1FB6A

Crystal structure of thioredoxin m from spinach chloroplast (oxidized form)
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
VQDVNDSSWKEFVLESEVPVMVDFWAPWCGPCKLIAPVIDELAKEYSGKIAVYKLNTDEAPGIATQYNIRSIPTVLFFKNGERKESIIGAVPKSTLTDSIEKYL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two functionally different thioredoxins in spinach chloroplasts.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN M
molecule tags Electron transport
source organism Spinacia oleracea
total genus 30
structure length 104
sequence length 104
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2000-07-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1fb6A00
2EC4A 1VRSD 4L8EA 2CT6A 2F3MA 2WDUA 2K9FA 3LGCA 2V41A 3HYPA 4RI6A 2HT9A 3CTFA 5HR2A 5DBQA 1X9MB 3ME7A 3CRTA 1GSEA 2V6KA 4POKA 1EGOA 2JZTA 8GSSA 3M1GA 3DRNA 3H93A 2PBJA 2JACA 5IMFA 1Q4JA 3M9KA 3KM6A 1X5DA 3FHKA 2DJ0A 1KTEA 3GN3A 1K3LA 3D0ZA 4ILFA 1XZOA 1QK8A 3ZREA 5CP1A 1YF1A 5DAKB 1F3AA 3PR8A 2LV3A 4G2EA 4O92A 1B9YC 3L9SA 4BA7A 3FR6A 5G5EA 2H0IA 5AIXA 2JSYA 5IMAA 3EMPA 5HFIA 1X9SB 3UVHA 1FAAA 1MDKA 1TRVA 3EURA 1XW6A 2YV9A 2H8LA 1UVZA 2B5XA 2HSYA 4NMUA 5G31A 1AUCA 3IPZA 3UMAA 4NHZA 5JCWA 12GSA 2OJLA 3ED3A 3IK9A 1TK8B 2L5OA 1NHYA 2YWOA 1F37A 1TW9A 4NHWA 3N9JA 3P7XA 1T7PB 1N2AA 2FWHA 2AB6A 1OE8A 3HVSA 5F8BA 2H0GA 3VWXA 2CVDA 1PL2A 2YOIA 3VPQA 5D73A 1FVJA 3K8NA 3KJYA 2LRCA 2KOKA 3A5WA 2YCDA 3HJMA 13GSA 4KDXA 5B8BA 2HNLA 1O73A 2VIMA 4AJ6A 1DE2A 2PN8A 3CSJA 3QCPA 3O3TA 3ZVJA 3VFIA 4KB3A 1S3CA 1SK1A 2VCXA 2ON5A 3GHAA 2ZUPA 4MJBA 2B1KA 1DE1A 4XCSA 5ECHB 4GQCA 2C3TA 3F6DA 3GKNA 2H1GA 5DVBA 3VURA 3EYTA 1U87A 1GLPA 1TTZA 3IDVA 4GTUA 2RUEA 1JLVA 4ZBBA 2WFCA 4QL7A 2V32A 4OWYA 3U6VA 1OC9B 4CDOA 2MBSA 3GTUA 1GLQA 2VUPA 5EL8A 2H1DA 1T00A 2F51A 1S3AA 2WB9A 1PQNA 2BJXA 4L0WA 1FB0A 3VI5A 2AJQB 1SL0B 2IMIA 4N11A 1TI1A 2X8GA 3KTLA 4GLTA 5JWOB 2C80A 5DJMA 4G10A 3R2QA 5ECRB 4TRXA 2ES7A 1EWXA 2IFQB 1YZXA 1FO5A 4L0UA 3H4KA 1GUHA 3LWAA 2YN1A 4TR1B 3N5OA 2LTKA 4FH8A 3NIVA 3IE3A 2HXKA 1ZZYA 3FYGA 3GA4A 2YV7A 1PN9A 5F06A 2AHEA 1ZGNA 2OA7A 1F6MC 9GSSA 3WGXA 4ML1A 2TRCP 4JEDA 16GSA 3HZ8A 4ZB8A 4NAXA 1R5AA 1TP9A 2MMZA 3QD9A 2VLTA 1WP0A 3RBTA 3GX8A 1PD21 5IIZA 4EL1A 3DWVA 5KN2A 2O8VB 1QQ2A 2CA8A 2L57A 2YWNA 2YNXA 4KW6A 4ZL8A 4I6XA 1UN2A 4TKYA 4V1Ap 4D73A 1J9BA 4GWRA 4F03A 3ZZXA 2K18A 3ERFA 2KP1A 4FIWA 3LORA 3FW2A 3RPPA 1Y6EA 4V2LA 5ECQB 2B5YA 1VF4A 2ZCTA 3LSZA 4ECIA 4FYCA 4EE0A 3IR4A 3RHCA 1M0UA 5KN1A 1V58A 4POBA 1AQWA 4QL9A 2GSQA 2K8SA 1SU9A 3F63A 1ERTA 3TKSA 3MDKA 4IJIA 5ELGA 1K0NA 2XBQA 3KEBA 2B5EA 2VD0A 3OR5A 4OO5A 4V1Ag 3HDCA 2C0FA 4KDUA 1SJZA 3G7YA 4JE1A 1R4WA 4AF2A 2C3NA 1VF2A 3NOFA 3WGEA 4IKHA 3KIJA 3A2VA 4KAEA 3ZITA 5DAKA 3C73A 1GTAA 2JL4A 3V1WA 4KCAA 1CQHA 3QFAC 4KH7A 1KNGA 1G6WA 2CZ3A 11GSA 2GZPA 2C4JA 2NTOA 2WS2A 3Q6OA 1J08A 3MWHA 3F4TA 5H5SA 1XW9A 1PMTA 1FW1A 1OC8A 1I5GA 1EEMA 4KE3A 1URMA 1SYXA 2A4VA 4YQUA 4OO4A 3D4MA 2MZCA 2FD3A 1B4PA 1OYJA 1J0FA 3HJPA 1GSDA 4JR6A 5ECNB 3F8UA 2GQLA 17GSA 1T3BA 1X5EA 4Z7XA 2GQMA 2K6VA 1A2LA 2FHEA 1GSQA 1TKDB 4PX1A 1JFUA 3ZFLA 5IOXA 2JSZA 4BWQA 1HNCA 4HU7A 3UJ1A 2VM1A 2LRTA 1OVNA 1HYUA 2F8FA 3I43A 2QKEA 3IRAA 4IS0A 2FA4A 1GULA 2H70A 4FYBA 2H75A 3M0FA 5FWGA 4Q5RA 4G9HA 1ZMAA 3ZRDA 3KZQA 4GSSA 4HJ2A 3U5RE 1TK5B 1XCCA 2F8AA 2BTOT 5ECIB 5L71A 3FR3A 4KUNA 2VM2A 3D21A 3F9UA 2QGVA 10GSA 4WF4A 1GTBA 4PNGA 4WEYA 2CX4A 4ECCA 3HHVA 2P0GA 2JU5A 1FOVA 3L9VA 1O85A 3GRXA 1GNWA 1N8JA 1TDIA 3ZMKA 5A4UA 4OFMA 4MCUA 3C1SA 5GSSA 2IFQA 2IWTA 5H5RA 3H79A 2PWJA 1XWKA 3F3QA 2HI7A 4TR1A 3GKXA 1JHBA 2D2ZA 2H6ZA 1AC1A 4I5QA 2YP6A 1VF1A 4KNDA 4JBBA 1EGRA 1NHOA 5G2ZA 2IN3A 1Z9HA 4WR4A 2VO4A 1Z5YE 4YQVA 4OD7A 5EY6A 5HQPA 4LLRA 1AW9A 2FWGA 3FZAA 4CW9A 4K7IA 3GURA 2H6YA 4ZBDA 4F82A 2I3YA 5CO3A 4MZBA 4PUAA 3IAM2 4TR0A 1G7EA 1WE0A 4NWYA 1YY7A 2FCHA 3GSTA 1XIYA 3TJKA 1KEBA 3IHQA 4POLA 2GVPA 3P8WA 1K3YA 2LUSA 5G5FA 1WJKA 1RK4A 1PX6A 5ECMB 2O89A 2GTUA 5IMZA 1BG5A 3GKKA 4J56E 3ZTLA 3DXBA 1X9WB 3Q74A 4OFTA 2CZ2A 2Z9SA 4MMMA 1OKDA 6GSVA 3QMXA 3ZL5A 4PURA 2H72A 2NPBA 2PGTA 3LXZA 3BD2A 3QPMA 5CYYA 3C8EA 4K6XA 1SKRB 3FZ5A 3D22A 1A0RP 2X99A 3LQ7A 5ENUA 4ZIJA 2E7PA 1KBNA 3QOUA 1GTUA 1QUWA 3TJGA 1QMVA 4F2IA 5CRDA 3P90A 4IW9A 4TXVA 4XIHA 2FUG2 5ECSA 2I1UA 5LCZA 1H75A 3J7Yk 1A8LA 1HNAA 1K3OA 2LRNA 5IMDA 4FO5A 4YAVA 2O85A 1K0AA 3IBHA 1XPVA 2GZZA 3MSZA 5DQYA 4EO3A 3EU3A 4MJCA 2FWFA 4O32A 2LJAA 4DEJA 1T4ZA 4MF7A 1SJ6A 3RAZA 2R37A 2RUFA 5F0GA 4KCEA 4MH2A 5C00A 3LEFA 1XWCA 3FZ4A 3I6AA 1DSBA 4V2MA 5ECOB 2I4AA 1TXXA 2R4VA 1MDJA 2YWIA 2XPDA 2LS5A 2YPMA 3P2AA 4HUAA 4LL4B 3BOAA 5H5QA 5DALB 4I8BA 3KH7A 1PRXA 2DJJA 2H76A 3BJ5A 4GSNA 5B7CA 3KCMA 4MJEA 1EV4A 2HRFA 3IV4A 3ZLPA 3CRUA 5DDLA 2EIRA 2J9HA 1G6YA 1LBKA 4IVFA 1G7OA 1OKTA 5J3RA 3APOA 4IQ1A 1V9WA 4Q5QA 1FHEA 2OE3A 4PQ1A 4PQHA 3BCIA 1WPIA 4WBRD 5CAXA 1Z3EA 5IO0A 3S9FA 3DMLA 4AGSA 3G9BA 3QAWA 2C1YA 3GSSA 2LEGA 5IMCA 3TKSE 4TXOB 5F05A 3C1RA 2R2JA 1XWAA 3FR9A 1O8WA 4EKZA 4IBPA 5A4WA 4XS1A 2LNSA 5C04A 1I9DA 4V2NA 2GLRA 3LYPA 1EOHA 4PGTA 3VPTA 3IK7A 3ZMLA 4L5OA 2LQQA 3GV1A 4MA9A 2B1LA 2YZHA 5E4WA 1TRSA 3CXGA 1HNBA 4BVXA 1PKWA 4Q5FA 1U88A 1TJDA 1ACVA 2N5BA 2HSHA 2VCZA 5E59A 5B6NA 3HY2A 4ZILA 3UIWA 3US3A 2CVKA 5AISA 2REMA 2O7KA 3CSHA 2DC5A 1ON4A 5AGYA 3KMOA 3KGKA 2LJRA 5EPFA 4IQAA 5JWQB 4E8EA 1WOUA 1V98A 3KXOA 2PVOC 1S3DA 4AJ8A 4FYUA 1O7UA 1USBA 2O87A 3G7IA 1CQGA 3AY8A 3CMIA 2H74A 2A2RA 1TOFA 3E0UA 2FWEA 5CRHA 4ACSA 4XTSA 1BX9A 3FEUA 1ST9A 2H66A 3TDGA 2KUCA 2J23A 5J5NA 3EWLA 5ID2B 3DD3A 2G0FA 3KMNA 2HZEA 2PUKC 4XHMA 4DSSB 5JWRB 3TRXA 2VL3A 1JZDA 4RI7A 3D6IA 3GL3A 1HD2A 3I9V2 2VCTA 2XPEA 1FB6A 3F3RA 1WMJA 3TCOA 1M2BA 4PXOA 2H1BA 1TRWA 1PKZA 3CSIA 4ML6A 5HR1A 5A4VA 3F6FA 4WXTA 2DMLA 4ZXGA 1B4QA 2HLSA 4LMWA 4I2UA 1E2YA 2DSAA 4GQFA 1GSSA 1O81A 2VLUA 2RLIA 3O6TA 4HZ2A 1EEJA 4BVYA 3IAS2 5D9XA 4XRDA 2IL3A 4OMVA 2C0EA 4O7HA 4K7OA 1WRYA 3TKPA 4X0XA 2H19A 3VK9A 4GCIA 2IMDA 5FT3A 2DJ3A 4BL7A 5DCGA 3TOTA 2ON7A 5B6MA 4AJ7A 6GSTA 5IOWA 3EMXA 2OADA 4XS4B 3MNGA 2H71A 1JZRA 1GH2A 2KHPA 3NZNA 3G7JA 3TOUA 3D5JA 2GQKA 5AIVA 3APSA 1GSYA 4I97A 2H30A 2IIYA 3O76A 2PMTA 1JLWA 3KP9A 2B7JA 3GUSA 2EIQA 3C71A 1DBYA 2GSTA 2E2GA 5G30A 1Z6MA 4G19A 4F9ZA 4HU9A 3M3MA 5G1KA 1WIKA 3BBYA 4MF5A 4PUFC 3W8SA 3APQA 3HD5A 1MTCA 1OAZA 5HR0A 1E6BA 3A2XA 3LFLA 2IMKA 3D4TA 2WGRA 5DALA 1OE7A 1G0TA 4ZB9A 4JZQA 4TN8A 4MPFA 1C72A 1UA5A 4H86A 5KEJA 4DSRA 4O5RA 6GSXA 4KSMA 5FHIA 4HS1A 3L4NA 4MK3A 4NV5A 1GTIA 2P31A 3DEXA 3C7MA 4N30A 1XW5A 5COHA 1XOBA 1OC9A 2RM5A 3ME8A 3WD6A 1TI3A 2MMNA 3ERWA 1U6TA 4HI7A 4TXOA 3ZIVA 3ISOA 1XWGA 3GNJA 3L78A 5HFGA 2VL2C 1M9BA 1K0DA 4WKWA 4NPBA 1F3BA 4N0VA 1V40A 3TJBA 2H01A 2HRNA 4HJMA 1NM3A 3Q19A 3F4SA 4LMVA 3IXRA 2WJUA 2PERA 3TUEA 1AQVA 4F0CA 3QDNA 1GUMA 1SYRA 2PU9C 3HKRA 5CRWA 1XVWA 2X64A 1K0OA 2GT5A 2PVQA 1XOAA 1F2EA 4ULXA 4GRFA 2VL9A 2G2QA 1YEPA 5A5KA 4BWSA 2WULA 3I69A 2DIYA 1MEKA 2GSRA 3EINA 1THOA 3IOSA 3RDWA 4YH2A 4PQIA 4OCFA 1T1VA 5J9CA 2A2SA 2LJKA 2VLVA 4MLYA 3PH9A 3GL5A 4IP6A 1M2DA 2JADA 2TIRA 1PA3A 1YF0A 1ERWA 5D9WA 3TRQA 1A0FA 1GNEA 5DJLA 5ECLB 1EV9A 3JCML 5EVOA 1W89A 3L9UA 4GSTA 5AN1A 2V6OA 2CVBA 3UEMA 3GKMA 5ID2A 4L5LA 4GXZA 3Q18A 1YKCA 3LG6A 6GSSA 1AQXA 4DSSA 3MAKA 1ILOA 2E0QA 3EE2A 5KN0A 5HR3A 1Z7RA 4MZWA 3DGQA 2DLXA 4OFNA 3HXSA 3VWVA 2B6MA 2OBKA 3HA9A 3CYNA 1XXUA 2YZUA 2OBIA 1GSUA 4ECBA 4KSOA 1XFLA 2GZYA 4J57E 1AAZA 2EIOA 1EOGA 5ELAA 3SBCA 1ZL9A 3TKQA 5B8AA 4KX4A 1YQ1A 1A23A 1K0MA 3WGDA 4MF6A 3KD0A 1W4VA 2LQOA 3BCKA 1SK0A 1PGTA 2P5QA 1ERUA 2H0HA 4MP4A 5ABRA 5CRGA 2DBCA 1VGLA 3LJRA 4CHSA 3WT2A 5G1LA 2M72A 3F0IA 2YWMA 4P3YB 2C3QA 1X5CA 2B3SA 3GX0A 4EF0A 2LSTA 4XS4A 1SD9A 2L59A 1QXHA 4XS6A 1OC3A 2L6CA 1XVQA 2YJHA 1V2AA 1TRUA 4RQRA 5ECKB 4HOJA 4X1UA 1O8XA 20GSA 3TJFA 2HFDA 4J2FA 3FZ9A 3RPNA 4K7NA 1O6JA 1ABAA 3UARA 2F9SA 1LJRA 3LYKA 2L4CA 4WETA 1NW2A 2MMOA 3J7Yb 2GSSA 2OKAA 5D93A 4JRRA 18GSA 2DJ2A 3ZVJD 2GDRA 3CBUA 2K8VA 3WYWA 4ISDA 5LNKe 5DQSA 5KN3A 5DCHA 5GZZB 3KH9A 2HE3A 2R5GA 2L4QA 2XHFA 3UBLA 1GSFA 4NV2A 2M46A 5JCGA 2MYGA 2VAFA 3QAGA 4YAPA 2WZ9A 3WT1A 1SJIA 3W8JA 5IM9A 4TR3A 1A2MA 1A2JA 1F9MA 2N5FA 2FY6A 4K8MA 4EDYA 3TRPA 2RM6A 2WRTA 4HEA2 1WWJA 3GH6A 1EP7A 4TR4A 3HVVA 2ZNMA 3H8QA 2NBSA 3HZ4A 1GRXA 2R3XA 4ID0A 2DJ1A 5GAND 4ZB6A 5J9BA 2C8UA 3EC3A 2I9HA 4EXJA 1Z7PA 3PINA 2AAWA 3FRCA 3PGTA 1TU7A 1Z6NA 5ECPB 6GSYA 2NDOA 7GSSA 1IYIA 4TOPA 1T4YA 2CX3A 2ALBA 1THXA 3H1NA 2LKUA 4IN0A 4OCEA 3RHBA 1R5PA 4F0BA 4TW5A 2I81A 1MDIA 2OE0A 3GMFA 1VF3A 2B7KA 4KGIA 2C0GA 2MBTA 4IGJA 3VWUA 1XBSA 3VWWA 1K0CA 3FKFA 3TKRA 4ZL7A 1YEXA 4POMA 2R6KA 4LA1A 4ZBAA 2YANA 1BYEA 3KTBA 3DKSA 1QFNA 4PNFA 1ML6A 1YDKA 6GSWA 1PX7A 4WR5A 2P5RA 4HQSA 4ZL9A 3EVIA 4IELA 2XBIA 2RIIA 3F4RA 2VCQA 1JZWA 14GSA 3HJOA 1TK0B 1U3IA 2N5AA 4K0GA 2AV4A 2VL2A 1GP1A 1AXDA 19GSA 2WCIA 1EZKA 2AYTA 2YJ7A 3FK8A 4WBJA 3ZFBA 1M99A 2VCVA 4K1FA 3IA1A 1Y25A 1NSWA 1MD3A 4JR4A 2JZRA 3UBKA 4N0ZA 5IO2A 2BMXA 1HQOA 1BAYA 3KP8A 2IPAA 3ZYWA 1SKWB 2GT6A 1RQMA 5J4UA 3TGZA 1U3AA 2C0DA 1M9AA 1B8XA 3IC4A 2V1MA 1GWCA 2DMMA 2QSIA 3GH9A 4MZCA 6GSUA 4RQXA 5D9VA 1ZCPA 3ERGA 1XWBA 3VLNA 3QAVA 2JZSA 1M7TA 2V2GA 2L6DA 4JU5A 5GSTA 1FG4A 1PSQA 3HCZA 5CNWA 2VCWA 1BQ7A 1SL1B 5IQYA 1SENA 2FLSA 2FNOA 3CTGA 5IPGA 4HDEA 2GGTA 1K0BA 2IMFA 2LNTA 1M2AA 1A8YA 4WF5A 3TB2A 1LU4A 2X8HA 3QR6A 4MABA 2OACA 1BEDA 3ZIJA 1TU8A 2FGXA 4EUYA 2H6XA 1RW1A 3TJJA 1FVKA 1B48A 4DVCA 5IMVA 3HVXA 3UL3A 1YKAA 4IHUA 3EU4A 5HFKA 1T8EB 2CQ9A 5LD0A 1R7HA 2FA8A 1IYHA 1PL1A 1A24A 5J41A 1AIUA 4BPYA 4ECJA 3GIXA 4IJ3A 4NXIA 1ERVA 4I2TA 5GAPD 2H1AA 4MH3A 2CV4A 3GYKA 4MPGA 1H4OA 2QC7A 1ZOFA 2IMEA 2KLXA 3GTUB 1V57A 1UC7A 2PPTA 4YQMA 1GL8A 4MJAA 5D96A 1SL2B 1BJXA 2L5LA 2H73A 3M9JA 2HYXA 3SWLA 4EVMA 2DJKA 4QQ7A 1DUGA 2VOCA 1JZOA 2X8CA 4K2DA 3UVTA 5JCUA 2MMAA 4KDYA 4KA0A 1MD4A 3FY7A 3E3EA 5IPHA 1EP8A 2KP2A 2CAQA 3DYRA 1ZYEA 5INYA 5CREA 1R26A 1YJ6A 4DSQA 2DIZA 3DVWA 4IP1A 4K9ZA 1GUKA 2NVLA 3QFBC 3DVXA 5D8IA 2GS3A 3A3TA 3L0HA 2TRXA 3TKSC 4XRAA 3A2WA 3DIEA 4LL1B 1ZYQB 4EC0A 3VI7A 2VD1A 3UOMA 4GF0A 1SD8A 4K0NA 4MDCA 4X43A 1SKSB 4N10A 2HZFA 1B9XC 2XC2A 4HZ4A 3LXTA 5D9TA 2AUVA 4RUVA 4EDZA 22GSA 4HQZA 2M80A 4Q5NA 1QGVA 3E9JB 3M8NA 1SK2A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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