4KSOA

Crystal structure of circadian clock protein kaib from s.elongatus
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
ILKLYVAGNTPNSVRALKTLKNILEVEFQGVYALKVIDVLKNPQLAEEDKILATPTLAKVLPLPVRRIIGDLSDREKVLIGLDLLYGELQDSDDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Circadian clock protein
source organism Synechococcus elongatus
publication title CryoEM and Molecular Dynamics of the Circadian KaiB-KaiC Complex Indicates KaiB Monomers Interact with KaiC and Block ATP Binding Clefts.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Circadian clock protein KaiB
total genus 20
structure length 95
sequence length 95
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07689 KaiB KaiB domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ksoA00
4HZ4A 3F4TA 3TCOA 3MDKA 2FWEA 3QDNA 1HNAA 2OBIA 2GZPA 4V2MA 3TKRA 3ED3A 3EMPA 4ZL7A 3CSHA 4NMUA 2MMAA 4KUNA 1UA5A 5F8BA 2H74A 4IJIA 2C3QA 1CQGA 1YJ6A 1EEMA 2H1GA 1UC7A 3IAM2 1PL2A 2C8UA 4FYCA 1XCCA 3F6DA 1URMA 5ECHB 3VURA 1KNGA 1FVKA 2EIRA 1XWAA 3TJJA 4I6XA 4J56E 4MMMA 1M2BA 4MH2A 5G31A 4OFNA 4EDZA 2IFQB 2E2GA 2HYXA 2H76A 2CVBA 1K0BA 4XS1A 3D5JA 5IMFA 1V57A 2DMLA 2X8GA 4KCAA 1A0RP 3C71A 5D8IA 3K8NA 4KSMA 4XS6A 1T4ZA 5HQPA 2JZTA 2WCIA 4V1Ap 4TXVA 2AAWA 4MA9A 2HE3A 4IVFA 2NTOA 2GSQA 1SKRB 4ISDA 3GFKA 5AIVA 2HSHA 3KJYA 3IHQA 1EV4A 3CXGA 4DSSB 1VRSD 1ZYEA 1M99A 3WD6A 2A2RA 2OADA 2O85A 5DDLA 1JZWA 3IBHA 3IAS2 4O92A 1XVQA 3FR9A 5IM9A 4AJ8A 2CAIA 4OWYA 2HZEA 4OMVA 3QAWA 1O81A 2M80A 3ZRDA 3EU3A 1JFUA 4NV2A 2GT6A 1OC8A 3BCKA 3PH9A 3L9UA 3UL3A 4L5LA 1GTIA 3L78A 5CREA 3LXTA 4HU7A 2GT5A 3HVXA 1NHYA 3P7XA 3GMFA 2HNLA 3NZNA 1ZMAA 4GLTA 3GTUA 3P8WA 3HJPA 2F3MA 1S3DA 5DQYA 1OC9B 4LL1B 3A5WA 2X8CA 1JHBA 3BOAA 2Z9SA 2NDOA 1G7OA 2EIOA 2QC7A 2FY6A 1NSWA 4G9HA 2FCHA 2R4VA 4TR3A 1GSFA 5CRWA 2RIIA 3WGDA 2OA7A 2OE3A 5FT3A 1XIYA 3D4MA 3EC3A 2B1LA 20GSA 2F9SA 1GTBA 4D73A 4GF0A 2FGXA 2VAFA 2ZNMA 5ECRB 3GIXA 1K0DA 2C0DA 3TOTA 2GZZA 2XBQA 2IMIA 10GSA 4KGIA 1TOFA 1F6MC 3TJBA 1PQNA 3FRCA 1W4VA 1XW6A 2J23A 5JWRB 3QFBC 5IPHA 2V1MA 5CO3A 3DVWA 5IIZA 4CDOA 3FR3A 5J41A 3LSZA 2VUPA 1N2AA 5HR3A 4K2DA 3GV1A 1XWCA 1ZZYA 2DJ1A 2LS5A 5CRHA 4GTUA 2JU5A 4ACSA 1BG5A 4IP1A 3E3EA 2B7KA 2XBIA 4KDUA 4WBRD 1TK0B 2LSTA 3DD3A 3QFAC 3GSSA 1AUCA 4AF2A 3RDWA 4KNDA 3VWUA 2VD0A 3CMIA 1B8XA 3A2WA 2FHEA 2JZSA 3EINA 4O5RA 2DJ3A 8GSSA 3MNGA 2VLUA 3UBLA 2MMNA 3ZVJA 1QFNA 1T1VA 2K9FA 2JL4A 1SK1A 5G30A 5HR0A 2YZUA 5GSTA 4TRXA 2AHEA 4KCEA 2OE1A 1SK0A 3FZ4A 4ML6A 5F0GA 1LU4A 2YJHA 5FHIA 2YWMA 5HR2A 4KH7A 2BTOT 4EKZA 4HUAA 9GSSA 1QGVA 1O73A 1O6JA 3IDVA 1SD9A 2LQOA 5D9XA 5KN3A 3GKXA 2V2GA 1TRWA 1X5CA 3ERGA 4TXOA 1TJDA 1ZCPA 2OKAA 4JU5A 5ID2B 5J3RA 5GZZB 2L6DA 3HA9A 4MDCA 4DSRA 4GCIA 4HJ2A 3GL3A 3MSZA 5ELAA 4O7HA 3F0IA 2CA8A 1QUWA 2I9HA 1FO5A 2V6OA 2CT6A 5L71A 2L6CA 5HFGA 4TR0A 5EPFA 3HCZA 4GSTA 2IMDA 4KDXA 1GSUA 3D6IA 4N11A 4KDYA 2YV7A 22GSA 4JBBA 3Q18A 1ST9A 3TRPA 1FB0A 4OO4A 3PR8A 2B6MA 2YN1A 1XFLA 11GSA 2CX4A 2N5AA 17GSA 2HI7A 2B5XA 4POBA 5D93A 2TIRA 3RAZA 3WT1A 2B7JA 3D22A 3F63A 1DE2A 4BL7A 3I9V2 4HU9A 1X9WB 4F0BA 2YWIA 3TUEA 1EEJA 1G0TA 3ZLPA 1A2LA 4BVYA 4ZL8A 2L5LA 1PD21 4IBPA 3SWLA 3ZIJA 2X99A 2GSTA 3QMXA 1TKDB 2VCTA 1R5AA 1YKAA 5FWGA 1T4YA 1WWJA 2O89A 3APSA 3EMXA 3I6AA 2DC5A 2VCXA 3GKMA 1TRUA 4EVMA 3TKSC 1K0AA 1XWBA 1A23A 4XS4A 1ERVA 1A2JA 2GDRA 2AJQB 3N9JA 3L4NA 1EOGA 1JZRA 2C0EA 5J9CA 2PVQA 3UVTA 4GSNA 3MWHA 5G5FA 2KP2A 3CYNA 3DWVA 4WETA 3QAVA 2DBCA 4HOJA 1BYEA 1V58A 5D96A 3UMAA 2GQMA 1SJIA 2O7KA 3WT2A 1SU9A 3IC4A 1SENA 5C00A 3V1WA 3J7Yk 1PA3A 2F8FA 2LUSA 5IO0A 1GLQA 2K8SA 4F0CA 4YQUA 6GSTA 1AQVA 4RI7A 5EY6A 1PL1A 5DJLA 2VL9A 1ACVA 5DAKA 2PU9C 1AC1A 3TJFA 1B9YC 2KHPA 3FK8A 2A4VA 1EOHA 5DALA 18GSA 1PRXA 1G6YA 2MBSA 4FO5A 3GRXA 5DQSA 2I81A 4J2FA 4PUAA 3ME7A 5HFIA 2BMXA 3KCMA 2VIMA 4KAEA 3VI7A 3ME8A 1F9MA 2HZFA 5ECIB 4K7NA 1R5PA 5DCGA 3KZQA 2VLVA 2DJKA 4F9ZA 3P90A 3IOSA 3UIWA 3EYTA 5IO2A 4K0GA 2HRNA 3LYKA 3TDGA 3DKSA 3UBKA 1MDKA 5ECQB 1ML6A 1GP1A 2HSYA 1IYHA 3A2VA 5EL8A 2YWOA 4N0ZA 2XC2A 1YDKA 3HKRA 1XOBA 3Q19A 5ECPB 2C0GA 5A5KA 5INYA 2GSSA 4MJCA 4LMWA 3QR6A 4HEA2 4OCFA 1VF1A 4QL7A 4KX4A 2E0QA 3HJMA 1J08A 1MD3A 2PN8A 3F6FA 5AIXA 2GS3A 2VL3A 2IFQA 3H1NA 3EURA 4MJEA 2LEGA 1WP0A 3H8QA 4K1FA 1ERTA 3UAPA 2B3SA 2OJLA 5KN2A 4PNFA 5DJMA 3GH9A 3KM6A 2QKEA 5DBQA 5H5SA 4K9ZA 1O8WA 5IMAA 1O7UA 3UARA 3U6VA 1MTCA 4IJ3A 1HYUA 1RW1A 4G10A 3F4SA 3VI5A 1R4WA 4MF6A 1YZXA 4MP4A 3LWAA 3VPQA 5AN1A 3EWLA 1PGTA 1YEXA 4QQ7A 4XTSA 1EGOA 2FLSA 4IS0A 5ECNB 3EE2A 4WF4A 1YF1A 4POMA 3RHCA 3LQ7A 4ZBBA 1ERWA 1M0UA 2GQLA 4L5OA 2G2QA 3HVVA 2IMFA 4N30A 2MBTA 1BJXA 4ZB8A 3HDCA 5KEJA 1Z7RA 3KP8A 3LJRA 4EO3A 1FHEA 1WRYA 4HQZA 1TU8A 2OACA 1H75A 2YP6A 4Q5QA 1GH2A 1FVJA 4OFMA 2PPTA 1U6TA 3O3TA 1OKTA 2DJJA 3C1RA 4N0VA 3M9KA 2PUKC 2H70A 3G9BA 3IRAA 2DJ0A 1BEDA 3FW2A 3KGKA 1AW9A 1FG4A 2VCZA 2B5EA 4P3YB 2X8HA 1KTEA 1OC9A 6GSWA 2I3YA 2JADA 3HVSA 4KB3A 1ILOA 4NHWA 3GX0A 1FAAA 1GSSA 4V2NA 3BBYA 1T8EB 4PXOA 4ID0A 1S3AA 5DCHA 5GAPD 4PX1A 4ZILA 5CRDA 3HD5A 2E7PA 2C1YA 4BA7A 3ZTLA 2YPMA 1NHOA 1G6WA 4PGTA 3RBTA 3KH7A 3GUSA 3QCPA 1SKWB 4DVCA 4MF5A 3GA4A 4OFTA 4XRDA 3FY7A 4MF7A 1V9WA 4ZXGA 4XIHA 1USBA 3KIJA 1NW2A 3APQA 3TKSA 1F37A 3GKKA 4OCEA 3GH6A 4O32A 2YCDA 4MCUA 1QQ2A 2C0FA 2PGTA 4F82A 2KLXA 4ILFA 3VWXA 3KMNA 2KP1A 4G2EA 1PKWA 5CNWA 2YANA 4WF5A 2P0GA 1TRVA 3LEFA 2I4AA 1JLWA 5F06A 1BX9A 4GXZA 4X43A 3E9JB 2HZEB 1GSDA 4IP6A 2IL3A 1K0CA 2TRCP 1TXXA 3A3TA 1VF3A 2VL2C 2F51A 1YKCA 3ZIVA 1PX7A 3G7YA 3ZREA 2GVPA 3OR5A 4PUFC 2VCWA 16GSA 4I2TA 1FW1A 1R26A 4J57E 4K7IA 3BCIA 4X0XA 1U3AA 1ZOFA 2LKUA 2LTKA 1DE1A 3IK9A 1V40A 2YJ7A 1BAYA 1SKSB 5J5NA 2CVDA 4EXJA 2REMA 4YAVA 4MJAA 1VGLA 2FD3A 1SYXA 4ECCA 4I97A 2R2JA 2FA4A 1XW5A 4ZBDA 3ZFBA 1HQOA 3KMOA 5IMZA 1AXDA 1Z6MA 1JLVA 4NPBA 3WGXA 1EP7A 3BJ5A 5HR1A 3HY2A 1BQ7A 1IYIA 3FZAA 4JE1A 5CP1A 3D4TA 2H71A 3M8NA 3MAKA 7GSSA 5F07A 5GSSA 3VPTA 1TP9A 3FEUA 3GURA 4POKA 1S3CA 3C73A 2PWJA 3UEMA 3IE3A 2XPEA 1U88A 1GRXA 6GSSA 1WE0A 3DEXA 3GKNA 3F3RA 5ECSA 2CZ3A 3GX8A 3G7JA 1VF2A 2H19A 5E59A 4ULXA 3W8JA 1X9SB 2KUCA 5CRGA 4FIWA 1TI3A 2RM5A 2H6XA 2A2SA 1HNCA 4PQHA 1EGRA 1THXA 2RUEA 3VFIA 5IQYA 4Q5RA 1TI1A 2BJXA 1TK8B 5CYYA 4BWQA 1M2AA 2QGVA 1QK8A 3EU4A 1MDIA 2L4QA 2WS2A 3ERFA 4IW9A 5JCWA 3LGCA 4EUYA 2FNOA 4PURA 5ECKB 5C04A 1OC3A 4OD7A 4X1UA 5D9TA 3CRTA 4TXOB 1K3LA 2LRCA 2JZRA 3I43A 1DBYA 5JCUA 2H66A 2H72A 5AISA 5B8AA 3VLNA 2VD1A 2CAQA 1WOUA 4HS1A 4PQIA 5LCZA 4RUVA 4ZB6A 4G19A 4KE3A 2H30A 1GSYA 1VF4A 1F2EA 1LBKA 2EIQA 2DIZA 4JR4A 1G7EA 4GQCA 4V1Ag 5JWQB 4WKWA 2AV4A 1GWCA 3U5RE 1A8YA 2M72A 4L0WA 3BD2A 2MZCA 1GULA 2RUFA 4NHZA 3LORA 1TTZA 4CHSA 4DSQA 1XPVA 1TW9A 2GSRA 3HXSA 1U87A 1XWGA 2WGRA 4TOPA 2CZ2A 5G1KA 2L57A 2V32A 4TVEA 4ZL9A 3O6TA 1GUKA 2WULA 3DMLA 3F4RA 3ZL5A 1K3OA 4JR6A 3H93A 2L59A 1DSBA 3GN3A 5IMVA 3NOFA 1X5DA 3QD9A 2H0HA 2H1DA 5IMDA 1PX6A 2R6KA 1CQHA 3DXBA 4LMVA 3CRUA 1GLPA 2C4JA 3VWVA 4MPGA 5JWOB 1OAZA 1SK2A 19GSA 3KTLA 3CBUA 3RPPA 3Q74A 4WEYA 5KN0A 3C7MA 2ALBA 4IN0A 3L0HA 5A4WA 3KXOA 1A0FA 2O8VB 2LJRA 3L9SA 4E8HA 3J7Yb 1EV9A 4BWSA 1PKZA 2C3TA 3PINA 4EF0A 3IK7A 1AQWA 1WJKA 4IGJA 1QXHA 3US3A 4XRAA 4YH2A 6GSUA 2VO4A 2H8LA 1Y6EA 3GYKA 1F3AA 4TR1B 2MMOA 1Z7PA 4XCSA 2I1UA 4EDYA 4WR5A 4MK3A 1Q98A 2DMMA 1XWKA 2YOIA 2VL2A 5KN1A 2PERA 2H75A 2K18A 1TK5B 1R7HA 3CSJA 3KH9A 2H1AA 3TRQA 2L4CA 5DALB 4EC0A 4F2IA 3R2QA 3TKSE 4MZWA 5AGYA 5H5RA 4DEJA 1J0FA 2AB6A 4TW5A 4K0NA 2MYGA 2JSZA 3A2XA 4TKYA 3HYPA 3GL5A 4NXIA 4ML1A 1SL2B 4XHMA 1KBNA 3GHAA 5JCGA 4GQFA 3WYWA 1PSQA 5ECMB 4FYBA 1F3BA 6GSVA 2OE0A 5E4WA 4NV5A 5IOXA 1B9XC 4Z7XA 5G2ZA 5D9WA 2ES7A 2K6VA 4YQVA 1XBSA 4N10A 2C3NA 3FZ9A 1X9MB 2WB9A 4L0UA 4OO5A 2HLSA 1H4OA 3TGZA 1Q4JA 2DLXA 1GTAA 1T3BA 2WFCA 4JEDA 1XOAA 3IR4A 1UVZA 4IQ1A 1M2DA 4Q5FA 4DSSA 2LNSA 2B1KA 4YAPA 4L8EA 2E2MA 4KA0A 4GSSA 4JRRA 3F3QA 3ZZXA 2N5BA 4KW6A 1YF0A 3ZFLA 3PGTA 1OE7A 3DIEA 2CVKA 2VOCA 4WBJA 4WR4A 1MDJA 1AQXA 3EVIA 2K8VA 4JZQA 2J9HA 2CV4A 5EVOA 3GSTA 4HJMA 1GSQA 2PVOC 5A4UA 4MABA 1O85A 2JACA 1I9DA 2WJUA 1XXUA 3HZ8A 3QOUA 3RHBA 2IIYA 3TB2A 3WGEA 1JZDA 1RQMA 3TKPA 3AY8A 1HNBA 3APOA 3VWWA 3LXZA 2CQ9A 2MMZA 3HJOA 3HZ4A 3Q6OA 1UN2A 1THOA 2H0IA 3RPNA 2DJ2A 4FYUA 2WDUA 1TU7A 2VLTA 1V2AA 4GRFA 2PMTA 3QAGA 3M3MA 2VCQA 4MLYA 3DRNA 1MEKA 1M9AA 2H0GA 1DUGA 2LQQA 4AJ7A 2YV9A 2GQKA 5G5EA 2IMEA 4AGSA 2M46A 2AYTA 3ZMKA 1Z6NA 1Y25A 2OBKA 1ZYQB 1AIUA 3TRXA 4WXTA 5ECLB 2PBJA 1GTUA 2HT9A 1B4PA 1W89A 3FZ5A 2G0FA 3TOUA 4KSOA 12GSA 2RLIA 3LG6A 6GSXA 1SYRA 5LD0A 5B8BA 2NVLA 4NAXA 1LJRA 2NBSA 2DIYA 4H86A 1SL1B 5GAND 3GTUB 4PNGA 2WZ9A 4K6XA 2R37A 4HZ2A 5DVBA 1K0NA 2HFDA 2R3XA 3NIVA 1WMJA 2FWHA 3M0FA 2YZHA 1B4QA 2WRTA 1ZGNA 5LNKe 1EWXA 3ZMLA 4ZBAA 2H6ZA 5H5QA 2LV3A 4V2LA 2VM2A 1A2MA 1Z3EA 1PMTA 3S9FA 1GSEA 3W8SA 1XZOA 3D0ZA 1OVNA 4D73B 2R5GA 1PN9A 4IHUA 3TKQA 5ID2A 5A4VA 1OYJA 2H6YA 2LRTA 2P5QA 4AJ6A 2ON5A 3UVHA 1Z9HA 3LFLA 3M9JA 2FWFA 4NWYA 1WIKA 3ISOA 3FR6A 2IMKA 2CX3A 3M1GA 4CW9A 1HD2A 1GL8A 1TRSA 5IMCA 2KOKA 1K0MA 3C8EA 1N8JA 3KD0A 5HFKA 4K7OA 1M9BA 3ZVJD 3UOMA 3DGQA 2NPBA 3KEBA 2ZUPA 1EZKA 4BVXA 1WPIA 3UJ1A 2TRXA 4MPFA 4I5QA 4MH3A 4RQXA 5COHA 2FUG2 5F05A 4ECBA 3L9VA 2GGTA 1SD8A 4E8EA 13GSA 2YNXA 3DYRA 5ELGA 3IXRA 4HQSA 1Z5YE 3KTBA 1ERUA 2HXKA 1GNWA 4ECJA 1ZL9A 5J9BA 2IWTA 2FA8A 1V98A 1NM3A 3DVXA 2VCVA 1ON4A 5B6MA 2XPDA 5IPGA 3I69A 2F8AA 2H73A 1YQ1A 4GWRA 4HDEA 3FKFA 2H1BA 3IA1A 2GZYA 2D2ZA 1K0OA 3N5OA 5ENUA 4RQRA 5D73A 1XW9A 2B5YA 3JCML 1E6BA 5G1LA 1J9BA 2FWGA 1YY7A 4LL4B 4I8BA 4IELA 2XHFA 3TJKA 4QL9A 1M7TA 5CAXA 4LLRA 1AAZA 2V6KA 3O76A 2GTUA 5ABRA 3ERWA 1XVWA 3FHKA 2ON7A 3SBCA 3TJGA 3G7IA 2L5OA 1T00A 6GSYA 3FYGA 3ZITA 5B6NA 2GLRA 1C72A 2EC4A 3QPMA 5IOWA 2P31A 4ZB9A 1X5EA 4F03A 2LRNA 1OE8A 1SJ6A 1X0RA 3F8UA 5D9VA 4TR1A 4XS4B 4I2UA 2QSIA 3KP9A 4RI6A 4IKHA 2LJAA 4K8MA 3H4KA 2YWNA 2LNTA 4Q5NA 1FOVA 2VM1A 1K3YA 2N5FA 1GNEA 1TDIA 3HHVA 1SJZA 4TR4A 4PQ1A 4YQMA 4MJBA 2IPAA 3F9UA 5J4UA 1ABAA 3CSIA 2C80A 2DSAA 4FH8A 4LA1A 1GUHA 1KEBA 1YEPA 1OKDA 2O87A 1A8LA 2P5RA 4HI7A 2LJKA 4TN8A 1GUMA 3IV4A 3D21A 4MZCA 2JSYA 2X64A 1RK4A 4MZBA 2ZCTA 3P2AA 2IN3A 4BPYA 3VK9A 3LYPA 3W6GA 2IJYA 3CTFA 4EE0A 1U3IA 1EP8A 5ECOB 1A24A 5B7CA 5DAKB 2H01A 2RM6A 3C1SA 3E0UA 3CTGA 1FB6A 3ZYWA 1E2YA 1JZOA 2AUVA 1SL0B 2HRFA 4ECIA 1T7PB 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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