3KZQA

The crystal structure of the protein with unknown function from vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
MNIKLYYVHDPMCSWCWGYKPTIEKLKQQLPGVIQFEYVVGGLAPDTNLPMPPEMQQKLEGIWKQIETQLGTKFNYDFWKLCTPVRSTYQSCRAVIAAGFQDSYEQMLEAIQHAYYLRAMPPHEEATHLQLAKEIGLNVQQFKNDMDGTLLEGVFQDQLSLAKSLGVNSYPSLVLQINDAYFPIEVDYLSTEPTLKLIRERIIENM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Vibrio parahaemolyticus
publication title The crystal structure of the protein with unknown function from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
rcsb
molecule keywords Putative uncharacterized protein VP2116
total genus 70
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13743 Thioredoxin_5 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kzqA00
4LA1A 1ZCPA 4ECBA 2YWIA 1AQVA 3F9UA 3E3EA 4JZQA 2RM5A 1O8XA 2JU5A 4DEJA 4KX4A 5GSSA 2BJXA 3KH7A 3TOTA 3A2XA 4K9ZA 1K0BA 2I81A 1TRSA 3GHAA 4EE0A 1XWCA 4FYCA 2P5QA 2YP6A 4OD7A 4TXOA 2A2RA 2A4VA 4DSQA 2B7KA 2GSTA 5GAPD 2M46A 1TI1A 3ZIVA 3DYRA 6GSTA 5F06A 3M0FA 3TDGA 4KW6A 3C1SA 4MA9A 5CNWA 2DC5A 4QL7A 3UMAA 1T4YA 2PERA 4BL7A 5B6NA 1ERWA 1EOHA 2MBTA 4IS0A 2LSTA 5F8BA 4F03A 1AIUA 3GH9A 3GTUB 4EDYA 2XPEA 3ME7A 2K6VA 1T8EB 1YKCA 3LSZA 2FLSA 5HFIA 3CMIA 3GL3A 4JR6A 1NHOA 1F37A 1LBKA 3MSZA 4MJAA 4HZ2A 4GQCA 2E0QA 2OKAA 3CXGA 1M99A 3HHVA 20GSA 5IMVA 3APOA 1TU8A 2JADA 1ZMAA 3ZYWA 1XXUA 4EC0A 2DJ0A 1EEMA 5D9VA 2LS5A 4GTUA 5IO0A 1U88A 4ULXA 4OWYA 2KUCA 2QKEA 4MPGA 2ZCTA 2FD3A 4POKA 4TKYA 3ZZXA 5LD0A 1SL0B 2XPDA 5EPFA 4ECJA 2V6OA 2X8HA 3RAZA 2I1UA 1YDKA 1W89A 4KCAA 2P31A 4OFNA 5IO2A 2ON5A 4KSMA 5GSTA 1A23A 1KEBA 2PGTA 4IKHA 3KMNA 5INYA 3APSA 3VPQA 4YQUA 4D73A 4RI7A 5DJLA 4EL1A 2VIMA 6GSUA 3US3A 5IM9A 2V6KA 2C3NA 3QAGA 1U3IA 4NPBA 2EIOA 3L4NA 3IA1A 1URMA 1WPIA 4IP1A 3M9KA 1OVNA 5DQSA 4MLYA 4DVCA 4O32A 4KA0A 5ECKB 2IPAA 4GXZA 3PR8A 2RUFA 1PSQA 1J0FA 1HNCA 2OE1A 3C8EA 2BTOT 3LGCA 2PN8A 2AB6A 4F9ZA 2IWTA 2FCHA 3QR6A 4LLRA 4HU9A 4HI7A 2GQLA 2HRNA 1F2EA 4POLA 2NPBA 1TW9A 1G6WA 2HLSA 5H5QA 1OC9B 4IQAA 3H1NA 3BOAA 1XPVA 2YV7A 1THOA 2DJKA 3HD5A 4MH2A 3A2VA 4G9HA 4ZL9A 2H73A 1KTEA 4AF2A 4V1Ap 4ZBDA 1WRYA 4HJMA 3VWUA 1ML6A 3Q18A 2YN1A 1X9MB 5ECRB 3D4MA 2X8CA 2K9FA 3MWHA 2VUPA 3GSTA 12GSA 2PMTA 3LEFA 1GH2A 5IQYA 4KNDA 3G9BA 4Q5NA 1F3AA 1T4ZA 3QD9A 4NXIA 2F51A 4P3YB 4WF4A 4L5LA 3OR5A 2R37A 5GZZB 4NMUA 3VPTA 2IL3A 1A0RP 4ML6A 2LUSA 2GT5A 1YEPA 1JLVA 1GLQA 2G2QA 4EVMA 5AIXA 1PD21 1K3YA 1WOUA 18GSA 1Y25A 2XC2A 5ID2A 1A8YA 2YOIA 3QAVA 3PH9A 4GWRA 2YWOA 3GUSA 1BEDA 5DVBA 1SKWB 4TR1B 1XVQA 1V57A 1RW1A 4RQRA 1YY7A 2CQ9A 1ACVA 4Q5QA 3I9V2 3KGKA 2GDRA 4I6XA 1XWAA 3KM6A 3GKMA 4KE3A 3RBTA 2WFCA 1GNEA 1WE0A 3P8WA 3UBLA 3PGTA 2FWGA 4MDCA 3HJOA 3GX0A 4K6XA 5GAND 1M7TA 2CA8A 2CAIA 3IBHA 1B4QA 3TCOA 1LJRA 1M2BA 4JU5A 1GTAA 1TK0B 1TRWA 2I4AA 2C3QA 2CV4A 5G30A 4E8EA 1GSUA 1SK1A 1PA3A 1Q4JA 1LU4A 1F9MA 3C7MA 7GSSA 2WZ9A 1J08A 3LQ7A 3GURA 3VI5A 1WIKA 4HUAA 1WMJA 2C1YA 1SK2A 2ZNMA 4X1UA 2HZEA 2FGXA 1THXA 2WULA 2ES7A 3GKXA 4EUYA 2LEGA 2WS2A 2RLIA 1PL1A 4G10A 4LL4B 1GRXA 3KXOA 5EL8A 2B7JA 3UJ1A 2VD1A 3E9JB 2LTKA 4XTSA 2YCDA 2OBIA 4WXTA 3WGDA 1M0UA 2GT6A 3GNJA 5G5FA 2ZUPA 4Z7XA 4GSSA 4F2IA 3F8UA 1ZYQB 5IMFA 1V2AA 2K8VA 5ELGA 4K0GA 4MABA 4NV5A 4FH8A 4HEA2 1SL1B 2HRFA 2GQMA 3BCIA 1B8XA 2L5LA 3M3MA 3GSSA 2L5OA 2F9SA 4RI6A 2DIZA 2H1DA 2DJ3A 4O92A 5ECMB 4PUFC 3HVSA 6GSVA 2DBCA 1U6TA 3A3TA 3BJ5A 1K0CA 4CW9A 2VCQA 1GSSA 3FYGA 3VFIA 5J3RA 2DSAA 1ILOA 2B3SA 1TKDB 4KSOA 2H8LA 3F6FA 2GS3A 2LQQA 5KN1A 1GTIA 1SYRA 1Q98A 2VD0A 1SYXA 1IYIA 3EVIA 3FZAA 4ZB6A 4NV2A 3ZVJA 5JCWA 5JCGA 1KBNA 2FHEA 2GLRA 3IK7A 1TU7A 3IAM2 4MF7A 3WD6A 3ERFA 4MF6A 4FYUA 5ENUA 4I2TA 4PURA 1PX6A 1SKRB 2R2JA 3SBCA 2M80A 4K7OA 3ZRDA 1DE2A 2IJYA 2JSZA 4BA7A 2LJAA 3Q19A 1SL2B 1VRSD 4IGJA 3QDNA 2PVOC 4BVYA 1WWJA 3CRTA 3U5RE 2DJ2A 2R4VA 3GH6A 2OBKA 2CX4A 3ZREA 1YEXA 3WT2A 4G2EA 2AHEA 1PN9A 1ST9A 2A2SA 5IIZA 5C04A 1JZRA 2JZRA 2HXKA 1AQWA 3DEXA 4ACSA 4HS1A 1Z5YE 3RPPA 3KCMA 3KH9A 1V58A 2VLVA 2V1MA 3BCKA 3HVVA 4ZBAA 1R26A 5IOXA 3DD3A 4ID0A 1EZKA 4CDOA 3F4SA 2HI7A 1GUHA 1SD8A 3F4RA 1XWBA 4L0WA 3P7XA 3P2AA 2HFDA 14GSA 5B8AA 1BYEA 1FHEA 5J5NA 4OO5A 2H30A 1HNBA 3EU3A 1FO5A 1OKDA 3QAWA 16GSA 1ERUA 5IMDA 4TXOB 5DAKB 1Z6NA 4L8EA 1XFLA 4PQIA 2H6YA 4AJ8A 2HYXA 1V40A 5IMCA 3VWXA 3GFKA 1FVJA 2WB9A 1I9DA 5B7CA 9GSSA 3IXRA 4E8HA 1GSQA 3CSHA 4PNGA 4MCUA 1YF0A 2IFQA 3RHCA 1EP8A 4FIWA 2YWMA 3GYKA 1J9BA 5D9TA 3M9JA 2C0DA 5A4VA 3TGZA 2WCIA 3FRCA 5G1KA 3TKQA 3IR4A 2H72A 1JZOA 3QCPA 2JACA 4FO5A 4JRRA 5ECOB 1XOAA 2H70A 3NOFA 1A0FA 3KMOA 1G7EA 4KGIA 4OCEA 3W8JA 3G7IA 4KB3A 1HNAA 1DBYA 3ERGA 5LNKe 3DKSA 1Z7PA 4G19A 4EDZA 3WT1A 2WRTA 1U3AA 4POBA 1GP1A 1A8LA 2O85A 1OE7A 4N0ZA 1VGLA 3IHQA 2H1AA 1TDIA 2LJKA 1ABAA 4MF5A 1CQGA 2YPMA 2HZFA 5IMZA 1R5AA 5AGYA 3GRXA 3J7Yb 2KP1A 2H66A 1SJZA 4HOJA 1F6MC 3FW2A 3PINA 1PQNA 2VLUA 2FWFA 2IN3A 2DJJA 1X9WB 1N2AA 4KAEA 1GSEA 1ZL9A 1C72A 3EURA 6GSWA 1GLPA 4D73B 2FWEA 4PQHA 1UC7A 1Z7RA 2R5GA 2NTOA 4JBBA 2P5RA 1SKSB 1TI3A 2VL9A 1GL8A 1OC9A 1USBA 4WBJA 5KN2A 1V98A 3APQA 5AISA 5HFKA 10GSA 1GSDA 3H93A 1R7HA 3L9UA 5CP1A 4IW9A 1O81A 3SWLA 3GKKA 2RIIA 1MD3A 3N5OA 5EY6A 4IJ3A 1AQXA 2Z9SA 2L6CA 3TJBA 3F3QA 2MMZA 2L6DA 1YF1A 5D9XA 4PUAA 1E6BA 5B6MA 2L59A 2X8GA 5ELAA 2HNLA 4KDYA 4KDXA 5L71A 4X43A 5ECPB 1X5DA 3F63A 2V2GA 1ZYEA 4HQSA 5LCZA 2YV9A 4AJ6A 2LRNA 5DQYA 5ECQB 4TR3A 3RPNA 3GV1A 2VCZA 3KP8A 3F3RA 2VO4A 1X5CA 5DJMA 3GX8A 2RUEA 4WETA 5AN1A 3CRUA 3GKNA 4WF5A 1YKAA 19GSA 4DSRA 2PPTA 1EEJA 3GN3A 2KOKA 3D22A 4N11A 4OMVA 3UARA 3WGEA 4TR1A 2KLXA 2QC7A 3LWAA 4MZWA 2VCWA 3UEMA 3IPZA 3KZQA 1TK5B 1FB0A 1HD2A 2JL4A 1MD4A 5E4WA 1G6YA 4ILFA 4LL1B 2VCTA 1Z9HA 2F8FA 2CVBA 4PXOA 3VI7A 3FHKA 2DMMA 3I69A 5D73A 4IJIA 2H74A 1SJIA 22GSA 2H0GA 2GSQA 3UVHA 2F8AA 1QQ2A 2E7PA 3UVTA 5ECSA 1EP7A 2H01A 2CZ3A 1TRVA 2VM1A 3TJJA 1SK0A 5ID2B 3I6AA 5G1LA 1BAYA 2OA7A 3DIEA 3VK9A 2H75A 4GRFA 3FZ5A 5ECNB 5C00A 3TRPA 5A5KA 1FG4A 3LG6A 4GQFA 2GZZA 4ZIJA 5A4UA 1F3BA 5G31A 1OKTA 4ISDA 2XBIA 4DSSB 3GIXA 4GLTA 1AXDA 1K0MA 4MP4A 3Q6OA 2XBQA 3D4TA 5KN3A 2GTUA 5EVOA 1FOVA 5ECLB 1XCCA 3ZVJD 3FZ4A 5G2ZA 3ERWA 1ZGNA 3NIVA 2R6KA 1CQHA 1T7PB 1S3AA 3BBYA 2H6ZA 2YJHA 4ZILA 4EF0A 1FAAA 1QFNA 1QUWA 4KUNA 2ALBA 2IMFA 4ZB9A 4K7IA 4OFMA 3HYPA 4MMMA 3RHBA 5HR1A 1MTCA 3K8NA 5CYYA 1B4PA 2N5FA 3CTFA 3VWWA 3ZIJA 2H19A 4IELA 2JSYA 1VF4A 2L4CA 4NHWA 2B5EA 5HQPA 1XW9A 1T00A 1JLWA 1K3OA 4MZBA 2FWHA 3TJGA 3O3TA 1ON4A 1OC3A 2CZ2A 4TR4A 3EMXA 3LXZA 4JR4A 1K0NA 1HQOA 1M9AA 2TRCP 1GTBA 1NHYA 5D8IA 2GZPA 3C73A 1O85A 3VWVA 2B6MA 4Q5RA 2L57A 3HDCA 5E59A 2MYGA 3I43A 5DCHA 1AUCA 1PX7A 1WP0A 2DJ1A 1XIYA 2ON7A 3GMFA 4XS6A 2PU9C 3CSIA 4IVFA 4HQZA 4HZ4A 1G0TA 1SD9A 2H1GA 2J23A 4TW5A 4WKWA 3CSJA 3WGXA 4IBPA 1PMTA 5DALB 2NVLA 1GUMA 3P90A 2IMEA 5JWQB 3QPMA 1Y6EA 1N8JA 4AGSA 4BWSA 5CAXA 1XBSA 4XRDA 4YQMA 3H79A 4XS4B 5ABRA 2N5BA 2L4QA 3CBUA 1GTUA 3HZ4A 3TKSE 2B5XA 3F0IA 4V2NA 1TRUA 5CRHA 1KNGA 3NZNA 3UIWA 2WGRA 1XWGA 3DXBA 4O5RA 2MMOA 4PQ1A 4XRAA 3EWLA 1B48A 2VCVA 2OE3A 5A4WA 3DWVA 2V41A 2OJLA 1EOGA 1FW1A 4J56E 3FZ9A 1H75A 1PL2A 3LXTA 4OO4A 3GA4A 1V9WA 1XW6A 1XOBA 2GSSA 3IOSA 3C1RA 3W6GA 1B9XC 3DRNA 5JWRB 3IDVA 2EIRA 3EE2A 4N0VA 3IV4A 5F0GA 1MDJA 2YNXA 4I8BA 4N30A 1R5PA 1FVKA 1GUKA 1YQ1A 4MZCA 4NWYA 1S3CA 2TIRA 5CREA 3TRXA 4LMVA 3HJPA 1SENA 4V2MA 4HU7A 5CO3A 3H4KA 1PKZA 5IPGA 5D93A 3GTUA 3RDWA 1B9YC 4XS1A 3UAPA 3ZFBA 1JHBA 4TR0A 5DAKA 1WJKA 1K0DA 4BPYA 3HA9A 3HKRA 2H0HA 5DBQA 4ZXGA 5IPHA 3UBKA 2GGTA 4QQ7A 4AJ7A 4J2FA 5HR3A 1TXXA 2O87A 4GCIA 17GSA 3LYPA 4V1Ag 2N5AA 3FR9A 1SU9A 1PKWA 2LNSA 3TOUA 3QFBC 4K8MA 1O8WA 1IYHA 1EWXA 3HZ8A 2JZSA 4L5OA 2VOCA 4IP6A 3EMPA 5F05A 2X64A 5D9WA 1E2YA 2FNOA 1QK8A 3QOUA 2H1BA 2E2MA 2K18A 3U6VA 4ECCA 1QXHA 4HJ2A 3ZFLA 2IMKA 2OE0A 4TOPA 5J4UA 3DVXA 1JZWA 6GSSA 1EV9A 3DMLA 3TKRA 1EV4A 1TP9A 4PX1A 2VM2A 3KJYA 3EU4A 1RK4A 1K0OA 2IFQB 3KEBA 3G7YA 1M2AA 1H4OA 4YQVA 3EC3A 1XWKA 5DCGA 3TKPA 3E0UA 3AY8A 2XHFA 2HSYA 1UN2A 4XIHA 3J7Yk 2MMNA 3TRQA 1AC1A 4BVXA 4TXVA 2NBSA 4NAXA 1O6JA 4ZL8A 3MAKA 3FR3A 3LORA 2EIQA 1AAZA 2IMIA 1TTZA 2R3XA 3UL3A 4EO3A 1BJXA 1A24A 2P0GA 1MEKA 4ZL7A 3F4TA 1NM3A 3QFAC 3FR6A 1DUGA 1QMVA 4QL9A 3EINA 3M8NA 4JEDA 2H6XA 3EYTA 3KP9A 4IN0A 1QGVA 3JCML 5FWGA 3BD2A 4ZBBA 1XVWA 3FEUA 2CVKA 4K2DA 2I3YA 3ED3A 5B8BA 2IIYA 3IE3A 1VF1A 5JCUA 1YZXA 2H76A 2B5YA 1S3DA 5HR0A 2F3MA 2VL3A 2V32A 2LV3A 2VCXA 4ZB8A 5CRGA 2YZHA 2C0FA 1O7UA 1GNWA 4OFTA 2CAQA 3F6DA 3R2QA 4GF0A 2FA8A 2DLXA 4TN8A 3D5JA 2AJQB 2PVQA 3LYKA 3D6IA 2LJRA 1ERTA 3HXSA 5ECIB 4RQXA 3ZMLA 3L0HA 4MK3A 3TJFA 2YZUA 1A2LA 2LRCA 2O7KA 1VF2A 3KIJA 4O7HA 4YH2A 1RQMA 3MNGA 1GSFA 3ISOA 3TUEA 1DSBA 1EGOA 2PWJA 2PBJA 2VL2C 5H5RA 4PNFA 2OADA 1MDKA 2GZYA 2LNTA 3D0ZA 8GSSA 1X5EA 3DGQA 2PUKC 3M1GA 3QMXA 4TRXA 1NW2A 4WR4A 3O6TA 5FT3A 1BX9A 4POMA 3L9VA 3UOMA 1DE1A 2JZTA 2O8VB 3DVWA 2CT6A 2OACA 2VL2A 1OC8A 1M2DA 4I97A 3WYWA 4RUVA 2WJUA 5D96A 2AYTA 3ZL5A 2HT9A 1A2MA 2AV4A 3MDKA 2GQKA 2M72A 2VAFA 4LMWA 5H5SA 4EKZA 4Q5FA 1UVZA 2D2ZA 3L9SA 1PGTA 2H0IA 2HE3A 5HFGA 1OE8A 1Z6MA 3KTLA 2CVDA 4XCSA 4DSSA 2LQOA 1X9SB 4XHMA 2GSRA 5COHA 2MBSA 3V1WA 4H86A 2LKUA 3TKSC 1ZOFA 1JZDA 3HCZA 2MMAA 3W8SA 2B1LA 2B1KA 3A2WA 4K0NA 2K8SA 3LJRA 3ZMKA 3HJMA 4K7NA 3IC4A 4BWQA 3FY7A 4GSTA 2TRXA 4KDUA 2FY6A 2C0EA 3FKFA 1VF3A 3L78A 5KN0A 5G5EA 2O89A 3CTGA 3TKSA 2G0FA 3D21A 4I2UA 3C71A 1A2JA 2AUVA 1XW5A 5ECHB 1GULA 4EXJA 3A5WA 3FK8A 2WDUA 2FA4A 2RM6A 1K3LA 11GSA 1MDIA 3G7JA 2C3TA 4ECIA 4IHUA 3H8QA 1JFUA 2REMA 3TJKA 3HY2A 2BMXA 4MJEA 2KP2A 1ERVA 5CRWA 2AAWA 2YJ7A 4KCEA 1OYJA 4TVEA 2VLTA 4F0CA 3IAS2 2HZEB 3N9JA 1SJ6A 2C0GA 5IMAA 4KH7A 3ZITA 2DIYA 4L0UA 4V2LA 4JE1A 4MJCA 2IMDA 4WBRD 2HSHA 2YANA 5AIVA 1PRXA 4MH3A 3KD0A 4I5QA 5J9BA 4GSNA 5JWOB 2I9HA 4CHSA 1I5GA 1U87A 5DDLA 5F07A 3Q74A 5KEJA 1Z3EA 3VURA 4X0XA 4F0BA 4FYBA 4ML1A 1BG5A 1X0RA 4HDEA 3LFLA 1AW9A 5J41A 5DALA 1BQ7A 1G7OA 1T3BA 1O73A 2MZCA 3HVXA 2FUG2 2KHPA 2GVPA 1XZOA 2C8UA 1HYUA 2C80A 4OCFA 1TJDA 1ZZYA 4XS4A 3ZTLA 1NSWA 5CRDA 5J9CA 4WEYA 3ZLPA 3ME8A 4MJBA 2NDOA 3CYNA 2DMLA 1TK8B 2E2GA 3KTBA 1TOFA 3IRAA 4N10A 1UA5A 4MPFA 1GSYA 4J57E 1K0AA 4K1FA 2J9HA 4PGTA 4F82A 4YAVA 2CX3A 3IK9A 3GL5A 1W4VA 2QSIA 4NHZA 6GSYA 2C4JA 1R4WA 4WR5A 2H71A 1GWCA 1OAZA 1M9BA 3TB2A 1YJ6A 5HR2A 2LRTA 3S9FA 1FB6A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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