3EU3A

Crystal structure of bdbd from bacillus subtilis (reduced)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
NDAVSGQPSIKGQPVLGKDDAPVTVVEFGDYKCPSCKVFNSDIFPKIQKDFIDKGDVKFSFVNVMFHGKGSRLAALASEEVWKEDPDSFWDFHEKLFEKQPDTEQEWVTPGLLGDLAKSTTKIKPETLKENLDKETFASQVEKDSDLNQKMNIQATPTIYVNDKVIKNFADYDEIKETIEKELKGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure and Biophysical Properties of Bacillus subtilis BdbD: AN OXIDIZING THIOL:DISULFIDE OXIDOREDUCTASE CONTAINING A NOVEL METAL SITE
pubmed doi rcsb
molecule keywords BdbD
molecule tags Oxidoreductase
source organism Bacillus subtilis
total genus 71
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13462 Thioredoxin_4 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3eu3A00
5DQYA 1TK5B 2Z9SA 5INYA 3FZ9A 2VL3A 1Z3EA 3G9BA 4L0UA 4I97A 5ABRA 2XBQA 4JZQA 4K1FA 1QK8A 1RK4A 6GSXA 1NHOA 3TRPA 2LJAA 5GSSA 1I9DA 4IKHA 2MMOA 4KH7A 1EV4A 4G9HA 3DMLA 2M72A 2DJ0A 2H1DA 3F3RA 1EGRA 4MA9A 4WKWA 2I4AA 1F37A 2I81A 1FB6A 2L6CA 5ELAA 5J4UA 2JL4A 3KM6A 3FR6A 6GSWA 3ZMLA 5IM9A 1TI1A 3I6AA 3GIXA 1GL8A 4PQ1A 3LEFA 5LCZA 2H8LA 4MZBA 2B5YA 2GS3A 3NIVA 1V40A 1DBYA 5GSTA 4WBJA 1JFUA 4PQIA 3VK9A 3SWLA 4ZB6A 1HNCA 2VCVA 1PL1A 1M2DA 3H1NA 1UN2A 4I8BA 3WT1A 4V1Ap 2C8UA 2KOKA 2NVLA 4K0GA 4ZIJA 4D73B 3GYKA 4L0WA 2BTOT 4Z7XA 3IC4A 2GLRA 1X9WB 4KW6A 1A2LA 3BBYA 4K7NA 1EP8A 3TOUA 2YZUA 3M8NA 4KUNA 3FZAA 1OE7A 1XWGA 2DC5A 1J0FA 3MAKA 4BA7A 5G1KA 2X99A 5IMDA 1GLQA 3OR5A 1AQXA 2VM1A 2HLSA 3QAGA 5LNKe 2V32A 2VUPA 3DKSA 2WDUA 2WB9A 3FKFA 3TJBA 3DYRA 4V2MA 3CMIA 5H5QA 5ECKB 2LSTA 5ECMB 3IAS2 1I5GA 4TXOA 1GH2A 1BAYA 5A4VA 5DAKB 1GUHA 1FAAA 4CHSA 4CW9A 1QGVA 3IOSA 2LEGA 1ERWA 1LJRA 5EPFA 2HI7A 4PX1A 4J56E 1MD3A 2VCZA 3VFIA 5KN2A 4YQMA 4TW5A 1UA5A 1J08A 3FZ5A 3UMAA 4BL7A 2NPBA 1EOHA 3LFLA 1YDKA 4EO3A 2A2RA 1TW9A 1V58A 3HVSA 5J9BA 3BOAA 3EURA 4ZL7A 2H6XA 4LL1B 4RI7A 5J41A 2GQKA 3LXZA 2P0GA 1ZGNA 4POLA 4OCFA 3QD9A 2E2GA 1GSQA 2V6KA 1QXHA 1GTBA 2H1GA 4OWYA 3VLNA 4ULXA 3C71A 3KD0A 5E59A 3HJPA 1MTCA 1LBKA 1JLWA 2D2ZA 1X5DA 3ZITA 3HZ8A 2K8SA 1A2MA 1SJZA 2H01A 4IS0A 1VF2A 3J7Yb 3VWWA 4OFNA 2K18A 1B8XA 2OA7A 3IK7A 3IK9A 1B4QA 5FT3A 2IFQA 1ILOA 1ZYQB 5C04A 4PURA 2PGTA 2YN1A 2WULA 2KP2A 1XIYA 2PU9C 3I9V2 3G7YA 5B8BA 3GV1A 4I2TA 1FVJA 3GURA 4WEYA 3DXBA 2F3MA 1XBSA 4KSMA 4IJ3A 3M9KA 5ELGA 4GLTA 2R6KA 2YJ7A 3QPMA 3VPQA 1T7PB 2OE3A 3FYGA 1Q4JA 3Q19A 4XS1A 4EDZA 1QMVA 2MMZA 5IO0A 3TCOA 1SKWB 1TRUA 4PUFC 3KP9A 1T4YA 5L71A 4NAXA 2C0FA 3G7JA 3D21A 2FNOA 4X43A 2CX3A 3Q18A 2YOIA 2L4QA 1TI3A 3JCML 4BVXA 1XVWA 3IE3A 1U3IA 2PBJA 3N5OA 2L4CA 3ERFA 4HI7A 1G7EA 4N10A 3F9UA 4O5RA 4NHZA 1UVZA 1OVNA 4XTSA 3ZZXA 3A3TA 3C8EA 3L4NA 1IYHA 3LXTA 5J9CA 2LTKA 1QQ2A 1R7HA 2HXKA 1MD4A 3IPZA 3NOFA 1A8LA 6GSSA 3GTUB 4ZILA 1H4OA 4NPBA 2PWJA 1XWKA 3WYWA 3K8NA 3LGCA 1YEXA 1TKDB 5B6MA 3H93A 4ZBDA 5D9XA 2CX4A 4JRRA 2OKAA 3UBKA 2YPMA 2FHEA 2QGVA 3GFKA 3GUSA 4RQXA 2FGXA 1AXDA 1E2YA 2GVPA 3HZ4A 1A24A 1CQGA 5ECPB 2LJRA 2A4VA 3UIWA 2REMA 2IPAA 1WP0A 2VM2A 1DE2A 3CSHA 1XXUA 3J7Yk 1T3BA 3DGQA 4ZXGA 2GSRA 2H6ZA 4OO5A 5JCGA 1AQVA 4AF2A 3MDKA 2RIIA 2HFDA 1VF3A 1YJ6A 2AV4A 2IWTA 3CBUA 2I9HA 2C0DA 4KDUA 2ON7A 3ZMKA 4OFMA 3WT2A 4J57E 5HR1A 5IIZA 2GQMA 3TJGA 3A2XA 4IELA 5COHA 4MZWA 4JE1A 2F8AA 3HD5A 5AGYA 5DCHA 4LMVA 1YF0A 3L0HA 3US3A 8GSSA 1X9SB 2LV3A 2GZYA 2R4VA 4OD7A 4N30A 3KH9A 5DVBA 2TIRA 4IP1A 5B6NA 1F2EA 2DIYA 3RBTA 2V41A 4TOPA 4KA0A 5F05A 2O89A 3FHKA 2OACA 5HFKA 5IOXA 3BJ5A 3EWLA 3F63A 2G2QA 1CQHA 1Z9HA 3FZ4A 3TB2A 4GSTA 3ZIJA 4ZBAA 5ECNB 3QMXA 3LORA 4RI6A 3VURA 3GA4A 3IXRA 4K6XA 1XWCA 2DJJA 5G2ZA 1LU4A 1YF1A 2ON5A 3GH6A 5CRGA 5IMCA 3GKKA 2XHFA 2OJLA 2GT5A 4OCEA 1GSSA 3I43A 3ZRDA 5D9TA 2CVBA 17GSA 2K8VA 1PMTA 2B3SA 1ZCPA 3ME8A 3TJJA 3M0FA 4GQFA 3LYPA 2I1UA 2L59A 5ECOB 3HDCA 3P2AA 2MMAA 4AJ8A 1BJXA 4MMMA 2GSSA 4V2LA 5IMAA 1FG4A 2OADA 3HY2A 1EZKA 2IMDA 3QR6A 5ECIB 4WR5A 5A5KA 5ID2B 4ZB8A 5ENUA 2NBSA 1GTAA 1SENA 1PL2A 1R5AA 1T1VA 4HU9A 3EU4A 3ZREA 4PQHA 18GSA 2HZEB 3LYKA 1SU9A 3A2VA 2X8CA 4Q5QA 3ZVJA 3KIJA 1TK0B 3R2QA 4KCAA 3F3QA 4FYUA 3EU3A 2EC4A 3F4SA 5KN0A 2XPDA 2H1AA 1TRSA 1NHYA 5DAKA 1F3BA 4NV2A 4LLRA 1T00A 5LD0A 5AIXA 2AHEA 4NV5A 5KN3A 1MEKA 1X0RA 1B4PA 3KMNA 2A2SA 5DCGA 4ZL8A 4MJAA 4GSNA 1GTUA 3APQA 1XFLA 4FYCA 4YQVA 3GN3A 5G5FA 4EKZA 5ECQB 3EMPA 1ACVA 2H73A 2PUKC 2R2JA 1B48A 3Q6OA 2VD0A 1KBNA 2JZSA 3VI5A 1G0TA 2WCIA 5CP1A 4YH2A 2H1BA 3D5JA 1A8YA 1AAZA 3D22A 3GKXA 3UJ1A 2CA8A 4KCEA 2HNLA 3CRUA 2WGRA 1N2AA 2YWMA 2DJ3A 4MF7A 2PVOC 2YJHA 4ECBA 2E2MA 4WETA 1PKZA 3O76A 1EGOA 1JLVA 4TR0A 1WWJA 2F51A 5KN1A 1AW9A 2YWIA 1KEBA 2DLXA 2IIYA 3GX8A 5DDLA 2VCXA 5AIVA 5IMVA 2YP6A 5B8AA 3RAZA 4HU7A 4X0XA 1JZDA 3HHVA 5HR0A 4TR1B 1M7TA 2H76A 3ERGA 4TR4A 3IDVA 1OKTA 3LWAA 3DRNA 3VWXA 2L5OA 3UL3A 1OC3A 3HVXA 1TOFA 3RPNA 22GSA 4I2UA 3VPTA 3KEBA 2G0FA 2WJUA 3GL3A 3MSZA 5KEJA 1JHBA 3CSJA 1THOA 4IBPA 3CSIA 5ECLB 2CT6A 2GT6A 3HCZA 4TXVA 3F6FA 3GKMA 3TGZA 3FEUA 2CQ9A 4LMWA 2HT9A 1TU8A 2GTUA 2XBIA 4DEJA 1GTIA 2OE1A 1KTEA 1ZYEA 3KZQA 1PN9A 5DJMA 3KGKA 5EY6A 1MDIA 4IQ1A 2V2GA 4POMA 2H70A 2M46A 4MPFA 2IMFA 4PXOA 2XPEA 3IA1A 2R37A 4F2IA 3QFAC 1B9XC 4NXIA 3QOUA 4MJBA 4E8HA 4WBRD 3PINA 4ILFA 1PQNA 3QDNA 1SD8A 1V9WA 5EL8A 1HNAA 2LQOA 1F9MA 3ZVJD 3N9JA 3E9JB 2FD3A 4TR3A 3G7IA 1FHEA 4G2EA 1SYRA 4EL1A 1K3OA 4XS4B 6GSVA 3ZLPA 2FWGA 5HR3A 1Z7RA 2EIRA 4Q5RA 5GAND 2VLTA 1URMA 3DWVA 2H19A 5DALB 3GTUA 2C1YA 2VL9A 4BPYA 1EWXA 5DQSA 1X9MB 2V1MA 3W8JA 2CV4A 1MDKA 2VCQA 4QL9A 2LNSA 5ECHB 4TKYA 3GSSA 2GGTA 3UAPA 2JADA 1ZMAA 4PUAA 1TU7A 4FO5A 4HJ2A 4JR4A 1WIKA 4O32A 1Y25A 3KXOA 2IMIA 4MCUA 5AN1A 3TKQA 3GL5A 4MJCA 1PRXA 3C73A 2PERA 1GSUA 1EV9A 1H75A 1K0OA 3WGDA 1T8EB 2C80A 3WGXA 5JWQB 3MNGA 3TUEA 1XZOA 3UARA 4TXOB 5CO3A 3LQ7A 1O81A 1M2BA 4KSOA 2JU5A 4I5QA 2FA8A 1ZZYA 1R26A 5CRDA 4PNFA 4E8EA 1FO5A 4EVMA 3AY8A 4KNDA 2LRTA 3UBLA 4MK3A 2R5GA 3L9SA 1WRYA 3F6DA 4HEA2 5H5SA 4LA1A 9GSSA 3IV4A 2H30A 4IW9A 1ERTA 4DSQA 1K0NA 4DSSB 4BWQA 2FLSA 2J9HA 1S3AA 1ERUA 2KLXA 4MLYA 2GSQA 5IO2A 1PGTA 7GSSA 3P8WA 1XW6A 1FW1A 4JR6A 3M3MA 3E0UA 3BCIA 1GSFA 1ZOFA 2JZTA 3TOTA 3M1GA 4KDXA 5C00A 3KP8A 5AISA 4KGIA 1Q98A 1WE0A 2DJ1A 4F9ZA 1BQ7A 3ZIVA 1PX6A 4QL7A 4MH2A 4KB3A 2VOCA 4MF5A 1E6BA 1NSWA 1GWCA 2GQLA 3F0IA 1XW9A 4H86A 1O6JA 2HRFA 1M0UA 2VLUA 3TJFA 4RQRA 1YY7A 2MMNA 2YV7A 3HYPA 1YZXA 3C1RA 5D8IA 2F8FA 3CYNA 5ECRB 3QFBC 5GAPD 4X1UA 3EMXA 1SL1B 4V1Ag 2TRXA 1EEMA 2J23A 2E7PA 2KHPA 1THXA 2C3NA 1R5PA 4N0VA 3M9JA 2CAQA 2WS2A 4OFTA 1F6MC 2AUVA 4GCIA 5ID2A 1TXXA 2DMMA 2IMKA 3VWVA 4OO4A 3FR3A 4ECJA 1GSYA 4ZL9A 1YKCA 1HD2A 4MPGA 2H74A 2YWNA 4MZCA 3W8SA 3ZYWA 2HZEA 3GRXA 5D73A 2LJKA 2N5AA 2PVQA 5F0GA 1UC7A 2V6OA 3C1SA 4TRXA 4MABA 4XCSA 2AYTA 3LSZA 1PD21 3KH7A 2HRNA 4G10A 2JACA 1A2JA 1K0DA 2BJXA 4PGTA 3CTFA 1T4ZA 1WPIA 2DSAA 2RM6A 5IMFA 3W6GA 1XWAA 1ON4A 2RUFA 1K0AA 2DIZA 1JZWA 2LUSA 1SL2B 2QKEA 2X64A 4HUAA 2YANA 4QQ7A 4HQZA 3DIEA 5F8BA 4K0NA 6GSYA 3VWUA 1BEDA 3I69A 1XPVA 5CREA 4K7IA 2I3YA 4EDYA 1XWBA 3EC3A 4AJ7A 2CAIA 4D73A 2BMXA 1OC9B 4BWSA 1HYUA 2EIOA 3FR9A 1TK8B 2DBCA 3F8UA 2OBIA 1W89A 3UEMA 2VIMA 1U6TA 2NDOA 2L57A 5D9VA 1TTZA 1O85A 2P31A 1BYEA 2HYXA 2P5RA 3IAM2 1EEJA 3D0ZA 3P7XA 2LNTA 3GX0A 3U5RE 4IGJA 3TDGA 3IHQA 1V98A 1VGLA 2H66A 4MDCA 2MBTA 3EYTA 2VLVA 1GSDA 2FA4A 4ECIA 2PN8A 2B6MA 5IPHA 2PPTA 5HFIA 16GSA 4N11A 3PGTA 2IJYA 5CRWA 2EIQA 4F0BA 2X8GA 2H72A 1ABAA 6GSTA 4HOJA 5G31A 2VO4A 2LS5A 2VD1A 5JWOB 2GDRA 4OMVA 4J2FA 3FY7A 1O8XA 3DVXA 4MH3A 1PSQA 1SD9A 1EP7A 2CVKA 1HQOA 2GZPA 1SYXA 4ECCA 4TN8A 4ZB9A 4ISDA 4IVFA 2HZFA 3IR4A 2H75A 5CNWA 2H0HA 2C0GA 3ZFLA 1SK1A 1G6WA 3D4TA 4XS4A 1QUWA 1WJKA 2KP1A 3DVWA 6GSUA 5DALA 3F4RA 1C72A 1X5CA 5J5NA 3ERWA 5IQYA 3DD3A 5IPGA 3BCKA 3TRXA 3VI7A 4N0ZA 4O92A 4AGSA 2ZNMA 1YQ1A 4HJMA 2QSIA 3GMFA 3UVTA 1GUMA 4XRDA 3QAWA 3E3EA 3ED3A 3KJYA 2ZCTA 1OE8A 2VAFA 4K8MA 3HA9A 1GUKA 5HQPA 4KDYA 4WF4A 1NW2A 3ZFBA 4XS6A 4IN0A 4KAEA 1QFNA 2AJQB 1VRSD 2FY6A 1S3CA 4GXZA 12GSA 4Q5NA 2LKUA 3C7MA 3PH9A 1GNEA 4GSSA 5G1LA 3ZL5A 2NTOA 5J3RA 2E0QA 5A4UA 3L9UA 4WXTA 3V1WA 1PX7A 5IOWA 1Z6NA 5F07A 2FWEA 5D9WA 3HXSA 3L9VA 1PKWA 1J9BA 1TJDA 1FOVA 4FH8A 4ID0A 4DVCA 5EVOA 5H5RA 1G6YA 1B9YC 3LG6A 4DSSA 4I6XA 4POKA 5HFGA 4IHUA 3D6IA 4EXJA 1DE1A 4HZ2A 5F06A 4RUVA 4EE0A 19GSA 2WRTA 2PMTA 4AJ6A 2VL2C 2FUG2 3EE2A 2MYGA 2RUEA 3KCMA 2RM5A 3KTLA 5A4WA 3L78A 1WOUA 1N8JA 4IP6A 4GF0A 4P3YB 4EF0A 2YNXA 4BVYA 5CRHA 3TKRA 2HSHA 4HZ4A 4KE3A 3CTGA 4L8EA 3HVVA 1K0MA 5DJLA 1K3YA 1M9AA 4JEDA 3GHAA 1KNGA 3BD2A 3PR8A 4PNGA 1GLPA 1JZOA 1NM3A 4LL4B 3TKSC 4GRFA 4EC0A 14GSA 4WR4A 3H4KA 4JU5A 4K7OA 1SL0B 1USBA 3U6VA 1AUCA 20GSA 3TRQA 4XRAA 1FB0A 1MDJA 4GTUA 2LQQA 3F4TA 1Y6EA 1VF1A 2C3QA 2WZ9A 2B5XA 2L5LA 4MF6A 2VCWA 4HS1A 4ML6A 4XHMA 3APOA 2L6DA 4IJIA 2WFCA 3MWHA 3RHCA 2O7KA 4KX4A 1K0CA 1SKSB 1A0FA 2JSYA 4K2DA 2C3TA 5HR2A 2DJKA 3HKRA 3ISOA 2H71A 2YWOA 2AAWA 3FRCA 3EINA 1ERVA 2H0GA 5IMZA 1OYJA 2N5BA 1YKAA 1ST9A 2C4JA 4O7HA 4ZBBA 3GNJA 1M2AA 2MBSA 1SK0A 3DEXA 2LRNA 2TRCP 1GP1A 5B7CA 3QCPA 3TKSE 1VF4A 4DSRA 1XOAA 1WMJA 2VL2A 3ME7A 3IRAA 3HJOA 3WD6A 1X5EA 4ML1A 2IN3A 1TRWA 1DUGA 2K6VA 4ACSA 1K0BA 3CRTA 3D4MA 2B7KA 2LRCA 1RW1A 3GKNA 1BX9A 1Z7PA 4L5LA 4Q5FA 4EUYA 2O85A 5D93A 1M99A 5G30A 2XC2A 1XVQA 4NHWA 3KMOA 2DMLA 2ZUPA 5JCUA 3TKSA 1SKRB 3H79A 2P5QA 2YV9A 2O87A 2IFQB 1PA3A 1SJ6A 2FWHA 2B1KA 2KUCA 4V2NA 1OKDA 2RLIA 3EVIA 5GZZB 4HQSA 5CYYA 1SK2A 4NWYA 1OC9A 4YAVA 2GZZA 3TKPA 3RDWA 4L5OA 5E4WA 2N5FA 2DJ2A 3Q74A 2ALBA 3UVHA 2JSZA 1AIUA 2OBKA 2H0IA 1F3AA 3A5WA 1A23A 1R4WA 3FW2A 1TRVA 4HDEA 4F0CA 1AQWA 2FCHA 10GSA 4F82A 3LJRA 4MJEA 1IYIA 1OC8A 3FK8A 4K9ZA 3H8QA 3HJMA 2IMEA 1K3LA 4FYBA 2O8VB 1M9BA 1TDIA 2H6YA 5D96A 2ES7A 1GULA 1A0RP 1U88A 1AC1A 3NZNA 13GSA 1RQMA 4TVEA 2AB6A 1GRXA 4XIHA 1JZRA 3O3TA 3SBCA 2HE3A 2MZCA 1Z5YE 2C0EA 3GH9A 3WGEA 4JBBA 1FVKA 2QC7A 5G5EA 1BG5A 5FHIA 1S3DA 2FWFA 5FWGA 3RPPA 3GSTA 1G7OA 1W4VA 2B7JA 3RHBA 3A2WA 3ZTLA 3TJKA 4IQAA 5DBQA 3O6TA 3UOMA 2CVDA 1TP9A 1OAZA 4G19A 2R3XA 2HSYA 1ML6A 5JWRB 1ZL9A 1V2AA 11GSA 2K9FA 4WF5A 1Z6MA 1DSBA 3P90A 2M80A 4POBA 3IBHA 3KTBA 1O8WA 1YEPA 2F9SA 1GSEA 4GWRA 5JCWA 2IL3A 2OE0A 1XW5A 2B5EA 3APSA 2YCDA 4GQCA 2JZRA 1XCCA 2CZ2A 4TR1A 1GNWA 4MP4A 4YAPA 4CDOA 2X8HA 1XOBA 2GSTA 3QAVA 2CZ3A 1U3AA 4F03A 4FIWA 1HNBA 1O73A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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