1YEPA

Structural and biochemical analysis of the link between enzymatic activity and olgomerization in ahpc, a bacterial peroxiredoxin.
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
SLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEVTEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYSVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVAAHPGEVCPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C
publication title Analysis of the Link between Enzymatic Activity and Oligomeric State in AhpC, a Bacterial Peroxiredoxin.
pubmed doi rcsb
source organism Salmonella typhimurium
total genus 51
structure length 168
sequence length 168
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2004-12-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1yepA00
1A8YA 1ZYEA 2VL2C 2L5LA 3VI7A 2YWIA 2YOIA 1CQHA 1GL8A 4BWQA 4RI7A 5B7CA 2GLRA 2OBIA 5DAKB 5GSTA 3HVXA 5CYYA 3SBCA 4NAXA 1G0TA 1TW9A 5KEJA 1GSUA 5ECSA 1MDJA 2YV7A 3UBLA 3FK8A 4MK3A 2OE3A 4G19A 1JZOA 3K8NA 4F82A 2CVDA 5DJLA 3LWAA 4EL1A 2H76A 3EINA 4KCAA 4V1Ag 2V6KA 3MWHA 3CSHA 1F9MA 1N2AA 1QXHA 3BCKA 5GZZB 1OE8A 2D2ZA 3WGEA 1ERUA 3APSA 5L71A 2PN8A 1XXUA 1XIYA 2WJUA 1SYXA 2DJJA 3FY7A 3F6DA 4GLTA 4QL7A 1XBSA 3AY8A 4XS1A 3VWVA 1LBKA 1DE1A 2L57A 3QAVA 3ZTLA 2H66A 5HR1A 3D5JA 4NWYA 3C73A 3P7XA 1ZOFA 1Z7RA 5KN1A 1O85A 2DMMA 1A8LA 3FZAA 5ECQB 3F4TA 3VLNA 1XVWA 2H74A 4DSSA 5B8AA 1SK0A 3FRCA 4F2IA 4XRDA 1GRXA 3LSZA 3Q18A 3QOUA 4XS6A 1HNBA 2QKEA 2NDOA 1V57A 2AB6A 3CTFA 3A2XA 4TXVA 4TKYA 2GGTA 4ECIA 2MYGA 1XWKA 3RAZA 4EXJA 3KH7A 3IBHA 1QK8A 2WCIA 4PNGA 4IHUA 2DC5A 1BEDA 4FH8A 4FYBA 2X99A 3I6AA 1AQVA 1XWBA 5AIXA 4DVCA 1E2YA 1RQMA 4V2MA 5H5SA 1SD9A 4Q5QA 3HJPA 3DD3A 6GSSA 2H72A 3HD5A 1DSBA 3ERWA 3KIJA 3F6FA 4IN0A 3ZRDA 4IP1A 3HVVA 1W89A 3UVHA 5G5EA 6GSUA 5DAKA 1A2LA 4WXTA 4ZB6A 5IQYA 2R37A 2K18A 1X0RA 1S3DA 3DGQA 4ZBBA 4X0XA 1K3YA 2XC2A 4HZ2A 3WGDA 2CQ9A 3TDGA 2MMNA 3HZ4A 2FY6A 5D9XA 13GSA 2H8LA 4IGJA 1S3AA 2TIRA 17GSA 1N8JA 2FA8A 3TJKA 3GN3A 4JRRA 3FHKA 11GSA 2LNSA 1EP8A 1HQOA 5G31A 2AHEA 2IMKA 1GLPA 2YJ7A 4O7HA 2MMAA 2H01A 5CNWA 3TRXA 1EGRA 3DRNA 2I1UA 1R4WA 4MJAA 3DWVA 1FHEA 3M1GA 4ZB8A 1B8XA 4DEJA 1XZOA 5DCGA 4N11A 4ZIJA 4F0BA 1GSSA 1EOGA 2F8AA 3QR6A 5HFIA 1OC8A 1ILOA 2X8GA 10GSA 2WS2A 2WRTA 1B4PA 1XOBA 4LMVA 2X8HA 2REMA 3U6VA 2DJKA 2VLVA 3KMOA 3GUSA 1PKZA 1OKDA 2E0QA 4OFMA 4MCUA 3IE3A 1U88A 2O8VB 3GNJA 5B8BA 1Z7PA 2FCHA 1PL2A 4QQ7A 1EV4A 4MZWA 2XPEA 3W8SA 3DIEA 4LL4B 5EVOA 1SD8A 2C3QA 2ZUPA 2C80A 1QGVA 1WE0A 4K9ZA 2LSTA 3M3MA 3C7MA 1M2BA 2H0GA 3ZMKA 4Q5FA 4WF4A 2LKUA 4HEA2 2B1KA 4MJEA 5EY6A 3P90A 5ECPB 4L0UA 4POBA 2R6KA 3A3TA 5J9BA 4NXIA 2H1DA 3C1RA 1ZCPA 3LYKA 4K7NA 1O73A 1ZGNA 2O7KA 1V58A 2AAWA 1TRUA 2P31A 4KW6A 3FW2A 2V32A 4HS1A 1V98A 3W8JA 2CVBA 1M0UA 3O6TA 3OR5A 3D6IA 3D22A 1QUWA 3EVIA 2LJRA 5ECLB 1PX6A 2CX4A 1GSDA 2K8SA 4MZCA 4O92A 3EMPA 1T00A 3KZQA 3EWLA 1TRSA 4JBBA 3A2WA 3J7Yb 2MMZA 3FEUA 4OD7A 5DALB 5IMFA 3M9KA 4AJ7A 1IYIA 4IS0A 2FD3A 4P3YB 4I5QA 4MA9A 1RW1A 4PUAA 2VL2A 4XTSA 2E2GA 3H79A 3TKQA 5H5RA 1GUMA 4BA7A 2AYTA 2QGVA 1EOHA 3CRTA 4ECJA 1DBYA 4YQVA 1TP9A 4EE0A 1Z6MA 3VWWA 1X5DA 4EF0A 1A0FA 2K9FA 4PQHA 1SJZA 4PNFA 5ENUA 2B1LA 5DDLA 2GS3A 3LYPA 4MPGA 3GTUB 4J56E 2KLXA 3VPQA 2ZCTA 2B5EA 2XBQA 1ACVA 3I43A 4IELA 4TXOB 1YDKA 4N0ZA 3TJGA 3M8NA 4MH3A 3R2QA 4YQUA 4OCEA 1EEJA 1Z6NA 3L0HA 1FB0A 2E7PA 2O89A 3ZIJA 2YN1A 2ZNMA 1S3CA 2FGXA 3ZZXA 1K0AA 5IO2A 3QCPA 3HDCA 4KE3A 2JSYA 4K8MA 5HR0A 2OA7A 2RUFA 2FWEA 5D73A 3F0IA 1O6JA 5JWOB 1I9DA 3APOA 2I4AA 4TR1B 2ES7A 3NZNA 2DIYA 2F9SA 2L4CA 1K3OA 1LU4A 3FZ5A 4RQXA 3GA4A 5CAXA 2XHFA 5AGYA 4F0CA 2VL9A 3ME8A 2VLUA 4H86A 2VL3A 1SL2B 3Q19A 5HR3A 4WR5A 2YP6A 4K7OA 1GUHA 1TKDB 8GSSA 4PUFC 4L5LA 4Z7XA 5HFKA 1NSWA 1PL1A 4JEDA 2JZTA 3IR4A 1K0MA 4BVYA 4GQCA 5ABRA 3W6GA 16GSA 3VK9A 2MBSA 2VCQA 4KH7A 1SL0B 2H73A 1PD21 2H1BA 4MF7A 3IDVA 4XCSA 1GTAA 2P5QA 4IBPA 3VI5A 3IRAA 2HSHA 2R3XA 5DALA 3UARA 4NPBA 4MP4A 3ZVJD 1V40A 2VUPA 3ZVJA 3O76A 2MBTA 4NV5A 5LCZA 1YKAA 1BG5A 1VF4A 1KBNA 1K0CA 4PURA 4ZL7A 4NMUA 5FWGA 2XBIA 2H1AA 4JZQA 4KAEA 1FG4A 3UAPA 2WB9A 4CHSA 3V1WA 4LLRA 3P2AA 3ERFA 3RPNA 5IPHA 3F3QA 3TOTA 3KTBA 4NV2A 3FZ4A 3G9BA 2GQLA 4HQSA 2N5FA 1MD3A 2AUVA 2FWFA 2DBCA 3DKSA 3HKRA 5IM9A 3ED3A 14GSA 2YCDA 1CQGA 3ZLPA 5IOWA 3F3RA 4IQAA 5DCHA 5D9WA 1EWXA 4MLYA 3GTUA 2M46A 4TVEA 4TXOA 2EIRA 2VOCA 1H4OA 1XW6A 4EO3A 3H1NA 3ZL5A 4HDEA 5ELGA 1EV9A 2WFCA 3GFKA 2P5RA 2HRFA 1IYHA 2YNXA 3P8WA 1C72A 2I9HA 3UEMA 1H75A 1XWAA 1SU9A 2LRCA 1TU7A 2YJHA 1UVZA 3N9JA 2PUKC 2L59A 4TR1A 2IPAA 1PMTA 3TGZA 2BJXA 2JZSA 2CA8A 2ALBA 5CRHA 1I5GA 2QC7A 2MZCA 3HVSA 2JL4A 3KCMA 1J08A 1PGTA 2EIOA 4I97A 2VCTA 3CBUA 3E9JB 3TKSE 1X5CA 3ZFBA 4WEYA 4I6XA 5EPFA 2MMOA 1ZMAA 1ERWA 3KGKA 3F63A 2X64A 2H0HA 5ID2B 4V1Ap 2HYXA 4RQRA 2C3NA 3BD2A 4BPYA 1T8EB 2IIYA 4ML1A 4RUVA 3CYNA 5E59A 1M2AA 1THXA 1XWCA 4QL9A 1K0OA 1SKSB 1EGOA 2KOKA 3D4TA 4GTUA 1FVKA 2IWTA 4X1UA 2GDRA 3PR8A 1U3IA 1PSQA 4KGIA 4MABA 5D9TA 1LJRA 2VD1A 4CW9A 3CMIA 3LJRA 2WZ9A 3FR9A 4HZ4A 1PA3A 2GTUA 5ECHB 2YWNA 3EU3A 3KXOA 1NHOA 3FR6A 2OADA 2PBJA 2G0FA 3G7JA 2LNTA 3HA9A 2IJYA 1EEMA 3LGCA 5IMAA 1GUKA 1M7TA 4IQ1A 4G9HA 1GSEA 5G1KA 5HR2A 3GH6A 2GVPA 2YZUA 19GSA 1GSQA 1MDKA 1X5EA 2KP2A 2NVLA 1AQXA 5IOXA 2GT6A 3G7IA 4K2DA 1F3AA 1YEPA 3CXGA 3KTLA 4OFNA 3TKSA 1OYJA 4YH2A 4GSNA 5C04A 4IW9A 5ECMB 2Z9SA 4LMWA 3IC4A 4ZL8A 5HQPA 5J9CA 2N5BA 2HFDA 3GKXA 4TW5A 3C1SA 1YJ6A 3QAWA 4AJ6A 6GSTA 1SYRA 3QD9A 2X8CA 5G1LA 1ZYQB 2EC4A 1SL1B 6GSVA 2HNLA 2A2RA 2IFQA 2N5AA 1AQWA 1A24A 3A5WA 4ID0A 1FVJA 4NHWA 2LQOA 4N30A 1O81A 3EURA 4KSMA 1JLWA 4EDZA 3IXRA 3FKFA 1J0FA 2L4QA 4E8EA 2FWGA 4HJ2A 4HI7A 3TUEA 5HFGA 2LJKA 4TR4A 4ECBA 1T4ZA 1YZXA 2DLXA 3IA1A 3G7YA 4GXZA 1Z9HA 1OE7A 2FNOA 2VO4A 2C0GA 1VRSD 3F4RA 2H1GA 5DVBA 2GZZA 1GNWA 3CSJA 1ZZYA 1XOAA 1TRVA 3Q6OA 5A4VA 5ID2A 2RLIA 2C3TA 2FLSA 5IMVA 4LL1B 4KUNA 2PVOC 2NBSA 3HYPA 5AIVA 1XCCA 4EKZA 3KJYA 1PRXA 2LRTA 2HSYA 4L5OA 4PXOA 2H6ZA 3KMNA 5GSSA 1BQ7A 3PH9A 1QFNA 1Y6EA 3TKRA 1XPVA 1TTZA 4O5RA 4YAPA 1ABAA 4L8EA 3TB2A 5B6MA 1GWCA 2OE1A 2B6MA 4BWSA 3GYKA 3TJJA 4MJCA 2NTOA 3TKSC 2GSRA 3IPZA 4POLA 1XVQA 1WWJA 3KD0A 3LQ7A 3D0ZA 3KP8A 1VF2A 2HT9A 3RHCA 5F07A 1V2AA 5FT3A 5F8BA 2OBKA 1WOUA 1E6BA 2CAIA 3RHBA 2OKAA 5IO0A 5CRDA 4MF6A 5GAND 1T4YA 3IK7A 4FYCA 4ZB9A 5LD0A 3WT2A 4ZBAA 2FHEA 1XW9A 3F8UA 5CRGA 1A2MA 1G6WA 1VF3A 5D8IA 1JFUA 1HYUA 5ECRB 3ZREA 2IN3A 2CV4A 4V2NA 1M9AA 2HZEA 2JU5A 1T3BA 2YANA 3PINA 3H4KA 2OJLA 4OO4A 4POKA 5JWRB 4ECCA 1TK8B 5ECIB 3HJOA 4I8BA 4EUYA 2BTOT 1NW2A 3BJ5A 4WBRD 4OCFA 2DIZA 1B9YC 1V9WA 5JCWA 2RUEA 4JU5A 2P0GA 3ZMLA 3KM6A 4KX4A 1GH2A 2VLTA 3GKMA 3GURA 4ILFA 2HLSA 1MTCA 3QDNA 1M99A 1MDIA 2GSTA 1SK2A 3WGXA 5JWQB 3N5OA 5G30A 2IL3A 2YPMA 1GSFA 1Q98A 2CZ2A 4MPFA 3PGTA 5D93A 1UC7A 4EDYA 1DUGA 1OVNA 3MDKA 4HUAA 4PQIA 2RIIA 4RI6A 4V2LA 3UMAA 1VF1A 3HJMA 2LTKA 4O32A 3C71A 6GSYA 4FIWA 3BOAA 2F3MA 1G7EA 1Q4JA 3GX0A 1QMVA 1HNAA 4XS4B 3GIXA 5DBQA 1K0DA 1ZL9A 3RDWA 4IKHA 4GCIA 3GV1A 5E4WA 3WYWA 3ZFLA 3F9UA 2GQKA 4IJ3A 3L4NA 3DVXA 4FO5A 12GSA 1SKRB 1WMJA 2R4VA 3ERGA 1ST9A 2TRXA 1FOVA 2V6OA 2B5YA 4DSQA 5A5KA 1TU8A 2GT5A 2KP1A 1X9SB 1YEXA 2I3YA 1SK1A 1X9WB 1T1VA 4L0WA 3RBTA 3GMFA 1WIKA 5CO3A 3UBKA 3EMXA 1OAZA 1AC1A 2KUCA 2PU9C 5CRWA 1WRYA 2FA4A 4KDUA 5F05A 3D21A 4AGSA 4GF0A 4POMA 2C0EA 1K3LA 4OMVA 1TI3A 4MH2A 3BCIA 4K0GA 3EC3A 2LV3A 1FW1A 2HI7A 2DJ0A 3GKNA 4F9ZA 3VWUA 1T7PB 1OKTA 2H30A 2YZHA 3M0FA 2IMFA 2GZYA 3GKKA 1K0BA 2M80A 4K1FA 2JSZA 4K6XA 2LEGA 6GSWA 1XFLA 5A4UA 2OACA 3TCOA 3EU4A 1A2JA 4GRFA 3UL3A 3U5RE 2LJAA 3QFBC 1TXXA 3GL5A 3QPMA 4JR6A 1PQNA 3HZ8A 3J7Yk 2IFQB 3EYTA 5DQSA 3DYRA 5J3RA 1WJKA 4OFTA 5G2ZA 1TJDA 1GULA 9GSSA 2H19A 1FO5A 2H6XA 3Q74A 1KEBA 5KN3A 1O8XA 3HXSA 2ON5A 2IMIA 2VCVA 1NM3A 7GSSA 4AF2A 4HJMA 1U3AA 2TRCP 1F3BA 4XHMA 3IV4A 4X43A 5KN0A 3UOMA 3TKPA 4KNDA 2A2SA 4XS4A 1URMA 4TR0A 5JCGA 4D73A 2CZ3A 1THOA 4TRXA 5A4WA 5GAPD 2VM1A 5JCUA 4N10A 4ACSA 3GH9A 3QAGA 3ZITA 5INYA 1GTBA 1QQ2A 2HE3A 3VURA 3RPPA 3EE2A 2J9HA 5LNKe 3GX8A 3CRUA 4PQ1A 6GSXA 1OC3A 2QSIA 1Z3EA 4WETA 2XPDA 5D9VA 3UVTA 1FAAA 2LRNA 3NIVA 3A2VA 1YF0A 4G2EA 4ZL9A 5F0GA 1K0NA 1XWGA 1M9BA 1A23A 1USBA 3ME7A 1GNEA 3UJ1A 3S9FA 3IAS2 3L9SA 1XW5A 1GTIA 1NHYA 1MD4A 1R5PA 1GTUA 5ECNB 2O85A 1AW9A 5ECKB 3CSIA 5CREA 3MAKA 2K8VA 1G6YA 2VD0A 3L78A 4KSOA 3UIWA 2IMDA 3VWXA 5KN2A 2M72A 1JZWA 2VCZA 4HOJA 2F8FA 1F2EA 2DSAA 1U6TA 2PGTA 4KDYA 2DJ2A 4TN8A 3MSZA 4ZBDA 1YKCA 1GSYA 2RM6A 2PERA 4LA1A 1YF1A 3I9V2 2WDUA 2HZEB 2F51A 2C1YA 1BAYA 1HD2A 4HU7A 2B7JA 3JCML 1X9MB 2RM5A 5F06A 3LEFA 4FYUA 1TOFA 3ZYWA 3GRXA 4GWRA 4WKWA 4F03A 3KH9A 3NOFA 3ZIVA 5COHA 5DJMA 2HRNA 2DJ3A 5IMZA 3FR3A 2C0FA 3C8EA 4JE1A 2JZRA 4MDCA 2FWHA 4IJIA 1WPIA 2OE0A 1PKWA 4ZXGA 4Q5RA 4GSTA 3TRPA 3H8QA 4IVFA 4TR3A 1O7UA 2L5OA 4BVXA 2VCWA 2HZFA 3LFLA 1AAZA 2CX3A 4MZBA 4WBJA 4AJ8A 4ZILA 3E0UA 4GSSA 3GSSA 5ELAA 2E2MA 2VIMA 1M2DA 1ERVA 3HHVA 4WR4A 4J57E 3IK9A 5J5NA 3FZ9A 2L6DA 3L9UA 3CTGA 1OC9B 2PWJA 4N0VA 3FYGA 1RK4A 3M9JA 1YQ1A 3KEBA 2YWMA 4MMMA 1R26A 1AXDA 3HY2A 2G2QA 2C4JA 1PX7A 2V41A 4MF5A 3LORA 1SENA 1R7HA 2B5XA 4HQZA 4I2TA 2JADA 2VAFA 2WGRA 3IHQA 1KNGA 3TJFA 1B9XC 2GSSA 5EL8A 2VM2A 2A4VA 2C0DA 4TOPA 3VFIA 5AN1A 4IP6A 2IMEA 3LG6A 2BMXA 4NHZA 2NPBA 3QMXA 1AIUA 2VCXA 1FB6A 5IMDA 1ML6A 1R5AA 3TJBA 1VGLA 3L9VA 5J41A 3D4MA 3GHAA 1BYEA 1SJ6A 4GQFA 3TOUA 2O87A 1F37A 2I81A 3KP9A 1JZRA 4KA0A 4ML6A 1UN2A 1Y25A 1A0RP 22GSA 3O3TA 1B48A 2B7KA 4JR4A 3HCZA 2H0IA 4BL7A 2PMTA 5C00A 5G5FA 1EZKA 1YY7A 5IIZA 4PX1A 1PN9A 4KDXA 1G7OA 1MEKA 1J9BA 2L6CA 4ISDA 2CT6A 2JACA 4YQMA 5ECOB 2DJ1A 4E8HA 2YWOA 4ULXA 1DE2A 4J2FA 4EC0A 2YV9A 2PPTA 4MJBA 1GP1A 3GSTA 4XIHA 1TI1A 3IOSA 1SKWB 3APQA 3MNGA 1TRWA 1TK5B 1O8WA 5IMCA 20GSA 5H5QA 4PGTA 3IAM2 2ON7A 4CDOA 5J4UA 2CVKA 2LUSA 1JHBA 2EIQA 3WT1A 1JLVA 1WP0A 2AV4A 2GZPA 2CAQA 4YAVA 2R2JA 3LXZA 3TRQA 3F4SA 1Z5YE 5B6NA 5FHIA 2B3SA 3DXBA 2LS5A 4HU9A 3WD6A 3GL3A 1ON4A 3BBYA 1UA5A 4G10A 4OO5A 3VPTA 1TK0B 3DEXA 1BX9A 3SWLA 1HNCA 1AUCA 2V1MA 3DVWA 3I69A 1OC9A 1SJIA 3DMLA 1KTEA 4Q5NA 2V2GA 3US3A 2H70A 2H71A 2FUG2 2LQQA 5CP1A 5IPGA 3LXTA 4D73B 1B4QA 2KHPA 3QFAC 4DSSB 2GSQA 4K0NA 1U87A 4OWYA 5DQYA 2PVQA 1EP7A 2J23A 2K6VA 2AJQB 1ERTA 3H93A 4XRAA 4K7IA 4KB3A 5AISA 2H6YA 2HXKA 2H75A 4EVMA 1W4VA 4WF5A 1TDIA 3E3EA 5D96A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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