1ZYQB

T7 dna polymerase in complex with 8og and incoming ddatp
Total Genus 25
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
25
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*
publication title A lysine residue in the fingers subdomain of t7 DNA polymerase modulates the miscoding potential of 8-oxo-7,8-dihydroguanosine.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
molecule tags Transferase/electron transport/dna
total genus 25
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1zyqB00
3IOSA 4IN0A 3F0IA 4HJMA 5C04A 4POBA 4TR1B 1LU4A 5HFIA 4IELA 1ABAA 3IPZA 3US3A 2VL2C 4NHZA 4ZL9A 2LEGA 4V2LA 2N5AA 3UMAA 1YJ6A 1S3AA 3TKSC 2PN8A 2XPEA 2NBSA 4PURA 5ECQB 3TCOA 5G30A 1GULA 4DSRA 3ERFA 5H5SA 2C8UA 1Z9HA 4CDOA 5DJLA 2EIOA 3LSZA 5ECLB 3MSZA 1K0DA 1F6MC 3IAS2 3BJ5A 1IYIA 2F9SA 1A0RP 1M2AA 2VL2A 1ST9A 2GZZA 3TKSA 3D5JA 1G0TA 4KW6A 4PNGA 1EWXA 4IVFA 2V41A 2FLSA 4MZCA 5KN2A 2IPAA 4TVEA 4HS1A 2DSAA 3C1SA 1SKSB 2ZCTA 2C4JA 2H0HA 3DXBA 3RBTA 2H0IA 1Z7PA 2K6VA 1V40A 1TU8A 6GSYA 2R2JA 2XHFA 1EEJA 2WZ9A 4QL7A 1RK4A 2XBIA 5DCHA 3GKMA 5ECNB 3DVWA 3GKKA 4K0NA 5IMZA 3IR4A 1HD2A 5CO3A 4MP4A 3LG6A 2I9HA 1XFLA 1XWGA 5ECOB 3HZ4A 1B48A 4GLTA 3BCIA 1Q4JA 1ZCPA 1U3IA 4NV2A 19GSA 3GL5A 5G1KA 3VPQA 4N10A 4EDYA 2D2ZA 5HR3A 1QGVA 3QAVA 2G0FA 6GSWA 1F9MA 1ERVA 1YY7A 5DJMA 4ECJA 5L71A 3F4SA 3ME7A 5IIZA 1XXUA 2HXKA 5KN1A 1EV4A 4WR4A 1RW1A 2B6MA 4ULXA 3EYTA 2DIZA 4DSQA 2R6KA 2MMNA 3KEBA 3M3MA 1EP8A 3F63A 3KMOA 1AUCA 2VIMA 2EIRA 1WRYA 4OO5A 1VF1A 4KDUA 1O8WA 3TJFA 1T1VA 2JSZA 3PGTA 4TW5A 3TGZA 1DSBA 1ZL9A 3GSSA 1K3OA 2C0DA 5CNWA 3D22A 3UOMA 2VD0A 2H1GA 3LEFA 1VRSD 1M9AA 4LA1A 3VURA 4XHMA 1K0AA 3IA1A 1GSQA 5A5KA 3P8WA 2KHPA 4DSSB 3I9V2 2G2QA 4TRXA 5FT3A 11GSA 2CZ2A 2MMAA 4MABA 1EOHA 2QSIA 4G2EA 2H66A 1XWBA 3ZIJA 1X9WB 1KBNA 1OAZA 3VFIA 2R3XA 1SK1A 1PGTA 1U88A 2HLSA 1IYHA 4HZ2A 2NTOA 3FZAA 1GSDA 3KD0A 3UARA 3F8UA 4CHSA 3FZ4A 4LLRA 2CVKA 4WF5A 1T3BA 3TRPA 3GHAA 3WD6A 3IAM2 2WCIA 2F51A 4AF2A 5DALB 2VLVA 3C7MA 1ZYEA 2LTKA 2LUSA 3MAKA 3LFLA 1OVNA 3P7XA 1Z6NA 3U5RE 1YEXA 4TN8A 4GSNA 4KNDA 1PKWA 1T00A 3GX0A 2L4QA 3ZMKA 2JACA 5J9BA 3L9SA 5IMCA 3WGEA 1FVKA 3KJYA 1A2MA 4EXJA 4BA7A 2P5QA 2XC2A 2H6XA 2YPMA 4FH8A 1EGRA 3L0HA 22GSA 4KSOA 1E6BA 1YF0A 2C0GA 4K7IA 1ML6A 4OCEA 2PMTA 1AW9A 4KB3A 5ECKB 1TRSA 4ZB8A 5FHIA 1K0BA 5LD0A 2YANA 2VLUA 3KZQA 4NMUA 4J57E 1TJDA 4F82A 2OBIA 4V2NA 3TJKA 3BCKA 3IC4A 1H75A 1N8JA 1GWCA 1GSSA 2CVDA 1GUHA 18GSA 3TKPA 2O7KA 1GNWA 3TB2A 1XW6A 1M9BA 1GRXA 1OC3A 1V2AA 3EU4A 4OFTA 1G6WA 3N9JA 1GH2A 3CYNA 4OD7A 1GSUA 3QDNA 2VO4A 2MBSA 1X0RA 1T4ZA 2H6ZA 3QPMA 1UVZA 2IMFA 1SKRB 2DLXA 3NIVA 1BG5A 4I6XA 3TRXA 3UAPA 2GSTA 2KP2A 2B5EA 3HHVA 1Z6MA 2GSRA 4HQSA 3TKQA 3EU3A 2YZUA 2P31A 3IK7A 3HDCA 1YKAA 4Q5FA 3VPTA 3ZIVA 1S3DA 3CMIA 1FW1A 5EL8A 2WRTA 4EVMA 4ZIJA 3E0UA 1PL1A 2HRFA 1WE0A 2MBTA 2RM5A 5IPHA 2H8LA 1BX9A 4JBBA 2DMMA 4OFMA 2LNSA 1F3AA 4J56E 1EV9A 2V6KA 1NM3A 1B4QA 1AQVA 4F0CA 3UEMA 5ELAA 4X1UA 3O6TA 1GNEA 3HA9A 1HNAA 1WOUA 4K7OA 1MTCA 2H71A 2JU5A 4EF0A 3PINA 2VM1A 6GSVA 5DQYA 3G7YA 1EGOA 1QFNA 2OBKA 4GSSA 2A4VA 2J23A 4MF7A 2WS2A 1ZYQB 3VK9A 2E7PA 2GGTA 1KEBA 4K9ZA 3EE2A 1TRWA 5A4VA 4KH7A 5JCWA 4TXOA 2MMOA 1XOBA 5D9WA 4MZWA 4FIWA 4ZB9A 3F3RA 3M9JA 5J4UA 5GAPD 1JLWA 2B1LA 3ERWA 2FUG2 1W4VA 3RPNA 5GAND 3V1WA 3FYGA 3FY7A 1J9BA 3WGDA 2QGVA 4V2MA 3ZVJD 2BMXA 4GXZA 4RQXA 2B5XA 4RI7A 5EY6A 1V9WA 5G31A 2VL9A 4EL1A 4ZB6A 2GLRA 4HQZA 2LRCA 1O7UA 4PNFA 3EWLA 5HR1A 1ON4A 5ID2A 4ZL8A 4MH2A 1K0CA 2LQQA 2V32A 3DWVA 3CSIA 3R2QA 1ILOA 4IQ1A 4NPBA 3RHBA 2CQ9A 2OACA 1SL1B 4K7NA 4LL4B 1VF2A 4K2DA 5ECPB 1U87A 4RQRA 3C1RA 1XWCA 4PQHA 3WYWA 2IN3A 1K3LA 1UA5A 1M99A 2JL4A 2DJ2A 3IE3A 1R26A 2LV3A 3CSJA 1Q98A 4IJIA 3HJOA 3APSA 2ON5A 2DJKA 4GCIA 4POKA 3ZMLA 5B6MA 3HD5A 4KCEA 2CZ3A 2L4CA 1YKCA 5A4UA 2YWNA 1FAAA 2I4AA 4KX4A 3A5WA 3BD2A 5D9TA 3ZREA 3DD3A 1KNGA 3GUSA 4G9HA 2IMIA 1DE2A 1AQWA 4F0BA 2DJJA 3ZL5A 5H5QA 1CQGA 3HCZA 5B8BA 1GSFA 3M9KA 2ON7A 2GSSA 2QKEA 1X5CA 2PWJA 4WETA 1TRUA 1U6TA 3KM6A 2VCXA 4L5OA 3HZ8A 1HQOA 5F05A 1SENA 2V1MA 4WKWA 1V57A 2YWIA 2GVPA 1UC7A 5GSTA 4PUAA 4ZBDA 4MJBA 1AQXA 2WJUA 3GH6A 3LXTA 4N30A 2IIYA 4XS6A 3JCML 2X8CA 2A2RA 3D0ZA 1JLVA 1T8EB 1O8XA 3ED3A 3VI7A 1OKTA 1FB0A 3BOAA 4NAXA 4BWSA 4FYBA 3C71A 2H70A 2C3TA 2OJLA 1YZXA 4ID0A 4TR0A 4PXOA 4POLA 1KTEA 3HY2A 2HZFA 5G1LA 5FWGA 1K3YA 2IWTA 2YN1A 2DJ3A 5CRHA 2HZEA 4P3YB 2HRNA 4KA0A 20GSA 3Q19A 1OC9A 1SJZA 2CX4A 1U3AA 4MH3A 3FEUA 2GDRA 2K9FA 2VD1A 3LQ7A 4GTUA 1ZZYA 2WFCA 2RIIA 1SJIA 3WT1A 3QAGA 4L0WA 2WULA 1FG4A 4WF4A 1BYEA 4AJ8A 2KLXA 4N0VA 5HQPA 4MCUA 2PVOC 3KH9A 3GV1A 3W8JA 2R5GA 3KTLA 3W8SA 5J3RA 3TOTA 4N0ZA 3D4MA 3D21A 4I97A 3UBKA 2HNLA 2RUEA 2X64A 4O92A 1I9DA 2LJAA 2JADA 3CXGA 5F06A 3P2AA 4BVXA 1MD3A 4XS1A 1PA3A 3TKRA 1YQ1A 2OE3A 3HVSA 1ERUA 2AYTA 1XVWA 2GQKA 2O87A 1A8LA 2VLTA 2EIQA 1SYXA 3EVIA 4JEDA 4EDZA 1DBYA 1V58A 2HI7A 1AC1A 4XTSA 4I8BA 3TRQA 4F2IA 1AAZA 1J08A 3IK9A 1PL2A 3C8EA 3GX8A 1GP1A 2LSTA 2ALBA 2IFQA 4L8EA 1QXHA 1PKZA 4MK3A 1PN9A 4K8MA 1V98A 1R5PA 3FK8A 1QQ2A 2H19A 3TOUA 4DEJA 2PU9C 1PQNA 2H1BA 1A2LA 4ECIA 2PPTA 2C80A 3KCMA 5CYYA 4JR4A 2YV9A 2C0FA 4NV5A 4X43A 3LGCA 5HR2A 5DDLA 1G6YA 4RUVA 1O73A 5G2ZA 3ISOA 3MDKA 4JE1A 3APQA 1RQMA 2DMLA 3QOUA 4N11A 3OR5A 4Q5NA 2FWHA 2WDUA 4ZBBA 3GURA 2VCVA 2K18A 3F9UA 2VCWA 4MDCA 3H1NA 2TRXA 4KDYA 1OE8A 1JZRA 4KUNA 3F3QA 3FW2A 2VUPA 3UL3A 4TXOB 1WP0A 3VLNA 4HJ2A 6GSXA 4JU5A 4G19A 3DEXA 2ZNMA 3I43A 1K0MA 1OKDA 5KEJA 4ECBA 4L0UA 3DYRA 1BJXA 4L5LA 3GL3A 1XWAA 2FHEA 3UVHA 1JZDA 4HEA2 2L5LA 2JZTA 4IHUA 1TKDB 5LCZA 2J9HA 4OMVA 1SD8A 4IBPA 3L9VA 4F03A 2CT6A 2GSQA 3QAWA 4HZ4A 5CREA 5ID2B 5GZZB 1PX6A 2O8VB 1X9MB 3QFBC 4G10A 2M72A 4ML1A 4TR4A 5JCGA 4MF6A 2PGTA 1GUMA 1CQHA 1BAYA 3G7JA 2LRNA 4D73A 3KP9A 1FHEA 1SU9A 3LYPA 1BQ7A 2RLIA 4MJAA 2V6OA 1OC8A 5E59A 4LL1B 3FZ5A 3IRAA 3VI5A 1URMA 4X0XA 3HJPA 4K0GA 5G5FA 1XIYA 3RAZA 4IJ3A 4HI7A 1R7HA 5AIVA 4OWYA 1HYUA 4EE0A 3M8NA 4XRDA 4HU7A 1SKWB 2K8SA 4I2TA 3MNGA 1XW5A 2L5OA 1XPVA 2GZPA 3CRTA 3ZFBA 2F3MA 2I3YA 2FNOA 3IHQA 4YQVA 4EC0A 3GA4A 1NSWA 1HNCA 2B5YA 4BWQA 1A24A 1A0FA 2R37A 4YQUA 4MJCA 1NHOA 3FZ9A 1G7OA 3M1GA 1R5AA 2H73A 5ECHB 2LKUA 1JHBA 4K6XA 1DE1A 1YEPA 3KXOA 4YH2A 2AJQB 2L6DA 3EMXA 5B8AA 2IJYA 2TRCP 2YV7A 2CX3A 3ZLPA 6GSSA 5CRWA 4KSMA 3H93A 2I81A 3LWAA 4O5RA 4ECCA 3GN3A 1X5DA 1TK8B 3C73A 5HFKA 2CVBA 2HSYA 5B6NA 5IO2A 3TJBA 2L59A 2H30A 3KMNA 3GSTA 4CW9A 5CAXA 5LNKe 1H4OA 2HZEB 1M7TA 3KTBA 1OC9B 2WGRA 1SYRA 1TU7A 4QQ7A 2P0GA 2HE3A 2M80A 1A2JA 1W89A 3UJ1A 3ZYWA 2H0GA 2NPBA 3HXSA 2GQMA 1XBSA 2NDOA 4GWRA 1TK5B 3EC3A 1A8YA 3S9FA 1JZWA 5J5NA 4H86A 3APOA 5HFGA 4I2UA 2O89A 1SL0B 3F4TA 1T7PB 2AUVA 2MYGA 4Z7XA 16GSA 1TTZA 1USBA 1PX7A 4TOPA 4YAVA 1JFUA 5INYA 1XWKA 1THXA 1T4YA 3I6AA 5DQSA 5HR0A 2N5BA 3GMFA 5ECRB 5CRGA 5DAKA 1F3BA 1FVJA 2IFQB 4O32A 1TW9A 4AGSA 5AIXA 3GH9A 1F37A 2L6CA 2AAWA 4IW9A 5D73A 3GIXA 1OE7A 4MPFA 4AJ7A 4QL9A 3HJMA 3GRXA 14GSA 4YQMA 2TIRA 1YF1A 4RI6A 3RPPA 5F07A 6GSTA 2H01A 2GTUA 1XVQA 1GTBA 5JCUA 3W6GA 1NW2A 4IP6A 2QC7A 3ERGA 3KGKA 3G9BA 5IM9A 3E3EA 1O81A 4OO4A 5ABRA 2VCQA 4ML6A 3QMXA 1VF4A 1OYJA 4BVYA 3GTUA 2LNTA 3Q6OA 1XZOA 2AHEA 2B1KA 1MDIA 4POMA 3N5OA 2FWFA 5B7CA 3P90A 4HOJA 4LMVA 2BTOT 5F8BA 1DUGA 3AY8A 13GSA 4FYUA 4JRRA 3UIWA 2NVLA 2CA8A 2XPDA 5E4WA 2R4VA 1AXDA 2H6YA 5JWRB 1ERTA 4IGJA 10GSA 4XCSA 1K0OA 5D93A 4J2FA 1N2AA 2DBCA 5F0GA 2N5FA 2KOKA 2L57A 2X99A 3DIEA 5CP1A 4KE3A 3WT2A 1PRXA 3L78A 2Z9SA 2JSYA 2HT9A 1GLPA 1B9XC 3E9JB 5ELGA 3SBCA 1Z5YE 3U6VA 2YCDA 3ZVJA 3FKFA 2GT6A 1EP7A 3K8NA 3GKNA 2FCHA 3EINA 2H1AA 4KDXA 3HVXA 3ZITA 3A2VA 2LRTA 2DJ0A 2O85A 4BL7A 4D73B 5ECSA 3A3TA 3IBHA 3D4TA 5DBQA 2C3NA 2AV4A 4FYCA 4IS0A 1GSYA 2X8GA 3ZTLA 1XOAA 4DVCA 2LJKA 4EO3A 4WR5A 1GL8A 3MWHA 2RUFA 3Q18A 2A2SA 3BBYA 3CTFA 3PR8A 2GS3A 1Y6EA 2BJXA 1I5GA 1MEKA 2X8HA 2JZRA 4XS4A 3DRNA 4K1FA 2H76A 1WWJA 3VWXA 3QCPA 4XIHA 3VWWA 2C1YA 5EPFA 4GRFA 2FD3A 2IL3A 1ZMAA 3A2WA 1Z3EA 1O85A 3PH9A 5IMAA 3RDWA 1M2DA 1X9SB 4KCAA 1EEMA 5J9CA 2C3QA 1GTUA 4TKYA 2RM6A 3KP8A 1TDIA 4GQCA 4NXIA 1LJRA 4OFNA 4PGTA 5IMVA 3HYPA 2HYXA 3IDVA 2C0EA 3H79A 2YZHA 5IMDA 2REMA 2IMDA 2IMKA 3SWLA 3HVVA 3EURA 2YJHA 4GF0A 2IMEA 1UN2A 5IOWA 2OA7A 1M0UA 1FO5A 3QFAC 1J0FA 4JR6A 5J41A 2YOIA 4V1Ap 2KP1A 4IKHA 3TDGA 2LQOA 4OCFA 5D9VA 2I1UA 1TXXA 4Q5RA 2HSHA 4ZILA 1GTIA 4NWYA 4IQAA 1ERWA 1ACVA 1F2EA 2H74A 5DCGA 5IO0A 4GSTA 1TK0B 2V2GA 5CRDA 3LXZA 1B4PA 1SL2B 4TR1A 1LBKA 3F4RA 5ECMB 4E8EA 2PUKC 2OADA 4ZBAA 3NZNA 2LJRA 2MMZA 2CAIA 1THOA 4KAEA 5ECIB 3RHCA 5GSSA 3CTGA 5JWQB 1TRVA 5DAKB 4KGIA 3DGQA 3QR6A 2K8VA 3QD9A 1QK8A 2VM2A 5H5RA 4WEYA 1Z7RA 1VF3A 5IOXA 1X5EA 1MDKA 1SD9A 3CBUA 3GYKA 3LYKA 3FRCA 1TOFA 9GSSA 6GSUA 4MLYA 1XCCA 1GTAA 3TJJA 3ZFLA 2E2MA 4F9ZA 2P5RA 17GSA 2B7KA 3WGXA 3EMPA 4PX1A 2CAQA 5IQYA 1JZOA 3DMLA 2B7JA 3VWVA 2FWGA 5KN0A 2WB9A 2YP6A 4ACSA 3O76A 4MJEA 1QMVA 2HFDA 3O3TA 4E8HA 3LJRA 4YAPA 4ZL7A 2DJ1A 2CV4A 3GTUB 3KH7A 2H72A 2VCZA 4EKZA 3F6DA 3NOFA 2ZUPA 2OE1A 2MZCA 1K0NA 2ES7A 3D6IA 3DVXA 2PERA 5D9XA 3H8QA 2GQLA 1EOGA 1E2YA 3LORA 1YDKA 4JZQA 4PQ1A 1NHYA 4XRAA 1C72A 1TI3A 4I5QA 3TUEA 4V1Ag 2DC5A 1FB6A 4AJ6A 1R4WA 4WBJA 2VCTA 3G7IA 7GSSA 2EC4A 2M46A 1WPIA 2YNXA 4ISDA 3I69A 3F6FA 3IV4A 5G5EA 2AB6A 2JZSA 5EVOA 3J7Yb 3CSHA 3ZZXA 2FA8A 3FR6A 4HUAA 2E0QA 3FHKA 1PD21 2H75A 4PQIA 1WMJA 5DVBA 4NHWA 3Q74A 4MMMA 3H4KA 3DKSA 1TP9A 3L4NA 1B9YC 4O7HA 1S3CA 5C00A 2F8AA 2OE0A 4TR3A 4ILFA 3A2XA 1VGLA 5JWOB 2FWEA 1MD4A 4DSSA 5IMFA 1O6JA 4LMWA 1GUKA 2FGXA 1QUWA 2XBQA 3TKSE 3IXRA 4Q5QA 3VWUA 2VL3A 3CRUA 5KN3A 1WIKA 3HKRA 3M0FA 2FA4A 3UBLA 4PUFC 12GSA 1HNBA 2YWOA 4HU9A 4IP1A 2KUCA 1PMTA 1PSQA 4HDEA 3UVTA 1MDJA 1B8XA 4XS4B 4TXVA 5COHA 2GZYA 1G7EA 1SK2A 4MA9A 4MZBA 2GT5A 2PVQA 4ZXGA 1M2BA 5DALA 5ENUA 1GLQA 4BPYA 3J7Yk 1FOVA 2VOCA 4WXTA 5D96A 1XW9A 1SK0A 1WJKA 2DIYA 4WBRD 1SJ6A 3FR9A 3FR3A 1AIUA 1GSEA 3TJGA 2YWMA 1BEDA 2FY6A 2OKAA 4MF5A 1ZOFA 1A23A 8GSSA 2LS5A 5AGYA 1TI1A 4GQFA 1ZGNA 2F8FA 2B3SA 2PBJA 3GNJA 5AN1A 5IPGA 2VAFA 5AISA 5D8IA 2E2GA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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