3UEMA

Crystal structure of human pdi bb'a' domains
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
HHHSSGLEVLFQGPGSEFATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQTAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQELPEDWDKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
publication title Human protein-disulfide isomerase is a redox-regulated chaperone activated by oxidation of domain a'
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
total genus 103
structure length 358
sequence length 360
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2011-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA01
3RHBA 1VF4A 2WS2A 3RAZA 2VL9A 2LV3A 2RM6A 3F9UA 4TW5A 3FW2A 1SJZA 3KTLA 3CTFA 1S3AA 4ZL7A 1TK5B 3WT2A 1O8XA 1JFUA 1OC3A 2FWHA 4TR1A 1SYRA 3WGEA 3TGZA 2FWFA 5CRHA 2PVQA 3UBKA 2ES7A 2C0GA 3A3TA 2H0HA 2CX3A 1ZYEA 3HHVA 3QOUA 3Q74A 2FA4A 1K0AA 5ECRB 3FZAA 3FK8A 2H76A 2RIIA 2CV4A 4BA7A 1BAYA 2DBCA 2AHEA 5IO0A 3IBHA 2GDRA 2GQMA 4JBBA 1V9WA 1LU4A 3L9SA 3VPQA 3RHCA 5ECHB 3KMNA 22GSA 3GL3A 1GSDA 5IPHA 1Y25A 5D9XA 1SD9A 3LG6A 2HNLA 4OO5A 5COHA 4YAPA 4MA9A 4KB3A 5D9VA 2B5YA 2CAQA 2KHPA 4IJ3A 4HQZA 1MDIA 3GX0A 3HZ8A 4H86A 2C4JA 2H1AA 2FLSA 2ON5A 3TCOA 1PRXA 4X0XA 4WR4A 4FH8A 3U5RE 5DALA 5E59A 2F8FA 5EPFA 2HZFA 3M0FA 1PKZA 4MJCA 3GSTA 2YP6A 4JR4A 2DSAA 1PL1A 3QMXA 3CTGA 2E2MA 6GSXA 1ZOFA 3UARA 3S9FA 5HR2A 3GX8A 1A23A 2R4VA 2B7JA 3Q6OA 5J3RA 3M8NA 2HLSA 2H75A 3QPMA 4ACSA 5G5FA 3HCZA 1X0RA 4L5OA 2XPEA 3MDKA 3IA1A 2H8LA 2YCDA 2P0GA 2VL2A 1O8WA 4KSMA 2VD1A 2JZRA 2O87A 3F4SA 3EWLA 1K0CA 3EU4A 1X5CA 2RLIA 2A2RA 4XCSA 4J56E 4I5QA 4ML1A 3TDGA 3UAPA 3VWWA 5IIZA 5A4VA 3QAGA 3E9JB 4TR1B 1OKTA 1KEBA 4MPFA 2A4VA 2KP2A 2GVPA 4PNGA 1Z7RA 5CRDA 4L0WA 4N0VA 3F8UA 3KIJA 5ELAA 3L9UA 3E3EA 4EF0A 2IMDA 2J23A 3TB2A 5HR1A 2H6ZA 4NHZA 2CT6A 1GTUA 4OFTA 6GSVA 3I9V2 4ZB6A 5ECLB 1GNEA 3EYTA 3VK9A 1QFNA 1ILOA 3ZITA 3F4RA 2QKEA 2N5BA 3KD0A 4TR4A 4QL7A 2X8CA 2GQLA 4YQVA 3DD3A 4XTSA 3OR5A 2L5LA 2WDUA 2FWGA 1U6TA 2C80A 4GRFA 1SKRB 1XW9A 4RQXA 2E7PA 2C3NA 4WBRD 5DALB 4EXJA 4E8EA 3BOAA 1GSQA 1M2DA 3DVWA 3F63A 1G0TA 2CZ3A 4WF4A 3TKSC 1FAAA 1OAZA 1T1VA 4KGIA 6GSUA 2HI7A 1U87A 4IHUA 2B6MA 1LBKA 1GSSA 5F8BA 13GSA 1X5DA 4RUVA 1J08A 5D8IA 1PGTA 5AGYA 2JACA 2F9SA 2DIZA 1ZCPA 3KH9A 1K0MA 5F0GA 4ZB8A 4NPBA 2HSYA 3UL3A 3TRPA 1K3YA 3HKRA 4HU7A 1FO5A 2X8HA 1TRWA 5D93A 3LJRA 4MPGA 2GZPA 3ZYWA 3ZTLA 3ZVJD 1BYEA 5CYYA 1YZXA 1F6MC 2V6OA 5IM9A 3GURA 2R5GA 1GUMA 1EEMA 1EGOA 2N5AA 3FEUA 2VD0A 4OWYA 4I2UA 3D6IA 2H19A 3RPPA 1B8XA 3H8QA 4DSQA 5ECKB 4PGTA 5CRGA 2XPDA 3KM6A 5J9BA 3W6GA 5L71A 1B9XC 1B4PA 4ID0A 2DJKA 2CVBA 4NV5A 5IMFA 1F9MA 4PNFA 3KXOA 3DEXA 1TK0B 4N11A 3HJOA 2GZZA 1U88A 4D73A 2B7KA 1AW9A 2L57A 1H75A 4F9ZA 4OMVA 1MTCA 1TXXA 3C7MA 5KEJA 2LRTA 1YQ1A 1V98A 1UN2A 3IK9A 6GSYA 1UVZA 3FZ5A 4K0NA 4HZ2A 3HA9A 2HT9A 1ZYQB 4MJAA 5CNWA 2R3XA 1MDJA 2OKAA 1BX9A 4TVEA 3TJGA 1DSBA 2M72A 1XFLA 1PQNA 1SKSB 3D0ZA 1EEJA 1YF0A 3L9VA 3HY2A 4JE1A 1R5AA 2R2JA 5G1LA 3C1SA 2K8SA 2VCWA 1YEPA 4GCIA 1TU7A 2H1BA 1B4QA 4POBA 2A2SA 3M9JA 2H6XA 5ELGA 4JU5A 4AJ8A 3GFKA 3BCIA 2JZSA 1DUGA 4F0BA 4K0GA 1T7PB 2OE1A 1IYHA 4MJBA 1FB6A 4ML6A 2H0IA 4FYCA 3TKSE 4I8BA 3TKPA 1JLWA 1TP9A 3IOSA 5IMAA 3H93A 1XW6A 4PURA 4ZBDA 3QD9A 2FGXA 1PKWA 1Q98A 1FHEA 1ZGNA 3QDNA 1V58A 2VL2C 1ZL9A 5D96A 3G7IA 2V32A 1YY7A 2K8VA 1XWCA 4LMWA 3LYPA 3DXBA 3TKSA 3JCML 2B5EA 2YZUA 3FHKA 3LXTA 2VM2A 2LQOA 4YQUA 4P3YB 5JWOB 2DMLA 4D73B 2H72A 2CA8A 5KN3A 3KZQA 4Z7XA 2PPTA 3N5OA 5EVOA 3NIVA 1GP1A 4HZ4A 3LQ7A 3P90A 1VF1A 5DAKA 3R2QA 2WZ9A 2FWEA 4K6XA 2VLUA 1TRSA 1G7EA 4ILFA 1M0UA 4V1Ag 3DMLA 5AIXA 1BEDA 5G5EA 5AIVA 2WGRA 3DWVA 1GULA 3KCMA 4EDZA 4V2NA 5HFIA 2MBTA 1V57A 2YPMA 2GSQA 2EC4A 3WD6A 1NSWA 2F3MA 4BVYA 1XVQA 1XPVA 4F0CA 4TR0A 16GSA 2IIYA 1EP7A 1SK0A 1YDKA 5FWGA 3CBUA 4GQCA 1W89A 1U3IA 2OBIA 4IS0A 1K0DA 4MK3A 1AXDA 3NZNA 5J5NA 2H1GA 4ZXGA 1HQOA 1EV4A 5HFGA 2HRFA 3ME8A 5CRWA 5A5KA 1JZDA 1ERUA 2FHEA 4HEA2 1SKWB 3GN3A 1JHBA 1EP8A 2KOKA 2C8UA 1ST9A 3M9KA 3UEMA 4FYUA 4RI7A 3TUEA 2X99A 3IPZA 2TRCP 4MJEA 2GGTA 3PH9A 2K6VA 4HOJA 3TRXA 4V2MA 1EV9A 3CRTA 5ECPB 1AQXA 1EZKA 4O5RA 2B1LA 2HZEA 1T4YA 1QQ2A 4LLRA 1WIKA 3SBCA 4N30A 4RI6A 1QXHA 3PINA 4WEYA 3DIEA 3KP8A 4MF6A 1M9BA 1JZWA 1O73A 1PMTA 2JADA 2IWTA 4TRXA 3IR4A 1PD21 2GLRA 4MP4A 1E6BA 1R7HA 2OA7A 3WGDA 4XRDA 4KCAA 5LD0A 3TRQA 5AISA 2D2ZA 2VAFA 2PU9C 5DAKB 3I69A 5DCHA 2FD3A 1M9AA 4CHSA 1IYIA 2CQ9A 2QGVA 2K18A 4DSRA 2GSRA 1GNWA 1WP0A 3C1RA 2LJRA 3KGKA 3C73A 18GSA 3GSSA 5G1KA 4FYBA 2YWNA 4OCFA 2LS5A 1K0OA 4KNDA 2YNXA 2JSYA 2FUG2 2AJQB 4K7NA 5ECMB 4HS1A 3UOMA 2OBKA 1HNCA 5GSSA 2XBQA 1TRUA 1JLVA 3CRUA 2HE3A 10GSA 3GRXA 1UA5A 1XVWA 2VLTA 4YAVA 3FY7A 5CO3A 1A2JA 4QQ7A 1MD3A 3VWXA 1O81A 2DJ2A 2MMZA 1K3LA 3APQA 2C0FA 3F6FA 14GSA 1T8EB 2YOIA 1VGLA 1XOAA 1AC1A 1GWCA 1Z3EA 2OADA 3O3TA 4YH2A 3FR3A 1SJ6A 1GUHA 3GIXA 1TDIA 4POLA 1BJXA 5DQSA 2WCIA 2O85A 2H66A 2YZHA 5D73A 3FRCA 2C3QA 2LJKA 1HNAA 5DVBA 1GTAA 3EU3A 5EY6A 3J7Yk 4FO5A 3F0IA 2HZEB 2X8GA 4WR5A 3US3A 1N8JA 1XWGA 1QGVA 4GF0A 5DBQA 3ZL5A 1I5GA 4PX1A 4FIWA 4MF7A 2HFDA 1MDKA 1ZMAA 2LTKA 1F2EA 1Z6MA 5G2ZA 4PQHA 4ECCA 3IAS2 2P31A 1USBA 5B8BA 2GZYA 1T3BA 3EMPA 2NDOA 2MMAA 4KDUA 4K1FA 2H70A 3ZREA 2CVDA 4HI7A 5H5RA 5FHIA 5A4WA 1R5PA 4WBJA 5J4UA 3GL5A 4IBPA 3ZZXA 1B9YC 4AGSA 4AJ7A 2IMKA 5C04A 1SK1A 2YWMA 3LYKA 2YV7A 2YANA 3GKKA 4ZBAA 5G31A 1FOVA 2IMFA 4K8MA 2M46A 4MDCA 1O85A 2EIQA 2DIYA 4EC0A 4ZL8A 4G10A 1A0RP 5DJMA 2VCZA 5G30A 3GTUA 4KAEA 4HQSA 2YN1A 1HYUA 1I9DA 1XW5A 4KH7A 2V2GA 3UVTA 1GUKA 4XRAA 2AUVA 1V2AA 4HUAA 1DE1A 3ZRDA 3GMFA 3VI5A 1A24A 1XWAA 3KMOA 4LL1B 1LJRA 3BBYA 1GTIA 2E2GA 4ECBA 2JSZA 1R4WA 1A8LA 1G6WA 3EVIA 5E4WA 3APSA 2MBSA 4MF5A 2IJYA 3KJYA 5KN0A 3NOFA 1OC8A 2ALBA 2WULA 1GRXA 2OACA 4IGJA 4GXZA 1ZZYA 4HU9A 4LMVA 4IJIA 1YJ6A 3GV1A 3CSIA 2LNTA 4GSNA 4K2DA 3GH9A 2PUKC 4JR6A 1XCCA 3FYGA 17GSA 3KP9A 3TKRA 1VF2A 5DQYA 1SL0B 1ON4A 3VFIA 4MZCA 3ME7A 1TKDB 5H5QA 5GAND 1CQHA 2BMXA 1YF1A 3P8WA 4KX4A 4G9HA 4MZBA 2FA8A 5F06A 3TJBA 5HQPA 1K3OA 1EOGA 4EKZA 3G7JA 3O6TA 2VCQA 5ECSA 6GSWA 3UJ1A 2IFQA 4GSTA 4HJMA 4OD7A 3QFBC 2I4AA 1TJDA 1OVNA 3TJFA 2M80A 4LL4B 4ZILA 4CW9A 4TKYA 1R26A 3E0UA 5D9WA 3IC4A 2Z9SA 3DVXA 2C0DA 3I6AA 4KCEA 5ENUA 2QSIA 5IMVA 1A8YA 5CREA 1O7UA 2O8VB 3P7XA 3IAM2 2QC7A 3GTUB 4XIHA 4Q5QA 4X1UA 3HDCA 3CXGA 4IP1A 1DE2A 1ERVA 1Z5YE 3GKXA 2H30A 1OE7A 2JL4A 1OE8A 1KBNA 1K0NA 3MAKA 1XXUA 3F3QA 1NHYA 3UMAA 4PQIA 1WJKA 4EE0A 2H74A 3IV4A 3P2AA 1EOHA 4F03A 3CSHA 5IMCA 1PL2A 2H6YA 3LSZA 1XIYA 2F51A 2LNSA 4MH3A 1AQWA 4XHMA 2O89A 3W8SA 1S3CA 1GLQA 1EWXA 1J9BA 1S3DA 1WPIA 2RM5A 3A2XA 5ECNB 2C0EA 9GSSA 2VOCA 2YWOA 2GSTA 2VCXA 4WXTA 1FVJA 2ZUPA 3L4NA 1THOA 2DJ3A 4OCEA 3K8NA 1T4ZA 2YJ7A 3N9JA 1PSQA 1Z9HA 3DYRA 2C3TA 4NXIA 2I1UA 1C72A 3J7Yb 1YEXA 3ERGA 5CAXA 4KSOA 1M7TA 5EL8A 3A2VA 3QR6A 2LKUA 3LXZA 5LCZA 5HR0A 3UBLA 3VPTA 4TN8A 2IFQB 2R6KA 2GS3A 4V2LA 2WB9A 4MH2A 4PQ1A 3ERFA 1YKAA 2L6DA 3LEFA 1X9WB 2C1YA 1N2AA 2JU5A 4K7IA 4BWSA 1M2BA 4EVMA 4BPYA 5H5SA 4KW6A 3UIWA 2H01A 1Z7PA 2CZ2A 3VURA 1A2LA 3C71A 3TJKA 4AF2A 2IPAA 3HD5A 1BQ7A 2PMTA 4IP6A 1VF3A 4POKA 3H1NA 2XBIA 4WKWA 2GQKA 1QUWA 3HYPA 1SD8A 2WRTA 1M99A 1GSFA 3H4KA 5JWQB 1B48A 5F05A 1PA3A 1K0BA 5DJLA 3IDVA 1TU8A 4IW9A 4KA0A 5AN1A 4MMMA 1VRSD 3PR8A 1T00A 2WFCA 4Q5RA 1GH2A 1KTEA 4DSSA 2IL3A 4KE3A 3TOUA 3F6DA 5IOWA 3IE3A 3CYNA 4F82A 3VWUA 4E8HA 6GSTA 3VWVA 2VCTA 3APOA 1EGRA 5IOXA 2WJUA 1GL8A 2DMMA 4IQ1A 2XHFA 1NHOA 4GQFA 3QFAC 3MNGA 3V1WA 4XS1A 12GSA 4ZBBA 2PN8A 4IQAA 2AB6A 1A0FA 2FNOA 3TJJA 1XBSA 4K7OA 4G2EA 2F8AA 3IRAA 2BJXA 3EE2A 1FB0A 4G19A 2IMIA 3GNJA 3FR9A 2NTOA 1ABAA 5B7CA 4V1Ap 3HJPA 4IELA 2V41A 2PBJA 3ISOA 1GSUA 1F3AA 4BL7A 4Q5FA 2KUCA 1YKCA 2G2QA 4GLTA 3ZIJA 2YWIA 5C00A 1QK8A 3H79A 5DDLA 2RUEA 1FW1A 4PUAA 3HJMA 3LGCA 4NAXA 2ON7A 5ECQB 1XWKA 8GSSA 3D22A 3FZ9A 4DEJA 5IMZA 2ZNMA 4ECJA 3RPNA 1SL2B 2IMEA 2CX4A 3IHQA 2E0QA 4WETA 4HJ2A 6GSSA 4WF5A 3MSZA 1NM3A 1OKDA 4OFNA 5GAPD 1AAZA 3BCKA 1WWJA 2VL3A 1DBYA 1MD4A 3KH7A 2H0GA 4I6XA 3A5WA 3LWAA 2LQQA 3F3RA 1OC9A 4F2IA 4DSSB 2EIOA 2GT5A 4J57E 3D21A 2LEGA 4OFMA 7GSSA 2HYXA 3D4TA 5J9CA 1SENA 3WGXA 3ZFBA 4NV2A 4TXOA 3QAVA 1TI3A 3EMXA 5JCWA 1GLPA 1PN9A 2KP1A 4ZL9A 4BWQA 4J2FA 3M3MA 1WMJA 1MEKA 4OO4A 4KUNA 3ZLPA 1AUCA 2OJLA 2L59A 3GYKA 4EO3A 1TK8B 2DJJA 4IVFA 5KN1A 3WT1A 2DJ0A 4JZQA 3I43A 3GH6A 4BVXA 2H1DA 2O7KA 3W8JA 1AIUA 5INYA 3RBTA 2H73A 5HFKA 3D5JA 5ID2A 5IPGA 2DLXA 4KDYA 4I2TA 1TRVA 1XZOA 2YJHA 3SWLA 2OE3A 4MLYA 1NW2A 4XS4A 1X9MB 5A4UA 3WYWA 4Q5NA 2TRXA 2NPBA 3RDWA 3LORA 4QL9A 3AY8A 4RQRA 5FT3A 2LUSA 1JZOA 2I9HA 2LJAA 4ZB9A 3IK7A 3EURA 3GKMA 3VI7A 1U3AA 2L6CA 3KEBA 3L0HA 3UVHA 1G7OA 1J0FA 3DRNA 3G9BA 3DKSA 4ZIJA 2GTUA 5LNKe 2DC5A 3CSJA 2J9HA 1ERTA 1SYXA 1PX6A 1RQMA 2PGTA 2CVKA 3M1GA 1AQVA 2VCVA 4EDYA 1F3BA 5B8AA 1WRYA 4LA1A 1CQGA 1Z6NA 3Q19A 1GSYA 4I97A 1H4OA 5GSTA 1HD2A 4MCUA 3HXSA 5CP1A 3TOTA 2PERA 2I3YA 1KNGA 1Y6EA 1FVKA 1XWBA 3ZFLA 3ERWA 1SK2A 4K9ZA 3ZVJA 1M2AA 4NWYA 5ECIB 2VO4A 1OC9B 1F37A 2NBSA 1THXA 4N0ZA 2HSHA 4DVCA 2X64A 4POMA 1TOFA 5IQYA 4MABA 5JCGA 3U6VA 5IO2A 2CAIA 4TOPA 2MMOA 2YV9A 4TXOB 5JCUA 1SJIA 3FKFA 1X5EA 1O6JA 4GWRA 1G6YA 1RW1A 1ERWA 3EINA 3QAWA 3KTBA 2MZCA 2PWJA 5ABRA 4JRRA 2JZTA 3GHAA 1ACVA 5B6MA 4GTUA 5ID2B 1URMA 4NMUA 3CMIA 3EC3A 4O7HA 2ZCTA 4TXVA 4O32A 4IKHA 2V6KA 2AV4A 4XS4B 1JZRA 2NVLA 2HRNA 2XC2A 1V40A 4L5LA 1XOBA 5HR3A 4ISDA 3HVVA 3FR6A 4AJ6A 2LRNA 2B5XA 2FY6A 1TTZA 3HVXA 2HXKA 4L0UA 4ULXA 4L8EA 3Q18A 1ML6A 4GSSA 4TR3A 2PVOC 3ED3A 4YQMA 3GKNA 1BG5A 4ECIA 2BTOT 1GSEA 3DGQA 1SL1B 4MZWA 5ECOB 1A2MA 3MWHA 5F07A 1HNBA 1RK4A 2GSSA 3F4TA 2VM1A 4JEDA 4PXOA 2MYGA 2GT6A 2N5FA 1Q4JA 11GSA 2VIMA 5KN2A 2B3SA 1GTBA 2VLVA 2L4CA 2LRCA 2P5RA 2IN3A 2I81A 3HVSA 19GSA 4EL1A 1WOUA 3FZ4A 3G7YA 2L4QA 3BD2A 2B1KA 2OE0A 3GA4A 2RUFA 5JWRB 4XS6A 4NHWA 3L78A 5B6NA 2DJ1A 20GSA 1TI1A 3A2WA 3ZIVA 1W4VA 2VUPA 1TW9A 1OYJA 3O76A 2H71A 3IXRA 2LSTA 2REMA 2FCHA 4KDXA 2KLXA 3GUSA 5GZZB 1SU9A 3C8EA 4EUYA 2TIRA 5IMDA 1UC7A 1X9SB 4O92A 3D4MA 1QMVA 2AYTA 2P5QA 1E2YA 2MMNA 2V1MA 2R37A 4N10A 1WE0A 2K9FA 4IN0A 2G0FA 1FG4A 3QCPA 1PX7A 4CDOA 3LFLA 2EIRA 3PGTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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