The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
162
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structure length |
162
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Chain Sequence |
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Peroxiredoxin-5, mitochondrial
|
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
50
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| structure length |
162
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| sequence length |
162
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
1.11.1.15: Peroxiredoxin. |
| pdb deposition date | 2013-04-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08534 | Redoxin | Redoxin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JE1 A; 4EVM A; 4MZW A; 1GTI A; 4NWY A; 2H71 A; 1T8E B; 2FA8 A; 3LOR A; 4POK A; 2DML A; 1GSQ A; 1V57 A; 5G1L A; 4PNG A; 4POB A; 1X5E A; 2CQ9 A; 2N5B A; 4GWR A; 4FYU A; 2VO4 A; 1TRV A; 5HR2 A; 5GSS A; 1V98 A; 3GH9 A; 2J23 A; 1SL2 B; 2H01 A; 5DCH A; 2IL3 A; 2FWG A; 3TRQ A; 4ZB6 A; 4ZIJ A; 2IFQ B; 5FHI A; 3ERF A; 4MP4 A; 4TR1 B; 3QPM A; 4MJC A; 2YWN A; 3GSS A; 1FB0 A; 2C8U A; 2LRT A; 3F4T A; 2FUG 2; 2O8V B; 5GST A; 2JL4 A; 1SL0 B; 4RQX A; 5IQY A; 1SYR A; 2QKE A; 1HNB A; 2GQK A; 4WET A; 3TKS A; 3BOA A; 3D5J A; 1U87 A; 3RAZ A; 4O92 A; 4WR5 A; 2XPD A; 3ZIT A; 4O7H A; 3FKF A; 2EIO A; 5D8I A; 3Q6O A; 3N5O A; 1SD8 A; 1HYU A; 1TU7 A; 1X9M B; 2IN3 A; 3O76 A; 3E0U A; 4MJE A; 2LUS A; 2M46 A; 3UL3 A; 4XIH A; 3I69 A; 1ZOF A; 5DAK A; 1AQV A; 4ID0 A; 3F6F A; 1QXH A; 3KIJ A; 2R2J A; 2DJ2 A; 2DIZ A; 1VF2 A; 5G31 A; 2A4V A; 3IBH A; 3APQ A; 2R6K A; 3GKX A; 1XZO A; 4XRD A; 5J4U A; 4H86 A; 3UIW A; 1X5C A; 2VCX A; 3C8E A; 4WKW A; 3VFI A; 2H1D A; 4OD7 A; 1G6W A; 1GLQ A; 5H5Q A; 1F2E A; 4IVF A; 3Q19 A; 4K6X A; 1YDK A; 1I9D A; 5IO2 A; 7GSS A; 3U6V A; 2P5R A; 2P5Q A; 4IKH A; 1O81 A; 2H75 A; 3EC3 A; 1PQN A; 3EE2 A; 2NPB A; 2PU9 C; 3SWL A; 2H6Z A; 3CSI A; 4CW9 A; 4BL7 A; 1XOA A; 2BJX A; 3IDV A; 1TI1 A; 1BJX A; 1J08 A; 2VD0 A; 4HUA A; 4F9Z A; 2LST A; 4GTU A; 5G5E A; 1UA5 A; 3GNJ A; 4K2D A; 3ME8 A; 5EPF A; 5L71 A; 2E0Q A; 2VLT A; 5B8B A; 3KTB A; 2H1A A; 1M9B A; 2V1M A; 1U6T A; 1R4W A; 4YQU A; 2KHP A; 3QMX A; 4V2N A; 1B4Q A; 2H72 A; 3E3E A; 1BYE A; 1FVK A; 3KH7 A; 2MMA A; 3QAW A; 1HD2 A; 3IA1 A; 1Z3E A; 3GX0 A; 2VL2 A; 4TR0 A; 5J41 A; 3ERG A; 3P8W A; 1F3B A; 2YPM A; 4XHM A; 5CRD A; 2X8C A; 1DSB A; 5D93 A; 2HFD A; 4GST A; 5H5S A; 3UMA A; 1ERW A; 1QFN A; 2PUK C; 3EMX A; 3LXT A; 1S3D A; 3HD5 A; 3QDN A; 3F63 A; 1TK5 B; 2DJ0 A; 1M9A A; 2H30 A; 3W8J A; 2YCD A; 3A3T A; 3NZN A; 4WBJ A; 4EXJ A; 2DBC A; 4HJ2 A; 1PGT A; 3CRU A; 3M3M A; 4DSR A; 5ECH B; 1BAY A; 2PN8 A; 1MTC A; 1FVJ A; 2F8F A; 2R37 A; 2H0I A; 3KEB A; 2JAD A; 3PH9 A; 2NVL A; 3RPN A; 1ZZY A; 2FGX A; 5A4V A; 4HJM A; 1Z7R A; 3KGK A; 4K9Z A; 3IXR A; 4Q5R A; 3GTU B; 4QQ7 A; 14GS A; 2YAN A; 4PQ1 A; 5G1K A; 1XWK A; 4BA7 A; 4E8E A; 3DVW A; 3CSJ A; 1TK8 B; 3IR4 A; 3HHV A; 2DLX A; 1A0R P; 3IE3 A; 2H0H A; 5IMD A; 2GS3 A; 3L0H A; 3VK9 A; 1EV4 A; 2FHE A; 2C0G A; 3ERW A; 1FAA A; 1OC9 B; 3UAR A; 3HYP A; 4NPB A; 5HR3 A; 5DDL A; 5CYY A; 2C0D A; 3TJB A; 5ID2 A; 1M99 A; 2EIQ A; 5B6M A; 3LEF A; 3ZFB A; 5AIV A; 5FWG A; 3TDG A; 2VM2 A; 3IK9 A; 2N5A A; 5ECL B; 2VCT A; 2IPA A; 3C71 A; 1FO5 A; 1VGL A; 4HDE A; 1K3L A; 3GFK A; 1O73 A; 5ECN B; 1XXU A; 2O87 A; 3Q74 A; 2X99 A; 3IV4 A; 3WGX A; 2FD3 A; 5G5F A; 3KP8 A; 2B5Y A; 2FWE A; 2L57 A; 2CAQ A; 1AW9 A; 5LD0 A; 3IOS A; 3S9F A; 5KN0 A; 4WF5 A; 1PL2 A; 2CAI A; 4I5Q A; 2B5X A; 4DVC A; 3CBU A; 3HKR A; 2IFQ A; 1O6J A; 4PX1 A; 3WGD A; 1GSE A; 3ZIV A; 1ZYE A; 3ME7 A; 1SL1 B; 5ECK B; 2G2Q A; 1YEP A; 3V1W A; 2PMT A; 4PUR A; 3GHA A; 5CRE A; 1B48 A; 2AUV A; 4XS4 A; 4E8H A; 3TKS C; 2GSS A; 2LJK A; 1ABA A; 2RM5 A; 2VM1 A; 17GS A; 3TRX A; 3UVT A; 3D4T A; 1HNA A; 3US3 A; 1K0A A; 2KUC A; 4HQZ A; 4I97 A; 3FW2 A; 1T1V A; 2CVK A; 2QGV A; 2H76 A; 1ERV A; 1WRY A; 1GUK A; 1M2A A; 1GL8 A; 5DBQ A; 1TKD B; 3KD0 A; 5DJM A; 4RI7 A; 5F8B A; 4XRA A; 3M9K A; 4IBP A; 2VAF A; 2HNL A; 1FB6 A; 3EVI A; 1BED A; 2O89 A; 1WOU A; 1PA3 A; 3VPT A; 1TRW A; 1XOB A; 2HE3 A; 1TTZ A; 3RHC A; 3EIN A; 4G19 A; 2AAW A; 4L0W A; 4MA9 A; 5IMF A; 2DIY A; 1XWB A; 1EOG A; 1A24 A; 1SYX A; 3MNG A; 4KCE A; 3HJO A; 3GKK A; 6GSS A; 2FNO A; 1A8L A; 1KBN A; 4IJI A; 4NHW A; 2AV4 A; 2H8L A; 5CO3 A; 1RQM A; 1M7T A; 3CTG A; 4N10 A; 2OBI A; 1TXX A; 2CVB A; 2A2R A; 2R4V A; 3D4M A; 5DQY A; 16GS A; 1IYI A; 1GH2 A; 2J9H A; 4OO4 A; 2VLV A; 3NIV A; 1OAZ A; 3GH6 A; 5HR1 A; 1GSU A; 4KSM A; 5JWO B; 5IIZ A; 3P90 A; 3F8U A; 4DSS B; 5CAX A; 2VCQ A; 4TRX A; 2IME A; 5IM9 A; 3UVH A; 4TR3 A; 3GUR A; 2V32 A; 1A2J A; 13GS A; 4PXO A; 4JED A; 3O3T A; 5IPG A; 3FR9 A; 5F0G A; 4L5L A; 4K7O A; 2HI7 A; 3KJY A; 2WCI A; 1YQ1 A; 4I8B A; 3IHQ A; 5E4W A; 1IYH A; 3FYG A; 2HZF A; 3DD3 A; 4YH2 A; 5J3R A; 1ZCP A; 1GSS A; 5EL8 A; 5IMC A; 3ZL5 A; 2YJ7 A; 3DRN A; 3LYK A; 5D73 A; 1WP0 A; 4MF5 A; 5H5R A; 2BTO T; 4FO5 A; 2IJY A; 4PUF C; 1YEX A; 1JFU A; 1QGV A; 2V41 A; 4OFN A; 2YWO A; 3G9B A; 3GST A; 1RK4 A; 4YAP A; 3DXB A; 1TP9 A; 1K0B A; 5ECP B; 1T4Y A; 3GN3 A; 2OE3 A; 4GCI A; 1LBK A; 3UJ1 A; 3PR8 A; 3RBT A; 5JCW A; 4TOP A; 4IEL A; 1AAZ A; 1SJ6 A; 2YWI A; 4D73 B; 2C0F A; 4K0G A; 3HJM A; 3TUE A; 2R3X A; 3VUR A; 5CP1 A; 1PL1 A; 5B7C A; 2OJL A; 1HQO A; 1YF0 A; 1A2M A; 1B4P A; 4KSO A; 4NV2 A; 4PUA A; 4KB3 A; 3A2W A; 2REM A; 5A4U A; 5DAL B; 4K0N A; 3KP9 A; 1OC3 A; 3TJJ A; 3IAM 2; 1GUL A; 4KAE A; 1G6Y A; 4LL4 B; 4JU5 A; 1K3O A; 5F06 A; 2B5E A; 4PNF A; 3UAP A; 4QL7 A; 5ECO B; 1DBY A; 3EU4 A; 2N5F A; 2GZY A; 1GP1 A; 2I81 A; 4AJ8 A; 1AUC A; 3H93 A; 2VUP A; 1KTE A; 4KUN A; 2AB6 A; 4DEJ A; 1XFL A; 2WUL A; 1TJD A; 3HA9 A; 1EGO A; 4N0Z A; 5GAP D; 1YF1 A; 2CA8 A; 2OKA A; 2XBQ A; 3QOU A; 1SEN A; 3UEM A; 1WPI A; 2CZ3 A; 4MK3 A; 2IMI A; 2KLX A; 3GA4 A; 4ISD A; 4JRR A; 2KP1 A; 4WF4 A; 3DIE A; 2K8S A; 4TXO B; 5HFI A; 1XBS A; 3UBK A; 9GSS A; 2IMF A; 1QQ2 A; 2H73 A; 2KOK A; 4FIW A; 1OYJ A; 3WD6 A; 2FLS A; 3VPQ A; 2E2G A; 1SKS B; 4OFT A; 2WFC A; 5ECR B; 1KNG A; 2MMN A; 4AJ7 A; 1JZR A; 2OA7 A; 3F4S A; 4K7I A; 4OCE A; 5IMZ A; 1EOH A; 5LNK e; 4J2F A; 4GQC A; 3DWV A; 5D9T A; 1VF1 A; 4Q5Q A; 3VWU A; 3Q18 A; 3A5W A; 1ILO A; 19GS A; 2GGT A; 2M72 A; 1U88 A; 3FK8 A; 3PIN A; 3QCP A; 4TW5 A; 3CSH A; 3QR6 A; 2I4A A; 1G7E A; 4JZQ A; 4JR4 A; 3F3Q A; 2ON5 A; 3LFL A; 2E2M A; 1CQH A; 4K8M A; 4G2E A; 3I43 A; 2LEG A; 3QAV A; 4ZIL A; 2GQM A; 1H4O A; 3KM6 A; 2HLS A; 4NV5 A; 2K18 A; 4OFM A; 1S3A A; 1EEM A; 3EU3 A; 3BCI A; 2NTO A; 2B7J A; 3I6A A; 2LJA A; 3FZ4 A; 4MAB A; 3A2X A; 4EL1 A; 3HZ8 A; 2YJH A; 2V2G A; 2H6Y A; 5JWQ B; 2OAC A; 3H4K A; 5IMA A; 3APO A; 3QD9 A; 5ECS A; 4YAV A; 2PPT A; 3F3R A; 4DSS A; 2YNX A; 1X5D A; 5CRW A; 2AHE A; 3L9V A; 5GZZ B; 1THX A; 3ZVJ A; 2JU5 A; 4MCU A; 4N0V A; 2GT6 A; 3ZZX A; 3L9S A; 4FYC A; 2NDO A; 1N2A A; 5IOW A; 3W6G A; 2P0G A; 2MBT A; 3R2Q A; 2HRF A; 4GXZ A; 2DJJ A; 3KMO A; 1SD9 A; 1R7H A; 3TKS E; 2O85 A; 4G9H A; 2JZT A; 5HQP A; 1Y25 A; 5KN1 A; 2FWF A; 1TDI A; 3KXO A; 3ISO A; 1WJK A; 3OR5 A; 1EWX A; 3GL5 A; 3LSZ A; 2F3M A; 1PKZ A; 3JCM L; 1GSF A; 3LQ7 A; 1X9W B; 5KN3 A; 1KEB A; 4HU7 A; 3VLN A; 5ECM B; 5J9C A; 2XHF A; 4KDU A; 1ON4 A; 4EF0 A; 4D73 A; 1GTB A; 3TOU A; 1U3A A; 2RLI A; 4I2T A; 1GLP A; 3FZ9 A; 4MH2 A; 2F51 A; 3D0Z A; 3ZFL A; 3HJP A; 3F9U A; 3MAK A; 1V2A A; 2MMZ A; 5AGY A; 4WXT A; 2H0G A; 2VL3 A; 1QK8 A; 1TOF A; 2M80 A; 3E9J B; 5COH A; 1MD4 A; 2VCV A; 1MDK A; 2PWJ A; 2HZE B; 4ZXG A; 3TKQ A; 5A4W A; 2DMM A; 3PGT A; 3TOT A; 4TR1 A; 1AQW A; 1Y6E A; 1A8Y A; 3QAG A; 4X0X A; 4WR4 A; 4NHZ A; 3MDK A; 1B9X C; 4NMU A; 4X1U A; 4YQM A; 5DJL A; 3L9U A; 1FOV A; 1NHY A; 1K3Y A; 2NBS A; 2H1B A; 4DSQ A; 3H79 A; 5HFK A; 4XTS A; 1DUG A; 2BMX A; 4V1A p; 5AN1 A; 1TK0 B; 2A2S A; 4TVE A; 1PX7 A; 5A5K A; 1T4Z A; 1Z5Y E; 3L4N A; 5IO0 A; 4ZBA A; 5ECI B; 1CQG A; 3CXG A; 3ZIJ A; 1E6B A; 1PKW A; 1O85 A; 4MLY A; 4GLT A; 1JHB A; 3HDC A; 1XWG A; 4TN8 A; 4ML6 A; 2MBS A; 1GSY A; 1V9W A; 1TW9 A; 2HYX A; 1JZO A; 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3ZRE A; 1EZK A; 3GTU A; 2VCZ A; 4TKY A; 8GSS A; 2PER A; 3ED3 A; 2AJQ B; 3APS A; 1XPV A; 3G7J A; 2DJ1 A; 2WS2 A; 4XS1 A; 3WT2 A; 2F8A A; 3M9J A; 1ZGN A; 4XS6 A; 4AF2 A; 1SU9 A; 4OO5 A; 2LNT A; 5IPH A; 3TRP A; 3HY2 A; 1R5A A; 3HVV A; 2C1Y A; 1THO A; 3P2A A; 4ILF A; 3MWH A; 1OC9 A; 4OWY A; 4LA1 A; 1AXD A; 4GQF A; 2LQQ A; 1GWC A; 1A2L A; 3NOF A; 3J7Y b; 2WZ9 A; 1USB A; 3TJF A; 1OKT A; 5D9V A; 3CMI A; 6GSU A; 1GRX A; 4IP1 A; 3TJG A; 4F0B A; 3GX8 A; 5DVB A; 4F82 A; 2LNS A; 2VIM A; 4JBB A; 4TR4 A; 5JCG A; 3J7Y k; 2O7K A; 2L5O A; 4ECB A; 1GSD A; 4EDZ A; 2GZP A; 2H6X A; 4KE3 A; 1PX6 A; 3EMP A; 4XS4 B; 4TXV A; 1TRU A; 3BBY A; 1PN9 A; 3TJK A; 1SKW B; 3IAS 2; 4ML1 A; 2C4J A; 1PD2 1; 3KCM A; 2HZE A; 3IK7 A; 2L4Q A; 3GV1 A; 4CDO A; 6GSV A; 4KW6 A; 3RDW A; 1K0N A; 3VI5 A; 4BWQ A; 1R26 A; 4WBR D; 5G30 A; 1XWA A; 1E2Y A; 3TB2 A; 1SJZ A; 4AGS A; 4I2U A; 4EE0 A; 1VF3 A; 3FEU A; 5ENU A; 2EIR A; 1H75 A; 2RUF A; 1O7U A; 1UVZ A; 1S3C A; 2F9S A; 22GS A; 4OMV A; 3KZQ A; 2L6D A; 2GLR A; 5LCZ A; 3D22 A; 4ZL8 A; 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