3F3QA

Crystal structure of the oxidised form of thioredoxin 1 from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
HHHHHHMVTQFKTASEFDSAIAQDKLVVVDFYATWCGPCKMIAPMIEKFSEQYPQADFYKLDVDELGDVAQKNEVSAMPTLLLFKNGKEVAKVVGANPAAIKQAIAANA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Electron transport
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Structural and kinetic analysis of Saccharomyces cerevisiae thioredoxin Trx1: implications for the catalytic mechanism of GSSG reduced by the thioredoxin system
pubmed doi rcsb
molecule keywords Thioredoxin-1
total genus 32
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3f3qA00
2L57A 4EC0A 2DIYA 4GLTA 1J9BA 1WIKA 2N5FA 2H74A 3EU3A 3QDNA 2LNSA 2OE0A 1XVQA 4EVMA 2NTOA 3F6DA 4ZB9A 1PRXA 4L8EA 5ECSA 2XC2A 1U88A 1FB0A 2HT9A 1HQOA 3F9UA 3TKSE 4EF0A 2FD3A 2MMZA 3I69A 2NPBA 4NWYA 2N5AA 1THXA 5IO0A 1EEJA 5HFGA 3H93A 1M7TA 2FGXA 3ZRDA 3IR4A 2GZPA 5EY6A 3NIVA 2HYXA 2A2RA 11GSA 3LXTA 1M2AA 4EXJA 3WGEA 4IJIA 2R6KA 1SJZA 2PU9C 1YEXA 2I1UA 5DBQA 1XPVA 2C4JA 2JADA 5CO3A 4ISDA 4V1Ap 1ML6A 1AW9A 5B6NA 2DIZA 3VI7A 4XCSA 5EL8A 18GSA 4X1UA 3UVHA 3VPTA 4FH8A 5CYYA 1LJRA 4YQMA 4MK3A 2YPMA 4ID0A 4D73B 4FYCA 2QC7A 1YKCA 1PN9A 1YJ6A 4D73A 1GTIA 2CZ3A 3IDVA 3DIEA 2WULA 3EWLA 3E9JB 1R5AA 2I4AA 1QGVA 3L0HA 3V1WA 2ZUPA 5EVOA 1UC7A 4TXVA 1OAZA 1GSYA 1ERUA 3TRPA 5JWOB 1G6YA 1O73A 1OE8A 3TKQA 3DVWA 2FY6A 4MJCA 1G7EA 2H0HA 1GSSA 2CAQA 3EVIA 3KTBA 5G2ZA 4J56E 3D22A 3DKSA 3W8SA 4RI7A 3D6IA 3SBCA 3UARA 2L59A 1Y25A 2OBIA 4MMMA 3UMAA 1TW9A 2C3NA 3TKSA 4HJMA 4MZWA 2V6KA 1E2YA 2X8HA 3LYPA 4WF4A 3VLNA 2GTUA 5INYA 1SD8A 2C8UA 1EZKA 5HR2A 2K9FA 2HI7A 5CRHA 4GSNA 3ME7A 2JZTA 5IMCA 5HFIA 4KUNA 5ECLB 5DQSA 5IM9A 1OYJA 1BEDA 1F2EA 1T7PB 1SKWB 5C00A 1JHBA 3H79A 4NPBA 1I5GA 2G2QA 5DALB 3RHBA 1FG4A 4NXIA 3LYKA 9GSSA 2ALBA 4MPGA 1GRXA 2HLSA 4WKWA 2V32A 4POLA 2MMAA 1EGRA 1XZOA 5KN2A 1TDIA 5JWQB 4MP4A 4POBA 5KEJA 1Z6MA 5E59A 3A2WA 4K9ZA 1AQVA 1U3AA 2OACA 3RHCA 1XBSA 1PKZA 1BAYA 2MBTA 1M0UA 4K8MA 4L0WA 1R4WA 5DVBA 3D21A 3F3RA 4IGJA 2JSYA 1X5EA 17GSA 1S3AA 5D93A 3WT1A 1J08A 5G30A 2H66A 3HVVA 2GQLA 1PX6A 3M1GA 1I9DA 1F6MC 3ZZXA 1TTZA 3GIXA 5KN3A 2R37A 1BQ7A 3I6AA 3VFIA 4I2UA 4YH2A 4ECCA 4F82A 5D73A 2O8VB 1ZZYA 2JZSA 4YQVA 4TVEA 1GWCA 5ECKB 1GP1A 3E3EA 4PNGA 4XHMA 3LG6A 4N30A 1NHOA 2H01A 1GTAA 2O87A 4K6XA 3J7Yb 3BJ5A 1RK4A 1X0RA 1SK0A 3U5RE 5CREA 1XW6A 1F3AA 2WZ9A 3UJ1A 4MDCA 3VWUA 4CW9A 6GSWA 4WXTA 3HXSA 1U87A 3BD2A 5ECHB 5IIZA 1XXUA 2BTOT 1G0TA 4TN8A 2OJLA 4AJ6A 1J0FA 3UIWA 1GTBA 3TRXA 2M72A 4G10A 4NHWA 3QMXA 1S3DA 2ON7A 3MWHA 12GSA 1VF1A 3IHQA 2B1LA 3H8QA 2ZNMA 1B4QA 4I2TA 1TRWA 4HU7A 2B5XA 1EOGA 2J23A 3CTFA 2FHEA 3D0ZA 4ACSA 4IW9A 2LSTA 1YKAA 3KP8A 3G9BA 4PXOA 3PINA 2L4QA 3QD9A 2WS2A 4EE0A 1T4YA 2H1DA 2IL3A 3TKRA 1M9BA 5ECIB 1O81A 4PUFC 5D9XA 2LQOA 4BWQA 4FYUA 2LTKA 4OCFA 2H75A 2H30A 2VAFA 2CVBA 4OWYA 4ZB6A 2IJYA 2PERA 2GT6A 1XFLA 3HJOA 4DSRA 1R5PA 2H1AA 3MSZA 2IMDA 1G7OA 1O8XA 2JL4A 2I81A 2X8GA 5IMFA 5JCUA 4EUYA 4TXOA 2LJKA 1UN2A 6GSSA 3HD5A 2VL2A 1VF4A 2OADA 1X5DA 2VM2A 4KX4A 3EYTA 4JU5A 2O85A 2RUEA 4OFNA 1QFNA 3GSSA 1ZMAA 3PGTA 3FY7A 5B6MA 4LMVA 5FT3A 1ZYQB 3HY2A 2VL3A 2TRXA 1H75A 1A0FA 3APOA 4KGIA 4WBJA 1KBNA 4IQAA 1N8JA 2C3QA 4YAVA 3UEMA 4XIHA 3TOTA 5JCGA 3FHKA 3LJRA 3UBLA 1V9WA 2E2GA 2CVDA 4XRDA 4K7NA 1ZYEA 2VL9A 3DGQA 1ZL9A 1XWCA 2LQQA 4RQXA 1GTUA 1V98A 3ZREA 4LL4B 2LJRA 1ILOA 2IIYA 2JU5A 1BJXA 3LEFA 1V40A 3JCML 3DRNA 4TRXA 3AY8A 4IN0A 2KOKA 4EDZA 2MYGA 3TJFA 3F8UA 2VCQA 1SL1B 3FKFA 3GV1A 4OMVA 5LNKe 1OC9A 2DSAA 4V2MA 1TRVA 2QGVA 2LRTA 2HSYA 2LRCA 1Q98A 3D5JA 4KSOA 5GAND 1QUWA 4N10A 3EURA 3L9VA 1YEPA 1GUKA 3TJGA 4TR4A 2DJ2A 1ABAA 2FA8A 1TRSA 4L0UA 4F0CA 4KW6A 2NBSA 1G6WA 4G9HA 2FWGA 1CQGA 2BJXA 3APQA 4TR1A 5A4UA 2EIRA 3R2QA 4GQFA 1XW9A 1Z6NA 2GSSA 3KMNA 1JZDA 2YOIA 2VM1A 1UVZA 2EIQA 2GDRA 3J7Yk 3FRCA 2FWEA 3CSIA 1XW5A 1Z9HA 3C7MA 4MZBA 1B9YC 2RM6A 1RW1A 2N5BA 4HUAA 1SYXA 4ZL9A 3GH6A 4MZCA 2A4VA 5IOXA 2GT5A 5G5FA 1O7UA 3TOUA 4OD7A 1LBKA 6GSVA 1NW2A 2K18A 4EL1A 3DD3A 3EU4A 1SK1A 1XOBA 5F06A 2K6VA 2HFDA 4IELA 3W8JA 5IOWA 4HDEA 3VPQA 3OR5A 3H1NA 2WFCA 1THOA 2YWIA 4OO5A 5A5KA 3TJJA 2GSTA 1HD2A 2LUSA 6GSXA 2GS3A 3FZAA 2FWHA 1ZCPA 1K0NA 1YZXA 1E6BA 2FLSA 1JFUA 1A23A 3GYKA 5DJLA 5D8IA 1JLWA 2FA4A 1Y6EA 3APSA 1PX7A 2WDUA 4LA1A 1X9SB 2PMTA 1HYUA 4N11A 4JR4A 5AGYA 1K3OA 3QPMA 3G7JA 4OO4A 5ELGA 5FHIA 3F4RA 3TDGA 4KDXA 3VI5A 4K7IA 1OE7A 2I3YA 1Z7PA 5AN1A 2H6YA 4AGSA 6GSTA 3ZFLA 3DYRA 2DJ3A 4F2IA 1SD9A 2VO4A 2CX3A 1IYHA 3O6TA 3L9UA 3KGKA 1O6JA 2FCHA 5F0GA 3WGDA 1GL8A 3KP9A 4POMA 1GLPA 5KN0A 3TRQA 3LGCA 3IPZA 1EEMA 4J2FA 2AYTA 3EMPA 5B7CA 2HRNA 4MPFA 2L4CA 4QQ7A 2H70A 4PNFA 1WJKA 3GX0A 2TRCP 3C8EA 4IVFA 3P8WA 4DVCA 4WETA 1MDIA 4DSQA 3ZL5A 4BA7A 2O7KA 2JSZA 5COHA 2DBCA 3F63A 3VWWA 4GRFA 4KDUA 3WGXA 5ECQB 3CYNA 3L4NA 3Q19A 19GSA 3KZQA 4GSTA 4O5RA 4FIWA 2V2GA 3Q74A 1K0BA 3TCOA 2JACA 4XS4A 3IRAA 4GQCA 4J57E 2YN1A 4F9ZA 5H5RA 1GUHA 4ZXGA 2F8FA 2IMIA 4HQSA 3G7IA 2WCIA 3HVSA 4I6XA 1DUGA 2K8VA 1EV4A 4ML1A 5HFKA 2VCVA 3N9JA 1QXHA 1GSEA 2VCTA 2LNTA 2LS5A 4JRRA 2E0QA 4V2LA 2PN8A 1SJIA 3QAWA 4GXZA 4FO5A 4V1Ag 5IMDA 5CP1A 1WE0A 4GWRA 4K0NA 2H0GA 2OE3A 2IMKA 2YZHA 3GUSA 2FUG2 4ULXA 1EGOA 2CQ9A 4V2NA 4RUVA 2OBKA 2D2ZA 1B8XA 3ERFA 3WT2A 1B9XC 4QL9A 3KTLA 1FAAA 2AB6A 4E8EA 1NSWA 2GSRA 5D9VA 4XTSA 1R7HA 3TJKA 3NZNA 2L6DA 1ZOFA 1EP8A 5DQYA 5HR3A 5J41A 4ZBDA 3GSTA 5L71A 1F37A 5J5NA 2CAIA 2G0FA 5ABRA 1QMVA 4DSSB 3W6GA 3HVXA 3ZMKA 1NM3A 4BVYA 2VD0A 2CVKA 2C0DA 3TKSC 4DSSA 2MBSA 5GSSA 3ZTLA 4PQHA 3QFAC 4WBRD 3C71A 1A24A 3ZFBA 4PQ1A 16GSA 1JZRA 4BL7A 4BVXA 2B1KA 1S3CA 3QAGA 3GMFA 5LD0A 1TKDB 4MF5A 1YDKA 4K7OA 4TR0A 1SJ6A 3F0IA 3DMLA 3ME8A 3G7YA 5DJMA 1PSQA 2HZFA 3CBUA 3RAZA 2VD1A 1AXDA 2XHFA 3HJPA 4OFMA 2DJ0A 2X8CA 4MJEA 5GSTA 3SWLA 1K3LA 3ZMLA 2DC5A 2HZEB 1SU9A 2FWFA 5CRGA 1A0RP 3GN3A 3ISOA 1JLVA 3FZ4A 4TXOB 2HZEA 3PH9A 4WF5A 5HR1A 3KJYA 1VRSD 1TU8A 5JWRB 2X64A 5G5EA 2H6XA 1C72A 4JZQA 3GFKA 3EC3A 3M9KA 4MF7A 4HI7A 1CQHA 1WPIA 1T3BA 5HQPA 2LKUA 3GKKA 5A4VA 2CV4A 4MH2A 1YQ1A 3Q6OA 4RQRA 2WRTA 2H19A 6GSUA 2M80A 2O89A 5AIVA 3GL3A 3GL5A 1H4OA 4IHUA 3P90A 5CNWA 1NHYA 4XS6A 4NV5A 5ENUA 4DEJA 2JZRA 3A3TA 4KE3A 3FZ5A 4OFTA 2VLVA 1T8EB 1GNWA 2LRNA 5CRWA 4P3YB 4N0ZA 4O32A 4GTUA 2F51A 2ZCTA 3FK8A 4QL7A 3GKXA 3H4KA 2VOCA 1FVKA 1ACVA 3D4MA 2E7PA 3S9FA 2R3XA 4E8HA 1YY7A 2H1BA 1ON4A 3QOUA 1ERWA 4IJ3A 3M9JA 3IE3A 3CTGA 1SK2A 3HYPA 1B48A 1BX9A 2WGRA 3GA4A 1K0DA 4OCEA 1XWKA 4MABA 1PD21 3BCKA 3KH7A 3UVTA 3HHVA 3I43A 5DAKB 2C0FA 3ZLPA 1PL2A 2LJAA 4NV2A 1WWJA 3E0UA 4TKYA 1SL2B 2DJJA 1HNBA 2KHPA 5DAKA 1TK8B 3BBYA 1M2DA 6GSYA 1OC9B 4ZL8A 2J9HA 3GTUA 2YJ7A 5B8AA 1LU4A 1URMA 2B5EA 3GKNA 1GH2A 2MMNA 4PQIA 3HJMA 3MNGA 1GSFA 2IMEA 3I9V2 2YZUA 3CSHA 2WB9A 2XBIA 5A4WA 1YF1A 2YWMA 4ZIJA 1TK0B 3VWXA 4NHZA 3L9SA 4Q5RA 5IMVA 3LWAA 1SKRB 5GAPD 1T4ZA 2XPEA 4TR1B 4AJ7A 3FR6A 3GKMA 1T00A 1V57A 2FNOA 1XVWA 2XBQA 1A2LA 4TW5A 3UBKA 3C1SA 4KSMA 3EINA 5H5QA 3QFBC 3KH9A 3Q18A 2YWOA 2GGTA 4PUAA 1A2JA 2VLUA 1U6TA 13GSA 4CDOA 3HCZA 4BPYA 1WP0A 2DLXA 4ML6A 1FW1A 2DMLA 4K0GA 4Q5QA 3D4TA 2IN3A 2L5OA 3F6FA 2RUFA 2VL2C 1AC1A 3WD6A 1FO5A 2NDOA 4MH3A 2X99A 2VUPA 4KCEA 1QK8A 2L6CA 2YANA 3A2VA 1GSUA 3A2XA 3ERWA 1A2MA 3GNJA 5D9WA 2BMXA 3NOFA 1JZWA 1ERTA 4AF2A 1KNGA 3UOMA 2YV9A 2PUKC 2I9HA 1YF0A 3CRTA 1V2AA 3DXBA 4CHSA 3FZ9A 4HOJA 1FB6A 4EDYA 3UAPA 1VF3A 3PR8A 4G19A 1X9WB 3QAVA 2WJUA 1DSBA 1ST9A 2H73A 3IK9A 1XWAA 5AIXA 4GCIA 3IV4A 2MMOA 1X9MB 1PKWA 1T1VA 3WYWA 3IAM2 2GSQA 3F3QA 3P7XA 3ZVJD 2VCXA 3TB2A 2B6MA 4Q5NA 8GSSA 2H1GA 4LLRA 4ILFA 5DCGA 2YJHA 3LXZA 2DMMA 4MA9A 1W4VA 3IK7A 5DCHA 1A8YA 3F4TA 5G31A 3BOAA 4IS0A 2C0GA 4TR3A 5CRDA 1BG5A 1WMJA 2H71A 4JE1A 4MLYA 5J9CA 4ZBBA 1MEKA 3M0FA 2PWJA 2YCDA 2IWTA 4Q5FA 5D9TA 1GSDA 2K8SA 1R26A 4FYBA 3GHAA 3CXGA 3GH9A 2B3SA 4POKA 2VCWA 2HRFA 3HDCA 3KXOA 4ECBA 3ZIVA 4JR6A 4PX1A 2RM5A 2H8LA 1FVJA 2OA7A 2F8AA 2GVPA 4MJBA 1A8LA 1OC8A 1DE1A 2VLTA 4KCAA 2GLRA 1AIUA 3FEUA 2GQMA 3UL3A 4HZ4A 4WEYA 2P5RA 2KP1A 2PGTA 3M8NA 1KEBA 3O76A 2P31A 5FWGA 2HSHA 5ID2B 5EPFA 3U6VA 1K3YA 2H6ZA 3FR9A 4LMWA 3N5OA 2RLIA 5C04A 5ID2A 5IO2A 5ELAA 2E2MA 4HZ2A 1FOVA 2IFQB 3MDKA 3GURA 3HA9A 5D96A 1WOUA 1UA5A 4K1FA 1FHEA 4RI6A 1WRYA 3TUEA 4XS4B 3CRUA 4KAEA 3C1RA 2IFQA 1MDJA 4L5OA 4WR5A 4EO3A 2A2SA 5J3RA 5DALA 3TKPA 1EOHA 5ECMB 3VWVA 2AV4A 1QQ2A 1N2AA 1OKDA 4GF0A 4MF6A 2LEGA 1AQXA 1PA3A 3KD0A 5JCWA 3DEXA 2YNXA 2F3MA 4ECIA 3QCPA 2H72A 4ZB8A 4XS1A 1DBYA 2L5LA 3GX8A 4Z7XA 3QR6A 2AUVA 4I8BA 2C3TA 1M9AA 4N0VA 2P0GA 3GRXA 1OC3A 4YQUA 1HNAA 3TJBA 2B7JA 2V6OA 1HNCA 1K0AA 1MTCA 3EMXA 4G2EA 2H0IA 2H76A 2MZCA 3LSZA 2V1MA 3A5WA 2GZZA 4NMUA 4ZBAA 3US3A 2M46A 4KA0A 3FR3A 1X5CA 4YAPA 5ECNB 3CMIA 1VF2A 1TI3A 1KTEA 4XRAA 2AJQB 2KP2A 1SENA 3ZIJA 1USBA 4O7HA 1Z7RA 3ED3A 1ERVA 3IOSA 3IXRA 3VK9A 2HNLA 2VIMA 1O8WA 1GLQA 2C1YA 2YV7A 5H5SA 4HU9A 3ZITA 3HKRA 2GZYA 3ZVJA 3KIJA 1F3BA 1OVNA 2IPAA 4HEA2 3F4SA 5ECOB 3IA1A 4IBPA 5F8BA 1BYEA 1XIYA 4MJAA 4IQ1A 1Z3EA 1TRUA 5ECRB 4HQZA 1SYRA 1AQWA 1TOFA 2B7KA 4GSSA 1Q4JA 1O85A 5G1KA 2R2JA 1M2BA 14GSA 5AISA 5F07A 2C0EA 5LCZA 4PGTA 2CA8A 2P5QA 2NVLA 5E4WA 2R4VA 2XPDA 3KCMA 1OKTA 3LFLA 2DJ1A 4F03A 2OKAA 1MD3A 5J4UA 1AUCA 1XWBA 1VGLA 4ZILA 1PQNA 3RBTA 3O3TA 4I5QA 2PVOC 2YWNA 4TOPA 4JEDA 1EP7A 4IP1A 2PBJA 2V41A 5J9BA 2Z9SA 2OE1A 5ECPB 2F9SA 2ES7A 2CX4A 1B4PA 2VCZA 1K0CA 4L5LA 3P2AA 3FW2A 4K2DA 4ZL7A 4MCUA 7GSSA 1W89A 3DWVA 3ZYWA 1TI1A 5B8BA 2C80A 1SL0B 2YP6A 2AHEA 3KM6A 2DJKA 5IMZA 4O92A 3HZ8A 4X43A 5DDLA 5GZZB 5IPGA 2TIRA 1GUMA 5HR0A 5IMAA 2LV3A 10GSA 4NAXA 2HXKA 3CSJA 1PMTA 4X0XA 2B5YA 1JZOA 4KH7A 3IAS2 3FYGA 1IYIA 4BWSA 2CZ2A 1RQMA 1M99A 1K0OA 1GNEA 1TJDA 4ECJA 5IPHA 1XOAA 4IP6A 20GSA 2QKEA 3MAKA 3IBHA 3KEBA 5CAXA 1DE2A 1K0MA 1PL1A 4KNDA 3RPPA 1MD4A 3RDWA 4EKZA 4IKHA 1TK5B 1Z5YE 4KB3A 2KLXA 3EE2A 1XWGA 3LQ7A 2REMA 3HZ4A 3DVXA 2KUCA 1ZGNA 2EIOA 2ON5A 2RIIA 5IQYA 3L78A 1V58A 3TGZA 1SKSB 4JBBA 4HJ2A 5KN1A 1U3IA 2PPTA 4I97A 1EV9A 3RPNA 4KDYA 1TXXA 3C73A 4H86A 1XCCA 4AJ8A 3GTUB 2PVQA 1EWXA 2AAWA 1PGTA 3ERGA 1GULA 1TP9A 1AAZA 4LL1B 1TU7A 2R5GA 2GQKA 1MDKA 5G1LA 4HS1A 2CT6A 2HE3A 3LORA 4WR4A 5F05A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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