3UEMA

Crystal structure of human pdi bb'a' domains
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
HHHSSGLEVLFQGPGSEFATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQTAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQELPEDWDKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Human protein-disulfide isomerase is a redox-regulated chaperone activated by oxidation of domain a'
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
source organism Homo sapiens
molecule tags Chaperone
total genus 103
structure length 358
sequence length 360
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2011-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA01
1G6YA 4MPFA 2CZ2A 1A8YA 4EUYA 4KNDA 4ECBA 3KZQA 3CXGA 3WGDA 2H0HA 4PQHA 4MK3A 3E3EA 2CVDA 3C7MA 2OA7A 1Q4JA 3ZVJD 2R4VA 1MDKA 1BEDA 4MJCA 4F82A 1YEXA 4K8MA 17GSA 1XCCA 2ON7A 5J4UA 2JU5A 3CRUA 1ERWA 4O5RA 1R7HA 4K7NA 3GH9A 6GSSA 2JACA 3VPTA 1PA3A 4DSQA 1Y6EA 1YY7A 2I81A 2H1AA 4MF6A 1FW1A 2LQOA 5HR0A 3G7JA 1PL2A 1SK2A 1X9SB 2PUKC 4MH2A 3F6FA 4KSOA 5DQSA 2MMAA 2I3YA 4MZWA 5HR1A 3TKSA 2GQMA 4TKYA 3W6GA 4CW9A 3EWLA 3H1NA 3QFAC 2KHPA 2A2SA 2IMDA 3EVIA 2C0DA 2C0GA 3N9JA 5IMVA 1X5EA 4WBJA 4GXZA 5G5FA 2LJKA 4GSTA 4WR4A 4OFNA 3VLNA 3GHAA 4MJBA 4X43A 2AAWA 2VCTA 3QAWA 2R2JA 2DIZA 1B4PA 3D21A 2H72A 3LJRA 1URMA 2B7KA 2H6ZA 3C1RA 1FOVA 4WF4A 1F3AA 2MBTA 1WWJA 2OACA 2X8CA 2FWGA 1ON4A 2YANA 4HEA2 5GZZB 2YOIA 3RPNA 5CRGA 4WETA 1BJXA 2HRFA 2B6MA 3TUEA 5G5EA 3GUSA 3MNGA 2V1MA 5CO3A 4KDXA 2DBCA 2LRNA 5A4VA 3TOUA 1VF2A 1TJDA 1NHYA 4RI7A 1G7EA 4TXOB 4IQAA 3LG6A 3PR8A 2GLRA 3UARA 2XHFA 1OKDA 4ML1A 2HT9A 1AQXA 2IIYA 3HA9A 2PPTA 8GSSA 4ZL9A 4WBRD 1SJZA 1JZOA 4WF5A 3V1WA 1EGRA 4Q5QA 2YP6A 1AW9A 4OCEA 1E2YA 5ECIB 3ZYWA 3W8JA 4ZL7A 1VF3A 2LEGA 3RHBA 3IV4A 3ZREA 3ZL5A 1GTBA 1F37A 2PVOC 3RBTA 5DBQA 4HS1A 1Z7PA 5GAND 1MDIA 4I2TA 4KA0A 1GUKA 3GKNA 1TRVA 2JZTA 5AIXA 5DAKA 2VL3A 1ZOFA 3HJOA 4N30A 4XRAA 2O8VB 1GLQA 4TW5A 4N0VA 3QAGA 1WOUA 1Y25A 1MTCA 4HOJA 3BD2A 2M46A 2FA4A 2ZNMA 3DRNA 3TJGA 22GSA 4ECCA 1A2JA 2VM2A 1BQ7A 5H5SA 1PX6A 3ZITA 2DJ0A 1KEBA 4LMWA 3O3TA 2JZSA 5D96A 4ZB6A 1EP8A 4EO3A 4FO5A 2P5QA 2OKAA 3ISOA 5J9CA 2X99A 1V57A 3RPPA 3IA1A 4POKA 1CQGA 4ID0A 2H75A 4BWSA 5F05A 1W4VA 1SK0A 3KTBA 5HR2A 4O92A 4NHZA 3IBHA 4JR4A 4EVMA 4EDYA 1ZCPA 2B5YA 2IN3A 4F2IA 2QKEA 4PQIA 4EE0A 2L57A 1LJRA 1XW5A 1TDIA 3UVTA 4KAEA 2TRCP 4ULXA 5HFIA 5CREA 1R5AA 4NHWA 3TKQA 4I97A 2C3NA 3HJPA 1SENA 1VGLA 3CTGA 3Q74A 2OBIA 1XBSA 3F63A 1PN9A 3M0FA 5FWGA 3DWVA 2AUVA 3LGCA 6GSYA 1K0DA 2L6DA 1A0FA 4J56E 1O6JA 3J7Yb 1VF4A 4F03A 1YQ1A 2ALBA 2WULA 2IWTA 5J9BA 3EINA 3TRXA 3FZ9A 5FT3A 3DEXA 1A0RP 1TTZA 4OMVA 3UOMA 1T4ZA 3QPMA 1AQWA 3VWVA 2F3MA 1N8JA 1RQMA 2EIRA 1OC3A 4YQMA 4YH2A 3DYRA 1ZMAA 1T1VA 4NMUA 3H93A 4WKWA 1OE8A 3F4SA 2QSIA 1C72A 4K9ZA 2ZUPA 2K8SA 3CSJA 2HSYA 5IPHA 2YWIA 2LKUA 3D4TA 2E7PA 4LMVA 1SU9A 3DGQA 1XXUA 4IJIA 4GF0A 4F9ZA 4L0UA 4DEJA 1QQ2A 5DALB 2REMA 2KOKA 1RW1A 4PNGA 1F3BA 4JU5A 3F0IA 5G1LA 3RAZA 2O7KA 4AF2A 3GTUB 1GTAA 2PERA 3GYKA 2DLXA 1NHOA 1MD4A 3KH9A 2ZCTA 3L9UA 2PBJA 2R5GA 2X8GA 2L4CA 1OAZA 1X5CA 3SWLA 3U6VA 1SJIA 1H4OA 1M2AA 4TN8A 3GURA 4MH3A 4NAXA 2H19A 2LJAA 1ERVA 2H74A 1ST9A 5G1KA 2FY6A 5LD0A 1TOFA 5F07A 4HU7A 3D22A 1EEMA 3JCML 4IBPA 2CX4A 4XS6A 3P8WA 1J9BA 3BCKA 2HE3A 1MEKA 6GSXA 1EP7A 2AHEA 1O8WA 3UEMA 3GIXA 3H79A 2H66A 4POLA 1ACVA 3AY8A 4RQRA 5GAPD 4PQ1A 3IK7A 3TKSC 3GSSA 2AV4A 4HQSA 3EU3A 1SD9A 2LQQA 3US3A 1JFUA 1KTEA 1X9WB 1SKWB 3IDVA 1GWCA 4V2NA 4DSSB 2HZEB 2WRTA 1WE0A 3HY2A 1EOHA 4DSRA 1UA5A 3OR5A 2JL4A 3UBLA 3QOUA 2EC4A 1T3BA 2ON5A 4EC0A 3GV1A 1GNEA 2GT6A 3CRTA 4K7IA 4OCFA 2WFCA 1O73A 2I4AA 4GRFA 2C0EA 5DCHA 3IHQA 4QQ7A 1Z6MA 1FG4A 1JZWA 3VI5A 2WGRA 4GQFA 2B5XA 2HXKA 2B1KA 6GSTA 2VAFA 2H70A 3IC4A 3LXTA 4OD7A 4XCSA 1XW9A 3I6AA 1R5PA 3Q19A 3VURA 1PGTA 1U87A 3H8QA 1BG5A 1EEJA 3L9VA 1ZL9A 3CSIA 4EKZA 1GP1A 5D8IA 1DUGA 1R26A 3Q6OA 1F2EA 2ES7A 3F8UA 1O8XA 3IRAA 5KEJA 2R3XA 2K6VA 1JZDA 4O7HA 1SL1B 3F3RA 3Q18A 1QK8A 3UAPA 1OKTA 1G7OA 2H0GA 3IPZA 4BVYA 3FYGA 1V98A 1TXXA 1ERTA 3GH6A 1RK4A 1TU7A 3KMNA 4KH7A 3GKKA 3M1GA 5KN0A 1YZXA 3EE2A 2LJRA 3BOAA 4WXTA 4ZIJA 2HSHA 4GSNA 3O76A 5CAXA 1FO5A 1PKZA 4ZILA 16GSA 2LTKA 4IELA 2EIOA 4YAPA 2LUSA 3KCMA 2P31A 2L5LA 1HNAA 1FVJA 3KD0A 4HJ2A 4NPBA 1GULA 5JWQB 3TKSE 2C80A 4KE3A 3G9BA 3ZIJA 1ABAA 2V6OA 4BVXA 5FHIA 2QGVA 2KLXA 5AN1A 3DXBA 4X1UA 4X0XA 2XBQA 3L0HA 3ZTLA 2C4JA 4IN0A 4E8HA 1TRUA 2VOCA 2GQKA 2YWOA 5CRWA 1Z7RA 2OADA 3KJYA 2PU9C 1TK0B 1KBNA 2K9FA 2YJHA 4G10A 5DALA 3UL3A 2V41A 1N2AA 2TRXA 1WPIA 1PQNA 2PMTA 2H6YA 2VLVA 1K0OA 4V1Ag 3HVSA 5IMCA 3A2VA 1TRSA 4MZBA 2LRTA 1GSEA 4ZXGA 2XBIA 4HI7A 2YNXA 2G2QA 2AB6A 4RI6A 1SYXA 3I9V2 3GX8A 4L0WA 2NPBA 1PMTA 1SL2B 3GNJA 4WR5A 5D9TA 1E6BA 2GZPA 5D9VA 2DJ2A 1USBA 2I1UA 2IMKA 3LSZA 4PNFA 3VWWA 1GSSA 3VFIA 1A8LA 4CDOA 5H5RA 3PINA 1LU4A 1XOBA 4MPGA 4EDZA 4ZB9A 2FNOA 1YKAA 2GSSA 2LSTA 3EU4A 1T8EB 1K0AA 1XWKA 3U5RE 2M72A 1AQVA 1XWAA 1XVQA 5ECMB 1LBKA 1QMVA 5GSTA 4GTUA 1U3IA 5IMFA 2VD0A 5AIVA 4MCUA 2O89A 1VRSD 1DSBA 1JLWA 3E0UA 1WJKA 4DSSA 1S3DA 2HZEA 1BYEA 2G0FA 2VCQA 4IJ3A 2FCHA 4MABA 1B4QA 2CAIA 2MMNA 1AC1A 2GTUA 5GSSA 4IW9A 5HFGA 3GMFA 1XZOA 2GZYA 2H76A 3TRPA 2IFQB 1MDJA 1K0BA 3IE3A 1YEPA 2NDOA 2OE0A 3MAKA 3NIVA 3M8NA 3N5OA 1S3AA 1WIKA 1GTIA 3O6TA 1EV4A 1TU8A 3A3TA 4GQCA 4QL9A 3VI7A 4MA9A 4V2LA 1DBYA 5IOWA 5KN1A 1THXA 1HYUA 1OVNA 3HZ8A 4H86A 2IL3A 4K6XA 3EC3A 5D73A 1FB0A 4FIWA 3APQA 5JCWA 2VCZA 2L5OA 5INYA 4BA7A 4HJMA 1O7UA 3WD6A 2VCXA 2B7JA 3I43A 2P0GA 1TK8B 1M7TA 1WRYA 2C3TA 5ECKB 4PX1A 1GLPA 5ECQB 2LNSA 3PH9A 2GS3A 2X8HA 7GSSA 4JE1A 1GUHA 3WGEA 19GSA 2CT6A 4WEYA 2OE1A 2JADA 5B6MA 1PSQA 4N0ZA 2VCVA 4IQ1A 1GTUA 4TRXA 4MJAA 5IIZA 1A23A 3KH7A 3HVVA 1OC9B 1JZRA 5CP1A 3VWUA 4KGIA 1SK1A 3HKRA 3TGZA 2PGTA 4IHUA 1JHBA 2YZHA 5B7CA 4FYBA 2DSAA 5ID2B 2DIYA 2CV4A 2CQ9A 3NOFA 2VLUA 3ZMKA 3UBKA 4K1FA 18GSA 3LWAA 4XRDA 3LYPA 5CRHA 3QCPA 4KCAA 1T4YA 4PUAA 4XTSA 2YPMA 3GL5A 1T7PB 4JR6A 4MF7A 2VIMA 5B6NA 3M9JA 5B8BA 3CMIA 4ECIA 1TW9A 2WZ9A 6GSVA 3BJ5A 3FK8A 3HCZA 1GSQA 2CZ3A 4V1Ap 2FGXA 4IKHA 3KEBA 5ABRA 2A2RA 3UJ1A 1TKDB 3QFBC 2IMFA 1JLVA 1H75A 1Z3EA 1SKRB 2F51A 4F0CA 1J0FA 2YV9A 4P3YB 4MJEA 5J41A 2N5BA 4KCEA 4BPYA 1GSFA 5G31A 3TB2A 3KIJA 4EL1A 5ECHB 5CNWA 5C00A 2KP2A 3D5JA 3S9FA 1EGOA 4YAVA 2VCWA 2FHEA 2DC5A 1M0UA 3KP9A 4BWQA 2HZFA 5E59A 5B8AA 2WB9A 3GKXA 4ECJA 3APOA 5D9XA 2H71A 3VWXA 1DE2A 2R6KA 2YJ7A 1SD8A 2CA8A 4K0GA 1X9MB 4L5OA 5ELGA 5IMDA 1G6WA 2IMEA 4IS0A 3BCIA 4TR4A 1XWGA 3HYPA 4I2UA 2WCIA 5DQYA 5A4WA 4N11A 2GZZA 3FHKA 2F9SA 4TXOA 3TOTA 4AJ6A 1KNGA 4KB3A 5F06A 2GDRA 4MF5A 4LL1B 2HFDA 11GSA 2N5AA 2RUEA 3FR6A 3EMXA 3IXRA 2MYGA 3IK9A 4ZBDA 1GRXA 3LXZA 5DJMA 3FZ4A 2R37A 4V2MA 3A2WA 1OC8A 4XS1A 2H6XA 3LQ7A 4JEDA 3FRCA 4IGJA 1YKCA 1B9XC 2L59A 4I5QA 1G0TA 2AJQB 2HYXA 2DJ1A 4JRRA 3KGKA 1PL1A 2KUCA 1K3LA 2JSYA 2CAQA 1U3AA 1S3CA 4ZBBA 3KXOA 3TCOA 1HD2A 3GX0A 3ED3A 3IAS2 3K8NA 4PURA 1GSDA 5DAKB 3CBUA 2E2GA 2WJUA 1HNBA 2E2MA 3KM6A 1HNCA 4GCIA 6GSWA 2IFQA 1SKSB 1M9AA 4K2DA 1ZYQB 3J7Yk 1AUCA 4TR1B 4AJ7A 12GSA 5ECNB 1ZGNA 2VO4A 1R4WA 3ME8A 2CVBA 1AIUA 2GGTA 2MZCA 2NTOA 4IVFA 1VF1A 1O81A 5G30A 1XWCA 3GRXA 2C3QA 2P5RA 3G7IA 2FD3A 5IMZA 1TI1A 1WP0A 2HLSA 3TKPA 4HQZA 4Q5RA 4IP1A 3F4RA 2H01A 3LORA 3GKMA 4TXVA 2PN8A 1HQOA 2H73A 5ECPB 4TR3A 3W8SA 3DMLA 5JWOB 1FHEA 1K0NA 3GFKA 1OC9A 3GN3A 3G7YA 9GSSA 3C73A 2L6CA 5AGYA 1F9MA 1I9DA 4I8BA 5A5KA 5ID2A 4MMMA 5D9WA 3TRQA 2H1BA 4GWRA 3A2XA 20GSA 1BX9A 2VL2A 2FLSA 1FAAA 5KN3A 4XIHA 1OE7A 3TJFA 2CX3A 4KUNA 1B8XA 2VLTA 4ZBAA 2J23A 2X64A 1BAYA 1V58A 3D6IA 2F8FA 2L4QA 4HZ2A 5ECSA 3DVWA 3WT1A 5EL8A 4AGSA 3TJKA 3QR6A 1X0RA 4ML6A 3UIWA 2N5FA 1U88A 2B1LA 4XS4B 3H4KA 1SL0B 1GH2A 4POBA 1TP9A 2OBKA 4PUFC 2JZRA 4LL4B 10GSA 2TIRA 1EV9A 4NV2A 3ZFLA 3GSTA 2K18A 1V40A 1UVZA 4NWYA 1EWXA 5H5QA 1T00A 3WGXA 5ECRB 5HFKA 1NSWA 3GTUA 1PKWA 2DJKA 2VD1A 1X5DA 4OO5A 2I9HA 1J08A 3ZFBA 1QXHA 4MP4A 2H8LA 4RQXA 1TK5B 4BL7A 5IM9A 1A24A 2O85A 2YV7A 3UMAA 4GSSA 4K0NA 5F0GA 4MLYA 2MBSA 3DVXA 5IQYA 4ZB8A 3KP8A 2CVKA 3QAVA 2H0IA 5JWRB 3VPQA 3A5WA 2HRNA 3DIEA 3HD5A 4OFTA 3DKSA 3KTLA 4Z7XA 1U6TA 2YCDA 5EVOA 4PXOA 2WDUA 3MSZA 1W89A 3L78A 2OJLA 1M99A 1AXDA 1YJ6A 3C8EA 3SBCA 2FWFA 1Z9HA 4EF0A 2V2GA 2YN1A 5IPGA 4TR0A 3FR9A 2XPEA 4PGTA 3TJJA 2E0QA 2A4VA 3KMOA 1PD21 1EOGA 4D73B 1B9YC 2QC7A 3HDCA 2B3SA 1GNWA 1A2MA 3P2AA 1A2LA 4DVCA 3TKRA 5ENUA 4G19A 5JCGA 3F4TA 2K8VA 5JCUA 2B5EA 3ZVJA 3IR4A 2V6KA 1ZYEA 3QMXA 1PX7A 1F6MC 3FEUA 3ZRDA 5IMAA 4HUAA 3TDGA 2YZUA 1FB6A 4TR1A 2V32A 2RLIA 2RUFA 4AJ8A 2YWMA 3WT2A 2VL9A 3ZMLA 2FWEA 2O87A 4KW6A 1NM3A 5E4WA 2M80A 1XVWA 1O85A 2C1YA 2NBSA 3E9JB 4ZL8A 1K3OA 2DMMA 1K0CA 2MMOA 3L9SA 1SJ6A 3LYKA 1IYIA 2H30A 3ZLPA 4HU9A 4YQVA 3NZNA 4J57E 4JBBA 1DE1A 4KDYA 4YQUA 2RM6A 1YF0A 1TRWA 1MD3A 5HR3A 5ECLB 5DDLA 3ERFA 5ELAA 4JZQA 3EMPA 2JSZA 3WYWA 4NXIA 4KX4A 2AYTA 5IO2A 2PVQA 1XOAA 4J2FA 2LS5A 3FY7A 4RUVA 4LLRA 2MMZA 3P90A 2LRCA 4N10A 3CYNA 4NV5A 1GL8A 5A4UA 5DJLA 3CSHA 4G9HA 1EZKA 3C71A 4L8EA 4ACSA 4FH8A 3F3QA 2NVLA 1M2DA 3HJMA 4HDEA 4Q5FA 5EPFA 3IOSA 4K7OA 3PGTA 1K3YA 3M9KA 4E8EA 2IPAA 2XC2A 3LEFA 3MDKA 5CRDA 3CTFA 4KSMA 4EXJA 5G2ZA 3M3MA 1ML6A 1UN2A 2GSTA 3D0ZA 2XPDA 1AAZA 2DJ3A 1FVKA 5COHA 1B48A 4QL7A 3FW2A 5DVBA 3RDWA 1NW2A 1M2BA 4O32A 5IO0A 1YDKA 5F8BA 5IOXA 2GSRA 1M9BA 5J5NA 4XS4A 1XWBA 1XPVA 4FYCA 5LNKe 2DJJA 3ZZXA 2VUPA 2HI7A 5C04A 2FA8A 2Z9SA 3BBYA 2RM5A 5J3RA 1ZZYA 2BMXA 1CQHA 2LV3A 2BJXA 2BTOT 4HZ4A 4F0BA 2RIIA 3LFLA 3ZIVA 1UC7A 3HZ4A 1WMJA 3ERWA 3F9UA 3QDNA 3EYTA 3HXSA 3HVXA 2VL2C 1OYJA 3R2QA 2OE3A 3D4MA 3RHCA 3ERGA 3GA4A 5DCGA 3QD9A 4KDUA 4TVEA 2PWJA 3FZAA 3FKFA 5CYYA 2GSQA 1I5GA 2IJYA 5EY6A 1SYRA 3IAM2 4XHMA 4POMA 3P7XA 1Z5YE 3ME7A 3UVHA 1QFNA 2EIQA 2YWNA 1Z6NA 2D2ZA 4MDCA 3L4NA 1ERUA 5KN2A 1THOA 4TOPA 1XW6A 2HNLA 14GSA 4L5LA 2LNTA 2J9HA 1V2AA 2F8AA 3APSA 3TJBA 3HHVA 3VK9A 3DD3A 4ILFA 5ECOB 4D73A 1QGVA 3I69A 1TI3A 1XFLA 5L71A 4IP6A 2DMLA 3FZ5A 4MZCA 1ILOA 3EURA 1XIYA 2H1DA 1YF1A 3FR3A 5D93A 1GUMA 4Q5NA 4OFMA 2GVPA 1K0MA 3C1SA 2IMIA 2VM1A 4G2EA 3MWHA 4CHSA 4FYUA 5HQPA 1PRXA 4LA1A 6GSUA 1V9WA 5LCZA 2H1GA 1QUWA 4ISDA 13GSA 4OO4A 2FWHA 4GLTA 1IYHA 3F6DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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