2VM2A

Crystal structure of barley thioredoxin h isoform 1 crystallized using peg as precipitant
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
GAVIACHTKQEFDTHMANGKDTGKLVIIDFTASWCGPCRVIAPVFAEYAKKFPGAIFLKVDVDELKDVAEAYNVEAMPTFLFIKDGEKVDSVVGGRKDDIHTKIVALMG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of Barley Thioredoxin H Isoforms Hvtrxh1 and Hvtrxh2 Reveal Features Involved in Protein Recognition and Possibly in Discriminating the Isoform Specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN H ISOFORM 1.
molecule tags Oxidoreductase
source organism Hordeum vulgare var. distichum
total genus 30
structure length 109
sequence length 109
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2008-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vm2A01
2I81A 1PX7A 1W89A 1SD8A 1PKWA 3UOMA 5EPFA 4QL9A 2FWHA 3EWLA 3TJGA 5LCZA 2O89A 2L5LA 3ZLPA 5GAND 1Y6EA 3BD2A 1VF4A 4GQCA 1USBA 1AW9A 4KUNA 2GGTA 3LWAA 4I2TA 3KP8A 1A8YA 4XS4A 10GSA 4EDZA 1V57A 5GAPD 3HY2A 2TRXA 3W8SA 1K0BA 1EZKA 3TB2A 2OACA 1ZYEA 4NV5A 4Q5FA 2VIMA 4J57E 5B8AA 5CRGA 3G7YA 1GLPA 2PUKC 3MAKA 1B4PA 5CAXA 3CTFA 1EGRA 3C73A 3RBTA 2FGXA 2PERA 3GH9A 4HU7A 3PINA 1YKAA 4PGTA 4HUAA 4OO4A 2IIYA 1U88A 2M46A 2R2JA 4XTSA 1OYJA 2B6MA 1KNGA 4GXZA 2DBCA 2FLSA 2H30A 2I3YA 1U6TA 1S3AA 4PURA 1H4OA 3GYKA 1UA5A 4TKYA 5KN0A 1S3DA 2HSYA 2MMZA 4MCUA 2YV9A 2DJKA 1KTEA 2WFCA 1FB6A 1YF0A 2VO4A 3ZVJD 6GSYA 3H8QA 12GSA 2LRTA 16GSA 4WR4A 4GSTA 1U3AA 2VCXA 3LSZA 2L57A 4OFNA 3F6FA 3IRAA 19GSA 4WETA 2L6DA 1XOAA 3VWUA 3C1SA 1G7EA 2V32A 2DJ2A 1FW1A 1B9XC 4RI7A 2OE3A 3D21A 2XPDA 5ELGA 4TXOA 4YQUA 2P0GA 5CRWA 1FVJA 2XHFA 1QUWA 1MDKA 4OMVA 3EC3A 1AUCA 2K18A 3CTGA 2XBIA 4JE1A 1OKDA 2H75A 1K0MA 1MDJA 5ECQB 1MTCA 3C1RA 2JU5A 2GDRA 2H0IA 5ENUA 2VAFA 2F3MA 1GP1A 1I5GA 2WJUA 1XWAA 3S9FA 3RHBA 2E2MA 2ES7A 2GZYA 4HQZA 2B3SA 4FH8A 4HDEA 4YH2A 4BA7A 3L9VA 3I6AA 2GQMA 2YJHA 1XW9A 2N5FA 2I1UA 1IYIA 5B6MA 1AC1A 4PX1A 1WMJA 4F0BA 1TW9A 5D73A 3APQA 2DMMA 2MMOA 4CHSA 3VI7A 1VRSD 4F03A 1XBSA 4WBJA 2L4CA 3L0HA 2MYGA 4MF6A 3ISOA 3VI5A 2H6YA 1NM3A 1DBYA 4TOPA 2LJRA 3FKFA 5IMCA 2FD3A 1JHBA 3ME8A 3TRQA 4TR1B 4IHUA 3KMOA 3GNJA 1CQHA 4ZL8A 4J2FA 1Y25A 5IOXA 3QAGA 1B9YC 1EV4A 4K8MA 2GS3A 3HVSA 3GURA 3AY8A 3M3MA 4GF0A 4V1Ap 2L6CA 3P7XA 1XOBA 2GT5A 1A2LA 3DRNA 1M9AA 1O73A 4NWYA 3F63A 2JZRA 1AQVA 2VD0A 5IMFA 4LMWA 3KZQA 3IBHA 1GSEA 1BYEA 3HJOA 1PQNA 5DQSA 2LRNA 4I5QA 4MF7A 2YWMA 1OKTA 1YQ1A 3LQ7A 3LEFA 1R26A 3H1NA 1X9WB 3K8NA 4HZ2A 4F2IA 1DE2A 1T3BA 2YWOA 3EINA 5HFIA 3GKKA 4MA9A 3GN3A 4J56E 4BPYA 3BCIA 4MZWA 3GH6A 3HYPA 2H1BA 5F06A 1HYUA 1FB0A 3GA4A 4HU9A 3UBLA 3HCZA 2LQQA 2NPBA 3WYWA 3FR3A 3ZVJA 2OJLA 4ZXGA 5IPHA 3GX0A 1MEKA 5LD0A 2H8LA 3FZ4A 4POLA 3KCMA 3QMXA 2V6OA 1X5EA 3VWVA 3BCKA 3J7Yb 5EY6A 4YQVA 2VCVA 1G0TA 1EP7A 2V1MA 1QXHA 2AUVA 2R37A 3QFAC 4HOJA 4CW9A 4OD7A 1OC3A 5FT3A 4MJEA 1M2DA 1BQ7A 2LJAA 5GSTA 3IA1A 4MF5A 2BTOT 4WKWA 5EL8A 3IAM2 1UN2A 5EVOA 2GSRA 5AIVA 1ERVA 3GX8A 3M1GA 4MZCA 3LXTA 2H73A 4KNDA 3VLNA 1OC8A 1TJDA 2B1KA 2K8VA 4NMUA 1T4ZA 5DQYA 4EE0A 3VK9A 2V2GA 2H76A 2VL2A 3DMLA 5D93A 2HE3A 3O3TA 1R7HA 1DE1A 4DSQA 3TKPA 4RQXA 1TI1A 4IGJA 2JZSA 1HQOA 2B5XA 2EIRA 2P5QA 2DMLA 3DGQA 3M9JA 4V2NA 2QSIA 4TXOB 2F51A 2X64A 4HJMA 4DEJA 4TR3A 4WF5A 2VLUA 3LYPA 1ZMAA 1ZCPA 3ZMLA 4K7OA 4ZL7A 2PN8A 3D6IA 2LRCA 1ZYQB 4N0VA 3EYTA 2WDUA 3P8WA 1FHEA 1QGVA 2FWEA 1XWKA 2LTKA 4KB3A 4LL1B 2KLXA 4JR6A 3F3RA 2IL3A 2DJ3A 3DYRA 2H66A 2YZUA 5CREA 1TRWA 1T00A 5DAKA 1V98A 2LS5A 2OBIA 5HR0A 5G5EA 3I43A 1V2AA 5CYYA 4IQ1A 2R4VA 2E2GA 3RPNA 1B4QA 3UAPA 4N10A 3F0IA 3L78A 3QOUA 3IE3A 3UEMA 2VLTA 3IOSA 1GUHA 1AQXA 1GTIA 4WXTA 4EDYA 4WR5A 2VCQA 3HXSA 3ZIVA 3CSIA 3U5RE 3M8NA 2AYTA 3NOFA 4JBBA 1PN9A 4K2DA 2X8GA 1TXXA 5COHA 2LEGA 1ZL9A 2DIZA 3CBUA 2CAQA 4CDOA 2C0EA 1EV9A 1XW6A 3NIVA 2H72A 4G19A 1C72A 4POKA 2H74A 4ECBA 5IIZA 2HNLA 3LG6A 3DD3A 2HRFA 1MDIA 4V2LA 3MWHA 2HZFA 2CT6A 1GH2A 3TKSE 2KP1A 3CXGA 1V40A 5D9XA 3C7MA 4ID0A 4H86A 3ZFBA 5ID2A 5H5RA 3W8JA 2L5OA 1OE8A 2XBQA 3NZNA 1Z6MA 3DVWA 4KX4A 1XVQA 1YF1A 4L0UA 2DC5A 1NHYA 4IQAA 1EOHA 3F6DA 4MH2A 3TRXA 2OE0A 2OA7A 5FWGA 2JADA 3A2WA 2LSTA 6GSSA 3EMXA 2HXKA 5C04A 2BMXA 4EVMA 4POMA 3ZYWA 5G2ZA 3GHAA 4TW5A 4OO5A 2XPEA 2DJ1A 2IFQB 5ELAA 2B7KA 9GSSA 1BX9A 1Q98A 3I9V2 4I6XA 3TKSC 3CMIA 1J9BA 2L59A 4F0CA 3TJJA 1G6YA 4EF0A 5ECNB 2FWFA 3QDNA 5JCGA 1URMA 4Q5QA 1WIKA 2LJKA 4MJCA 1R5AA 3FY7A 3FYGA 1JZOA 1GSDA 1GWCA 4TR4A 3H4KA 3TKSA 3WGDA 3WD6A 3TOUA 5AISA 2R6KA 3GFKA 1OAZA 5DALA 5F05A 1I9DA 2IMDA 2GQLA 5HR1A 1WWJA 3O6TA 4KSMA 4QQ7A 3HZ4A 2GVPA 1V58A 1SK0A 2H70A 2YN1A 3E0UA 3TUEA 2ON7A 20GSA 2MMNA 1OC9B 3HVVA 5J9CA 1NW2A 2FNOA 2PU9C 3RAZA 3EMPA 1GSQA 5H5SA 4TN8A 2GZPA 1H75A 2C1YA 5G5FA 3ZL5A 3GRXA 4AF2A 4AGSA 1TRUA 1A0RP 8GSSA 5A4UA 4MMMA 4JZQA 4TR0A 1GLQA 3F4RA 1O8WA 4IJ3A 4KCEA 3IC4A 2IWTA 3A2XA 2YANA 5IMVA 4EXJA 2O7KA 1IYHA 4HJ2A 3PR8A 3VPQA 4GSNA 2LKUA 5IMDA 3FHKA 4TRXA 2CA8A 2WULA 3IDVA 1VF3A 2VM1A 1SENA 1M9BA 3UVHA 5CNWA 1BG5A 2FUG2 4KA0A 1FAAA 4I2UA 5INYA 1OE7A 4GRFA 5D8IA 4XS6A 1GNWA 4EC0A 2YWIA 3HD5A 2FWGA 2NTOA 2GSSA 2LUSA 2LNSA 4RI6A 1ZOFA 2VCWA 1SL1B 3IAS2 1YY7A 3IK9A 3MNGA 1EEJA 1T1VA 4HEA2 2GQKA 1Z6NA 5DAKB 1G7OA 4X0XA 4P3YB 2HZEB 3GMFA 2VM2A 3W6GA 2JACA 2B7JA 4BVXA 2AB6A 5IM9A 1X0RA 3IHQA 3PH9A 1O8XA 2C3QA 1WRYA 1U3IA 2EIOA 3ZIJA 5F0GA 3QAWA 1A0FA 1TK5B 1GSFA 2FCHA 4I8BA 4RQRA 1TK0B 3L4NA 2XC2A 1FO5A 1XVWA 3SWLA 2FA4A 4PQ1A 3QR6A 5DJLA 22GSA 2KUCA 4ACSA 4K0GA 2GSTA 3UARA 3N9JA 1EOGA 2O87A 18GSA 3FEUA 1O7UA 2H01A 4IBPA 3E9JB 3D4TA 2ZCTA 4Z7XA 3OR5A 5J5NA 3EVIA 3LFLA 5D9VA 2H1AA 4K7IA 1R5PA 5KN2A 1ON4A 2M72A 2M80A 3F3QA 3G7IA 2J23A 5ID2B 3GTUB 3I69A 1PX6A 1AXDA 4RUVA 4FO5A 2CZ3A 2HT9A 1YZXA 3QCPA 3WT2A 6GSXA 4Q5RA 3F8UA 3LYKA 5D96A 3IV4A 2K8SA 1CQGA 3M9KA 1FOVA 2IFQA 5F07A 3EU3A 4MJBA 2VL9A 14GSA 1W4VA 1O85A 2CX4A 5CO3A 1JLWA 2OE1A 1ERUA 1R4WA 2B5EA 1WOUA 4NPBA 5IO2A 2IJYA 2C80A 4KE3A 4GWRA 2GLRA 4GSSA 1XCCA 4ECIA 1ST9A 2VOCA 1E2YA 2JZTA 3SBCA 4TVEA 4ZB8A 3TJBA 11GSA 3D0ZA 5JCWA 3UBKA 1FG4A 2H6XA 2HI7A 4MK3A 5G31A 3HZ8A 1GRXA 5J4UA 2H0HA 2A4VA 3DXBA 2CQ9A 1SJ6A 3ZMKA 2VL2C 2LV3A 3FW2A 5IPGA 3Q6OA 4V2MA 4ZBDA 3FR9A 2REMA 5DALB 2YWNA 3FZAA 1A23A 4K7NA 4O5RA 1OC9A 3GKXA 3UMAA 4IP6A 3TDGA 4F82A 3VFIA 3L9UA 4PXOA 4Q5NA 2H6ZA 3IR4A 3VURA 2WCIA 5HR2A 1NSWA 3DEXA 1GSYA 2C3NA 1UVZA 4YAPA 1BAYA 3RHCA 2NDOA 3EURA 5IMAA 1PMTA 3F4TA 1TRVA 4XHMA 4WBRD 5L71A 1SK2A 3TGZA 1X5CA 1PL1A 5ABRA 1QK8A 4KAEA 4EKZA 3CYNA 3BJ5A 4OWYA 3J7Yk 1KEBA 3KH9A 1N2AA 1SKSB 2RM5A 4NXIA 5GZZB 1VF1A 4ZBAA 1B48A 4ZB6A 4KW6A 4IELA 5A4VA 1G6WA 3H93A 1SYRA 1TK8B 2A2SA 1HNBA 4O7HA 2FHEA 2D2ZA 3APSA 1XZOA 2KP2A 1K3OA 2HFDA 5CP1A 2AAWA 4PUFC 2N5BA 3R2QA 5IQYA 1GUMA 3TJKA 4KGIA 4N0ZA 2HZEA 1QFNA 1J08A 2CVBA 4IKHA 3APOA 1GUKA 2PVQA 3PGTA 4ULXA 4IP1A 4WF4A 3GKNA 3CRUA 1RQMA 5B7CA 3UL3A 2ZUPA 4PNGA 4ECJA 2NBSA 1EEMA 4MLYA 2HYXA 1K0OA 1YEXA 4ISDA 4MZBA 2C8UA 5ECPB 1F37A 1EGOA 1K3LA 1HNAA 4MJAA 2RLIA 1T8EB 1BJXA 4XS1A 1WE0A 1F6MC 2O85A 3CSHA 4E8EA 1VF2A 3GL5A 3KH7A 3LJRA 4XRDA 2LNTA 4X1UA 4K1FA 4L5OA 5D9WA 1GL8A 1YDKA 2CV4A 1AQWA 3A2VA 2C3TA 2E7PA 1XFLA 1M2BA 4K9ZA 5J41A 1NHOA 4FIWA 5JWOB 4X43A 4TXVA 3C8EA 1SD9A 4ZBBA 4D73A 1TU7A 5G1LA 1F9MA 3GIXA 1PA3A 3GTUA 5D9TA 5DJMA 1XW5A 2RUEA 3HVXA 4EO3A 1U87A 4AJ7A 4BWSA 2DLXA 4LMVA 1THXA 2I4AA 2DJJA 4EL1A 1M7TA 3ERGA 3MSZA 13GSA 4KSOA 1S3CA 3IXRA 4FYUA 1TTZA 4FYBA 4MABA 2H19A 4G9HA 5JWRB 2PMTA 3LORA 3LGCA 1PGTA 1K3YA 3G9BA 1SL2B 4NAXA 1LBKA 2IMKA 2HSHA 4OFMA 3ZZXA 1GTBA 4G2EA 1PSQA 3IK7A 5IO0A 1JFUA 2R3XA 2C0GA 2OKAA 1VGLA 4V1Ag 2G0FA 4MDCA 3TKRA 5DVBA 2F9SA 5HR3A 1MD4A 5AGYA 5IMZA 7GSSA 1ABAA 1WP0A 2CX3A 3TOTA 5H5QA 4KDXA 1F3BA 1ILOA 1XXUA 3ZFLA 1T7PB 5A4WA 2ZNMA 3FZ5A 5CRHA 4ZILA 1PKZA 1A2JA 5HQPA 1A2MA 2E0QA 5JCUA 4JR4A 4PUAA 5J3RA 4N30A 1TRSA 5IOWA 2I9HA 3KMNA 2YP6A 1X9SB 2YZHA 1V9WA 1TU8A 2KHPA 17GSA 2A2RA 1GTUA 2MZCA 5B6NA 3TKQA 1ZZYA 2H1GA 3M0FA 5DCHA 1ERWA 5AN1A 2L4QA 3TCOA 1SKRB 1SKWB 4L5LA 4QL7A 2IMFA 4JU5A 4HI7A 1RK4A 1PL2A 1YJ6A 1JLVA 3P90A 4HQSA 4JEDA 4KDYA 4EUYA 1QQ2A 1YEPA 2P5RA 3EE2A 1X5DA 3D4MA 2IMIA 1GSUA 3E3EA 4ML6A 1X9MB 2C0FA 3GUSA 4ZB9A 1SL0B 1BEDA 2C4JA 3BBYA 5ECLB 1N8JA 4IW9A 2WRTA 3GV1A 3KP9A 1K0CA 2F8AA 1SK1A 2WGRA 3Q19A 3UIWA 3Q18A 1XWGA 2YJ7A 3HDCA 2JSYA 1DUGA 4GCIA 4BVYA 2CZ2A 2QKEA 4NHWA 1TI3A 2FY6A 4KDUA 4DSSB 2LQOA 3KEBA 5LNKe 2HRNA 2K6VA 1KBNA 2AHEA 2NVLA 4FYCA 4NV2A 4LL4B 1Z7PA 4K6XA 1THOA 1ML6A 1TDIA 3HKRA 1AAZA 4GQFA 1GTAA 2G2QA 3ED3A 1JZDA 5G1KA 2KOKA 4AJ8A 5AIXA 1Z7RA 2K9FA 1YKCA 4I97A 2TIRA 3HA9A 4JRRA 2CVDA 3U6VA 2YPMA 5ECSA 1F3AA 4DSRA 3IPZA 4GLTA 5FHIA 1Z3EA 4ECCA 4N11A 4ML1A 4O32A 2CVKA 5ECOB 3C71A 1O6JA 2PWJA 2OBKA 1MD3A 3MDKA 1WPIA 5E59A 4YQMA 4MPGA 3LXZA 3RDWA 3GSTA 6GSWA 2H71A 1HD2A 1PRXA 2MMAA 4OCFA 2X99A 1GSSA 3WT1A 3G7JA 4D73B 1GULA 2IN3A 1F2EA 3ERFA 5DBQA 2FA8A 2ALBA 4IVFA 4K0NA 1AIUA 2PPTA 3QD9A 3RPPA 3P2AA 1Z9HA 4L8EA 2GTUA 4F9ZA 3KJYA 4DVCA 2B5YA 3HHVA 3ME7A 4HS1A 3GL3A 6GSUA 3KM6A 2YCDA 5ECRB 3VPTA 2VUPA 5KN3A 1K0DA 4POBA 4ZIJA 3CSJA 5B8BA 4XS4B 2MBTA 1JZWA 1SJIA 3DKSA 4G10A 5F8BA 1EWXA 2VLVA 3KTBA 2N5AA 2DSAA 3CRTA 3D22A 2O8VB 3US3A 3ZREA 3KTLA 2PVOC 4PQIA 3V1WA 4ILFA 2C0DA 1M0UA 3FRCA 3HJMA 4WEYA 4PNFA 1TP9A 1K0AA 2H0GA 3VWXA 1JZRA 4OFTA 1HNCA 2DJ0A 3ZITA 2BJXA 2PBJA 5JWQB 4LLRA 2DIYA 2ON5A 2AV4A 2B1LA 1TKDB 3N5OA 2F8FA 3VWWA 1GNEA 2MBSA 3WGXA 3H79A 3DVXA 2QGVA 3TRPA 5GSSA 1DSBA 3BOAA 3DIEA 4E8HA 1XWBA 4IN0A 3HJPA 2EIQA 3D5JA 1FVKA 1M99A 3O76A 2GSQA 4PQHA 4IJIA 1XIYA 5E4WA 3QPMA 3UVTA 3JCML 1XPVA 1XWCA 2V6KA 4MPFA 4AJ6A 1SYXA 4L0WA 4XIHA 3Q74A 1EP8A 1RW1A 1LJRA 5G30A 5J9BA 3GSSA 3L9SA 4OCEA 2YNXA 2YOIA 1WJKA 2HLSA 1TOFA 1SU9A 2H1DA 3QAVA 2P31A 1QMVA 2IMEA 3QFBC 4IS0A 4YAVA 4NHZA 5CRDA 4HZ4A 6GSVA 5KEJA 5HFGA 4O92A 1PD21 5ECKB 3FR6A 5DDLA 1UC7A 2PGTA 4ZL9A 1M2AA 1Z5YE 2CAIA 1A8LA 5C00A 4DSSA 1E6BA 2GZZA 2RIIA 4BL7A 3F9UA 1A24A 2X8HA 3F4SA 2RM6A 1ACVA 1B8XA 2WS2A 3GKMA 2V41A 4LA1A 5A5KA 3A5WA 2GT6A 2EC4A 2TRCP 2JSZA 3ZTLA 4MH3A 2VCZA 5DCGA 2WB9A 4KCAA 1Q4JA 2R5GA 2J9HA 4TR1A 3KD0A 2YV7A 3WGEA 5ECHB 1K0NA 1SJZA 4KH7A 3FK8A 1ZGNA 3KGKA 2AJQB 1J0FA 3KXOA 1T4YA 3ZRDA 3KIJA 1O81A 2WZ9A 4GTUA 2Z9SA 6GSTA 2JL4A 5KN1A 5ECIB 2VCTA 3A3TA 4XRAA 3FZ9A 3TJFA 2OADA 1ERTA 3UJ1A 3DWVA 4MP4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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