4CDOA

Crystal structure of pqbp1 bound to spliceosomal u5-15kd
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
171
structure length
150
Chain Sequence
MLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYSPYPSPGAVLRANAEAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A, POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN
publication title Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Cell cycle
total genus 47
structure length 150
sequence length 171
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4cdoA00
4MK3A 3E3EA 2ON7A 1F3BA 3KJYA 1X5DA 2DSAA 3CSHA 2VL2A 2PMTA 3MSZA 5ECMB 5GSTA 1SL2B 1OC8A 4LLRA 1YKAA 4L0WA 2B7KA 3APSA 2GS3A 3IE3A 2R2JA 3GHAA 2XHFA 1H4OA 5ECIB 3CRTA 4BWQA 1X9SB 4EKZA 1XW5A 3C8EA 3CMIA 2EIRA 3FK8A 3H8QA 3VWWA 1XVQA 4ZL7A 5G2ZA 2B5EA 1XWKA 2RUFA 5IPHA 4J57E 3GNJA 3F4RA 2YOIA 5IOWA 3GRXA 2PBJA 3IAM2 3QAWA 2B5XA 2X8GA 3EWLA 2OADA 5DVBA 4J56E 6GSYA 1YQ1A 2YP6A 3TKPA 4V2NA 2IFQA 1ZGNA 2L6DA 1QGVA 1NHYA 5KN2A 1GWCA 1BEDA 2IFQB 2LTKA 3QDNA 1XBSA 4P3YB 1EV9A 1YDKA 2I1UA 1GULA 4HI7A 5JWOB 2H1BA 3NOFA 4MZWA 2O7KA 2OA7A 4JR4A 4NPBA 1G6WA 1K0AA 1MDKA 2JSZA 4GRFA 1GUHA 2L4CA 4POKA 1O8XA 1RQMA 1FAAA 2FCHA 3O3TA 2K9FA 1AUCA 1Q4JA 4IQAA 2WS2A 3GH9A 4MP4A 3PH9A 5J9CA 3I9V2 3SWLA 1GSYA 2K6VA 5KN3A 2H1GA 12GSA 2VCWA 4ECJA 2HLSA 3I69A 1O85A 3DRNA 2NDOA 5CP1A 4TXOB 3AY8A 3FZAA 4MDCA 1GTAA 4NV2A 1SKWB 1TXXA 4NHWA 1LBKA 3EMXA 5C04A 2IMFA 4WKWA 1O8WA 1YKCA 1XZOA 2B3SA 3FEUA 3QFAC 2HSHA 5J3RA 2OJLA 4MLYA 2H1DA 1A23A 3F4TA 3VURA 3TRXA 4KX4A 2PN8A 3BCKA 5G5FA 2IN3A 3ZREA 3Q74A 5CAXA 1PGTA 3IDVA 1HQOA 2YCDA 4FYCA 3HKRA 3RPNA 4HJ2A 5DJLA 4O92A 4FIWA 2PU9C 1PX6A 1R7HA 2H30A 5F05A 1J08A 4TN8A 3VWUA 2VL3A 2B1KA 4JE1A 1DUGA 4ILFA 2AV4A 5HR3A 2LV3A 1OYJA 3M8NA 1SL0B 1U88A 3W6GA 4Z7XA 5D9VA 3GSTA 3PGTA 1A8YA 2OACA 2ES7A 3K8NA 2MMAA 5DAKB 4OWYA 2HNLA 4POLA 3RDWA 1IYHA 1WRYA 4H86A 1EEMA 1B4PA 3P2AA 1SYRA 4GQCA 1Z6NA 4V2LA 2XBIA 2FWHA 2FGXA 2NPBA 3CXGA 2FUG2 5L71A 2M72A 2M80A 4HS1A 2H71A 2IMKA 5ID2A 1PMTA 2RUEA 1M9AA 4IHUA 2FA4A 2V32A 7GSSA 4RQXA 3SBCA 3UVTA 5D8IA 1F9MA 3GURA 1TOFA 4ZILA 1ABAA 1ST9A 3DWVA 5IMAA 3OR5A 1S3CA 4OO5A 1TRVA 1W89A 3ZVJD 1EZKA 5CRGA 1YJ6A 2VLTA 2I3YA 4HU9A 4OO4A 1FB6A 2H8LA 3RPPA 2YWIA 1FO5A 3TKRA 2IJYA 1X0RA 1G0TA 2GVPA 2C3QA 4YQUA 4OFTA 1U87A 3EMPA 4IW9A 5JWRB 1Z7RA 1HNCA 4NWYA 1BX9A 1AQXA 4IN0A 4QL7A 1SU9A 1XWCA 2H1AA 3U5RE 2O89A 1XW6A 1IYIA 4F82A 4XCSA 2HSYA 2IMIA 3LWAA 4MJBA 2PVQA 4PURA 4POBA 3TDGA 5IPGA 6GSSA 3E9JB 4X0XA 2VUPA 6GSXA 2N5BA 1GSQA 4RI6A 4EL1A 1F3AA 1TK5B 4I2UA 5DQYA 3HVVA 3KEBA 5F0GA 1KBNA 4G9HA 2H01A 1DBYA 1Y6EA 2EIOA 2A2SA 1DE2A 4BVXA 4ECCA 3ZZXA 1OAZA 3KMNA 19GSA 3L4NA 4KDXA 4TR1A 4GTUA 2DBCA 1VGLA 3NIVA 2DIYA 2HZEB 4YAPA 4TR0A 1S3DA 2DJ1A 1EWXA 2EC4A 2H73A 2WJUA 1PRXA 3GTUA 3EYTA 3HA9A 1M2BA 4IP1A 2LJAA 1ZL9A 1LJRA 1QXHA 1AC1A 1GNEA 1YZXA 4Q5RA 5D93A 5IIZA 3TRQA 5IMCA 1X9WB 3IRAA 3P7XA 5F8BA 3TCOA 2JACA 3EINA 4AJ8A 5E4WA 1EEJA 2AUVA 2VLUA 5AIXA 4JU5A 3C73A 5CYYA 3ZL5A 1K0OA 4BA7A 1QMVA 2X99A 2B1LA 3U6VA 4G10A 3BCIA 2CVKA 3KZQA 3GL3A 1PSQA 3G7IA 1ZYEA 2YWMA 5J5NA 2LJRA 4POMA 2C80A 4XRDA 1V57A 4D73A 3IBHA 5CNWA 3MNGA 2D2ZA 4MZBA 1B4QA 3VI5A 4WBJA 1M2DA 2RIIA 1TK8B 2GQLA 2R5GA 3C1SA 1SJIA 2ZNMA 4IJ3A 4XRAA 13GSA 14GSA 2P5QA 1NW2A 2P5RA 4I5QA 4V2MA 3TJGA 1V98A 2H66A 2C1YA 2H0HA 3GH6A 2L5OA 2FD3A 3EVIA 3GUSA 3L0HA 1PKWA 1M7TA 1G7OA 2J23A 1JHBA 4J2FA 1SKRB 3CSJA 1OE7A 4O32A 3CTGA 5B7CA 5ECPB 18GSA 2YJHA 3F6FA 1BAYA 4GQFA 1F2EA 1K0NA 5D96A 2LEGA 3FR3A 1WMJA 3LSZA 5ABRA 1YF0A 2QC7A 3DEXA 1SYXA 1V9WA 5KN0A 2I4AA 2VCQA 3M1GA 1UC7A 3TJBA 2RM6A 3EE2A 4DVCA 2VM1A 1WWJA 3TGZA 1V40A 1U3AA 2R4VA 5CREA 2WZ9A 2WDUA 3M3MA 1N2AA 1FOVA 2GSSA 4FYBA 4N0VA 1GSFA 1TRSA 2C0FA 3N9JA 4L0UA 1ZZYA 2GQKA 1Z5YE 4E8HA 2OBIA 2H6ZA 3CBUA 4L5LA 4BVYA 4PUFC 1NHOA 2LQQA 1XXUA 2H6XA 2XPEA 3D22A 3KP8A 5DALB 4EXJA 2LNSA 5IO2A 3F6DA 3ZYWA 2DMLA 1SJ6A 2ON5A 3KD0A 5H5RA 3ZMKA 2CZ3A 3IK9A 5HFKA 1OKDA 4MABA 2H72A 4TXVA 20GSA 3KH9A 4ZB6A 1O81A 1EGRA 1TRUA 1OC9A 1R26A 3GA4A 4ULXA 5B6MA 4BL7A 4TR3A 1A24A 3C7MA 2L5LA 2PWJA 1LU4A 3QPMA 3H4KA 4DSRA 1OC9B 3HVSA 2WCIA 4JRRA 1EOHA 5COHA 4AF2A 2GSRA 4O5RA 5ECLB 1PL2A 5IQYA 2KUCA 4HZ4A 3GKMA 3P90A 1K3OA 2YWNA 2WGRA 1QUWA 1XCCA 1PA3A 2ALBA 4WEYA 1THOA 3ZLPA 5ECSA 2O8VB 2GGTA 2OBKA 2HRNA 1PX7A 1RW1A 4IELA 2AYTA 1M99A 4K6XA 4Q5QA 5J41A 3UARA 3FZ9A 1MTCA 2CT6A 4KW6A 1YEPA 2YV9A 1KEBA 1I5GA 3N5OA 1F6MC 3H79A 4EO3A 4K7IA 1EGOA 1HYUA 3HD5A 5IMVA 3KCMA 4KE3A 4TVEA 5G30A 1HNBA 3UIWA 1SL1B 3ZIJA 1ILOA 3ISOA 5G5EA 5A4VA 16GSA 2C8UA 3EU3A 4JBBA 5DQSA 3QAGA 1Q98A 4RI7A 4YAVA 3FW2A 4PQ1A 2HRFA 3CSIA 2XBQA 4MJCA 3L9UA 2F9SA 2QSIA 3F9UA 1GNWA 2V2GA 3LGCA 4KNDA 2VCVA 2MBSA 3ZTLA 2L6CA 3I43A 4DSSA 1V58A 3GN3A 4ZB8A 5JCWA 4NAXA 4ZL9A 1JZDA 2O87A 1AW9A 3C71A 1GLPA 1K0CA 1E6BA 3RBTA 3QR6A 1GSUA 3QMXA 4I6XA 2OKAA 4YQVA 5G31A 3NZNA 1EP8A 1TI3A 1U6TA 2I9HA 2CX4A 1B8XA 2MMOA 2DMMA 3US3A 1JZRA 2C3NA 1MDIA 2GZYA 3GMFA 2BTOT 4ECIA 3ZRDA 4MF6A 2TRXA 1SJZA 3VLNA 1MD3A 5IMZA 2DJJA 1SD9A 2A4VA 1PL1A 2WRTA 4ZXGA 4KA0A 2MBTA 5C00A 2OE1A 3VPQA 4IJIA 2AHEA 4OFNA 4EVMA 4TOPA 3FKFA 4CW9A 5A4UA 1TJDA 3LG6A 17GSA 3HDCA 2C0GA 4PGTA 3QD9A 5ID2B 4KCEA 3H93A 2P31A 4F0CA 2IIYA 3LXZA 3HJMA 3DMLA 4WR4A 2LRNA 4MF5A 1YF1A 4HJMA 3IOSA 4EDYA 3EC3A 4RUVA 3WGEA 3QOUA 5D73A 4HUAA 1OC3A 4TKYA 1EOGA 4PNGA 5GZZB 1THXA 2TIRA 1GSEA 1TU7A 4ID0A 1TU8A 4PQHA 4HZ2A 3M9JA 3HCZA 10GSA 4HQSA 3TKSE 1J9BA 1GH2A 1Z7PA 2JL4A 1O7UA 3TKSC 1Z3EA 4HEA2 4K9ZA 1ML6A 3FZ4A 1AAZA 4KGIA 4MCUA 1FVJA 3ME7A 2AB6A 3DVWA 4LL4B 4CDOA 3I6AA 1B9XC 3TRPA 2FHEA 1T1VA 2G2QA 3FRCA 2CA8A 2JZSA 4X1UA 4MMMA 4KDYA 1PD21 3F3QA 1XOBA 3QFBC 5KEJA 4I2TA 1XIYA 6GSUA 4F2IA 4K2DA 3F4SA 5LNKe 1TDIA 1SK2A 3QAVA 1OVNA 9GSSA 1M2AA 1T00A 1PN9A 5HR0A 1GUKA 1TI1A 2VAFA 3S9FA 3TOUA 3LYPA 3KP9A 4ZB9A 2P0GA 2YV7A 1ERUA 3BD2A 1K3YA 1ZCPA 3FR6A 4TR1B 3GIXA 3FHKA 2REMA 2QGVA 2CX3A 2L57A 1UN2A 3TJJA 3TJKA 5ECNB 2LQOA 3ED3A 1JLVA 3IPZA 4EC0A 2GZPA 3G7JA 3GTUB 3KXOA 1T3BA 1ZOFA 4JZQA 1SK0A 3E0UA 2XPDA 2YZUA 1AXDA 4OD7A 1H75A 2R6KA 2GDRA 5ELAA 1GSSA 4MPGA 2C0DA 2GT5A 2QKEA 4K7OA 3DXBA 5ECQB 5DCGA 2TRCP 3UMAA 1Z6MA 1K0BA 4HDEA 5J4UA 3PR8A 2HE3A 4GWRA 4N30A 2K8VA 4D73B 4O7HA 4XHMA 2PVOC 2C3TA 4BWSA 2NTOA 1BJXA 1UA5A 2KP2A 2CVDA 4EUYA 5CO3A 3HJPA 1TW9A 5EL8A 2AJQB 2X8CA 4DEJA 1SD8A 4F0BA 3GKXA 5EY6A 2LJKA 2E0QA 4WF5A 1OKTA 5CRHA 1KNGA 3LJRA 4G19A 4G2EA 2DJ0A 1X5CA 1FHEA 3DYRA 2V6OA 2GTUA 2RM5A 3F0IA 4MJEA 3ZITA 1GLQA 3CTFA 5D9XA 1G6YA 2I81A 1VRSD 5E59A 2V1MA 1I9DA 4MH3A 3H1NA 1SENA 4WBRD 2VIMA 1GTBA 5IM9A 3CYNA 22GSA 1ERTA 2L4QA 2WULA 2MYGA 5AGYA 5GAND 5IMDA 2FWEA 4FH8A 5ENUA 1R5AA 1NSWA 1TRWA 3J7Yb 2VL9A 4GF0A 2GQMA 2VO4A 3KM6A 5G1KA 2DJKA 2E7PA 1XFLA 3J7Yk 5G1LA 4PQIA 2BJXA 4MZCA 1ZYQB 3LORA 2PUKC 1DSBA 5HFIA 3IK7A 4HQZA 4ISDA 4ML6A 4HU7A 1OE8A 2VCXA 3HJOA 3A5WA 1SK1A 3ZFBA 5DDLA 4K0NA 3BJ5A 2FWFA 4KAEA 4QQ7A 1O73A 1WIKA 3L9SA 2LRCA 4OCFA 3HHVA 3M0FA 1QQ2A 4FYUA 4BPYA 1T4ZA 2IWTA 2V41A 4IGJA 2VCTA 1F37A 4F9ZA 3D21A 3APQA 3DIEA 2LKUA 3ERGA 3HZ4A 4WETA 2N5AA 2KP1A 4N0ZA 1M9BA 2F8AA 4N11A 3KGKA 4DSQA 5D9WA 3L9VA 2YNXA 2HXKA 3FYGA 3IXRA 3VWXA 3A2XA 3G9BA 6GSTA 5EPFA 5DCHA 3UEMA 1T7PB 1GRXA 3GFKA 3CRUA 4N10A 3ZMLA 3UJ1A 4KH7A 3WD6A 3TKSA 3R2QA 1R4WA 1VF3A 1J0FA 4EF0A 1HNAA 4LL1B 2NBSA 4PX1A 4GLTA 1V2AA 3KH7A 1G7EA 1RK4A 5D9TA 4TW5A 2PPTA 2F3MA 3M9KA 2Z9SA 4K0GA 2E2MA 2C4JA 1MDJA 4ZL8A 2VCZA 2VOCA 4WXTA 3WYWA 1WP0A 1W4VA 2LS5A 2N5FA 3O76A 5DBQA 4V1Ag 5AIVA 3JCML 3W8JA 1DE1A 1AQVA 2IL3A 5INYA 1GL8A 3UAPA 4K1FA 1CQHA 3UOMA 3GKKA 1FW1A 2LUSA 4TRXA 4LA1A 5A4WA 2LRTA 2VD0A 1PQNA 4WR5A 1B48A 1KTEA 4TXOA 2OE3A 2FA8A 4L5OA 4NMUA 4L8EA 2ZCTA 4YQMA 2C0EA 1B9YC 4XS6A 1Z9HA 2KLXA 4WF4A 5IOXA 1MD4A 1CQGA 1XWGA 2HYXA 5GAPD 4FO5A 2VLVA 1JLWA 5B8BA 5LD0A 2CAQA 1XVWA 5JWQB 2OE0A 1AQWA 3D5JA 4KUNA 5AISA 1FG4A 4QL9A 4XS4A 1HD2A 1GSDA 2JZTA 4I97A 4NV5A 1SKSB 5HR1A 2DJ2A 1WE0A 1A0FA 3IR4A 2M46A 1M0UA 2KHPA 4PNFA 3ZVJA 4MH2A 3IC4A 4IBPA 2H75A 1C72A 2K8SA 4XS4B 1YEXA 3D4TA 1EV4A 3O6TA 2DLXA 1WPIA 2R3XA 4DSSB 5CRDA 5DAKA 1USBA 2X8HA 2HFDA 3GX0A 3GYKA 5B6NA 4IVFA 3ZIVA 3HYPA 5FT3A 4TR4A 1YY7A 3RHCA 2HT9A 3LEFA 4OCEA 4ZBAA 1T8EB 4MF7A 3TKQA 4IP6A 1S3AA 1Y25A 1URMA 3HZ8A 2FLSA 3TOTA 2V6KA 2LSTA 3RHBA 5LCZA 4PXOA 3F63A 3LXTA 1X5EA 2PGTA 1TP9A 5H5SA 2VL2C 5B8AA 4JR6A 4V1Ap 3MWHA 3A2WA 2FY6A 5DJMA 4ZIJA 2O85A 5AN1A 3VPTA 2E2GA 2FWGA 1A2MA 3TB2A 3WGXA 3WGDA 2FNOA 2B5YA 4YH2A 5ECKB 3MAKA 4AJ6A 1TTZA 1MEKA 4IS0A 4XTSA 4GSTA 2VM2A 2YPMA 4IKHA 1A0RP 4Q5FA 2YJ7A 2YANA 4MA9A 3VWVA 1GTIA 2KOKA 5KN1A 3ZFLA 1EP7A 3A2VA 3GX8A 4MPFA 2YN1A 3BBYA 2MMZA 1PKZA 4ZBDA 3DD3A 1XWAA 3F3RA 2R37A 4GCIA 3UBKA 2H0IA 2CAIA 3ERFA 5HFGA 3APOA 3G7YA 5F06A 1XW9A 5EVOA 1VF4A 3W8SA 2H6YA 4OFMA 1UVZA 1K3LA 4MJAA 5CRWA 2EIQA 3DGQA 2H19A 2A2RA 8GSSA 3IV4A 6GSVA 3C1RA 3LQ7A 3WT2A 1FB0A 5ECOB 3IA1A 3D4MA 5HQPA 3UBLA 2IPAA 1FVKA 1R5PA 3LYKA 4XS1A 1JFUA 2XC2A 3PINA 3KIJA 3UVHA 3HVXA 3F8UA 1ERWA 3GV1A 4LMVA 2AAWA 3MDKA 5ECHB 2HZEA 1AIUA 5ECRB 5A5KA 3KMOA 1TK0B 5JCGA 2GSTA 4KSOA 1BG5A 1GTUA 3TJFA 3FY7A 4Q5NA 4K8MA 1JZOA 2BMXA 4ZBBA 2HZFA 11GSA 4GSNA 2GLRA 3ERWA 2JADA 3HXSA 2DC5A 1JZWA 4NHZA 4PUAA 4F03A 4AJ7A 1X9MB 2GSQA 2IMEA 2YWOA 2DIZA 2IMDA 2VD1A 1T4YA 1NM3A 5JCUA 1ERVA 3DVXA 3KTBA 1ON4A 4EE0A 4KDUA 1XPVA 4ECBA 1A8LA 1QFNA 1A2LA 4KB3A 3LFLA 4X43A 2MZCA 4GSSA 6GSWA 3EURA 5FWGA 3ME8A 1VF2A 2H70A 2ZUPA 4NXIA 2DJ3A 2LNTA 2RLIA 3BOAA 2F8FA 1GP1A 3A3TA 4EDZA 3FR9A 2NVLA 2JSYA 3RAZA 4OMVA 1E2YA 2MMNA 2CVBA 2H0GA 4ML1A 3TUEA 3Q18A 2CZ2A 2H74A 4RQRA 4KCAA 3GL5A 5F07A 1ACVA 3KTLA 4GXZA 3UL3A 3D0ZA 4HOJA 4LMWA 2JU5A 2HI7A 2L59A 5GSSA 5J9BA 2CQ9A 2PERA 1VF1A 1N8JA 3L78A 3VI7A 2B6MA 2G0FA 1K0MA 1BQ7A 1U3IA 5ELGA 4IQ1A 3EU4A 4XIHA 4E8EA 1TKDB 3WT1A 2F51A 1ZMAA 2JZRA 1A2JA 3P8WA 1XOAA 3DKSA 2GT6A 3HY2A 2B7JA 3IHQA 3VK9A 4AGSA 5H5QA 1WJKA 2YZHA 1GUMA 2WFCA 3Q19A 1O6JA 2X64A 5IO0A 3D6IA 1QK8A 2CV4A 3FZ5A 2H76A 3V1WA 5FHIA 2GZZA 4CHSA 1WOUA 4I8BA 4KSMA 3GSSA 3IAS2 4K7NA 4ACSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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