1JFUA

Crystal structure of the soluble domain of tlpa from bradyrhizobium japonicum
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
176
structure length
176
Chain Sequence
TGDPACRAAVATAQKIAPLAHGEVAALTMASAPLKLPDLAFEDADGKPKKLSDFRGKTLLVNLWATWCVPCRKEMPALDELQGKLSGPNFEVVAINIDTRDPEKPKTFLKEANLTRLGYFNDQKAKVFQDLKAIGRALGMPTSVLVDPQGCEIATIAGPAEWASEDALKLIRAATG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the soluble domain of a membrane-anchored thioredoxin-like protein from Bradyrhizobium japonicum reveals unusual properties.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Bradyrhizobium japonicum
molecule keywords THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN TLPA
total genus 50
structure length 176
sequence length 176
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1jfuA00
3WT1A 4IVFA 1GSQA 4J56E 3LQ7A 4G9HA 4K7IA 4F2IA 3GSTA 3Q19A 3FZ9A 3L9VA 4XCSA 3UMAA 3C1SA 3BCIA 2H75A 2XPDA 1PN9A 1EV9A 1PSQA 4TRXA 1K0NA 3KP9A 2AYTA 1MD4A 1TKDB 3RBTA 3IE3A 5ECLB 1FW1A 3ZIJA 3BCKA 6GSXA 2FUG2 5J9BA 4MA9A 3CTGA 3QFBC 4KE3A 3GNJA 4IGJA 4IW9A 4WKWA 1MD3A 2FWGA 3EINA 5IMCA 2OBIA 1GSUA 3DWVA 2LQQA 4IN0A 3E9JB 4HU7A 1SK0A 3DMLA 4GSTA 4TR3A 3GTUB 4OWYA 1NSWA 2YN1A 4LL4B 3QD9A 4PX1A 4V2LA 2DBCA 1T4ZA 4BPYA 2FGXA 2ZUPA 3LORA 3M0FA 3LWAA 2P5QA 2NDOA 2VM1A 2CVDA 3BOAA 3HCZA 4LMVA 1UVZA 4TR1A 1PX7A 4CDOA 6GSUA 2VAFA 2XC2A 5IPGA 6GSSA 2MYGA 4K0GA 4MK3A 3ZVJD 4GSNA 2AAWA 3UJ1A 3UEMA 3F6FA 4YQVA 3PR8A 4X43A 3EVIA 2LJRA 1Z6NA 4GCIA 1K0CA 2NVLA 1SJZA 1G6YA 1N8JA 1M2BA 5IPHA 3ZRDA 5IM9A 1Z7RA 4NXIA 4LLRA 1VF3A 4I5QA 4TKYA 2L4CA 2FCHA 3VWXA 3P7XA 1PKZA 1GTAA 1O7UA 2OE0A 1LJRA 1T00A 2KP2A 4N11A 3FR3A 2CX4A 1Z9HA 3IHQA 1FAAA 4I97A 2EC4A 4HS1A 1B4PA 2VCVA 2QKEA 3HXSA 1V58A 3ED3A 2BJXA 2NBSA 2GQLA 1ZYEA 5G30A 2H8LA 2X64A 5CAXA 1OC8A 2F8FA 1NM3A 1U87A 1FG4A 4MJAA 5DALB 4EUYA 1WRYA 3TKSA 3G7YA 5ABRA 4O32A 4OFMA 1GP1A 2RM6A 2FA4A 1SK1A 3HJMA 5AIXA 1KNGA 1A0FA 1WOUA 5C04A 3FZ4A 2F51A 1MDIA 4JBBA 1G6WA 5ENUA 2OE3A 1XPVA 4GQCA 9GSSA 7GSSA 5ECNB 1X0RA 1SL2B 3HDCA 5D73A 4V2MA 3BD2A 5DCGA 3ZLPA 2TRXA 4ILFA 2O85A 2YCDA 4RI7A 1YF1A 2WZ9A 3KIJA 1A0RP 4KCEA 1UA5A 3M8NA 1SU9A 4HUAA 3UBLA 4GWRA 1YDKA 3GKNA 2IIYA 3F3RA 1HQOA 4OD7A 3KTBA 3FK8A 1A2JA 2LKUA 1H75A 1O8WA 3VI7A 3D0ZA 4F9ZA 1DSBA 5FHIA 1PRXA 1TJDA 4MABA 4EL1A 2HFDA 4MF5A 4PNGA 5B8BA 4E8EA 1S3AA 3TRXA 4BVYA 3I9V2 5D8IA 4POBA 1O81A 1EGRA 1UC7A 1YKCA 3TKSC 3GA4A 5B6NA 3UVTA 2LNTA 2H1DA 4ISDA 1GUHA 2LQOA 2HZEA 2DJKA 2YZUA 1ZL9A 3FHKA 1RQMA 4N0VA 1B9XC 2XPEA 4I2UA 2YJ7A 1CQHA 2H76A 2YWOA 3L9UA 3QAVA 3A2WA 2LJKA 2E2MA 3IK7A 4QQ7A 2C0DA 2AB6A 3L9SA 1AIUA 2C1YA 3F9UA 1TTZA 1WIKA 3PH9A 5FT3A 2DJ1A 3M9KA 5G31A 2C8UA 1BYEA 2M72A 3ZIVA 2MBSA 1PQNA 2DSAA 3DXBA 2K8VA 4TR1B 4K7NA 5LCZA 2GSRA 3CMIA 2MMAA 2YANA 3O3TA 3Q18A 3TKSE 4EKZA 4HEA2 3GKMA 10GSA 1XWKA 3E0UA 2CZ3A 1SKWB 3KD0A 3FR9A 3IAM2 1SENA 2CT6A 1GSDA 5DJMA 2M46A 3GH6A 5ECMB 2M80A 1XIYA 2WFCA 1J08A 5LD0A 1S3DA 3DYRA 2OADA 5DDLA 4KW6A 4WXTA 4QL9A 5D96A 5DAKA 3O76A 2HE3A 3E3EA 4YAPA 4ID0A 3BJ5A 2PWJA 3QFAC 2P0GA 4LMWA 1OKTA 1ERTA 1USBA 5KN2A 3RHBA 3NZNA 4OCEA 5E59A 1DBYA 2C3TA 5CO3A 3TOUA 2LS5A 4V1Ag 3NIVA 2CX3A 4ML6A 3ZZXA 1OVNA 2AV4A 2B7KA 4WBJA 1XWGA 1ZZYA 2JZRA 5CYYA 3UIWA 2VO4A 2ON5A 1ACVA 2KOKA 3CRUA 2GSSA 4MLYA 3WD6A 1W4VA 4GXZA 5CRHA 1ZYQB 1Q98A 5JCGA 3VPTA 1S3CA 1EZKA 1PKWA 4HU9A 5KN1A 4TXVA 2YWNA 4BWSA 3TCOA 2HRFA 4KSMA 13GSA 4K8MA 2JZTA 4ZL8A 5B8AA 1DE2A 1OC3A 3VWWA 3P2AA 5CP1A 3FRCA 5KN0A 4KX4A 4IQAA 5F07A 2QGVA 1QGVA 4MJBA 5GSTA 2OA7A 3VLNA 1SKRB 4JR6A 2L6DA 3H79A 1B48A 2LRCA 3IK9A 4Q5NA 1MDKA 3DD3A 2CAIA 2IWTA 6GSWA 1OE7A 1QK8A 2FA8A 2IFQA 1MEKA 2R37A 3F63A 4KDUA 3EE2A 2CVBA 3TJKA 5LNKe 4ECCA 2TIRA 4FH8A 2C3QA 1M0UA 4K1FA 4EDZA 1SL0B 2EIOA 2L5OA 1ERVA 2HZEB 1QXHA 2L57A 4KA0A 4IELA 2IJYA 1OC9A 4KDXA 4CHSA 2B7JA 1XBSA 3DIEA 2PMTA 5HQPA 3KJYA 2J23A 2CAQA 2JZSA 1NHYA 3P90A 1B8XA 22GSA 1TRWA 1QUWA 5E4WA 1UN2A 4Q5FA 1T7PB 1Z3EA 4RI6A 5ECKB 5GAPD 1V2AA 4XS4A 2GLRA 2H19A 1TW9A 1Z5YE 2X99A 2PUKC 2HSHA 4KGIA 4KUNA 4Q5RA 3ERFA 3KH9A 3GURA 2F9SA 3AY8A 3ZITA 4EVMA 4K7OA 2FWEA 2BTOT 3APOA 2K6VA 3ERWA 5ECRB 1K0MA 1X5CA 2LEGA 2GSQA 4EE0A 4MF7A 4GF0A 3BBYA 1U6TA 1GLPA 1PGTA 1YJ6A 1XWBA 4I6XA 4TXOA 1XWAA 1A8YA 4IJ3A 4POKA 5EY6A 3RAZA 5DQSA 2Z9SA 2YWMA 3FZ5A 2JL4A 5DAKB 1ZCPA 1M2DA 2DIYA 3CYNA 2ZCTA 3DVXA 4ZIJA 2OKAA 2IPAA 4WBRD 3CBUA 1GTUA 1PL2A 3FZAA 5HR3A 5J4UA 1ZMAA 3RHCA 2GZYA 1GSYA 4HI7A 1Z6MA 3CSHA 2IMKA 4I2TA 3ZVJA 2WS2A 3IPZA 5L71A 2B6MA 1EEJA 1SJIA 1U88A 4IS0A 2MMOA 4AJ8A 5G5EA 3W6GA 1PD21 1JZRA 3FY7A 4HQZA 4PUAA 2GQMA 1T3BA 5IMDA 2H73A 3CRTA 3UVHA 1YEXA 5G2ZA 5DJLA 4NHZA 2FLSA 1K0BA 2R2JA 4TN8A 3IRAA 5B7CA 1SYRA 4PXOA 2PGTA 1FB0A 4PQ1A 3PINA 1ZOFA 2C3NA 4BVXA 2F8AA 3TGZA 1SYXA 4V1Ap 4ZBBA 1LBKA 2N5FA 1YZXA 1K3LA 1FOVA 4X0XA 2NTOA 2H66A 1AAZA 4PNFA 5H5SA 1G7OA 2LNSA 3TJJA 2E7PA 3GL3A 11GSA 3VURA 1KTEA 4DSSB 3ERGA 2IFQB 1J9BA 5IMAA 3GFKA 2H74A 2PVOC 1EP7A 1VF4A 2WDUA 4J57E 4E8HA 2A2SA 4IKHA 1HD2A 5ECPB 2PERA 3VK9A 1GNEA 1EGOA 2GSTA 4WF5A 1CQGA 2B3SA 2G0FA 5CREA 2HI7A 2YOIA 2AHEA 1X5DA 1YY7A 2KLXA 5GSSA 2HNLA 2R5GA 1M2AA 1OC9B 4JRRA 3R2QA 3A2VA 2C0EA 3TJGA 1TI3A 4OCFA 2VCWA 2HXKA 4ZB8A 3GHAA 1F9MA 3WT2A 2TRCP 4XS4B 1YF0A 4PQHA 3IBHA 4DSRA 2H6YA 5DBQA 4PURA 4TVEA 3HZ4A 3QAWA 2QSIA 2B5YA 1Y25A 2GVPA 2H01A 3TRQA 4BWQA 2O87A 4MCUA 4IBPA 4HQSA 5HR0A 2V41A 2F3MA 1I5GA 4TXOB 3ZFLA 3J7Yb 2L6CA 2XBQA 1MTCA 4H86A 4RQXA 4PQIA 2WGRA 3CSJA 2GZZA 3KCMA 3GV1A 5INYA 1VGLA 8GSSA 5ID2A 4ML1A 5J3RA 2WB9A 2B5EA 2H0IA 3KMNA 4KCAA 3HKRA 3WGXA 2CQ9A 4N10A 3D5JA 3GL5A 3C7MA 4ACSA 1R26A 1XZOA 4PGTA 3GN3A 1EV4A 3PGTA 3H8QA 5B6MA 3C8EA 4NV2A 1R7HA 2X8GA 2DJ2A 1JLWA 1NHOA 2GDRA 2DLXA 2VD0A 5H5QA 2K18A 1QQ2A 3HJPA 2FNOA 4PUFC 1RK4A 4FYCA 1O8XA 1HYUA 2C80A 3DKSA 3TJBA 4JR4A 1TRUA 3KZQA 4F0BA 2L5LA 2VL3A 1DE1A 2VLVA 5CNWA 2LUSA 4HZ4A 1OKDA 1VF2A 3D21A 3S9FA 1LU4A 4KNDA 2FWHA 5IO0A 4FYBA 4D73A 3DVWA 1ABAA 1SKSB 3TKQA 5A4UA 1ML6A 1EWXA 1X9SB 1XFLA 1QMVA 3M3MA 1TDIA 1PL1A 4O5RA 2OJLA 3P8WA 4NPBA 5IIZA 2DMMA 2V2GA 2GQKA 2NPBA 4GSSA 2V6KA 19GSA 1G0TA 3TB2A 3IOSA 1ERWA 1Y6EA 3LG6A 1TK5B 3I6AA 2KUCA 5IOWA 4RUVA 1JLVA 3TUEA 4N0ZA 3L4NA 1GSSA 2IN3A 2DJ3A 5DQYA 4DSQA 2H70A 1XW5A 2VD1A 1PMTA 1FHEA 1E2YA 2A2RA 3OR5A 1GUMA 4IQ1A 4IP6A 3LYKA 1URMA 3A2XA 1GSEA 5JCWA 1AQXA 5ECOB 3ZMKA 2VIMA 1K3YA 4F03A 1SD9A 2X8CA 4AJ7A 2DC5A 1C72A 2FD3A 1OE8A 3KGKA 1XW6A 3G7IA 4WEYA 5ECIB 5IQYA 4MH2A 3HD5A 4ZBDA 1V40A 1A2MA 4MJEA 4HZ2A 2HZFA 2JACA 1TU8A 4KB3A 1XWCA 2C0FA 4XS6A 1XOAA 1ERUA 1GNWA 4HJMA 1A24A 4DSSA 3V1WA 3G7JA 3KTLA 2I4AA 5ELGA 2DMLA 5CRDA 2LJAA 3KXOA 1AW9A 2O8VB 4JU5A 5IMVA 1K3OA 1F3AA 3ISOA 2N5AA 5IO2A 1T8EB 1GUKA 5ELAA 3RPNA 5A4WA 2GTUA 2XHFA 1WE0A 5A5KA 3GSSA 1HNCA 5DVBA 1K0AA 1AXDA 2QC7A 5F0GA 1BG5A 1O85A 5C00A 5CRWA 5ID2B 2LRNA 2PPTA 1DUGA 3GH9A 1J0FA 3ME8A 3U6VA 4OFTA 1JZDA 5CRGA 5JWQB 2B1LA 1I9DA 3IR4A 4YQUA 4MZWA 1MDJA 1U3AA 1Q4JA 1TP9A 1THOA 1WPIA 12GSA 3HY2A 1ST9A 2KP1A 4N30A 4FIWA 5HR1A 4OMVA 4WETA 4WR4A 2O89A 1AUCA 3M9JA 3L78A 2MMZA 2PU9C 5G5FA 3DGQA 1M9AA 1A2LA 3FKFA 1EOHA 2PN8A 2GZPA 4IHUA 3F4TA 3M1GA 3CTFA 3RPPA 1FVKA 2YPMA 3KM6A 18GSA 1G7EA 3U5RE 1E6BA 4L5LA 2VLUA 3F6DA 1SJ6A 2WCIA 1TI1A 4LA1A 3EMXA 3ZMLA 1GWCA 2LRTA 2VCQA 4D73B 4JZQA 1EEMA 17GSA 4EXJA 2E0QA 3IXRA 4NMUA 5J5NA 2RLIA 3N5OA 4MPFA 4AGSA 1TXXA 20GSA 4ECBA 5AISA 3WGDA 2JU5A 3GX8A 3MWHA 2YV7A 5ECHB 2R6KA 3VI5A 1WWJA 4IJIA 1IYHA 1WP0A 4G2EA 4XRDA 1F37A 4X1UA 1BAYA 1JFUA 3US3A 2V32A 3VWUA 3C71A 3TKRA 1IYIA 4AF2A 3ZTLA 4O92A 1H4OA 1M9BA 5COHA 2N5BA 3D4MA 2I1UA 4XTSA 2BMXA 2EIQA 1X9WB 4NWYA 2ALBA 2H30A 2H72A 3I69A 3UOMA 4MMMA 3G9BA 1BX9A 4DEJA 3LXTA 3D22A 1Z7PA 1SK2A 4F82A 2ZNMA 3L0HA 4KH7A 4WF4A 1O6JA 4ZXGA 1F6MC 2HLSA 2H6ZA 4K6XA 5G1KA 2IMDA 4GQFA 3LFLA 2L59A 2H71A 1XVQA 1EOGA 1GTBA 3A5WA 2G2QA 6GSVA 5AN1A 2K9FA 3GMFA 2H1GA 4LL1B 3IAS2 4FYUA 5H5RA 2I9HA 1W89A 2VL9A 3DRNA 1TU7A 3UAPA 4BL7A 3FYGA 5J41A 1WMJA 2DIZA 3UL3A 4KDYA 3F3QA 3KEBA 3H1NA 2CVKA 4AJ6A 4POLA 1SL1B 1NW2A 2VCXA 2IMFA 4I8BA 2H6XA 3F8UA 3EU4A 1XXUA 5F8BA 3HYPA 4O7HA 3I43A 2KHPA 4GTUA 2JADA 6GSTA 2RM5A 3GUSA 4MF6A 5AGYA 2YNXA 3LXZA 3LGCA 4ZL7A 2B1KA 2HRNA 1WJKA 2AJQB 2MZCA 2YZHA 2ON7A 6GSYA 2LTKA 2C4JA 4NHWA 3FW2A 2B5XA 2PBJA 2IL3A 3RDWA 1VRSD 3HZ8A 3IA1A 4Z7XA 4NV5A 4ZB9A 5JWOB 3VWVA 2PVQA 3J7Yk 3MAKA 2J9HA 3SBCA 3A3TA 5HFKA 2VM2A 1BJXA 1XVWA 2VOCA 2AUVA 2GT5A 3WYWA 2R3XA 1M7TA 5ECSA 3EC3A 4TW5A 2RIIA 1XOBA 16GSA 3GRXA 5G1LA 4EO3A 2I81A 4K9ZA 2HT9A 1AC1A 3GKXA 4NAXA 2MMNA 2REMA 2HYXA 2IMEA 1HNBA 3D6IA 2CA8A 3GX0A 3QOUA 1VF1A 1AQWA 4MJCA 1FO5A 2V6OA 4YH2A 1N2AA 3MSZA 5DCHA 2DJ0A 3VFIA 2DJJA 2HSYA 3TJFA 2MBTA 2VCZA 1JHBA 3KH7A 2IMIA 1TRSA 2WRTA 3F4SA 3KMOA 5F06A 1F3BA 1KEBA 5JWRB 2X8HA 4JE1A 4EF0A 1RW1A 1FVJA 3F0IA 3W8JA 3HA9A 1TK0B 5JCUA 5IMFA 4XS1A 3MDKA 5ECQB 1GH2A 1T1VA 3QR6A 3EMPA 3HVSA 4L0UA 5EL8A 4G19A 1T4YA 2OBKA 4HDEA 4IP1A 5J9CA 1GTIA 4GLTA 2OE1A 4MP4A 3HVVA 5GAND 1M99A 1YQ1A 3TKPA 3TDGA 5GZZB 2VCTA 1K0DA 4MH3A 2CZ2A 1TRVA 4K0NA 3TRPA 3LJRA 2A4VA 3DEXA 3MNGA 4EDYA 4Q5QA 4DVCA 2GS3A 2OACA 3ZL5A 2ES7A 4MZBA 3HVXA 2YP6A 4HJ2A 1X9MB 3O6TA 1YEPA 5KEJA 1V98A 2RUEA 4ECIA 3IC4A 3H93A 3TOTA 4V2NA 3UBKA 4CW9A 2VL2A 5EVOA 3QDNA 3W8SA 2R4VA 2JSZA 4ZB6A 1V57A 3GYKA 2GT6A 1F2EA 1BEDA 4OO4A 5AIVA 2FHEA 1THXA 1ZGNA 14GSA 5KN3A 2FY6A 4L5OA 5HR2A 4K2DA 2H1AA 2WJUA 5F05A 4MPGA 3GTUA 1YKAA 3CSIA 2YV9A 2P5RA 2XBIA 2YJHA 1PA3A 3ME7A 3NOFA 3LSZA 2JSYA 3ZYWA 2YWIA 1GL8A 1U3IA 5D9WA 3HJOA 3Q6OA 5A4VA 5D9VA 4YQMA 2VUPA 2I3YA 1A8LA 3SWLA 3QMXA 3QAGA 1AQVA 4KSOA 1SD8A 5IOXA 4G10A 3ZREA 4GRFA 3GKKA 2EIRA 1PX6A 4J2FA 3QCPA 3EU3A 5D9XA 4WR5A 5EPFA 4KAEA 3IV4A 3HHVA 1GULA 4ZILA 3C73A 3UARA 2O7KA 5D93A 3KP8A 1QFNA 1V9WA 1KBNA 4RQRA 4EC0A 3H4KA 5HFGA 3IDVA 2E2GA 4OFNA 2K8SA 4TR4A 4POMA 3EWLA 4L8EA 1JZOA 1ON4A 4XRAA 1HNAA 2VL2C 1A23A 2WULA 1R5AA 3APSA 3WGEA 4JEDA 1R4WA 4FO5A 4OO5A 1XCCA 3APQA 4ULXA 2LV3A 1GLQA 2VLTA 4ECJA 4ZBAA 5HFIA 4P3YB 4ZL9A 2CV4A 2LSTA 2C0GA 3D4TA 4F0CA 3K8NA 5DALA 3F4RA 1B4QA 5D9TA 2FWFA 2RUFA 4L0WA 4MDCA 1ILOA 3VPQA 3LYPA 2V1MA 2P31A 3QPMA 1X5EA 2H0GA 2L4QA 4YAVA 1TK8B 3FR6A 4TR0A 1XW9A 4XHMA 4BA7A 2H1BA 3JCML 3CXGA 3C1RA 3LEFA 2D2ZA 3EURA 3N9JA 1O73A 1BQ7A 4XIHA 4MZCA 1R5PA 3GIXA 2H0HA 1OAZA 3EYTA 1JZWA 1FB6A 4QL7A 1TOFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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