA 1O7UA 1G6YA 4JR6A 2GQMA 2OJLA 1X9WB 3L9UA 3LYPA 1KEBA 1SD9A 3IXRA 4NMUA 1AQVA 3GV1A 2H19A 5G1KA 4ZB6A 1LBKA 3C71A 4N11A 4V2NA 4HEA2 3M8NA 5AN1A 4DSRA 3G7IA 5JWRB 4J56E 4POBA 3BOAA 5ENUA 1T7PB 4PQ1A 4X1UA 2B5YA 4EC0A 3GA4A 3KP9A 4WBRD 3BBYA 2VL9A 5INYA 2GZZA 3KH7A 3GSTA 5GAPD 1K0OA 4F2IA 4JEDA 2H0GA 3M3MA 2HZFA 1A8LA 3KCMA 7GSSA 2VO4A 4LMVA 3GURA 2H6YA 1Q98A 2VLVA 4AGSA 1V98A 2JU5A 4JBBA 4Z7XA 2P0GA 4MCUA 10GSA 2V1MA 3BD2A 4KGIA 2KUCA 3QFBC 1SKRB 3HZ8A 3TJGA 4KX4A 1A0FA 4J2FA 3EURA 5ELAA 4TVEA 4RI6A 2YWMA 3ZMKA 2C8UA 2TIRA 4GF0A 4NV2A 4HQSA 4HQZA 5ECLB 1ZMAA 3KMNA 5GZZB 1G7EA 2X99A 2AHEA 3A2XA 4YAPA 3UVTA 2DMLA 4WKWA 3EYTA 4KAEA 1R4WA 1FB0A 3KH9A 4EE0A 5LD0A 1TJDA 2C0FA 4KSMA 2MMNA 3ZZXA 1GUHA 2HSHA 1ML6A 4HS1A 1U87A 1Z5YE 2HZEA 5IMZA 3FY7A 5B8BA 5CRDA 3EC3A 1VF2A 4CDOA 3C1RA 2WJUA 3TDGA 1LU4A 4MABA 1F9MA 3ISOA 3LQ7A 1O6JA 2R4VA 2XBIA 4OWYA 2F3MA 2H30A 2DJKA 1XOBA 3O6TA 3KD0A 3CMIA 1TRUA 2VD1A 4ZBDA 2N5FA 3W8SA 1DBYA 1M2BA 2I4AA 5E59A 2H1BA 1WIKA 5H5RA 2GSQA 1THXA 2VL3A 2X8GA 3H79A 1T4YA 5FT3A 4TR1B 2H0IA 4N0VA 2VM2A 1MD3A 4NPBA 1E6BA 4NV5A 1KTEA 2IIYA 5KN0A 3CYNA 4GRFA 4PURA 4WXTA 2K9FA 4I6XA 1GSSA 5C04A 3TKQA 4O7HA 3US3A 3E9JB 2FCHA 4GWRA 3M9JA 3E3EA 3EVIA 2GLRA 3D22A 3MSZA 4I5QA 5D96A 2CVDA 2H01A 2HFDA 2C3QA 4IELA 3UL3A 5CYYA 3H4KA 2L6CA 2CT6A 4TXVA 5G30A 2BMXA 4ML1A 4D73B 4TW5A 3SWLA 3LEFA 4MJCA 1YF0A 4K1FA 2LKUA 3DMLA 5FWGA 3ZIVA 4MPFA 2ZNMA 2B6MA 5HR1A 1SKSB 1TK0B 4HJ2A 4TXOA 3ME7A 1XCCA 2RIIA 5HR0A 4XIHA 1TK5B 1SK2A 1I9DA 4IP6A 5CAXA 2IFQA 2HRNA 6GSVA 2TRXA 5DVBA 1M7TA 1ERVA 1SKWB 4QL9A 4GSNA 4V1Ap 2B1KA 1GULA 1PGTA 2L4QA 5DALA 2A2SA 1A0RP 5ECQB 1AQXA 3CSJA 4GCIA 1RW1A 3J7Yk 5DCHA 3FW2A 22GSA 3TKSC 5ECKB 4ZIJA 1Z7PA 3GYKA 1Z9HA 1GSQA 4POLA 3VWUA 2VCXA 4NAXA 5IMCA 6GSUA 1SK1A 4WR4A 2YANA 3F6DA 3GKKA 5B6NA 4IW9A 5LNKe 2H70A 3WYWA 2MZCA 5ECPB 1X9MB 2E2MA 1QQ2A 6GSYA 1FVKA 1K3LA 1GSEA 3P2AA 3NOFA 2HLSA 3GTUA 5B8AA 1IYHA 2JADA 3TCOA 2QC7A 3KTBA 5F07A 4XS6A 4KUNA 1T1VA 4HJMA 1X9SB 2NBSA 2G2QA 4ZILA 1A8YA 1BG5A 2LEGA 4AJ8A 2L6DA 2VCVA 1B48A 1OE7A 2YP6A 4KNDA 3TJBA 3GKXA 4F0BA 5D9TA 5ECMB 3TKSA 3GX8A 2V41A 2DLXA 1X5DA 1JZDA 1N8JA 5HFIA 1SK0A 3DVWA 3IK9A 4WEYA 4AJ7A 1GSYA 1GNEA 4MH3A 3IAS2 2PWJA 2OADA 2MMAA 4I97A 1RK4A 5D9WA 1M9BA 5ECSA 1MEKA 2HE3A 2PPTA 5DDLA 1HYUA 3E0UA 2GQLA 3A2VA 3ERWA 2HRFA 1JLVA 5G5FA 2PERA 2H8LA 5JWQB 3K8NA 3ZMLA 4FH8A 1B4QA 4ZBBA 3M9KA 4Q5QA 4K7IA 3RDWA 1R5PA 1SYXA 3D0ZA 3ZFBA 5IPGA 1OC9A 1ZOFA 3MWHA 14GSA 2GTUA 4PNFA 4IQAA 3DXBA 2JZRA 3C73A 2M80A 4PUFC 4DEJA 4IP1A 3I9V2 5DAKA 2VOCA 2H73A 3IAM2 2H1GA 17GSA 2AAWA 3HD5A 2P31A 1K0DA 4GLTA 4OCFA 3VURA 4K7OA 2EIOA 3PR8A 1AW9A 1Z6NA 3CSIA 1K0AA 1OKDA 3P90A 2OKAA 1YF1A 4ACSA 3KZQA 4ZL9A 2EC4A 2H74A 3Q6OA 4ZL8A 2BTOT 3A3TA 3VWWA 4ECCA 5J41A 5L71A 2LRNA 1U3AA 4L0UA 2D2ZA 1YJ6A 3KEBA 5H5QA 5F06A 1SL1B 3UBLA 3BJ5A 4LMWA 1TK8B 5D73A 2LJAA 1UVZA 3EMXA 2JZSA 2K6VA 1U88A 2KHPA 2A4VA 5CRGA 2YWNA 3GUSA 1BJXA 2LJRA 3APOA 2IL3A 1DE1A 3TB2A 4IHUA 2DJ0A 2LJKA 5KN1A 2VLUA 1A23A 1O73A 4AF2A 3KMOA 3P7XA 2LQQA 2R2JA 5F05A 3L9VA 2QGVA 3IPZA 2QSIA 3UOMA 2GSSA 5KEJA 3A5WA 2N5BA 3F3RA 1EZKA 4HU9A 1TKDB 2ZCTA 2VCQA 4KE3A 2C0EA 2YCDA 2J9HA 2WGRA 1ZL9A 4JR4A 1WOUA 2IN3A 5J9BA 3Q19A 5D9VA 3HJOA 3H93A 3GKMA 3L9SA 3PGTA 2PBJA 4LLRA 3WT1A 1OE8A 4OFNA 2FWFA 4E8HA 1T8EB 3WGXA 2OBIA 1XPVA 1BQ7A 3IK7A 4V2MA 3FEUA 1PN9A 2R3XA 3O76A 5E4WA 2LNSA 2F8FA 1JZOA 4XRAA 3TKSE 1HNBA 3PH9A 5IMAA 1IYIA 1XWAA 4KCEA 2ALBA 2X8HA 4K8MA 2X64A 2REMA 3G7YA 4F9ZA 2LNTA 1GL8A 2VCZA 2CAQA 5JWOB 2F9SA 3EMPA 3APQA 2FD3A 5IMFA 1ERWA 1O8XA 3SBCA 1TU8A 1BEDA 4WF5A 3FR6A 6GSXA 1ON4A 1Z7RA 2CVBA 3F9UA 3CRTA 1GLPA 1SJIA 1R26A 2GS3A 3GMFA 1DSBA 1K0BA 3FRCA 1WJKA 3L0HA 5HR2A 4F0CA 1PD21 1ABAA 4TKYA 4KDUA 1F2EA 3TRXA 1R5AA 2GT6A 4K6XA 4TR4A 1X0RA 3WGEA 1ACVA 1TDIA 3TOUA 1YKAA 1PQNA 1X5EA 1ERTA 1WE0A 1O81A 4LL4B 3IRAA 4G19A 1GNWA 4YAVA 1GTBA 1SD8A 2ES7A 1XIYA 4J57E 3J7Yb 1EGRA 1V57A 4L0WA 1M9AA 3ZREA 2XPEA 4FYUA 2GDRA 2WCIA 3QR6A 2H71A 4MF7A 1OAZA 4GQCA 1K0NA 2YJHA 3NZNA 4PX1A 3TGZA 3BCKA 2AUVA 1YZXA 5GSTA 3FZ5A 1GSDA 1B9YC 4MJBA 4Q5NA 3LFLA 5EY6A 4ID0A 3RPPA 4KW6A 2A2RA 3QDNA 4N10A 4KA0A 1OC8A 1ILOA 1K3OA 4MLYA 4OD7A 5ECNB 3Q74A 4N0ZA 5H5SA 3KIJA 1SYRA 4K9ZA 5IO0A 2VUPA 4HZ2A 4RQXA 3QCPA 3GH9A 3ZIJA 4IGJA 2JL4A 2CV4A 2DSAA 2IMEA 1EP7A 3GSSA 4HZ4A 3HY2A 2IPAA 1GSFA 2CX4A 4OO4A 4TR1A 3HJMA 2OBKA 1PL2A 3F63A 2VCWA 2PVOC 2CZ3A 2JACA 1SENA 4OMVA 2PGTA 4TR3A 5ECIB 3HXSA 2NVLA 4YQVA 4MF6A 1Z6MA 2M46A 2AV4A 1OYJA 6GSSA 3DWVA 2H76A 4GSSA 3VPTA 5JCWA 3P8WA 1F3BA 1F6MC 3TRQA 3O3TA 4D73A 2H6XA 1YEXA 1MDJA 2LQOA 4RI7A 1XW6A 1GUMA 1T3BA 3GFKA 2YN1A 3LYKA 4L5LA 4G9HA 4I2UA 1ZYQB 4O32A 2FWGA 4GSTA 2OE3A 2FGXA 2PU9C 3L4NA 5CNWA 2AJQB 4TN8A 2R5GA 2B3SA 3TRPA 4MDCA 2DIYA 5HFGA 4KB3A 4FO5A 1U6TA 3U6VA 4MA9A 3M1GA 1TRWA 2JSZA 2CZ2A 3LORA 5C00A 1I5GA 1PL1A 1Y6EA 1UA5A 1W89A 1TW9A 1SL0B 1XW9A 1X5CA 4PQHA 4IS0A 5ECRB 1TI3A 1S3AA 2IWTA 1ERUA 3R2QA 1K0CA 2VCTA 4IJIA 3DIEA 3KM6A 1Y25A 2FY6A 3PINA 1WWJA 2L5LA 1B9XC 4NHWA 5CRWA 3DD3A 5KN2A 2FWEA 4ZL7A 1DUGA 4DSSB 2WS2A 5KN3A 3TUEA 2YZUA 2CVKA 3IA1A 1YY7A 1JFUA 3HCZA 3FYGA 1S3DA 3APSA 4ZXGA 4DVCA 4KDXA 2YV9A 1VF3A 4POKA 3D5JA 1TXXA 2FWHA 3UIWA 2OA7A 2OE0A 4MJEA 5JCGA 4WF4A 4IVFA 3F4SA 2C3NA 2IMIA 1J9BA 1V2AA 3GN3A 2LUSA 2ZUPA 2I1UA 1Z3EA 4OFMA 2YJ7A 2IMFA 2VIMA 1UN2A 2ON7A 4MJAA 2RLIA 4XTSA 4XS4B 2B1LA 4JZQA 4EVMA 2KLXA 2DJJA 4GQFA 2LV3A 2RM6A 3F6FA 1USBA 2HT9A 4H86A 5F8BA 3Q18A 4KH7A 2EIRA 5IQYA 1HQOA 4ULXA 1UC7A 4CW9A 1VF4A 3GRXA 2L4CA 2P5RA 2V6OA 5G5EA 6GSWA 13GSA 3ZYWA 1NHYA 4F03A 5IOXA 3VWXA 3WGDA 1M99A 2YPMA 4ECBA 4P3YB 3GIXA 1DE2A 1QMVA 2XBQA 4ML6A 1T4ZA 5EPFA 1XFLA 5IO2A 1Q4JA 1WPIA 2B7KA 1AUCA 2HXKA 3LXZA 2O85A 3QMXA 2N5AA 1J08A 5IM9A 1AIUA 3IC4A 1VRSD 4FIWA 4MP4A 1OC3A 1AXDA 4Q5FA 3RHBA 3IDVA 1JZRA 1XW5A 5DJMA 4Q5RA 4LA1A 4HOJA 4DSQA 1G6WA 3RBTA 2CQ9A 1PA3A 4KSOA 8GSSA 1XWGA 3OR5A 5G31A 1N2AA 4E8EA 5D9XA 1HNCA 3ZITA 5A4WA 1NSWA 2VAFA 6GSTA 3CBUA 3C1SA 2QKEA 5ID2B 5DCGA 4QL7A 2NDOA 2X8CA 3BCIA 3I6AA 1CQHA 3HVVA 1F37A 3GX0A 4YH2A 2AYTA 1FO5A 3LSZA 2VL2C 4PUAA 2H1DA 4EDYA 4QQ7A 3I43A 3V1WA 3AY8A 4ZB9A 1EV4A 1KBNA 2FLSA 4X43A 1EOHA 2R6KA 3MDKA 2BJXA 5AIVA 3L78A 3IBHA 2VLTA 3I69A 2HYXA 2H66A 9GSSA 5GSSA 2F8AA 4BVYA 1TOFA 2IMDA 2M72A 2DC5A 3VK9A 2C80A 2LSTA 3ERGA 5B6MA 3EU3A 1E2YA 2GZYA 3GL5A 3VLNA 5J3RA 2YWIA 2J23A 4ZBAA 3ZFLA 3TJKA 3W6GA 1QUWA 5JCUA 1TRSA 1THOA 5J9CA 1TRVA 3QAWA 4HDEA 4AJ6A 3HDCA 1FG4A 1GH2A 2FA4A 1FOVA 3FR9A 1FHEA 1GP1A 2VL2A 5IMVA 3FHKA 3KTLA 3DYRA 3FKFA 1W4VA 2AB6A 4KCAA 3KGKA 3DEXA 1URMA 3FR3A 1K0MA 4KDYA 4X0XA 5DJLA 2PMTA 2PVQA 1PX7A 2KP1A 3ED3A 1K3YA 1C72A 2MMOA 1JHBA 4PXOA 1ZYEA 3MAKA 2MMZA 3ERFA 3UARA 2KP2A 3VPQA 1TU7A 2O89A 3CXGA 3IHQA 5B7CA 5A5KA 4GTUA 1AQWA 3KXOA 2GT5A 4I2TA 3D6IA 2HZEB 1A2LA 1EP8A 19GSA 5COHA 4V2LA 3TJJA 2K8SA 1PX6A 2FNOA 3H8QA 2O8VB 3N5OA 1B8XA 5D93A 1GUKA 2FHEA 2NTOA 5CRHA 3F8UA 2HI7A 5IIZA 3DVXA 4LL1B 4NXIA 1F3AA 3F0IA 3M0FA 3HA9A 1GTAA 4L8EA 5CP1A 3LWAA 5ECOB 3G9BA 1FB6A 1V58A 2GZPA 2WB9A 2MBTA 3QOUA 1LJRA 1QGVA 4PNGA 2V2GA 4BWSA 1XBSA 3KJYA 4ISDA 1QFNA 1BYEA 2XHFA 4JRRA 4EKZA 1XWBA 3DGQA 3UMAA 4HU7A 1BX9A 4EL1A 4YQUA 4MK3A 5AISA 4N30A 1CQGA 2G0FA 3ZLPA 1QXHA 2DBCA 3F4TA 1XOAA 5ELGA 1GLQA 1XVQA 3QAVA 4XS1A 5A4VA 2E2GA 1M2AA 2C3TA 1FW1A 4ECIA 5GAND 2H72A 2I9HA 2LRCA 3U5RE 1VGLA 4XCSA 3G7JA 4GXZA 3TJFA 1JZWA 4IJ3A 1FAAA 2RUEA 1U3IA 4RQRA 3HHVA 20GSA 4POMA 1WP0A 1GTIA 3D4TA 2I3YA 3HYPA 5DBQA 3ZVJD 3RHCA 4EXJA 3A2WA 4MF5A 1NHOA 4TXOB 3TKRA 1XWCA 3IOSA 3ME8A 5ABRA 2WZ9A 5AGYA 3QFAC 5IMDA 4MZBA 3W8JA 4BWQA 2IFQB 1OKTA 2DIZA 2JSYA 2LTKA 5DALB 2VD0A 3IR4A 4ILFA 1SJZA 3ZRDA 4ECJA 1J0FA 3VWVA 3ZL5A 2LS5A 2DJ3A 4MZWA 5EL8A 1YEPA 4G10A 5IOWA 1A2JA 2MYGA 1SU9A 1PKWA 4FYBA 5FHIA 2CA8A 2C4JA 3HVXA 1PKZA 1TI1A 1ST9A 4G2EA 2Z9SA 3LG6A 1JLWA 3TKPA 2L59A 2IMKA 1GSUA 2YV7A 4ZB8A 4EO3A 3IV4A 3KP8A 5EVOA 1G0TA 3UBKA 1RQMA 4JE1A 3EINA 3RPNA 2E7PA 2HSYA 1GWCA 4NWYA 3GTUB 3C7MA 2YNXA 1ZCPA 1XZOA 3UAPA 1YDKA 4XRDA 1QK8A 3HKRA 3UVHA 5ECHB 1EGOA 4K7NA 2WULA 16GSA 1B4PA 2YWOA 4BL7A 3CSHA 2RUFA 2H75A 2O7KA 5HQPA 2OE1A 2B7JA 2WDUA 2H6ZA 3RAZA 1MTCA 4DSSA 3MNGA 3WD6A 3FZ9A 5CREA 5DQSA 4HI7A 3HJPA 2V6KA 1OVNA 3GL3A 1GRXA 2O87A 3N9JA 4OFTA 1GTUA 3GNJA 2DMMA 1PSQA 5D8IA 1BAYA 5F0GA 4TRXA 1M2DA 3S9FA 2ON5A 3GHAA 2C0DA 4WBJA 1YKCA 3LXTA 4K2DA 5HR3A 4EF0A 2L57A 4WETA 3DRNA 4JU5A 4F82A 3HVSA 4XHMA 1EOGA 4MH2A 2FUG2 1MDIA 2C0GA 4YQMA 1O85A 1G7OA 4EUYA 4IQ1A 1EV9A 2E0QA 3C8EA 3FK8A 2B5EA 3QAGA 2FA8A 5IPHA 1PMTA 1XXUA 2WFCA 1YQ1A 1T00A 1H75A 4PGTA 1XWKA 4OCEA 3DKSA 2CAIA 2F51A 3HZ4A 2XC2A 1OC9B 4K0GA 3JCML 2YOIA 3CRUA 4XS4A 3EWLA 3UEMA 1NM3A 1AC1A 2C1YA 1H4OA 1MD4A 5DAKB 3ZVJA 2VM1A 4BA7A 5J4UA 5G2ZA 1VF1A 2CX3A 2YZHA 1EEJA 2IJYA 3VI7A 1HD2A 1TP9A 2DJ1A 3D21A 4MZCA 1PRXA 2L5OA 1XVWA 3IE3A 3CTFA 4TOPA 3LJRA 2R37A 4RUVA 3CTGA 4OO5A 4EDZA 4IN0A 3VI5A 1V9WA 3EU4A 1FVJA 1M0UA 1EEMA 2DJ2A 4V1Ag 2KOKA 1A24A 3GKNA 1AAZA 2GQKA 4MPGA 2I81A 3VFIA 3GH6A 4FYCA 4IBPA 1ZGNA 5AIXA 3D4MA 2H1AA 2TRCP 1ZZYA 2LRTA 3NIVA 2RM5A 3WT2A 2EIQA 3ZTLA 4WR5A 3LGCA 4O92A 3F3QA 3H1NA 1NW2A 2K18A 3QPMA 2K8VA 12GSA 2V32A 3UJ1A 5HFKA 3TOTA 2PUKC 2WRTA 18GSA 2GVPA 2GGTA 1HNAA 2B5XA 2XPDA 4K0NA 4PQIA 2GSRA 2PN8A 1WMJA 4L5OA 1R7HA 5DQYA 11GSA 5A4UA 3QD9A 5LCZA 4BPYA 5J5NA 4MMMA 1WRYA 2HNLA 2OACA 4NHZA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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