1SYXA

The crystal structure of a binary u5 snrnp complex
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
YMLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Translation/immune system
source organism Homo sapiens
publication title Structural basis for the bifunctionality of the U5 snRNP 52K protein (CD2BP2).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Spliceosomal U5 snRNP-specific 15 kDa protein
total genus 40
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1syxA00
1OC9B 3MAKA 4L0WA 1M9BA 1C72A 2FHEA 5DAKB 1OKDA 3VWXA 1T1VA 3VWUA 3M8NA 4HZ2A 4KCAA 1EEJA 1ERUA 4ZL8A 3KJYA 3EINA 1MDIA 3KD0A 3MNGA 2VCWA 2N5FA 4YAPA 5G1LA 3PINA 1X9WB 13GSA 2VM2A 2GTUA 5KN2A 3UBLA 2CVKA 3TJBA 3GX0A 2H1BA 2RIIA 3SBCA 1XWAA 1K0CA 1BQ7A 5ECKB 2VM1A 2KHPA 2XPEA 3RBTA 2DC5A 5CYYA 2X64A 3US3A 4RUVA 3EWLA 1SD8A 1A2LA 4WKWA 1RK4A 3ERFA 9GSSA 4HUAA 5D9XA 4AJ7A 2LEGA 3VLNA 4ID0A 5ECPB 3EMPA 3ZTLA 2PUKC 2V1MA 1A23A 3IXRA 4NHWA 4TXVA 3QFBC 1V57A 3LXZA 4V1Ag 5F06A 4XRAA 1XWKA 1GRXA 3WGXA 4EL1A 3F4TA 2E2GA 3LWAA 1GTAA 3LYKA 5B8AA 3Q19A 2DIYA 5JCUA 1FVJA 2GSRA 5ECLB 3WD6A 2IMIA 6GSWA 5G30A 2NBSA 5FHIA 2OE0A 4P3YB 4K2DA 4EDYA 4ILFA 1R4WA 4ACSA 1T00A 2IMKA 2BTOT 1O73A 5ECNB 1AQXA 3A2VA 4N30A 3KGKA 4ISDA 1Y6EA 1ERVA 3UAPA 4HZ4A 4BVXA 3ZLPA 1ZGNA 2YWIA 2ZCTA 3WGDA 1O8XA 2FGXA 1GP1A 3QDNA 1J0FA 2J23A 5G1KA 1ZZYA 3EC3A 2JADA 4LA1A 1GSUA 1HNBA 1GSQA 3FZ9A 5DALB 2DBCA 1TU7A 2YP6A 1ON4A 1PL2A 3GUSA 2VLTA 4RI7A 2YWMA 1FB0A 4KA0A 4F82A 3PH9A 5GAND 1K0OA 2IJYA 3TRQA 2AJQB 3KTBA 4WETA 4O5RA 5JCGA 4OCFA 5G5FA 1DUGA 3M0FA 1A2MA 1THXA 1TTZA 1ZYQB 3HY2A 4N0VA 2WULA 1F37A 4PUFC 5AN1A 2DJJA 1K3LA 2FA4A 4WR5A 3FW2A 2A2RA 19GSA 5F05A 2IN3A 3PGTA 3E9JB 1J9BA 1TRUA 4JEDA 1J08A 4XRDA 5GZZB 3TKSA 3A2WA 4GCIA 4N11A 2PGTA 3IDVA 1EOGA 2AYTA 5A4VA 4KDYA 1THOA 1UC7A 3TGZA 5J41A 3GKMA 2GT6A 4Q5QA 1HQOA 3NIVA 2REMA 5DCHA 3MDKA 1EGOA 3GHAA 3UVHA 1YEPA 2H70A 2GQKA 2MZCA 3KXOA 3FR6A 1FB6A 5FWGA 2CT6A 1R26A 3VWWA 2LNTA 4EXJA 2DLXA 2V2GA 3F6DA 1TK5B 4KGIA 2G0FA 8GSSA 4MH2A 5FT3A 4YQUA 2ON5A 3H4KA 2B5EA 4BA7A 4IHUA 6GSUA 2IFQA 2GZYA 3I43A 1JZWA 1YQ1A 4WBRD 2WGRA 5EL8A 2H75A 1T3BA 4KB3A 5J9CA 4L0UA 5IMZA 2M80A 5INYA 2PWJA 2DJKA 2K8SA 2LS5A 2VCXA 5ECMB 4ZBAA 4JE1A 5HR3A 1GSFA 3IOSA 4NPBA 1PRXA 3DYRA 4K0GA 5ABRA 5DBQA 2JSZA 2I81A 1Q98A 2DJ1A 4IBPA 2WDUA 1SYXA 4Q5FA 3J7Yb 3NOFA 1SJ6A 2HLSA 1KBNA 2GLRA 2AAWA 1A2JA 5AIVA 1TU8A 1AW9A 5KN3A 5EPFA 1RW1A 2LV3A 1QFNA 2JZSA 3LG6A 4BL7A 1EV9A 3RPPA 2MMZA 3ZREA 1M2BA 1XOBA 1TW9A 4I8BA 1PL1A 4G9HA 3DVXA 3GTUB 1K3OA 4MF7A 4AJ6A 4PQHA 1ACVA 5A5KA 2H1DA 2AB6A 5CP1A 2NTOA 1SK2A 3KP9A 3VFIA 1MEKA 3GTUA 4MF6A 2LJKA 4AGSA 3IBHA 1MTCA 2DJ0A 1SD9A 2VOCA 2C80A 1JHBA 5LCZA 1YKCA 1F9MA 5IMFA 3RPNA 4MZWA 2F3MA 5L71A 3A3TA 1NW2A 3TUEA 4F9ZA 1AC1A 3GSSA 1N8JA 1A8YA 2TRCP 2HSYA 3QAWA 1V98A 3CRUA 1ZL9A 3E3EA 4HJMA 5IPGA 4XS1A 3SWLA 1M0UA 2H73A 4MP4A 4PXOA 3N9JA 3BOAA 4MMMA 6GSTA 1X5EA 3J7Yk 2B1LA 4HOJA 4DSSB 4O7HA 1WP0A 3DWVA 2VIMA 3QOUA 5JWQB 2VO4A 4GF0A 1SKWB 4TR1B 2C0FA 4KUNA 4K7IA 2DSAA 4DSSA 3FKFA 1F3AA 5CO3A 1GUKA 4ECCA 3F8UA 3TKPA 1OC3A 3RHCA 3H1NA 1TI3A 4HJ2A 4TR1A 3CSJA 3D22A 3G7IA 4PX1A 5D73A 5JCWA 1F3BA 3TJGA 1UA5A 2FWHA 1CQHA 1NSWA 1IYHA 5DQYA 1XCCA 3ZIJA 2PN8A 1GLQA 4ZXGA 2H6XA 3FZ4A 4DVCA 2IWTA 4MF5A 5CREA 1GUMA 3G9BA 4HEA2 3TDGA 2IL3A 3GYKA 3F3RA 4NV5A 1EP8A 3RHBA 1DBYA 3U5RE 4MLYA 14GSA 1GWCA 3I9V2 3WGEA 3LJRA 3PR8A 4F0BA 2P31A 1TK0B 3C73A 3UMAA 5DJMA 1LBKA 2YCDA 2NVLA 1TRSA 3KH9A 18GSA 2ES7A 3C1RA 3IC4A 2NPBA 3KMOA 5J9BA 3F3QA 2MYGA 2X99A 2C4JA 3IA1A 1O8WA 1FAAA 2A2SA 2OJLA 3KMNA 2H74A 2HI7A 1GUHA 4OO4A 6GSXA 1B4QA 4GSSA 1O7UA 1G7EA 4K8MA 5IMVA 2FY6A 3TKSC 1U3IA 1GULA 1SYRA 2KOKA 1VRSD 2L5OA 2DJ3A 3ZMKA 2I3YA 2FWFA 3FZ5A 1WJKA 1UVZA 4OO5A 1XVQA 1GL8A 2WS2A 4I6XA 2F9SA 1V2AA 4LLRA 5IOWA 4TR4A 3W8SA 2TIRA 1SENA 5AISA 2VUPA 3HJMA 2B5XA 1K0MA 1LJRA 1R7HA 2HRNA 2J9HA 4KSMA 2O7KA 1EZKA 3FY7A 1XPVA 2O87A 1TKDB 1VF4A 3TB2A 4AF2A 4KX4A 3UVTA 2VL3A 5CNWA 2IMEA 11GSA 2LTKA 2R2JA 1XW6A 4ECJA 3P8WA 4ZL9A 2X8CA 4KH7A 1TDIA 5CRDA 2I1UA 1A8LA 2VL9A 3HZ8A 4GSNA 3V1WA 1KNGA 4OFMA 2VCZA 4EUYA 4TRXA 2H1AA 3LSZA 5LD0A 1SU9A 2I4AA 1V58A 2XBIA 1VF3A 1QXHA 3C7MA 2HRFA 1R5AA 5CRWA 4E8HA 3QCPA 2H66A 2RM6A 3Q74A 4XS6A 2YNXA 2QKEA 1PKZA 2OBKA 3KTLA 4ZB6A 3G7YA 3ZFBA 3VPTA 4JU5A 2VD1A 3TJKA 3GH9A 6GSVA 1U87A 2G2QA 4K1FA 3BJ5A 4XIHA 2KUCA 2RUEA 5B7CA 4KW6A 5ECQB 1PMTA 4RI6A 1GTIA 2PVOC 3IRAA 1O81A 4OWYA 4BWSA 3TCOA 4V2NA 3CTGA 2CZ3A 4IN0A 2L6CA 1AUCA 1GSSA 3D6IA 3BBYA 1N2AA 3W8JA 4MABA 2B1KA 2IPAA 4K9ZA 5J5NA 1PKWA 4EE0A 3HVVA 3QAGA 4O92A 2WB9A 1XIYA 4YQMA 1JLWA 1BG5A 1GNWA 4JR4A 2YWNA 3LGCA 1QUWA 2LKUA 4WR4A 4L5LA 4ZIJA 1EGRA 5E59A 1BX9A 3P2AA 4ZB9A 3CSHA 2E0QA 4LMWA 3GKXA 4V1Ap 3UL3A 4K6XA 5HR2A 2LRCA 2H19A 4QQ7A 2WFCA 2P5RA 4YQVA 4DEJA 1Z7PA 5HR0A 3GURA 2H76A 3FR9A 3LQ7A 2GSSA 4XHMA 3K8NA 1KTEA 4POKA 1ML6A 1AIUA 3D0ZA 1ZMAA 2R3XA 4K7NA 4WF5A 3GRXA 3E0UA 3KP8A 3H79A 2NDOA 2RM5A 4TXOA 1WOUA 3D5JA 3VURA 1Z3EA 4HDEA 1SL2B 2FWGA 2KLXA 1M99A 1XOAA 2H72A 4IP6A 2FD3A 3GV1A 5GSSA 3C71A 2CA8A 2H30A 3ZMLA 3M1GA 1VF2A 1ZCPA 1ST9A 2GS3A 12GSA 4YH2A 2F8FA 1YF0A 1KEBA 1AQVA 3HJPA 1ILOA 2IFQB 5B8BA 5IOXA 2PERA 2GT5A 4IJ3A 4YAVA 1K0AA 4JBBA 1QQ2A 1T7PB 1NHOA 1I9DA 3IAS2 2V32A 2OE1A 3GNJA 4IVFA 3O3TA 3Q18A 1JFUA 1OC8A 2CVDA 2QGVA 3HVXA 1SJZA 5HFKA 5DQSA 2H71A 4I5QA 2JACA 3L9VA 3TKSE 3EU4A 3TJFA 4QL7A 5EVOA 3ZL5A 1EOHA 5G5EA 2EIQA 2HYXA 2K6VA 3IR4A 2C3NA 5CRHA 3D4TA 3OR5A 4IQAA 1PX6A 1XZOA 2L59A 1X5DA 3APSA 3D4MA 3JCML 3IK7A 3IHQA 3IPZA 3DVWA 4MDCA 2YWOA 4PQIA 5J3RA 1ZOFA 3W6GA 1GSDA 5D96A 2LSTA 3G7JA 2WZ9A 2E2MA 2OADA 2H0IA 5CAXA 1B9XC 3Q6OA 4GSTA 4JZQA 1TK8B 2GZZA 1XBSA 1F6MC 3ZIVA 1HD2A 4TR0A 2VAFA 3GMFA 3RAZA 2IMDA 5C00A 2C0EA 5H5RA 1FOVA 2H0HA 1TP9A 3FK8A 1G6WA 1EP7A 1AXDA 4CW9A 2LRTA 5ECOB 1T4YA 2LJAA 3LYPA 1OE8A 3CYNA 4WBJA 3FYGA 3QR6A 1JLVA 2GVPA 2RUFA 3HDCA 1XW9A 3WT2A 4HS1A 2QC7A 4TKYA 16GSA 4XS4A 3TRXA 1A24A 1O85A 4K0NA 1HNAA 2HXKA 2H01A 2D2ZA 3BCKA 1ERTA 4V2MA 2AHEA 2R37A 3L78A 4J2FA 2WRTA 4F0CA 5J4UA 1H75A 4IP1A 3M9JA 2P0GA 3U6VA 2JZTA 4GXZA 5KN0A 2HZFA 2R4VA 2N5BA 2GSTA 5IO0A 3UOMA 1MD4A 2QSIA 3DMLA 2MMOA 3DXBA 3H8QA 3UEMA 3C1SA 1A0RP 2WJUA 3LXTA 2VL2A 2YOIA 2C3QA 4LL1B 5ID2B 4IW9A 1BYEA 5JWRB 2LNSA 2MBTA 1XWBA 5H5SA 4CDOA 5ELAA 1V40A 1BJXA 1DE2A 3DD3A 1UN2A 4ECBA 5ID2A 17GSA 2OACA 4OCEA 3BCIA 5ECIB 4DSRA 5DJLA 4ML1A 1DE1A 5AGYA 3ZYWA 1SJIA 2F8AA 4ZL7A 2PU9C 1QK8A 4MCUA 4OD7A 2HE3A 10GSA 2B3SA 1DSBA 1URMA 2FLSA 3KH7A 2TRXA 4XTSA 1G0TA 4WXTA 2HNLA 4KNDA 3FRCA 7GSSA 3F4SA 2OKAA 2FCHA 2H0GA 4NV2A 3P90A 1M2DA 2FNOA 4ZBBA 1YKAA 5D93A 4L5OA 5IMDA 1W4VA 3VI7A 3H93A 1TOFA 2CVBA 4G2EA 3EU3A 4XCSA 5B6MA 5DCGA 1SKRB 1GNEA 2XC2A 2R6KA 1MDJA 4J56E 5F07A 1SK1A 1XVWA 2Z9SA 5COHA 3P7XA 3GA4A 22GSA 3QFAC 4HQSA 4K7OA 3IE3A 1PA3A 4EC0A 1LU4A 3TKQA 1JZDA 3R2QA 2YV9A 1X0RA 1U88A 4H86A 3HXSA 1PGTA 2R5GA 3HYPA 4E8EA 4X1UA 1RQMA 4OFTA 3HZ4A 4G10A 1Z6NA 5ELGA 1E6BA 2CV4A 4MJEA 1PX7A 1TRWA 1TRVA 4NMUA 4BWQA 1X5CA 3EVIA 1GLPA 2DIZA 3HA9A 4TOPA 3M3MA 1OYJA 20GSA 2JSYA 1PD21 4GQFA 3F0IA 4L8EA 1OC9A 3VI5A 2BJXA 1MDKA 3O6TA 1JZRA 1W89A 4BPYA 3WT1A 1O6JA 4Q5NA 3HVSA 3QMXA 5DAKA 5E4WA 3CSIA 1GSYA 4MA9A 1G7OA 2VCQA 2GZPA 4QL9A 4NXIA 2ALBA 4MZBA 5IM9A 4Z7XA 1ERWA 4PQ1A 2DMLA 1PQNA 2HSHA 4N0ZA 2O85A 5G31A 3ZRDA 1U6TA 4TVEA 2K18A 5IIZA 3GL3A 5GSTA 2L4CA 4JR6A 1EEMA 3UIWA 1BEDA 2C3TA 4LMVA 3ERGA 4FYUA 3I69A 1VF1A 2F51A 2HZEB 5IMCA 4X0XA 5F8BA 2L4QA 2XHFA 1M7TA 3KIJA 3RDWA 1SKSB 2VLVA 4POMA 3O76A 2LQQA 3A5WA 2HZEA 5A4UA 1XW5A 2GGTA 2PPTA 1WRYA 1VGLA 1YDKA 4N10A 1WMJA 3VK9A 3IAM2 1SL1B 4O32A 1WPIA 1MD3A 1R5PA 2K8VA 5DVBA 3L9UA 5B6NA 3TKRA 4NHZA 4ECIA 1GH2A 3MSZA 1K3YA 3UARA 3N5OA 2V6KA 2OE3A 5D9WA 4ZB8A 4ULXA 1USBA 3ME8A 1B4PA 2B7JA 3GL5A 1YJ6A 1K0BA 4KDUA 2OBIA 3QD9A 4GWRA 5IQYA 1A0FA 3IK9A 2EIOA 2BMXA 5D9TA 3F6FA 1M2AA 3ME7A 2B6MA 1V9WA 4FYBA 2GQMA 1TI1A 4HQZA 2N5AA 2ZUPA 4KCEA 4PUAA 4MJAA 1B48A 5JWOB 3L0HA 4OFNA 5HQPA 1S3DA 2VCTA 4EO3A 4GRFA 1Q4JA 3KM6A 3WYWA 3FEUA 3VWVA 2C1YA 4CHSA 4IQ1A 4I2TA 2M46A 3ISOA 4GQCA 4LL4B 5F0GA 2O8VB 3FR3A 5H5QA 2V41A 4FH8A 5DALA 2PBJA 1FO5A 1XWCA 1OAZA 3KEBA 1ZYEA 1YF1A 2VLUA 2FWEA 3VPQA 3TRPA 4ZILA 2LRNA 2K9FA 4TXOB 1IYIA 2LJRA 5C04A 3ZZXA 4MK3A 4OMVA 1JZOA 3CTFA 5D8IA 2YZUA 5A4WA 2CX3A 3QAVA 2VD0A 2H1GA 1TJDA 1QGVA 2CZ2A 2RLIA 5IMAA 2YPMA 1Z7RA 2YJ7A 5ENUA 2VL2C 4D73B 4RQRA 5D9VA 4I2UA 3GIXA 2MBSA 4PNFA 1EV4A 4AJ8A 3QPMA 3EE2A 2XBQA 2C8UA 4D73A 2YJHA 4MH3A 5HR1A 4RQXA 2A4VA 2PMTA 5IPHA 2HT9A 2C0DA 1BAYA 3M9KA 4G19A 3LEFA 2FA8A 3ZVJD 3GSTA 1OE7A 3APQA 2YZHA 4POBA 2CQ9A 4MJCA 5KEJA 3LORA 5DDLA 3F9UA 5EY6A 5AIXA 1FHEA 3MWHA 1YZXA 1WWJA 1TXXA 1GTUA 3HKRA 2JL4A 4GLTA 3ZVJA 4PURA 5ECRB 2MMNA 1WE0A 4FIWA 3TOTA 4TR3A 3UBKA 4TN8A 2JZRA 2IMFA 1PN9A 4TW5A 3AY8A 4MPFA 2XPDA 3DKSA 4JRRA 1GSEA 1X9MB 3D21A 2KP2A 2P5QA 2GDRA 3F4RA 2JU5A 4MPGA 5LNKe 3IV4A 4KDXA 2L57A 5IO2A 3GN3A 2L5LA 1S3AA 1CQGA 2B5YA 1X9SB 3EMXA 3BD2A 1YEXA 5ECSA 4F03A 3GH6A 4DSQA 1F2EA 4NWYA 2CAQA 3LFLA 2DMMA 1QMVA 3L9SA 2CAIA 4V2LA 4EDZA 2CX4A 3I6AA 5KN1A 4KE3A 3EURA 4HU7A 3CMIA 3GKKA 2OA7A 4J57E 3ZFLA 4KSOA 3DGQA 4XS4B 2H6ZA 3APOA 2C0GA 1U3AA 3ED3A 5HFIA 5ECHB 2V6OA 1PSQA 3GX8A 1WIKA 2YN1A 4IJIA 3A2XA 2IIYA 5GAPD 2MMAA 1XFLA 4FYCA 2LUSA 2ON7A 2EC4A 1Y25A 3FHKA 1FG4A 1XXUA 1E2YA 2LQOA 1Z9HA 3HJOA 3UJ1A 3DIEA 1XWGA 1Z6MA 4F2IA 5CRGA 1I5GA 1S3CA 4GTUA 4EKZA 1NM3A 2B7KA 4IKHA 4PGTA 4EVMA 3C8EA 1HNCA 1OVNA 1K0NA 4HI7A 1H4OA 3TJJA 1Z5YE 1FVKA 2EIRA 2X8GA 3HCZA 3HHVA 1ABAA 2GSQA 1B8XA 3DEXA 4IGJA 2E7PA 6GSSA 1G6YA 4ML6A 2I9HA 4NAXA 3CXGA 4FO5A 2HFDA 3HD5A 1SL0B 3F63A 4I97A 4KAEA 4MJBA 3DRNA 2H6YA 2WCIA 3GFKA 1NHYA 2X8HA 2VCVA 2AUVA 2GQLA 2YANA 2O89A 4IELA 1SK0A 3ERWA 1YY7A 2DJ2A 6GSYA 4BVYA 2H8LA 2AV4A 1K0DA 3NZNA 4IS0A 3L4NA 1M9AA 2KP1A 4WEYA 2FUG2 4Q5RA 1GTBA 4ZBDA 4MZCA 3TOUA 3KZQA 4X43A 1HYUA 1EWXA 5HFGA 1AQWA 3ZITA 4HU9A 1T4ZA 3FZAA 3CRTA 2YV7A 4EF0A 3GKNA 2ZNMA 3CBUA 3KCMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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