4CDOA

Crystal structure of pqbp1 bound to spliceosomal u5-15kd
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
171
structure length
150
Chain Sequence
MLPHLHNGWQVDQAILSEEDRVVVIRFGHDWDPTCMKMDEVLYSIAEKVKNFAVIYLVDITEVPDFNKMYELYDPCTVMFFFRNKHIMIDLGTGNNNKINWAMEDKQEMVDIIETVYRGARKGRGLVVSPKDYSPYPSPGAVLRANAEAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mutations in the Pqbp1 Gene Prevent its Interaction with the Spliceosomal Protein U5-15Kd.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN-LIKE PROTEIN 4A, POLYGLUTAMINE-BINDING PROTEIN
molecule tags Cell cycle
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 150
sequence length 171
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02966 DIM1 Mitosis protein DIM1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4cdoA00
2WB9A 1J9BA 1VF2A 1F37A 1ZGNA 2FY6A 1PL2A 1GNWA 2GSSA 4D73A 4RQXA 4EKZA 2KHPA 3IDVA 3CTFA 1EEJA 1C72A 4PNGA 3RPPA 3ZLPA 2VCWA 1FO5A 2RLIA 1EP8A 5A5KA 2VCTA 1GUMA 3EU4A 3ME8A 5IPGA 1OC9B 3C8EA 2CZ2A 1N8JA 4ZIJA 1AXDA 1Z7PA 5DBQA 4ZB9A 1O6JA 2M72A 1AAZA 1DE2A 1X5EA 2YJ7A 2B1KA 4ZL9A 1OC8A 3F8UA 3TCOA 1G7OA 1GSSA 4MJEA 1JLWA 2VLTA 2CVDA 4EF0A 5L71A 1NHYA 1FHEA 5G5FA 5ELGA 4CHSA 2PN8A 2C0EA 2DSAA 2GT5A 5E4WA 3L9SA 2VM1A 1I9DA 1AC1A 2B3SA 4KE3A 5D96A 5H5QA 5EL8A 3KD0A 2VL2A 3LYKA 2LQOA 2I4AA 2MMZA 3MDKA 2PMTA 2HFDA 1OYJA 3LWAA 2WDUA 2IJYA 3TOTA 1O8WA 4KCEA 3KCMA 4QL9A 4PNFA 4NXIA 4PQ1A 1VGLA 1YEPA 2MMOA 1SK0A 2DIZA 4DSQA 5IMDA 3D22A 3EYTA 3GUSA 2J9HA 2J23A 4J2FA 1I5GA 4LA1A 2H71A 3F63A 5HFKA 2O85A 1K3YA 2NDOA 1U88A 3TB2A 2AAWA 1TXXA 5B8AA 1A0FA 2G0FA 2VM2A 4JBBA 4BWSA 2WJUA 2C3NA 3TJGA 2JZRA 3CSJA 2VAFA 1FB0A 1Z9HA 5AGYA 2O7KA 3ZMLA 4J56E 4KSMA 1GSUA 2EC4A 5D73A 3FZ5A 3J7Yb 3I43A 2GSRA 3GTUB 4K7OA 3IAM2 4PUFC 2V6OA 3G9BA 2IMFA 2CVKA 3EVIA 1HYUA 5A4UA 1U3AA 2ZCTA 3E3EA 3IPZA 2H01A 1QUWA 5KN2A 4FIWA 5KN1A 3IXRA 5HFGA 4KDXA 3ME7A 2CA8A 3F0IA 1QMVA 2R4VA 2VCZA 2HNLA 12GSA 3WT1A 1TK5B 2H19A 2H8LA 4ECJA 2AUVA 4HJ2A 2DMLA 5JCWA 1XOAA 4JR6A 3WYWA 14GSA 2O89A 5IPHA 2E0QA 4GWRA 5CYYA 3I6AA 2YWMA 3HVXA 1MDJA 5IOXA 3DXBA 3IAS2 3D5JA 3W8SA 1R7HA 3ZIVA 3FR6A 5IQYA 1WOUA 3DWVA 5GZZB 5A4VA 1M9AA 4IELA 1JLVA 1LBKA 4JU5A 4MJAA 5IMFA 11GSA 4AJ7A 5ECQB 4MF6A 4OMVA 5IMCA 2IL3A 4MJCA 1DE1A 8GSSA 3QOUA 3UMAA 1T3BA 4PURA 2IWTA 1K3LA 4X43A 1XW9A 1O7UA 5KN3A 3EURA 2GQMA 1EOHA 3LFLA 3KJYA 6GSTA 3Q19A 3F3QA 5AN1A 3LG6A 3DKSA 2R5GA 4AF2A 5CP1A 4HZ4A 3VI5A 1E6BA 2K9FA 2GZPA 1DUGA 4KCAA 3MAKA 2JADA 5CAXA 2AV4A 1AW9A 2GQKA 1PX7A 4WF4A 2V6KA 1FOVA 3TOUA 5D9VA 4FO5A 3FEUA 5D93A 1A0RP 2NBSA 5E59A 4BL7A 1G7EA 3SBCA 2LNSA 2VLVA 3VURA 1GSDA 1XWKA 4WXTA 1XW6A 2VL9A 1E2YA 3LSZA 4ZB6A 1V9WA 4PUAA 4RUVA 2V1MA 3P8WA 2X99A 1XIYA 4X0XA 4XIHA 3LORA 2WZ9A 4EXJA 4JEDA 3IBHA 4K7IA 4IHUA 4KUNA 1M0UA 2IMIA 5ECPB 4YQMA 4WEYA 3FR9A 5CREA 1R5PA 3QPMA 2PU9C 5G5EA 2E2GA 17GSA 3RAZA 4XS6A 1BEDA 1V40A 4MK3A 3AY8A 2FA8A 5B7CA 1YEXA 4NWYA 3F9UA 1K0MA 1Z3EA 2FWGA 2F51A 4MABA 4O92A 4HEA2 4K9ZA 3GA4A 1K0OA 2PVQA 5ECSA 4XTSA 5G1KA 1ML6A 1XOBA 3DRNA 3C7MA 1F3AA 2WGRA 3PGTA 1H4OA 3BCKA 5ECKB 4KH7A 1SU9A 4G10A 1SD8A 1SENA 4ZB8A 1R5AA 4PXOA 4YH2A 4N30A 1X9MB 4GSSA 2HZEA 6GSXA 2N5BA 2K8SA 1SJZA 5DALA 1TW9A 1ZMAA 2MYGA 2LRTA 2XPEA 3UVTA 3EC3A 3W6GA 4XS4A 5J3RA 4ID0A 3WGEA 2IPAA 1BYEA 2KP1A 2QSIA 3M0FA 3I69A 1PSQA 2YP6A 4D73B 3KP9A 3D4MA 2LEGA 1ERWA 3GL5A 2IMEA 3Q74A 3KTBA 3N9JA 5GSSA 3TRPA 4V2NA 3NOFA 4I8BA 4F2IA 4MP4A 4KX4A 2OE0A 4ECBA 2DBCA 5ABRA 3ERWA 2RUFA 3UL3A 3GKKA 1F9MA 2MBTA 2VCXA 2B6MA 1G6WA 2B1LA 1M7TA 2WULA 2KUCA 2R3XA 1TRSA 3VWWA 4NAXA 3D4TA 2OADA 2A2SA 4HQSA 2ZNMA 3FZAA 5GSTA 1Q98A 4PX1A 4EDZA 5J5NA 5JWQB 2B5YA 2HSHA 3BBYA 4DVCA 3HXSA 5DQSA 1V98A 5D9XA 3FZ9A 3TRQA 5LD0A 2FD3A 1GSFA 3F6FA 2VD0A 1V57A 2JU5A 4KB3A 4TVEA 3A2XA 5KN0A 2KP2A 2FWHA 2YWNA 1XZOA 2O87A 4OFTA 1TU7A 5J9CA 1SL0B 3J7Yk 2XHFA 2H0GA 1URMA 3TKPA 2OJLA 1BJXA 3MNGA 1ZCPA 3DGQA 3CSIA 3QD9A 3WGDA 4ZXGA 1LJRA 2RM6A 2FHEA 1QQ2A 3CSHA 4NV2A 2M46A 1K0BA 4RI6A 1B8XA 5DCHA 4TR0A 1UVZA 3TRXA 2JZTA 4KAEA 1SKSB 2IFQA 2FWFA 4BVXA 3HJMA 4PQHA 2QKEA 3IA1A 1B48A 2KOKA 3GIXA 5DAKA 5C04A 9GSSA 4TKYA 4IQAA 3DIEA 2YZUA 3HCZA 2DJJA 4N0VA 1KBNA 1GSQA 1FW1A 4EC0A 2H1BA 4DEJA 5IMAA 1SD9A 1XBSA 2CVBA 5F07A 2H66A 3LXTA 2LKUA 2H0IA 3CYNA 5LCZA 1S3AA 3HZ4A 4YAPA 4IW9A 4EL1A 1X9WB 1N2AA 3PR8A 4ZL7A 2L4QA 1ILOA 2H1DA 1O85A 5F0GA 1X5CA 2AYTA 3GN3A 4OCFA 1M2AA 3VWVA 4BWQA 1T7PB 1M2BA 3GSSA 1R26A 2LJKA 1SKRB 4POKA 3IV4A 1VF4A 2OE3A 2IN3A 5ECNB 2PWJA 4HI7A 5ID2A 2P5QA 1EGRA 4KDUA 3DVXA 1OE8A 2ES7A 1XXUA 2EIOA 5B6MA 3TKSC 2GZZA 3W8JA 4L8EA 2YZHA 4WKWA 3HYPA 1XWCA 3NIVA 2GSTA 1MD4A 1A8LA 1M9BA 3ERFA 4XCSA 2FNOA 3IK9A 5A4WA 3IHQA 2L57A 2B7JA 2GQLA 6GSVA 2LRCA 3O6TA 4KSOA 1GLQA 3P7XA 2LQQA 5HFIA 3S9FA 5GAND 3CBUA 1SYXA 1PMTA 1HNBA 2K6VA 2CQ9A 4GCIA 3UAPA 1EV9A 4OFNA 4FYBA 1EV4A 5ECRB 1USBA 2XPDA 4POLA 3BD2A 2BJXA 4MMMA 3CTGA 1DBYA 2GZYA 3HKRA 3DEXA 3M9JA 2C1YA 4HZ2A 2CAIA 4IJ3A 4ZBDA 2P31A 1T4ZA 3L9VA 2YN1A 3HVVA 3VWUA 2VO4A 1GH2A 3C1RA 4JZQA 4DSSA 3KZQA 4KNDA 4Z7XA 4E8HA 2Z9SA 1B9YC 4Q5FA 4EE0A 2C0FA 1VF3A 1YJ6A 1O8XA 5H5RA 1K0CA 2YCDA 3GKNA 4I97A 1UN2A 1TI1A 1XWAA 4K0NA 2GT6A 1FAAA 3I9V2 2HYXA 5J9BA 2JSZA 2HI7A 4F9ZA 4IS0A 1U87A 2C3TA 5EY6A 4GQFA 2V32A 1AQXA 3GX8A 3IRAA 3RDWA 1BX9A 4GSNA 2VCVA 2N5FA 2RM5A 4E8EA 3APSA 4JRRA 3VFIA 2OBIA 4PQIA 2CAQA 2WRTA 1JZOA 2GDRA 1DSBA 5IO0A 2X8GA 2I81A 3BJ5A 1BG5A 2CZ3A 4TR1A 5ECIB 3HY2A 2H6ZA 2HZEB 2QC7A 3EMPA 3FW2A 4AJ6A 3APOA 5DALB 1NW2A 5CRGA 3GH9A 5F8BA 5ELAA 3TKSA 1XCCA 3CMIA 3A2WA 3O3TA 5JCUA 3PH9A 3GURA 3ISOA 4XS4B 1A23A 1GL8A 3ZRDA 1J08A 4K2DA 2TRCP 1KNGA 3HZ8A 3HHVA 4V2LA 4ECIA 4LL4B 5HR2A 3D21A 1S3DA 3E9JB 1MTCA 2P5RA 4ML1A 1V58A 2YOIA 2NPBA 1OKTA 2AHEA 1IYIA 4K6XA 5ECMB 1RK4A 1UA5A 4GXZA 4L5LA 5DCGA 4ML6A 4IKHA 1SYRA 3LXZA 3P2AA 1WP0A 2IIYA 1A2MA 3FYGA 4O32A 22GSA 3EMXA 3KXOA 1OVNA 2RUEA 1ZOFA 4RI7A 4IVFA 3H93A 3QR6A 3CRTA 3TDGA 2H6XA 2GTUA 1Y6EA 2JACA 1WWJA 1GUHA 1YKAA 3GV1A 18GSA 2VL3A 2XC2A 1TI3A 1R4WA 5HR0A 3G7YA 2CX4A 3GL3A 1MD3A 3QAWA 2F8AA 4L0UA 2A2RA 3LGCA 1PKZA 2FUG2 1EZKA 2IMDA 3O76A 2HRNA 2KLXA 2A4VA 3K8NA 1PL1A 4CW9A 3LYPA 2WFCA 5DQYA 1GSEA 3GKXA 1WIKA 2DJ2A 3EINA 1ERTA 5FT3A 3D6IA 2L6DA 4OO4A 4JR4A 1QFNA 1GP1A 5EVOA 4GTUA 1XWBA 4G19A 1OAZA 4NPBA 4WR4A 4O7HA 2N5AA 1X5DA 20GSA 5IMZA 1T1VA 5LNKe 4V1Ap 2IFQB 1T00A 3RBTA 1YKCA 4GLTA 3H1NA 3ZMKA 4G2EA 2HSYA 1JFUA 2GS3A 3C1SA 5DAKB 2I1UA 3KMOA 1JZWA 3QFAC 3FY7A 3M1GA 2LRNA 2YWIA 3VPQA 2ON5A 3QCPA 5IMVA 2LTKA 4ZL8A 3TJBA 2DIYA 4TXVA 1FB6A 4TW5A 2C0GA 5JWOB 1GSYA 1KEBA 3UOMA 2OKAA 2FA4A 4MJBA 5FHIA 1V2AA 2FGXA 4HDEA 1EGOA 2L4CA 3UARA 4KDYA 5D9WA 1Z5YE 1GLPA 3Q6OA 2C3QA 2E7PA 4TXOA 1B9XC 1HNAA 3KEBA 2REMA 4N10A 1K3OA 3KGKA 1GTBA 1Z6NA 1MDKA 3CRUA 5JWRB 4X1UA 4I2TA 1TRWA 1ABAA 3QAVA 5B6NA 2JSYA 5KEJA 3A5WA 4N0ZA 3KTLA 3U6VA 3VI7A 4EDYA 3RPNA 4N11A 3D0ZA 5H5SA 3OR5A 2EIRA 5ID2B 2X64A 4FH8A 2M80A 2QGVA 5GAPD 1W4VA 2H70A 2PUKC 1SK1A 3ZFBA 2YANA 4NHWA 2GLRA 3UBKA 1AQVA 2K8VA 3WT2A 2CT6A 1MDIA 4WF5A 1GTAA 3ZREA 2LSTA 1G6YA 3GRXA 4PGTA 4O5RA 1U6TA 1EWXA 4MF5A 3DD3A 4ULXA 4IQ1A 3UVHA 4BA7A 3VK9A 3IOSA 3KH7A 2P0GA 4MF7A 1W89A 2OACA 4HUAA 5IM9A 1H75A 1YQ1A 1YDKA 16GSA 2F3MA 2H72A 1EOGA 2C8UA 2I9HA 2B5EA 2WS2A 1TU8A 3TJFA 3C71A 2H1AA 3H4KA 1F3BA 4V1Ag 2LV3A 3VWXA 3HA9A 4XRDA 1PGTA 5CRWA 4KGIA 1TK8B 1OKDA 3FZ4A 2F8FA 2AB6A 1SL1B 2R6KA 1Z7RA 2E2MA 2ON7A 4WBRD 4F03A 5J4UA 4ZBAA 3HDCA 1ZZYA 2HLSA 4DSSB 3U5RE 3ZVJD 5INYA 1X9SB 4NMUA 2HT9A 2R2JA 1PQNA 1JZRA 2DJ1A 5IO2A 2L5OA 4LL1B 2PGTA 3E0UA 4GRFA 1G0TA 4F0BA 2CV4A 5AIXA 1A2JA 3EE2A 3TKSE 3N5OA 3QMXA 4K1FA 1AUCA 2WCIA 2DMMA 1JZDA 3ZITA 4F0CA 1B4PA 1F2EA 3GX0A 1TP9A 2VUPA 4TOPA 19GSA 4IP1A 2FWEA 1SJ6A 4AJ8A 2DC5A 3M8NA 4POBA 3P90A 3V1WA 4IJIA 6GSYA 5AIVA 1B4QA 1ERVA 4OWYA 2PVOC 2OE1A 1TOFA 1GWCA 4TRXA 1YZXA 3RHCA 5IIZA 4IBPA 2GGTA 3F4RA 3L78A 4CDOA 3LJRA 3DYRA 1Q4JA 1TKDB 3BOAA 3GH6A 4ACSA 1O73A 1FVKA 4EUYA 2BMXA 1ON4A 5CRHA 4NHZA 4HU7A 4XRAA 1THXA 3L9UA 4TR1B 2LJAA 5G1LA 4OD7A 4YQVA 1KTEA 2D2ZA 3ZTLA 2LNTA 3H8QA 5DJMA 4K7NA 1Z6MA 4XS1A 1QXHA 3FRCA 5DVBA 4MPFA 4QQ7A 2H30A 4V2MA 4MZCA 3UIWA 4K0GA 4K8MA 5CO3A 3G7IA 2LJRA 1PX6A 1ACVA 2C0DA 1YF0A 1F6MC 1YY7A 1A24A 2H6YA 4MA9A 2H1GA 5CRDA 4IGJA 6GSWA 2HE3A 4BPYA 2V41A 3F3RA 4I5QA 3UEMA 1U3IA 4HU9A 1OC9A 2R37A 5HR1A 3G7JA 5F05A 1BAYA 1TJDA 3TJKA 2VD1A 1TK0B 1AIUA 3LQ7A 2H75A 3KM6A 2JL4A 3FKFA 1JHBA 5D8IA 2PERA 4KA0A 2VIMA 4JE1A 2XBQA 3IK7A 1FVJA 4WR5A 3MSZA 2C4JA 3DMLA 2DJ0A 5D9TA 5ENUA 4F82A 1PA3A 4YQUA 1WJKA 3CXGA 2V2GA 4WBJA 2HXKA 4GF0A 2HZFA 6GSSA 2HRFA 1GTIA 5G30A 1S3CA 4HJMA 3BCIA 3F4SA 3FK8A 3EU3A 4I6XA 4FYCA 2EIQA 1XFLA 1ST9A 2YPMA 3KMNA 4HOJA 1ZYQB 1ZL9A 5J41A 3M3MA 3KH9A 13GSA 1VRSD 1J0FA 2H74A 1GULA 4HS1A 2H73A 2PBJA 3FR3A 3R2QA 3VLNA 4DSRA 3L4NA 3GYKA 3WD6A 3QDNA 4MZBA 4L5OA 2B5XA 4Q5RA 5IOWA 5G31A 3UBLA 3IR4A 2DJ3A 3F6DA 2X8HA 1FG4A 3A2VA 3GTUA 5DDLA 1GRXA 3GHAA 2MMAA 4H86A 2TRXA 4FYUA 1GUKA 3ZL5A 3GFKA 2GSQA 2OBKA 2PPTA 3GNJA 5DJLA 5G2ZA 2BTOT 4HQZA 3IE3A 1TTZA 4Q5QA 4I2UA 3ED3A 4ISDA 4AGSA 4QL7A 4KW6A 5COHA 1THOA 1QK8A 1XPVA 10GSA 1CQHA 1WRYA 1YF1A 3RHBA 1PRXA 4TXOB 3UJ1A 4XHMA 1UC7A 4OO5A 3IC4A 3QFBC 4IN0A 1EEMA 5F06A 3US3A 2L59A 4BVYA 4POMA 1A8YA 2YV7A 1TRVA 5CNWA 3JCML 4EVMA 1SL2B 1HQOA 3ZFLA 4EO3A 3ZZXA 3KIJA 1SKWB 1Y25A 4RQRA 1NM3A 3GSTA 4MLYA 1EP7A 4LMVA 3ERGA 4MPGA 2YV9A 4GQCA 1PKWA 2NVLA 2X8CA 5ECLB 5HR3A 4ZILA 1MEKA 1T8EB 4L0WA 2RIIA 4LLRA 2MMNA 3TGZA 4MCUA 2NTOA 3ZVJA 2H76A 3GMFA 3TUEA 2DJKA 3KP8A 3SWLA 3VPTA 1TRUA 3C73A 2VOCA 1RQMA 1M99A 2G2QA 1QGVA 3WGXA 1K0NA 5ECHB 4G9HA 1XVWA 3NZNA 4GSTA 3FHKA 2YJHA 1WMJA 2L6CA 2FLSA 1SJIA 2L5LA 3QAGA 1OE7A 1GTUA 4OCEA 3Q18A 5FWGA 1XVQA 1BQ7A 1HD2A 3TKRA 3HD5A 2ZUPA 7GSSA 4ZBBA 1A2LA 4ECCA 1SK2A 2FCHA 4MH3A 1WPIA 3L0HA 1VF1A 1O81A 2I3YA 1K0DA 1ZYEA 1T4YA 1HNCA 1ERUA 2MZCA 1LU4A 2O8VB 4Q5NA 2OA7A 1M2DA 3A3TA 2VL2C 4P3YB 4MH2A 2B7KA 2JZSA 5ECOB 1X0RA 3TKQA 4LMWA 2CX3A 5HQPA 4TN8A 2XBIA 6GSUA 1NSWA 3TJJA 3F4TA 1OC3A 1WE0A 2H0HA 2VCQA 5JCGA 3LEFA 4J57E 2K18A 1GNEA 3H79A 3GKMA 4TR4A 4OFMA 4TR3A 4NV5A 3HJOA 3MWHA 2MBSA 2C80A 5EPFA 1AQWA 3EWLA 1IYHA 4MZWA 1RW1A 2LS5A 1K0AA 1TDIA 2GVPA 3ZIJA 4YAVA 2LUSA 3APQA 4ILFA 5B8BA 5AISA 4MDCA 1PN9A 3ZYWA 4IP6A 2YNXA 2DLXA 2YWOA 1CQGA 3M9KA 5C00A 2IMKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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