4KSOA

Crystal structure of circadian clock protein kaib from s.elongatus
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
ILKLYVAGNTPNSVRALKTLKNILEVEFQGVYALKVIDVLKNPQLAEEDKILATPTLAKVLPLPVRRIIGDLSDREKVLIGLDLLYGELQDSDDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Circadian clock protein
molecule keywords Circadian clock protein KaiB
publication title CryoEM and Molecular Dynamics of the Circadian KaiB-KaiC Complex Indicates KaiB Monomers Interact with KaiC and Block ATP Binding Clefts.
pubmed doi rcsb
source organism Synechococcus elongatus
total genus 20
structure length 95
sequence length 95
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07689 KaiB KaiB domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ksoA00
1A24A 1FW1A 4HS1A 4LMVA 3UAPA 2LQQA 2FGXA 3EYTA 3TOTA 4ZL7A 1K0MA 1NSWA 2C0EA 3E3EA 2HT9A 3RHCA 1EGRA 2CX4A 4PNFA 2YOIA 1VF4A 2WGRA 3LG6A 1BX9A 5G5FA 4IVFA 3F63A 3A2WA 3HHVA 1XW9A 5DJMA 4NAXA 4ZL9A 4CHSA 1EOGA 2CA8A 5IOXA 2R37A 4ISDA 1OE8A 4K6XA 4GCIA 5IMDA 3F8UA 5CRWA 3UIWA 4ML1A 4I8BA 5ECQB 3F4RA 2ZNMA 3VWXA 3IK7A 2YZUA 3H93A 5KN3A 1R5PA 2K8SA 4NXIA 2LRCA 4GSNA 2B5EA 3KP8A 5DQSA 3GTUB 3QAWA 2O87A 1EP7A 3TKQA 2O8VB 4NHZA 3DVWA 4I6XA 2LS5A 2JADA 3MAKA 4POKA 2JSYA 4BA7A 4TXOB 4I2UA 3ZMLA 1ST9A 4EE0A 3HDCA 4MJEA 1B8XA 5HQPA 2XBQA 2TIRA 2HE3A 11GSA 4PX1A 2GSSA 2GQMA 3HCZA 2GT5A 3UBLA 4AJ7A 3K8NA 3L9VA 2IMIA 2VL3A 1G7OA 9GSSA 3IR4A 1O85A 2H1BA 3GTUA 3UVTA 4MF5A 3RAZA 4MJBA 1Q98A 4TXOA 2B6MA 1X9WB 2YV7A 1UN2A 2H70A 2LRTA 2X8GA 4I97A 1SKRB 4ZB8A 1XOAA 4MDCA 2KP2A 4HDEA 1Z9HA 3KH7A 3FZAA 1A0RP 4KA0A 8GSSA 1YEPA 2NTOA 5F05A 3LGCA 4IP1A 3G9BA 4J56E 2YP6A 1SL1B 5D96A 5KN0A 1K0OA 3D0ZA 2HLSA 4BVXA 4Q5QA 3WD6A 2PU9C 1GTIA 4XS6A 1ZL9A 3HVVA 3RHBA 2QC7A 2GZYA 1HD2A 1GUHA 2LKUA 3EE2A 1O73A 1U88A 3G7IA 2VUPA 3H4KA 4KDXA 3RDWA 4KSMA 1TU8A 4ZIJA 4LA1A 1QUWA 2JU5A 1F9MA 3UOMA 2VAFA 1QMVA 2GQKA 4RQRA 5JCUA 2MZCA 4HQSA 3U5RE 6GSTA 1LU4A 4AJ6A 20GSA 2IWTA 4IELA 5J9CA 2FUG2 1O81A 5AIVA 2WULA 3QFAC 1I5GA 4PUFC 2DJKA 3FR6A 1U3AA 3ZIJA 3FW2A 1Q4JA 1TJDA 1A2MA 1U6TA 4QQ7A 3ZREA 4TN8A 4XTSA 1H4OA 3NZNA 5D9WA 4LLRA 2RM6A 1QXHA 1Z6MA 1NM3A 5HR2A 1ZGNA 2H1DA 5GSSA 2YZHA 2VCZA 4OFNA 4PXOA 1T3BA 4MZCA 4KSOA 4AJ8A 3FKFA 3F4TA 1GRXA 2O89A 2R5GA 5H5QA 4O32A 3CBUA 1TDIA 2LJKA 3GH9A 3O3TA 1T1VA 1USBA 1T4ZA 1S3DA 2A2SA 2WB9A 2X8HA 4TOPA 4ID0A 3IDVA 2DJ0A 2GQLA 4KNDA 2OBIA 2AUVA 5CREA 1JLWA 1SJIA 1V9WA 3WYWA 1EV4A 2RM5A 3I9V2 4OO4A 2IMKA 2RLIA 2B3SA 2QGVA 2H76A 1OAZA 1TI3A 2CV4A 1VGLA 3EC3A 1XWKA 1SYXA 2R2JA 2M72A 5DCGA 1ILOA 4BWQA 5HFIA 1IYHA 2RUFA 5G5EA 2EC4A 1TRUA 1HNAA 2HRFA 2RUEA 3F3RA 4ECJA 4D73A 1X5EA 1PKZA 2FHEA 1SENA 1PGTA 1W89A 3GRXA 5J4UA 12GSA 3ZIVA 4YAPA 3BBYA 2X99A 3G7YA 2REMA 4N11A 4TXVA 2P5RA 5FWGA 3QR6A 1F2EA 1XXUA 1PMTA 1A8LA 2E2GA 4IN0A 1ML6A 4O92A 5JWQB 3GUSA 3HJPA 5KN2A 4ZBBA 3QCPA 4F9ZA 1OYJA 4MF7A 3VPTA 2PERA 4HU7A 1AQVA 3FZ5A 2HZFA 3V1WA 4TR3A 2RIIA 4E8EA 1Z7PA 1XWAA 2WZ9A 3GNJA 3I6AA 2DJJA 3TKSA 3TCOA 2H72A 4NV5A 3H79A 1SL2B 4ZBAA 3GHAA 5IMVA 4EXJA 2ON5A 2HSHA 2P0GA 3I43A 3D4TA 1S3AA 1OE7A 1VF3A 1G6YA 2IIYA 3NIVA 2VCVA 1G6WA 2WDUA 1V57A 1FVKA 4ZILA 2WCIA 3W8JA 1EWXA 4J2FA 3DWVA 2VD1A 1J0FA 4K1FA 4RI6A 3HZ8A 1UC7A 3BOAA 1F6MC 1DUGA 5B8BA 3GL3A 3FK8A 2K6VA 3FZ4A 2B5XA 1FG4A 1YF0A 4WBRD 4K7OA 2F3MA 2B5YA 6GSYA 1THXA 5GZZB 5F0GA 3LFLA 4EC0A 3DVXA 1JZRA 2HYXA 1JLVA 2LTKA 2R3XA 3PR8A 6GSXA 3F6DA 4KAEA 1PL1A 5J5NA 1PX7A 4GQCA 2O7KA 1ABAA 3EWLA 2YCDA 3GN3A 2GSTA 3D5JA 2IJYA 1AW9A 5KEJA 4CDOA 3IK9A 3ZL5A 3IPZA 3IXRA 4K9ZA 5D93A 3TGZA 2VOCA 5LNKe 4CW9A 2J9HA 3ZFLA 5CO3A 2VO4A 3D21A 1HQOA 3LWAA 2FWGA 5GAND 1DE2A 2PGTA 3CRUA 3LXTA 5IIZA 5F07A 3QAGA 3GV1A 4LL1B 4MPFA 2PUKC 5ECMB 1LBKA 1F37A 4KGIA 3JCML 5G30A 2H30A 4IQ1A 2BMXA 2V6KA 5A4UA 3SWLA 4YH2A 2PWJA 3A5WA 2VLUA 1XWGA 2XHFA 1ZZYA 3P90A 1QQ2A 3KTBA 1AC1A 3BJ5A 2H73A 3LORA 4AF2A 5JWRB 5E59A 1XWCA 1PQNA 2IN3A 2CAIA 2E2MA 4V2NA 3FR9A 2G2QA 3C71A 3KGKA 2WRTA 2HZEB 2JZRA 4X1UA 3LSZA 2VCXA 5DALB 4TVEA 1F3AA 3FRCA 1C72A 4K0NA 2H74A 2J23A 4F03A 5JWOB 3IBHA 2XC2A 4WR5A 3N5OA 1OKTA 3QOUA 1U87A 3US3A 1BAYA 2HZEA 1QGVA 1TI1A 2C8UA 1V2AA 1X9SB 4L8EA 4MA9A 2C0FA 3HY2A 1ZCPA 3GSTA 1YDKA 1GTAA 5DALA 1U3IA 3CXGA 4EVMA 1EEJA 3TKPA 1RW1A 2MMAA 2DMMA 3KXOA 3GKNA 4ZBDA 2C3NA 2GDRA 1A0FA 1AQXA 1GTBA 1Y6EA 3GL5A 4MF6A 3Q19A 4PUAA 2C3QA 2JACA 3MSZA 4WBJA 1M99A 4IKHA 2PVQA 2K8VA 2WS2A 3M9KA 1BQ7A 1XZOA 5IM9A 2QSIA 1F3BA 3M1GA 4FIWA 2YPMA 3KH9A 1GSYA 1JZDA 1YZXA 1O8WA 1EZKA 4BL7A 2AV4A 3OR5A 1AUCA 4IJIA 4ULXA 3SBCA 1ACVA 3CSIA 3PH9A 4EO3A 4GSTA 2HSYA 4WF5A 1SK2A 2YWNA 3UMAA 2AHEA 3M8NA 2TRXA 4HI7A 1K0DA 4XIHA 5HR3A 4MZBA 1TK0B 4TRXA 3UEMA 3ED3A 1GSSA 3E0UA 3F6FA 1ZMAA 2HNLA 3RBTA 2DSAA 4V1Ag 1OC8A 2ON7A 5G31A 1FHEA 4N10A 1GLQA 3HZ4A 3D22A 4MCUA 2H6ZA 5DJLA 4MPGA 4F0BA 1V98A 1GWCA 5IQYA 2TRCP 1WPIA 3HXSA 1EGOA 2MMZA 4OFTA 2GZZA 2NBSA 5D8IA 1R7HA 2H1GA 2YNXA 4TW5A 3KCMA 1MD4A 4OWYA 1GUMA 5B7CA 3F0IA 4V2MA 5IOWA 1VF1A 1PL2A 3GMFA 4RUVA 19GSA 1K3LA 3ZITA 2IMDA 3M9JA 2L57A 1N2AA 1FAAA 3QFBC 3TKSC 1GUKA 1B4PA 3KMNA 1AIUA 1GSQA 2GZPA 4KH7A 2DIYA 3PGTA 1M2BA 1SD8A 1M7TA 1YKAA 1K3YA 4WR4A 3LEFA 3APSA 2DMLA 2YJ7A 3TJGA 4ZXGA 4OCEA 1LJRA 4JR4A 5CNWA 1M0UA 4EUYA 1A8YA 4MJAA 14GSA 1SD9A 4MJCA 2VLVA 1XCCA 2FNOA 1SK0A 4RQXA 4YQUA 5IMCA 4Q5RA 1K3OA 3DKSA 5L71A 5COHA 5LCZA 1EOHA 5DAKB 4XS1A 3TRQA 3ZYWA 2L4CA 2G0FA 4K0GA 3IOSA 2B1LA 2FCHA 3VURA 4GLTA 1BYEA 1E6BA 1R5AA 3O76A 1ZYQB 2DJ1A 2H6XA 4WXTA 1SJZA 3APQA 2H75A 4N0VA 5EVOA 5HFKA 5AIXA 2R6KA 3TJBA 1E2YA 2K18A 2IFQB 4D73B 1KTEA 5DDLA 5DAKA 2V41A 3GKKA 2LJRA 1MD3A 3R2QA 1PD21 5IPHA 2GGTA 1DBYA 17GSA 4TR4A 2DJ3A 4DSSA 5FT3A 5INYA 4HZ4A 1YY7A 5CRHA 3PINA 1HYUA 3VLNA 2NVLA 5ECNB 4POLA 4O7HA 2E7PA 3QPMA 2R4VA 3EU3A 5G1LA 4V1Ap 4FYBA 3UJ1A 3GX8A 2JZTA 2IFQA 4FYUA 1G7EA 4QL7A 3G7JA 2DC5A 5DQYA 1FB0A 4OO5A 3IAS2 1BJXA 2ES7A 4MMMA 3QAVA 1TOFA 1W4VA 2CT6A 2H6YA 5G1KA 4GSSA 3ZFBA 1WWJA 5HFGA 1WJKA 2MMNA 2OADA 3IC4A 4POMA 2L5LA 2LUSA 1SL0B 3DIEA 2N5FA 3DGQA 4TR0A 3W8SA 1Z6NA 2XBIA 2FWFA 3EINA 5CP1A 4PGTA 1A2LA 1YJ6A 3FEUA 4IP6A 1UVZA 4WETA 2VCQA 5ECKB 2FY6A 1YEXA 16GSA 2A2RA 5IMAA 5ECSA 1WOUA 3VI7A 1WIKA 1GTUA 5C04A 3ZTLA 4JR6A 2AB6A 4PQ1A 4KDYA 1GH2A 2V32A 2LSTA 2L6CA 2ZCTA 4DVCA 1PX6A 2LQOA 1A23A 3DXBA 3KIJA 1I9DA 2IMFA 18GSA 3WGDA 1HNBA 3CTFA 4HQZA 2YWOA 4XRAA 4OCFA 5JCWA 4MK3A 2I1UA 3HVXA 2JL4A 3GH6A 3Q6OA 3TJJA 5E4WA 4G9HA 5IMZA 3NOFA 3DRNA 22GSA 2C3TA 1DSBA 4H86A 4ECCA 2I9HA 1TP9A 5HR1A 7GSSA 3L78A 5ECHB 3GSSA 4HJMA 5D9XA 3ME8A 2CVKA 2O85A 3ZVJD 1B4QA 4G2EA 2IL3A 1K0NA 1PRXA 4JEDA 4G19A 1NHYA 1OKDA 2EIQA 4NMUA 2HRNA 3TOUA 2F8FA 5H5RA 4X43A 3ERWA 1X0RA 2CX3A 2F8AA 2VL2C 1WP0A 3L9SA 1TTZA 3DEXA 1T8EB 1GL8A 5CAXA 3EVIA 3A3TA 4V2LA 2GT6A 3VK9A 1WRYA 2K9FA 3N9JA 3HKRA 3HJOA 3P7XA 2CVDA 1RK4A 4JZQA 10GSA 5CYYA 2FA8A 2L59A 3IE3A 3UVHA 5H5SA 2X8CA 3O6TA 4BPYA 4I2TA 4WEYA 1MEKA 3IAM2 4GQFA 3FHKA 4HZ2A 1B48A 2L5OA 3LJRA 4PURA 1XVQA 3F4SA 2VCWA 4L0UA 3GKXA 4KCEA 2FWEA 1OVNA 5IO2A 4LL4B 4KE3A 1K0BA 4F0CA 5G2ZA 4ZL8A 2V1MA 1V40A 3ZVJA 5ID2B 4EKZA 3ERGA 4WKWA 2WFCA 3LQ7A 3WGEA 2V6OA 4E8HA 4IGJA 2EIOA 3J7Yb 4GXZA 4G10A 3HD5A 1IYIA 2F51A 2IMEA 5AGYA 3H1NA 2KUCA 2GLRA 2VD0A 3EU4A 4F82A 5D9TA 3QMXA 1TKDB 4IS0A 1JZWA 3TKRA 3C73A 2P31A 2FD3A 5AN1A 1FO5A 4FO5A 3TKSE 3CYNA 1J08A 1HNCA 1AAZA 2N5BA 3GA4A 3F9UA 5ID2A 1AXDA 3KM6A 5CRGA 4ZB9A 3BCIA 5F8BA 6GSUA 4HU9A 2E0QA 1XIYA 5ELGA 4EDYA 2C0GA 4F2IA 1SKWB 1URMA 2OE0A 1S3CA 4EL1A 1KBNA 4NPBA 1MDKA 3VFIA 3GURA 1NW2A 3APOA 3TRPA 1FOVA 3C7MA 1MTCA 1XW5A 1TRSA 2OE3A 2M46A 2NDOA 3M3MA 4HOJA 5F06A 4HUAA 3FZ9A 2WJUA 3VPQA 2PVOC 2DLXA 1Z7RA 3Q18A 3Q74A 1NHOA 3CSHA 2FWHA 1KEBA 4K8MA 4Z7XA 2M80A 3UBKA 2D2ZA 2GSRA 4ACSA 4X0XA 1BG5A 4GRFA 2MYGA 1PSQA 3AY8A 4XCSA 3KJYA 5ECIB 2HFDA 5C00A 3ZLPA 2H0GA 2YJHA 6GSSA 3VWUA 2VM2A 5EPFA 1FVJA 3BD2A 3IRAA 4JE1A 3ZRDA 3HJMA 1H75A 4KB3A 3A2XA 4BVYA 1YKCA 3A2VA 4K7NA 1O6JA 2CVBA 2DJ2A 4WF4A 2VL2A 2GTUA 3WT1A 1PKWA 2BTOT 3GIXA 2C4JA 1PA3A 1QK8A 3ERFA 5FHIA 1GSFA 1WE0A 4BWSA 2MBTA 4TKYA 2IPAA 6GSWA 4MP4A 1GLPA 3TUEA 1XFLA 3HA9A 5ECOB 2B7KA 1SU9A 4OD7A 2I81A 5ECRB 4NV2A 1SYRA 1JZOA 1ERUA 2XPDA 4JU5A 2AYTA 1M9AA 2GSQA 2OA7A 4ML6A 4MH2A 5B6NA 2GVPA 2VM1A 5ELAA 2VL9A 1EEMA 1OC3A 4IBPA 3RPNA 2H71A 3QDNA 2ZUPA 1V58A 2JZSA 3LXZA 4GTUA 3KZQA 1XVWA 2YN1A 4KUNA 3BCKA 4DEJA 4XS4B 1YF1A 3FR3A 1TRWA 4HEA2 3P8WA 3TB2A 2LJAA 3VWWA 3UL3A 3UARA 4MABA 4ILFA 1GSDA 3FY7A 1Y25A 3W6GA 3IV4A 1KNGA 3DYRA 3LYKA 3ZMKA 1SJ6A 1O7UA 3TJFA 5ENUA 1ERTA 1OC9B 5D73A 4XS4A 4MZWA 4QL9A 4Q5NA 1QFNA 2LNTA 4DSSB 1TRVA 4PQIA 4L5LA 1ZYEA 1CQHA 4FH8A 3J7Yk 5KN1A 2PN8A 4DSRA 1DE1A 1FB6A 1K0AA 4EDZA 1A2JA 1ERVA 5DVBA 5GSTA 3FYGA 1TK8B 2AAWA 4K7IA 2QKEA 4TR1B 1GNEA 1ON4A 4KW6A 5A4WA 2HXKA 5IO0A 4NWYA 2H66A 1GP1A 1OC9A 2FLSA 4RI7A 4LMWA 3EURA 4IHUA 3QD9A 2I4AA 3D4MA 1SK1A 4JBBA 2ALBA 2CAQA 4PQHA 2PMTA 3KMOA 3ZZXA 1J9BA 4K2DA 2HI7A 4JRRA 1PN9A 4IQAA 4J57E 3KP9A 4GF0A 2YV9A 1N8JA 4TR1A 2F9SA 2OACA 1R26A 2H01A 3TJKA 2KHPA 2V2GA 2OE1A 3C8EA 4ZB6A 3GKMA 1T00A 3DMLA 4P3YB 1XOBA 2H0IA 1ERWA 4ECIA 2KOKA 4HJ2A 4PNGA 1TU7A 3E9JB 5HR0A 2VCTA 1T4YA 4L0WA 1EV9A 2P5QA 5ECLB 2X64A 2H0HA 1X9MB 2DIZA 4YQVA 1CQGA 4IJ3A 3RPPA 5EY6A 2MMOA 1R4WA 5CRDA 4I5QA 3L0HA 2JSZA 2PBJA 2YWIA 4O5RA 3GYKA 5B8AA 3HVSA 1JFUA 1G0TA 5D9VA 1TK5B 1THOA 3P2AA 5DCHA 3F3QA 1Z5YE 5DBQA 2VLTA 4DSQA 2DBCA 1EP8A 3CRTA 4NHWA 2VIMA 4YQMA 3VI5A 2H8LA 3CTGA 1X5CA 3ME7A 5ECPB 1TW9A 6GSVA 3CSJA 4EF0A 2H19A 3C1SA 4POBA 1GULA 5ABRA 3ISOA 3CMIA 5AISA 5J41A 1AQWA 3WGXA 1JHBA 3MDKA 3GX0A 2FA4A 2B7JA 1GNWA 3TDGA 1M2AA 1O8XA 2MBSA 3TRXA 2OKAA 2OBKA 2KP1A 1XBSA 1XPVA 3EMPA 2YANA 5A5KA 2CZ2A 1M9BA 5J9BA 2GS3A 4N0ZA 2H1AA 5J3RA 1BEDA 2L4QA 3GFKA 4L5OA 2AJQB 4KX4A 1K0CA 2KLXA 3WT2A 2PPTA 1GSEA 1MDJA 3HYPA 1XWBA 2C1YA 3IA1A 1Z3EA 1RQMA 4XHMA 5B6MA 4IW9A 2CQ9A 5LD0A 1ZOFA 2LV3A 3MWHA 1MDIA 5IPGA 13GSA 3C1RA 3VWVA 3S9FA 4Q5FA 3LYPA 2EIRA 5GAPD 2A4VA 1XW6A 2I3YA 2YWMA 2OJLA 3KEBA 2BJXA 3D6IA 5IMFA 1VF2A 2CZ3A 3I69A 2XPEA 3U6VA 1YQ1A 4AGSA 4GWRA 1SKSB 3KD0A 1WMJA 2LNSA 3IHQA 2C0DA 4OFMA 2NPBA 3MNGA 1B9XC 3KTLA 2C80A 1UA5A 3L4NA 5EL8A 1T7PB 2N5AA 3L9UA 4N30A 5A4VA 1VRSD 3EMXA 2LRNA 4KCAA 2LEGA 3DD3A 4YAVA 1TXXA 2B1KA 4MH3A 4FYCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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