3UEMA

Crystal structure of human pdi bb'a' domains
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
360
structure length
358
Chain Sequence
HHHSSGLEVLFQGPGSEFATTLPDGAAAESLVESSEVAVIGFFKDVESDSAKQFLQAAEAIDDIPFGITSNSDVFSKYQLDKDGVVLFKKFDEGRNNFEGEVTKENLLDFIKHNQLPLVIEFTEQTAPKIFGGEIKTHILLFLPKSVSDYDGKLSNFKTAAESFKGKILFIFIDSDHTDNQRILEFFGLKKEECPAVRLITLEMTKYKPESEELTAERITEFCHRFLEGKIKPHLMSQELPEDWDKQPVKVLVGKNFEDVAFDEKKNVFVEFYAPWCGHCKQLAPIWDKLGETYKDHENIVIAKMDSTANEVEAVKVHSFPTLKFFPASADRTVIDYNGERTLDGFKKFLESGGQDGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Human protein-disulfide isomerase is a redox-regulated chaperone activated by oxidation of domain a'
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein disulfide-isomerase
molecule tags Chaperone
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 358
sequence length 360
ec nomenclature ec 5.3.4.1: Protein disulfide-isomerase.
pdb deposition date 2011-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
A PF13848 Thioredoxin_6 Thioredoxin-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA03
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA02
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3uemA01
2LQOA 3KJYA 5G5EA 2VO4A 2PU9C 3DKSA 1JHBA 3LGCA 4J56E 3HA9A 4IP1A 3TRQA 1RK4A 22GSA 4F03A 4GSTA 5IMDA 3A2WA 1EGRA 5D9XA 2F8AA 3D21A 4K9ZA 4YQVA 3C1SA 5F05A 2GQMA 1TI1A 4KGIA 5L71A 1K0DA 1MDJA 2H19A 4GF0A 2CT6A 2FY6A 3V1WA 1JZRA 4ZBBA 2M46A 2EIOA 4IN0A 2LS5A 4MJCA 4LLRA 3MAKA 1TRUA 4OD7A 2A2SA 2QKEA 5AGYA 3TCOA 3M9JA 3BBYA 2YPMA 1M9AA 3Q74A 4LL1B 1H4OA 3VPTA 3FHKA 4MJAA 5EPFA 3MDKA 5IOWA 2DJKA 3G9BA 3WD6A 2FGXA 2B5EA 3GIXA 3ERFA 5IQYA 4DEJA 4KE3A 2BTOT 3E9JB 1SJIA 1W89A 3IAS2 4I2UA 2L6CA 2RUFA 1YKCA 4TXOB 2V41A 3L78A 4OWYA 4V1Ap 4YQUA 4ZXGA 3W8SA 5ECRB 1KBNA 1JLVA 2LSTA 3NIVA 3TKQA 3QPMA 20GSA 2VLVA 3TKRA 2ON5A 5B6NA 1Z7PA 4EXJA 4GQCA 4ZL9A 4Q5RA 1B9YC 3EC3A 3M0FA 2ALBA 1O73A 2VD1A 4X1UA 2YJHA 3DYRA 2IIYA 3IPZA 3I69A 4MP4A 4IVFA 4MJBA 2H73A 3TJGA 3L9SA 4ECIA 3LXZA 2O89A 3VI7A 2GQKA 3QD9A 1SD9A 2JSZA 4I2TA 4TOPA 1G7OA 5JWOB 3BOAA 2B1KA 1JZDA 2LJRA 5A4VA 18GSA 5IMCA 5ABRA 2HSYA 4LMWA 2MMAA 1Q98A 4GLTA 2O8VB 2GZZA 1A8YA 5DJMA 1W4VA 4PXOA 4QQ7A 3C73A 1YEXA 1Z5YE 1XXUA 5E59A 3HVSA 2TRCP 3VLNA 2WCIA 4MABA 4K7OA 4HU7A 3GSTA 4PUAA 1X0RA 2H30A 2OA7A 1TK0B 3GV1A 4MH3A 4PNGA 1PL2A 4Q5FA 1OC8A 5C04A 3F0IA 1I5GA 2HFDA 3HXSA 1YDKA 2OBIA 3BD2A 4JR4A 5IPHA 2OADA 5A4WA 1EP7A 2C0GA 4IW9A 1ZGNA 4IGJA 1OC9B 3BJ5A 2H0HA 4BVYA 3ZFBA 5JCUA 3ZTLA 4QL7A 3A3TA 1UN2A 3BCIA 3F6DA 2O85A 5JCWA 2H0IA 3KM6A 3ZRDA 3C1RA 4JR6A 4IBPA 1I9DA 2LJKA 1ZL9A 2C0DA 3KMNA 1DBYA 2LQQA 1B9XC 1XCCA 2C0EA 3ZZXA 2AYTA 1FO5A 3MWHA 5IMVA 1ERUA 3GH6A 4DSSA 2G0FA 2H1AA 2P5QA 5G1LA 5DCGA 4K8MA 4F0CA 2F3MA 1O81A 2CVBA 1K3YA 4G2EA 3GKKA 2VAFA 1T8EB 1X9MB 4HS1A 1PKZA 5CRHA 2LJAA 4N30A 2V6OA 4E8HA 3HZ4A 4BVXA 1ZCPA 5J4UA 1PSQA 3UBKA 2C3NA 1YEPA 3PGTA 3TUEA 5DVBA 5FHIA 2IFQB 1PD21 5EY6A 4AF2A 1XVQA 1WJKA 4KCAA 1EV4A 4K7IA 3RAZA 1EOGA 2MYGA 4ZB8A 4WF5A 1SL1B 5IMFA 5DDLA 3IDVA 2DSAA 1RQMA 3KD0A 3QR6A 4HUAA 4K6XA 1KNGA 4NV2A 5ELAA 3F4SA 2ON7A 3HHVA 2IWTA 3M8NA 4WR5A 1BG5A 2VL9A 2FD3A 1EEJA 2R5GA 5D9VA 2OACA 2VL2C 1NHOA 2HRNA 2J23A 1A23A 3HKRA 2KUCA 3LSZA 3EE2A 1TTZA 2DMMA 3UIWA 1GSDA 1SK0A 2DMLA 1SL0B 2JU5A 2X8HA 1QK8A 1OKTA 4LA1A 4XS6A 2FA4A 3GHAA 2IMKA 2K8VA 3QMXA 4MZCA 2CX4A 2L59A 4IELA 1AXDA 5HR3A 3GNJA 3UVHA 4WF4A 1ML6A 2FWEA 1A2JA 3TKSE 3HJOA 3KIJA 2O87A 3ERWA 3D4MA 1TK5B 3Q19A 4RQRA 1AC1A 1S3DA 3ME8A 3KCMA 4JBBA 1QUWA 3KH7A 1FHEA 4I8BA 3UOMA 3IK7A 1XWCA 1HQOA 2B7JA 1DE2A 5AIXA 2VM2A 1GSQA 2R2JA 2HT9A 13GSA 4ZILA 3FR6A 2VL3A 3D6IA 1WPIA 3HDCA 5H5QA 1ZYQB 1M2DA 1YJ6A 1TK8B 4TR1A 1FOVA 1XWGA 3CBUA 1XIYA 3DRNA 2KOKA 4BL7A 1EOHA 4MK3A 1LBKA 5CP1A 3GKNA 3GKXA 3LYPA 5CNWA 2AJQB 3QAVA 4ZL8A 1KTEA 2H1BA 2YP6A 3F4RA 1EZKA 1XPVA 3GX8A 2VIMA 3WGEA 3A5WA 4HQSA 2YWIA 5JCGA 1AUCA 1WE0A 4I6XA 2IMIA 3UEMA 4F82A 4KH7A 5ECMB 5J9BA 3O6TA 3ERGA 3VPQA 1GLQA 2P0GA 2LV3A 3VWVA 4TR0A 1A2LA 1X9WB 2VCWA 1A2MA 1FW1A 3GSSA 1TJDA 4G9HA 4X43A 5ELGA 4KDYA 2CZ2A 5IO0A 4FYUA 2G2QA 5AN1A 1U87A 1M9BA 2YWOA 6GSTA 1A8LA 4L0WA 3CTGA 1ERVA 1QGVA 4PUFC 2YOIA 2DJ3A 4KDUA 4BA7A 4TR4A 4BWQA 3TJKA 1BJXA 5ECKB 2GVPA 2V1MA 3TGZA 4EDYA 1Z6NA 1TDIA 5D9TA 3H1NA 2RLIA 4KB3A 5ENUA 2LTKA 2OE3A 1CQGA 3JCML 1NM3A 1ZMAA 2H72A 4KA0A 3J7Yb 1F9MA 1URMA 4XCSA 1HNCA 3GH9A 3GMFA 2LEGA 1C72A 2HE3A 2WB9A 1T3BA 4NXIA 2DBCA 3APQA 3QOUA 2H1DA 1V9WA 3TJJA 1SENA 3FR3A 1B8XA 4NHZA 3O3TA 4KSOA 3IK9A 4FIWA 2J9HA 4HJMA 2GSSA 2PERA 2GLRA 3WT1A 1B48A 1FAAA 4TXVA 4DSSB 3UARA 5CO3A 5B7CA 4H86A 2RM6A 1G7EA 2MMZA 2IL3A 3F3RA 2C1YA 3ZFLA 4N0ZA 1MTCA 2O7KA 3EURA 3FK8A 2PBJA 3VURA 2JZRA 3ZIVA 4PQHA 1AQVA 1VF4A 2L5LA 2XBQA 1K0BA 5GAND 4IKHA 2VM1A 4ILFA 3EYTA 5E4WA 1XWBA 2HSHA 2E2MA 1DE1A 1PMTA 4CDOA 3K8NA 4CW9A 2X8CA 4PURA 5J9CA 2E7PA 2H8LA 5CREA 3FZAA 5KEJA 1SYXA 4OCEA 1F3AA 2P5RA 3I43A 3CRUA 1FVKA 3WGXA 2H6ZA 3ISOA 1R4WA 2L5OA 4F0BA 4TKYA 5ECNB 3WYWA 1PX6A 1K0AA 3F8UA 2E2GA 2OKAA 2GS3A 2MBTA 3H8QA 17GSA 4LL4B 5GZZB 2OE1A 1MEKA 3PH9A 4Q5QA 5DCHA 2LNSA 1TKDB 2HZEB 3HJMA 3UMAA 3CYNA 4X0XA 5ECLB 3FZ4A 3CSIA 4BPYA 5ECHB 2WDUA 2FNOA 3LG6A 2VLTA 1F37A 3IOSA 1UA5A 4GTUA 5ECQB 2ES7A 5A5KA 4XRAA 2DIYA 4IP6A 4O32A 2H0GA 5JWQB 3C71A 2GTUA 4ZL7A 4HI7A 2YNXA 4L5OA 3W8JA 3CXGA 4MZWA 5D93A 4MDCA 1TU7A 4MPGA 1R26A 1G0TA 3KP8A 3DD3A 2F51A 1K3OA 2XBIA 4ZB6A 1BX9A 5G31A 3N5OA 3LFLA 5D73A 1SL2B 3TDGA 3KH9A 5HFIA 2GT6A 5ECPB 2LRCA 4XIHA 1G6YA 1DUGA 2FHEA 3ED3A 1N8JA 2I9HA 4MPFA 3TOUA 3Q18A 1ZZYA 2NBSA 4JEDA 3GYKA 4YAPA 3C8EA 4FYBA 2MZCA 2A2RA 3L9VA 2K6VA 2IJYA 1M2AA 1XFLA 2NVLA 14GSA 1AIUA 3HYPA 1J9BA 5DQYA 2QSIA 1TOFA 4HDEA 4PGTA 4EC0A 2L57A 1SD8A 3WT2A 4MCUA 1U88A 4XS1A 2AAWA 4KUNA 1X5DA 2PUKC 4ML6A 4TR1B 2IMEA 1HNAA 3M1GA 1KEBA 1XW9A 1JZWA 4XS4A 1ERWA 4POMA 4ML1A 3P2AA 3DWVA 4OFMA 2PVQA 3ZL5A 2IPAA 5EL8A 2JADA 2LNTA 3ZREA 4EO3A 4LMVA 4MA9A 4K2DA 1MD3A 2HLSA 4HQZA 1GNWA 4TN8A 3G7YA 1ERTA 4DSRA 2C0FA 4TRXA 1WP0A 2HI7A 1GSFA 3US3A 1M99A 3QDNA 3I6AA 4WETA 2BJXA 2EIQA 4PNFA 1JFUA 8GSSA 1GSUA 1SKSB 1VF2A 5G30A 2QGVA 1Y25A 3ZMLA 4ISDA 1O85A 1A0RP 4IS0A 2YWMA 5G2ZA 3Q6OA 3NZNA 1V98A 4PQIA 5DALB 4WR4A 2HZEA 3GA4A 1JLWA 1USBA 5F06A 5F8BA 3F6FA 4WBJA 2JZSA 5KN0A 4MF7A 1FB0A 2F9SA 6GSWA 1IYHA 4KW6A 3GTUA 5CRGA 3NOFA 1TRSA 5ECSA 1XW6A 10GSA 5F0GA 1TXXA 2WGRA 4PX1A 1GUKA 3RHCA 5ID2A 2PMTA 3L4NA 4I5QA 4KX4A 3GN3A 3IV4A 4ZB9A 5GSSA 4ULXA 3U5RE 4MF5A 3CSHA 5IPGA 3DGQA 4FH8A 2DJJA 3APSA 3F4TA 3H93A 4GQFA 4POLA 1LU4A 4RQXA 5LNKe 1EWXA 3KXOA 3ZLPA 1GTIA 2HYXA 1T4YA 1YZXA 2XPEA 4MF6A 3U6VA 5G5FA 5FWGA 4ZIJA 2VCQA 1NHYA 2H71A 2IMFA 4G19A 3VI5A 3I9V2 4HU9A 5A4UA 6GSUA 3EU3A 5B8BA 3O76A 1GL8A 1O8WA 1K0MA 3KMOA 3VWXA 1EV9A 3C7MA 1TW9A 1YF0A 2FWHA 3A2VA 2WZ9A 1WIKA 7GSSA 1YQ1A 5IIZA 1K0CA 4XTSA 3F63A 4EDZA 1T4ZA 4JU5A 2K18A 4ECCA 2KP2A 2HRFA 4F2IA 3EVIA 5DAKB 5KN3A 4KDXA 1XW5A 3D0ZA 4NAXA 4EUYA 11GSA 2L4CA 3QCPA 5B6MA 1U3AA 5J5NA 4V2MA 3RHBA 5HR2A 12GSA 1F2EA 3HZ8A 5AIVA 4ECBA 2H01A 3IA1A 3RBTA 2YJ7A 3ME7A 2GDRA 2REMA 3IXRA 2OJLA 2AV4A 2DJ2A 1Y6EA 1SU9A 2YV9A 2LRTA 3IE3A 3N9JA 9GSSA 2DJ0A 1VF3A 1PRXA 3ZITA 1S3CA 1TP9A 2B5YA 2B7KA 5IMZA 2ZNMA 4HZ2A 1A24A 1MD4A 3FW2A 4FO5A 1U6TA 1OVNA 3TKPA 4NWYA 1A0FA 2I1UA 3DMLA 2LRNA 3FEUA 4HEA2 1R7HA 2H75A 2JL4A 2GZYA 1AQXA 1THOA 1OE8A 2CQ9A 3D5JA 1F6MC 1ILOA 2VL2A 2EIRA 2R4VA 1K0OA 1GRXA 4D73A 4O92A 3QFBC 3A2XA 5DALA 4OFTA 3UL3A 2N5FA 2NDOA 1Z6MA 1GSSA 2VCXA 2H6YA 2VCTA 4JZQA 3UAPA 1B4QA 3R2QA 2B3SA 4IQAA 1GLPA 3GFKA 5HFGA 2M72A 1M2BA 2V32A 1QXHA 3KZQA 4OCFA 1BQ7A 3LQ7A 3GKMA 3GL3A 2H76A 2X99A 1DSBA 1WMJA 3M3MA 4YAVA 1QFNA 4L8EA 3H4KA 4NHWA 2QC7A 1YKAA 5CYYA 4K1FA 4DVCA 1GUMA 1UVZA 2H74A 1XWKA 4NV5A 3IHQA 2L6DA 4WKWA 4V1Ag 4AGSA 4YQMA 1EGOA 4EKZA 5ECIB 2AB6A 3CRTA 4EE0A 5IM9A 5JWRB 2AHEA 4QL9A 2CX3A 1FG4A 4RI7A 1V40A 5HR1A 1Z7RA 1AAZA 3TB2A 4XS4B 2CV4A 1X5CA 3FY7A 4KCEA 2YZUA 1GP1A 5CAXA 4FYCA 4Q5NA 2K8SA 1OKDA 1BYEA 2A4VA 5D9WA 2CZ3A 1GULA 3S9FA 5GSTA 2I3YA 2KLXA 5DAKA 2MBSA 3KGKA 3VFIA 2YWNA 2LKUA 2N5BA 2XPDA 5ECOB 3P8WA 3RPPA 1EEMA 5G1KA 3F3QA 3LEFA 2YZHA 1SKRB 3TKSA 2YANA 1T7PB 2GSQA 2DLXA 1YF1A 3HCZA 3UBLA 4OO4A 6GSSA 2FWGA 1PX7A 2WJUA 3LJRA 2C3QA 5COHA 4POBA 4AJ6A 2DJ1A 3MSZA 3VWWA 1HNBA 3HY2A 4GSNA 3G7JA 1J08A 3ZVJD 4KSMA 4EF0A 4L5LA 5CRWA 4ECJA 2P31A 4DSQA 4HJ2A 2C8UA 19GSA 1VRSD 3HJPA 2PPTA 1XOBA 4EVMA 1WWJA 1TU8A 3FKFA 3EMXA 2V2GA 3EMPA 1VF1A 3J7Yk 2VCVA 1SK2A 2OE0A 2YV7A 2GGTA 3GTUB 3TJBA 2X8GA 1XZOA 1CQHA 1IYIA 3E3EA 1Z3EA 4O5RA 16GSA 3D22A 1OC3A 5KN1A 5D8IA 5ID2B 2DC5A 1XVWA 2MMNA 2BMXA 3FZ9A 1J0FA 2NPBA 3GRXA 3D4TA 2WS2A 4JE1A 3UJ1A 2JZTA 4OO5A 1X5EA 3GURA 3P90A 5D96A 1EP8A 2OBKA 2KP1A 1FVJA 3EINA 1K0NA 4N10A 5J41A 2X64A 2GT5A 5AISA 6GSVA 3QAGA 3KP9A 2CA8A 1ZYEA 3TOTA 3KTLA 3GUSA 2B6MA 2C80A 1R5AA 1V58A 3CMIA 2VLUA 3ZIJA 1HYUA 1OAZA 1RW1A 1M0UA 3LXTA 3IRAA 2AUVA 4HOJA 1SKWB 1ON4A 3PR8A 4I97A 4NMUA 4WXTA 3HVVA 3GL5A 3RDWA 4TW5A 4GWRA 2GZPA 2C3TA 2HNLA 1ZOFA 4ACSA 4XHMA 3DVXA 2FUG2 1GUHA 2FA8A 2H6XA 1OE7A 1E6BA 5HQPA 2L4QA 4G10A 1NSWA 4EL1A 2JSYA 1TRVA 1R5PA 3RPNA 5IO2A 1JZOA 5EVOA 2I81A 1O8XA 2R37A 3E0UA 1AQWA 4IJ3A 3ZVJA 4GRFA 4ID0A 1MDIA 3H79A 1GTUA 1Q4JA 1VGLA 3HD5A 4XRDA 4TXOA 4GSSA 3FRCA 2ZUPA 4KNDA 4O7HA 2CAIA 2E0QA 3M9KA 4RUVA 5F07A 5GAPD 1LJRA 2B1LA 5CRDA 2GSRA 4D73B 2VOCA 4ZBAA 2YN1A 2B5XA 2D2ZA 4MMMA 2N5AA 4PQ1A 4IJIA 4K0NA 4F9ZA 1THXA 3W6GA 4J2FA 2H70A 3VWUA 1O6JA 3OR5A 1XWAA 3EU4A 1H75A 3DEXA 1TI3A 3L9UA 3G7IA 3APOA 3L0HA 2PWJA 4L0UA 2HZFA 1BAYA 1QMVA 1X9SB 2RUEA 4V2NA 4V2LA 1MDKA 4JRRA 2CAQA 3UVTA 3VK9A 3GX0A 1E2YA 1ST9A 5LCZA 1NW2A 2TIRA 3QAWA 3TRXA 2PGTA 1O7UA 3FR9A 3ZYWA 3FYGA 2WRTA 1G6WA 2PN8A 4RI6A 3QFAC 4OFNA 2NTOA 2FCHA 1ACVA 1GTBA 1PA3A 3ZMKA 2XHFA 1S3AA 2VD0A 4WEYA 4AJ7A 1SK1A 1WOUA 1T00A 4Z7XA 4CHSA 4TR3A 3BCKA 3IBHA 5H5SA 4MLYA 1OC9A 2R6KA 3DXBA 2Z9SA 1T1VA 3WGDA 1WRYA 4WBRD 5HR0A 3AY8A 3FZ5A 1PL1A 2WULA 2EC4A 3P7XA 1U3IA 4N0VA 1PGTA 6GSXA 1M7TA 3KTBA 2R3XA 4K7NA 5KN2A 4OMVA 4HZ4A 1K3LA 4IQ1A 1B4PA 2DIZA 5IOXA 5C00A 5HFKA 4BWSA 2F8FA 2H66A 5DBQA 1AW9A 3MNGA 1XOAA 1PQNA 3CTFA 4MJEA 5LD0A 4K0GA 2IN3A 1Z9HA 1N2AA 1GNEA 3SBCA 2YCDA 1PKWA 3HVXA 1XBSA 1GTAA 1PN9A 3DIEA 4POKA 1YY7A 2PVOC 3DVWA 4ZBDA 2TRXA 2GQLA 2KHPA 4GXZA 4KAEA 1BEDA 2RM5A 2I4AA 1F3BA 3CSJA 6GSYA 5IMAA 2HXKA 4GCIA 4E8EA 1V2AA 2M80A 1SJ6A 4J57E 5J3RA 1GWCA 3TKSC 2JACA 3IR4A 2IFQA 5INYA 2CVDA 3PINA 2CVKA 4MZBA 3LYKA 2H1GA 3F9UA 2RIIA 2K9FA 5DQSA 1HD2A 4IHUA 1GSEA 3IAM2 4YH2A 3SWLA 1TRWA 3EWLA 3TRPA 5FT3A 1ABAA 1QQ2A 4P3YB 4AJ8A 2V6KA 2VUPA 5H5RA 3LWAA 2IMDA 2XC2A 2WFCA 2LUSA 5DJLA 1FB6A 2VCZA 1OYJA 1SYRA 3LORA 1UC7A 1SJZA 2FLSA 3KEBA 2FWFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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