3HDCA

The crystal structure of thioredoxin protein from geobacter metallireducens
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
150
structure length
150
Chain Sequence
b'SLAPGKAESDAPLVRTGALAPNFKLPTLSGENKSLAQYRGKIVLVNFWASWCPYCRDEMPSMDRLVKSFPKGDLVVLAVNVEKRFPEKYRRAPVSFNFLSDATGQVQQRYGANRLPDTFIVDRKGIIRQRVTGGIEWDAPKVVSYLKSLE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of thioredoxin protein from Geobacter metallireducens
rcsb
molecule keywords Thioredoxin family protein
source organism Geobacter metallireducens gs-15
molecule tags Oxidoreductase
total genus 38
structure length 150
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3hdcA01
1O85A 1GUKA 1Z6MA 1V9WA 4GTUA 2CZ2A 8GSSA 4RUVA 1B9YC 2HNLA 3Q74A 3O3TA 4EC0A 3UEMA 1TW9A 2TIRA 1AAZA 2GGTA 1WMJA 3LJRA 4BWQA 4XS4B 2D2ZA 1XZOA 4OCEA 5FWGA 1K3LA 2MZCA 3GX0A 1TKDB 1M99A 2OACA 4O92A 4MLYA 1ZOFA 2HRFA 5DQYA 5IMCA 4BL7A 1EP8A 4TR1A 2IFQA 3G7JA 4GXZA 22GSA 2EIOA 1DE2A 3ME8A 3D5JA 2GDRA 4AJ6A 4RI6A 5IQYA 1PKZA 4MPGA 1K0MA 1MTCA 2RIIA 2DMLA 1ZYQB 3RAZA 2CAQA 3E9JB 5AN1A 2ZCTA 5IO0A 4HZ2A 4K8MA 5J9CA 1OVNA 1A0RP 5CYYA 3WGDA 3FR3A 4IP6A 1Y25A 2O87A 4J2FA 2CAIA 2PERA 4HZ4A 2VM1A 2VD0A 3ZLPA 4ZB6A 4ZBBA 2B1LA 2C1YA 4IHUA 1FB0A 3IBHA 1PMTA 2FNOA 2B3SA 2V2GA 4GSSA 2J23A 3ME7A 3F3RA 4POBA 2IMFA 3FY7A 5DCHA 5J9BA 4XS6A 2DC5A 5F0GA 3D22A 3CSJA 3S9FA 13GSA 4V1Ap 2N5AA 4KCAA 4G2EA 4DSRA 4CDOA 4KDUA 5G2ZA 4AJ8A 3IV4A 5IMDA 3MSZA 2AUVA 3EURA 2DJ0A 4BA7A 3VWUA 2DSAA 3HXSA 1K0DA 5EL8A 3MDKA 2IWTA 1FVJA 3F6DA 4EL1A 1M9AA 5E4WA 1TK8B 1WOUA 4QL9A 4WR4A 2FWHA 4J57E 3EU3A 1XVQA 3VFIA 5IOWA 1J08A 5ECSA 2F51A 4TXVA 2YN1A 3ERGA 3M0FA 1MDKA 2Z9SA 3KP9A 1R26A 5DAKA 1Z5YE 3DGQA 5L71A 5J41A 1YKCA 1PGTA 1TI1A 2X99A 4I5QA 2YANA 3FHKA 2HSYA 1VRSD 2E2MA 2HYXA 4EO3A 4F0BA 2TRXA 1ZL9A 1B8XA 2VL3A 2V41A 2MMOA 4E8HA 1SK2A 5IMZA 1ERVA 1N8JA 2VCTA 1SK1A 3C8EA 3TOUA 3CTGA 1RW1A 1TRSA 2MMAA 4ULXA 3F0IA 1O8XA 5D73A 4OO4A 1DBYA 1TXXA 4POLA 5C04A 3M8NA 4KGIA 2KOKA 2BMXA 4TR0A 2C0EA 3KMOA 4OO5A 3VWWA 2JZTA 3H1NA 4I6XA 2KHPA 1ZCPA 1EEJA 3PGTA 5LCZA 4PGTA 5D9WA 1ERWA 3VPTA 1E6BA 2OBKA 2AB6A 2C80A 2FY6A 4DVCA 4QL7A 4NAXA 1MDIA 2M72A 2NDOA 4LMWA 4IGJA 4L5LA 4OCFA 4X43A 5ECQB 4IN0A 1EEMA 1LJRA 1GSUA 5IM9A 2B5EA 3C1SA 2PU9C 5IO2A 3IR4A 3KH7A 4TXOB 3J7Yb 4RQRA 1H75A 4MH2A 4Z7XA 2LKUA 4OD7A 2H74A 1ILOA 1ZGNA 3G7YA 3DVWA 2FA8A 3KM6A 2FWEA 2J9HA 5ELGA 3HJMA 5ID2A 4TOPA 1XOBA 5B6NA 4Q5RA 3M1GA 3ZVJA 5DALB 14GSA 1A8LA 4RQXA 5D93A 4ML6A 4LA1A 1MD4A 2L57A 4OFMA 1UC7A 2FD3A 4KCEA 2L6DA 1J9BA 5AGYA 1OC9A 1EV4A 1PA3A 2OE3A 4HS1A 4KAEA 1K0BA 1X5CA 1XIYA 3TJKA 2K8SA 3IAM2 2LRCA 4V2NA 1PKWA 3UJ1A 5DDLA 4N0ZA 1K0OA 3BD2A 1XBSA 3GFKA 1GSYA 4MH3A 5CRHA 1OE7A 3Q6OA 1HQOA 1UN2A 1UA5A 4Q5FA 4TR1B 2H6XA 2IFQB 5EVOA 4G19A 2DJJA 4MK3A 5E59A 5ECOB 1THOA 1U6TA 3GIXA 2I1UA 4GCIA 1GLPA 2L5LA 2PPTA 3UIWA 1OAZA 3C7MA 3MNGA 5D9VA 1Z9HA 2HE3A 4ZL7A 2C4JA 5CNWA 3TRQA 4ZIJA 1G7EA 3N9JA 1PRXA 3KZQA 2GSRA 3MAKA 4KUNA 2DJKA 4EDZA 3LYPA 3EWLA 4NPBA 1B4QA 5B8AA 1FVKA 3O76A 3GL5A 1EGRA 2LNTA 4GQFA 1GSEA 1ERUA 3LGCA 3TGZA 5J5NA 2MMNA 1Y6EA 3CXGA 4AF2A 1YJ6A 1ON4A 2ZUPA 3GA4A 1Z7PA 4JE1A 4PNGA 1SKWB 1GSSA 4I2UA 3G9BA 3QD9A 1ERTA 2EIQA 4ZBAA 1F37A 2VIMA 4EXJA 3QR6A 1GTUA 5IMVA 2CV4A 1S3CA 2N5BA 3OR5A 4JEDA 2N5FA 5F07A 5DAKB 3TKRA 2E7PA 1M2BA 5B7CA 2A2RA 3VI5A 4O7HA 3GKKA 1X9MB 4L0UA 4NHZA 2VCZA 3Q19A 2MYGA 1R5PA 5F8BA 3HHVA 2LQOA 5F06A 3ZFLA 3RDWA 5HFGA 2H76A 4BVXA 5IOXA 3APSA 1O6JA 5AISA 5H5SA 2YZHA 4I97A 2ES7A 2LJAA 1JHBA 3W8JA 18GSA 3D6IA 1QXHA 4K7OA 3VWXA 1YQ1A 1CQGA 2YWOA 5ECKB 5HR0A 3P90A 4YQMA 2L5OA 2QKEA 2IPAA 1AXDA 3H93A 4TRXA 4ILFA 4BVYA 3UVTA 1A2LA 1URMA 2P5RA 2WS2A 3ZTLA 2HRNA 4FYBA 4XHMA 4I8BA 1NSWA 4PURA 3HZ8A 2H73A 2VAFA 5ABRA 2PMTA 1JZOA 2WFCA 4IJIA 2GSSA 3U5RE 3CYNA 2CZ3A 1M7TA 5DQSA 3KMNA 2VCQA 4NMUA 2JSZA 2GQMA 1XW5A 4MABA 5ECNB 2IMKA 3F8UA 3WT1A 2DLXA 4WETA 1K3OA 4MJBA 2H75A 4V2MA 4FYCA 3C1RA 1RQMA 1WPIA 1R4WA 3UMAA 2FUG2 2IMIA 1X5EA 3FW2A 1O81A 3QFBC 2H72A 3GKNA 1HNAA 2H6YA 5GZZB 1Z6NA 5ID2B 1GNEA 2YWIA 1SKSB 1KBNA 1SK0A 5ENUA 3EINA 3NZNA 5B8BA 2YP6A 3F4SA 2LTKA 4MF7A 2FHEA 4IW9A 2LQQA 3GHAA 4WBRD 3I9V2 3BJ5A 2V1MA 3Q18A 4N11A 3CTFA 5B6MA 3O6TA 2B7JA 1OC9B 1N2AA 1JZDA 5FT3A 4DSQA 5G5FA 3NOFA 1A24A 3CSHA 3GSTA 1VGLA 3TKSA 4TR3A 2GZYA 3UARA 4DSSA 2PVOC 5A4VA 2YWNA 3V1WA 2NPBA 2HZEA 2H30A 20GSA 4MJCA 3M3MA 2XPDA 3FK8A 1GRXA 3TRPA 2LNSA 1GLQA 1B4PA 4FIWA 2FWGA 2P5QA 1GP1A 3R2QA 4BPYA 3QMXA 3P8WA 10GSA 4CHSA 3L4NA 4XRAA 4AJ7A 5KN2A 1YEXA 1U3AA 2MMZA 1TK5B 5J3RA 3A3TA 2ON7A 4MP4A 1SL0B 1FHEA 2PUKC 3PH9A 3KJYA 1MEKA 2H66A 3KH9A 3WD6A 6GSXA 3CMIA 1V40A 2JL4A 4WKWA 2CQ9A 4XRDA 4FYUA 4HDEA 5KN0A 1TDIA 3LFLA 4ZILA 2L59A 1IYIA 3CBUA 2X64A 3GSSA 12GSA 4PQIA 2B5YA 5AIXA 4N0VA 1A0FA 3N5OA 3LWAA 4JR4A 2R5GA 2DIYA 1ZYEA 1XPVA 4PQ1A 2WZ9A 1KNGA 1A2JA 3LXTA 5HR3A 3D4TA 4IVFA 2JU5A 2C3NA 1AQXA 1GULA 4MF5A 1SKRB 3HVXA 2B6MA 4F03A 4GQCA 5G5EA 3ERFA 1LBKA 3ZREA 4KSOA 1KEBA 1FW1A 5CREA 1R5AA 3VURA 2EC4A 4F82A 3EC3A 1H4OA 1DUGA 3SWLA 9GSSA 3UBLA 2CX3A 2VCXA 4ZBDA 4TVEA 5DBQA 4N30A 3WGXA 3DKSA 1JLWA 2H70A 1PQNA 1U87A 4O5RA 2XHFA 3APOA 1BEDA 3DD3A 7GSSA 2VL2A 4PXOA 6GSWA 5ELAA 4KE3A 3ZMKA 2F3MA 2R37A 4NV2A 3EMPA 1U3IA 5GSSA 1IYHA 1O8WA 2DMMA 4K0NA 4ECJA 4GLTA 2MBSA 2WULA 4IKHA 1O73A 2LV3A 3LEFA 5CRGA 3GKMA 3QFAC 1QK8A 1O7UA 1XWKA 1EGOA 2HT9A 2H0IA 1GWCA 2R2JA 1HNBA 2GTUA 1GUHA 1PX6A 3HD5A 5GSTA 3GYKA 3K8NA 2H01A 4OFTA 4X0XA 2B5XA 3HCZA 4PNFA 3IRAA 3A2WA 2VD1A 3DIEA 1PL2A 1EZKA 2REMA 3ISOA 1K0NA 1I5GA 3EMXA 4NHWA 2C0GA 2R3XA 1V2AA 3F3QA 1YKAA 4KX4A 5H5RA 4ML1A 2F9SA 2AYTA 2DJ2A 3P7XA 1NHOA 2F8FA 4POMA 3LYKA 3FZ5A 2C0DA 2OE0A 2ALBA 2B7KA 4DSSB 2K6VA 4ZL9A 3FZ4A 2HZEB 5JWQB 1DE1A 4XS1A 2VCVA 2LJRA 2I4AA 1BQ7A 1XCCA 2IJYA 3U6VA 1GSFA 3NIVA 3FYGA 2VL2C 4XCSA 3IPZA 2H1GA 2NVLA 3DRNA 17GSA 1XW9A 1TI3A 2I9HA 1A2MA 4MJEA 2WB9A 1NM3A 3IAS2 3G7IA 1BJXA 4EE0A 3TJFA 2V32A 5G1KA 1SYRA 2OA7A 1FG4A 1VF1A 3QAVA 2IL3A 2C0FA 2O85A 1M2DA 3VPQA 2VOCA 4OMVA 2YV7A 1TRWA 1B48A 5CO3A 1SJIA 1EWXA 5IPHA 2PBJA 2V6OA 1BAYA 3I43A 4HJ2A 3ZMLA 3FZAA 4WF4A 1KTEA 3DWVA 4V1Ag 3C71A 3KP8A 2XBQA 1M9BA 1G6YA 3HVVA 3IE3A 3KCMA 4HQSA 2WJUA 2CA8A 3GKXA 3DXBA 3FZ9A 5C00A 3LSZA 3LXZA 2DIZA 3L9UA 3WGEA 1YF0A 3GURA 4L0WA 2XC2A 4KDYA 2A4VA 1X9SB 2E2GA 3RBTA 4K1FA 3TRXA 2VM2A 2FWFA 2FGXA 2JACA 3ZZXA 4TW5A 1ML6A 1NHYA 2AAWA 1JFUA 2GSTA 4N10A 5A5KA 3WT2A 5KN1A 4YQVA 1K3YA 4KA0A 4IELA 3D0ZA 2L4CA 1FAAA 4ZXGA 2V6KA 4HUAA 3P2AA 4JU5A 5FHIA 2LRTA 2NTOA 3IXRA 2OADA 5CAXA 3TJGA 3KXOA 3RHBA 3F63A 2BJXA 1QFNA 5JCGA 2X8CA 5KEJA 5HQPA 2R6KA 1T4ZA 2X8HA 1M0UA 4MA9A 1ZZYA 1OKDA 2QGVA 4LMVA 2I3YA 1TP9A 5CRWA 1PSQA 2LJKA 3TKSE 2E0QA 4QQ7A 16GSA 2ZNMA 1TTZA 3L9SA 1DSBA 2YV9A 3FR6A 4CW9A 2WGRA 2KLXA 4MF6A 1F3AA 3L78A 4X1UA 5DVBA 3C73A 2JZRA 4J56E 4ID0A 1V58A 4D73A 4YAVA 1X9WB 3TOTA 2HFDA 2OE1A 5LNKe 1SL1B 1SD8A 5HFKA 4IS0A 5G31A 2GS3A 4FO5A 4O32A 4OWYA 4WXTA 1EV9A 3TKPA 1EOHA 3ZFBA 3APQA 3RPNA 4LL1B 3FR9A 1VF3A 1GSDA 3L9VA 1X0RA 4WEYA 3UVHA 4HOJA 2BTOT 3DYRA 3CRUA 1YDKA 1UVZA 2A2SA 1G0TA 4IQAA 2AV4A 3ERWA 2O8VB 4RI7A 3HVSA 4MZWA 1ABAA 1OKTA 4WR5A 1F6MC 1WJKA 1SJZA 2CVDA 4GSNA 5J4UA 2ON5A 4XIHA 2C3QA 2GLRA 3UOMA 4JRRA 5IMAA 4XTSA 5D96A 4PQHA 1W4VA 3IOSA 3BBYA 2WRTA 1TK0B 2LS5A 4HJMA 4WF5A 4E8EA 3CRTA 5HR1A 1BYEA 5ECRB 3KD0A 4H86A 2PWJA 1F9MA 4HU9A 3SBCA 2GT6A 1GTAA 1USBA 1FOVA 3F4TA 2X8GA 3GTUA 4JR6A 2KP2A 4TR4A 5ECHB 1WP0A 1G7OA 4HI7A 1JZRA 2G2QA 2IMEA 2GVPA 19GSA 3H4KA 2XBIA 4EVMA 3IA1A 2GSQA 3F6FA 2VLVA 1AW9A 4IBPA 3PINA 1QUWA 3RHCA 3GL3A 3DMLA 2AHEA 2O7KA 4L8EA 2C3TA 1NW2A 3GMFA 3BCIA 3HYPA 4NWYA 5CP1A 1OE8A 1T8EB 2JSYA 3H8QA 2CVKA 2L6CA 3TKSC 1S3AA 5KN3A 1U88A 4YQUA 1WE0A 1TJDA 4KB3A 2WDUA 4K2DA 4GRFA 3RPPA 1LU4A 4ZB8A 2DBCA 2RM5A 2B1KA 1SENA 5INYA 4Q5QA 1B9XC 1Q98A 3VLNA 3TCOA 3VI7A 3TJBA 3QCPA 1I9DA 4AGSA 3GV1A 2YZUA 1V98A 3HA9A 1ACVA 1Q4JA 3I6AA 2GQLA 3FKFA 5EY6A 3PR8A 2GZPA 3GUSA 4P3YB 1OYJA 11GSA 2VUPA 2EIRA 3J7Yk 3TKQA 2K9FA 5F05A 1AQWA 4WBJA 1OC8A 4MJAA 4MCUA 1T00A 2HZFA 2PVQA 3GRXA 5ECLB 1SL2B 1GL8A 4IQ1A 2DJ3A 6GSYA 3IHQA 1THXA 1TU8A 4MDCA 1XWAA 5D9XA 4KDXA 2RUFA 2M46A 1F3BA 2LEGA 2I81A 3QAGA 4KSMA 1YF1A 4KH7A 5A4UA 3H79A 2FLSA 3GH9A 2H1BA 3EU4A 2GZZA 2KUCA 4Q5NA 1BG5A 4IJ3A 6GSVA 4YH2A 2VL9A 1G6WA 3A5WA 1XVWA 1GH2A 3A2VA 4NV5A 5DJMA 1CQHA 3E0UA 2PGTA 4HQZA 3ZL5A 2L4QA 3W8SA 1AIUA 2H8LA 2YJ7A 3QOUA 3KTLA 1XWCA 3ZRDA 3GNJA 3JCML 4K7NA 5JCUA 4F2IA 4XS4A 3UAPA 3EYTA 3TDGA 4G10A 4K9ZA 5AIVA 2HLSA 5G30A 1QGVA 1SU9A 5EPFA 5IIZA 1QQ2A 5ECMB 4TN8A 4MZCA 4D73B 4ECIA 3UBKA 1T4YA 1V57A 3US3A 1FO5A 2YJHA 3AY8A 5COHA 4JZQA 2WCIA 5GAPD 2H0HA 1XFLA 4GWRA 1RK4A 5IPGA 2OBIA 1SYXA 1HD2A 1ZMAA 3KEBA 5DJLA 5DCGA 4OFNA 1T3BA 1OC3A 4F0CA 3IC4A 2OKAA 4ACSA 1Z7RA 2QSIA 1EOGA 5HFIA 1SJ6A 4K7IA 3DEXA 3QPMA 1AUCA 3FEUA 1X5DA 1GUMA 4PUAA 5JCWA 3HJOA 1E2YA 1PX7A 3ZYWA 2QC7A 1WRYA 2IIYA 4ECBA 1AC1A 2YPMA 1ST9A 3BCKA 3W6GA 2FA4A 4V2LA 1A23A 2HXKA 5ECPB 1SD9A 3F4RA 2F8AA 2XPEA 1WIKA 2DJ1A 3EVIA 3M9KA 3ZITA 4ZL8A 3WYWA 5G1LA 2C8UA 1Z3EA 4G9HA 2RM6A 1VF2A 2JADA 2YCDA 4YAPA 3HY2A 3KTBA 2CVBA 2TRCP 4EF0A 2CT6A 1K0CA 1R7HA 3GTUB 3HDCA 2NBSA 3GH6A 5LD0A 1TRVA 6GSUA 1PN9A 3I69A 3TUEA 5JWRB 3TB2A 4LL4B 5HR2A 1HNCA 2LSTA 4MMMA 1WWJA 1TRUA 4I2TA 4K0GA 2M80A 3LQ7A 3UL3A 3LG6A 2H0GA 3IK9A 4NXIA 3VWVA 2LRNA 4BWSA 3QDNA 2MBTA 2YOIA 3IDVA 1XWBA 3IK7A 4ECCA 1FB6A 4KW6A 1T1VA 1S3DA 1HYUA 3LORA 1GTIA 1J0FA 2HSHA 4ISDA 5D9TA 5GAND 3D21A 1MD3A 3FRCA 1A8YA 4LLRA 2R4VA 2IMDA 2H1DA 4ZB9A 4KNDA 2K8VA 4MZBA 1AQVA 3A2XA 3GX8A 4EKZA 2RLIA 4JBBA 2YWMA 3GN3A 1K0AA 2O89A 4TKYA 1YEPA 2P31A 4K6XA 1GNWA 5H5QA 3F9UA 3MWHA 2K18A 2H71A 1QMVA 6GSSA 3KGKA 4POKA 5IMFA 2VCWA 1PD21 5D8IA 2RUEA 2IN3A 2VO4A 3EE2A 1MDJA 1TOFA 2LUSA 4PUFC 1GSQA 3HKRA 2G0FA 1T7PB 1YY7A 5ECIB 2PN8A 4HU7A 2HI7A 2H19A 2AJQB 3QAWA 5CRDA 4MPFA 1GTBA 1XXUA 2GT5A 3ZIVA 1YZXA 4GF0A 4EDYA 3DVXA 4HEA2 4IP1A 2H6ZA 2P0GA 5A4WA 4TXOA 3HJPA 2GQKA 3KIJA 5JWOB 2VLUA 3HZ4A 3ED3A 2KP1A 3BOAA 1BX9A 1XW6A 1PL1A 6GSTA 1W89A 3D4MA 4DEJA 1JLVA 3TJJA 1XWGA 3ZIJA 4EUYA 1C72A 3E3EA 4PX1A 3CSIA 4GSTA 1TU7A 2YNXA 3M9JA 3ZVJD 1JZWA 1XOAA 1F2EA 1EP7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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