1SKW | Genus

Total Genus 30

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	30
sequence length	105
structure length	105
Chain Sequence	b'KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL'

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7. pubmed doi rcsb
molecule keywords	5'-D(CPGPAPAPAPAPCPGPAPCGPGPCPCPAPGPTPGP*C
source organism	Enterobacteria phage t7
molecule tags	Transferase/electron transport/dna
total genus	30
structure length	105
sequence length	105
ec nomenclature
pdb deposition date	2004-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF00085	Thioredoxin	Thioredoxin

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.10	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	1skwB00

4G19A 1AW9A 4IP1A 2CAIA 1HNAA 5DJMA 3ME8A 4ZL7A 1O7UA 5B8AA 5JCGA 4POMA 1HQOA 1FOVA 6GSUA 2PWJA 4I5QA 2YV9A 1Q98A 3IOSA 3LORA 4E8HA 3V1WA 2IPAA 8GSSA 1GSFA 5D9XA 3U5RE 1NHYA 4HUAA 3M0FA 4LMVA 2JZTA 1WPIA 1EGRA 3UOMA 3ZREA 1KTEA 2HFDA 1F3AA 1ZZYA 2ZNMA 2QGVA 3R2QA 3O6TA 4O5RA 2XC2A 4DSRA 2OE0A 4OCEA 1XW6A 3GA4A 4CW9A 1Z5YE 3NIVA 4IW9A 2IMDA 1FB6A 1SD8A 1Z3EA 4KE3A 5FT3A 3M9KA 1X5DA 2JACA 1U3AA 1SL2B 4LL1B 4J2FA 5IMAA 2OE3A 2R5GA 2L6DA 1SL0B 3LEFA 1TP9A 3KMNA 3SWLA 1DBYA 3Q6OA 5L71A 3DXBA 1B9YC 3P8WA 2EIRA 1ST9A 3UMAA 2L4CA 4I97A 1WOUA 1X9SB 2B1LA 2YWNA 4PXOA 4ID0A 2OBKA 2P5RA 19GSA 2DMMA 1WJKA 3HVXA 2YZHA 1ZYQB 4MZWA 4NXIA 3TCOA 5JCUA 2K18A 2H70A 2WB9A 2CV4A 4WBRD 3M1GA 3CSJA 3FY7A 5ECOB 2RIIA 2M72A 3GH6A 1DSBA 5J5NA 4MP4A 1KNGA 4EF0A 3KCMA 3ZMLA 4KB3A 5IMZA 2GT5A 2J9HA 3P90A 1BYEA 4MA9A 3QMXA 1JFUA 5J4UA 4OD7A 2DJJA 3KEBA 4L0UA 1AUCA 1AAZA 1OE8A 3FW2A 2GGTA 3GRXA 2HNLA 1JZWA 1LU4A 3HHVA 3W8JA 4XS4A 3UJ1A 5DAKA 2PGTA 2L6CA 3QAGA 4Z7XA 5H5SA 1XWGA 4K7OA 4OO5A 3IHQA 5AN1A 4L5LA 2DIYA 2AHEA 3GURA 2YPMA 3QAWA 1PRXA 3DYRA 4IS0A 1XOAA 3LYPA 3QAVA 2PU9C 2VIMA 3RPNA 1Z6NA 2X64A 5DDLA 3IAS2 4TN8A 1YQ1A 1K3YA 1SD9A 1BG5A 3ZRDA 2L57A 2QSIA 4F9ZA 3BOAA 3GL5A 1FVJA 3DEXA 1Q4JA 4HQSA 2H73A 1YKCA 3F4TA 3QFAC 1IYIA 3DGQA 3IC4A 2A2RA 5D73A 4NHZA 1VGLA 2TIRA 1T8EB 3KMOA 2VAFA 4MZBA 2CT6A 3KJYA 4ISDA 2AV4A 1K0OA 3RAZA 1V40A 4NWYA 3OR5A 5ECPB 1TKDB 5JWQB 12GSA 4DSQA 3H79A 4AF2A 4CDOA 3KH7A 3CSIA 3P2AA 2FLSA 1I5GA 1K0DA 3D21A 2O87A 2R2JA 3TOUA 2VCQA 4KSMA 4POKA 1T3BA 3M3MA 2ES7A 3HD5A 4YAVA 3H4KA 2GSTA 3KP8A 4V1Ag 1THXA 1DE2A 4FYCA 1E6BA 3ERFA 1UN2A 1V58A 3A2XA 5C04A 3DD3A 4ZB8A 3KD0A 1X9WB 4IP6A 2CQ9A 2YJHA 1TOFA 5KN2A 4L5OA 4ZBAA 3UIWA 4MPGA 4D73A 4OFNA 3C73A 5EPFA 3KZQA 3E9JB 5CYYA 1XIYA 5IPGA 4IVFA 17GSA 3ZVJA 2FA8A 3PR8A 5GSTA 1PD21 4HQZA 4ML1A 2MBSA 4V1Ap 4OFMA 1USBA 1GSEA 2KUCA 2H1DA 4WF4A 2BJXA 3LGCA 4BWSA 1G6YA 2VCZA 4K6XA 1WE0A 4XIHA 4F0CA 3EWLA 1E2YA 5G30A 2YNXA 2EC4A 6GSXA 2HLSA 2IN3A 4ZBBA 2YN1A 4X1UA 2CAQA 5D9WA 3GYKA 1NSWA 3FZAA 5KN1A 1CQHA 3CRTA 4KA0A 4ULXA 2LJAA 2GVPA 1G7OA 3GHAA 3CXGA 4HZ4A 4G9HA 2LQQA 3MNGA 4JEDA 2C80A 4MJBA 5HR2A 3LG6A 1QUWA 3UAPA 2CZ3A 2DJKA 1EV4A 2LS5A 5B6NA 3F6FA 5ENUA 1XFLA 4TW5A 4IQ1A 1M2BA 1EGOA 2GQLA 4KGIA 2H6ZA 1EZKA 4WKWA 2AUVA 4JU5A 2AAWA 5JWOB 4Q5QA 3RHBA 2V1MA 1MDKA 2H1BA 2XPDA 3TJJA 3F4RA 3Q74A 3ME7A 5H5QA 4L8EA 2BMXA 2C3QA 4WEYA 3DWVA 2WDUA 2V6OA 4PGTA 4TRXA 2H1AA 3EYTA 3PGTA 2P5QA 1XW9A 2FA4A 4PQHA 1PX7A 3GKMA 4XHMA 2H30A 2EIQA 2VCVA 3L9VA 2IMIA 2YWMA 2DIZA 3LJRA 4GLTA 3GFKA 1TU8A 2B5YA 1EEMA 2GSQA 2LJKA 3C71A 3GIXA 4Q5RA 4EVMA 5D9VA 5F8BA 1URMA 3IR4A 2VCXA 1PA3A 3C8EA 1A2JA 2H0HA 6GSWA 5IOXA 22GSA 4E8EA 1PGTA 2H74A 1R26A 2X8CA 2FCHA 2B5EA 1YKAA 2CX3A 3QPMA 3A5WA 1LJRA 1GTAA 5HR3A 1XWCA 1R5PA 2QKEA 4TXVA 2NTOA 4GRFA 6GSTA 2K6VA 3UEMA 1JZRA 2B3SA 1HNCA 3FKFA 1GH2A 1XCCA 3VWXA 2OA7A 1AQVA 4PQ1A 3CTFA 3CTGA 1X0RA 5LNKe 4F0BA 1XVQA 3QOUA 3GKXA 4MPFA 4TKYA 2J23A 3IK9A 1N2AA 2H76A 3ZITA 2FWHA 3D6IA 1J0FA 1TK0B 1SKSB 2JSYA 1V98A 1O8WA 1FB0A 3QD9A 2TRCP 1GRXA 2DJ1A 4N30A 4XRDA 5HQPA 1OKTA 4XS1A 3QDNA 2LRCA 1XW5A 4KH7A 5DALB 3KH9A 3C1RA 1K0AA 3TRQA 2H6XA 5LD0A 2HZEA 4XS4B 2VL2C 2F9SA 5CREA 1PX6A 5A4UA 4K1FA 2E2GA 2MYGA 4PURA 5CO3A 2CX4A 1AXDA 3TKSE 1OE7A 2LNTA 4RI6A 4TR4A 1XXUA 2NBSA 4EKZA 4PNFA 4GCIA 3CBUA 3CYNA 2C0EA 3GKNA 4DSSB 1ZMAA 1H4OA 1JHBA 4KW6A 1U87A 3ZYWA 1GTIA 3TJFA 5DVBA 5HFKA 1ZCPA 1QXHA 1ZL9A 2WGRA 2B5XA 3DKSA 1EP7A 4HEA2 1A0FA 1OYJA 2V32A 3TKSC 5JWRB 4RQXA 2R37A 5CAXA 1TK8B 5EY6A 2AB6A 1WWJA 2VL9A 5J41A 3TOTA 1M9BA 4CHSA 4EDYA 3BCIA 5F06A 2D2ZA 4IN0A 4EXJA 1FHEA 1JLVA 4FYUA 2YWIA 5A5KA 2MMZA 4GSSA 4HOJA 1M7TA 1GNWA 2VD0A 1H75A 3UBKA 1ZGNA 2YOIA 2OADA 2MMNA 6GSSA 3EMPA 2WS2A 3GX8A 5ECQB 1ERTA 5B8BA 2LJRA 4KNDA 3GTUA 4IELA 1KBNA 1GUHA 3HYPA 1V9WA 4ML6A 2LKUA 5DQSA 2GZPA 2O89A 3RHCA 3HVVA 11GSA 2PERA 5A4WA 1PKZA 3F6DA 1S3AA 3HZ4A 3ZZXA 3Q18A 7GSSA 1GLPA 1NHOA 3PH9A 3WGDA 4PX1A 1WIKA 2BTOT 1U88A 2DSAA 2FHEA 1SK2A 4MJEA 1Z7PA 4JRRA 10GSA 3F0IA 4GSTA 2XHFA 3A2VA 2ZUPA 2JZRA 3MWHA 4YQUA 4I8BA 3NZNA 5AIVA 3PINA 4KDUA 5GZZB 5ID2A 1XWKA 3LFLA 2B6MA 2OE1A 4JE1A 1YF1A 3KXOA 5IO0A 3APSA 2WFCA 1SL1B 3VFIA 4N11A 3WT1A 1F2EA 4F2IA 5CRGA 3VWUA 4YQVA 9GSSA 4BA7A 2JADA 4BL7A 4MMMA 1GSUA 2R4VA 4L0WA 1BJXA 4QL7A 1PSQA 1VF4A 2GQKA 2H71A 2H0GA 3LSZA 2B1KA 4MH2A 3FYGA 2V2GA 2HZFA 5J9CA 1TJDA 5DBQA 3S9FA 2B7KA 4MZCA 3MDKA 2M80A 4K7NA 4OCFA 1BQ7A 1TRUA 4TR1B 3FR3A 4BPYA 3KTBA 2AJQB 2FUG2 1EWXA 1M2AA 1M99A 1UC7A 5G5EA 3TJKA 2A2SA 5D8IA 2H19A 1ML6A 3FR9A 2G2QA 4ILFA 5ECNB 1W89A 3CSHA 4KAEA 2IJYA 5HR1A 4ZIJA 1MDIA 1W4VA 3EINA 2JU5A 2VOCA 4KX4A 1SJZA 2FWGA 2DJ3A 2GDRA 3EC3A 2NPBA 4GTUA 4O7HA 1HYUA 5B7CA 3TDGA 5J3RA 2F3MA 1YJ6A 6GSYA 1HNBA 2PPTA 4EO3A 1QMVA 3VWWA 2H01A 2VL2A 4HZ2A 2LNSA 3W6GA 4NAXA 1THOA 1Z9HA 2ALBA 2A4VA 4K0NA 3NOFA 2H0IA 3KIJA 3TUEA 4KCEA 4EC0A 4ECCA 4ZBDA 4ACSA 2JSZA 3EU4A 2FD3A 3ERGA 4IBPA 3CMIA 5IM9A 3UVHA 4TXOB 1GSYA 5G31A 3I9V2 4DEJA 1N8JA 5ABRA 3IAM2 1YF0A 1O73A 5ECRB 1SJ6A 3HXSA 3G7IA 4I2TA 3TKSA 2LRTA 2IMKA 4OFTA 1GSSA 1V57A 2IL3A 3I69A 4WBJA 1QK8A 1B48A 2VCWA 2H1GA 4WR5A 1X5CA 4TR3A 2C1YA 3W8SA 1XVWA 2VUPA 4LL4B 4JZQA 1IYHA 2I1UA 4JR6A 1AQWA 2C3NA 1ACVA 3F3RA 3P7XA 1RW1A 2K8SA 2V41A 1XWAA 4H86A 3EURA 3L0HA 5CNWA 2CVKA 4V2NA 4NV2A 4NHWA 3GSTA 5IQYA 2JL4A 4V2LA 3UBLA 1MDJA 3E0UA 1G7EA 1R4WA 5KEJA 2LQOA 3DMLA 4GXZA 4IGJA 1ERWA 1J08A 1R7HA 3IDVA 3IPZA 3HJOA 1SENA 4I6XA 2GLRA 3I6AA 2HZEB 3F8UA 2L5OA 3EU3A 1FG4A 14GSA 2E7PA 1YY7A 4AGSA 2IFQA 2X99A 5A4VA 3QFBC 4ZB9A 4LLRA 3HJMA 1TK5B 5EVOA 2VCTA 1GL8A 3DRNA 3LQ7A 1VF3A 4YAPA 4POLA 1A0RP 3LXTA 4ECBA 1OKDA 1SK1A 3WGXA 3CRUA 1Y25A 5DCGA 3M8NA 4MLYA 1FAAA 3QR6A 3I43A 4FIWA 3FRCA 2E0QA 2O7KA 2XBQA 1XPVA 1AQXA 3ERWA 3J7Yb 4I2UA 3WT2A 4HS1A 4XTSA 4F03A 4V2MA 3J7Yk 3FZ9A 3QCPA 5B6MA 3D4MA 2LRNA 3TGZA 4OWYA 2YWOA 3VWVA 2ON7A 1T1VA 3L9UA 5IMCA 2NVLA 4HJ2A 4X0XA 4EUYA 2C4JA 4TVEA 2XPEA 3LXZA 1NW2A 4KCAA 1GSQA 1GLQA 3BCKA 2HE3A 3ZVJD 2HSYA 1SK0A 1EOGA 1FVKA 5ELGA 2E2MA 1U6TA 4QQ7A 6GSVA 3BJ5A 2MBTA 1EV9A 2DJ2A 2LEGA 4Q5FA 4G2EA 5IIZA 1UVZA 1C72A 1TW9A 2VD1A 2KOKA 2CZ2A 2I4AA 2X8GA 2GS3A 5E4WA 4MH3A 4RQRA 1HD2A 2JZSA 3TKRA 3U6VA 1TRVA 3HVSA 2REMA 1SYRA 4MF5A 2H6YA 3KTLA 2G0FA 1F9MA 5DAKB 2RUEA 3D5JA 4PUFC 2VM1A 3GV1A 4KDXA 5ID2B 3A2WA 5ECMB 4OMVA 3ZFLA 1FW1A 4ZL9A 2PBJA 18GSA 4IJIA 1MD3A 5GAND 2IWTA 2C3TA 4MDCA 1G6WA 1TRSA 5HFGA 1GULA 1O6JA 5G5FA 5CRWA 2RM6A 2GTUA 2F51A 5IMVA 3UARA 2HSHA 1S3CA 4GSNA 1YEXA 3EVIA 1TDIA 3IBHA 3TJBA 4N0VA 5LCZA 3Q19A 1BEDA 3DVXA 4K0GA 1JZOA 1XWBA 1TU7A 4N0ZA 3FK8A 1TI3A 2GT6A 2FY6A 5INYA 5CP1A 4TOPA 1QFNA 1EOHA 3IA1A 4QL9A 1OC9A 2H66A 3ZMKA 1ZOFA 2PUKC 3F9UA 2YV7A 3KM6A 2H75A 1XOBA 5CRHA 2KP2A 1J9BA 2L5LA 1FO5A 2YZUA 1O8XA 1YZXA 2HYXA 3RBTA 3F63A 1U3IA 2O8VB 3APOA 4NV5A 5AGYA 3IXRA 3ZFBA 3GNJA 2LTKA 3WD6A 4AJ8A 2RM5A 1SJIA 3GL3A 4MF6A 5IMFA 2ON5A 5G1LA 3VURA 2NDOA 1K3OA 4BVYA 1JLWA 4PQIA 4HJMA 3WYWA 1Z7RA 5ECHB 3VI5A 1V2AA 1PL1A 2KHPA 1YDKA 4K8MA 2VLUA 4IQAA 4IHUA 2C0DA 3M9JA 1SU9A 5ECKB 3SBCA 2CVDA 4Q5NA 3ED3A 4J57E 1RQMA 5EL8A 3FZ4A 4BVXA 1OC8A 1EEJA 3VPTA 1WP0A 2DMLA 3ZIJA 1YEPA 1X5EA 2N5FA 3D0ZA 4EL1A 1T4ZA 5KN0A 2DLXA 3H8QA 1T7PB 4WF5A 1F6MC 4N10A 1XZOA 2P31A 4D73B 2XBIA 1B8XA 1SKWB 2IMFA 5IPHA 3EMXA 2DBCA 2Z9SA 3HZ8A 5DALA 4IKHA 3G7JA 3ZTLA 5ECIB 3GKKA 4JBBA 1VF1A 3TKPA 1B4QA 1WRYA 3AY8A 1PKWA 3FHKA 4F82A 2FWEA 4FH8A 4XCSA 1A2MA 3K8NA 4K9ZA 1VF2A 1UA5A 1O85A 1ERVA 2YCDA 5COHA 2DC5A 5FWGA 4DSSA 4JR4A 2L59A 3VK9A 1ON4A 3VPQA 1GWCA 1PL2A 3DIEA 5D9TA 4XRAA 3HKRA 4P3YB 4TR0A 5HR0A 1GTBA 5HFIA 2L4QA 3E3EA 4POBA 2OKAA 2EIOA 4GQCA 3RDWA 2AYTA 1CQGA 2FWFA 2CA8A 2VL3A 4XS6A 4FYBA 1M9AA 5ECSA 1M2DA 2KP1A 2TRXA 1XBSA 3KP9A 2QC7A 3FEUA 3US3A 3TRXA 1Z6MA 4YH2A 2V6KA 3G7YA 2GQMA 3N9JA 1K0NA 3MAKA 5FHIA 2HT9A 4KSOA 1Y6EA 5ECLB 4DVCA 3FR6A 2IFQB 2K8VA 2YANA 2GSRA 3HCZA 4ZL8A 2YJ7A 2I3YA 3N5OA 1BAYA 3H93A 3D22A 2OJLA 4NPBA 2GZZA 4RI7A 3HJPA 5D93A 2DJ0A 16GSA 1GNEA 5H5RA 2LV3A 1EP8A 1OAZA 4OO4A 4HI7A 1TRWA 4ZB6A 4WETA 3VLNA 5DJLA 1K0CA 2RUFA 5F07A 3ZL5A 5DCHA 2O85A 4LA1A 1WMJA 1QGVA 2F8FA 3VI7A 1MEKA 3L78A 2GSSA 2LSTA 3LWAA 1A8LA 1F3BA 1TI1A 4NMUA 3C7MA 1PQNA 4LMWA 1GUMA 3H1NA 4ECJA 5D96A 1A23A 2WRTA 2F8AA 1B9XC 4ECIA 2CVBA 5IOWA 5AIXA 1ILOA 4WR4A 3BD2A 3O76A 2WCIA 3HA9A 2OBIA 1K0BA 1T4YA 2MMOA 2H72A 2WJUA 2VLVA 1G0TA 1GP1A 2FNOA 1ERUA 4KUNA 2N5AA 4BWQA 2VO4A 2KLXA 1AIUA 3UVTA 2PMTA 2M46A 3ZIVA 5AISA 2PVQA 1QQ2A 3WGEA 1MTCA 4GQFA 3IRAA 5ELAA 4GF0A 4MF7A 2X8HA 5JCWA 2OACA 1ABAA 1PMTA 1TXXA 3EE2A 4TR1A 3DVWA 2C0GA 1I9DA 3F4SA 2HXKA 2K9FA 4MJCA 5C00A 4AJ7A 4O32A 2IMEA 1TTZA 3IE3A 5G1KA 4HDEA 1JZDA 3G9BA 2B7JA 2YP6A 4IJ3A 2GZYA 2I81A 1K3LA 4ZILA 1S3DA 2HRNA 3GMFA 1ZYEA 5GSSA 3UL3A 1SYXA 5GAPD 4RUVA 1F37A 2I9HA 1X9MB 3RPPA 3GUSA 4MJAA 4PUAA 3ZLPA 2H8LA 1DUGA 1A24A 5IO2A 3IK7A 2VM2A 5IMDA 1T00A 1GTUA 2MZCA 3APQA 1AC1A 4K2DA 3L4NA 3A3TA 3FZ5A 2C8UA 3GX0A 2C0FA 4GWRA 1OC9B 1PN9A 3HY2A 1B4PA 4ZXGA 3GSSA 3TJGA 4MK3A 2WULA 2WZ9A 4FO5A 4MCUA 2ZCTA 4TXOA 1OVNA 1RK4A 2FGXA 2MMAA 4EE0A 2HI7A 2PVOC 3C1SA 5E59A 2IIYA 2LUSA 3TRPA 2PN8A 3LYKA 2R3XA 3IV4A 1GUKA 4AJ6A 1SKRB 3D4TA 3TKQA 3GTUB 2R6KA 4YQMA 4MABA 2N5BA 1KEBA 3HDCA 5CRDA 1GSDA 4HU7A 4WXTA 3TB2A 4EDZA 1R5AA 1M0UA 1OC3A 3KGKA 3ISOA 2VLTA 1DE1A 4X43A 3GN3A 1K0MA 3MSZA 1VRSD 2HRFA 5G2ZA 4G10A 1BX9A 3GH9A 1LBKA 1NM3A 13GSA 5J9BA 4PNGA 5F05A 4O92A 1A2LA 4J56E 1MD4A 5KN3A 3L9SA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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