3KZQA

The crystal structure of the protein with unknown function from vibrio parahaemolyticus rimd 2210633
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
MNIKLYYVHDPMCSWCWGYKPTIEKLKQQLPGVIQFEYVVGGLAPDTNLPMPPEMQQKLEGIWKQIETQLGTKFNYDFWKLCTPVRSTYQSCRAVIAAGFQDSYEQMLEAIQHAYYLRAMPPHEEATHLQLAKEIGLNVQQFKNDMDGTLLEGVFQDQLSLAKSLGVNSYPSLVLQINDAYFPIEVDYLSTEPTLKLIRERIIENM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Putative uncharacterized protein VP2116
publication title The crystal structure of the protein with unknown function from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
rcsb
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 70
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13743 Thioredoxin_5 Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3kzqA00
1ZZYA 3ZLPA 2H1GA 3VWUA 2B5YA 4CW9A 1HYUA 4ECCA 2LTKA 3NOFA 1OC9B 3V1WA 3RPNA 1TW9A 2KP1A 2YWIA 3GYKA 4BWSA 5D96A 1A0RP 3KH9A 1TU8A 4E8HA 6GSXA 1ERTA 4XRDA 1C72A 1GWCA 1VF1A 2MBTA 2DLXA 1NM3A 3KMOA 3R2QA 3FZ5A 2LRCA 3LXZA 1URMA 1E2YA 4MH3A 4FIWA 1ZGNA 3C8EA 3E0UA 1F3AA 2VL2A 4DEJA 2CX3A 1OAZA 3EYTA 1WOUA 4KCAA 2HNLA 4NAXA 3TRXA 4O5RA 2ES7A 3Q19A 3L9UA 1AIUA 5DQSA 3IBHA 4XS4A 3GKKA 4GLTA 3VWXA 3LGCA 1K0NA 2L57A 1SK0A 5ELGA 4P3YB 2JZRA 2EIOA 4PNFA 1R7HA 5ECMB 2RUEA 3HJPA 2C3NA 2OKAA 2GSTA 3FR3A 3HVXA 1M2BA 2VUPA 5E59A 4Z7XA 5IMCA 4E8EA 1TK8B 1ACVA 1EGRA 4YQUA 3JCML 3D0ZA 3M9JA 4G10A 2H0GA 3DMLA 3HY2A 3CBUA 1F37A 6GSYA 1GH2A 3F0IA 2DC5A 2BJXA 4KAEA 1OC9A 2PU9C 2CZ2A 1NHOA 3FW2A 3I69A 5HQPA 4I5QA 3M9KA 4MZCA 1K3OA 2VL9A 3MNGA 3O3TA 6GSWA 4XHMA 1M9AA 5D9XA 4LL4B 1EOGA 4EUYA 3H79A 4ILFA 3F3RA 9GSSA 4OMVA 3BD2A 1QUWA 3MDKA 1OE7A 3KMNA 1K0MA 3BCKA 3DVWA 1U88A 3LYKA 3IR4A 2VO4A 4XS6A 2FUG2 4X1UA 2V6OA 5ECPB 1U6TA 1V2AA 3GURA 4KNDA 3MWHA 3ZZXA 2V2GA 2H1BA 4K1FA 3ME7A 2AJQB 1EP7A 7GSSA 4GQFA 2RM6A 3CSIA 4PGTA 3EURA 3SWLA 3P90A 1OC3A 2AYTA 1PKZA 3G7JA 5G5EA 3A2VA 2AAWA 3UARA 3HA9A 3L0HA 2WS2A 3CSHA 3LYPA 1M2AA 4TN8A 4V2NA 1YQ1A 2XPDA 4ZXGA 4XTSA 3EWLA 4N11A 3PGTA 5DBQA 5HFIA 4CHSA 1MDIA 1XVWA 2GS3A 4GSNA 1RK4A 4IKHA 1ZCPA 3ZTLA 2H71A 3DRNA 4KUNA 3N9JA 5B8BA 2NTOA 2X8HA 4TR3A 2YANA 1VF4A 4KA0A 4L5OA 4ZL8A 4JU5A 4F82A 4HQSA 2L6CA 4K6XA 5ECNB 3PH9A 4XRAA 2V1MA 1PSQA 1G7OA 1FVJA 5ECOB 1PGTA 1H4OA 1I9DA 2GSSA 2I9HA 3D21A 2QSIA 1MDJA 2VM2A 1O81A 1ZOFA 3GH6A 5JWOB 1PN9A 3FYGA 3RAZA 1TRSA 2H1DA 2FCHA 2MYGA 2R2JA 1S3DA 3FR9A 2VD0A 3UVHA 5A5KA 3GH9A 2OE0A 3TJJA 4AJ8A 1EGOA 4L5LA 1RW1A 3VURA 5L71A 3QOUA 3C71A 2OADA 4FYBA 1AQVA 1J0FA 5F07A 4KB3A 1V57A 4RUVA 2CQ9A 2LQQA 3P7XA 2XPEA 3ERFA 5LD0A 4WBJA 1GLQA 2JU5A 2WFCA 2CAQA 1FB0A 4ZBBA 5C00A 3QD9A 5D9TA 3RHBA 1GSSA 2DIZA 5D8IA 2H72A 4IHUA 3ZMLA 3E3EA 1YY7A 1W89A 4IGJA 2QKEA 4K7IA 2A2RA 4G2EA 3GNJA 4PNGA 3KTBA 5DJLA 5IO2A 4BL7A 5DJMA 2B7JA 3H93A 4PXOA 1AC1A 2YP6A 2L59A 2FD3A 3CRUA 4MZBA 1AUCA 4I8BA 3TKSA 5IMFA 2LJKA 2VOCA 1KBNA 1W4VA 4HU7A 4NXIA 1ZMAA 1OC8A 3W8SA 5CYYA 3KH7A 2DIYA 6GSVA 4GSSA 4NV2A 4ZILA 4AGSA 2AV4A 4GTUA 3WGXA 3TKSE 1XW9A 4EO3A 5E4WA 1V98A 4HDEA 2KUCA 3TJBA 2WJUA 5FWGA 4K7OA 2C0FA 2ZUPA 2IL3A 2HFDA 3ZITA 1Z6MA 1XCCA 2WULA 3RPPA 1F6MC 2XHFA 1FVKA 5A4UA 4EE0A 4ZL9A 1A2JA 4OCEA 3A3TA 3DXBA 1GP1A 3IE3A 2GTUA 2BMXA 5IQYA 3QFBC 4K8MA 4KH7A 4OWYA 1F3BA 4V1Ag 2P31A 3CTGA 1XFLA 2O7KA 4LA1A 4NMUA 5H5SA 2K8SA 3BOAA 3ME8A 3J7Yk 2GT6A 5AGYA 2K9FA 1SENA 2H66A 5CREA 2GZPA 2MMNA 3EE2A 1SU9A 3P2AA 1TXXA 4IBPA 1TKDB 4J56E 1YJ6A 3WD6A 3KP8A 3GHAA 2LRTA 4DSRA 4OD7A 1V9WA 3F4TA 2GQKA 1M7TA 1GRXA 4OFMA 4XCSA 2PPTA 3HHVA 2N5AA 4OFTA 2YZHA 2YV9A 5DAKA 3KEBA 4TVEA 1TOFA 4BVYA 3TJFA 3A5WA 2R37A 1FB6A 4MJAA 5GZZB 2D2ZA 3QMXA 4TW5A 2ALBA 4Q5RA 4J2FA 2FLSA 5J9CA 1G6WA 4YQVA 2GQLA 4KSMA 4K7NA 1UVZA 2HXKA 2PVOC 4F9ZA 3M0FA 4O7HA 1B4QA 4EDYA 2GVPA 2J9HA 1FHEA 1X9SB 5CP1A 2IFQA 3ZFBA 2TIRA 2IMFA 4J57E 4IP6A 5IO0A 1XVQA 1AAZA 1SL2B 3HZ4A 2MBSA 1HNCA 1O8XA 5IMZA 2HZFA 2TRXA 1EWXA 3FZ4A 1LBKA 1IYHA 1O85A 2IPAA 4IN0A 2LJRA 2E2GA 4MH2A 1SYRA 3GUSA 1KTEA 1PRXA 1K0AA 4GQCA 4RI6A 1AXDA 3AY8A 4N0ZA 4WBRD 1M0UA 1R5PA 3CSJA 2YOIA 4ZL7A 3VWWA 3IXRA 2H0HA 2FNOA 1TRUA 2VLTA 1I5GA 3UJ1A 3DD3A 1EOHA 5A4VA 3HJOA 3CXGA 2KHPA 3APSA 2R3XA 4KDXA 1PMTA 3UVTA 3Q6OA 4H86A 2H70A 1WIKA 1ML6A 3DVXA 1YEXA 4ZBAA 5J5NA 3IOSA 1VGLA 2LSTA 5JWRB 4LL1B 1WE0A 2H75A 4BVXA 4KSOA 2WDUA 3QAVA 4AJ6A 1XWGA 4MPGA 1U3IA 3ERGA 5ECRB 5LCZA 3HJMA 2YZUA 5KN3A 2YCDA 3QDNA 2K8VA 2N5FA 1GLPA 1IYIA 1VF2A 2O89A 4MF7A 2YJHA 2PWJA 1BYEA 1K0OA 2NVLA 3UMAA 2PVQA 1KNGA 5HFGA 1ZYQB 3VPQA 5F8BA 4L8EA 3I9V2 5IMDA 4OCFA 3Q18A 5F0GA 1S3AA 1VRSD 1B4PA 1WPIA 2H0IA 2OACA 3WT2A 3ZYWA 4POBA 3GX8A 2OBIA 2VCZA 4ML6A 3PR8A 2ON5A 4X0XA 4KDUA 2LV3A 4KX4A 1YDKA 5B6MA 3DEXA 1FG4A 4KE3A 5IOWA 1X0RA 1FAAA 4OFNA 3O6TA 3TOUA 1J08A 4EKZA 5INYA 5GAND 1JZWA 1QGVA 4L0UA 1EEJA 2C4JA 1TRVA 4TXVA 2XC2A 1XZOA 5D73A 1VF3A 5DQYA 2G0FA 1SK1A 3BBYA 2GZYA 2H30A 4MA9A 4ACSA 5F05A 3ZVJD 1F2EA 4POMA 4PX1A 3IK7A 1ZYEA 5B6NA 4N10A 3ZFLA 3EU4A 4DVCA 1AQXA 3BCIA 3QPMA 2O8VB 4YH2A 4WEYA 4ECBA 2EC4A 3C1SA 4EVMA 3VI7A 3C73A 5ECKB 1SK2A 3GFKA 5GAPD 1PX7A 3O76A 2XBQA 5IM9A 2JADA 5ECSA 1B9YC 5A4WA 4JEDA 2OBKA 1PD21 3C1RA 2V41A 5IPHA 17GSA 2YWOA 3KJYA 4V2LA 3J7Yb 4WXTA 1DBYA 5DVBA 2CVKA 3ZREA 1GSDA 1USBA 4CDOA 2C0GA 2C1YA 2JZTA 1PKWA 2ZNMA 4XIHA 3L9VA 2X64A 4X43A 4ZBDA 1XOBA 3UBLA 1T3BA 4HZ2A 3U5RE 5CAXA 1BG5A 3ED3A 2C0DA 4TOPA 2MMZA 12GSA 3EMPA 4FYUA 4EL1A 3WGDA 4F0CA 1JLVA 2GQMA 4AJ7A 2IMEA 4MPFA 2OE3A 1NSWA 3KP9A 2FWEA 2L4QA 3WT1A 1K3LA 2DJJA 1B8XA 3EMXA 2KLXA 1SL0B 2G2QA 1K3YA 1OVNA 2HE3A 2CAIA 3KZQA 2WCIA 1JZRA 2NBSA 2YN1A 4YAPA 2IN3A 2AUVA 2WZ9A 1T1VA 3ZVJA 2GDRA 2GT5A 4MF6A 4L0WA 4HJ2A 2B6MA 2YV7A 5EY6A 3A2WA 5B7CA 5B8AA 1GTIA 4MF5A 2HSHA 1G6YA 5D93A 2PBJA 1HNBA 3RHCA 1Z9HA 2REMA 4G9HA 1M9BA 4K2DA 2B5EA 1Y6EA 2LUSA 2LRNA 4Q5NA 2L5OA 4MJEA 3RDWA 3ZRDA 4ZIJA 2DJ0A 1A23A 2VAFA 3LXTA 5ENUA 2KOKA 1V58A 4HS1A 4WR5A 4POLA 1SJ6A 1OYJA 3LORA 2EIQA 4D73B 2JSYA 5F06A 3IV4A 1E6BA 2WRTA 2C8UA 3VWVA 3KCMA 3S9FA 4LLRA 1A2LA 1THXA 1X5EA 1Q98A 5GSSA 2KP2A 2O87A 3F63A 1XWCA 3US3A 3VLNA 3MAKA 3EVIA 5FT3A 3VFIA 2MMOA 2F8FA 5CRWA 1EEMA 1XW6A 1BX9A 2P5QA 2RM5A 3F4RA 4LMVA 2B5XA 2B7KA 1FW1A 2HZEA 5G1LA 2FA4A 2PGTA 3L78A 1SKSB 2V6KA 1ERVA 5KN1A 5DAKB 5AIXA 4DSQA 4EXJA 1XBSA 3TCOA 4BWQA 2CV4A 2DJ2A 3APOA 1GSFA 1MD3A 3QFAC 1ON4A 3KXOA 3F6FA 3DKSA 2H1AA 2IJYA 5C04A 3TB2A 3IAM2 3GL3A 2FWHA 1OKDA 4ISDA 3WGEA 1CQHA 4HZ4A 2E0QA 1B9XC 4I2UA 3IC4A 1O7UA 5LNKe 1TDIA 2IFQB 2DBCA 3GN3A 2H19A 3TKPA 4IW9A 4QL9A 4GSTA 5IMAA 3D5JA 4NV5A 2DJ3A 2HT9A 3KM6A 4D73A 3HCZA 3VPTA 3F6DA 2DMMA 5IOXA 5FHIA 1OKTA 2R6KA 1NW2A 1OE8A 1YZXA 4IQ1A 4K9ZA 3U6VA 8GSSA 1GUHA 2CZ3A 3IK9A 5ECLB 4BPYA 11GSA 2IMIA 4JE1A 5HR1A 1T7PB 3GKNA 4PUFC 5JCUA 5JCGA 1ILOA 1Z3EA 3W8JA 4PURA 2AHEA 2VCWA 2CA8A 5HR2A 3DWVA 3G7IA 5KEJA 2C0EA 1TJDA 2AB6A 5DCHA 2C3QA 3UEMA 2MZCA 5GSTA 4GWRA 1LU4A 4NHWA 5HFKA 3LQ7A 1Z6NA 2VLUA 4N0VA 3D22A 2VM1A 1WMJA 1YEPA 2LNSA 3MSZA 3RBTA 4F03A 3LSZA 1B48A 2O85A 3I43A 1XIYA 1F9MA 3NIVA 1SL1B 4GRFA 1S3CA 1TTZA 16GSA 4ZB9A 3TGZA 3TRQA 3KTLA 5EPFA 2B3SA 10GSA 3PINA 4FO5A 3E9JB 3A2XA 1UC7A 1K0BA 3W6GA 1GSUA 1A0FA 1UN2A 4MMMA 4HEA2 1HNAA 2K6VA 5DALA 4WF4A 5H5QA 1SD9A 2IMDA 1DE1A 3GMFA 3IRAA 4TKYA 4ZB6A 3FZAA 4WETA 4PQIA 5AISA 3QCPA 2C3TA 3FRCA 1TK5B 2H76A 4MP4A 4OO5A 1R26A 5CO3A 3DIEA 2X99A 4LMWA 2WGRA 2OE1A 1FOVA 2H73A 4EF0A 4HI7A 3LEFA 2M46A 4RI7A 4TR1B 2H74A 2H6YA 13GSA 3FZ9A 2P5RA 3NZNA 1FO5A 4IJIA 2NDOA 2P0GA 3FEUA 1EV9A 1GSEA 2BTOT 3IA1A 1HQOA 4WR4A 3HD5A 1U87A 1MDKA 2K18A 5JWQB 1T4ZA 4YAVA 1GSYA 4DSSB 3H4KA 4ECIA 4EDZA 2E7PA 1QFNA 5ABRA 3UIWA 4FYCA 3M3MA 2MMAA 2LJAA 3TJGA 3EC3A 2L6DA 1BJXA 1QK8A 4YQMA 2YWNA 4MABA 1JLWA 2IMKA 2OJLA 5G30A 3ZIVA 5ECQB 4ML1A 3G9BA 3CTFA 1TP9A 5EL8A 1QXHA 5AIVA 4RQRA 2N5BA 1X5DA 3TKRA 3D4MA 2ON7A 2Z9SA 1GNEA 2LEGA 1TK0B 1Z7RA 4BA7A 2VL2C 1PL1A 3L4NA 4ULXA 4JR4A 3ISOA 2GGTA 5G31A 4TXOB 4MDCA 2IWTA 5CRHA 4KCEA 4ECJA 2E2MA 3ZL5A 1PX6A 4TR1A 4F0BA 1SKWB 5IIZA 1X9MB 3TOTA 1TU7A 2L5LA 2DSAA 3EU3A 1JZDA 4TR4A 1SD8A 2HLSA 1SJZA 2FWGA 1QQ2A 1ST9A 2HSYA 4MLYA 1YKCA 2F8AA 3H8QA 4V2MA 1LJRA 2JACA 1WJKA 4AF2A 4DSSA 1H75A 3EINA 5CRDA 3CYNA 3KD0A 1O6JA 2WB9A 1X5CA 1EZKA 1BEDA 6GSSA 3ZIJA 2X8CA 3GA4A 3UOMA 2TRCP 2PMTA 3WYWA 6GSUA 2HI7A 4TR0A 1N2AA 1XPVA 1Y25A 1XWAA 5COHA 3GSSA 4ID0A 1RQMA 1Q4JA 3GV1A 2FY6A 2L4CA 5IMVA 3FKFA 1GUKA 2M72A 4HU9A 4QL7A 5G1KA 3GRXA 1PL2A 2VIMA 1R5AA 5D9VA 3TJKA 5CNWA 1M99A 2VL3A 3GSTA 3GX0A 4JR6A 3IPZA 1DUGA 2I1UA 4Q5FA 5IPGA 3SBCA 5DCGA 1CQGA 2CVDA 4TXOA 5ID2B 2DJ1A 2CT6A 5ECIB 2VCQA 3GL5A 2A2SA 3UBKA 1SKRB 3H1NA 4GCIA 3LFLA 2FGXA 2GLRA 2I4AA 2VCVA 2PN8A 4KW6A 2HZEB 3OR5A 1SYXA 4IELA 2HRFA 4K0GA 3TRPA 1BAYA 3UL3A 3LG6A 2LKUA 5J4UA 5JCWA 4PUAA 1AQWA 2FWFA 3FHKA 5HR0A 1WWJA 1TI3A 1UA5A 3IAS2 1GUMA 1T8EB 4KGIA 1GSQA 4HJMA 4IP1A 1JFUA 3DYRA 2J23A 2LS5A 1XWBA 1GTBA 1R4WA 3GKMA 3K8NA 1GULA 2LQOA 2R4VA 2R5GA 2CVBA 3HKRA 1GTAA 1Z5YE 3LJRA 3I6AA 1YKAA 2VCTA 1O8WA 2C80A 3F4SA 4JRRA 1TI1A 2GZZA 4HOJA 1X9WB 1A8YA 3CRTA 1WRYA 1ERWA 1DSBA 1U3AA 3APQA 2YJ7A 2NPBA 1G7EA 2H6XA 3F3QA 2YWMA 3VI5A 1G0TA 2YPMA 1PQNA 4IQAA 5KN2A 2HRNA 3CMIA 2B1KA 3HYPA 5ID2A 5G2ZA 2I3YA 4HUAA 4O32A 1K0CA 1DE2A 1JHBA 5CRGA 4OO4A 2QGVA 4QQ7A 4MCUA 4FH8A 1MEKA 4JZQA 1PA3A 2GSRA 4MJCA 2GSQA 2B1LA 1THOA 2JZSA 1SJIA 3GKXA 1A24A 1QMVA 4GXZA 4I97A 2A4VA 1AW9A 4TRXA 1HD2A 2HYXA 3TUEA 4KDYA 18GSA 22GSA 2EIRA 3GTUB 2OA7A 3KGKA 1EP8A 1XXUA 3L9SA 1KEBA 3P8WA 4GF0A 3F8UA 5DDLA 3QAWA 2FHEA 14GSA 1A8LA 3N5OA 2X8GA 3TKSC 2F9SA 3G7YA 4V1Ap 4NHZA 3QAGA 1GL8A 2F51A 1T4YA 5AN1A 1XW5A 19GSA 5D9WA 1V40A 2IIYA 2F3MA 5DALB 1A2MA 2VD1A 3FY7A 1ZL9A 5ELAA 2DJKA 4IJ3A 2FA8A 5H5RA 4ZB8A 2RUFA 4NPBA 1MTCA 1WP0A 2H6ZA 1T00A 1ABAA 1M2DA 4XS1A 4NWYA 1XOAA 1NHYA 3C7MA 5ECHB 1GNWA 2VLVA 3ZMKA 2PERA 1J9BA 2V32A 1O73A 4PQHA 1YF1A 2LNTA 2H8LA 5J41A 4K0NA 3HVSA 3UAPA 3LWAA 3KIJA 6GSTA 2ZCTA 2CX4A 2VCXA 1BQ7A 4WKWA 1ERUA 2M80A 2PUKC 4MK3A 2H01A 3IHQA 3GTUA 3GIXA 3IDVA 4N30A 1GTUA 2JL4A 3TDGA 4EC0A 3ERWA 3Q74A 3M8NA 3M1GA 20GSA 4MZWA 1N8JA 1EV4A 2I81A 3HZ8A 2XBIA 3D6IA 4XS4B 3HXSA 4WF5A 2QC7A 5J9BA 4I2TA 5KN0A 5G5FA 4JBBA 1K0DA 4G19A 4RQXA 3TKQA 2DMLA 4IS0A 4PQ1A 5HR3A 4IVFA 5EVOA 4MJBA 4I6XA 4O92A 1XWKA 3FK8A 3HDCA 3FR6A 5J3RA 3VK9A 3QR6A 1MD4A 2RLIA 1JZOA 1YF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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