3VWVA

Crystal structure of n-terminally truncated peroxiredoxin 4 from m. musculus
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
182
structure length
182
Chain Sequence
b'HHSSGLVPRGSHMPAPYWEGTAVINGEFKELKLTDYRGKYLVFFFYPLDFTFVCPTEIIAFGDRIEEFKSINTEVVACSVDSQFTHLAWINTPRRQGGLGPIRIPLLSDLNHQISKDYGVYLEDSGHTLRGLFIIDDKGVLRQITLNDLPVGRSVDETLRLVQAFQYTDKHGEVCPAGWKPG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synergistic cooperation of PDI family members in peroxiredoxin 4-driven oxidative protein folding
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-4
source organism Mus musculus
molecule tags Oxidoreductase
total genus 54
structure length 182
sequence length 182
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2012-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3vwvA00
5DCGA 2LQOA 2PUKC 1K0DA 2G0FA 2C8UA 1F2EA 5ELGA 1GTAA 5ECKB 2VD0A 4MZCA 2JADA 2VOCA 1AIUA 1WIKA 3GTUB 4IKHA 1TKDB 4V1Ap 2A4VA 5F0GA 3HA9A 3TKSE 1HD2A 2LJRA 2DJ2A 3GH9A 2R3XA 4OMVA 4JBBA 4NHZA 4TR0A 2H0IA 4L8EA 4IN0A 1UVZA 2H6ZA 1J9BA 1SENA 4MJAA 3V1WA 2WDUA 5INYA 2H72A 1YF1A 2V1MA 3CTFA 2YV7A 3NOFA 2CAQA 4OFMA 2IMFA 4K7OA 2JSYA 1SJIA 4K6XA 1TJDA 2I4AA 4Q5RA 5COHA 1ZOFA 2IMIA 1XCCA 1O85A 1R26A 1WOUA 1MDIA 2F51A 1XW6A 3KD0A 3EMXA 1ACVA 1PX7A 1J0FA 1YJ6A 1OC3A 4MH2A 3KMNA 5B6MA 4LLRA 3F3RA 5DBQA 2YANA 2O8VB 5IIZA 3IC4A 3KXOA 4X0XA 1ERUA 5GSTA 5J3RA 4XS4A 3DVXA 3VWVA 5D9XA 3HKRA 4DSRA 2V32A 3IXRA 2HFDA 4MJCA 2LRNA 1ILOA 2G2QA 1NHOA 1OKDA 3G9BA 3F6DA 1MDJA 3QAWA 1O6JA 2HI7A 3IAS2 5ABRA 5D93A 2WRTA 5JWOB 4PQHA 2ON5A 4Q5FA 3TOTA 3ZRDA 4CHSA 5IMAA 2CX4A 1K0OA 2V2GA 3ERWA 3FZAA 4ISDA 1AUCA 1XWKA 2CT6A 1F3AA 1YEXA 5GZZB 1SKRB 4MDCA 1Z7RA 4HUAA 3KMOA 2MMOA 4MF7A 5G31A 3QAGA 3FR6A 5D8IA 1XBSA 1I5GA 1UN2A 1BJXA 9GSSA 3HYPA 1GUHA 1U3AA 4YQMA 1OC8A 2J23A 2QC7A 4YQVA 2E0QA 1R7HA 2XHFA 5AISA 3A2XA 5CRWA 5D9VA 4NV5A 1K3OA 3HVXA 1ERVA 2YZHA 3FY7A 3ZMLA 1EP8A 2YN1A 2IFQB 3TKPA 1X9SB 1VGLA 2HNLA 3QCPA 1F37A 4L0UA 2CX3A 4D73A 1TXXA 1X9WB 2DJ1A 1QUWA 4EC0A 2ON7A 2H30A 3L78A 3LSZA 2VM2A 4JU5A 4N10A 1LJRA 3TRXA 4LMVA 1MD3A 2AHEA 2H19A 3KCMA 1T4YA 4IS0A 4TN8A 4Z7XA 3BBYA 1VF1A 3UVHA 2NVLA 5ECSA 3A2WA 4ACSA 2B5YA 3J7Yk 1NM3A 2YOIA 1X5EA 2M72A 1O8WA 1FHEA 5CRHA 2RIIA 3HY2A 4DSSB 4ECJA 3VLNA 1B4PA 1WRYA 4MF5A 6GSYA 3WGDA 3ZIJA 5B8AA 5IMFA 3MDKA 1DSBA 3G7YA 2WGRA 3TJKA 1WE0A 2H8LA 1GUKA 1U6TA 3A5WA 1PX6A 3H93A 2P31A 3KTBA 3APQA 2IJYA 2EC4A 4X1UA 5C00A 2R37A 4EDYA 5KN3A 3TCOA 1TOFA 4G19A 2NBSA 3IRAA 1GSSA 13GSA 4IBPA 6GSVA 1BAYA 2MMZA 1V98A 2JZSA 5ECMB 2JZTA 4N0VA 4NPBA 2OADA 2OACA 3ZITA 4K0GA 5DQYA 4WXTA 5ECPB 4MP4A 3ZMKA 1R5PA 2VCWA 4MJEA 1OVNA 2PU9C 4WF5A 4EE0A 1YY7A 4L0WA 4IVFA 4TOPA 4MJBA 1A24A 4HI7A 4PXOA 4RI7A 5HR3A 4HU9A 4YAPA 4NXIA 2LTKA 3C71A 3VURA 2JL4A 3D4TA 4YH2A 2X64A 2DMMA 3GRXA 4GLTA 4FIWA 1TP9A 4TR4A 3VWXA 3H1NA 1JHBA 5FT3A 3QFAC 5ECNB 3GKMA 1JZDA 4ZXGA 3EYTA 2RUEA 1GSEA 1TU7A 2TRCP 1PKWA 3FZ9A 3GX0A 2CAIA 3C1SA 4OFTA 3LXZA 3AY8A 2VM1A 2M46A 3HXSA 3JCML 2YPMA 2LNTA 4IJIA 4J56E 1B9YC 4H86A 2L4QA 1XXUA 5EVOA 2R6KA 1FB6A 1W4VA 3DMLA 3HVVA 16GSA 1GTUA 4G10A 3I9V2 2BTOT 3CTGA 4XRAA 2H73A 4MZWA 5G2ZA 1GLPA 1ZYEA 1XWAA 3BOAA 5JCGA 2C0DA 2H70A 2L5LA 2PVQA 1M2AA 1A23A 5KN0A 2V6OA 3EU3A 1QMVA 3DRNA 1NSWA 1EGRA 1RQMA 2H1AA 1FW1A 5G1KA 2XC2A 5G5EA 1OKTA 4ZBAA 2JSZA 3TGZA 3DVWA 1Z3EA 4XRDA 3SBCA 4BVYA 4LMWA 2PMTA 5IMZA 2OBIA 4OD7A 1DE1A 3HVSA 2ZUPA 5IMVA 4FYUA 4ID0A 4CW9A 1XFLA 3D0ZA 1S3CA 4I6XA 4FYCA 4L5OA 4TR1A 3KH9A 2R5GA 4V1Ag 3VPTA 4AJ6A 1A0FA 1XWCA 4GXZA 2GZYA 2YJ7A 2MBSA 2Z9SA 4WBJA 2LJAA 5D9WA 2CZ3A 3FYGA 3IR4A 4POMA 3D4MA 3S9FA 1PMTA 4LL1B 4HEA2 1C72A 3PINA 3ZVJD 5F8BA 4IP1A 3GFKA 4MABA 2B6MA 3DD3A 3LXTA 5A4UA 1X9MB 5JCUA 5DDLA 1AXDA 2IIYA 1XWBA 3P2AA 3WT1A 1VF2A 22GSA 5CAXA 2MZCA 4ZIJA 4ZBDA 1EOHA 4XTSA 3GIXA 1AQVA 5E4WA 4JEDA 3CMIA 3ISOA 2VCQA 3UBKA 2H01A 5DALB 2K6VA 4MH3A 1B9XC 5E59A 1QXHA 2GQMA 1GSFA 1YKCA 2XBQA 1JZRA 5B8BA 3VK9A 4KH7A 4K0NA 1OYJA 3GV1A 2K18A 1E6BA 4DEJA 4GQCA 5ID2B 4HQSA 3FR9A 2YCDA 1A2JA 2PBJA 4RQRA 1GWCA 4MLYA 3Q6OA 1QK8A 4OFNA 1F6MC 3GSTA 2E2GA 1Y6EA 2HZEB 5HFKA 2LS5A 2LSTA 1GP1A 5HQPA 5D73A 3TRQA 1T7PB 1ML6A 2DIYA 3BD2A 3L9UA 2HRNA 5JCWA 1K0BA 2WFCA 1XVQA 3L4NA 3FR3A 4JE1A 1UC7A 1M2BA 3TRPA 3GL3A 3F4SA 1B8XA 3HHVA 3BCIA 3VFIA 4V2LA 2HSHA 2AB6A 1GSQA 3APSA 3DKSA 3KGKA 4Q5QA 3LG6A 1TK0B 1K0NA 3DWVA 4ECCA 3L0HA 3APOA 3LEFA 2KUCA 2V6KA 3CYNA 2GS3A 5IQYA 3VI7A 3PGTA 4HOJA 4MPFA 1T8EB 3IHQA 4WR4A 1GNWA 2FLSA 1V58A 2IL3A 18GSA 5KN2A 3EE2A 3R2QA 2HYXA 4IQ1A 4QL9A 2ES7A 2KP2A 2YWOA 3NZNA 4GSNA 3WYWA 2O85A 1V40A 4N0ZA 3EC3A 2VL3A 1A2LA 4F2IA 1XW9A 1SJZA 3GSSA 1X5CA 3P7XA 1J08A 5ELAA 2GVPA 2YJHA 3TJGA 1S3DA 3UAPA 2DIZA 2GSRA 1F3BA 4PURA 3CSJA 3WD6A 14GSA 3O3TA 2VUPA 3ZYWA 1O7UA 4JR6A 3KTLA 2BMXA 5LCZA 2YV9A 4HJ2A 4XHMA 2CVBA 4RQXA 5CREA 4PGTA 1DUGA 4I2TA 3KH7A 3RDWA 1F9MA 1TI1A 5IOWA 1SL1B 5ECQB 3E9JB 1SL2B 3TDGA 3ZIVA 4KCEA 3GMFA 2VL9A 3IK7A 3L9VA 5AN1A 3EURA 3FK8A 2DC5A 3OR5A 3UEMA 1T4ZA 3G7JA 3PH9A 2GSTA 1EGOA 1UA5A 3FKFA 2VD1A 4G9HA 1PGTA 3Q18A 4EF0A 5EY6A 2IMDA 4GCIA 3MSZA 3QR6A 4K1FA 4GRFA 3ZTLA 1M0UA 1X5DA 2C80A 5IO0A 1ZMAA 2CVKA 1EV4A 4NMUA 3F9UA 1TRSA 2AUVA 2DMLA 1TW9A 2F8AA 2LJKA 1JLVA 2MMNA 1PQNA 3A3TA 3US3A 4TKYA 1I9DA 5G5FA 3W8JA 5CRGA 1GUMA 4K8MA 1YKAA 1OC9B 2WB9A 3GL5A 4TXOA 3UOMA 5EPFA 2I9HA 5F05A 3LYPA 1AQXA 2M80A 3IDVA 1BX9A 4EXJA 5ECIB 2HE3A 5DCHA 2X8CA 2GGTA 4E8HA 4YAVA 1AW9A 1ZL9A 5GAPD 2OE3A 4PQ1A 4XS4B 1O73A 4ZBBA 4MPGA 1G6WA 3CRUA 4EO3A 3C73A 4I2UA 4I8BA 5H5SA 4PX1A 2RM5A 2L6DA 2O89A 5ECLB 3CSIA 2ZCTA 1ZGNA 1BEDA 1JZOA 5FHIA 4PNGA 2VCVA 1Q98A 3HZ8A 2FWEA 1T1VA 2VO4A 1Z6MA 2K9FA 1XPVA 2FWGA 4AGSA 3F4RA 1S3AA 5D9TA 1HYUA 2KHPA 3TOUA 3RPNA 3HJPA 1Q4JA 2P5QA 2X8GA 4XCSA 3D21A 2WJUA 3KP8A 2JZRA 2PN8A 5J4UA 3WT2A 1THXA 4YQUA 2H1DA 2MBTA 3QMXA 2ALBA 2RUFA 8GSSA 2H75A 1M9AA 2FNOA 1YDKA 2V41A 3TJJA 5HR1A 1YEPA 3N5OA 3RPPA 1AQWA 2YZUA 1H4OA 4J2FA 3ME8A 5CRDA 1TDIA 6GSSA 2OE1A 3RHCA 1SD9A 5J41A 5ENUA 2L57A 4D73B 3F3QA 1FG4A 2DJJA 4WR5A 4N11A 1EWXA 1G6YA 2C0FA 3QDNA 4TR3A 1KNGA 3D5JA 1GSYA 1PKZA 2LUSA 4FYBA 2H71A 19GSA 2FA4A 5F06A 4MA9A 4BA7A 1A2MA 2FA8A 5DJLA 2DBCA 3EWLA 1G0TA 3M3MA 3F4TA 1V9WA 1U88A 2H0HA 4IHUA 2GQLA 2LEGA 4KDYA 3QD9A 4AJ7A 3QOUA 2LRTA 2B1KA 2ZNMA 4ZILA 3E3EA 5DAKA 1LU4A 3Q19A 2LKUA 3FHKA 3FZ4A 2IWTA 3VI5A 2PERA 1GTBA 4BWQA 4PQIA 3LFLA 4KA0A 4POLA 2RLIA 4PNFA 1TRVA 3WGXA 2B5EA 5LNKe 4JRRA 2JU5A 5D96A 1M7TA 2IPAA 1RK4A 4I97A 1JLWA 4KSMA 2X8HA 1XOBA 4O7HA 4F9ZA 4WEYA 3EMPA 2FD3A 3MWHA 4ZB9A 1USBA 3VWUA 1A8YA 20GSA 5J9BA 3M9KA 2VCZA 2FWHA 3GTUA 3HD5A 1TRUA 1YF0A 2RM6A 1DBYA 1CQGA 5A5KA 3HJOA 2A2SA 4IELA 4XS6A 2OE0A 4F82A 2I1UA 1ZCPA 4ULXA 1DE2A 3UJ1A 4F0BA 3LQ7A 3CBUA 4GQFA 3H79A 5J9CA 1PA3A 2OBKA 4ZL9A 4DSQA 4GSTA 1Z7PA 1RW1A 4EUYA 2PVOC 2F8FA 1E2YA 2PWJA 1W89A 5A4WA 3VWWA 4LA1A 2HXKA 4MCUA 3LORA 4BWSA 4GF0A 3TJFA 4GSSA 3TJBA 5CYYA 2QGVA 2XPEA 2C3QA 4P3YB 4IGJA 2I3YA 1LBKA 4I5QA 1YQ1A 1QQ2A 6GSTA 3SWLA 2EIRA 1VF4A 1K0AA 1ST9A 2P0GA 5ECHB 4N30A 3ZZXA 4EL1A 1TK8B 5HR2A 4IQAA 2A2RA 3LYKA 2GDRA 2FHEA 3CRTA 1TRWA 3IA1A 4ILFA 3UARA 4KAEA 3DIEA 3DYRA 2WCIA 4WF4A 2C1YA 4MMMA 3ED3A 2N5AA 3FW2A 5J5NA 5LD0A 3P90A 4WETA 1T3BA 1GH2A 3CSHA 4IW9A 1SL0B 3GA4A 1URMA 4K7IA 4ECIA 2CA8A 2VIMA 1G7EA 3QFBC 2H6XA 1FOVA 4XIHA 2PPTA 4TR1B 1SK1A 4ML1A 4HZ2A 2K8SA 1Z5YE 2KOKA 4OCEA 4KB3A 1KEBA 2GZZA 1FO5A 3NIVA 4TRXA 4KSOA 17GSA 3GX8A 4DVCA 2J9HA 1THOA 2OKAA 2B7JA 4KDXA 2H74A 2X99A 3U6VA 2YWMA 3I6AA 1N2AA 3ZREA 1TTZA 2IFQA 5EL8A 3DEXA 2C0GA 3KP9A 2NTOA 6GSUA 3DGQA 3DXBA 1O81A 2D2ZA 2N5FA 5JWQB 2VCTA 2GT6A 1XOAA 2H1BA 3J7Yb 1U87A 2DSAA 5F07A 1AAZA 3UVTA 5DVBA 1EV9A 2YP6A 4MF6A 2DJ3A 3RBTA 3LGCA 4F03A 1OC9A 2L6CA 1R4WA 1SYXA 3C8EA 1VF3A 2VAFA 5AGYA 3ERFA 1GSUA 3IAM2 2I81A 3ME7A 2GSSA 1H75A 4TW5A 5AIXA 4DSSA 3FEUA 5KN1A 2FCHA 4KNDA 3TKRA 1HNCA 4POBA 3GH6A 4NHWA 4X43A 1TK5B 1GRXA 4ZB6A 1XVWA 1SYRA 2R4VA 2FWFA 3QAVA 7GSSA 2IN3A 1SJ6A 3MAKA 2WULA 4JR4A 1GL8A 5GAND 1CQHA 5CNWA 3KZQA 2B7KA 2VL2A 4EKZA 2HLSA 2FUG2 1GLQA 2C0EA 2YWIA 1EEMA 3H4KA 1OE7A 1BG5A 1O8XA 3ZL5A 3I43A 1EEJA 3P8WA 4BPYA 5ECOB 1V2AA 4V2MA 3FZ5A 1ZYQB 4GWRA 4HZ4A 3GHAA 2WZ9A 4KE3A 1A0RP 3D22A 1MTCA 4LL4B 2XBIA 5AIVA 5DQSA 4CDOA 4HJMA 1G7OA 3W6GA 4IP6A 3ZFLA 2HRFA 5IMCA 2AAWA 1HNAA 4ML6A 4RI6A 1PN9A 4OWYA 4POKA 3UL3A 2KP1A 3GKXA 3MNGA 3TKSC 3M8NA 3N9JA 4G2EA 3W8SA 3KIJA 4HS1A 4GTUA 1KBNA 2REMA 2YNXA 4QQ7A 2GTUA 3M9JA 1JFUA 2L5OA 1PSQA 1ABAA 1K3LA 3VPQA 3UIWA 10GSA 2F9SA 3UMAA 1SKSB 3BCKA 3F0IA 1M99A 2H1GA 3ZVJA 4AJ8A 1GSDA 3D6IA 3IV4A 4Q5NA 1M9BA 2N5BA 2NPBA 4AF2A 2MYGA 2AYTA 1GULA 4PUAA 3EVIA 2H66A 2AJQB 3TUEA 1JZWA 1WPIA 1MDKA 3C1RA 1AC1A 2DJ0A 3LWAA 2NDOA 2JACA 3IOSA 5IMDA 1BQ7A 3E0UA 3F6FA 4BL7A 5ECRB 1T00A 5C04A 2CZ2A 3GN3A 3PR8A 3ERGA 2AV4A 1ON4A 3CXGA 5IPGA 4EVMA 2VLUA 5CP1A 1MEKA 2LRCA 2VLTA 2QSIA 1MD4A 3KJYA 3M0FA 1SD8A 3EU4A 2GZPA 3C7MA 1SK2A 3K8NA 3TB2A 2BJXA 3GKNA 2YWNA 5G1LA 1ERTA 2H76A 2O7KA 4TVEA 3F8UA 3KM6A 1PD21 1XIYA 4OO5A 3ZFBA 2E2MA 4JZQA 4O32A 5HFGA 3FRCA 1FB0A 2PGTA 1YZXA 4O92A 1EOGA 3HJMA 3EINA 3BJ5A 4TXOB 2E7PA 3HDCA 5CO3A 4OCFA 3GNJA 4KGIA 1PRXA 1WJKA 2WS2A 2K8VA 2MMAA 3L9SA 5HR0A 3GYKA 5H5RA 2GT5A 2LNSA 2VCXA 3WGEA 2FY6A 4KDUA 5IPHA 1N8JA 3I69A 1HNBA 1EZKA 3Q74A 3IPZA 5A4VA 4PUFC 2HT9A 2C4JA 2R2JA 3GUSA 1WP0A 3U5RE 2DLXA 2B1LA 3H8QA 5DJMA 1GNEA 4NWYA 5DALA 4MZBA 2C3NA 2O87A 1SK0A 1M2DA 3RAZA 1K3YA 2VLVA 2P5RA 2GSQA 2L4CA 2EIQA 1IYHA 2FGXA 3TKQA 3ZLPA 4ZL8A 2H6YA 4KCAA 5ID2A 1U3IA 4K9ZA 5KEJA 1OE8A 1B4QA 1R5AA 2EIOA 2L59A 3HZ4A 4KW6A 2IMKA 1X0RA 5G30A 2TIRA 3TKSA 2HZFA 5IO2A 2H0GA 4ECBA 5FWGA 2HZEA 4OO4A 2HSYA 4L5LA 2C3TA 3RHBA 1A8LA 1QFNA 2TRXA 1GTIA 4QL7A 2CQ9A 1FVKA 4ZL7A 1FAAA 2F3MA 2DJKA 1IYIA 2B5XA 5B6NA 1K0MA 4MK3A 3G7IA 4ZB8A 1Y25A 4FH8A 1PL1A 3QPMA 4HDEA 1WWJA 4J57E 5B7CA 2XPDA 3LJRA 3IK9A 3O6TA 5JWRB 4IJ3A 1QGVA 2CVDA 1TU8A 4WKWA 3IBHA 2OJLA 4WBRD 4K7NA 5HFIA 3UBLA 1BYEA 3KEBA 1Z6NA 5IM9A 3HCZA 2VL2C 4NV2A 2KLXA 5H5QA 1B48A 1XZOA 1OAZA 1WMJA 1V57A 3GURA 6GSXA 1HQOA 12GSA 2CV4A 11GSA 1SU9A 3A2VA 5DAKB 1VRSD 2LQQA 1NHYA 2LV3A 1FVJA 2B3SA 2IMEA 4V2NA 4KUNA 4E8EA 2OA7A 3O76A 4HU7A 1PL2A 3F63A 2GQKA 1ERWA 1Z9HA 3M1GA 1SKWB 4KX4A 1ZZYA 1KTEA 2GLRA 2QKEA 4RUVA 1TI3A 5GSSA 4NAXA 4TXVA 4F0CA 5L71A 4XS1A 3IE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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