2DMMA

The solution structure of the second thioredoxin domain of human protein disulfide-isomerase a3
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
142
structure length
142
Chain Sequence
GSSGSSGFDGNLKRYLKSEPIPESNDGPVKVVVAENFDEIVNNENKDVLIEFYAPWCGHCKNLEPKYKELGEKLSKDPNIVIAKMDATANDVPSPYEVRGFPTIYFSPANKKLNPKKYEGGRELSDFISYLQREATSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The solution structure of the second thioredoxin domain of human Protein disulfide-isomerase A3
rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase A3
molecule tags Isomerase
source organism Homo sapiens
total genus 18
structure length 142
sequence length 142
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2006-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dmmA01
1EP7A 4POBA 3EU4A 3N9JA 3LGCA 4TW5A 3EWLA 2G0FA 3WT1A 1UA5A 1XOAA 3ZFLA 3UL3A 4FYCA 3P7XA 1MDJA 2I4AA 1LBKA 3IE3A 3TJJA 1PRXA 1XVWA 1JLWA 1A8LA 2EIRA 5JCUA 1XWGA 4HEA2 2QGVA 2DMMA 2C80A 5CRGA 5D9VA 4V2MA 3GSSA 2VL2C 3FKFA 1SJZA 5KN0A 1I9DA 3KM6A 3GH6A 4AJ8A 1K0MA 1NM3A 1JFUA 5F07A 2IFQA 4GTUA 6GSXA 3AY8A 1OVNA 1TXXA 2VLTA 2AB6A 4F0CA 3HYPA 2H6YA 4OD7A 2HLSA 1TW9A 5F0GA 1N2AA 2GLRA 3GYKA 4HJ2A 6GSTA 1RQMA 2OE1A 4ECJA 2FWEA 5GAPD 4K7OA 1JZWA 1M9BA 1EGRA 5IMFA 5IIZA 1WE0A 1JZRA 4OMVA 3J7Yb 1Y6EA 2H1AA 3E3EA 3JCML 3D6IA 3QPMA 3IV4A 2AUVA 3HA9A 4TXOA 1GSUA 5HQPA 2FY6A 1Z3EA 2H0HA 3W8SA 4RQXA 3QCPA 3A2WA 2AYTA 2QC7A 3LYKA 3TRPA 2P0GA 4JBBA 3KP9A 1X9WB 2MBTA 4MZBA 3DVWA 2MMOA 3HHVA 1T4ZA 3HVVA 2L59A 2PU9C 1WOUA 5JWOB 2P31A 1YEPA 4AF2A 4XS4A 4ZIJA 2H0GA 3IXRA 2H0IA 2IFQB 4KNDA 2VUPA 4L0WA 4PNFA 5IMDA 2B3SA 3OR5A 2RIIA 3KTLA 4GLTA 3LFLA 4WF5A 1AQVA 3MAKA 3HD5A 1AW9A 2MYGA 5JWQB 2WRTA 2VL2A 4K0NA 4YQUA 3CSIA 5D9XA 1EOGA 4MLYA 4CHSA 2N5FA 3TKPA 3DIEA 3PGTA 5IOXA 4DEJA 2O87A 5ECLB 3QFAC 2C3TA 3NIVA 1A2MA 4TXOB 1FVJA 3ZL5A 3D22A 4OFTA 1GTIA 3R2QA 3FHKA 1QFNA 1VF3A 1VGLA 1Y25A 2MZCA 4GSSA 3BD2A 2C0DA 4ML1A 4F0BA 5AIVA 2XPDA 1TP9A 3LORA 4ECBA 3U6VA 4FYBA 1WJKA 4K7IA 2X99A 2EIQA 4EDZA 4XS4B 1K0OA 3DGQA 2FHEA 4FH8A 2JU5A 2H71A 1SK2A 3MNGA 1F37A 4BPYA 5AGYA 2O85A 3EVIA 4RI6A 5EL8A 4Q5RA 19GSA 2JL4A 2R5GA 1K3LA 3GURA 1PKZA 5IOWA 3RAZA 4EF0A 3FZ5A 3N5OA 3RBTA 3ERFA 3EC3A 4H86A 4IKHA 3HDCA 6GSVA 3QDNA 2VM2A 2FWFA 3HJMA 4L8EA 1FB6A 3TJBA 1OC9B 5G5FA 2B7KA 4IVFA 1SL2B 3IAS2 3L9UA 12GSA 1K0BA 1GRXA 4ZBBA 2M46A 3KIJA 2WZ9A 4GSNA 3US3A 4HU9A 5H5SA 4ZB6A 2I81A 3QD9A 1SYXA 1SK1A 2LJAA 2M80A 3BCKA 4G2EA 1OE8A 4HS1A 4V1Ap 5IPHA 3VK9A 2PWJA 4I97A 4KUNA 1ZYQB 4TKYA 1V40A 2GTUA 1YY7A 5IM9A 3TJKA 5CAXA 1MD4A 4E8EA 2YPMA 2BJXA 1OKTA 1GSEA 5DJMA 5ELAA 3QAVA 4ZL7A 4KDXA 2YP6A 1EOHA 4Q5FA 1AQWA 1ZGNA 2NBSA 2L4CA 3QAGA 4GRFA 3ZZXA 1XBSA 1T4YA 4MABA 2RM5A 5CNWA 5CRWA 2OKAA 4QQ7A 3TDGA 3ZRDA 4BVYA 4KB3A 1FW1A 1M9AA 4O32A 3WD6A 2C0GA 4MPFA 3DVXA 3VURA 3ZFBA 4NMUA 3F4TA 3G7JA 1M7TA 3TKRA 2PN8A 14GSA 5IO2A 1MTCA 3GFKA 1OAZA 2I1UA 2DJKA 2EIOA 4MZCA 3GN3A 2F3MA 3ISOA 2RUEA 2XBQA 1N8JA 3ED3A 4K1FA 2HYXA 2LEGA 2LQOA 3IBHA 1XOBA 1Z6MA 5ECRB 3VPTA 4ZB8A 3GUSA 4NHZA 1TDIA 3PH9A 9GSSA 5D96A 2GT6A 3W8JA 2H19A 2VAFA 1NSWA 1R4WA 3BCIA 4Q5NA 2IMKA 2GZZA 3E0UA 3G7IA 4O7HA 3U5RE 5IMVA 5B7CA 1T3BA 2XBIA 3V1WA 1ZMAA 4QL7A 2YV7A 1GLQA 1A23A 2YWIA 4D73A 4KDUA 10GSA 1GTBA 3UMAA 4ZBDA 5ABRA 4HQSA 1E2YA 1T00A 2LSTA 1G7EA 4MZWA 1J08A 2NDOA 2GSQA 1SD9A 3A3TA 4X43A 4MJBA 4AJ7A 2VCWA 3KTBA 1DE1A 2KP1A 5JCWA 1T7PB 3DRNA 2EC4A 2LJRA 3TJFA 1AAZA 4TR3A 1WRYA 3FR9A 2ZUPA 4EO3A 1XIYA 1TRUA 4ZL8A 2JZSA 4IELA 3VI7A 4MF6A 1XW5A 2H74A 2NTOA 2N5AA 1NHOA 1PMTA 1M2AA 1JZDA 1U3AA 1TU8A 3IK9A 4JEDA 5GSSA 1HNCA 3H8QA 4V1Ag 5ECSA 5DALA 2FLSA 4WR5A 1HNAA 1GSDA 2VCVA 1RW1A 3APSA 3EE2A 1K0NA 2LKUA 4JE1A 1C72A 2VL3A 5HFIA 3LG6A 2E2MA 3IAM2 4D73B 1HNBA 3L4NA 3HXSA 4ULXA 3H1NA 4AJ6A 3I43A 4HUAA 3GSTA 1XZOA 4EVMA 2HRNA 3G7YA 5ID2A 3TGZA 4PUFC 3UJ1A 4O92A 4GQCA 3KP8A 4Z7XA 5HR2A 2H6XA 2LRTA 5ECQB 2AJQB 5J41A 4YAPA 2KLXA 2DBCA 4ISDA 1GSYA 2YN1A 5INYA 2DC5A 4OO5A 2I3YA 1EEMA 4RUVA 1YKAA 1U3IA 3LYPA 1OYJA 1U6TA 2IMIA 6GSWA 2VOCA 4LL4B 2FNOA 2CVBA 1PA3A 5LCZA 3W6GA 1SYRA 2F8AA 3QFBC 5FHIA 3GL5A 4O5RA 2ZNMA 3WGEA 2H01A 2O7KA 3GH9A 2FA8A 2YNXA 3GKKA 3IPZA 1QK8A 5DALB 3KH9A 5AN1A 4IGJA 4Q5QA 4HQZA 3ERWA 2WULA 3GHAA 2YOIA 2CAQA 4TRXA 2R6KA 1PQNA 4TR4A 5C04A 1F9MA 2IJYA 1ZYEA 2CVDA 3L9VA 1A8YA 2VD0A 2NPBA 3RHCA 2C8UA 4WETA 5ID2B 4NV2A 4RQRA 2B5YA 3HJOA 2L4QA 2MMAA 1FOVA 1Z7PA 4KAEA 4WF4A 1AQXA 4POLA 4K2DA 1B9YC 4BVXA 3CMIA 2A4VA 4HDEA 4IQ1A 2HZEA 1THXA 1SENA 4LA1A 1GTUA 3ZVJD 3QR6A 1XPVA 4ECIA 1K0AA 2PGTA 2L6CA 3UEMA 2X8CA 4I6XA 1SU9A 1K0CA 3DD3A 4ECCA 1B9XC 1X5EA 4L5LA 5IMZA 1SJIA 3CSJA 2V2GA 4YH2A 3UVHA 4MH3A 4TR1A 3EYTA 4XHMA 3H4KA 1FO5A 3TRXA 5KN2A 4N11A 2F8FA 3PINA 2YZUA 1YF0A 2Z9SA 1HYUA 4I8BA 3ME7A 2CZ3A 3F6DA 5ECMB 4K6XA 2QSIA 3UAPA 2C4JA 1TRWA 3TOTA 1PD21 1M0UA 4AGSA 2O8VB 2RUFA 5J5NA 3TJGA 2V6KA 4QL9A 5F05A 1I5GA 1EEJA 1K3OA 4PQIA 2GZYA 3VPQA 2CZ2A 20GSA 2HZEB 2WJUA 3HKRA 1NW2A 1GWCA 3C7MA 5IMAA 2E2GA 1TJDA 5DQSA 2D2ZA 2VCZA 1FVKA 2PUKC 3O6TA 3CTGA 3HVXA 3IRAA 1DUGA 4ACSA 2M72A 3GKMA 1TK5B 2C0EA 3NOFA 2H70A 4TR1B 2VLUA 4CDOA 2TRCP 4KA0A 4F2IA 1X5DA 2HZFA 1GULA 4IBPA 1OC8A 4K0GA 3LQ7A 3KH7A 3GA4A 5D9WA 1U87A 1FHEA 5ECOB 1A0FA 4WKWA 3FRCA 5EVOA 4XCSA 3F8UA 1F2EA 4KH7A 2H75A 1GSSA 2HSYA 5G5EA 3VFIA 1A2LA 4OO4A 4DSSA 3KGKA 1U88A 2GZPA 2VCQA 2MMZA 2C3NA 1TRSA 1V98A 5CYYA 1TKDB 4BWQA 1H75A 4MDCA 4PXOA 2OE0A 2RLIA 4ID0A 2RM6A 1AIUA 2WCIA 1VF1A 3FK8A 2V32A 2CAIA 5KEJA 4ZXGA 1BAYA 2GT5A 2L5LA 4POKA 5GAND 4LMVA 3NZNA 3VWUA 3SBCA 1BYEA 5IO0A 3KD0A 6GSUA 1QQ2A 2VLVA 4IJ3A 5DCHA 2GSSA 2FUG2 1X0RA 5G30A 1EP8A 2DLXA 3VWWA 1K3YA 2MBSA 3RPPA 3M3MA 2JSYA 1PL1A 3F3RA 4OFNA 1WMJA 1YZXA 4N30A 4F9ZA 4MPGA 3Q6OA 2K8SA 1BG5A 1ERVA 4BA7A 3EINA 4JU5A 4DSSB 3IHQA 5HR3A 4IN0A 3F63A 1YDKA 4FIWA 3KEBA 4E8HA 3A5WA 3VI5A 4NWYA 2TIRA 1TI3A 4PQ1A 1S3AA 1PX7A 4G19A 1ZCPA 1XFLA 1W89A 5EPFA 1KTEA 2B1LA 5LD0A 4MJCA 1SD8A 4XRAA 3C73A 1S3CA 3TKSC 4FYUA 1M2BA 5FT3A 2DIYA 3MWHA 4IP1A 5HFGA 2NVLA 2CX3A 4XRDA 1ZZYA 4LMWA 3ZIVA 3UBKA 3Q18A 4OCEA 4K7NA 2JADA 2YJ7A 1G6WA 4LL1B 6GSYA 2PMTA 1EV4A 3BBYA 1Z6NA 1URMA 5A4VA 1XWKA 4I2UA 3APOA 1TTZA 4CW9A 3S9FA 4OFMA 2YCDA 5D73A 4KE3A 1BX9A 5A5KA 1J0FA 3GX0A 2GVPA 3M9KA 3EU3A 4KCEA 5DJLA 4L0UA 1FAAA 2J23A 1KEBA 2E7PA 4WEYA 1FG4A 2YANA 4XS1A 5DQYA 1QXHA 2QKEA 1TRVA 3WGXA 1IYIA 1YJ6A 2VCXA 3GMFA 2OE3A 3C1RA 3CBUA 2OA7A 5ECNB 2WFCA 7GSSA 2K8VA 1MDIA 8GSSA 3M9JA 1TK8B 18GSA 2J9HA 3ZMLA 5KN3A 5HR1A 4EDYA 4KSMA 1A2JA 5CRDA 2IL3A 1SJ6A 2YZHA 2AV4A 4KDYA 3DEXA 3RPNA 3P2AA 4MJAA 5AIXA 5DAKA 2R2JA 5J3RA 5IPGA 3WYWA 4FO5A 3FZ4A 1MEKA 3TKSA 4I2TA 4WBRD 5D9TA 1R5AA 3DXBA 1ERWA 4F82A 1VF4A 2H72A 3BJ5A 1V2AA 2WB9A 3IK7A 1ERTA 2WDUA 2HFDA 3TCOA 3FR3A 1GUMA 1RK4A 4LLRA 2O89A 5HFKA 5LNKe 5J9BA 1O6JA 4MP4A 1GUHA 4XIHA 4ILFA 2GQLA 2FCHA 1KBNA 2VD1A 1SKRB 3P90A 3EMXA 4MMMA 22GSA 17GSA 2YWMA 4P3YB 1ML6A 5F06A 1TOFA 2B7JA 4JR6A 5DCGA 4EE0A 4JRRA 1PX6A 1DBYA 1XXUA 2GSRA 3HY2A 1TK0B 2L57A 5DAKB 2CVKA 1JHBA 5ECPB 3DWVA 4V2LA 2YWOA 1V57A 3FZ9A 1F3AA 1XWBA 2HSHA 2HT9A 2MMNA 4YQVA 2FGXA 3ZITA 4TR0A 3PR8A 1BEDA 1JZOA 3CSHA 3IA1A 3HZ8A 1S3DA 3HCZA 4HOJA 3GX8A 2JSZA 2TRXA 5ECIB 1XVQA 3D0ZA 3TKQA 2H76A 4MF7A 5D8IA 4HZ4A 4XTSA 2DJ2A 3A2VA 4KGIA 1Z5YE 2H1DA 3C8EA 2H30A 5CP1A 5DVBA 4ZBAA 3O3TA 4HZ2A 2B5XA 4EXJA 2ES7A 5ECHB 3VWVA 1YF1A 5J9CA 2IMDA 3DKSA 2L5OA 3SWLA 2BTOT 2C0FA 1X9MB 2GQKA 4PGTA 1G7OA 3DMLA 1EGOA 4OWYA 4MJEA 2AAWA 2B1KA 3F4RA 1IYHA 3DYRA 1ST9A 2IIYA 4NV5A 1UN2A 4GXZA 1TU7A 2N5BA 1GSQA 5ELGA 3KMNA 3WT2A 3D5JA 3ERGA 1O8XA 1ZOFA 4G10A 4J56E 3GTUA 3TRQA 3KCMA 2VCTA 2YV9A 3CTFA 2GSTA 1XWAA 3TKSE 3H93A 3TUEA 4IQAA 1O85A 4EC0A 3H79A 1AC1A 5ECKB 3BOAA 3F6FA 2DJ0A 2HXKA 3F9UA 4N0VA 3APQA 4PX1A 2E0QA 4MCUA 3O76A 1T1VA 3M1GA 5DDLA 3KXOA 1WIKA 4J2FA 4KSOA 4PNGA 2C1YA 1W4VA 2IPAA 4I5QA 3GIXA 1BQ7A 4HI7A 1XW9A 3CRTA 2K6VA 3GV1A 1WWJA 2X64A 5IQYA 5CREA 4TN8A 4NHWA 5KN1A 1HD2A 5G2ZA 4ML6A 4NAXA 4BL7A 2FWGA 4MK3A 1JLVA 3D4MA 16GSA 4WXTA 1O7UA 3GL3A 3GRXA 4WBJA 2GDRA 3GTUB 2FA4A 2KOKA 4GF0A 1WPIA 4BWSA 1BJXA 4N0ZA 2KHPA 4TVEA 2ALBA 1ERUA 5H5QA 3I9V2 5B8AA 4DSRA 2C3QA 1SKWB 2LS5A 1EWXA 1Q4JA 4HU7A 2IWTA 1A24A 1DE2A 5AISA 2XHFA 1HQOA 2IMFA 3LSZA 3KMOA 5E4WA 4IP6A 1B4PA 5E59A 2DIZA 3UOMA 2F51A 1TI1A 2BMXA 1OC9A 1O73A 2CX4A 5EY6A 1R7HA 4OCFA 4PQHA 2LQQA 2X8HA 3FYGA 1GP1A 3LXTA 2LNTA 3QAWA 3E9JB 1QGVA 5COHA 2R3XA 2PERA 3LJRA 1G0TA 5IMCA 2KUCA 3EURA 4YAVA 4TXVA 1PGTA 4GQFA 2DJ3A 3J7Yk 1PKWA 3CRUA 2H8LA 2DSAA 3FEUA 5DBQA 1ABAA 4RI7A 2K18A 1XWCA 2HE3A 4MH2A 3FZAA 1QMVA 1ON4A 11GSA 3M8NA 5CO3A 2VIMA 2H73A 3Q74A 5C00A 1GTAA 1THOA 2R37A 5FWGA 3M0FA 3HZ4A 3C1SA 1A0RP 3ZTLA 4EL1A 5G31A 1YKCA 13GSA 4KCAA 2YWNA 5D93A 2VM1A 2LJKA 2VO4A 2H1BA 3IR4A 4WR4A 2L6DA 2F9SA 4EKZA 1MD3A 3F0IA 1OKDA 3TOUA 2REMA 4ZILA 1MDKA 2R4VA 2V1MA 2HNLA 4GSTA 4MA9A 1J9BA 3RHBA 5JCGA 3KZQA 3VLNA 4TOPA 2G2QA 1SK0A 5B8BA 2GGTA 1OE7A 4XS6A 3VWXA 1Q98A 1X9SB 1V9WA 3IC4A 2PBJA 3CYNA 2IN3A 2OBIA 2V6OA 3A2XA 1SL0B 2CT6A 1SKSB 2CV4A 3QOUA 3CXGA 2OADA 1LJRA 3C71A 3L9SA 4V2NA 2LTKA 1XCCA 1G6YA 2IMEA 3ZREA 3LEFA 2V41A 3QMXA 4KX4A 3UVTA 4PUAA 2GQMA 1ACVA 1H4OA 4NXIA 1OC3A 4JR4A 1KNGA 1LU4A 1GUKA 3FR6A 3MSZA 2DJJA 5JWRB 3ZYWA 2HI7A 3MDKA 3UARA 3IOSA 2WS2A 2LV3A 2PVOC 4X1UA 2A2SA 1ILOA 4IHUA 2FD3A 3HVSA 5A4UA 3I6AA 3I69A 1DSBA 2JZTA 1AUCA 2FWHA 3HJPA 2ZCTA 2XC2A 1GH2A 3WGDA 1B48A 1X5CA 5ENUA 1PL2A 1Z7RA 3KJYA 1CQHA 2LUSA 3D21A 1QUWA 4EUYA 4L5OA 1WP0A 1B4QA 4IS0A 5A4WA 3K8NA 2AHEA 2H6ZA 2LRNA 1Z9HA 2B5EA 1GNWA 3ZMKA 1O8WA 1EV9A 3FY7A 1R26A 3P8WA 2B6MA 1GNEA 1ZL9A 2YJHA 2LRCA 1GLPA 5H5RA 1O81A 1PN9A 1T8EB 3GNJA 2CQ9A 2ON7A 2KP2A 2I9HA 2PPTA 1UC7A 4IJIA 4YQMA 5G1LA 1UVZA 3ZVJA 1SL1B 1YEXA 1B8XA 1YQ1A 4X0XA 3FW2A 4F03A 3F3QA 4G9HA 2JACA 2A2RA 1FB0A 3GKXA 2OBKA 2HRFA 2P5QA 3F4SA 3ZIJA 2OACA 2H66A 1EZKA 1F6MC 3L0HA 1F3BA 2H1GA 1NHYA 2DMLA 1M2DA 3L78A 1GL8A 4J57E 2K9FA 1AXDA 4DVCA 2CA8A 2ON5A 1GSFA 4GWRA 3ZLPA 3G9BA 4MF5A 2X8GA 2JZRA 5G1KA 1R5PA 3D4TA 1E6BA 3UBLA 3UIWA 1V58A 5GZZB 5GSTA 2WGRA 1USBA 1VRSD 4PURA 5L71A 5CRHA 4ZB9A 1K0DA 3LWAA 4GCIA 5B6NA 3EMPA 1PSQA 2GS3A 2OJLA 2DJ1A 4IW9A 6GSSA 1XW6A 4NPBA 3Q19A 3IDVA 1VF2A 2LNSA 3GKNA 4DSQA 2P5RA 2XPEA 5B6MA 1CQGA 4JZQA 3ME8A 3RDWA 4POMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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