2NVLA

Crystal structure of archaeal peroxiredoxin, thioredoxin peroxidase from aeropyrum pernix k1 (sulfonic acid form)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
242
structure length
241
Chain Sequence
SIPLIGERFPEMEVTTDHGVIKLPDHYVSQGKWFVLFSHPADFTPVTTEFVSFARRYEDFQRLGVDLIGLSVDSVFSHIKWKEWIERHIGVRIPFPIIADPQGTVARRLGLLHAESATHTVRGVFIVDARGVIRTMLYYPMELGRLVDEILRIVKALKLGDSLKRAVPADWPNNEIIGEGLIVPPPTTEDQARARMESGQYRSLDWWFCWDTPASRDDVEEARRYLRRAAEKPAKLLYEEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Oxidation of archaeal peroxiredoxin involves a hypervalent sulfur intermediate
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Aeropyrum pernix
molecule keywords Probable peroxiredoxin
total genus 76
structure length 241
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2006-11-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.1020.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 2nvlA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2nvlA01
3KIJA 2LNTA 4G9HA 2IFQB 1PX6A 2GDRA 3HA9A 4ILFA 4WF5A 1V40A 1EGRA 3IOSA 3ZREA 4GSTA 4ID0A 4FYCA 3IXRA 2FA4A 2VOCA 1Z3EA 2H76A 2GLRA 1SKRB 1G6YA 3RHBA 3E3EA 4L5OA 4EL1A 4DVCA 3GH9A 5B8BA 4G19A 2EIQA 1Z7PA 3LORA 1SK1A 4BWSA 4I2TA 5IMDA 2HSYA 3A2WA 1T8EB 5H5QA 6GSXA 1LU4A 2C0DA 3ZLPA 4WXTA 1SENA 2IWTA 2FA8A 2QSIA 3M9JA 5H5SA 1MD3A 1K0NA 4QL7A 4MA9A 3TUEA 3DWVA 2FWGA 2KOKA 1XWAA 4XS6A 5DALA 2PU9C 2DMMA 2LQOA 2L4CA 1GTUA 2H75A 4IKHA 2JACA 3DRNA 1HD2A 2B5EA 3M9KA 4XS4B 4GRFA 4KCEA 1Z6MA 2MZCA 2VCVA 4ZL8A 1ZYEA 2H8LA 2LRNA 3ZTLA 2R3XA 3C8EA 2E2GA 3MDKA 3LXTA 2FLSA 3TKSC 4GTUA 1XVQA 2HI7A 5DJMA 4OMVA 1M99A 5GSSA 1ERVA 4BL7A 2DLXA 3TRPA 5CRWA 17GSA 2HE3A 4WETA 1CQGA 2F8AA 2DJ3A 2XBQA 1V98A 1FG4A 1YEPA 3FHKA 1OAZA 1XFLA 5IMCA 3TOUA 3G7IA 2LRCA 3EINA 2H0IA 2VD0A 3CRUA 3O6TA 2WJUA 4TXOB 1X5EA 2B5YA 2IPAA 1XIYA 3M8NA 2CX4A 4K1FA 4GQCA 1GTBA 3EWLA 3HD5A 3LG6A 1GLPA 3GL3A 4FH8A 1JHBA 4KDUA 1QQ2A 1AQXA 2TIRA 3ZYWA 4KAEA 4ECBA 4TR0A 3RAZA 1JZWA 1F3BA 3D4MA 3BD2A 1JFUA 2VD1A 2FCHA 3HVSA 1XWCA 1PL2A 1AAZA 3D6IA 4X1UA 2NBSA 3CBUA 6GSUA 2YNXA 1A0FA 3ZIJA 3TRXA 5FWGA 4XHMA 3FZ5A 1FO5A 2LJRA 3GSSA 3N9JA 1VF4A 3ZMKA 3MSZA 1WE0A 2H72A 3S9FA 1PN9A 2J23A 2OACA 1PA3A 4IHUA 1VRSD 3WYWA 3L4NA 4JR4A 2O89A 4MDCA 1GRXA 1B48A 3CMIA 4Q5QA 5E4WA 2CZ3A 2H6YA 2X8HA 3FZ9A 2JADA 3QFBC 1RW1A 5JCUA 2HZFA 2PVQA 3FKFA 4CW9A 3QAVA 3DVWA 5G5EA 1B9XC 4O92A 1WPIA 1Z7RA 1DE1A 3F8UA 1SJZA 3TKRA 3IR4A 5IM9A 2K8VA 1EV4A 2V2GA 4HI7A 5AISA 5CRDA 3RBTA 8GSSA 5ELAA 1ZL9A 2H6XA 5ECNB 5IQYA 3KZQA 2B1KA 4CDOA 2YV9A 4XCSA 5FT3A 1SL1B 4MJEA 2A4VA 3JCML 3LXZA 4ECJA 2MMZA 4L5LA 5AIVA 3H4KA 1GNEA 3D21A 2FUG2 4XS1A 3VI5A 4O32A 3BOAA 3LYKA 2WFCA 3EVIA 2GZYA 4O5RA 3UMAA 3FR9A 5F05A 1YY7A 1G7OA 4MABA 5CO3A 4IBPA 1BQ7A 4LMVA 1U6TA 4GQFA 7GSSA 5DDLA 2HRFA 3KTLA 1M9BA 1PSQA 1T7PB 5JCWA 3LWAA 4FYBA 3KD0A 2JSYA 1B9YC 2V6KA 2R37A 2G0FA 2YPMA 1T4ZA 2L4QA 4IP1A 20GSA 1K0OA 2GSQA 3F4TA 1HYUA 1JZOA 4TOPA 1QXHA 2ZNMA 2ES7A 5ABRA 5A4VA 2H1DA 5CAXA 2F3MA 5GSTA 2LTKA 3VPTA 3TKQA 5AGYA 2DJ2A 2XC2A 5D96A 1RK4A 3KCMA 2RIIA 4MH2A 6GSSA 4RI6A 5D9WA 3GA4A 4F0CA 1H75A 16GSA 2OE0A 5JWOB 2WS2A 3VWWA 3QCPA 4WF4A 1N8JA 2LRTA 4JBBA 4NV5A 1KTEA 2L6CA 2I3YA 12GSA 4P3YB 2C3QA 1A8YA 5EPFA 1A2MA 4EDZA 1THOA 2L6DA 2HT9A 3Q19A 5B7CA 10GSA 1OC8A 3I69A 2JZTA 5IOXA 5CRGA 3TJJA 1HNAA 1XZOA 3LJRA 2VL2A 1A2JA 2REMA 3PINA 2JL4A 1GSQA 3BJ5A 3I9V2 4PQIA 5AN1A 3GNJA 1MDKA 5IPHA 1M9AA 4X0XA 4K2DA 2GQKA 5GZZB 1URMA 1ZZYA 3KH9A 2O8VB 5ECHB 4HZ4A 2E7PA 1J0FA 4KH7A 3KGKA 4MZBA 3UVTA 2X99A 2HFDA 3H79A 3UARA 1ZOFA 2LJKA 1XVWA 3FZ4A 1M7TA 2K9FA 3UVHA 2C4JA 6GSYA 2DJJA 2H1GA 2VCTA 3IE3A 2FY6A 3FR6A 4MZWA 1GNWA 2YWMA 2YWOA 5DALB 5IO2A 2FD3A 4HEA2 2VCQA 2J9HA 2H6ZA 4EF0A 2ZUPA 2I4AA 5IMAA 4IELA 4NHWA 4ZILA 3H1NA 5IMFA 3A3TA 2CAIA 1TK5B 4NMUA 4GF0A 4OO4A 4KX4A 2LUSA 1UN2A 1BX9A 3QD9A 4K7NA 4LL1B 2CVDA 1M0UA 2C3TA 1XW6A 2NVLA 2DIZA 4IP6A 4KDYA 4MF5A 2VLVA 4PX1A 4PURA 11GSA 2P31A 2FHEA 3QOUA 1VF2A 4YAPA 2VAFA 4I8BA 3ZFBA 3LSZA 2TRXA 2WB9A 2PN8A 5ECSA 1XPVA 4MJAA 4WKWA 3W8SA 3GH6A 1EP7A 4WEYA 3F4RA 1ABAA 1MEKA 4RQRA 4TR1B 2JU5A 3RHCA 4OWYA 3O76A 3UEMA 4WR4A 4NWYA 5D9XA 5J41A 1U3IA 4BA7A 1ZCPA 3QDNA 1TRUA 1U87A 3ZRDA 1SKWB 3ZMLA 2B6MA 3FY7A 4H86A 1TDIA 1OE8A 1S3AA 2IN3A 2DJ1A 1THXA 4F82A 3VWXA 1V58A 1C72A 2HSHA 2PERA 3FW2A 2X8CA 2HNLA 1GTIA 2DSAA 4TXVA 1R4WA 1GUHA 3GFKA 2GQLA 4ZXGA 3HHVA 22GSA 1EV9A 1GL8A 1NHOA 2RM5A 1GH2A 2VLUA 3EYTA 1GUKA 1O81A 1V9WA 3GUSA 2FNOA 5COHA 3ME7A 4V2NA 4F03A 4MF6A 1MTCA 1BJXA 5IPGA 2I9HA 1S3DA 2NPBA 3M3MA 2KLXA 3DD3A 5D93A 1B4PA 2RUFA 3D4TA 1QFNA 5F06A 1UC7A 2YJHA 2VM1A 3ERGA 3I43A 3BBYA 2H66A 1A0RP 5B8AA 2XPEA 1GSEA 5EL8A 4KCAA 2GQMA 1OE7A 4MF7A 3MNGA 5KN0A 1HQOA 3APQA 2GZPA 1TJDA 1SJIA 3NOFA 1G0TA 4TKYA 1X5CA 2H0GA 3GN3A 5ENUA 1AQWA 3GRXA 2VO4A 3PH9A 1BAYA 1G7EA 1ILOA 2PVOC 5A4UA 5GAND 3W8JA 5IMZA 3ISOA 3GURA 3LQ7A 5HFKA 3DIEA 4LL4B 1GWCA 1K3OA 2X8GA 2V6OA 2GVPA 1JLVA 2CVKA 2E2MA 3UL3A 3DEXA 2VL9A 1ERUA 2H1BA 1ZGNA 2LQQA 1VGLA 3FYGA 4NAXA 1FW1A 2YZHA 3VFIA 2VCWA 4XRAA 1TW9A 4GCIA 1ERWA 1TOFA 4GSNA 5DCHA 2OE3A 2K18A 5ECKB 1YZXA 2DJ0A 5HR2A 4DSQA 1Z6NA 2H01A 3HJOA 3GV1A 4EKZA 4N0VA 5G30A 3ZZXA 4TR1A 5JWQB 4NXIA 5ECLB 4ZBDA 3IBHA 5D73A 2DIYA 1T1VA 3U6VA 1DSBA 4I97A 3HCZA 2M80A 1A23A 4F0BA 1QUWA 4ZB9A 3WT2A 2AHEA 4AJ8A 1OYJA 2YWIA 4EO3A 1DUGA 2H74A 4JU5A 4EC0A 2A2RA 3GYKA 2O7KA 5J3RA 1EEJA 4OFTA 5HQPA 5KN2A 3HYPA 4KDXA 4XTSA 5G5FA 1I5GA 1GP1A 2GT5A 1OKDA 4HU9A 2IIYA 4MMMA 2C8UA 3TJGA 2MMNA 2VL3A 1R5AA 3IAS2 1EZKA 3F9UA 3TGZA 2LEGA 2IMEA 5CNWA 4OFMA 2HYXA 1AIUA 1T4YA 1EEMA 3US3A 4OFNA 1GULA 3L9UA 1KEBA 3GX0A 1X9MB 4N0ZA 3ZITA 2EIRA 5CREA 3TKSA 4DSRA 1OKTA 4HJ2A 4YQUA 1DE2A 5ECQB 1T3BA 5DAKB 1SYRA 4ECIA 1JLWA 3HJMA 2C80A 1T00A 4KGIA 1XW9A 4RI7A 4GLTA 1E2YA 4WBJA 3TDGA 1K3LA 3OR5A 1EWXA 2DC5A 4ZBAA 3KMNA 1O7UA 2IMIA 1YDKA 3MWHA 1KNGA 3IC4A 3GX8A 3APOA 4HDEA 1O8XA 1J9BA 5ID2A 2C0EA 3GKKA 3A2XA 4V2LA 4XRDA 3QMXA 3H93A 3HXSA 5H5RA 1TI1A 1NW2A 1ON4A 4K7IA 2C0GA 3CXGA 1YEXA 2OJLA 1CQHA 2OE1A 3DXBA 2JSZA 2WGRA 1FOVA 1WIKA 1YF1A 4J56E 2ALBA 14GSA 2B1LA 2IJYA 3M0FA 3A2VA 1YKAA 4E8HA 1DBYA 5DVBA 3TKPA 2VIMA 1K0AA 4WR5A 3MAKA 3ERWA 1ACVA 3FEUA 2IMFA 1FVKA 4LA1A 1S3CA 4POKA 1QK8A 3IPZA 1NSWA 4IS0A 3HZ8A 5E59A 4GWRA 2OADA 1X5DA 3RDWA 3G9BA 2GZZA 4Z7XA 1AC1A 2ON5A 1WOUA 2AB6A 2C0FA 1WP0A 3KM6A 4IVFA 2GSSA 4MZCA 3KEBA 4KSMA 4RUVA 1OC9B 2E0QA 2YJ7A 1YJ6A 3HY2A 4BPYA 1LBKA 4AGSA 4KUNA 3D0ZA 2G2QA 5B6NA 1BG5A 4QL9A 3I6AA 2C1YA 2RLIA 1F2EA 4V1Ap 5AIXA 2F9SA 5F07A 1XWBA 3IA1A 5HFIA 1XWKA 2ZCTA 3TJBA 5IMVA 2N5BA 4IQAA 3W6GA 1GSDA 3DVXA 2VM2A 2I1UA 1O73A 1A24A 1QMVA 2LKUA 2CX3A 4IN0A 4RQXA 3M1GA 3IHQA 1K0MA 3P2AA 5J5NA 2V41A 4PNGA 2PWJA 3EU4A 2QGVA 2WZ9A 3L9VA 5CP1A 3ZIVA 5LD0A 2MBSA 5DAKA 2GTUA 1K3YA 2YWNA 4PUFC 4K7OA 1JZDA 2PGTA 4GXZA 4HU7A 1F37A 1Y25A 2DMLA 3CTFA 1SD8A 3TJFA 5G31A 4X43A 2EIOA 3Q74A 3VK9A 5ECOB 4EXJA 2X64A 5HR1A 3UJ1A 2OBIA 3HDCA 1EOHA 2GGTA 2AUVA 3VWUA 4MJBA 5C04A 3ERFA 3ME8A 2H30A 4HOJA 3ZL5A 1AQVA 5F0GA 4ZB8A 3P8WA 3J7Yk 1XW5A 1X0RA 1YKCA 1ZMAA 5C00A 2CQ9A 4G10A 3IK9A 2OKAA 4POLA 3CSIA 2CZ2A 3PGTA 2O87A 2CAQA 3FZAA 6GSWA 5JCGA 2PPTA 3PR8A 3P90A 3SWLA 2GS3A 2VUPA 4KW6A 1TU7A 1XXUA 13GSA 1PMTA 18GSA 4ZL7A 5HFGA 4BWQA 3KP8A 2YOIA 4OCFA 2V1MA 4IJIA 2Z9SA 3F6FA 3TOTA 4AJ6A 1O85A 3L9SA 1TTZA 4N11A 2HRNA 4QQ7A 5KN1A 1UA5A 1SJ6A 4E8EA 1GUMA 3VURA 3VPQA 4FIWA 3WGDA 1Q98A 4L0UA 2IMDA 3DMLA 1OC9A 5D8IA 3GL5A 3P7XA 1SL0B 5LNKe 3GHAA 1PL1A 4J2FA 4YQVA 4EE0A 2NTOA 1TKDB 2LS5A 1NHYA 3HZ4A 3IV4A 2AAWA 3Q6OA 2YV7A 2RUEA 4ML1A 1SL2B 4WBRD 3GTUB 3TJKA 2HZEB 2XPDA 4TN8A 3GKMA 4HUAA 4V2MA 4D73A 3EC3A 2FWFA 1G6WA 1IYHA 4F9ZA 1X9SB 1M2AA 2MMOA 1JZRA 2M72A 1VF1A 3NZNA 2CT6A 3UBLA 4NV2A 3BCIA 4KE3A 4I2UA 1GLQA 3CSHA 4EDYA 3KH7A 2LNSA 4ECCA 1Z9HA 1GSYA 4BVXA 2H0HA 3K8NA 3KP9A 4CHSA 2YANA 4N10A 3KMOA 2K6VA 1EGOA 2PBJA 2VCZA 3QR6A 2B5XA 2R4VA 3O3TA 4O7HA 5HR3A 1PRXA 2WDUA 2B3SA 3GIXA 5KEJA 1A8LA 3LEFA 3HJPA 1QGVA 4TVEA 1Y6EA 5ID2B 3FK8A 2A2SA 3GKXA 1O8WA 2F51A 3ZVJA 4I5QA 1XOBA 5INYA 1WWJA 3HVVA 4FO5A 1W4VA 3C71A 4HQSA 4PGTA 5J4UA 1HNBA 2H19A 3CTGA 4TW5A 2BMXA 2H73A 2GSTA 1XOAA 5F8BA 2L59A 2AJQB 2LV3A 3F0IA 2VLTA 1FB0A 2WULA 4ZB6A 6GSTA 4MPFA 1TXXA 4MH3A 4DSSA 3C1SA 1MDJA 4JEDA 3TB2A 3ZFLA 3G7JA 2MBTA 3RPPA 5DCGA 1TK0B 3C73A 3LFLA 1FVJA 4PQHA 4HS1A 2KP2A 2L5LA 1W89A 1PD21 2L57A 2LJAA 1PQNA 3D5JA 2JZSA 5A4WA 3HKRA 1R5PA 3UBKA 2GSRA 3L0HA 4F2IA 3GTUA 5HR0A 4PXOA 2HZEA 1MD4A 1TI3A 1K0DA 2D2ZA 2IFQA 2TRCP 1B4QA 1V2AA 5IIZA 1TRVA 1XBSA 2XHFA 1ZYQB 3KXOA 3H8QA 1PKZA 5G2ZA 2QKEA 3CYNA 2FWHA 1WJKA 4ISDA 6GSVA 4TR3A 3E0UA 2FWEA 5CRHA 5FHIA 5L71A 1U3AA 2AYTA 2HXKA 4HQZA 5ECPB 4ZBBA 3C7MA 2EC4A 2LSTA 5JWRB 1KBNA 4IW9A 2JZRA 2R5GA 5J9BA 3GKNA 4Q5RA 1Z5YE 1AXDA 5KN3A 1PKWA 3QAWA 2WRTA 1X9WB 2MYGA 4IQ1A 3WT1A 1Q4JA 5DJLA 3WGXA 4J57E 2N5AA 3RPNA 3UIWA 2I81A 1TK8B 2IL3A 4JE1A 1IYIA 2KHPA 3DGQA 1YQ1A 2VL2C 4PQ1A 2MMAA 5D9TA 3KTBA 2KUCA 3EURA 1SD9A 4HJMA 4V1Ag 1BYEA 3J7Yb 2CV4A 4XS4A 1TP9A 2FGXA 4YQMA 3ED3A 4IJ3A 3U5RE 1WRYA 2YN1A 3WGEA 5ECRB 1TRWA 3VWVA 5LCZA 19GSA 4OO5A 5IOWA 3VLNA 1N2AA 1ST9A 4MLYA 4MP4A 4MJCA 1YF0A 3CSJA 1FHEA 2BTOT 4DEJA 1BEDA 1XWGA 2OA7A 2P5QA 3DKSA 1R26A 4LMWA 1M2DA 4EVMA 4ZIJA 2PUKC 2RM6A 3IK7A 1U88A 4K8MA 4OD7A 1ERTA 2H1AA 5DQSA 4TXOA 2O85A 5DBQA 1SU9A 4LLRA 3V1WA 1EOGA 2P5RA 4PNFA 4K9ZA 3QFAC 1J08A 2GT6A 2OBKA 3KJYA 3F3RA 1A2LA 4FYUA 5B6MA 4ML6A 1FAAA 5G1KA 1LJRA 5G1LA 4TR4A 1PX7A 4Q5FA 1GSFA 2P0GA 3WD6A 2C3NA 4YAVA 2H71A 2R6KA 3QPMA 4K6XA 3F6DA 3TKSE 3FR3A 3IAM2 3BCKA 2QC7A 4NHZA 3EE2A 1SK2A 1F9MA 1RQMA 4KNDA 4ULXA 5IO0A 1PGTA 3UOMA 1TU8A 1SKSB 4D73B 2M46A 3Q18A 2DJKA 3AY8A 1SK0A 4AJ7A 2V32A 3TRQA 4BVYA 1VF3A 1ML6A 3N5OA 4KA0A 2B7KA 4AF2A 1UVZA 5DQYA 3D22A 3GSTA 1AW9A 1F6MC 4Q5NA 4OCEA 5J9CA 2YP6A 2AV4A 3TCOA 2H70A 1I9DA 3EU3A 3SBCA 3EMXA 4MPGA 2IMKA 3A5WA 4KB3A 2B7JA 1R7HA 4MK3A 4K0GA 4XIHA 3G7YA 1FB6A 1E6BA 2YZUA 2WCIA 3HVXA 1OVNA 4PUAA 1HNCA 5CYYA 3VI7A 2VCXA 5ECMB 4IGJA 2L5OA 4K0NA 4JZQA 2NDOA 3APSA 1WMJA 1H4OA 5A5KA 2XBIA 5D9VA 1NM3A 5EY6A 1XCCA 2K8SA 4JR6A 3ZVJD 4GSSA 1SYXA 5ELGA 3LYPA 3L78A 3C1RA 1V57A 3IDVA 4MCUA 3F4SA 3F3QA 3NIVA 1EP8A 4TRXA 1MDIA 4POMA 2N5FA 4I6XA 2DBCA 4EUYA 3F63A 4ACSA 9GSSA 4L8EA 1K0BA 3QAGA 1GTAA 4N30A 2HLSA 1GSUA 3CRTA 3GMFA 1B8XA 4POBA 1O6JA 3EMPA 3IRAA 2KP1A 3DYRA 3UAPA 4ZL9A 2PMTA 4DSSB 1TRSA 5EVOA 3R2QA 2BJXA 4NPBA 4JRRA 4L0WA 1OC3A 4KSOA 2F8FA 1K0CA 2YCDA 5GAPD 2CA8A 1AUCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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