1SYXA

The crystal structure of a binary u5 snrnp complex
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
YMLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein
publication title Structural basis for the bifunctionality of the U5 snRNP 52K protein (CD2BP2).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Translation/immune system
total genus 40
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1syxA00
2CVBA 2HI7A 5CNWA 2C3NA 4RUVA 3IHQA 4ML6A 4WF5A 1DUGA 3ERGA 2PVOC 5ECQB 3TKPA 5CP1A 3WD6A 4GLTA 3GKKA 1GRXA 4POLA 4AJ8A 4ZB8A 1JLWA 3TJFA 2P31A 4HZ4A 5G5FA 2R3XA 4KNDA 3D4MA 2CQ9A 4PUFC 4G2EA 2GSSA 2HZEA 2VL2C 2V6KA 2AAWA 3D22A 1GSSA 2KP2A 1N8JA 2FWFA 1YEPA 4OCEA 1O8WA 1V58A 2VCTA 3HZ8A 4K9ZA 4GSNA 4HU9A 2QC7A 2H0HA 1QK8A 2P5QA 1XWKA 1YKAA 3E0UA 4ZL7A 1PL1A 3HXSA 2HE3A 1A23A 4TVEA 5DALB 3W8SA 3H1NA 1G0TA 4NHWA 1BEDA 2GZPA 5DCGA 3IE3A 1WMJA 1FW1A 2DJ1A 5CRHA 2E2GA 1GTUA 3GA4A 4G19A 1XW9A 2CAQA 1ON4A 2L5LA 5D9XA 1FOVA 1XXUA 2WS2A 1GUMA 2X64A 4BWSA 2O85A 3GRXA 5G31A 1TW9A 3D6IA 4DSQA 2BJXA 4KSOA 1K0AA 5DVBA 2JZRA 4K7OA 1M2AA 2IMFA 1G7EA 5KN3A 2KOKA 4HQZA 3IBHA 3KMOA 4O32A 4MF5A 1U3IA 5C04A 4IW9A 3TRQA 2C3TA 4NMUA 4WETA 5IMCA 4MJCA 1SKSB 1MTCA 2XPEA 4HU7A 5EY6A 1XWBA 4JBBA 3M3MA 1HNAA 2YANA 1SD8A 2DMMA 1R5PA 5ECNB 1GH2A 4HJ2A 1ZYEA 4AJ6A 4NXIA 3R2QA 3L78A 2YJHA 1VGLA 4GRFA 2QSIA 3OR5A 2HFDA 4YH2A 2VCXA 4EVMA 2PU9C 2LNSA 1DE1A 3ZRDA 2VAFA 1AIUA 1U6TA 1JZRA 1Z7PA 2GQLA 4QL7A 3C1SA 2H6ZA 3HJOA 4E8EA 1T4ZA 1XCCA 3Q19A 1OKTA 4KX4A 6GSVA 2HNLA 3QPMA 3ZIVA 1UC7A 1ERTA 4IGJA 1M9AA 3I9V2 4L5LA 2G0FA 5A5KA 1V9WA 1B4PA 2RM6A 1X5CA 2CA8A 2GZZA 2JSZA 4HZ2A 3LYPA 4HJMA 3KCMA 4KCAA 4KGIA 3BBYA 1Z6MA 3IAS2 3LXZA 4GXZA 1TRUA 2WGRA 1NW2A 14GSA 1K3LA 3QD9A 4RI7A 4NV5A 2N5FA 2H6XA 3TJKA 4N0VA 3WGEA 1ILOA 1OC8A 1XOAA 4I5QA 1YJ6A 2P5RA 1ML6A 3UARA 1K0MA 2H70A 2O7KA 3ERWA 2FCHA 3KEBA 2RUEA 2LRTA 3A2XA 3F4TA 3UVTA 3L9VA 1GSQA 4WKWA 3KZQA 3TRPA 2L57A 2WDUA 3US3A 1GUKA 3D21A 6GSSA 1TRVA 3VI5A 1J9BA 4MABA 4Q5NA 2IWTA 3PR8A 1T00A 4WR5A 3LWAA 2C0EA 1TI1A 1WWJA 2OA7A 4V1Ap 2MBSA 3KXOA 4ZIJA 2OKAA 1XW5A 2H1DA 1KTEA 5G30A 2HYXA 4EO3A 2I9HA 5IMFA 1LBKA 5J9BA 2IFQB 4MPGA 3DIEA 3UVHA 1ZCPA 5B6NA 3BOAA 2GDRA 2H76A 1E6BA 2DJJA 3NZNA 2LKUA 1AQXA 4OO5A 2VM1A 1B9XC 3O6TA 5ABRA 4BVYA 5AIVA 1SU9A 5DQSA 3RHBA 1UN2A 4MH3A 1V98A 4HEA2 4QQ7A 5GZZB 1V57A 3ZVJA 5CAXA 2VCVA 1TKDB 4YQVA 3KTBA 2JADA 5ELAA 3DKSA 1HNBA 4AGSA 1YY7A 4XRAA 3HVVA 1PSQA 2I81A 1PRXA 1GL8A 3U6VA 1X9WB 3KP8A 1GNEA 5D9WA 3ZTLA 5GSSA 3LSZA 1AQWA 1SJZA 2V32A 3KD0A 1PKWA 3G7YA 5DQYA 4DSSB 5LD0A 1TOFA 2C80A 1K0NA 4IJIA 4CW9A 1GP1A 4ZB9A 2VLTA 2Z9SA 1H4OA 1ERWA 4J2FA 2K6VA 2R6KA 5B8BA 3GL5A 4E8HA 2OBKA 4NWYA 3VWXA 4N10A 2CX3A 5DJMA 2PVQA 4JU5A 4NAXA 4EUYA 1JZOA 4MJEA 3CSIA 4J57E 1MDIA 1GLPA 4TR0A 1O8XA 1A0RP 2VD0A 3NOFA 1PQNA 3IK9A 9GSSA 4EDYA 5G1LA 5D73A 2V6OA 2H66A 3CMIA 1RW1A 3IV4A 4RQRA 3RDWA 3P7XA 3J7Yk 3FY7A 3GH6A 1GTAA 3KIJA 4D73B 1J0FA 3ED3A 2R37A 3FHKA 3GX0A 5D9TA 3CXGA 1O7UA 5J41A 3KMNA 5ECRB 2ALBA 4KDXA 2F51A 2PPTA 3DRNA 5INYA 2F8AA 1K0CA 3TDGA 4XRDA 5H5RA 1DSBA 4ID0A 1GSDA 1BJXA 2DMLA 2X99A 4YAVA 11GSA 5CRGA 4N30A 3CTFA 4MJBA 4HUAA 4Q5QA 4IQAA 2E7PA 3UEMA 2GVPA 2DIYA 1RK4A 2CVKA 1NM3A 2IFQA 3IR4A 1IYHA 3TJBA 3ZFBA 5IIZA 3BD2A 4GF0A 1A0FA 3QAVA 1KEBA 3M9KA 1EP7A 2H30A 17GSA 4ACSA 5ECOB 4FIWA 2LQOA 4JRRA 2MMAA 1ZOFA 4F9ZA 1V40A 1YQ1A 3CRUA 5DAKB 5A4VA 2KHPA 1XFLA 1A2LA 1M99A 1OYJA 2WJUA 2C1YA 3IRAA 2AJQB 1M0UA 2ES7A 2FA8A 1VF1A 2PMTA 2MZCA 2H6YA 6GSWA 2NVLA 3TCOA 3FEUA 4PGTA 1XPVA 4JR6A 2VOCA 3TKSC 5J9CA 4QL9A 3CRTA 1I9DA 1OE7A 1R4WA 2IMDA 1EZKA 1PN9A 2QGVA 3KGKA 3P8WA 4K0GA 1BYEA 3QFAC 1GNWA 1HNCA 1HQOA 1G6YA 1VF2A 1PX6A 1CQHA 4GCIA 3LFLA 4ZXGA 3O76A 2LV3A 5B6MA 1THOA 4HQSA 5GSTA 3VURA 5IOXA 2FHEA 5A4WA 2R4VA 2YWNA 2J23A 5L71A 1GWCA 2VL2A 1A8YA 1XZOA 2WRTA 1QGVA 2V41A 5KN1A 2I1UA 3TKQA 3EVIA 1S3DA 4OD7A 5IQYA 3WT1A 1WOUA 2GSRA 3HCZA 1TP9A 1XBSA 3KP9A 2HLSA 3C8EA 2I3YA 2MYGA 1F3AA 2H72A 4L0WA 4K7NA 4BA7A 4D73A 2YNXA 3VLNA 2B7KA 1Z7RA 1M9BA 2PBJA 3QFBC 4KUNA 3ME7A 1AQVA 1SK0A 1QMVA 1F9MA 2IJYA 3C1RA 4TOPA 2C0DA 2H01A 3VFIA 2OE1A 4TW5A 1EEJA 1MD4A 3HKRA 5HR2A 4IELA 4BVXA 5ID2B 1SENA 2B5EA 3A3TA 1FB6A 2N5BA 2O87A 5F8BA 4EC0A 4XS1A 1F2EA 2EIRA 1TU8A 5HFKA 2H1BA 4DEJA 4KE3A 2R5GA 1K3OA 1QUWA 2HRFA 5G1KA 6GSYA 1O85A 1YZXA 4TR4A 2GTUA 2LJRA 1EOGA 4NHZA 4PNFA 3C7MA 3D4TA 3F63A 1FO5A 2REMA 1YDKA 3PH9A 3O3TA 3WGXA 2K8VA 1TRSA 1LU4A 1AUCA 1OAZA 2DIZA 4IKHA 3Q74A 2YZHA 1QQ2A 3G9BA 3RPPA 4GQCA 2FWGA 4KSMA 1TTZA 1M2DA 1XOBA 3ZREA 1SKRB 3GTUB 1Q98A 3UBKA 4H86A 5DAKA 4F82A 2YWOA 5KN2A 3ZLPA 4AF2A 2ZCTA 4ECJA 1ZGNA 1X9MB 4RI6A 4BL7A 4X0XA 3HDCA 1TK5B 1X5EA 1THXA 4K6XA 2YPMA 4ZBDA 4K7IA 2FA4A 1EV4A 2FD3A 2TRXA 3SWLA 2IL3A 1A2MA 3IXRA 2YP6A 4NPBA 1MEKA 2I4AA 3H79A 2GZYA 1AW9A 5D8IA 3ERFA 3A2WA 3EURA 5JCGA 2GS3A 5DDLA 5F05A 2M80A 5CYYA 1SK1A 3QAWA 3H4KA 4PQ1A 4OWYA 3GH9A 4IQ1A 2H8LA 1M2BA 4WBRD 1F3BA 1PL2A 1FHEA 4LL4B 3F9UA 3IK7A 5IMAA 2C4JA 1T3BA 2HXKA 1PGTA 2VL9A 1R5AA 5IO0A 2LTKA 2DLXA 2K8SA 1PMTA 3MAKA 3EMXA 3Q18A 4ML1A 3DXBA 1C72A 3GSTA 2KP1A 2M72A 5IMVA 3UIWA 3L4NA 2VCWA 3FKFA 5CRDA 5DALA 3QMXA 4IBPA 3TJJA 5IOWA 4PUAA 1W4VA 4PQHA 2IIYA 1O6JA 3ME8A 3EE2A 1NHYA 3CSHA 10GSA 3W6GA 4ZILA 2L6CA 4HS1A 4MZCA 3HA9A 4PNGA 1OE8A 2LJKA 1N2AA 3VI7A 3GMFA 1V2AA 1TJDA 2IPAA 2RIIA 3IDVA 3GN3A 2XBIA 2LS5A 4K1FA 3FZ5A 4FO5A 1O81A 4DVCA 5IPHA 1LJRA 2LJAA 1B9YC 4L0UA 3N9JA 2HT9A 3MDKA 5D9VA 1U87A 3LG6A 4MH2A 3HD5A 1SJIA 5ECLB 5EPFA 4EE0A 5FWGA 2LSTA 5KN0A 3GTUA 1FAAA 2B1LA 5FT3A 3IAM2 4ILFA 4IVFA 1K0BA 1W89A 2A4VA 1OKDA 4FYBA 2PGTA 3GFKA 2C0GA 4MJAA 13GSA 2DSAA 2JACA 5HFGA 2DJ3A 2F8FA 3C73A 2B5YA 2B5XA 4X43A 4LMWA 1U3AA 1ABAA 4LL1B 2CT6A 5CREA 3A2VA 1WJKA 3FR3A 5DJLA 2LRCA 3L9UA 1XVWA 5HR3A 5JWQB 5D93A 2BMXA 5IMZA 2TRCP 3UOMA 3ZFLA 2O8VB 4NV2A 3TKSE 4X1UA 3HJMA 2DJ2A 5JCUA 2MBTA 3F3RA 4K8MA 3I6AA 4RQXA 2X8HA 4ZBAA 1F37A 1SK2A 1M7TA 1AAZA 4Q5RA 3RHCA 1EP8A 2HSYA 2PUKC 2K18A 2BTOT 3KM6A 1X9SB 1T8EB 1I5GA 2RLIA 1B8XA 4ECBA 3ZVJD 2CV4A 2WZ9A 2YN1A 1GULA 3E3EA 5CRWA 2FGXA 4MDCA 1KNGA 2A2RA 1TK8B 1VRSD 1BQ7A 2B7JA 3HVXA 2IMEA 2VLVA 4OFNA 1UA5A 5LCZA 2V2GA 4EXJA 5G2ZA 4TKYA 3GKXA 3BCKA 2DBCA 3EU3A 1GUHA 3L9SA 1OC3A 3GURA 5C00A 3HJPA 4V2LA 1KBNA 3LJRA 3EINA 4IP6A 3EYTA 2YWMA 2OE0A 1F6MC 2F9SA 4L8EA 3WYWA 3TKRA 1WP0A 4I2TA 1SYRA 4EL1A 2GT5A 4KDYA 2AHEA 2H74A 5J5NA 1ST9A 1XIYA 2LRNA 3SBCA 3TGZA 4KA0A 3VWUA 2PN8A 2VO4A 5H5SA 4WF4A 1BAYA 2NPBA 4KB3A 1DBYA 3V1WA 1ZZYA 4J56E 3HVSA 2HSHA 4IS0A 3GUSA 3ISOA 5ECSA 1JHBA 3TKSA 2RUFA 4O92A 4G10A 1YF0A 5JCWA 3UBLA 5HFIA 2OJLA 3FR9A 1A2JA 3LQ7A 1GLQA 2GQKA 4JE1A 4OFTA 2YCDA 2VUPA 1YF1A 1FG4A 3KH7A 4DSSA 2H0IA 2EIOA 2AUVA 5CO3A 2YJ7A 3D5JA 1VF3A 2YV7A 3DVXA 2IMIA 2C8UA 2TIRA 3RPNA 5JWRB 4Q5FA 1YEXA 1WIKA 3GKMA 4KW6A 2JL4A 4ISDA 4XTSA 3M8NA 2ZNMA 1X0RA 1FVJA 2JZSA 2VLUA 5F06A 6GSUA 3E9JB 5H5QA 2VM2A 5G5EA 2JSYA 5DBQA 4LLRA 3EWLA 1J08A 4MCUA 4TR1B 2WULA 5HQPA 2QKEA 1UVZA 3FR6A 2XC2A 4YAPA 4N0ZA 3QR6A 2B6MA 2H1AA 2CZ3A 3WT2A 3CYNA 3TJGA 4V2MA 5D96A 3UJ1A 3W8JA 4LA1A 1PX7A 1SJ6A 3DMLA 4L5OA 3G7IA 4GWRA 3GYKA 1WRYA 3H93A 1IYIA 4V2NA 5B7CA 3IPZA 4TXOB 2GSQA 4GSTA 4FYUA 4POKA 3MNGA 2DJ0A 4XS6A 1GTBA 2B1KA 4GQFA 4MLYA 2HRNA 3M9JA 1CQGA 4KCEA 4N11A 5HR1A 5ECIB 4KAEA 2XHFA 5EL8A 3FYGA 4IN0A 3P90A 3FRCA 1RQMA 2R2JA 3DD3A 3EMPA 3Q6OA 3S9FA 2N5AA 3RAZA 1E2YA 4YQMA 4WEYA 5AGYA 2X8CA 1MD3A 2FLSA 2H75A 2YZUA 3ZITA 2J9HA 3DEXA 8GSSA 1SL2B 4K2DA 5ELGA 1GSUA 2C3QA 1EV9A 5J4UA 1JZDA 1VF4A 19GSA 3NIVA 4XS4B 2K9FA 2D2ZA 1A24A 4I6XA 4I2UA 3LORA 4Z7XA 3I43A 1EGRA 5LNKe 3F3QA 3F6DA 2RM5A 3TOUA 3TOTA 5ECMB 2EC4A 1OC9B 2ON7A 1Z6NA 1K3YA 2KLXA 2FWHA 6GSXA 4CDOA 2GGTA 3LEFA 3UL3A 4BPYA 1QXHA 2H71A 4TRXA 5EVOA 4XIHA 5A4UA 3TB2A 2CZ2A 1TI3A 4MZBA 3IOSA 2E0QA 2E2MA 1Z5YE 1ZYQB 1T7PB 1AC1A 3J7Yb 3VK9A 1NHOA 2H73A 3G7JA 2ON5A 4YQUA 4O5RA 1K0OA 5AIXA 2AYTA 2NTOA 1TXXA 2IN3A 3PGTA 1Z3EA 4MA9A 4FH8A 2JU5A 2OADA 5B8AA 1SL0B 3M1GA 3F6FA 3ZZXA 3K8NA 3GL3A 4PX1A 1USBA 1S3AA 3VWVA 3GX8A 1JFUA 4PURA 1TK0B 4I8BA 7GSSA 2IMKA 4O7HA 2CX4A 3BJ5A 3APOA 3CSJA 4TR1A 4ZL8A 2WFCA 3CBUA 3HYPA 3FW2A 1FVKA 4JZQA 2XPDA 2MMNA 1OVNA 1GSYA 2ZUPA 1HYUA 3DYRA 4HDEA 4KDUA 2AB6A 4MMMA 3PINA 3KJYA 3RBTA 3ZYWA 2C0FA 4HI7A 2FY6A 5E59A 3JCML 1SKWB 5IM9A 4MPFA 1AXDA 4MF7A 3UMAA 1PD21 5ID2A 2EIQA 4TXOA 1T1VA 2YV9A 4ZL9A 1TU7A 3U5RE 4G9HA 3FK8A 3EC3A 4IHUA 3GV1A 4K0NA 4IJ3A 3VPTA 1GSEA 1NSWA 3I69A 2XBQA 4CHSA 4F0BA 3ZMKA 3GHAA 4JR4A 2G2QA 3APSA 2VL3A 1G7OA 4GTUA 4POMA 4WXTA 1B4QA 3FZ9A 2O89A 2P0GA 1H75A 5GAND 3C71A 3GNJA 3IC4A 2WCIA 5IO2A 4XHMA 4WBJA 4MF6A 1S3CA 2DJKA 2PERA 4XS4A 3GIXA 1GSFA 3F8UA 3F0IA 2X8GA 2NBSA 5F07A 2GSTA 4ECIA 2A2SA 1SD9A 2FUG2 1X5DA 2NDOA 2GT6A 1Z9HA 3BCIA 1U88A 4KH7A 1B48A 1OC9A 1XWGA 2OE3A 3DWVA 1O73A 1K0DA 1T4YA 4JEDA 5E4WA 4AJ7A 2VIMA 4ZBBA 2YOIA 3F4RA 3ZIJA 4MK3A 4FYCA 5FHIA 2B3SA 5J3RA 2FWEA 4ZB6A 1SL1B 4WR4A 4OMVA 4I97A 4IP1A 4ULXA 2VCZA 3FZAA 2OBIA 3MWHA 3AY8A 1WPIA 4LMVA 2L4QA 3HHVA 1ZL9A 2VCQA 3QDNA 4TN8A 1Q4JA 5ECHB 3QOUA 1ACVA 16GSA 3N5OA 2CVDA 2L6DA 4OFMA 1R26A 2L59A 2LQQA 4OCFA 1EWXA 5COHA 4TXVA 3QCPA 4F0CA 1DE2A 2HZEB 3ZL5A 1XVQA 2M46A 4P3YB 2YWIA 3DVWA 2L5OA 4TR3A 2HZFA 3LYKA 22GSA 1URMA 3HZ4A 3KH9A 5HR0A 2WB9A 3KTLA 2PWJA 1FB0A 3GKNA 3QAGA 3F4SA 1XWCA 3FZ4A 3VWWA 2V1MA 5KEJA 5IPGA 1XW6A 4EF0A 5JWOB 3ZMLA 2LEGA 2MMZA 1R7HA 1PA3A 4DSRA 2LNTA 3WGDA 3LXTA 1PKZA 4PQIA 20GSA 2GQMA 1BG5A 1JLVA 3IA1A 5IMDA 2MMOA 5DCHA 5GAPD 2KUCA 1MDKA 5F0GA 4PXOA 4EDZA 1MDJA 3VPQA 3UAPA 2L4CA 1A8LA 1HD2A 3DGQA 4MZWA 2GLRA 4HOJA 1EOHA 2FNOA 1G6WA 1TDIA 3TUEA 1Y25A 3LGCA 4F2IA 1ERUA 2OACA 2H19A 3H8QA 1YKCA 3D0ZA 1ERVA 4POBA 3APQA 2LUSA 3M0FA 4GSSA 1XWAA 3L0HA 4MP4A 2H0GA 2F3MA 5ENUA 4V1Ag 1GTIA 2VD1A 5AISA 1TRWA 1JZWA 4ECCA 3GSSA 1EGOA 4OO4A 4XCSA 2H1GA 3TRXA 5ECKB 2JZTA 3EU4A 3CTGA 1EEMA 1SYXA 2CAIA 1ZMAA 3HY2A 1BX9A 1QFNA 12GSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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