3IRAA

The crystal structure of one domain of the conserved protein from methanosarcina mazei go1
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
172
structure length
172
Chain Sequence
b'AEPNRLIKEKSPYLLQHAYNPVDWYPWGEEAFEKARKENKPVFLSIGYSTCHWCHMMAHESFEDEEVAGLMNEAFVSIKVDREERPDIDNIYMTVCQIILGRGGWPLNIIMTPGKKPFFAGTYIPKNTRFNQIGMLELVPRIKEIWEQQHEEVLDSAEKITSTIQEMIKESS'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of one domain of the conserved protein from Methanosarcina mazei Go1
rcsb
molecule keywords Conserved protein
source organism Methanosarcina mazei
molecule tags Structural genomics, unknown function
total genus 50
structure length 172
sequence length 172
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03190 Thioredox_DsbH Protein of unknown function, DUF255
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3iraA00
2FCHA 2CQ9A 5FWGA 4IN0A 2NTOA 4HDEA 3G7JA 2H71A 3DRNA 1GULA 5DAKA 4MJCA 2B5XA 5GAPD 4HJMA 1EOGA 1GLPA 1DE2A 2I9HA 1XWAA 4HZ2A 3IDVA 5EY6A 5D73A 5JCGA 4KSOA 5ECSA 2RM6A 6GSTA 1BEDA 1S3DA 2R2JA 4NAXA 4Z7XA 2OBIA 4GLTA 1SK2A 1HYUA 1OC8A 3RPPA 4RQXA 3US3A 2DC5A 2QC7A 4QL9A 2TIRA 1PL2A 3F4TA 5IMDA 1T00A 2H8LA 3D21A 3KH9A 4EL1A 1EP8A 4X0XA 3NZNA 2WFCA 3DMLA 4NMUA 4RI6A 2D2ZA 4V1Ap 4PQ1A 3GL5A 3TKSA 10GSA 5D9TA 2VCWA 1DUGA 2IL3A 1X5CA 3I6AA 1GL8A 4N0VA 1X9WB 1M2DA 1F37A 4XTSA 4IJ3A 3DD3A 3ISOA 4AJ6A 2WB9A 1ERWA 4GF0A 1SKWB 1QMVA 3F6FA 5IO2A 4XCSA 1SD9A 3GSSA 1URMA 5G30A 1WMJA 4K0GA 3ZFLA 7GSSA 4NV2A 1SU9A 1C72A 4LL1B 3VWUA 6GSXA 3BCKA 1VRSD 5EVOA 4LLRA 2YNXA 5ECOB 3C71A 1X5EA 1K3LA 5J41A 4XS4A 4JU5A 4L0UA 1VGLA 3UL3A 5DBQA 3A5WA 5HR2A 5F0GA 4LA1A 3DKSA 3P90A 1GSYA 3ZRDA 4HUAA 4X1UA 5G2ZA 4PQIA 1IYIA 1PX7A 5DQSA 3IA1A 2CX3A 2FNOA 1YF0A 1PA3A 2GQKA 5ECLB 1SL0B 4JZQA 4HJ2A 4K0NA 1K0DA 4HQZA 1PGTA 3GHAA 1HD2A 3ZTLA 4FYUA 2EC4A 1QFNA 2JSZA 2C1YA 4NXIA 4O32A 5CNWA 1HQOA 2RUFA 1W89A 3F3RA 6GSUA 4IS0A 2RUEA 4IHUA 4WXTA 3CBUA 3F3QA 1RW1A 1FO5A 3APOA 3PGTA 1N8JA 1HNBA 4BWQA 1AQXA 3LSZA 3LGCA 4K8MA 4Q5FA 2PU9C 2FUG2 1TJDA 3H79A 3EVIA 5F05A 1AC1A 4TN8A 3EU4A 3WT1A 1H4OA 2PN8A 3UVHA 3KJYA 4ZB9A 2K9FA 2LRTA 3W8JA 1XWBA 2XC2A 1WP0A 1WWJA 1OKTA 3EE2A 1PSQA 1GTUA 2H1AA 3F63A 2X64A 1Z9HA 1PL1A 5AIXA 1M99A 4OFNA 2YWMA 5H5QA 4F03A 5DALB 2L6DA 3AY8A 4NHZA 3IV4A 3G9BA 2JSYA 5KN2A 2WDUA 4LMVA 3IXRA 1OE7A 1JZDA 3GRXA 4MCUA 1W4VA 3A2WA 3W6GA 1UA5A 3FY7A 2HRFA 1GRXA 1WJKA 1A24A 4POKA 1ERUA 4OO5A 2HYXA 3EWLA 4O5RA 1GSDA 2CVBA 3PR8A 2TRXA 1GUKA 3HJMA 1K3YA 1BAYA 3GKMA 5DJLA 3HJOA 2PVQA 2A4VA 4MPGA 3BJ5A 1T4ZA 1OAZA 2JADA 4BVXA 1PKZA 5GSTA 4TR4A 1FG4A 4YAVA 2C0DA 2GLRA 3RBTA 1YF1A 1R5AA 4F0CA 1T7PB 3FR3A 4PUFC 3UOMA 2OBKA 2O7KA 1J08A 3FZ5A 1M2AA 2WJUA 4I8BA 1S3AA 3MNGA 4GSSA 2H01A 2PWJA 4IP1A 2NVLA 1GNWA 2VAFA 4ZXGA 2OE3A 3Q74A 1B8XA 5L71A 2YJ7A 4F82A 1JZWA 5IMCA 3GYKA 5HFIA 4HU7A 2I1UA 3IBHA 5ABRA 3LFLA 1YEPA 5ECKB 4G9HA 4MLYA 1FAAA 2FA4A 4EDZA 2H6YA 4N10A 3F4RA 4K2DA 3DGQA 4PNFA 3KH7A 3VPTA 4MF7A 1XVWA 3L0HA 4ZBDA 5J4UA 1ST9A 2C0GA 3LWAA 4KUNA 5IOWA 2MZCA 3MWHA 1K0NA 5F8BA 3H93A 2QKEA 4JRRA 1NM3A 3F9UA 2G2QA 3PINA 1WE0A 1V58A 2F9SA 5IO0A 2JL4A 3DEXA 3UIWA 3LG6A 2LNSA 2X8GA 5KEJA 3F0IA 1ZMAA 1SYXA 4MJAA 3TB2A 3ZYWA 2R3XA 5DVBA 3LORA 2V32A 3I43A 3EINA 3HZ4A 2PPTA 5IPGA 2J9HA 1CQHA 3ZMKA 1B4PA 3UMAA 5ID2B 2B1KA 3SBCA 3VFIA 2LRNA 3D5JA 3FRCA 2VM1A 3EMXA 2OA7A 1R26A 2F51A 5C00A 3L9SA 1UVZA 2GSTA 1X9SB 1TK5B 3ED3A 1BJXA 4KW6A 4J57E 2C0FA 3ME8A 1UC7A 2K6VA 4TW5A 2VM2A 1PMTA 2YWOA 1UN2A 1B9YC 1XZOA 4OFTA 1GLQA 2LV3A 6GSWA 2I3YA 2KP1A 2F8AA 3TOUA 2OE1A 1MTCA 5IPHA 4ZL7A 3VK9A 1GTIA 5CO3A 3WYWA 2TRCP 4GCIA 5E4WA 4RUVA 5LNKe 4KA0A 2YCDA 1DE1A 3MAKA 4FIWA 2L5LA 3NIVA 3ZL5A 1YY7A 3EC3A 3TJFA 2H1DA 3BBYA 3UARA 2CAQA 2E7PA 1JZRA 3EYTA 1VF3A 1XXUA 2LNTA 1G6YA 3KIJA 2GSSA 2DSAA 1GUMA 2K8VA 5ECMB 2JZRA 2DMLA 1H75A 5JWQB 2GQLA 4F0BA 1M7TA 4ZL8A 3IHQA 2P5QA 2H0GA 1EV9A 1EV4A 4NPBA 2H6XA 3L78A 5F06A 4MJEA 1GP1A 2HSHA 4MZBA 3FZ4A 2DJ1A 3KM6A 2WZ9A 5ECHB 2AV4A 4ZIJA 1SK0A 3M8NA 2B3SA 1ZZYA 2CZ2A 2GSRA 2C80A 3HHVA 5DALA 1OC3A 3GV1A 2R5GA 3FR6A 5CRDA 4TOPA 2BJXA 1SL2B 4OCFA 2YPMA 1GTBA 3HY2A 1ERVA 4HU9A 1O6JA 5A5KA 1ZGNA 3D22A 2CV4A 2FWHA 2B7KA 3FYGA 5ELGA 3L9UA 4AF2A 1SENA 5HFKA 2RLIA 2YV9A 3IRAA 3ZVJD 2XPEA 3CYNA 3QD9A 3DVWA 2VL2C 1A0FA 1TXXA 3TJBA 1KEBA 5G5FA 1ML6A 2LJRA 3KD0A 2AYTA 5J5NA 1XOAA 1FOVA 4DVCA 3ZVJA 2PBJA 2GGTA 2I81A 4AGSA 3VPQA 4NHWA 2B5YA 3HDCA 2J23A 1BYEA 2P31A 4KDXA 3BCIA 5J9BA 4GRFA 4MZWA 1K0BA 1TU7A 11GSA 4EVMA 4LL4B 4DSSB 3C73A 17GSA 3LYPA 1K0OA 1J9BA 2MMAA 4Q5QA 2KHPA 5DCHA 1A2LA 3DIEA 4JR6A 2XBIA 5ECQB 3HJPA 4KCEA 1X0RA 1G6WA 3GTUB 2VIMA 2ALBA 2B5EA 1A8YA 3I69A 2AB6A 20GSA 3GL3A 2VCVA 3KTLA 1E6BA 2VD0A 5HQPA 3TJKA 3P2AA 1GSSA 4PQHA 3KP9A 3TDGA 5D96A 2EIOA 4LMWA 2ON5A 1EEJA 1KTEA 1NHYA 3H8QA 3G7IA 4ECCA 2CT6A 1EP7A 2MBSA 1TI3A 2VL3A 4ML1A 4KNDA 4HZ4A 2LQOA 2WULA 3DVXA 1HNAA 3LQ7A 1AW9A 1VF1A 2C3NA 2O85A 3SWLA 4POLA 1FB0A 8GSSA 5ID2A 2XHFA 2N5BA 1FW1A 4MMMA 5D9XA 2YZUA 2H1BA 4WR5A 4XRAA 18GSA 5IM9A 5B7CA 1SKRB 3GMFA 3IOSA 2PVOC 1MDKA 3QPMA 4ZB6A 3FKFA 3CSHA 3D4MA 3WGXA 3WT2A 5DCGA 1T4YA 5GSSA 2KUCA 3GH9A 2WRTA 4IQ1A 3VWVA 1G7EA 2LJKA 4EXJA 3VURA 4GSNA 5AGYA 3GIXA 4RQRA 4POBA 4IELA 1MD4A 1GH2A 2N5FA 3J7Yb 3GSTA 3R2QA 1ILOA 2K8SA 4EC0A 2B6MA 4EO3A 6GSSA 1G7OA 4OFMA 12GSA 2GS3A 3IPZA 2VLVA 1XFLA 3RHCA 4BA7A 1U88A 4HEA2 5CREA 3TJGA 2YN1A 3TKPA 4G10A 3FK8A 3IK9A 2AJQB 3IR4A 2GSQA 4CHSA 5COHA 3CTFA 2KLXA 2FLSA 2CAIA 3VWWA 3N5OA 2IMKA 1WPIA 5KN0A 2H0HA 4EKZA 4GSTA 4OWYA 3CSIA 3UAPA 3QFBC 2IJYA 4JE1A 2HRNA 1T3BA 2OJLA 2GT5A 4PURA 4GQCA 4KCAA 3J7Yk 5IMZA 3TRXA 3M0FA 4DEJA 1YZXA 3HVVA 5IMFA 5G1LA 4O7HA 4WBRD 1A0RP 4I5QA 5CYYA 1Y6EA 1JFUA 4O92A 1QGVA 4MA9A 4I97A 2JZTA 2CVKA 1XW6A 4N30A 1U87A 5J3RA 4EUYA 2DMMA 3U6VA 1BX9A 2DIYA 4K7IA 2HT9A 2GZYA 2C8UA 4GXZA 4MABA 3KMNA 4PX1A 2B1LA 5HR1A 1TKDB 2DJ2A 4MZCA 5ENUA 3ZFBA 2YWIA 3HZ8A 2M72A 1Z6NA 3VLNA 6GSYA 3QAWA 3CMIA 3M3MA 3M9KA 3FZ9A 3BD2A 4IKHA 3D4TA 4V1Ag 2VCTA 3Q6OA 4G19A 1PQNA 4ML6A 2FWGA 1PX6A 2Z9SA 5CAXA 1N2AA 1R5PA 2H75A 2WGRA 4IP6A 4TR0A 2IPAA 5ECPB 2ES7A 1GSQA 4YH2A 2IWTA 4DSSA 3RDWA 13GSA 2X8CA 4IBPA 2VO4A 1EOHA 5A4WA 1HNCA 2CZ3A 3GUSA 1BQ7A 1TRSA 5B6MA 2DJ0A 4EE0A 2HE3A 2F8FA 3TKRA 3HCZA 3QFAC 1E2YA 3ME7A 3CXGA 3GX0A 3GTUA 5E59A 2GTUA 4MF6A 2KP2A 1SD8A 1U3AA 1TTZA 1T8EB 1YJ6A 1VF4A 2L59A 4ECIA 2HZFA 1F3BA 3TKSE 1XOBA 3IK7A 4ECJA 3DYRA 2RM5A 4HI7A 3GKNA 1U3IA 2G0FA 3V1WA 2PUKC 4K6XA 2GZPA 3APQA 5IIZA 1LJRA 1ACVA 1RK4A 1I5GA 3KMOA 3FEUA 4WKWA 5H5RA 3Q18A 2V6OA 1BG5A 4J2FA 3CSJA 5KN1A 4NV5A 1KBNA 2FY6A 2IMFA 5FT3A 1O81A 1XWCA 2LUSA 3EMPA 3A2VA 2LSTA 5GAND 3APSA 3CRTA 4ACSA 2YZHA 4MH3A 5D8IA 2VL2A 5KN3A 4XS6A 4FO5A 3UJ1A 3LJRA 3U5RE 4HOJA 2X8HA 4K7OA 1THOA 4QQ7A 1PN9A 4V2MA 2YOIA 2H76A 3HKRA 4KAEA 2QGVA 3TJJA 4AJ7A 2EIQA 4KSMA 1V2AA 1ZL9A 2A2SA 3IAM2 4ISDA 5G5EA 1IYHA 3G7YA 1ZOFA 4CDOA 2H70A 5HFGA 4F2IA 3HXSA 1TW9A 1GTAA 3O76A 2GZZA 2H19A 3I9V2 1SJ6A 3QMXA 2EIRA 3NOFA 1TK8B 1GNEA 1LU4A 2DBCA 2DJJA 5AIVA 3W8SA 2IN3A 2YWNA 3KTBA 1JHBA 3ZIJA 3C7MA 2V6KA 1B48A 5IMAA 4PNGA 4EDYA 4L0WA 2N5AA 2LQQA 3F8UA 2JZSA 4BL7A 2LKUA 2P5RA 3QOUA 2ZUPA 3E9JB 5ECNB 1PD21 2HXKA 3IE3A 1QQ2A 1SJIA 2LEGA 2NBSA 1PKWA 4CW9A 2K18A 4RI7A 3TUEA 4IJIA 1S3CA 4ZB8A 4WR4A 3ZZXA 4X43A 2OE0A 3GURA 1QXHA 4OMVA 3M9JA 1QK8A 4KDYA 1TK0B 16GSA 5JWRB 4IGJA 1TRWA 3ZREA 2C3QA 3JCML 1T1VA 1XWKA 2MMZA 2IMIA 1Z6MA 2FWFA 3WGEA 3EU3A 4IQAA 4ECBA 4TVEA 1F6MC 3ERGA 2L6CA 2O89A 3GKKA 4H86A 1QUWA 1M2BA 1VF2A 2M80A 4HS1A 4I6XA 1G0TA 2IMEA 1X9MB 3HA9A 1XPVA 2CX4A 4TR1B 2VLTA 1YKCA 1XW5A 1M9BA 2V1MA 1DBYA 2YJHA 1TP9A 5IMVA 3FHKA 3QAGA 4IVFA 3L9VA 14GSA 1Y25A 4HQSA 3KZQA 5CRHA 1ABAA 2AHEA 5CRGA 4I2TA 2IFQB 1ON4A 2H72A 1AIUA 6GSVA 3ERFA 1SYRA 2KOKA 4ZBAA 9GSSA 2IMDA 3GX8A 1O8WA 4TXVA 2A2RA 2VLUA 4V2LA 3VI7A 2ZCTA 3TRPA 2LTKA 1AAZA 3O6TA 2O87A 2JU5A 5INYA 3KP8A 4MPFA 3DXBA 4TR3A 5IQYA 4AJ8A 2H66A 1K0CA 3HVSA 4POMA 3PH9A 1JLWA 2H0IA 1JLVA 5B8AA 1TDIA 1MD3A 1JZOA 4FYCA 1O73A 3WGDA 3C8EA 1V98A 1OC9B 1YDKA 3A2XA 2O8VB 3N9JA 2YANA 3MDKA 1FVJA 4TXOA 4IW9A 4XS1A 1MDJA 5EPFA 2REMA 3GFKA 2VCXA 3GN3A 1GUHA 4KH7A 1EGRA 2HZEB 3QAVA 3UBKA 2GDRA 1O85A 4WF5A 1V57A 3BOAA 4MF5A 1NW2A 2CA8A 1SK1A 4ID0A 2PGTA 1GWCA 3L4NA 3TKSC 2YP6A 2L5OA 2FA8A 2HNLA 1M0UA 4PUAA 4D73B 2OACA 5ELAA 5A4VA 3S9FA 1OKDA 2H74A 2MYGA 2ON7A 4NWYA 1AQWA 1FHEA 1OYJA 4OCEA 2M46A 4K1FA 2GQMA 1X5DA 4YQUA 2WCIA 2B7JA 5ECRB 1XCCA 3FR9A 5B6NA 5D9WA 5EL8A 1SJZA 4EF0A 4WETA 4ILFA 2VCZA 3TCOA 1USBA 4MP4A 4KGIA 5CRWA 3F6DA 2GVPA 2E2GA 1Q98A 1EWXA 2RIIA 3GH6A 2ZNMA 3LXTA 3HD5A 4E8HA 3KCMA 2DIZA 3E3EA 5DAKB 4MDCA 1K0AA 1XVQA 3UEMA 4YQMA 1Z5YE 5H5SA 1TI1A 2FD3A 3A3TA 4Q5RA 4GWRA 2C3TA 4QL7A 5D9VA 2DJKA 3UVTA 2VD1A 1WOUA 4E8EA 5JCWA 4Q5NA 2R6KA 2AAWA 3KEBA 2MMOA 1NHOA 1Z3EA 2L57A 1K0MA 3H1NA 3KXOA 4L8EA 1WIKA 4K7NA 1OE8A 2L4CA 2VL9A 2H1GA 2XPDA 5FHIA 1A8LA 4J56E 3O3TA 4MK3A 2LRCA 1PRXA 2DLXA 4JBBA 1AUCA 3ZITA 3P7XA 4TKYA 2VOCA 3TKQA 2MBTA 4I2UA 3E0UA 3HVXA 1WRYA 2HI7A 2L4QA 1V9WA 3ZLPA 5JWOB 1F3AA 4MH2A 5G1KA 5HR3A 4MJBA 2WS2A 5AN1A 1XBSA 3VWXA 1OVNA 2PERA 2OADA 1R4WA 4ZL9A 1A2JA 2HFDA 2E0QA 4V2NA 1CQGA 1FB6A 3MSZA 2XBQA 1B4QA 1FVKA 4PGTA 1XWGA 4JR4A 2H6ZA 5JCUA 1YEXA 3H4KA 1SKSB 3D6IA 1I9DA 4L5OA 1GSEA 5HR0A 4KX4A 3HYPA 4XIHA 4XS4B 2BTOT 1GSUA 3GKXA 1Z7RA 2QSIA 1XW9A 22GSA 2R4VA 5LCZA 3ERWA 4DSRA 4JEDA 1XIYA 1RQMA 1U6TA 4WEYA 2H30A 2DJ3A 5D93A 3RPNA 3FZAA 4TR1A 1B9XC 1YQ1A 4WF4A 4TXOB 5CP1A 1GSFA 2C0EA 2I4AA 3RHBA 1DSBA 1K3OA 2H73A 2FWEA 4XHMA 2R37A 3QDNA 4BVYA 2IFQA 3D0ZA 4F9ZA 1SL1B 1F9MA 5IOXA 3OR5A 4K9ZA 3ZMLA 5DJMA 5DDLA 3CRUA 1THXA 3LYKA 4ZILA 3Q19A 1V40A 3FW2A 1Q4JA 1M9AA 1MEKA 2VCQA 3RAZA 2VUPA 2LS5A 4N0ZA 2YV7A 5B8BA 4OD7A 4KE3A 2V2GA 4N11A 3TOTA 5G31A 3ZIVA 3DWVA 4DSQA 2FGXA 3IAS2 4OO4A 1EGOA 4XRDA 2CVDA 3M1GA 5GZZB 2NPBA 1ERTA 4ZBBA 1EZKA 1TRVA 4L5LA 3QCPA 5A4UA 5C04A 1A2MA 2FHEA 2P0GA 1AXDA 1NSWA 1OC9A 4TRXA 2JACA 1ZYEA 2E2MA 2MMNA 3K8NA 2IIYA 4FYBA 4FH8A 4KB3A 5AISA 4PXOA 2V41A 3F4SA 1F2EA 2AUVA 2GT6A 3GNJA 1ZYQB 1TRUA 1ZCPA 1O7UA 1J0FA 3KGKA 1MDIA 1R7HA 2HZEA 3LEFA 2OKAA 4G2EA 2NDOA 3EURA 4ULXA 4YQVA 2HSYA 3TRQA 3TGZA 1A23A 3P8WA 4GQFA 1EEMA 4YAPA 3VI5A 3CTGA 3IC4A 4D73A 5LD0A 2F3MA 4P3YB 3UBLA 1TOFA 2LJAA 3QR6A 5F07A 1Z7PA 1TU8A 4BWSA 3GA4A 3WD6A 1O8XA 3C1RA 2PMTA 5DQYA 4KDUA 2X99A 5J9CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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