1QGVA

Human spliceosomal protein u5-15kd
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
136
structure length
130
Chain Sequence
SYMLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Identification, characterization and crystal structure analysis of the human spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kD protein.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SPLICEOSOMAL PROTEIN U5-15KD
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 130
sequence length 136
ec nomenclature
pdb deposition date 1999-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1qgvA00
2RM6A 5ECIB 3GKKA 1XIYA 2VLTA 4HZ2A 3L9UA 3APSA 1GSUA 4EDYA 6GSWA 3ZREA 2H1BA 5CAXA 4JEDA 2B7KA 4XS1A 4V1Ap 3IBHA 1ERWA 4KDUA 3VFIA 4EC0A 3IR4A 1TRUA 1Q98A 4EO3A 3D22A 3TCOA 4WR4A 3ERGA 1Y6EA 2K6VA 1X9WB 2YZHA 4GQCA 2P5QA 4QL9A 4QQ7A 4TR3A 5IO2A 3TJFA 2KUCA 3Q18A 1J9BA 2JZSA 3TJGA 1XPVA 4MABA 5G31A 1E2YA 2FWEA 1HNAA 2ZCTA 3FEUA 3HZ8A 1G6YA 2MBTA 3TOTA 3FZAA 3TRXA 3VWUA 3P90A 1M99A 4F0CA 1QXHA 2IN3A 5E59A 4GSSA 1Z9HA 3KXOA 2AB6A 2PVOC 2YJHA 5IMZA 2O85A 3VURA 3WGEA 3MSZA 5ABRA 1XWCA 1PGTA 3KCMA 1AQVA 1Z7PA 1A2LA 2HNLA 5HQPA 5F0GA 1T00A 1YEXA 1M2AA 2I81A 1SJZA 4WKWA 4ML1A 4I8BA 1CQGA 2YV7A 2NBSA 5CNWA 3IAM2 3P7XA 4HOJA 1FVJA 2YWOA 1YQ1A 5COHA 3VWVA 2IFQB 1Z5YE 4IKHA 1I9DA 2AV4A 3O76A 2LEGA 4PXOA 4N10A 3KM6A 2HSHA 3TB2A 2ZUPA 4KCEA 2H72A 1F2EA 1A8LA 2B7JA 2I4AA 3IK7A 3DVWA 1XWAA 1DE1A 1F6MC 3HDCA 1MEKA 2LRCA 1DSBA 1MDJA 5D9XA 4RQXA 5CREA 2ES7A 3KTBA 4PGTA 4DEJA 4LA1A 1EEJA 2WCIA 3FW2A 4MDCA 1OKDA 4JR6A 5KN1A 2VO4A 4I2TA 1GUKA 1VRSD 4LL4B 14GSA 3J7Yb 3W8JA 5J4UA 1PMTA 3WT1A 5HFIA 2VL2C 1BJXA 4FYBA 5J3RA 1GUMA 5D93A 3ZIVA 2NPBA 1B9YC 1JZRA 2LTKA 1Z7RA 2YCDA 5DJMA 4HQZA 5IMFA 2YPMA 2X99A 5B7CA 13GSA 1SL2B 1YF1A 3JCML 5EL8A 1H75A 4PURA 2H19A 2I3YA 2OE3A 3BOAA 1EOHA 2KP1A 1Z6NA 2OA7A 2PPTA 1M7TA 3L78A 1A2JA 3EINA 1M9BA 3ZFLA 4JU5A 1HNBA 2C3QA 3M1GA 1U87A 2K18A 2YNXA 3CMIA 2HFDA 6GSUA 4EE0A 1UN2A 4GCIA 4IELA 5CYYA 4J2FA 4GSTA 3HHVA 4D73A 2LQQA 3KZQA 4MF6A 12GSA 4XTSA 4EVMA 3KP8A 3LXZA 1WMJA 5G5EA 2IPAA 1X0RA 1PRXA 3A2WA 4V2LA 4BPYA 1QGVA 4I2UA 3L4NA 1T4ZA 3UBKA 1PD21 11GSA 2TRCP 2VLVA 1XCCA 4NPBA 2PERA 3BD2A 2DLXA 1VF2A 3Q74A 1XBSA 1K0NA 4MJCA 2L6CA 3TJJA 2RM5A 5DJLA 3I69A 3IAS2 4IW9A 1VF3A 4HU9A 4TXOA 1HD2A 5CP1A 1AQXA 3A2XA 2LJRA 1K0BA 1TRVA 3QFBC 2RIIA 2YWMA 3IDVA 1PN9A 2LJKA 4AJ8A 3P8WA 3GUSA 3FYGA 5DALA 2B3SA 1XW6A 2BMXA 3DKSA 1C72A 1R5AA 2VCTA 4XRAA 2IFQA 3UBLA 4POMA 5DAKB 2WDUA 3TDGA 3ZL5A 1X5EA 1AXDA 2MMAA 5C04A 2YWNA 1A23A 1OC9A 1RK4A 4K9ZA 2HLSA 1Z3EA 1B48A 1WRYA 5JCUA 3ERWA 4QL7A 1O81A 1OC8A 2GSTA 4RI6A 2JZRA 5JCGA 1PL1A 2WS2A 3WYWA 1JZWA 3KGKA 4ML6A 5HFGA 2JADA 3M3MA 5G5FA 3GX8A 3GYKA 1I5GA 1YKCA 1O6JA 3QFAC 3EYTA 1EEMA 1S3AA 1TI1A 1TTZA 3J7Yk 4ACSA 2M80A 3ZFBA 1XFLA 1XZOA 2HXKA 1ILOA 1V40A 9GSSA 2PUKC 1TU7A 1XXUA 3GTUB 2QGVA 4DSSB 3RHCA 5CO3A 4YQVA 1QK8A 3I43A 3UARA 3LSZA 4NHWA 5J9BA 3ZITA 2I1UA 2CX4A 6GSVA 1TI3A 1TDIA 3E9JB 4IP6A 2CZ2A 4F9ZA 3AY8A 3ZMLA 3H1NA 3CYNA 4FYCA 2PWJA 1U3AA 5AGYA 1K0OA 2H1GA 2FGXA 2X64A 4KNDA 2JL4A 2CV4A 2VCZA 3W8SA 2IIYA 3MNGA 3L0HA 2OE1A 2VM2A 3VPQA 3C71A 3DD3A 5GSTA 3GHAA 4OD7A 2C3NA 1DBYA 3PGTA 3EWLA 1RW1A 5KN3A 2E7PA 3FKFA 4WR5A 2C4JA 1MTCA 3ZTLA 5KN2A 1GH2A 2JU5A 3CTFA 1B4QA 4X0XA 1ACVA 4OCFA 2YV9A 1XVWA 1N2AA 2GGTA 3UOMA 2TIRA 5F06A 2K8SA 1TOFA 1F3AA 3F4TA 1CQHA 1U6TA 2IMFA 4HUAA 1SD9A 2LNTA 1SJ6A 1GULA 2IMDA 3QD9A 3RHBA 1XW5A 4PNFA 6GSYA 5DBQA 1FB0A 3C73A 4MCUA 3A5WA 5AISA 4V2MA 5IMDA 5HR2A 2M46A 1MD3A 3M9KA 1SD8A 3C7MA 2DJJA 4CW9A 2BTOT 3LEFA 4GSNA 5A5KA 3ZIJA 3IPZA 3QOUA 4MZBA 2HRNA 2L59A 5CRGA 3CSJA 1SK0A 2V32A 1LU4A 2L5LA 4K8MA 3GN3A 1SJIA 1YZXA 5HR1A 2GSSA 2MMZA 1DUGA 4DSRA 1ZZYA 4F0BA 2FWHA 2REMA 2F8AA 4EUYA 1O8WA 5ECHB 2B6MA 3ME8A 5ELGA 1X9MB 4O92A 4NXIA 5IMAA 4I6XA 2VD0A 4E8HA 4JZQA 3G7IA 1K0DA 1BAYA 4LL1B 3LWAA 3FY7A 2GDRA 4YAPA 1SYRA 2X8GA 3RPPA 4G10A 5F05A 2GSQA 5B8BA 1O8XA 4IHUA 1NHOA 2GLRA 1EGRA 3HJPA 1R26A 2VL2A 3CSIA 4KDYA 3DEXA 5FWGA 1PA3A 3GTUA 2MBSA 4KH7A 4DSSA 4ECBA 2LQOA 2JSZA 1WJKA 4YH2A 1NSWA 2LRNA 4GXZA 5EY6A 2LUSA 2XHFA 1Q4JA 5CRDA 4TR1B 1XWGA 5DCHA 2O87A 3G9BA 1XW9A 1LJRA 5IIZA 4F2IA 3KH7A 2PGTA 4OFMA 3FZ4A 4LMVA 1KTEA 2C0DA 4K0NA 4JE1A 1AC1A 2OBIA 1EWXA 2FUG2 1KBNA 4OO5A 2RLIA 4XS4A 2P31A 1JLVA 2EC4A 4TR4A 5HFKA 2OACA 4X43A 2H73A 4WBRD 3GX0A 3UVHA 2C1YA 3PH9A 2N5FA 3GH9A 3LJRA 1G6WA 4ZL9A 2MZCA 1T3BA 1AW9A 2CQ9A 1YDKA 1A2MA 1IYHA 4ZL8A 4MF5A 3H4KA 5LCZA 1SYXA 4J56E 1LBKA 3IHQA 2FA4A 4HJ2A 4FIWA 1V2AA 2FWGA 2DIZA 3CTGA 3ZVJD 4K1FA 5IMVA 1NHYA 4OFNA 3IOSA 4KUNA 2VCVA 4HJMA 3KH9A 5LNKe 3O3TA 4LLRA 2AUVA 3TGZA 1GTUA 1WOUA 2XBQA 3EMPA 2CA8A 4MF7A 3TKSA 1UA5A 3QCPA 3GKNA 4ZXGA 2LKUA 4ZB9A 3U5RE 1EV9A 1M9AA 3KP9A 1AAZA 3P2AA 5IO0A 4KSOA 1PX6A 2QC7A 5EPFA 1O85A 1ON4A 4NAXA 1E6BA 4Q5QA 3F9UA 3F63A 1MD4A 4IJ3A 4AJ7A 2C8UA 1J08A 1A0RP 3TUEA 2EIOA 3LGCA 2J23A 3TKSE 3HVVA 4AGSA 1DE2A 2HZEB 2DJ2A 1XWBA 5FHIA 1JZDA 4ECIA 1MDIA 3GKXA 4TOPA 3HVXA 5G1KA 1THXA 1OC3A 4G2EA 1G7OA 4MH3A 1TK0B 3D21A 4MJBA 4TKYA 5JWOB 4TRXA 4EXJA 4FH8A 4L0WA 5ECPB 2F3MA 3APOA 3ED3A 4NMUA 4HI7A 4PUAA 5H5SA 1T8EB 2GQMA 4ZBAA 1SKRB 5ECNB 2H1DA 2WJUA 3EU4A 3EE2A 2PMTA 4OFTA 3F3RA 2YZUA 2CVKA 2VCQA 4TN8A 1EGOA 4KGIA 4YQUA 3O6TA 2R37A 4V2NA 3VWXA 1UVZA 1PX7A 3FK8A 1XOAA 1TRWA 5G1LA 1K3YA 2H01A 1WP0A 3A3TA 17GSA 1PQNA 2LNSA 4MP4A 4MZCA 2AAWA 3HA9A 5GSSA 1ST9A 3UMAA 1BX9A 19GSA 2HRFA 4ID0A 3F4RA 4JBBA 5ID2B 1JHBA 1T7PB 2JACA 1KEBA 2F9SA 5B6NA 6GSTA 2DJKA 4MJEA 2ZNMA 3OR5A 2WB9A 1OAZA 1FO5A 2FY6A 2XBIA 1GSQA 2CT6A 3UJ1A 2H71A 2R2JA 3DIEA 5ECQB 3KIJA 3GKMA 3BJ5A 1GSSA 3RBTA 1SK1A 3MDKA 3TJBA 2PBJA 3N5OA 1U3IA 4ILFA 2CAQA 1OKTA 3GFKA 3FR9A 3ISOA 2GT6A 2H6YA 5JWQB 4MH2A 5E4WA 4PNGA 3D5JA 2TRXA 2C0EA 4Z7XA 3WD6A 3E3EA 2HSYA 2PU9C 4HU7A 3BCIA 1N8JA 2NVLA 3ZVJA 2EIQA 3FZ5A 5F07A 3M8NA 4GLTA 1WPIA 2H0GA 2OADA 2H74A 3LQ7A 1PSQA 2P5RA 3BBYA 4XS6A 3CBUA 1ZOFA 4JR4A 5AN1A 1ERUA 2WRTA 4KCAA 2CX3A 4BA7A 2J9HA 1ZL9A 2DIYA 2H30A 1QFNA 1GLPA 5A4VA 2WZ9A 3F6DA 3PR8A 2OJLA 2FA8A 3US3A 1G0TA 3FRCA 2HZEA 5D8IA 20GSA 1VF1A 2G2QA 4NHZA 1BEDA 4I97A 5J9CA 8GSSA 3DYRA 2DSAA 3GL5A 3G7JA 2H1AA 4P3YB 2BJXA 4IN0A 1V57A 2IMEA 3CSHA 2M72A 4X1UA 1YY7A 4TR0A 2AHEA 1V98A 3HXSA 2CAIA 3TRQA 2N5AA 4IBPA 3EU3A 1EP7A 2FD3A 1NM3A 4N0ZA 1GTBA 2VOCA 5IPHA 4KB3A 4I5QA 4K0GA 3QPMA 3F4SA 1ERTA 1R5PA 4K7OA 4FYUA 4G9HA 4V1Ag 5DDLA 3GSTA 5ECSA 5ELAA 4DSQA 3HCZA 1A8YA 4BL7A 3UVTA 2IMKA 3U6VA 5A4UA 4KAEA 5ID2A 2FNOA 1IYIA 3VK9A 2H6ZA 3C1RA 4XIHA 4GRFA 3ERFA 2DC5A 5A4WA 4IVFA 1O73A 1KNGA 2JSYA 4OMVA 6GSSA 1JZOA 3KJYA 3ZYWA 2LS5A 1F9MA 2K8VA 4J57E 4MZWA 2R5GA 2QKEA 2VCXA 2P0GA 5DAKA 2AJQB 4TXVA 1AQWA 2VL3A 3DRNA 2NTOA 1TRSA 3TKQA 3Q19A 4ECCA 5D73A 2OE0A 1FB6A 3I9V2 3RDWA 10GSA 2V6KA 1ABAA 5DQYA 4WETA 1TK5B 2ON5A 3QAGA 3QAWA 16GSA 3UEMA 2IL3A 1H4OA 2YOIA 1GRXA 4EKZA 1XOBA 1GTIA 3KMNA 3L9VA 1VGLA 4WEYA 4XRDA 22GSA 2R6KA 2VLUA 2H0IA 4HS1A 1SKWB 3GA4A 1FHEA 2E2GA 4TVEA 1GLQA 2HZFA 3KTLA 1K0CA 1GP1A 4HQSA 4AJ6A 1G7EA 1S3CA 4ISDA 1SK2A 3F0IA 3FR3A 3APQA 4EDZA 3EMXA 3LORA 5J5NA 5EVOA 2V1MA 4BWQA 2DJ0A 1S3DA 2KP2A 1T4YA 3GNJA 4O5RA 1TK8B 3D4MA 4GQFA 3DWVA 3E0UA 4NV2A 3HKRA 3W6GA 1ZYEA 4OO4A 1GSFA 1O7UA 2GZPA 3QMXA 2CZ3A 4IP1A 1NW2A 4IJIA 5CRHA 3VI5A 4D73B 3HY2A 3HVSA 1GSYA 5DQSA 5G30A 4KX4A 4PUFC 3GH6A 2LV3A 2L4CA 1QMVA 2IJYA 5F8BA 3VI7A 2K9FA 5HR0A 5AIVA 1GL8A 1ZCPA 4JRRA 4Q5FA 2A2SA 4N11A 4OWYA 2N5BA 3FZ9A 1SENA 3GL3A 2I9HA 1QQ2A 3BCKA 1ZMAA 5GAND 4K7NA 2H8LA 3NZNA 2XPDA 4XCSA 2MMNA 5JCWA 1W4VA 3LG6A 5G2ZA 4HEA2 1F37A 2VUPA 4TXOB 4CHSA 2LJAA 1FG4A 4MA9A 1A0FA 1ML6A 3UIWA 3VPTA 2R4VA 3WT2A 2H75A 3TOUA 4DVCA 2L4QA 3WGXA 1J0FA 2O89A 3D0ZA 5DALB 2B1KA 3ME7A 2PVQA 3HZ4A 4IQ1A 3L9SA 2L5OA 4G19A 3KEBA 2LRTA 2YJ7A 4L5LA 1OC9B 3HJOA 2OKAA 1JLWA 2FWFA 1GSEA 1B8XA 1TU8A 5IOWA 5H5RA 1M0UA 3ZRDA 1TXXA 1YF0A 3K8NA 1EZKA 1PKZA 5B6MA 4ZBBA 1R4WA 4PQ1A 3TKRA 2KOKA 3QAVA 1SL0B 4POBA 4L8EA 4MJAA 3RAZA 3S9FA 2V41A 1XWKA 2GSRA 2OBKA 2GQKA 1URMA 2DJ1A 2H76A 3F3QA 4ZIJA 5IMCA 2ALBA 1UC7A 2ON7A 4BVYA 2YWIA 3QR6A 2WULA 2DMMA 4NWYA 4WF5A 2B5XA 3CRUA 4KE3A 1K3OA 5AIXA 5DCGA 2F51A 4Q5NA 4K7IA 5KEJA 2WFCA 3NIVA 2GT5A 4F82A 3F6FA 4EL1A 1U88A 3UL3A 3GIXA 4KW6A 5GZZB 3MWHA 4OCEA 5HR3A 2HI7A 4AF2A 1USBA 2VCWA 3M0FA 4RI7A 3SWLA 4ZB6A 2E0QA 1JFUA 3VLNA 4WBJA 1SU9A 5ENUA 1PL2A 5J41A 2VD1A 1GNEA 4GTUA 2XC2A 4MPFA 2B5EA 4CDOA 1F3BA 2JZTA 2DMLA 5IOXA 2EIRA 1WWJA 4TR1A 3GRXA 1OE8A 4NV5A 4KSMA 2V6OA 2YANA 5ECMB 1MDKA 2D2ZA 2C0FA 5LD0A 3LFLA 5ECOB 5D9TA 3GSSA 3G7YA 5D9WA 2DBCA 3Q6OA 1EV4A 2X8CA 1WIKA 3QDNA 5D9VA 2FHEA 4IGJA 3CXGA 3CRTA 4MMMA 5B8AA 3H8QA 2O7KA 1X5DA 1B4PA 3ZZXA 3M9JA 2VL9A 1M2BA 4PQIA 3ZMKA 1OVNA 2X8HA 4ZL7A 5ECLB 2V2GA 1GNWA 1A24A 2DJ3A 3ZLPA 3IA1A 3GMFA 1EOGA 4N0VA 1BYEA 1V9WA 4L5OA 4BWSA 3EURA 2YP6A 3NOFA 3KMOA 3I6AA 5GAPD 3FHKA 2KHPA 1K0MA 2WGRA 1AIUA 2MYGA 4ZILA 3LYKA 3UAPA 2F8FA 1OE7A 4WXTA 1ERVA 4O32A 4YAVA 3GV1A 4GWRA 2GZYA 4H86A 3GURA 3HJMA 1PKWA 3TKSC 2QSIA 3D6IA 4POKA 3HD5A 2H66A 1BG5A 1YJ6A 2MMOA 2RUEA 3DXBA 4POLA 4MPGA 1WE0A 1Y25A 2R3XA 4K2DA 3SBCA 5L71A 4ZBDA 1TKDB 4EF0A 1B9XC 2GQLA 4ZB8A 2G0FA 6GSXA 1X9SB 2C80A 4TW5A 5IM9A 3VWWA 2HT9A 2C3TA 5IQYA 2H70A 2RUFA 1K3LA 18GSA 2VAFA 4PQHA 2GTUA 2O8VB 2HE3A 1M2DA 2Z9SA 3TRPA 1T1VA 1Z6MA 2AYTA 1YKAA 3WGDA 3DGQA 4K6XA 3C1SA 4KA0A 4N30A 1TP9A 1FVKA 3LXTA 5CRWA 2FCHA 4E8EA 2L57A 3FR6A 1GTAA 1QUWA 1V58A 4XHMA 2E2MA 4RUVA 1HQOA 4PX1A 1YEPA 2GS3A 3N9JA 4WF4A 4FO5A 1EP8A 2GZZA 1X5CA 1OYJA 4KDXA 1THOA 5IPGA 4F03A 4XS4B 1VF4A 2C0GA 4L0UA 4ULXA 2A4VA 3H79A 2H6XA 5INYA 4IQAA 3PINA 1RQMA 2GVPA 2NDOA 4O7HA 1TW9A 7GSSA 4RQRA 2IWTA 1XVQA 1BQ7A 2KLXA 1ZYQB 5D96A 3V1WA 3IXRA 4HZ4A 1AUCA 1GSDA 3EC3A 4YQMA 1TJDA 2B5YA 1HNCA 1SL1B 3EVIA 3D4TA 4IS0A 1FAAA 3TJKA 5JWRB 3HYPA 4BVXA 1K0AA 1HYUA 2IMIA 5FT3A 2LSTA 3A2VA 2PN8A 2B1LA 2XPEA 3F8UA 3IC4A 3IE3A 2L6DA 4HDEA 5ECKB 2YN1A 3MAKA 2VM1A 5KN0A 5H5QA 4GF0A 5ECRB 5C00A 3IRAA 1GUHA 4ECJA 5DVBA 1ZGNA 2FLSA 3RPNA 4Q5RA 2HYXA 3IV4A 3LYPA 1GWCA 4LMWA 1FOVA 3C8EA 3DMLA 4MK3A 3H93A 2VIMA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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