The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
107
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structure length |
107
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Chain Sequence |
SDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGAASKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural variability of E. coli thioredoxin captured in the crystal structures of single-point mutants.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Thioredoxin
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| molecule tags |
Oxidoreductase
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
30
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| structure length |
107
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-01-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00085 | Thioredoxin | Thioredoxin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FWH A; 4POM A; 1OE7 A; 2LJK A; 1TOF A; 2LKU A; 3GTU B; 4IP1 A; 4ZB9 A; 1YKA A; 5C00 A; 16GS A; 1VF1 A; 2JAD A; 1EZK A; 3W8J A; 5AGY A; 2QGV A; 5IO0 A; 4TXO A; 2QC7 A; 3RHC A; 1FB0 A; 4MJB A; 2VCW A; 3MNG A; 1GNE A; 3A5W A; 3C1S A; 1K0A A; 2V41 A; 3GA4 A; 4WBJ A; 4OFN A; 4XRD A; 3HZ4 A; 4XS1 A; 4I5Q A; 3F3R A; 4BVX A; 5B6N A; 2NVL A; 4F82 A; 2CZ2 A; 1M2D A; 3LYK A; 3CSI A; 2DJJ A; 4GCI A; 4MH3 A; 3P7X A; 5D96 A; 2L5O A; 1SK0 A; 4GLT A; 2LEG A; 4PQ1 A; 1XZO A; 2A2S A; 2ZUP A; 2H01 A; 4TR0 A; 2K6V A; 3ZRE A; 1LJR A; 4GWR A; 4PUR A; 2WRT A; 1V57 A; 2E2M A; 1U87 A; 1O8X A; 2FA4 A; 1B9X C; 1XCC A; 4Q5Q A; 1MDK A; 5IPH A; 1ZOF A; 4FYC A; 2L4C A; 1T8E B; 4ZB8 A; 4ZL9 A; 2GT5 A; 1K0C A; 5J9C A; 3C8E A; 2XPE A; 1GTB A; 1B4Q A; 3KCM A; 4JBB A; 3TB2 A; 3DRN A; 1I9D A; 3AY8 A; 4ILF A; 4HU9 A; 3IAS 2; 2PPT A; 2VCT A; 1XVQ A; 4IKH A; 2DJ0 A; 1JZO A; 4IP6 A; 3W6G A; 1VGL A; 2LJR A; 3ZIJ A; 3PGT A; 3KM6 A; 4RI7 A; 5IIZ A; 4PNG A; 1H4O A; 1SK1 A; 1PSQ A; 3GNJ A; 2YZU A; 1OYJ A; 4HU7 A; 4N0Z A; 3V1W A; 4ML6 A; 5DAL A; 4TVE A; 3LWA A; 4V2M A; 5KN3 A; 5AIS A; 1V2A A; 4HEA 2; 1VRS D; 4FYB A; 1JLW A; 2O87 A; 1XOA A; 2LQO A; 3TJB A; 3VUR A; 4HOJ A; 4LL4 B; 3KEB A; 4MZW A; 4IGJ A; 13GS A; 1T00 A; 2DSA A; 2IMI A; 1GL8 A; 1YF1 A; 3TOU A; 4MJC A; 2AB6 A; 3HYP A; 5GAP D; 2O89 A; 5D9V A; 1ZYQ B; 3J7Y k; 4KDY A; 4K1F A; 1PKW A; 2FCH A; 3VI5 A; 4WBR D; 2TIR A; 2R37 A; 2EIO A; 2YAN A; 2H19 A; 1VF2 A; 3LEF A; 1J0F A; 4G9H A; 2NBS A; 2MYG A; 2DIZ A; 3TOT A; 2IIY A; 4HJM A; 1YF0 A; 2HZF A; 1KBN A; 4DVC A; 1B4P A; 1S3D A; 2H74 A; 3DKS A; 2GQK A; 1USB A; 5F05 A; 1XOB A; 2R6K A; 1PX6 A; 1U6T A; 4YQU A; 4FO5 A; 2L6C A; 3TJG A; 1XWB A; 2JAC A; 4BWS A; 5J41 A; 4NAX A; 3CBU A; 4GQF A; 1GSQ A; 3GH9 A; 4XTS A; 1T1V A; 1SJI A; 3ZTL A; 5HR0 A; 3F4T A; 2OA7 A; 4MP4 A; 1X9M B; 2M72 A; 2N5F A; 4XS6 A; 1S3A A; 3TKS A; 1GLQ A; 2L5L A; 5FWG A; 3F63 A; 2L59 A; 5J4U A; 4K8M A; 4TXO B; 1ZCP A; 1J9B A; 5G1K A; 4DSQ A; 1Z7R A; 5HR1 A; 2YV9 A; 1TXX A; 1QGV A; 4QL9 A; 1RK4 A; 3I69 A; 3I9V 2; 3RBT A; 1FB6 A; 1F2E A; 4P3Y B; 2E2G A; 1N8J A; 3F4S A; 2XPD A; 4YQM A; 5G2Z A; 3HJP A; 2GZZ A; 1GSD A; 5KN2 A; 1JFU A; 2DIY A; 3GHA A; 2FLS A; 3CSH A; 1XXU A; 3MDK A; 2CX3 A; 1K0M A; 5IMZ A; 2KP2 A; 3ZZX A; 2L4Q A; 2C3T A; 1Z9H A; 2OE0 A; 3US3 A; 2VCX A; 4EXJ A; 4MJE A; 2O85 A; 3DGQ A; 2LRT A; 2LS5 A; 3P8W A; 4BVY A; 3O3T A; 4LMW A; 4JRR A; 4TKY A; 5DAK A; 4Q5R A; 4ECJ A; 5DCG A; 3IK7 A; 2GVP A; 1PA3 A; 1EOG A; 3HHV A; 2A4V A; 1M2B A; 2K9F A; 2VIM A; 3IAM 2; 4GQC A; 3UOM A; 1FVK A; 3IHQ A; 1PX7 A; 2BJX A; 1O85 A; 5IQY A; 3HZ8 A; 3CRT A; 1Z3E A; 1ST9 A; 1G6Y A; 3KXO A; 4ZL8 A; 3MAK A; 1AIU A; 4NMU A; 1HYU A; 2A2R A; 4KUN A; 2E0Q A; 3KP9 A; 4WF4 A; 6GSY A; 5B6M A; 2YWI A; 2JSY A; 1V98 A; 2HXK A; 4J56 E; 5IPG A; 1X5D A; 3FW2 A; 4L8E A; 2GT6 A; 4JE1 A; 3BJ5 A; 5IMD A; 4K0G A; 3HA9 A; 4I6X A; 4WXT A; 4MF6 A; 5DAL B; 5HR3 A; 4TR3 A; 4KE3 A; 3H1N A; 4NHZ A; 3TUE A; 4TN8 A; 3D0Z A; 4MDC A; 4N10 A; 1PRX A; 1SYR A; 3IR4 A; 1A0F A; 5JCG A; 1W89 A; 3UL3 A; 3QDN A; 2REM A; 3DYR A; 2BTO T; 3LSZ A; 4XCS A; 1ERT A; 3TRX A; 1OC8 A; 1F9M A; 3WGD A; 2F8A A; 2I4A A; 3KIJ A; 3ERW A; 3FR9 A; 1GUL A; 5B7C A; 2X99 A; 2IWT A; 3HVX A; 2ES7 A; 2H1G A; 2VL2 A; 3MSZ A; 3ZVJ D; 1GLP A; 1MD3 A; 3HJM A; 1PL2 A; 2HZE A; 3DWV A; 4AJ6 A; 2R5G A; 3A2W A; 3KMN A; 3EUR A; 2F51 A; 3UJ1 A; 4EL1 A; 2KUC A; 3I43 A; 3RPP A; 2CX4 A; 3U5R E; 1G6W A; 1SKR B; 1RW1 A; 2H1A A; 1JHB A; 1UA5 A; 4AGS A; 2F8F A; 2VL9 A; 5J5N A; 2MMO A; 1M0U A; 5L71 A; 2H0I A; 3ZFB A; 3CTG A; 4AF2 A; 3UBL A; 3CYN A; 2VCV A; 3P2A A; 5H5S A; 1SL1 B; 1X5E A; 5KEJ A; 2PER A; 4O5R A; 5DJM A; 2GSS A; 1T4Y A; 12GS A; 2I1U A; 2B1K A; 4WF5 A; 5IMV A; 4KH7 A; 6GSV A; 3L9V A; 5ECN B; 2B5Y A; 4GST A; 1R26 A; 2VL3 A; 1EGR A; 4IJ3 A; 3VWU A; 1O8W A; 2QKE A; 5CRW A; 1URM A; 2V6O A; 5IMC A; 3RHB A; 6GSW A; 2B6M A; 3GL3 A; 4MF5 A; 2VCZ A; 3ME7 A; 3P90 A; 4OCF A; 1GSF A; 3EWL A; 4OWY A; 2C0E A; 3LJR A; 5J3R A; 4LL1 B; 2FWG A; 3R2Q A; 2MBS A; 3UBK A; 5ECH B; 1GUH A; 4NPB A; 1ZMA A; 3LQ7 A; 4IVF A; 3ZLP A; 1FO5 A; 1JZD A; 5HFK A; 3TKP A; 4DSS A; 1CQG A; 1B8X A; 2YZH A; 2CVK A; 2P5R A; 3GH6 A; 2C0G A; 1OC9 B; 2J23 A; 5IO2 A; 19GS A; 1X9W B; 4KSM A; 1NW2 A; 2WDU A; 1O6J A; 1BX9 A; 3GFK A; 5EVO A; 3L0H A; 5KN1 A; 5E59 A; 4HS1 A; 3IE3 A; 4KAE A; 1K0D A; 2VO4 A; 5DAK B; 1GSS A; 3I6A A; 3IDV A; 3HVS A; 2CAQ A; 1M99 A; 3PH9 A; 1TI3 A; 3DXB A; 1GWC A; 3WT2 A; 1PD2 1; 5H5Q A; 1AW9 A; 1A2L A; 1DE2 A; 4K0N A; 1YY7 A; 2HRN A; 5ID2 A; 4I2T A; 3GMF A; 2IL3 A; 2GQM A; 1TK0 B; 2HRF A; 1YEP A; 3F8U A; 3FEU A; 1WMJ A; 3KZQ A; 4EE0 A; 4KDU A; 2V6K A; 1EGO A; 2EC4 A; 2JL4 A; 4ZBB A; 3H93 A; 2LNT A; 2NDO A; 3RDW A; 5CAX A; 2VAF A; 3EMP A; 1TW9 A; 1XWK A; 1OKT A; 2R2J A; 2YPM A; 2V1M A; 3WD6 A; 1SK2 A; 2L57 A; 1UVZ A; 4G2E A; 4J2F A; 2EIQ A; 2FWE A; 2HFD A; 2YNX A; 2WUL A; 2N5A A; 1AUC A; 1AQV A; 2H66 A; 3ZVJ A; 5ELA A; 1XW5 A; 3S9F A; 5HR2 A; 2HT9 A; 2AHE A; 2IMK A; 2IMD A; 1EWX A; 2YV7 A; 2FGX A; 2R4V A; 3UVH A; 2BMX A; 4FH8 A; 5G5F A; 4WR5 A; 5JCW A; 5HFG A; 3GKK A; 3A2X A; 1F37 A; 2OE1 A; 2AAW A; 1E2Y A; 3VWX A; 1XWC A; 4POB A; 3D5J A; 4KND A; 2L6D A; 3WT1 A; 2CA8 A; 4ECC A; 1OC3 A; 2HLS A; 2GST A; 2LRN A; 4IQA A; 1WPI A; 2HZE B; 4D73 A; 3O76 A; 4TR4 A; 5DQS A; 3TJF A; 2G2Q A; 2AYT A; 3KP8 A; 4HI7 A; 2MMZ A; 1THO A; 1Z6N A; 3LOR A; 3FZ5 A; 4BL7 A; 2MZC A; 1DBY A; 4NHW A; 1SEN A; 4IBP A; 5CRE A; 4CHS A; 2C0D A; 4ZIJ A; 2WS2 A; 4CW9 A; 2I81 A; 3FHK A; 2IN3 A; 1QK8 A; 1SU9 A; 4F9Z A; 3LXT A; 2X8C A; 1BJX A; 4ZBD A; 4K6X A; 3PR8 A; 2WCI A; 5ECI B; 4X43 A; 4LLR A; 2MBT A; 2IJY A; 4WR4 A; 4FYU A; 2GZY A; 5HQP A; 4ID0 A; 1LU4 A; 2HYX A; 1SL0 B; 1YQ1 A; 2IFQ B; 2LRC A; 3NOF A; 1K0B A; 4JED A; 2GLR A; 1K3O A; 3FZA A; 1EP7 A; 18GS A; 3BOA A; 1KTE A; 3F3Q A; 4OD7 A; 3JCM L; 4IS0 A; 4BA7 A; 2PVQ A; 1SD9 A; 3M9K A; 2WZ9 A; 4IHU A; 2YWO A; 2WJU A; 2IPA A; 14GS A; 3D4T A; 2RLI A; 1IYI A; 3CTF A; 3TKS C; 1ZGN A; 2OJL A; 5F07 A; 1K0O A; 1SD8 A; 2ALB A; 4IEL A; 2VLU A; 3BCK A; 4L0W A; 3L4N A; 2FWF A; 4ZBA A; 1X9S B; 2XHF A; 1WIK A; 1ACV A; 5AN1 A; 2YJ7 A; 3VK9 A; 2O7K A; 5IOW A; 4GRF A; 5H5R A; 1XWG A; 1A2J A; 1E6B A; 3UMA A; 2H6Z A; 1XFL A; 4K9Z A; 1MD4 A; 4N11 A; 2DMM A; 4Z7X A; 20GS A; 3F6F A; 3TRP A; 1ZL9 A; 2DJK A; 1PKZ A; 5CNW A; 2D2Z A; 4HUA A; 1I5G A; 3D22 A; 2PGT A; 5GSS A; 1TI1 A; 1SJZ A; 1TU7 A; 4H86 A; 1G7O A; 1EP8 A; 5ID2 B; 2Z9S A; 3TRQ A; 1ERV A; 2B7K A; 3HKR A; 1PN9 A; 2CQ9 A; 3A3T A; 1WP0 A; 2C0F A; 3ME8 A; 2WGR A; 1DE1 A; 1ABA A; 3M0F A; 5B8B A; 3DIE A; 4IQ1 A; 4L5O A; 4MK3 A; 5ECP B; 3ERF A; 3G9B A; 2I3Y A; 2H0G A; 5ECL B; 3F0I A; 1F3A A; 1R5A A; 1PGT A; 4V1A p; 2HSH A; 2CVB A; 3GTU A; 1PL1 A; 2CT6 A; 3L78 A; 1DSB A; 3WGX A; 3GIX A; 2MMA A; 3UAP A; 2LV3 A; 3FRC A; 3F9U A; 2DJ3 A; 5CRD A; 4JU5 A; 3GSS A; 2AJQ B; 4PGT A; 10GS A; 1FG4 A; 3EU3 A; 1QXH A; 4GSS A; 4EDY A; 4F03 A; 3Q6O A; 5G5E A; 1K0N A; 3ISO A; 1FHE A; 4YAP A; 5B8A A; 3Q19 A; 5COH A; 2H75 A; 1QUW A; 1J08 A; 1OE8 A; 2H76 A; 3TKS E; 2VD0 A; 1GTU A; 2XC2 A; 4WEY A; 4N30 A; 3GRX A; 5KN0 A; 1AQW A; 1SKW B; 4MLY A; 3BCI A; 3RAZ A; 4MPF A; 3ZML A; 4TW5 A; 4D73 B; 3E9J B; 4K7I A; 2DJ2 A; 2YP6 A; 5G30 A; 4PUF C; 3TGZ A; 1HD2 A; 4TR1 A; 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2GS3 A; 3KMO A; 1U3I A; 2YOI A; 1TK5 B; 2RII A; 4HZ4 A; 3LFL A; 2GGT A; 1V9W A; 2VOC A; 4EO3 A; 2I9H A; 1EV4 A; 1VF4 A; 5DDL A; 2RUF A; 4MZB A; 4BWQ A; 2X64 A; 1BYE A; 4AJ8 A; 1AXD A; 1X5C A; 4OMV A; 3Q18 A; 2H30 A; 1G0T A; 1XPV A; 1QMV A; 2QSI A; 5A4V A; 3IPZ A; 4Q5N A; 3C73 A; 4PNF A; 2EIR A; 1WE0 A; 1NSW A; 1R5P A; 3CMI A; 1V40 A; 2ZCT A; 4NXI A; 4KCA A; 1ILO A; 3VFI A; 5A5K A; 2K8S A; 2B1L A; 5ELG A; 1WOU A; 2B5E A; 4IW9 A; 1KEB A; 4GTU A; 1BAY A; 4BPY A; 5AIX A; 5IMA A; 4RQR A; 1EEJ A; 1GP1 A; 3APS A; 1Q98 A; 4TRX A; 1LBK A; 2F3M A; 3FZ4 A; 1JZW A; 4ACS A; 2YWN A; 3HY2 A; 1R4W A; 1GSE A; 1M9A A; 1OVN A; 4ML1 A; 3ZYW A; 4EC0 A; 4MPG A; 1HNB A; 4KCE A; 5C04 A; 5ENU A; 1R7H A; 4RI6 A; 3ZRD A; 1YZX A; 2NPB A; 4IN0 A; 2XBQ A; 1GSY A; 2AUV A; 1BED A; 1FOV A; 2FA8 A; 4KW6 A; 1MDI A; 2OBI A; 3NIV A; 5CP1 A; 4TR1 B; 4ECI A; 2KLX A; 1U88 A; 1Z7P A; 4HDE A; 3HVV A; 4TXV A; 1KNG A; 3HXS A; 1T3B A; 3VPT A; 3QAW A; 2P31 A; 5CO3 A; 1H75 A; 3GKX A; 4RQX A; 5IOX A; 3APO A; 2OBK A; 2PUK C; 2C3N A; 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