4AJ6A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (reduced form).
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
104
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
total genus 36
structure length 104
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj6A00
6GSVA 2LRNA 3EC3A 4ZBAA 1Z6NA 2PWJA 5GSTA 3CRTA 4TR3A 4YAVA 5CREA 3HVVA 2I4AA 1F3AA 4XIHA 1OAZA 5A5KA 1OC3A 5ECSA 3LGCA 2VM2A 1OE8A 1WRYA 3HZ4A 1GUMA 4HU9A 5GZZB 1OKTA 4GQCA 3FYGA 3EURA 1SYXA 3EE2A 3HJPA 3ZVJD 5J3RA 4GCIA 3C8EA 1B4PA 4EDZA 5IMVA 2HSYA 2IFQB 1JLVA 2YZHA 1HD2A 1HNBA 1E2YA 1FG4A 5ELAA 2VL9A 1PN9A 4OFNA 3TJKA 4NXIA 5ECHB 2LQOA 5AGYA 3FR3A 19GSA 2CAIA 3P7XA 5CRHA 4ZILA 4BPYA 4G9HA 1F9MA 3HXSA 3ME7A 1PKZA 3ZIVA 2OADA 2J23A 1GSDA 1A2JA 4GF0A 2IMFA 1X5DA 4IBPA 4ILFA 1PQNA 5KN2A 2DIZA 3EMXA 4MABA 4MJCA 1LBKA 2VIMA 3TB2A 4MJEA 1TK8B 1XW6A 2PMTA 4MJBA 3EVIA 3RHBA 1I5GA 4KDXA 4PUFC 1XW9A 3IXRA 4HDEA 3FR9A 1IYHA 4DSQA 1G0TA 4GSNA 5AN1A 1XWBA 3D21A 1B4QA 2BTOT 5B7CA 2JZTA 3CTFA 3D22A 3EWLA 4ISDA 3GL3A 2QC7A 1USBA 4F03A 5DQYA 1KTEA 2E2GA 1S3AA 4BWSA 5F0GA 3F0IA 3VWXA 4O5RA 2YOIA 3RDWA 4AJ8A 1XVQA 3DYRA 2LS5A 2HLSA 1KBNA 4DSSB 3NIVA 4X0XA 2K8SA 4MH3A 1T8EB 3LORA 4FYUA 3A3TA 1GTUA 1QXHA 1YKAA 1OC9B 3I6AA 1Z3EA 3F4SA 4ZIJA 3DWVA 4D73A 1TOFA 5H5RA 5G2ZA 3F4TA 3IAS2 2P5RA 4TXOA 4J57E 4XS1A 3GH6A 3GN3A 2FWHA 3FHKA 4KNDA 3HY2A 3F3RA 1O73A 2P31A 2N5FA 4WR5A 1K0CA 1YY7A 5B8BA 1X0RA 2CX4A 3D0ZA 2L5OA 1BX9A 1JHBA 1Q4JA 4PQIA 3UBLA 3ZREA 3D5JA 3E0UA 4GWRA 2DBCA 2WJUA 2JACA 4Q5FA 3H93A 4I8BA 1Y6EA 1GULA 2DJ0A 5D73A 2HZFA 2C0DA 3ERWA 3CSHA 1XFLA 2M46A 2K8VA 2HT9A 1TP9A 2DIYA 4K6XA 1T4ZA 3ZYWA 2DLXA 4HUAA 2QGVA 3ERGA 2EIRA 2OBKA 3H8QA 4JR6A 1TW9A 2GTUA 3L9SA 1AQWA 3FK8A 2GZZA 4WR4A 4KE3A 2WZ9A 3CSIA 4KGIA 1Z6MA 3GIXA 1F2EA 2IFQA 2B1KA 3G7JA 2VD0A 4WKWA 1W4VA 4IJIA 1SK2A 2IIYA 2FA8A 1J0FA 1U88A 1GLPA 3UIWA 4TRXA 1THOA 2Z9SA 1XOBA 1AUCA 1HYUA 5GSSA 3WYWA 2H1BA 1PMTA 5G1KA 5CP1A 4QL7A 1SJZA 3FZ4A 2HYXA 1YDKA 2VCWA 1SD9A 4XRAA 5D96A 1TJDA 4HOJA 4XS4B 1YQ1A 4NMUA 5F05A 4AJ6A 4TOPA 1J9BA 2NVLA 5ENUA 2GQKA 4HI7A 4TKYA 3A5WA 1K3YA 3CXGA 4MA9A 4ECJA 4MH2A 1GNWA 1K3LA 2WGRA 3TGZA 3TCOA 5JWOB 3GUSA 2XPDA 1FW1A 3F8UA 2YANA 4RQXA 3MDKA 2HI7A 2VCQA 2H0HA 2R5GA 3KP8A 11GSA 3ISOA 1OYJA 2QKEA 5B8AA 1GSFA 4Z7XA 1W89A 6GSUA 3KCMA 1SJIA 4JRRA 4WETA 1BEDA 4E8HA 5ECPB 4KSMA 1TI1A 1B8XA 3GX8A 2N5AA 1R7HA 1GLQA 3APOA 3FW2A 1ERUA 1EV9A 3L4NA 2YJ7A 3IPZA 4MF7A 3C1RA 3Q19A 1QUWA 3UOMA 4EDYA 4MPGA 2IMEA 3NOFA 3FEUA 4K7OA 4ZXGA 3TKRA 1X9MB 1I9DA 3DIEA 3QAVA 2FA4A 2CVKA 1J08A 5ECKB 4OMVA 1CQGA 5ABRA 2DMLA 3VI5A 1T3BA 5J41A 1FB0A 1QGVA 4BWQA 4F9ZA 2WB9A 3G7IA 2MMOA 1K0OA 3LYPA 3QOUA 2X99A 3GYKA 4L5LA 3TJFA 3U6VA 2H01A 3F6DA 4GRFA 3G7YA 4KDUA 4ZB9A 3RPNA 4J2FA 3M9JA 5G5FA 4ECIA 2IJYA 4PXOA 2MBTA 1EP8A 2CAQA 1U87A 1VF3A 1DSBA 1UVZA 5HR2A 4E8EA 1G6YA 4D73B 3A2XA 3DVXA 4MCUA 3ZLPA 4IN0A 2C1YA 4IP1A 1ZOFA 4QQ7A 1PSQA 3EU4A 4TXOB 2LJKA 3NZNA 1DUGA 2H19A 1JZDA 14GSA 1SL1B 3GH9A 1EEJA 1ZL9A 1C72A 1O7UA 3M0FA 1WPIA 2VLTA 2LTKA 2JSZA 3P90A 2OE3A 1A24A 2GDRA 4KDYA 3KZQA 5A4WA 4TVEA 1ML6A 3Q18A 2FHEA 4ACSA 1TRUA 3GSTA 1X5EA 2HRFA 2YWNA 1WOUA 3HHVA 3KXOA 3P8WA 2BMXA 1GTIA 2CVDA 1G7OA 4KB3A 1WP0A 3BCIA 2ON7A 4L0UA 1M2DA 3ZRDA 5G30A 1GTBA 4K9ZA 3HVSA 1DE1A 3BCKA 4MLYA 1TRWA 2L4QA 3HVXA 3N5OA 1UA5A 4N30A 3BD2A 4ZBDA 3FZ9A 1JZRA 4O7HA 2FWEA 3ZVJA 4XS4A 2LV3A 4TR1A 5DAKB 4I2UA 2VLUA 4N11A 2OE1A 1BJXA 2P5QA 4K0NA 5DQSA 3CYNA 4PUAA 3RBTA 3LWAA 1FVJA 3HD5A 2VAFA 2IMIA 1GNEA 4ML6A 4O92A 5D9TA 5C00A 1SK1A 2KP1A 2H74A 2X8CA 5HFGA 2L4CA 5IPGA 2PVOC 2PVQA 5JCWA 2B1LA 1IYIA 1WWJA 4X1UA 1FB6A 3GSSA 1QFNA 1ERVA 3APQA 1TI3A 3HDCA 4N10A 4BL7A 3R2QA 4K7IA 1Z7PA 2FNOA 3L9UA 1ILOA 3APSA 3F3QA 3ZZXA 2V2GA 1YEPA 1O6JA 5B6MA 3UL3A 5F07A 2WFCA 3GKKA 5H5QA 3F63A 5IQYA 1F37A 4KCEA 5L71A 3KJYA 1YZXA 1VRSD 1OKDA 3UVHA 3K8NA 5D9VA 2GSQA 4WBRD 3VWVA 5HR0A 3TJJA 1TKDB 2X8HA 2HFDA 2HXKA 3ME8A 3TRQA 2HSHA 2ZCTA 1NSWA 2VOCA 2AYTA 4NAXA 2DJKA 2R37A 3GRXA 3A2VA 2GSSA 4EE0A 1EOGA 2YN1A 2H76A 4KUNA 5D9WA 2LNTA 1PGTA 3UJ1A 2VM1A 2MZCA 2JU5A 3TKQA 3CRUA 1TK0B 2R2JA 1ZMAA 5B6NA 3TKSE 2RM6A 4EL1A 2JL4A 1LJRA 3O6TA 1LU4A 3SBCA 5HFKA 1A8YA 1ON4A 3C73A 2LRCA 1EGOA 3GMFA 3IDVA 2ZNMA 2XPEA 3W8SA 2HZEA 1K0MA 4LMVA 1PX6A 2WCIA 3FY7A 3PGTA 1SD8A 5C04A 4N0ZA 2YP6A 2VD1A 3KIJA 3QFBC 3TJBA 5IOXA 2OKAA 1S3DA 1AIUA 1YKCA 1FHEA 2TRCP 1SENA 3TKSC 1U3IA 2F3MA 2VL2A 3PINA 5J9BA 4ECBA 1MDKA 1ERTA 4JEDA 3TOTA 1HNAA 5IO0A 3WD6A 3L0HA 1VGLA 4ZB6A 4TR0A 1F3BA 3CBUA 2H0IA 2L59A 2B7JA 4JZQA 5IPHA 1A8LA 3KP9A 1M2BA 2FD3A 4O32A 3UAPA 5HQPA 3VK9A 4XS6A 1OC8A 2F8AA 4FYCA 1SU9A 3DRNA 4H86A 2B5YA 5IMCA 3QPMA 2I3YA 4NWYA 1SKWB 4EVMA 3HJMA 1RW1A 2V6OA 4EKZA 1SK0A 4PNGA 2V1MA 1BAYA 3D6IA 3Q74A 2MMZA 3C71A 2K9FA 3GKMA 3IHQA 5IOWA 4BA7A 3QAWA 1CQHA 2MYGA 3KMOA 4KCAA 1EZKA 5DAKA 1AW9A 1OE7A 3LXZA 3LQ7A 1K3OA 4I97A 4GTUA 2NBSA 4NV5A 3FZ5A 6GSTA 5KEJA 3D4TA 4QL9A 1RK4A 4P3YB 5ECIB 4WBJA 1ACVA 2LJRA 1THXA 2VUPA 1AXDA 3PH9A 2PN8A 2AUVA 5FT3A 3KM6A 4F0CA 1V9WA 5EPFA 1VF1A 4IP6A 2F51A 1MEKA 3WGEA 13GSA 4PURA 2K18A 4V2LA 2LUSA 4WEYA 4HJMA 5ECNB 5AIXA 4GLTA 1YEXA 2VLVA 2KLXA 1YF0A 3A2WA 3US3A 1QK8A 1XWCA 3KGKA 2OJLA 4TR1B 3VWWA 4KX4A 2C3QA 1E6BA 3DEXA 5IIZA 2IL3A 4K7NA 4K1FA 5FWGA 1DE2A 4MDCA 4V1Ap 1GUHA 5D9XA 2L6CA 2LRTA 3MWHA 1XWGA 2C0EA 2F8FA 3H79A 1XW5A 3IE3A 1TU8A 1F6MC 2YCDA 1GSYA 3L9VA 6GSWA 4HJ2A 1SL2B 4EUYA 2ZUPA 4OCEA 2GLRA 4K2DA 2IN3A 1N8JA 4EF0A 3EMPA 4KSOA 1A2LA 1O8WA 4L0WA 5IMAA 3VFIA 5LNKe 3IC4A 3GFKA 3RPPA 4MF6A 3FKFA 1T7PB 4DEJA 4G10A 4ML1A 2VO4A 4CHSA 4GQFA 2AAWA 5IM9A 5CRWA 6GSSA 1XPVA 2HRNA 2CVBA 2VCXA 2GVPA 3LFLA 1XCCA 3DD3A 1MD3A 2I81A 3G9BA 4K8MA 2ES7A 2A2SA 3GHAA 1FO5A 3HA9A 2WULA 4LL4B 1AAZA 5JWQB 5A4UA 2GSTA 1PA3A 2H30A 1B48A 2ON5A 3C7MA 2MMNA 4NPBA 3KMNA 2PBJA 3O76A 1WJKA 2H1DA 1TRVA 2CZ3A 2CV4A 1FAAA 2BJXA 2M72A 2MMAA 4V2MA 2OE0A 2GZPA 4PGTA 1G6WA 2LSTA 2FCHA 1ABAA 3QD9A 1SJ6A 2XHFA 2DSAA 2KHPA 4CDOA 5HR3A 5CO3A 1BYEA 3UVTA 2H1GA 4MP4A 4Q5NA 4OD7A 1EP7A 3KD0A 2VCZA 4ZL9A 5ELGA 4YQUA 3TJGA 4G2EA 2YV9A 4XCSA 2JZSA 5D93A 3L78A 4YH2A 1G7EA 2HZEB 4TXVA 3ZIJA 3F6FA 9GSSA 5ID2A 3IOSA 1OVNA 4PQ1A 1KNGA 2GGTA 4J56E 3LXTA 5HR1A 1GP1A 3S9FA 2RM5A 2YZUA 4POKA 4POBA 2H6ZA 4ULXA 3KTBA 4FYBA 1ST9A 2H6YA 2YWOA 2H6XA 2PERA 4I5QA 6GSYA 3W8JA 4ZB8A 3N9JA 4HU7A 4NV2A 4AGSA 1GSSA 3IRAA 5F8BA 1MDIA 1V2AA 5IO2A 1A2MA 2YPMA 1M99A 1V58A 4F2IA 5F06A 1N2AA 1SKRB 1XBSA 3IBHA 3UARA 2K6VA 3HKRA 4TN8A 3H4KA 3F4RA 3TDGA 3FRCA 4F0BA 2CX3A 4YQVA 4MJAA 6GSXA 1PL2A 5KN1A 16GSA 2PPTA 1HQOA 5LCZA 2EC4A 2IMKA 2VCVA 2B5XA 1VF2A 1ZGNA 4OCFA 4FH8A 1KEBA 1O81A 2O8VB 2VCTA 2H0GA 1BG5A 2FY6A 4XRDA 4OFTA 1PX7A 3VI7A 2H73A 4KA0A 3LEFA 3M3MA 1FOVA 3M1GA 2KUCA 2P0GA 1PKWA 3TOUA 4G19A 4WF5A 3BOAA 4GXZA 2JZRA 1M2AA 2G2QA 4POMA 5EY6A 2PU9C 2R6KA 1R5AA 1ZYEA 3EINA 1K0NA 3KH7A 3O3TA 1MTCA 2GQMA 3IK7A 4HQZA 1MDJA 2RUFA 3E3EA 4TW5A 1GRXA 1R26A 2H71A 3ZFBA 1TXXA 2TIRA 4IHUA 4RQRA 4FO5A 4KW6A 4EO3A 2H1AA 2L6DA 3KEBA 1NM3A 4V2NA 3BJ5A 2M80A 1EV4A 1Z7RA 2RIIA 3MAKA 2PGTA 5DCHA 2E0QA 3HZ8A 1A0RP 4HS1A 1UN2A 1ZYQB 1SKSB 2GQLA 1H75A 2KOKA 1GL8A 1M9BA 4FIWA 3WGDA 2GS3A 5ECOB 4L8EA 3VPQA 1B9YC 2C3TA 4IELA 2FWGA 2J9HA 2NPBA 1YJ6A 1HNCA 2GSRA 5DDLA 2WRTA 3P2AA 1PD21 1U6TA 5ECMB 4PQHA 3CTGA 1GSEA 1SYRA 1ZCPA 2DMMA 4HZ4A 5COHA 3TKPA 2C8UA 4IW9A 1M7TA 1U3AA 3QFAC 2VL2C 5JCUA 1QMVA 20GSA 3QR6A 3W6GA 1NHYA 2A2RA 2EIOA 3GKNA 5ECQB 3I69A 4XHMA 4JE1A 4PX1A 4BVXA 4HEA2 2V32A 1YF1A 1DBYA 5AISA 1V98A 3QDNA 1PL1A 3M9KA 4BVYA 5JWRB 2DJ2A 2OBIA 2V6KA 1TRSA 2YJHA 5HFIA 2D2ZA 4PNFA 4ZBBA 4K0GA 3ZMKA 3CSJA 5KN0A 1RQMA 1R4WA 1XIYA 4ZL7A 4LA1A 5DJMA 1JZOA 5KN3A 3MSZA 2AB6A 5AIVA 4AJ7A 2N5BA 4IQ1A 3GX0A 4IJ3A 2AHEA 3GTUB 2HNLA 1EGRA 1JFUA 3OR5A 2QSIA 1SL0B 5IMFA 1K0DA 4WXTA 3FR6A 3BBYA 1WE0A 2LNSA 4Q5RA 2WDUA 3JCML 2G0FA 1NHOA 4IS0A 5CAXA 2YWIA 2DJJA 2B7KA 1PRXA 3ZITA 1TDIA 3AY8A 2GT5A 3GNJA 5ID2B 4GSSA 2V41A 3GV1A 3IA1A 5ECRB 1AQXA 5INYA 4L5OA 2WS2A 5DCGA 2I9HA 1XWKA 3F9UA 3MNGA 1S3CA 3TKSA 2C3NA 1Y25A 2MBSA 2PUKC 3U5RE 1V40A 4EC0A 5DALB 5G31A 2IWTA 3QCPA 2TRXA 1MD4A 2OA7A 5DJLA 2H66A 2C0FA 1QQ2A 2L57A 1TU7A 3I9V2 4MZCA 5GAPD 3I43A 4V1Ag 1JLWA 3VLNA 1XVWA 3VPTA 5J9CA 1BQ7A 2FUG2 2A4VA 3ZMLA 22GSA 1EWXA 1GUKA 2JSYA 2H8LA 3E9JB 1TTZA 4XTSA 1GWCA 1Q98A 3FZAA 2C80A 2LJAA 2H70A 2XC2A 1EEMA 3RHCA 4MMMA 3IV4A 3DGQA 5J4UA 1K0BA 3IR4A 2LEGA 1A0FA 4TR4A 4ID0A 2NTOA 2IPAA 4RI7A 3VWUA 2OACA 4POLA 4MPFA 5JCGA 5H5SA 2CT6A 1B9XC 2NDOA 3QAGA 2F9SA 4OWYA 3ZTLA 3M8NA 1GH2A 2FWFA 4DSRA 4MF5A 5G5EA 10GSA 1Z9HA 4OFMA 1T00A 1X9WB 2CZ2A 1UC7A 4I2TA 3TRPA 2X64A 1EOHA 5G1LA 2YV7A 3WT1A 8GSSA 1GSUA 3GL5A 3EU3A 4YQMA 2C0GA 4YAPA 2C4JA 2H72A 2XBIA 1JZWA 4AF2A 3H1NA 1H4OA 5IMDA 1URMA 4MK3A 3HYPA 1AQVA 3J7Yb 2E2MA 2AJQB 5E59A 3UMAA 4OO4A 5DVBA 17GSA 1ERWA 2DC5A 1TK5B 3KTLA 4DSSA 4IGJA 3HCZA 2CA8A 3UBKA 1GSQA 2O7KA 1X5CA 2RLIA 1OC9A 4HQSA 2EIQA 4LMWA 4CW9A 3J7Yk 3D4MA 3RAZA 3ZFLA 2GZYA 4EXJA 1A23A 3LYKA 1X9SB 1GTAA 2RUEA 3UEMA 2O85A 1M9AA 2H75A 3V1WA 18GSA 3PR8A 4LLRA 2E7PA 5CNWA 3C1SA 3LSZA 2YNXA 3VURA 2LKUA 5D8IA 2IMDA 4RUVA 3GTUA 2L5LA 5DBQA 3LJRA 4ZL8A 3EYTA 4NHZA 4N0VA 5ECLB 2FGXA 4DVCA 2O87A 1T4YA 1FVKA 5CYYA 5CRGA 5LD0A 2I1UA 5FHIA 4NHWA 3TUEA 4I6XA 1XOAA 3ERFA 4KAEA 4MZBA 2XBQA 4JU5A 5CRDA 3DMLA 2KP2A 3DVWA 4RI6A 2X8GA 2B3SA 2ALBA 3LG6A 2VL3A 3IK9A 5J5NA 1R5PA 3DKSA 1ZZYA 4MZWA 4Q5QA 4IQAA 3TRXA 4JR4A 5EVOA 2B6MA 5GAND 1XZOA 3GURA 1O8XA 2YWMA 2R3XA 4X43A 3WGXA 2AV4A 2HE3A 1NW2A 2B5EA 1AC1A 5DALA 4GSTA 3ZL5A 3DXBA 2DJ3A 2GT6A 3GKXA 4OO5A 2FLSA 3WT2A 5A4VA 2REMA 3GA4A 4F82A 3HJOA 2DJ1A 4ECCA 1WIKA 1O85A 2O89A 1K0AA 1Z5YE 1XXUA 3IAM2 1M0UA 3KH9A 4HZ2A 7GSSA 2R4VA 3CMIA 1T1VA 4JBBA 12GSA 3Q6OA 4KH7A 4LL1B 5E4WA 2JADA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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