1SKWB

Binary 3' complex of t7 dna polymerase with a dna primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template
Total Genus 30
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
30
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*C*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
molecule tags Transferase/electron transport/dna
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 30
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1skwB00
3UIWA 4RUVA 2B6MA 1MEKA 4GSSA 1A2JA 2H0GA 1YJ6A 5B7CA 4EC0A 2GSRA 5IIZA 3PGTA 3A2XA 1DSBA 2JZTA 1ERVA 4BVXA 1ERTA 1WOUA 4NV2A 4D73B 2IWTA 3UBLA 2YANA 3CTFA 3UARA 4FYBA 4D73A 3LEFA 2TRXA 2H74A 3IAS2 1C72A 2B1KA 1X5DA 4X43A 2IJYA 1AQVA 2B7KA 3IK9A 3F4TA 1AQXA 4OWYA 2F8FA 2Z9SA 2MBSA 2GZZA 1T8EB 2LJAA 2BJXA 4GRFA 5A5KA 3DRNA 4QL9A 4PUAA 3IXRA 1IYIA 2PERA 2WDUA 3TKSC 4F0CA 4NPBA 1O6JA 2H01A 2G0FA 1NHOA 2NPBA 3QFAC 3TKSA 4JR4A 1DE2A 3D4MA 2P31A 3BJ5A 3PR8A 3FR3A 3I43A 1J0FA 3L9SA 3GV1A 2KP2A 4XRAA 1Z7RA 2V6KA 5A4UA 2J23A 3NOFA 2LSTA 3GFKA 1PKWA 1BEDA 4WF5A 2LRTA 2H1AA 4WBJA 2CZ3A 2QC7A 3QAWA 1HNCA 2DJ2A 4CW9A 4FO5A 5DQSA 3R2QA 3TOTA 4RQRA 5LNKe 6GSWA 2RUEA 1S3CA 5HR2A 2KUCA 5KN1A 2C3NA 3ERWA 3ZMKA 4BWSA 1DE1A 1JLVA 2CV4A 1UN2A 3KGKA 1SU9A 4TR4A 1FG4A 4TW5A 3GA4A 1TK0B 1ERWA 1F6MC 3G7YA 4ZILA 3GN3A 3UVHA 1VF4A 1RK4A 2H1BA 1JZDA 4I2UA 1H75A 1ABAA 2WB9A 1AXDA 2NVLA 2GGTA 1SJZA 3H8QA 4YAPA 6GSUA 4HDEA 2VL2A 2PVQA 2LV3A 4KW6A 1V9WA 4NAXA 2K18A 2LNSA 3K8NA 4IHUA 5IMFA 3IV4A 3RPNA 3WGXA 2RUFA 2I1UA 5ENUA 5G5FA 1PRXA 4WXTA 3TRQA 1YEPA 3BCKA 4ECJA 5ID2B 1E2YA 1GUKA 1EZKA 2FUG2 4HS1A 1TJDA 4WKWA 1A8YA 5ID2A 4ECCA 1JZWA 1M2AA 2GSTA 5IOXA 4ILFA 1R5PA 2VUPA 1THXA 4TR0A 4ZBBA 3SBCA 3HCZA 20GSA 1ZOFA 2GTUA 2BTOT 4NXIA 4MLYA 3ZRDA 1JFUA 3VK9A 3IC4A 4I97A 4WR5A 1ZMAA 3H93A 2RLIA 1O85A 2JSZA 2L4QA 4Q5NA 4WR4A 4FIWA 3A2VA 2LJRA 1K0NA 1G7OA 2LEGA 2H71A 2CVBA 2C0GA 6GSYA 4HQSA 4TVEA 3GUSA 1XPVA 5GAPD 1URMA 3ZFLA 2F3MA 5C00A 2M80A 1XBSA 4RI6A 1X9SB 2E0QA 3VPQA 4PQIA 3GH9A 1YQ1A 3C71A 2B5XA 1JLWA 1MTCA 4BL7A 2DC5A 3F4RA 1VF2A 4XS4B 2EIQA 1FOVA 5JWOB 2XPDA 2O7KA 3G9BA 2IMFA 1T1VA 1WIKA 3LFLA 2KP1A 3M1GA 4F9ZA 2LRCA 4XS4A 4ML6A 4MDCA 4MP4A 1XIYA 2YWNA 4K0NA 3GKNA 1KNGA 5JCUA 2KOKA 1USBA 1ZL9A 3VURA 4ACSA 4I5QA 1NSWA 2HI7A 4PNFA 5DDLA 3W8SA 2L59A 3KM6A 10GSA 2A2RA 2YJ7A 3APSA 1GULA 2C3QA 1ZGNA 1ZCPA 2DBCA 1FHEA 2NBSA 2IL3A 3GURA 3O76A 1SKRB 3NZNA 5D8IA 4JE1A 5ECSA 3KH9A 4KSOA 4Z7XA 3DXBA 1PKZA 2VOCA 5J9BA 2H72A 5JCWA 5JWRB 4DSQA 1V57A 5ECMB 5GSSA 1SD8A 4V2MA 1T7PB 4BPYA 2VCWA 4N30A 2P0GA 4OCFA 4ECIA 3L9VA 1SL1B 5ECPB 4N0VA 5DQYA 1A2MA 2HNLA 2QSIA 1A24A 11GSA 1GTAA 1S3AA 3TKRA 2PPTA 3LYPA 2WGRA 5DALB 5KN3A 4IP6A 1K3OA 3ZYWA 3IAM2 3ZLPA 2H73A 4KH7A 4NWYA 3D5JA 5KN0A 5CRHA 3QAVA 3HJMA 2FD3A 5CAXA 5DALA 5FHIA 5ECRB 4IKHA 4X0XA 4EVMA 1MDJA 4HU9A 4OFMA 3RHBA 2GQLA 4ML1A 1YY7A 2E2MA 3FZ9A 5J5NA 3J7Yb 1AAZA 1QQ2A 2H6ZA 1ERUA 5H5QA 1M7TA 5HQPA 1TKDB 2C80A 4JRRA 2HRFA 3RPPA 2HLSA 3VWUA 2DLXA 4KCAA 5F8BA 5IM9A 4IP1A 3MNGA 4HU7A 2CAQA 2MYGA 3EWLA 2H66A 4OD7A 1AQWA 1TXXA 1BQ7A 1YF0A 2V1MA 4GWRA 4F82A 5G5EA 1GTIA 1JHBA 1B4PA 2VM1A 4G10A 4ZL9A 1XWBA 2VCXA 2H30A 3NIVA 2WFCA 2EIOA 5H5RA 4L8EA 1SK2A 1M2BA 3A2WA 3DEXA 4ID0A 5COHA 2JACA 3TRPA 3F6DA 3QD9A 4HJMA 4IVFA 3GSSA 3ERFA 2AAWA 2YP6A 1I9DA 3WYWA 3KXOA 3Q19A 3Q74A 1X5EA 2LKUA 1CQGA 2D2ZA 3C8EA 1TU8A 12GSA 1K0BA 2R2JA 1I5GA 2H19A 2V2GA 5LCZA 2XBQA 4O32A 1MD4A 1XW5A 2AUVA 2H0HA 5IO2A 4BWQA 2XPEA 4AJ7A 4GLTA 1LBKA 1YKAA 3LGCA 4XCSA 4MF6A 2H1GA 5D9WA 3HKRA 2JZRA 3HJOA 4EL1A 3DGQA 5FT3A 4ZL7A 2IMDA 2AB6A 4IGJA 4KDXA 4DSSB 2WJUA 2JZSA 1YZXA 3M3MA 5CO3A 3PINA 1O8WA 1EP8A 5GZZB 5A4VA 3KD0A 1B48A 3EMPA 2YNXA 4POMA 2H0IA 1EGOA 4DSSA 3AY8A 1B9YC 4ECBA 2DJKA 2QKEA 5F05A 3TJBA 3I69A 4PNGA 1BAYA 1Z6NA 2ON5A 5GAND 5ECLB 1PQNA 2V32A 1EOHA 4POLA 2I4AA 2B5EA 5ECHB 1O8XA 3TJKA 1OYJA 5B6MA 3GIXA 3HZ8A 1Z3EA 5IMDA 4L0WA 4JZQA 1OC8A 3IHQA 3QCPA 1DBYA 1AW9A 1U87A 2YJHA 3FEUA 1SENA 3F0IA 2XBIA 3F6FA 4V2LA 4TRXA 3J7Yk 2NTOA 4EDZA 2C0DA 3HD5A 3EU3A 1T00A 4IW9A 3GX0A 4ZB9A 3U6VA 5ABRA 2F8AA 4GTUA 2HYXA 2VAFA 1AUCA 1GTBA 2H75A 3D6IA 4KCEA 4K6XA 4ZL8A 3F9UA 1FVJA 1X5CA 3GNJA 3D22A 3TGZA 3TUEA 1PL1A 1SYRA 2CX3A 1M9BA 1H4OA 3FW2A 3MAKA 4KSMA 4JR6A 4LA1A 1KBNA 2GS3A 2K6VA 4WF4A 5F06A 1FB6A 5D9XA 4PQ1A 16GSA 4LLRA 2PWJA 5B6NA 5AIVA 2YCDA 3L9UA 3I9V2 5IMVA 2OKAA 1QXHA 3C1RA 4L5LA 5AGYA 2VLVA 1R7HA 4EXJA 4PXOA 4NHWA 1FAAA 3HVVA 4TR1B 1PX6A 3ZVJD 4GSNA 5IQYA 1W4VA 2R5GA 2DIYA 4DVCA 1MD3A 4TR1A 1K0MA 3DMLA 1N2AA 4K0GA 4WBRD 3TRXA 3VPTA 1V40A 1PMTA 2C4JA 2YOIA 5E4WA 1WE0A 2L57A 4IJ3A 1XOBA 3HHVA 2PN8A 1SKSB 1TK8B 4IELA 4N11A 3TJJA 3OR5A 3E3EA 3KTLA 2IIYA 2V6OA 4XIHA 5CP1A 2C3TA 5KEJA 2PGTA 4HJ2A 5KN2A 3VLNA 2R6KA 3TOUA 3O3TA 2X64A 3UMAA 3SWLA 3BCIA 3BOAA 2N5BA 1PD21 3E0UA 1U6TA 4N0ZA 1ST9A 1QK8A 2MMOA 2TRCP 3UEMA 3ISOA 1GUMA 2HRNA 3CSHA 5ECOB 4Q5FA 4GQFA 4IQAA 4OCEA 4P3YB 2CVDA 2V41A 4I6XA 5AIXA 19GSA 1VRSD 3G7IA 4DSRA 1ZYQB 1U88A 2CX4A 2RIIA 3DVWA 3MDKA 2B5YA 1GLPA 4OO5A 1GNEA 4KE3A 4EKZA 2VD0A 1BJXA 4MZBA 5IPGA 2MMNA 5GSTA 4NMUA 1GSFA 4EO3A 3KMOA 2GQKA 2OADA 3UVTA 1R4WA 4WETA 2LS5A 1K0CA 4E8HA 2AJQB 1NM3A 1EOGA 2WRTA 1XFLA 3UOMA 5HR3A 4TOPA 3IBHA 3HXSA 4XS1A 2MMZA 3P90A 5J3RA 2K9FA 2LQOA 3HJPA 13GSA 1E6BA 2VLUA 2FWGA 5JCGA 1Z9HA 4BVYA 8GSSA 4KNDA 4IN0A 5DJLA 3IK7A 1Z6MA 3GKKA 4O92A 2EC4A 2N5AA 3F8UA 3ZITA 1GSQA 4MMMA 4GQCA 2XC2A 4AF2A 3L78A 1EP7A 4J56E 1K0DA 1HNAA 1TOFA 2I81A 2DJ1A 1Z5YE 3RHCA 1IYHA 3D0ZA 1XWKA 2GSQA 2WCIA 1OC9B 1G7EA 3ZMLA 1X9WB 3QMXA 3LXTA 4I8BA 2FA8A 2N5FA 1K0OA 4HOJA 4E8EA 1ON4A 4MF7A 2RM5A 1OC9A 2EIRA 5DBQA 1M2DA 1CQHA 5AN1A 2OE1A 1T4ZA 3GX8A 4KX4A 1BX9A 2GZYA 3FHKA 5IMAA 4LL1B 1GH2A 2X99A 4OO4A 1JZRA 1SL2B 2IPAA 4POKA 1GSEA 1GLQA 3ZTLA 4K7OA 5G1LA 3U5RE 4J2FA 2YWIA 1GUHA 1TRWA 2RM6A 1WMJA 2DMMA 3IPZA 3P8WA 3Q18A 3BBYA 2M46A 5IPHA 2B1LA 2DIZA 2I3YA 1YF1A 2VIMA 1J08A 4JU5A 3GL3A 2OE0A 2ON7A 4F2IA 1SD9A 3ZVJA 3EURA 1XZOA 4MCUA 1GL8A 1G6YA 3IR4A 5JWQB 4K9ZA 1GP1A 2ALBA 5HR0A 3GKMA 3APOA 4H86A 2X8CA 5G31A 3DVXA 22GSA 3EYTA 3F4SA 1SJIA 2OBKA 1TRUA 3FR9A 5CYYA 2C8UA 4XHMA 3UAPA 1TRSA 2L4CA 4PX1A 1YKCA 1R26A 6GSVA 1UVZA 4IBPA 3HYPA 4Q5QA 1EWXA 2HZEB 2LNTA 2FWFA 2CQ9A 4FH8A 1A23A 1PX7A 1TU7A 1PN9A 3TJGA 2FLSA 3G7JA 4F0BA 3VWWA 1Z7PA 2L6DA 2GT5A 17GSA 1XOAA 2LJKA 5F07A 2HZEA 1XWCA 4RQXA 3ZREA 2GSSA 4LMWA 1OE8A 2MBTA 3WGEA 1NHYA 4HEA2 4MPFA 1SKWB 4I2TA 4HZ4A 4GSTA 1FW1A 1WWJA 4MH2A 4ISDA 5EVOA 3FR6A 4LL4B 4G2EA 5EL8A 4AJ8A 4QL7A 4V1Ag 4K2DA 2FWHA 4XRDA 3KMNA 3N5OA 3P7XA 4GF0A 3WT2A 3H1NA 2GDRA 4MJAA 1GTUA 1K3LA 2OACA 1VF3A 2AV4A 3H4KA 3CSJA 3TKQA 2IMEA 1T3BA 4KDUA 5HFIA 2R37A 2LUSA 3F3QA 4YAVA 4K7IA 2DJ3A 1A0FA 1Y25A 5H5SA 4ZXGA 1OVNA 2VL9A 2MZCA 1B4QA 1HQOA 5ELGA 4O7HA 4TKYA 3D4TA 3TKSE 2PVOC 1XVWA 2VD1A 5EY6A 3A3TA 4K1FA 4CDOA 1OKDA 4FYUA 5ELAA 1RW1A 5DJMA 1EV9A 2OE3A 4YQMA 2VCVA 2KHPA 4KA0A 4YH2A 5B8BA 1V98A 1XW6A 5INYA 2DMLA 1XWGA 2E7PA 1MDIA 4MH3A 2PU9C 2LQQA 1GSDA 4KDYA 3RBTA 5DCGA 4Q5RA 4TN8A 2XHFA 4PQHA 1EEMA 1OKTA 3A5WA 3P2AA 3VFIA 1K3YA 3KEBA 4MF5A 1X0RA 2YZHA 2O89A 3DYRA 3E9JB 1G6WA 1UA5A 4BA7A 4ULXA 5AISA 1ILOA 4L0UA 3DIEA 2F9SA 4YQUA 2HE3A 3W6GA 1PL2A 1ZYEA 4PUFC 3O6TA 4X1UA 3GRXA 5IMZA 3C7MA 3IRAA 4ZBDA 4IS0A 1WPIA 3HA9A 4NHZA 2FA4A 2C1YA 1K0AA 4NV5A 2TIRA 1O73A 4G9HA 3UJ1A 3IOSA 4ZIJA 3HDCA 4V1Ap 4YQVA 1QMVA 1XCCA 4MA9A 1B9XC 2B7JA 5ECQB 2FHEA 3EC3A 2HSHA 2H76A 1FVKA 2ZCTA 3KZQA 2CVKA 3QR6A 5EPFA 14GSA 5G30A 2YV7A 1KTEA 2GLRA 2GT6A 4PGTA 3GTUB 4AJ6A 5CNWA 2JADA 1QUWA 18GSA 1SJ6A 2PMTA 2R3XA 2P5RA 2B3SA 1TRVA 3HY2A 1WP0A 3GTUA 4K7NA 4MZWA 1F37A 4JEDA 2AHEA 3US3A 3Q6OA 3ZL5A 1MDKA 1XVQA 3ERGA 2JL4A 4O5RA 4L5OA 1LU4A 3HVXA 2VL3A 2HXKA 1FO5A 5D73A 4N10A 2VO4A 2CT6A 4MPGA 1YEXA 2K8SA 1TW9A 1G0TA 1M9AA 1S3DA 2KLXA 2E2GA 4IJIA 2GZPA 2F51A 2O87A 3FK8A 3L4NA 1NW2A 3CMIA 1J9BA 2FCHA 1U3AA 1F2EA 2VL2C 1DUGA 3FRCA 3VWXA 4K8MA 2GQMA 3UL3A 3CTGA 3EVIA 1F9MA 3QAGA 3FY7A 5D93A 5B8AA 1M99A 1SK0A 2H8LA 3TKPA 1M0UA 5HFKA 2FNOA 1A2LA 1BG5A 3GKXA 4HI7A 4ZB8A 3GL5A 2CAIA 1GSYA 1OC3A 2YWOA 1KEBA 3F3RA 5G1KA 1VGLA 4OFNA 3TDGA 3S9FA 1N8JA 3M9JA 3VI7A 1ACVA 3RDWA 2R4VA 2X8GA 4MZCA 2VM2A 3KJYA 4EF0A 3M9KA 2WS2A 3EINA 3DKSA 1SL0B 2YWMA 1AC1A 3FYGA 3MWHA 1QFNA 4OMVA 3GMFA 7GSSA 2GVPA 3EMXA 5ECNB 2PUKC 3LSZA 2L6CA 2H70A 4F03A 4KAEA 1RQMA 5DVBA 3GYKA 4MJCA 3F63A 5CREA 2AYTA 1ZZYA 3WT1A 2ES7A 4EDYA 2A4VA 4MJBA 1LJRA 1O81A 1GNWA 2M72A 2FGXA 2PBJA 3BD2A 3ZIVA 3H79A 3QFBC 1Q98A 2C0EA 4HQZA 3V1WA 5CRDA 2G2QA 2YZUA 4FYCA 4XS6A 5HR1A 4IQ1A 1PSQA 2HT9A 5D96A 2H1DA 4EE0A 2FWEA 1EGRA 2HFDA 3C1SA 2OJLA 2O85A 2OA7A 2K8VA 3GH6A 1TI1A 2QGVA 4MK3A 5D9TA 1GWCA 5DAKB 1TDIA 3QDNA 3CBUA 5IMCA 3VWVA 3LYKA 1QGVA 5IOWA 1Y6EA 6GSTA 5E59A 5J4UA 3GHAA 1XWAA 3QPMA 1ML6A 9GSSA 2CA8A 2IFQB 5DCHA 3ZFBA 3ZZXA 2C0FA 5DAKA 1HD2A 3DWVA 2IMKA 3M0FA 2JSYA 6GSXA 3CSIA 5F0GA 4KB3A 2VLTA 2IFQA 1EV4A 2ZUPA 1OAZA 3W8JA 2NDOA 1JZOA 1GSUA 3EU4A 1Q4JA 1O7UA 3CXGA 3ZIJA 4HUAA 3LJRA 2L5LA 2DJJA 2ZNMA 5FWGA 1T4YA 4TXOB 3FZ4A 2VCTA 3I6AA 3TB2A 3DD3A 1XW9A 1THOA 2I9HA 5CRGA 1X9MB 1B8XA 4POBA 1TK5B 4TXOA 1W89A 4DEJA 4GCIA 1F3AA 4EUYA 5J9CA 4MJEA 2X8HA 3IE3A 5IO0A 2YN1A 3FZ5A 3KTBA 3N9JA 5CRWA 1PGTA 2IN3A 3CYNA 3ED3A 2HZFA 5C04A 3APQA 3LG6A 1F3BA 5A4WA 4V2NA 4TR3A 3VI5A 6GSSA 2P5QA 3JCML 1VF1A 1TTZA 3LXZA 3ME7A 3KCMA 4XTSA 1TI3A 2LTKA 4G19A 4KUNA 2FY6A 4WEYA 2L5OA 3QOUA 2J9HA 2H6XA 3KP9A 3LQ7A 4LMVA 5G2ZA 1AIUA 1HNBA 3GSTA 2MMAA 3KH7A 3TCOA 2LRNA 1YDKA 2O8VB 1OE7A 1WJKA 2H6YA 1V2AA 3D21A 1XXUA 3WD6A 1EEJA 2YV9A 1FB0A 2REMA 1A0RP 4PURA 3C73A 4GXZA 3LWAA 3PH9A 1WRYA 4TXVA 4AGSA 5LD0A 3M8NA 4QQ7A 4JBBA 4MABA 1BYEA 2YPMA 2CZ2A 1GSSA 3FKFA 5HFGA 3TJFA 1TP9A 4ZBAA 5L71A 4KGIA 4ZB6A 4CHSA 5ECKB 3UBKA 2DSAA 1SK1A 3CRUA 3L0HA 1A8LA 3KIJA 5ECIB 2WZ9A 1SYXA 3ME8A 2IMIA 3HVSA 1UC7A 3KP8A 3RAZA 3CRTA 1R5AA 3IDVA 2VCQA 4HZ2A 2WULA 3HZ4A 2A2SA 3FZAA 4J57E 3LORA 1U3IA 2HSYA 3IA1A 4OFTA 1V58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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