4K7OA

Human peroxiredoxin 5 with a fragment
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
SAPIKVGDAIPAVEVFEGEPGNKVNLAELFKGKKGVLFGVPGAFTPGCSKTHLPGFVEQAEALKAKGVQVVACLSVNDAFVTGEWGRAHKAEGKVRLLADPTGAFGKETDLLLDDSLVSIFGNRRLKRFSMVVQDGIVKALNVEPDGTGLTCSLAPNIISQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Homo sapiens
publication title Comparing Binding Modes of Analogous Fragments Using NMR in Fragment-Based Drug Design: Application to PRDX5
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peroxiredoxin-5, mitochondrial
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.11.1.15: Peroxiredoxin.
pdb deposition date 2013-04-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08534 Redoxin Redoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4k7oA00
1BAYA 1JLVA 4NHZA 2H75A 3ERGA 4QL9A 2FNOA 3C73A 2FWHA 6GSVA 3BD2A 5CP1A 1AQWA 3CSJA 1XWAA 4J56E 2CA8A 4POMA 1THXA 3HDCA 1A2MA 1Z6MA 3S9FA 3CRTA 4I97A 4EVMA 2NPBA 1T7PB 1GP1A 2QSIA 3GUSA 5DVBA 3ERWA 5D9TA 1M2AA 2H0IA 2BJXA 4ZL7A 3UVHA 3HZ4A 1B4QA 2PBJA 2NDOA 1TDIA 5ABRA 4O7HA 4ZBDA 4TW5A 1OC9A 2A4VA 4OFTA 1XBSA 14GSA 4OFNA 4L8EA 2WULA 2GSQA 1OYJA 2CVBA 1ZMAA 1K0OA 2YWOA 2ALBA 4PQHA 2VOCA 4CW9A 4ZILA 1PN9A 4MZWA 4DSRA 5CRWA 2F9SA 4WXTA 2HNLA 1NW2A 2X99A 1HNBA 5AIVA 4AGSA 2VLUA 4ZB9A 3W6GA 1KNGA 2P0GA 5A4VA 1OE7A 3RPPA 1XOBA 2B1KA 4KSOA 3ZTLA 1QFNA 3EWLA 3QDNA 2X64A 4IBPA 5H5RA 2DJJA 1F6MC 1GLPA 2F3MA 1JHBA 1NM3A 3ME8A 2C3TA 4DSQA 5HQPA 2KOKA 2K8VA 2GZYA 5C00A 1TTZA 3APOA 1GSEA 3F4SA 4KA0A 2X8HA 5D9WA 1GUKA 5IMCA 2OBIA 1VF1A 2OACA 3M0FA 4CDOA 2R4VA 5IO0A 2F8FA 1WWJA 2IFQB 3CRUA 1YY7A 3F4RA 3Q18A 2RUEA 3F9UA 1A2JA 2RM6A 1MD4A 4JZQA 5IPHA 2AV4A 2DMLA 4HJMA 1THOA 3H8QA 1M9AA 4MLYA 1M99A 2R6KA 2O85A 1M7TA 1GUHA 3ZLPA 1F37A 4GRFA 3E3EA 2REMA 2HXKA 2LQOA 1TK0B 5CAXA 2XPEA 2WDUA 1QQ2A 3EMXA 2LRNA 4OMVA 1I9DA 2FUG2 3TRXA 2H70A 4V2LA 1DBYA 6GSXA 1XVWA 2VAFA 4XHMA 5B8AA 1JZDA 3M9JA 1YJ6A 3RHBA 4N10A 2FA8A 1GSUA 1OVNA 4RQRA 1ZYQB 2TRXA 3DVXA 3ED3A 4YH2A 4X43A 3D4MA 5FT3A 4GQCA 4TRXA 1F3BA 2DLXA 2JSZA 4F2IA 5E4WA 1Z6NA 1QXHA 1SK2A 3TOUA 4EE0A 1O8XA 3GV1A 1E2YA 5DCHA 2X8GA 4F82A 5F05A 2H6YA 6GSUA 4NPBA 1H75A 5DALA 1ZOFA 3ZMLA 3A2VA 4TKYA 4KGIA 1XW9A 4Z7XA 1G7OA 2IMIA 2HYXA 2PGTA 1CQHA 4BA7A 2XHFA 5ECLB 4XCSA 3TKSE 4KSMA 3BOAA 5D93A 3FKFA 4LA1A 3L9VA 2LTKA 5DJLA 4FYUA 3CTGA 2AUVA 3ZREA 4F0CA 4IP1A 1BQ7A 2GQMA 2H72A 1FAAA 5IO2A 4KCAA 1Y6EA 2QGVA 2FY6A 2AJQB 4K8MA 4K9ZA 1K0CA 1TOFA 4TR4A 2H19A 2J23A 3EC3A 3FY7A 1ERTA 5ECOB 1Y25A 3F3RA 3MNGA 4POLA 1XWGA 2HZFA 1YQ1A 3DXBA 4KW6A 3DWVA 3F0IA 3UIWA 1T3BA 1SU9A 3GYKA 3ZVJD 3ZIVA 2YWIA 4N0ZA 3TKSC 2B5XA 3HHVA 2DJ2A 1GULA 1RQMA 4GQFA 3LG6A 5INYA 2VCXA 1OC9B 2CAQA 4ECJA 5CNWA 2IIYA 2NBSA 2N5BA 4GSNA 4D73B 3FRCA 2H71A 3HY2A 1Z5YE 2JACA 1U88A 3C8EA 4HZ2A 2O87A 4WF4A 4ZIJA 1AUCA 1A23A 2V41A 2GGTA 3LXTA 1N8JA 1XWBA 2YWNA 5COHA 5ELAA 4WBJA 3VWVA 2V6OA 1VF2A 3IHQA 2B6MA 3DYRA 3Q19A 3VI7A 3IBHA 3IRAA 5EL8A 1TU8A 2XBQA 3TDGA 1T4YA 1MDIA 2VD0A 2PERA 3HZ8A 5IMZA 2C0GA 1ST9A 3FZ5A 5L71A 4FYBA 4HEA2 6GSYA 5F8BA 3CSIA 4QQ7A 4WR5A 2VCQA 2LS5A 1GSFA 1IYHA 3LGCA 4IVFA 5IOXA 3D4TA 4MPFA 3ZVJA 3JCML 1DUGA 1H4OA 2E7PA 2CT6A 3C1RA 3RBTA 5GSSA 2L4CA 1BJXA 2DIZA 2HSYA 1UN2A 1O81A 3VFIA 1BG5A 1K3YA 3O6TA 5IMVA 3ZZXA 3IA1A 4ISDA 5EVOA 5EY6A 2H1DA 1HNAA 2HFDA 2LUSA 2YJHA 3C7MA 4EKZA 2QC7A 1O7UA 1GTBA 5GAND 2MMZA 2LJAA 2OADA 3U6VA 2C8UA 4G19A 2DJ0A 1GSYA 4AJ7A 3FEUA 3LYPA 3VWWA 1SL1B 2CAIA 2JU5A 2HLSA 3D0ZA 2ZNMA 1K0DA 3W8SA 2C3QA 2MYGA 4KB3A 3TKPA 2VLVA 4JBBA 5DALB 1YKCA 2K9FA 1RK4A 3GKKA 5D9VA 1A2LA 3QAVA 3ERFA 1USBA 5HR0A 1GUMA 1Z7PA 2JZSA 4BVXA 1YF1A 2H0GA 2LEGA 2FWEA 1AXDA 2KP2A 3GIXA 4LL4B 2YN1A 2LNSA 4WKWA 5DJMA 4ILFA 2VL2A 4RUVA 3TKRA 2RM5A 1OC3A 4HQZA 3GMFA 2MBTA 2C4JA 5DQYA 4LL1B 5G30A 2EIOA 4KDYA 4TXVA 3ME7A 1R4WA 2GVPA 1R26A 5GZZB 1C72A 3QCPA 3WGDA 2FCHA 3WT1A 1X0RA 3EU3A 4BWSA 2JZRA 3GKMA 1A8LA 1EWXA 1LJRA 5HFGA 1S3CA 2VIMA 5ECRB 4Q5FA 3SBCA 1BYEA 1VF4A 5ID2B 2L6CA 2JL4A 3L4NA 2OKAA 2PVQA 4QL7A 1FG4A 4MZBA 1LU4A 1SJIA 4NV5A 3DKSA 2YOIA 1S3AA 2B3SA 1XIYA 2GSTA 4HU9A 1F2EA 1ZGNA 5IMFA 4BVYA 1QK8A 3GKXA 3AY8A 3KTBA 4X1UA 3EVIA 3FYGA 5CRHA 3ZFBA 2B1LA 5GAPD 4L5LA 5IMDA 2VM1A 4D73A 3OR5A 5J9BA 1XW5A 2DIYA 2YZUA 3RAZA 4XRDA 4I2UA 4I6XA 4OCEA 3QFBC 2FA4A 4F9ZA 5J9CA 1XW6A 5DAKB 2GT5A 1U87A 4ZL8A 2R3XA 3GRXA 3UBKA 4MDCA 1X9WB 1ZL9A 1K3LA 1SL2B 1GRXA 2H30A 2IWTA 3L0HA 1PA3A 4ZBBA 4RQXA 2F8AA 3I6AA 2JZTA 5CO3A 4DVCA 2E2GA 4PNGA 1B4PA 2DBCA 4PQIA 1A0FA 3Q74A 1X5EA 2V6KA 5JCUA 4IQAA 2I81A 4ZB8A 3CYNA 2GSRA 3G7YA 4RI7A 3UAPA 3GSTA 4HS1A 1SKWB 2P31A 4MCUA 2K6VA 3KGKA 1VRSD 3D6IA 5G1KA 2CX3A 3TJKA 1SJ6A 2PUKC 3E0UA 5IOWA 3HJPA 1GSDA 1JZOA 3ZYWA 4FYCA 4YQVA 1XVQA 1LBKA 5B6MA 4I5QA 3H1NA 4KAEA 1YKAA 3P8WA 3IPZA 3PGTA 4MJAA 2B5EA 2L59A 1EP8A 5DQSA 5B6NA 1EGOA 2H1BA 3BCKA 1M9BA 1ILOA 4TN8A 4V1Ap 1YDKA 16GSA 2KP1A 3PR8A 4EDYA 1MDKA 3WGEA 5ECMB 1GLQA 1G0TA 5D9XA 1XWCA 1N2AA 1TW9A 3DIEA 1YF0A 2YPMA 1SENA 3A2WA 1B9YC 3BJ5A 4NHWA 1PL2A 4IN0A 4GSSA 4OO5A 1M2BA 2C0DA 1AW9A 4GSTA 5DCGA 2AB6A 4TVEA 1I5GA 2O8VB 17GSA 3L9SA 1V57A 3J7Yb 5AN1A 3EMPA 3GNJA 2IJYA 2VD1A 3LWAA 4XRAA 2LSTA 1ZYEA 5IMAA 4PX1A 1DSBA 3EYTA 5EPFA 1OKTA 4K2DA 2Z9SA 1O6JA 1RW1A 2QKEA 2V32A 5A5KA 2FLSA 1XPVA 5HR3A 2A2SA 2X8CA 2ES7A 3HVXA 4K1FA 1X5DA 4I2TA 4PGTA 3ISOA 1HYUA 4ML1A 1T4ZA 1T00A 4J2FA 3HXSA 5J3RA 1EOGA 1EGRA 3TB2A 2WZ9A 2YV9A 2CQ9A 2GQKA 4N0VA 2VL3A 1ABAA 5HFKA 5JWRB 4LMWA 1YEPA 1R5PA 2P5QA 4GF0A 1QMVA 3TOTA 4BL7A 2IL3A 4YQMA 2FGXA 2EIRA 1XCCA 3RDWA 1AC1A 3ZMKA 3UEMA 4WEYA 1V2AA 4FH8A 5E59A 5ID2A 3VPQA 1WE0A 1X9SB 4POBA 3IDVA 1KEBA 2YZHA 1PGTA 2GLRA 3D22A 1JLWA 3UL3A 2DMMA 3PH9A 2N5FA 1EOHA 1PMTA 4KE3A 2MBSA 2L6DA 4LLRA 6GSWA 3GURA 4NWYA 1FB6A 3HVVA 3U5RE 3TUEA 4MA9A 4I8BA 3D5JA 3QFAC 3M9KA 1GTUA 2OE0A 4PXOA 4MK3A 4YAVA 3HVSA 1FB0A 5AIXA 3G7IA 3APSA 2HZEB 2VUPA 2BTOT 3GH9A 5CRGA 3QOUA 3NOFA 1Q4JA 4YQUA 1FW1A 1M0UA 2ZUPA 2EC4A 3QAWA 4ZL9A 1W89A 2CZ2A 2PWJA 2DC5A 1J08A 1CQGA 3O3TA 1ERWA 2KLXA 5DAKA 4EC0A 5D96A 2IMKA 2M72A 2LRTA 3M1GA 1SK0A 4O92A 1X5CA 4KNDA 4IQ1A 3FR6A 2GZPA 2NVLA 3HJOA 3QR6A 2C0EA 4K0NA 3APQA 1TRSA 3P2AA 1ZZYA 3FW2A 4MP4A 3V1WA 4FO5A 4IGJA 5ECKB 2B7KA 3EINA 2L57A 1JFUA 2CVDA 4N11A 1PX7A 3VWUA 2FHEA 4HJ2A 5ECNB 3I9V2 3GTUA 4DEJA 3F4TA 1GNEA 4O5RA 1U3AA 1OAZA 3E9JB 4Q5QA 4J57E 1SD9A 3F6FA 3MSZA 1O8WA 4IS0A 5ECQB 1FOVA 2I9HA 2GSSA 3KXOA 4EXJA 2G2QA 2H6XA 2HSHA 2CZ3A 4AJ6A 2C3NA 4MPGA 3CXGA 2AYTA 3C1SA 3IK9A 4XS6A 4F03A 1NHOA 2CVKA 3EURA 2I1UA 2R5GA 4K6XA 2ZCTA 4WETA 2M80A 2PN8A 2VM2A 3QPMA 3Q6OA 2R37A 3DVWA 4WF5A 5ECSA 2I4AA 2WGRA 2YJ7A 1HNCA 1ON4A 2L5LA 1TK8B 1YEXA 3UARA 2AAWA 3CMIA 4ZBAA 5H5SA 1ERUA 8GSSA 3W8JA 2B5YA 1KBNA 2B7JA 4BPYA 5ECHB 4TR3A 3GH6A 2YWMA 2AHEA 3ZIJA 2VCTA 1GSQA 1SK1A 2LRCA 4ACSA 1ZCPA 2JSYA 2F51A 3F8UA 3GA4A 1B48A 1V58A 3MDKA 3KM6A 2FD3A 1WJKA 4G2EA 3VK9A 20GSA 5J5NA 2V2GA 5G2ZA 4Q5NA 7GSSA 4G10A 5LCZA 1AIUA 4PUFC 1FVJA 3IC4A 1TRWA 5AISA 1WIKA 3A2XA 1K0BA 3HKRA 3UVTA 3N5OA 2RLIA 2GQLA 1M2DA 4V1Ag 4KCEA 2C80A 3IOSA 4AF2A 1IYIA 3KTLA 4WBRD 3KEBA 4JRRA 1OE8A 5B8BA 5KN3A 5F07A 1NHYA 3BCIA 1F3AA 1PKWA 2DJ1A 1R7HA 2G0FA 2IMDA 2LQQA 1AQXA 4XTSA 1SL0B 5LD0A 3GX0A 2DSAA 2PMTA 1HQOA 5D8IA 1WP0A 3WGXA 5H5QA 1ACVA 4GXZA 3ZL5A 3RPNA 3FZAA 2C0FA 2BMXA 1DE2A 5JCGA 4IELA 4NXIA 5LNKe 1K0MA 3IAM2 3TCOA 2HT9A 1SKRB 2LNTA 4XS4B 2GT6A 2IPAA 1R5AA 5KN2A 2VL2C 1NSWA 1SKSB 3KMNA 1TRUA 4NMUA 2VCZA 2GZZA 1EP7A 1X9MB 1GH2A 4L5OA 2LV3A 1EV9A 2IMFA 2VO4A 3GHAA 1WRYA 1Z7RA 4PUAA 4ID0A 1SYXA 4TR1B 2HZEA 4IHUA 1XZOA 3GFKA 1SYRA 4E8HA 4MJEA 2JADA 3M3MA 2YNXA 2OJLA 2WFCA 1MD3A 1EEJA 4BWQA 1K0NA 1G6WA 4DSSB 3CSHA 2YANA 2EIQA 4G9HA 4OO4A 1A24A 2XBIA 3KD0A 3IXRA 3VWXA 2L4QA 5IM9A 1XXUA 1EEMA 6GSSA 4ULXA 5JWQB 2VCVA 2H76A 4GCIA 4JR4A 1FO5A 5A4UA 2FWGA 3KP9A 2XPDA 3HD5A 4AJ8A 1PD21 2C1YA 3GTUB 1BEDA 5CREA 3TJJA 1SD8A 1UA5A 4RI6A 2V1MA 1ERVA 4EF0A 3LORA 1G7EA 4YAPA 4FIWA 5HFIA 4ECIA 4NAXA 1SJZA 3CBUA 3IK7A 4OD7A 2H01A 4ZXGA 2WCIA 1K3OA 4OCFA 3ZFLA 3TJBA 4HZ4A 1TI3A 5GSTA 3WYWA 3UMAA 3DMLA 1W4VA 3K8NA 2H1AA 2H73A 3L9UA 1MDJA 1V98A 3LEFA 4N30A 1S3DA 1G6YA 1YZXA 3J7Yk 3FK8A 4XIHA 4ECBA 22GSA 3LYKA 2HRNA 3WT2A 3IAS2 9GSSA 1WMJA 4L0UA 3QAGA 4OWYA 4Q5RA 2YCDA 3C71A 4TXOB 5ECIB 1U6TA 5ECPB 3KMOA 3SWLA 4MF6A 2H1GA 2E2MA 3F63A 3DEXA 3VI5A 1TI1A 2VLTA 3FZ9A 11GSA 3A5WA 3TKSA 4MH2A 5IQYA 1EZKA 1JZWA 4KUNA 1AAZA 2WS2A 3HA9A 1A0RP 13GSA 1QUWA 2H0HA 5CRDA 4XS1A 5FHIA 1VGLA 4IJ3A 1XWKA 3DRNA 4LMVA 3ZRDA 3H4KA 3QD9A 4PNFA 3US3A 1KTEA 4GTUA 1GL8A 4JR6A 1UVZA 2GS3A 2R2JA 5J4UA 5IIZA 1HD2A 3VURA 1E6BA 4V2MA 1Z3EA 5B7CA 1GTIA 4JE1A 2DJKA 1TXXA 1UC7A 3H93A 2L5OA 2M46A 2WJUA 3LXZA 4WR4A 5D73A 2TRCP 10GSA 1T1VA 2CV4A 1J9BA 2HRFA 3PINA 3GL3A 5G1LA 1BX9A 3IV4A 4HQSA 2H8LA 3UJ1A 1WPIA 2MMOA 4GLTA 4NV2A 3FR3A 3P7XA 1PQNA 2GDRA 1T8EB 1WOUA 1TU7A 5J41A 1PRXA 1B9XC 4E8EA 3D21A 2MMAA 2RIIA 5KN1A 2H74A 4ZB6A 5FWGA 4MH3A 2A2RA 4MABA 4XS4A 3FR9A 4PQ1A 3TRQA 1J0FA 2LJRA 2D2ZA 5AGYA 4EUYA 2H6ZA 2IMEA 3NIVA 4MJCA 2P5RA 4O32A 4TR0A 4K7OA 2O7KA 2N5AA 1PL1A 1U3IA 4CHSA 2I3YA 3KZQA 1TK5B 5G31A 1EV4A 3IR4A 2LJKA 4TR1A 2WB9A 4IKHA 1B8XA 3TRPA 3EU4A 1DE1A 1TP9A 4F0BA 2DJ3A 3GN3A 5F0GA 3KCMA 3P90A 3HJMA 3LJRA 1O85A 4X0XA 1MEKA 1PSQA 4IP6A 5JWOB 2OBKA 3N9JA 1K0AA 3HYPA 3BBYA 3KH7A 4DSSA 1MTCA 3WD6A 1F9MA 2K18A 2YV7A 3G9BA 2E0QA 3FHKA 1XFLA 1PKZA 1OC8A 1VF3A 2WRTA 2K8SA 2XC2A 2O89A 4KDUA 4K7IA 2TIRA 3GKNA 2ON5A 3A3TA 1Q98A 4PURA 4GWRA 5IPGA 1TKDB 3LQ7A 3F3QA 3H79A 1XOAA 5KEJA 2IFQA 1PX6A 3R2QA 3UBLA 3QMXA 1ML6A 2VL9A 5ENUA 3TJFA 2IN3A 3G7JA 3ZITA 2PVOC 1URMA 4KDXA 3UOMA 5ELGA 5G5FA 2FWFA 5G5EA 1QGVA 3KIJA 1JZRA 1V40A 4OFMA 3KJYA 5HR2A 3F6DA 3GX8A 4HOJA 5CYYA 1FVKA 5DBQA 4H86A 4EO3A 2LKUA 4IJIA 2PU9C 2HI7A 3MAKA 2MZCA 4JEDA 1GSSA 3NZNA 1TRVA 2OA7A 1A8YA 4HUAA 4MMMA 1GWCA 3I69A 2PPTA 4K0GA 3FZ4A 1FHEA 1Z9HA 3EE2A 2MMNA 3KH9A 5KN0A 4KH7A 3I43A 4V2NA 1OKDA 1O73A 4HU7A 5C04A 2HE3A 4P3YB 4POKA 2CX4A 4TXOA 1V9WA 2OE1A 2KUCA 4IW9A 1GNWA 3VLNA 5HR1A 1AQVA 18GSA 3MWHA 4TOPA 2NTOA 4HI7A 3DGQA 3O76A 4MJBA 3TGZA 5JCWA 5A4WA 3M8NA 3RHCA 4K7NA 4JU5A 4ECCA 2OE3A 4HDEA 4MF5A 3LSZA 2GTUA 3GSSA 3TJGA 2VCWA 3LFLA 3IE3A 2YP6A 3CTFA 6GSTA 19GSA 4KX4A 5F06A 3DD3A 5DDLA 3TKQA 4MF7A 2ON7A 2RUFA 4EL1A 12GSA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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