5B8AA

Crystal structure of oxidized chimeric ecahpc1-186-yfskhn
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
MSLINTKIKPFKNQAFKNGEFIEITEKDTEGRWSVFFFYPADFTFVCPTELGDVADHYEELQKLGVDVYAVSTDTHFTHKAWHSSSETIAKIKYAMIGDPTGALTRNFDNMREDEGLADRATFVVDPQGIIQAIEVTAEGIGRDASDLLRKIKAAQYVASHPGEVCPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Transition steps in peroxide reduction and a molecular switch for peroxide robustness of prokaryotic peroxiredoxins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit C,Peroxiredoxin-2
total genus 47
structure length 168
sequence length 168
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2016-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
A PF00578 AhpC-TSA AhpC/TSA family
A PF10417 1-cysPrx_C C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 5b8aA00
1TKDB 1OAZA 1DUGA 4POBA 1XIYA 4CHSA 2H0HA 4CW9A 4K0GA 5J41A 2E2GA 4GWRA 1R26A 3KM6A 5CNWA 2TIRA 2GS3A 1GTIA 4X43A 3O76A 4AF2A 2OE1A 3G7YA 2B5XA 4MP4A 5FHIA 1M99A 1ERVA 2CZ3A 2VLUA 1SL2B 3VWVA 3MNGA 1SL0B 3LYKA 1ZL9A 3WYWA 2GDRA 1AQVA 3FKFA 4EKZA 3QFBC 5DAKA 1ZGNA 4PURA 4V2MA 1YKCA 3RBTA 2H0GA 2YV7A 4KCEA 2F8FA 1YDKA 3ME7A 4MH2A 5E59A 1XOAA 1NW2A 1E2YA 2VD1A 2X8CA 4XRAA 1GLPA 3IHQA 1YF0A 2N5BA 1EEMA 3O3TA 1T4ZA 2KHPA 5DALA 1VGLA 1X5CA 22GSA 3N5OA 1FVJA 1NM3A 1O7UA 1THXA 6GSUA 1G0TA 2HZEA 4AJ6A 2AJQB 2HSYA 4TXOB 2CV4A 3HA9A 5F05A 3P90A 2OBIA 4I6XA 5DAKB 1GRXA 1O85A 3UBKA 1SENA 4YAPA 4MPGA 3ED3A 3EC3A 2MBSA 1XWBA 1LBKA 4OO4A 1DE1A 3KIJA 1QXHA 4RUVA 1T3BA 4HUAA 2ON7A 2I3YA 4MK3A 1PKWA 1AW9A 3HD5A 3F6DA 3IC4A 2MMOA 3EINA 3H93A 3FR6A 3LWAA 5H5QA 1SYRA 2NBSA 4ZIJA 3BCKA 4TR3A 2GQKA 3IPZA 4PQ1A 1M2AA 3TKSA 2V1MA 2OE0A 2B7JA 2V41A 3VURA 1TRVA 2FA8A 5ECIB 1A24A 4PXOA 1HYUA 5G5EA 1N8JA 1X5EA 2CVDA 3EYTA 1V98A 1ST9A 1XW9A 1EV9A 3F6FA 4MCUA 4RQRA 5G2ZA 1SL1B 4GCIA 1ZYEA 5LD0A 6GSWA 1T8EB 3VI5A 2HZFA 3ZMLA 2PN8A 2O89A 3GX0A 3P8WA 3HYPA 4NV2A 1GUKA 5HR3A 8GSSA 3D0ZA 3D22A 1EGRA 2X99A 4HZ4A 2DJ0A 2RM6A 5INYA 4HEA2 4N0ZA 3QD9A 4GSTA 3GH6A 4KUNA 3M9JA 4IJIA 5IIZA 3DEXA 1VF2A 2YZUA 5ECQB 4IW9A 3DWVA 2FCHA 4V1Ap 2LTKA 3GL3A 3FK8A 4TXVA 4Q5FA 1GTAA 3GURA 2PBJA 1SK1A 3IAS2 2XBIA 4DSQA 3SBCA 2PUKC 4KA0A 3FZ9A 1USBA 4O7HA 3JCML 5CREA 2YWNA 5A4VA 1Z9HA 2EIQA 1A2LA 1A8LA 3GYKA 2WGRA 2RUEA 5D9WA 5ELAA 4ZBAA 2I9HA 3LYPA 4K2DA 3WGXA 2B7KA 4TR0A 3TRQA 1R7HA 2CZ2A 1QQ2A 3A2VA 2VL2C 2LNTA 1Z5YE 3F63A 2B5EA 3ERWA 3L9VA 3ZFBA 2R3XA 4LMVA 2GVPA 4JU5A 2GTUA 1X9WB 3C8EA 1OVNA 1ACVA 2P5RA 5EPFA 4AGSA 1HNCA 2WS2A 2CVKA 3F4TA 1SJIA 3E9JB 2FWGA 2PU9C 4GXZA 1JLWA 1RW1A 4LL1B 4GQFA 3RPPA 1THOA 3C1RA 1JZDA 4YQUA 2FA4A 2GZPA 3EU3A 4RQXA 1TK0B 4K7IA 4WR5A 2H6ZA 2VL3A 1SKSB 1KTEA 3D4MA 4O5RA 4IJ3A 1WRYA 4OFTA 4WR4A 5DQYA 4MABA 4NHZA 1NHYA 1JFUA 2RLIA 3I9V2 5JCUA 4ACSA 5ECNB 5H5SA 1FG4A 4F9ZA 1VRSD 5ENUA 3BJ5A 2L5OA 2IMIA 4FH8A 1YEXA 4FIWA 1SU9A 1F9MA 5AIVA 3HDCA 1YJ6A 5HR1A 4P3YB 2HE3A 2CT6A 1M7TA 2HFDA 3GSTA 3IAM2 2QSIA 1U3AA 3I69A 3DKSA 4RI6A 4F0CA 2YPMA 5DQSA 4KH7A 5DBQA 3IOSA 3UEMA 1S3CA 1T7PB 1H4OA 2HRFA 5GAPD 1A0RP 1GSQA 3VWWA 1F6MC 3V1WA 2GZZA 2IMKA 1HQOA 4TR4A 1TTZA 3ZL5A 2GGTA 1KNGA 3U6VA 1O8WA 3EVIA 20GSA 3CSIA 1S3AA 2DMLA 2JSZA 3CYNA 3EMXA 5A4WA 1TI1A 2VLVA 4IELA 1ZCPA 5CYYA 4TOPA 2WB9A 4YAVA 1IYHA 3L9SA 2DJ3A 2B6MA 2C0EA 1EZKA 3GN3A 1JZOA 5CRDA 4HQSA 2H66A 2B5YA 5ID2A 2O8VB 4PX1A 3LJRA 2H1DA 4HDEA 1Y6EA 4O32A 9GSSA 5IOXA 4XS6A 3ZVJA 1EV4A 2HYXA 2IFQB 2H70A 3P7XA 1AUCA 3UBLA 4ECJA 2B3SA 1GSDA 3R2QA 4DEJA 1O8XA 1FW1A 5DCGA 1WWJA 1TU7A 1BQ7A 4E8HA 3BBYA 1XWCA 4BPYA 2HNLA 3SWLA 3L78A 4ZB6A 4JZQA 1PN9A 6GSYA 3FZ5A 1SJ6A 1A0FA 3BCIA 1RQMA 5ID2B 3HJOA 3GKNA 1GNWA 2LV3A 5KN1A 2VLTA 2VAFA 5J9BA 3LG6A 2HRNA 4GRFA 4HJMA 1FVKA 2HSHA 1JLVA 3RDWA 2R37A 3TOUA 1U87A 4BWQA 3VPQA 4QL7A 4WF5A 1YQ1A 2H73A 4N11A 4ZILA 3KCMA 5G30A 2M80A 1VF1A 3WT2A 4I97A 3CSHA 1K3LA 2AYTA 3LFLA 1GL8A 1B9XC 2CVBA 3HJMA 2C3QA 1J08A 3N9JA 2X64A 4GSNA 2LSTA 1XVQA 2KP2A 3KEBA 1V58A 1EOGA 3M8NA 1SYXA 4KGIA 5D8IA 2L4QA 2H8LA 1GH2A 3ZFLA 1OE8A 4D73B 2VL9A 3ZLPA 4WBRD 5IMAA 1J9BA 4OCFA 2PVOC 1PQNA 2C0GA 5J5NA 5A5KA 4MH3A 2M72A 1SJZA 3MAKA 3KH7A 1URMA 4EDZA 2VCWA 2OA7A 1AIUA 3HVSA 2L59A 1TP9A 2RIIA 5CRGA 3IK9A 3A3TA 3P2AA 3ZMKA 2VD0A 4F03A 3VWXA 2WCIA 5EY6A 1FOVA 4MDCA 2NVLA 4IN0A 4LL4B 4Q5NA 2L4CA 3QCPA 5E4WA 2VCQA 4PNFA 4FYBA 3ZZXA 4IP1A 2WRTA 2GSRA 2ZNMA 3LEFA 1Z7RA 2FD3A 5A4UA 3UARA 1GUMA 4H86A 4E8EA 1EOHA 3UJ1A 1ERUA 1M9AA 3IE3A 3FR3A 3BOAA 2AHEA 4TR1A 4XHMA 3EU4A 1GSEA 2F8AA 1QK8A 1OYJA 4IHUA 2C1YA 5GZZB 3TB2A 3LQ7A 1X5DA 4ZL7A 4MF7A 3G9BA 14GSA 4V1Ag 2IN3A 3W8JA 3A2XA 2MMZA 2H30A 5HFIA 4K6XA 2E2MA 5HQPA 1PL1A 5DALB 1JHBA 5F0GA 5B8AA 5JCGA 2DMMA 1WJKA 4CDOA 5GAND 5KN0A 4PUFC 2HZEB 4KCAA 3KP9A 3KGKA 2OE3A 5JWRB 7GSSA 5DJLA 4XS1A 2FUG2 2JZRA 2VM1A 3CBUA 1XW5A 1K0OA 4K7NA 1EP8A 2MZCA 2TRCP 3HZ8A 2DC5A 4XS4A 1BYEA 4HQZA 1F3BA 3FZ4A 1R5PA 2ZCTA 2FHEA 3HCZA 5ECLB 3TKPA 3F3QA 1B4QA 3WGDA 1OKTA 4J56E 4KSMA 2RM5A 1XWKA 2V6KA 3L9UA 1R5AA 3G7JA 3PH9A 2L57A 1RK4A 1SKRB 1CQGA 3WT1A 4TRXA 2NDOA 4ML1A 3NZNA 1OC3A 4AJ7A 2DJ2A 2V6OA 4XS4B 2MMAA 1K0DA 4WXTA 1ABAA 1KBNA 5ECRB 1TW9A 2K8SA 2LRCA 2O85A 2P5QA 3ME8A 2ON5A 3IXRA 2B1KA 2FNOA 4X1UA 4Z7XA 1K0BA 4L5LA 1GTUA 1YKAA 4XCSA 5JWQB 3HVVA 1V40A 1TRUA 1SKWB 3FRCA 2GSSA 2R5GA 4OFMA 1CQHA 3HKRA 3GUSA 2ALBA 3O6TA 1K0MA 13GSA 2O7KA 1WPIA 2OBKA 4J57E 2H1GA 1Y25A 16GSA 2FGXA 3RAZA 2FY6A 1AQWA 4BVXA 4ECCA 3M1GA 3UOMA 3ZVJD 3ZREA 4ZBBA 1EGOA 3NOFA 4MZBA 4HJ2A 3S9FA 3M0FA 3DGQA 3ZRDA 2BTOT 3F9UA 3VPTA 2J9HA 1QFNA 1AXDA 1X9MB 1I9DA 4EL1A 1XPVA 2P31A 4ULXA 1PA3A 5HR0A 1ML6A 1NHOA 1T1VA 1VF3A 1M2BA 5G5FA 3C73A 1X9SB 4I5QA 1N2AA 2KOKA 4KAEA 2KP1A 5ECHB 4LMWA 1FB6A 1R4WA 4HU9A 1XZOA 1XOBA 1BAYA 2F3MA 1V2AA 4NWYA 3EMPA 1UN2A 5AIXA 3QDNA 5CRWA 1TK5B 3G7IA 4MJEA 3ZITA 3GA4A 1XWAA 4FO5A 4LLRA 3LSZA 6GSTA 2QC7A 2YJ7A 5ECMB 3F4RA 1XWGA 2NPBA 3LGCA 3IR4A 5HFGA 4OMVA 1K3YA 4GTUA 1F2EA 5IMZA 1ZOFA 4GQCA 1Z7PA 5DVBA 10GSA 3DRNA 4WF4A 2YOIA 1GULA 4I2TA 3TJFA 2YCDA 4EC0A 1F3AA 2R4VA 2DLXA 5CAXA 3H8QA 1LJRA 3Q18A 4XIHA 3Q6OA 2HXKA 2VCZA 3OR5A 3KMNA 4K8MA 3A5WA 2V32A 4NHWA 4EF0A 1HD2A 1A23A 2F9SA 3GKXA 2LS5A 2K18A 4QL9A 5ELGA 2VOCA 3E0UA 2QKEA 1XW6A 4MMMA 2DBCA 1ZZYA 3C1SA 4BVYA 1GSFA 3UAPA 2N5AA 3QAVA 4JBBA 1NSWA 2LJRA 3Q74A 4J2FA 5ECSA 1U88A 1K0AA 4ISDA 3U5RE 3TGZA 1V9WA 1QMVA 2PPTA 1KEBA 3HXSA 3NIVA 1OE7A 4RI7A 4HZ2A 1WP0A 18GSA 4EVMA 2RUFA 3H1NA 2DIZA 2JZTA 4XRDA 1EWXA 2WFCA 1PGTA 5EVOA 3PR8A 2H75A 1PSQA 4G2EA 5LNKe 1M0UA 3FY7A 2AV4A 1JZWA 3TKSC 4BA7A 3L0HA 3M9KA 1YF1A 1XVWA 2AB6A 4MZWA 1MTCA 5IMDA 4K0NA 5J3RA 2REMA 2IWTA 4HS1A 3RHBA 5ECPB 5IPGA 2C3NA 3GFKA 2GZYA 1TJDA 2YZHA 1SK2A 4L8EA 3VK9A 5IMCA 4N10A 5G1LA 3CMIA 5ECKB 4ZL8A 3F8UA 3FHKA 2LQQA 3CRTA 1A8YA 5L71A 1VF4A 1GP1A 1GSUA 4PGTA 4JE1A 5DJMA 4WKWA 4G9HA 3WGEA 4WBJA 4OWYA 5CP1A 4K7OA 3IV4A 2H6XA 2XBQA 4KDUA 2EIOA 4MZCA 4IVFA 2PWJA 2JL4A 3KXOA 2LJKA 2D2ZA 2OKAA 1EP7A 1SD9A 3GMFA 3DXBA 2IL3A 2FLSA 4NPBA 2GQMA 3HZ4A 3F3RA 4O92A 3GKKA 5DDLA 2JSYA 2E7PA 4YH2A 3TJKA 19GSA 3TRXA 1XFLA 4K9ZA 3EURA 3VI7A 4Q5RA 2H76A 4JR6A 3IRAA 2VO4A 4EE0A 4EO3A 2IMDA 6GSSA 2X8GA 2LRTA 4FYCA 4GLTA 2VIMA 1ZMAA 2C0DA 2GSQA 1G6WA 3DVWA 3W6GA 3TCOA 4V2NA 3MWHA 5D9TA 3ZIVA 4KDYA 1U6TA 2JADA 3QAGA 2FWEA 4PUAA 4ZXGA 1TRWA 2EIRA 2PMTA 1XBSA 1B8XA 1HNAA 2CAIA 2VL2A 4ECBA 1UC7A 4I2UA 2DIYA 4I8BA 4L5OA 2I81A 5IM9A 1O6JA 1ERWA 4EUYA 4NMUA 5KN2A 5D96A 5GSTA 4F0BA 4FYUA 2Z9SA 3PGTA 2XC2A 3Q19A 2WJUA 5KN3A 3VLNA 1I5GA 1OC9A 3PINA 2IIYA 3TKSE 3GL5A 2OJLA 2H74A 1FHEA 4LA1A 3I43A 4TXOA 2YP6A 5H5RA 2YWOA 1WOUA 3L4NA 2VCXA 4IQ1A 2G0FA 5B6MA 3K8NA 1ERTA 1TOFA 3CTFA 6GSVA 1M9BA 5IMFA 1UVZA 2VM2A 2LQOA 1PX6A 2JZSA 2CX3A 1OC9B 3RPNA 1XXUA 1GUHA 4MF6A 5IMVA 1Z6NA 5B6NA 1FO5A 4MJBA 4KX4A 2BMXA 2N5FA 3FW2A 1OC8A 3RHCA 1YEPA 3F4SA 2TRXA 2M46A 4MPFA 3H79A 1GSYA 4KE3A 4YQMA 3TDGA 3IDVA 2GLRA 2KUCA 4WEYA 3D4TA 2YN1A 4F82A 4NAXA 3KMOA 4TR1B 3FYGA 2H6YA 5AISA 3QOUA 4N30A 3MSZA 1O81A 1AAZA 1ILOA 4PQHA 3LXZA 2C8UA 2WZ9A 3F0IA 4MJAA 3ERFA 2H01A 2X8HA 4EXJA 2IMEA 4N0VA 4BL7A 3UIWA 5ECOB 3GRXA 4ZB8A 4OO5A 1PKZA 2AUVA 2MBTA 2C3TA 2R2JA 2VUPA 3GHAA 4ILFA 2C0FA 4GF0A 5B8BA 5IQYA 5JWOB 1E6BA 3H4KA 2IPAA 1AQXA 4HI7A 2K8VA 4JEDA 2C80A 4HU7A 3GSSA 4IGJA 3QR6A 3TRPA 3LXTA 4EDYA 1FB0A 2H19A 3D21A 3KH9A 3IBHA 3ISOA 17GSA 1DBYA 3HHVA 12GSA 3TUEA 2LEGA 4MLYA 2PERA 4OD7A 1BX9A 5G31A 2IMFA 4NXIA 1JZRA 2IJYA 1X0RA 3QFAC 3TJGA 2BJXA 2YNXA 1MDJA 5AGYA 4ECIA 3GH9A 4L0UA 1PRXA 5J9CA 2LRNA 1EEJA 4PQIA 3GNJA 1S3DA 1K3OA 1MD3A 3KTBA 5F07A 1C72A 2JU5A 2YJHA 4DVCA 3GIXA 4DSSA 1MD4A 3DD3A 1YZXA 5C00A 1BJXA 4G19A 4QQ7A 3IK7A 2GSTA 2HI7A 2I1UA 2B1LA 2I4AA 5EL8A 3J7Yb 2L6CA 4KB3A 5KEJA 4JR4A 3HVXA 5HFKA 2A2RA 1WE0A 4MJCA 4POLA 1QUWA 1GNEA 3TOTA 1SK0A 3GTUA 4HOJA 2NTOA 2PVQA 1TDIA 1OKDA 1Z6MA 2YWIA 2EC4A 5C04A 3APOA 5IPHA 6GSXA 2C4JA 4IP6A 4DSSB 2OACA 3AY8A 4MF5A 5ABRA 1GSSA 3US3A 2H1AA 3ZIJA 3LORA 4ZBDA 3BD2A 3TJJA 5J4UA 3KZQA 2HT9A 2K6VA 5D9VA 2QGVA 5CO3A 1G7EA 3CXGA 2H0IA 3VWUA 3GX8A 2L5LA 5LCZA 1HNBA 5COHA 2F51A 3GTUB 3UMAA 4TN8A 1GLQA 3MDKA 2E0QA 2KLXA 4MA9A 1A2JA 4Q5QA 2GT5A 4KNDA 4K1FA 3QMXA 5IO0A 3KJYA 2VCTA 3DMLA 3ZTLA 4GSSA 4DSRA 3APSA 2GT6A 2DJJA 2LNSA 1TRSA 1WMJA 2LUSA 2VCVA 4IQAA 5CRHA 4PNGA 1U3IA 2YANA 3EWLA 3I6AA 2G2QA 4AJ8A 1TU8A 1MDKA 2CA8A 3HY2A 1T00A 2JACA 4XTSA 4KW6A 1W4VA 3W8SA 3FR9A 5F8BA 4KSOA 1BG5A 2CAQA 4OFNA 1B9YC 1ON4A 4TW5A 3GKMA 3M3MA 5FT3A 3A2WA 3CRUA 4OCEA 3CSJA 1PMTA 4TKYA 2CQ9A 1K0CA 3TKRA 2XPEA 3VFIA 2A4VA 2H1BA 3E3EA 1G7OA 5D9XA 1SD8A 2L6DA 3CTGA 1B48A 1Q98A 1TI3A 1PD21 1ZYQB 5IO2A 2IFQA 4JRRA 5D73A 3C71A 3DYRA 3APQA 4POKA 2AAWA 1WIKA 1YY7A 3ERGA 3TKQA 2FWFA 2V2GA 4ML6A 2WULA 2H71A 4IBPA 2ZUPA 4ID0A 1MEKA 1O73A 1XCCA 2YV9A 2ES7A 3QAWA 5F06A 4IS0A 5AN1A 1G6YA 1M2DA 2XPDA 3IA1A 4F2IA 2WDUA 3EE2A 3FEUA 2P0GA 2J23A 1B4PA 1TK8B 4YQVA 2R6KA 2A2SA 1J0FA 2MMNA 1QGVA 4L0WA 1MDIA 2OADA 2CX4A 4IKHA 5JCWA 2GQLA 3GV1A 3QPMA 4G10A 5D93A 4TVEA 1F37A 1PL2A 1T4YA 1LU4A 4POMA 1BEDA 1PX7A 1IYIA 4X0XA 3DVXA 4ZB9A 5DCHA 2DJKA 3UVHA 1K0NA 2H72A 11GSA 3ZYWA 3WD6A 1GTBA 3D5JA 3KTLA 1AC1A 3FZAA 4ZL9A 2DJ1A 5FWGA 4KDXA 1H75A 1UA5A 1W89A 2HLSA 1A2MA 3UL3A 4NV5A 3UVTA 5GSSA 3HJPA 4V2LA 4BWSA 3D6IA 1DSBA 2XHFA 1Z3EA 2MYGA 2O87A 2LKUA 2DSAA 1V57A 1FAAA 3C7MA 1DE2A 2LJAA 1Q4JA 5B7CA 1TXXA 3J7Yk 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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