The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
133
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structure length |
133
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Chain Sequence |
GSSGSSGPVKVVVGKTFDAIVMDPKKDVLIEFYAPWCGHCKQLEPIYTSLGKKYKGQKDLVIAKMDATANDITNDQYKVEGFPTIYFAPSGDKKNPIKFEGGNRDLEHLSKFIDEHATKRSRTKEELSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
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| source organism |
Mus musculus
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| publication title |
The solution structure of the third thioredoxin domain of mouse Protein disulfide-isomerase A4
rcsb |
| molecule keywords |
Protein disulfide-isomerase A4
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| total genus |
18
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| structure length |
133
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| sequence length |
133
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| ec nomenclature |
ec
5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase. |
| pdb deposition date | 2006-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00085 | Thioredoxin | Thioredoxin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Glutaredoxin | Glutaredoxin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TRP A; 4J56 E; 2LRC A; 4I8B A; 4Q5R A; 1EGR A; 1V9W A; 4FIW A; 1WP0 A; 5CO3 A; 2LST A; 4KB3 A; 2FNO A; 2WGR A; 2GZZ A; 2MBT A; 2MMZ A; 3VWW A; 2GS3 A; 4F2I A; 5HQP A; 3MSZ A; 5ECS A; 1YF1 A; 2XC2 A; 4I6X A; 5DCG A; 2A2R A; 3GA4 A; 4IHU A; 3ERF A; 2WRT A; 1YKA A; 8GSS A; 5DQS A; 1Q98 A; 1TRV A; 16GS A; 3GUS A; 4IJ3 A; 4I2T A; 2I9H A; 3NIV A; 6GSW A; 2ES7 A; 2G0F A; 1YY7 A; 2M72 A; 1B9X C; 1Z9H A; 3O76 A; 3GST A; 4IW9 A; 1G7O A; 2C0D A; 3CSH A; 4WF5 A; 4F03 A; 5EPF A; 4IVF A; 1X5C A; 4IP6 A; 2MMO A; 1GWC A; 4E8H A; 1ILO A; 4ZB6 A; 1AAZ A; 3GL3 A; 1XW5 A; 3U5R E; 1U3I A; 1HYU A; 2LS5 A; 3TJJ A; 3LG6 A; 2VCX A; 1RW1 A; 1OC3 A; 2XPD A; 3C71 A; 3VFI A; 3F9U A; 2OE0 A; 3PH9 A; 1XOB A; 3GFK A; 5ID2 B; 2OAD A; 3G7I A; 1EGO A; 2ALB A; 6GSX A; 4ML1 A; 2GZY A; 3M9J A; 1SD8 A; 3EUR A; 4N0V A; 4IQ1 A; 4XCS A; 1F37 A; 3GIX A; 5ECN B; 5J5N A; 5LNK e; 2OBK A; 5A4V A; 1A2L A; 1XWA A; 2VD1 A; 5IQY A; 1T8E B; 1R4W A; 4BWS A; 5D73 A; 1AQX A; 3FHK A; 3EIN A; 2MZC A; 4JED A; 1RK4 A; 1ZL9 A; 2H30 A; 4GCI A; 5B7C A; 1GSQ A; 2VM2 A; 4KAE A; 1SKW B; 4L5L A; 4HU9 A; 1T4Z A; 1GUL A; 4ZL7 A; 5DQY A; 2J23 A; 6GSS A; 1TRW A; 1ABA A; 4TOP A; 4ISD A; 3FZ9 A; 1S3D A; 3KJY A; 1XFL A; 3HXS A; 2IMK A; 2AYT A; 1DUG A; 1F3B A; 3TOU A; 2K6V A; 4ID0 A; 1TK0 B; 4POL A; 1FAA A; 1N8J A; 2REM A; 5HR0 A; 1GSU A; 3UBK A; 3TKS E; 5FWG A; 2ON7 A; 1TI3 A; 2MYG A; 3EC3 A; 1TJD A; 1TXX A; 3APQ A; 3WGD A; 4XS4 A; 4FYC A; 4TVE A; 4IKH A; 4DSS B; 1V57 A; 2FA4 A; 2FWE A; 4DEJ A; 5DJL A; 1EEJ A; 3F6D A; 3F3Q A; 2C0F A; 3H93 A; 1K0C A; 4QL9 A; 1QFN A; 1XWG A; 5JCU A; 5G30 A; 2EIO A; 1LU4 A; 4RQX A; 2YZH A; 1X5E A; 3KTB A; 4XIH A; 2B6M A; 4GWR A; 2H71 A; 2CT6 A; 1NHY A; 4E8E A; 4WBR D; 2VL2 A; 3G9B A; 4MJA A; 4XRA A; 4AJ8 A; 5DVB A; 2A4V A; 1X9S B; 1F2E A; 3BD2 A; 1GH2 A; 2IN3 A; 2VL2 C; 2FA8 A; 3TB2 A; 2N5F A; 1BAY A; 4Q5Q A; 4ULX A; 3HZ8 A; 1THO A; 5COH A; 3W8S A; 1TI1 A; 4D73 B; 1PX7 A; 4KUN A; 5CNW A; 3C8E A; 1TKD B; 2GDR A; 3HHV A; 2LTK A; 2WFC A; 3HDC A; 2YNX A; 2O7K A; 3QD9 A; 1TW9 A; 4MF5 A; 5F07 A; 4Z7X A; 2N5B A; 4OCF A; 3FEU A; 3IDV A; 1NW2 A; 2K9F A; 2C4J A; 1H4O A; 4YH2 A; 2I3Y A; 1WIK A; 2NPB A; 3UIW A; 1U6T A; 5JWQ B; 3F4R A; 2JL4 A; 1PD2 1; 1SKS B; 2E7P A; 1G0T A; 3I69 A; 4X1U A; 1AC1 A; 3PR8 A; 2EIR A; 5AIS A; 1KBN A; 3F0I A; 4NWY A; 5C04 A; 3ZZX A; 1S3A A; 1XWB A; 4G19 A; 1ACV A; 4K9Z A; 1UN2 A; 3CRT A; 1U87 A; 2R4V A; 1M7T A; 3KH7 A; 4PQ1 A; 3GL5 A; 3QAW A; 2PGT A; 2GTU A; 1W89 A; 3GX0 A; 2MMN A; 1X0R A; 3VK9 A; 3C1S A; 5D9W A; 1BG5 A; 4G2E A; 2PVO C; 4ZL9 A; 1VGL A; 3FZ4 A; 2IFQ B; 1O81 A; 4TR3 A; 2C80 A; 2NDO A; 4K7I A; 3NOF A; 2XBQ A; 1LJR A; 2L4Q A; 3AY8 A; 2PMT A; 1G7E A; 1JHB A; 4ECJ A; 1G6Y A; 4IN0 A; 4WBJ A; 5IM9 A; 1U3A A; 4OFM A; 3WT1 A; 4TKY A; 4K8M A; 4YQV A; 3GHA A; 1GLP A; 2IL3 A; 3FKF A; 5F06 A; 2CZ2 A; 2HZE B; 4JBB A; 5DCH A; 2JSZ A; 4O7H A; 5IPG A; 2LJA A; 3DKS A; 2WDU A; 5H5R A; 5KN2 A; 2LRT A; 4H86 A; 4K6X A; 2GSR A; 2BMX A; 2VCZ A; 1SKR B; 2HLS A; 4EDZ A; 4TXV A; 3RDW A; 1DSB A; 2KOK A; 2VCW A; 3LOR A; 4WF4 A; 4HJM A; 3MDK A; 4JE1 A; 5J3R A; 5GAP D; 3IE3 A; 2DSA A; 3VUR A; 2H73 A; 2RUE A; 3US3 A; 5AIV A; 4CHS A; 5A4U A; 2JZT A; 4J2F A; 3SWL A; 2HT9 A; 2YWM A; 4ECB A; 1MTC A; 2EIQ A; 4PNF A; 2AJQ B; 4L5O A; 1K0O A; 4KA0 A; 4KDY A; 3HYP A; 1ERW A; 1JZR A; 5AIX A; 4AF2 A; 3BCK A; 1A0R P; 3GKN A; 4BPY A; 2TRX A; 4OD7 A; 3CTF A; 3ZFL A; 2GST A; 4ZL8 A; 3O3T A; 3CSI A; 3M0F A; 5ELG A; 3S9F A; 3DVW A; 1ZGN A; 4V1A g; 1OC9 B; 2L6D A; 2VL9 A; 1UC7 A; 3DWV A; 2PBJ A; 1PN9 A; 2PUK C; 4L0W A; 4NV2 A; 2P31 A; 4MAB A; 4N0Z A; 2LRN A; 1XCC A; 1A2J A; 1EP8 A; 2LQQ A; 4RI6 A; 1A0F A; 4GRF A; 4MA9 A; 2VLT A; 2GGT A; 3LSZ A; 3DVX A; 3UBL A; 1I5G A; 5GZZ B; 4LL4 B; 4V2M A; 3KMO A; 3QR6 A; 4HU7 A; 1Q4J A; 4XS1 A; 2K8V A; 2IMD A; 3K8N A; 3FY7 A; 4I97 A; 1B4P A; 3D4M A; 5HR2 A; 4LMW A; 2R3X A; 1PMT A; 1PL1 A; 1Z7R A; 2CAI A; 1XOA A; 4NMU A; 2IME A; 1A8L A; 3TJG A; 4IEL A; 2EC4 A; 3UAR A; 3D21 A; 3ZIJ A; 1MDI A; 2D2Z A; 1Z5Y E; 4PQH A; 4WR5 A; 1TOF A; 2X8C A; 2VLV A; 2R5G A; 5E59 A; 1PQN A; 3KCM A; 4G10 A; 5L71 A; 3HJO A; 17GS A; 4GLT A; 2FGX A; 2DC5 A; 3L9U A; 5DAK B; 4POM A; 4YQM A; 3N5O A; 4WET A; 1NHO A; 2MMA A; 1I9D A; 3LXZ A; 4TXO B; 5IPH A; 5IO2 A; 2CV4 A; 3ZLP A; 2HZF A; 1DE2 A; 1HNC A; 1K0M A; 1YDK A; 1WPI A; 5HFI A; 1SK1 A; 3GH9 A; 1QK8 A; 4F0C A; 1XZO A; 4GTU A; 2IJY A; 3GYK A; 5B8B A; 4JR6 A; 3ZVJ A; 1O7U A; 1SJZ A; 4HS1 A; 4DSS A; 2IIY A; 1HD2 A; 1TK8 B; 1XVQ A; 1K0B A; 5G5F A; 1IYI A; 1GSE A; 1VRS D; 4MH2 A; 1T1V A; 3VI7 A; 4MZC A; 3H8Q A; 3HVV A; 1WMJ A; 1B8X A; 1ON4 A; 3UVH A; 1PA3 A; 4EE0 A; 1FOV A; 3TJK A; 1FB6 A; 1VF1 A; 4MPF A; 1XWC A; 3LXT A; 4JR4 A; 2VUP A; 4BVY A; 3MAK A; 1ST9 A; 2H01 A; 3J7Y b; 3D4T A; 1PSQ A; 3H1N A; 2PVQ A; 1SD9 A; 3KP9 A; 4D73 A; 4HUA A; 2XBI A; 4IP1 A; 3RHB A; 3GKM A; 2FD3 A; 6GSV A; 1KNG A; 3M1G A; 1S3C A; 3ZIV A; 3LEF A; 3QDN A; 1FVK A; 1SEN A; 3ME8 A; 2LJR A; 5ECQ B; 4PX1 A; 5AN1 A; 5AGY A; 4IBP A; 2V1M A; 4TR1 B; 6GST A; 3RBT A; 5KN1 A; 2JAD A; 4O32 A; 1FW1 A; 4AJ6 A; 4KE3 A; 2CVK A; 2AHE A; 1QUW A; 3QFB C; 2QSI A; 4RQR A; 2IMI A; 1YKC A; 1F3A A; 3O6T A; 3HZ4 A; 1M2D A; 1TRU A; 1GRX A; 1OVN A; 4V1A p; 5LD0 A; 4PNG A; 2IPA A; 1T4Y A; 2TRC P; 1EV4 A; 4JZQ A; 3KGK A; 3IXR A; 5JWR B; 2E0Q A; 3G7Y A; 2GVP A; 5HR3 A; 1SK0 A; 4LLR A; 4WKW A; 3DRN A; 2DJK A; 1M0U A; 1B4Q A; 2P5Q A; 5H5S A; 1M9B A; 5KN0 A; 1ZZY A; 4POK A; 2IFQ A; 2LNT A; 3IRA A; 4MZB A; 4DSQ A; 1TU7 A; 4HOJ A; 4KH7 A; 2JAC A; 5E4W A; 5D9T A; 2DBC A; 3L78 A; 2I81 A; 1QMV A; 2OA7 A; 1SJ6 A; 1Y6E A; 3F4S A; 2GSS A; 4P3Y B; 3HCZ A; 3GTU B; 2VCQ A; 3KD0 A; 5B6N A; 1PKZ A; 1V40 A; 4HQZ A; 1YEX A; 1TP9 A; 4LA1 A; 3TDG A; 3TRQ A; 9GSS A; 1GTA A; 3KEB A; 5D9V A; 3A3T A; 4I5Q A; 3ZVJ D; 3RPP A; 5DDL A; 1E2Y A; 7GSS A; 2CX3 A; 1J9B A; 4KGI A; 5IOW A; 3KXO A; 3E3E A; 2KP2 A; 2L4C A; 1M2A A; 3GKK A; 1XW6 A; 2NBS A; 3D5J A; 2LJK A; 3RAZ A; 1TU8 A; 3CRU A; 1R7H A; 2H1A A; 5D9X A; 1EOG A; 1ML6 A; 2H76 A; 3KIJ A; 4JRR A; 1O8W A; 2N5A A; 4MJC A; 4WXT A; 5B6M A; 3WT2 A; 1SK2 A; 3IA1 A; 4NPB A; 4CW9 A; 1WOU A; 3UAP A; 2C3T A; 4MZW A; 1Y25 A; 3DIE A; 3DML A; 3VWX A; 5CYY A; 4ZBD A; 1EOH A; 2ON5 A; 3UVT A; 2V41 A; 1AQV A; 3C7M A; 1NM3 A; 2YAN A; 1FHE A; 1OC9 A; 1MEK A; 3VWU A; 4EF0 A; 1QGV A; 1A2M A; 3CXG A; 2DJ1 A; 2C8U A; 1B9Y C; 2YZU A; 1EZK A; 1XXU A; 2RM6 A; 2K8S A; 3H79 A; 2JSY A; 2HXK A; 1PRX A; 1BQ7 A; 1GTI A; 3GX8 A; 4L8E A; 5IMF A; 1O73 A; 2H72 A; 1XBS A; 2YP6 A; 3CMI A; 2B1K A; 2JZR A; 5CP1 A; 4XS4 B; 4Q5F A; 1M9A A; 2C3Q A; 3EVI A; 2FHE A; 2F9S A; 3TRX A; 2BTO T; 3DGQ A; 1K0A A; 4LMV A; 1GTB A; 1XWK A; 2VCT A; 5F05 A; 3I43 A; 4MCU A; 3W6G A; 4JU5 A; 2V6O A; 1Z6M A; 2GT6 A; 4BL7 A; 1BED A; 2LEG A; 2F8F A; 5G1L A; 2CQ9 A; 4F9Z A; 5LCZ A; 3TJF A; 3VLN A; 1SL0 B; 3DD3 A; 4PUF C; 2X99 A; 2LV3 A; 4HI7 A; 4MJE A; 5J41 A; 4KX4 A; 1MDK A; 3IV4 A; 3HJP A; 4K2D A; 2H70 A; 2YN1 A; 5DAK A; 1V58 A; 3IOS A; 1OAZ A; 4EUY A; 4QQ7 A; 4PUA A; 4TXO A; 1OYJ A; 2MBS A; 5ECR B; 3D22 A; 5ECI B; 1M99 A; 2HNL A; 4PXO A; 1X9M B; 4HZ2 A; 3ERW A; 2PER A; 4OO5 A; 5IMV A; 1SYX A; 2FWG A; 2ZNM A; 3Q6O A; 2PU9 C; 2OJL A; 5CAX A; 3IAS 2; 3F6F A; 3KTL A; 3A2V A; 4TR0 A; 3DXB A; 1WJK A; 2O89 A; 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3HY2 A; 1F6M C; 2QC7 A; 1EEM A; 1K3L A; 2LQO A; 3EU4 A; 1ZYQ B; 2CVD A; 1Z3E A; 2HYX A; 2V2G A; 3FYG A; 2H0H A; 3D6I A; 2YJH A; 2VIM A; 4TN8 A; 1TDI A; 3LYK A; 2G2Q A; 3M3M A; 2H66 A; 4X43 A; 1AQW A; 2GQL A; 1BYE A; 3EE2 A; 1N2A A; 2YCD A; 3ZRE A; 2LNS A; 4MK3 A; 1QXH A; 3QPM A; 1SL2 B; 2HRN A; 2RM5 A; 4KSO A; 3GTU A; 3TGZ A; 2FLS A; 2B7K A; 3APO A; 4MF6 A; 4ZBB A; 3UL3 A; 3KMN A; 3A2W A; 3QAV A; 3EWL A; 3GKX A; 4IGJ A; 20GS A; 2CVB A; 2YPM A; 3CBU A; 2GQK A; 3IPZ A; 1GSF A; 2FY6 A; 4V2L A; 5ECO B; 1E6B A; 2B3S A; 5G5E A; 4XHM A; 4GSS A; 5ELA A; 4F82 A; 3C1R A; 4MMM A; 3W8J A; 3FR3 A; 3RPN A; 4ILF A; 2DJ2 A; 4XS6 A; 4QL7 A; 4MLY A; 1AUC A; 5G2Z A; 4EKZ A; 2OAC A; 1O6J A; 3APS A; 1UA5 A; 2ZUP A; 1O85 A; 2VLU A; 1O8X A; 1GP1 A; 3F8U A; 4OFN A; 1CQG A; 3P90 A; 4J57 E; 1GSD A; 4TRX A; 4POB A; 3ZFB A; 5CRG A; 5DAL B; 4K1F A; 2KP1 A; 3IBH A; 2B1L A; 2P0G A; 4RUV A; 2DIZ A; 5G31 A; 3FR6 A; 3HVX A; 2PN8 A; 2XHF A; 3WGX A; 2F51 A; 3QAG A; 2OE3 A; 2O85 A; 3A2X A; 3GNJ A; 4GST A; 4N11 A; 2O87 A; 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