2DJ3A

The solution structure of the third thioredoxin domain of mouse protein disulfide-isomerase a4
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GSSGSSGPVKVVVGKTFDAIVMDPKKDVLIEFYAPWCGHCKQLEPIYTSLGKKYKGQKDLVIAKMDATANDITNDQYKVEGFPTIYFAPSGDKKNPIKFEGGNRDLEHLSKFIDEHATKRSRTKEELSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule keywords Protein disulfide-isomerase A4
publication title The solution structure of the third thioredoxin domain of mouse Protein disulfide-isomerase A4
rcsb
source organism Mus musculus
molecule tags Isomerase
total genus 18
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2006-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dj3A01
4EC0A 1YJ6A 3NOFA 3GRXA 1TDIA 2IMKA 2JZTA 4KDXA 1S3AA 5EPFA 2AYTA 2H19A 1A8LA 1JHBA 1X5CA 4ECBA 2VCTA 4I2TA 2GZYA 3GTUB 3CBUA 3ZVJD 3IC4A 2VCZA 3DXBA 2GQMA 5ELGA 3GKKA 4WR5A 4IBPA 1O85A 1TRSA 4JE1A 2BTOT 1WJKA 3GUSA 5CREA 3KTBA 3QR6A 3K8NA 1F37A 2PBJA 3CSHA 5CRDA 2CT6A 4EVMA 4EE0A 3WD6A 3TKRA 4NV2A 1JFUA 3DGQA 3UBLA 1KNGA 3DD3A 2OE0A 1XW6A 1K3YA 2N5AA 2X99A 2VLTA 2HI7A 2K9FA 4MZBA 4HZ4A 4MA9A 2IPAA 3UL3A 4JU5A 5DQYA 4BVXA 1V9WA 5AISA 5ABRA 4WF4A 1EGRA 1MDIA 4N10A 1THXA 2PVQA 2OBKA 5EL8A 4IQAA 1BX9A 3ZMLA 2C1YA 1UN2A 4HQZA 1H4OA 2WB9A 2FCHA 4HJ2A 5ECNB 4AJ7A 4KA0A 1X5EA 4IVFA 1MD4A 2EIQA 2RIIA 1Q98A 1EEJA 4ID0A 1HYUA 3GYKA 3L78A 2KUCA 4K0GA 6GSXA 4MF5A 3C73A 1XWAA 3VURA 3FW2A 2LS5A 5HR3A 4F0CA 1SU9A 5IMZA 1MDKA 3CRUA 3G9BA 2F51A 4X0XA 2AV4A 5JCWA 4JR6A 2L59A 4MJCA 5JWQB 2V2GA 1XZOA 3GKNA 4HUAA 2VD1A 3GURA 4JZQA 2LQOA 2OA7A 3N5OA 1FHEA 2P0GA 4ILFA 1DE2A 1AQVA 5J9BA 3A5WA 1K0NA 1BAYA 2GSTA 3EWLA 3LXTA 5DDLA 2MBTA 5ECKB 1EOHA 4MH2A 1TK5B 3HVXA 4EKZA 1ACVA 2L5LA 1K0BA 1EP7A 2V41A 3KJYA 2E2GA 2YZHA 3IRAA 5GSTA 3WT1A 1I5GA 3GMFA 4GQFA 2CVBA 3EU4A 1GUMA 3P8WA 4IN0A 5IPHA 5ECPB 5GAND 2H1AA 1SJZA 3IK9A 3RPNA 4TW5A 3G7JA 1MTCA 3I9V2 3J7Yk 4YAVA 1TXXA 2WJUA 1U3IA 5DAKA 1WE0A 1FG4A 4DSSA 1AC1A 2PGTA 3VWWA 3HJPA 3Q74A 1MD3A 3F4RA 3J7Yb 3QFBC 4YQMA 5J9CA 4XRDA 3IBHA 2M80A 4JRRA 1TRVA 2B7JA 4TXOA 2ZNMA 3LG6A 2YWMA 1ST9A 3GH6A 4LMVA 3PGTA 3APSA 3GNJA 2AAWA 4TVEA 2F8AA 5DJMA 1QXHA 5AGYA 5DALA 3MSZA 1VGLA 3WYWA 2GSRA 2YNXA 5INYA 1QQ2A 1YEPA 2VO4A 3AY8A 1PX6A 5HR2A 4JEDA 2R4VA 4G19A 5CRGA 5AIVA 3F3RA 3LFLA 5G1KA 4PUFC 6GSWA 4ECCA 3IPZA 2FWFA 3G7YA 2RLIA 3DRNA 1ABAA 2GSQA 3TKQA 1YEXA 1EV4A 3RPPA 2KP1A 1T3BA 2DJ2A 3ZL5A 3GH9A 5IMAA 2I3YA 4Q5RA 2LJRA 4RQRA 1TI1A 1QMVA 1XWGA 2HLSA 1EV9A 2CZ3A 2O89A 4I8BA 4V1Ag 1SJIA 2XPDA 4MCUA 5DVBA 1W89A 3QPMA 1K0AA 1UA5A 3EC3A 3FRCA 2H74A 1GNWA 2MMAA 3HYPA 2EIOA 5D93A 4IJ3A 2VLUA 2HYXA 4AJ8A 2AUVA 1GNEA 3KTLA 2GQKA 3GTUA 6GSVA 1PMTA 1XW5A 1T00A 3UOMA 3APOA 4P3YB 3IE3A 4IGJA 5HFIA 1TK8B 2VD0A 1SK0A 1GLPA 1T8EB 3CTFA 2AJQB 14GSA 4GWRA 3RBTA 3C1RA 4IKHA 4XIHA 1ZGNA 1N2AA 3E9JB 3TOUA 2PN8A 1SL2B 2H6YA 2HZEB 4K7OA 3C7MA 2FA4A 3QD9A 4KE3A 4L0UA 3TKSE 2H1BA 3TDGA 4XCSA 3IAM2 2AHEA 2VLVA 2H0IA 2V1MA 3QAVA 1S3DA 4MJAA 2H01A 4RI7A 1WMJA 1M2DA 3M1GA 2HSHA 3DVXA 2R6KA 3A2VA 1V98A 4FYUA 2YPMA 4NV5A 1GP1A 1A2LA 2VL3A 4ZL9A 1T4ZA 3MWHA 5IQYA 5J41A 1FVKA 1ZL9A 12GSA 4FYBA 1G6WA 4N11A 5LCZA 3IA1A 3TUEA 3W6GA 1JZWA 3HD5A 3VPTA 4FYCA 4X1UA 2J9HA 3Q19A 1WWJA 3DIEA 4V2NA 2PUKC 1ZMAA 1UC7A 5D73A 3EINA 1R5AA 4AJ6A 1ILOA 4DSQA 1K3OA 3S9FA 1OAZA 2E7PA 1U3AA 3LJRA 5ECLB 4YQVA 3FZAA 2O87A 3I43A 2KOKA 1O73A 2Z9SA 1DE1A 3EURA 4F03A 3KZQA 2BJXA 2LRCA 4GSNA 4MF7A 4F82A 1EZKA 4PGTA 3UARA 1B9YC 1AIUA 2FWGA 2CA8A 2IMFA 1Z7RA 2G2QA 5ID2A 2N5FA 1NM3A 5CAXA 3CTGA 2GQLA 4KGIA 4PQIA 5A5KA 1XBSA 2C3QA 1G0TA 5ENUA 3D0ZA 2FD3A 4F0BA 2BMXA 3KGKA 4GXZA 2IMEA 4CW9A 2P5RA 2P31A 4HU7A 3ZIJA 1GSFA 2DMLA 4TN8A 5G1LA 4V2MA 1MEKA 1TOFA 1E2YA 1ERTA 5F06A 1URMA 3UEMA 4I2UA 1G7EA 2J23A 3HHVA 5AIXA 1XWKA 1ZYEA 3CYNA 3M3MA 5HR0A 2GSSA 4HOJA 6GSTA 3HZ8A 4TR1A 4NPBA 5COHA 3Q6OA 2B5XA 2CAQA 2QGVA 1R5PA 5ECQB 3UVTA 3FZ4A 1K0CA 4K9ZA 2H1GA 2K18A 3CSJA 1TRWA 1DSBA 4QQ7A 3SBCA 4AF2A 5CO3A 2V32A 1SENA 5KN2A 1SL1B 5JCUA 4PUAA 2LRNA 4CHSA 5ECMB 4EDYA 5ECOB 1B4QA 1V57A 1ON4A 3KM6A 1OYJA 2K8SA 3GA4A 2LKUA 4GTUA 4ML6A 2R3XA 3RDWA 1TKDB 3TCOA 5F05A 4TR4A 1F2EA 1HNCA 1O6JA 4J56E 4NHWA 4POBA 4G10A 2JZRA 1V2AA 5B6MA 1JLWA 1X5DA 4TOPA 2H8LA 1B8XA 17GSA 2G0FA 2IMIA 4KSOA 2H6ZA 2CV4A 2VUPA 5GAPD 3FZ9A 2GVPA 4ULXA 1GSEA 3ED3A 4D73B 2M46A 2NBSA 4OWYA 5B8BA 2H76A 5IPGA 3EE2A 4WKWA 2CVKA 1Z3EA 4OFMA 1I9DA 3VPQA 1HNAA 1GTUA 4Q5QA 2L5OA 3W8SA 3VK9A 2YV7A 3FY7A 2OE3A 4J2FA 3WGXA 2OJLA 4KSMA 1S3CA 2NDOA 3N9JA 4NAXA 3L9VA 2YN1A 1GL8A 1XPVA 2FNOA 4G2EA 4DVCA 2ZCTA 1ERUA 5B6NA 3NIVA 4YQUA 4HU9A 2LQQA 5ECIB 2OADA 4MDCA 3PINA 5G31A 3L0HA 1XVWA 5CRHA 3H79A 1TTZA 4XHMA 3L9UA 2DLXA 1OKDA 1TU8A 4KDUA 3GHAA 3QMXA 2RUEA 2K8VA 2MYGA 3UBKA 1PL1A 1VF4A 4MZCA 1AXDA 1BQ7A 1AAZA 4WR4A 1HNBA 3F8UA 2R2JA 3TGZA 2C0DA 4KW6A 2YWOA 4HI7A 4IS0A 1OE8A 2H71A 1VF2A 2DSAA 4POMA 1SL0B 2XBIA 5CRWA 2HT9A 3HVVA 3ME8A 2YCDA 2L4CA 3TKSA 4IHUA 3LYKA 1O8XA 5DCGA 5H5RA 3HJMA 2DC5A 1OKTA 4DEJA 3F0IA 3FK8A 3GL3A 3DEXA 3FR9A 3KMNA 3H1NA 2CZ2A 1JZDA 3BJ5A 1O7UA 2REMA 3F3QA 4L5LA 1PN9A 3WGDA 4N30A 3VFIA 3HKRA 5C00A 3D22A 13GSA 2LUSA 1VF1A 2IFQA 2RM6A 4MJBA 4MF6A 2LSTA 1GULA 4O5RA 3H93A 2VAFA 5GSSA 1RK4A 1FB6A 4L8EA 2PMTA 4XS6A 3C8EA 2X8HA 3QAGA 4RUVA 5KN1A 4POLA 4KDYA 2F8FA 2A2RA 2C4JA 4OO5A 3OR5A 1PL2A 2YANA 2E0QA 3ME7A 2A2SA 2EC4A 2FLSA 3LQ7A 4WF5A 3LGCA 3ZITA 3KIJA 1Z5YE 1LJRA 1PSQA 1Q4JA 1HQOA 4XRAA 1PA3A 4BL7A 1ERWA 1HD2A 2I81A 4ZBDA 1FVJA 4ISDA 1GSUA 5F8BA 4K1FA 5IM9A 1M2AA 1WRYA 2DJ1A 3LORA 1J08A 1EGOA 4WEYA 1J0FA 2X8CA 3GN3A 5G30A 4QL9A 4OCEA 4ZB9A 2H1DA 3F63A 5HFKA 1F9MA 2PPTA 3C1SA 3UIWA 4FIWA 2HZFA 1JZOA 4V1Ap 3QFAC 1T4YA 2FGXA 2FWEA 1GSYA 4K6XA 4ZXGA 1KBNA 2IN3A 4OCFA 2YOIA 2WULA 2GT5A 1WOUA 4ZB6A 3U5RE 1PRXA 2JSZA 4GSTA 1GSDA 5H5QA 3GX8A 3GL5A 4IQ1A 4E8EA 3F4SA 1SJ6A 1TW9A 3TRQA 3IOSA 2L57A 2XHFA 4EF0A 2IWTA 2NPBA 3QCPA 3EU3A 1SD9A 1AQXA 2HE3A 1NW2A 9GSSA 4IW9A 1O81A 4ML1A 4D73A 1U88A 1TP9A 2PERA 2YJHA 1BEDA 3MAKA 3MDKA 2MMNA 3QOUA 5G5FA 3ERGA 11GSA 4GLTA 3JCML 1CQHA 2B3SA 2DJJA 2MMOA 2HRFA 4JR4A 1YF0A 2ALBA 4K7NA 2M72A 5IO2A 3L4NA 4RI6A 1FOVA 4KAEA 4KX4A 2NTOA 2VCVA 5DBQA 1PD21 1SD8A 2MZCA 3KEBA 5F0GA 5JWRB 2MBSA 4XS4B 5G5EA 3ZVJA 1XOBA 3ERFA 3EMPA 1FW1A 1GH2A 5HQPA 3TJJA 3KXOA 3FR6A 2IMDA 3ZIVA 1OC9B 1A23A 4ZB8A 1X9WB 5E59A 2LRTA 3A2WA 2WGRA 4ZIJA 4KCAA 2XC2A 4QL7A 4O92A 4EO3A 2L6DA 1EWXA 2CQ9A 3HDCA 3FKFA 4OFTA 5J3RA 1IYIA 2X64A 4L0WA 3UMAA 5KN3A 3KCMA 2VM1A 5B8AA 2X8GA 1KEBA 4MZWA 4CDOA 4MLYA 1A2MA 4KH7A 3G7IA 4I6XA 1C72A 1J9BA 3FEUA 3QAWA 5ECHB 2DMMA 5C04A 5G2ZA 5D8IA 4ACSA 3ZLPA 3PH9A 5DAKB 1X9SB 3TKPA 2XBQA 3M9JA 4DSSB 5KEJA 5IO0A 4OO4A 1A0RP 1Y6EA 5GZZB 2JU5A 4MP4A 2HSYA 1V58A 5FHIA 3KD0A 1R4WA 1VF3A 7GSSA 4HDEA 3IV4A 4TXOB 4IP1A 1M9AA 2C3NA 4YH2A 3LWAA 2FWHA 5JWOB 3IR4A 4X43A 2H66A 3ZFLA 2TRXA 1YQ1A 2DIZA 2AB6A 2VM2A 3M8NA 2C0FA 2YWIA 4MJEA 1LBKA 2QSIA 3US3A 1TI3A 1A24A 3RAZA 4HEA2 1YZXA 3UJ1A 3TJGA 4LMWA 4HZ2A 4POKA 4NXIA 2H0GA 4K7IA 4GCIA 2R37A 2GGTA 2RUFA 1XFLA 3ISOA 2WDUA 3HVSA 4RQXA 3D5JA 2LV3A 4EL1A 2OE1A 4MH3A 3GFKA 3DVWA 2CVDA 4FH8A 1K0MA 1QFNA 4PNFA 2B7KA 2JL4A 3P7XA 2GTUA 2JSYA 1R26A 3APQA 3GV1A 20GSA 2TIRA 2VOCA 2LEGA 4L5OA 3DWVA 2QKEA 1SKWB 3BD2A 3D21A 1OVNA 5KN0A 3BOAA 4KUNA 2KP2A 1F3BA 5ELAA 4ZBAA 1A0FA 2B6MA 4IP6A 1F3AA 2PWJA 4PNGA 1K0DA 2B5EA 2MMZA 2L4QA 3FR3A 4TXVA 1XWCA 5J4UA 10GSA 3H4KA 1B4PA 1RW1A 3M9KA 1OC8A 1NHOA 2FY6A 3FZ5A 4KNDA 4ZL7A 1O8WA 8GSSA 3HXSA 3KP8A 3ZRDA 2H72A 5HFGA 2B1KA 2IL3A 4PXOA 2RM5A 16GSA 4AGSA 2HRNA 1U87A 4V2LA 1MDJA 3HCZA 3LXZA 3IK7A 6GSYA 2KHPA 1XIYA 4I5QA 1GRXA 4I97A 3TB2A 3VI7A 3DYRA 2HZEA 3ZREA 3EVIA 3F9UA 3E3EA 3VWUA 1K0OA 1UVZA 1ZOFA 1GTAA 2DIYA 4ZL8A 1FAAA 4O32A 1JLVA 4K2DA 4Z7XA 1AUCA 3C71A 4IJIA 2LNSA 3P90A 1OE7A 3HZ4A 4WBJA 4G9HA 19GSA 1FB0A 2NVLA 2VCWA 5DCHA 2YP6A 1YKAA 2D2ZA 3O3TA 4MPGA 5D9TA 4KCEA 5EY6A 1G7OA 4XS4A 1IYHA 3LEFA 5JCGA 1AQWA 2IIYA 5A4VA 2H70A 4NWYA 3R2QA 2GT6A 2R5GA 4BA7A 3LYPA 1K3LA 3U6VA 5DQSA 1OC9A 4MMMA 2C80A 1DBYA 1Z6MA 2L6CA 5AN1A 3DMLA 4H86A 2C0EA 3GSSA 3KH9A 5F07A 1DUGA 1A8YA 5ID2B 1X9MB 3TOTA 1TK0B 4F2IA 3V1WA 3A3TA 4OMVA 1SYRA 2H6XA 3LSZA 4HQSA 4YAPA 2QC7A 1XW9A 1THOA 5E4WA 4EXJA 1GSQA 4JBBA 1ML6A 2HXKA 3F6DA 2GZPA 18GSA 2H75A 2ON7A 2JACA 3FYGA 4ZILA 3ZYWA 3UAPA 1TU7A 3CRTA 3D4TA 1XXUA 5D96A 4NMUA 2PVOC 2FUG2 6GSUA 4GF0A 1YDKA 1N8JA 1SYXA 4E8HA 4TR1B 1A2JA 4WBRD 1TJDA 5L71A 1WPIA 2C8UA 3BBYA 4MK3A 3HA9A 4OFNA 1KTEA 4TRXA 2HFDA 1NSWA 2WRTA 2C0GA 4EDZA 4WXTA 1EP8A 4DSRA 3BCKA 2E2MA 3GKXA 3VI5A 1QGVA 3Q18A 4LA1A 3H8QA 1M9BA 1VRSD 1XOAA 3ZFBA 1ERVA 3TKSC 4O7HA 3RHCA 1PQNA 2GDRA 5IOWA 3I6AA 3M0FA 3P2AA 1XWBA 2LNTA 1B9XC 2XPEA 4LL4B 4PURA 4TR3A 2A4VA 5D9VA 2FA8A 2WZ9A 5ECSA 1QUWA 2DJ3A 5H5SA 4HS1A 1V40A 2KLXA 1FO5A 1E6BA 2O8VB 3BCIA 3KH7A 4TR0A 2YZUA 3HJOA 3F6FA 4GQCA 1B48A 1RQMA 2I4AA 1SKRB 1Z9HA 5D9XA 4K0NA 2VCXA 3GX0A 2WS2A 3IAS2 3PR8A 4WETA 5IMFA 1EEMA 1M2BA 5DJLA 4IELA 2O85A 2OBIA 2F9SA 1GUKA 2I1UA 2C3TA 3CXGA 4FO5A 3ZMKA 2LJAA 4BPYA 5LNKe 3TJKA 3SWLA 5CNWA 3L9SA 4MPFA 1F6MC 2VL9A 2VCQA 2CX3A 4OD7A 3W8JA 1ZYQB 3GSTA 4Q5FA 1BYEA 2EIRA 1M99A 3GIXA 3VLNA 4GSSA 1JZRA 3ZTLA 3TJFA 4KB3A 1NHYA 3ERWA 3MNGA 22GSA 2VL2A 3TRXA 4NHZA 1WP0A 2HNLA 5D9WA 2JZSA 1Y25A 2P5QA 3D6IA 5IMCA 1T1VA 2H30A 2FHEA 5IMVA 2V6OA 2YWNA 1SK1A 3EMXA 1GWCA 3VWVA 1PKZA 1YKCA 5FWGA 1AW9A 1YF1A 2VIMA 3IHQA 4PQHA 3KMOA 4GRFA 2I9HA 5B7CA 5EVOA 3WGEA 2PU9C 4HJMA 6GSSA 1PKWA 3I69A 1USBA 2B1LA 3IXRA 1CQGA 4N0ZA 2LTKA 1X0RA 2O7KA 2B5YA 4BVYA 3CSIA 3A2XA 2ON5A 1PGTA 1LU4A 2TRCP 1ZZYA 1QK8A 4ECIA 5A4WA 1GSSA 3O76A 5HR1A 1XCCA 5IOXA 5A4UA 4K8MA 3FHKA 3TRPA 2YJ7A 1BG5A 3GKMA 5IMDA 2H73A 1Z6NA 2F3MA 4BWQA 1GLQA 4PX1A 1ZCPA 3NZNA 2GS3A 3IDVA 4XS1A 3UVHA 1BJXA 4LLRA 3ZZXA 2VL2C 1OC3A 1YY7A 3HY2A 4TKYA 1WIKA 5FT3A 1T7PB 2DBCA 4ECJA 3KP9A 4XTSA 1R7HA 2H0HA 1GTIA 2IFQB 5IIZA 1M0UA 3O6TA 3E0UA 3WT2A 5CP1A 5J5NA 2WFCA 1Z7PA 1XVQA 2CAIA 5DALB 1EOGA 2OKAA 1M7TA 3TJBA 4ZBBA 2ZUPA 1SKSB 1GTBA 2LJKA 4MABA 1W4VA 4N0VA 5CYYA 1SK2A 3QDNA 3RHBA 4F9ZA 4EUYA 1U6TA 1G6YA 2GZZA 4Q5NA 4LL1B 4BWSA 2K6VA 2JADA 2N5BA 2ES7A 4J57E 1GUHA 2CX4A 3DKSA 2DJKA 3CMIA 1PX7A 2OACA 2V6KA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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