2VIMA

X-ray structure of fasciola hepatica thioredoxin
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
MRVLATAADLEKLINENKGRLIVVDFFAQWCGPCRNIAPKVEALAKEIPEVEFAKVDVDQNEEAAAKYSVTAMPTFVFIKDGKEVDRFSGANETKLRETITRHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
source organism Fasciola hepatica
publication title The Fasciola Hepatica Thioredoxin: High Resolution Structure Reveals Two Oxidation States.
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 37
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature ec 1.8.4.8: Phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin).
pdb deposition date 2007-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2vimA00
4F03A 5DALA 3QAWA 2C4JA 19GSA 1MDIA 1YQ1A 1Z9HA 4KX4A 5JCGA 3F8UA 1GULA 1ZGNA 4YQVA 22GSA 1XW9A 2IMIA 4MLYA 3W8JA 4TXOA 1XCCA 4JE1A 1EP7A 1GUMA 3UJ1A 2VL3A 2N5FA 4DSSB 2L6CA 2FLSA 1B9YC 2H01A 4PQ1A 3RPNA 5DJLA 4F0CA 2O85A 1SD8A 2H76A 4IQ1A 1A2MA 5COHA 4DSQA 1G7OA 1K0NA 2TRCP 2LEGA 2I4AA 3QCPA 1X9SB 4TR1B 4I97A 1M9AA 4POLA 2PBJA 1GNWA 1ZL9A 2XPEA 1GH2A 4J2FA 3C71A 4MJBA 4LMVA 1YY7A 4FIWA 2CVDA 1M99A 3HVVA 2H1GA 1E6BA 3CXGA 3F3QA 5IMCA 4DVCA 1TW9A 3GUSA 2DMMA 2GSTA 5DDLA 2OACA 1G6WA 3L4NA 2AAWA 1Z5YE 1AIUA 4V2MA 2HFDA 1TP9A 2JSZA 2V2GA 4GLTA 4JR6A 3ZMKA 4LA1A 1LU4A 4IN0A 4E8HA 1SYRA 5DQSA 3FZ4A 1QGVA 1UVZA 3UBKA 3VFIA 3CTFA 4ZL7A 1WP0A 5B7CA 1XW6A 1SL0B 4MJCA 1R7HA 3GL5A 4NV2A 2LNTA 3KM6A 4KDUA 3S9FA 4IP6A 3DIEA 3IK9A 4FO5A 3GKXA 1Q98A 3TJFA 5F0GA 3IK7A 5GSSA 1Q4JA 1ERWA 1OE8A 1DE2A 4TRXA 3HD5A 3ZVJD 18GSA 4RI7A 4XS4A 1EOHA 2RUFA 1OC3A 4ZILA 1GTIA 3BOAA 3U6VA 5HQPA 4BPYA 1K3LA 5AISA 1FAAA 5HFIA 5F06A 4TR0A 1R26A 3D21A 2RM5A 5J9BA 4IKHA 2VLTA 3HJPA 5HFGA 2WZ9A 2O87A 2L6DA 3L0HA 3F63A 1M9BA 5D93A 2LV3A 3UOMA 3Q74A 4GF0A 5A5KA 1FVKA 1XZOA 3HZ4A 1TU8A 4XHMA 4GSSA 1ABAA 2HRNA 2M72A 5D73A 2GLRA 3L9UA 3VURA 3MSZA 1AQVA 2VLUA 3D22A 5ECQB 2YCDA 3UEMA 4ZB6A 3A5WA 3EVIA 4MPFA 1VF4A 3ZFBA 1OE7A 1XWAA 5B6MA 5ECLB 4I2UA 1F3AA 1XPVA 1O73A 2K8SA 4H86A 4KW6A 1F9MA 1MEKA 3O6TA 1WPIA 3CSHA 4RUVA 5H5QA 3D6IA 2PMTA 4OMVA 3AY8A 4HS1A 1QQ2A 4K1FA 2IMKA 1A24A 3PH9A 4JEDA 3FR6A 1TRWA 1YF0A 6GSVA 2IPAA 3ERWA 4TVEA 3NZNA 1XWCA 4K2DA 4MABA 3RPPA 3TRPA 4HOJA 3E0UA 4MA9A 1O6JA 1M7TA 1VGLA 2XBIA 1XBSA 4D73A 7GSSA 5CYYA 2FA8A 5KEJA 2DSAA 2WULA 4WF4A 3GNJA 2O8VB 4MZBA 3KZQA 1TRVA 5AGYA 2GZZA 2HSYA 4QL7A 3I43A 2BMXA 2H1BA 2AJQB 1O85A 3TKSC 2PERA 3TJKA 5ELGA 2OA7A 4XIHA 3VLNA 1EP8A 2V32A 3OR5A 2R37A 1M2DA 5HR2A 1QK8A 2OBIA 2L57A 2VM1A 4HQSA 5DAKA 3D0ZA 3QFBC 3ME8A 1FOVA 2IN3A 2I81A 1FVJA 4L0UA 5KN3A 4N10A 2C0FA 1Z7RA 3P8WA 1HNCA 1R5PA 2B3SA 1BYEA 3C1SA 1BAYA 3FR9A 3A2VA 3GSTA 2RLIA 3F4TA 2GZYA 2F9SA 6GSWA 1F3BA 1GNEA 3W6GA 1DE1A 3V1WA 4GSNA 5G5FA 2JSYA 5HR0A 2F8AA 2IFQA 2O89A 1GLQA 3DYRA 1J08A 3BCIA 1YF1A 5A4WA 3VI7A 6GSSA 2GZPA 4POKA 1OKDA 2CT6A 4CDOA 3Q19A 2HSHA 3GKNA 1ZCPA 4ZBAA 1K3YA 2FD3A 3IR4A 1M2BA 2V1MA 2I3YA 4LL4B 2LTKA 4POBA 1SL2B 2V6KA 1K0MA 1VF2A 4KH7A 4RI6A 5HR1A 1GUHA 4PUFC 3ED3A 1N2AA 3KXOA 1MDJA 2MMZA 3MAKA 3KGKA 2YN1A 4EC0A 2MMAA 1UA5A 3IAS2 4GTUA 1SL1B 3DKSA 3GX8A 5HR3A 5JWOB 3H1NA 1JLVA 1SJZA 3IA1A 2EIQA 4HU7A 4HEA2 5IIZA 5JWRB 5IOWA 1GTBA 1U3AA 1Z6MA 2K8VA 2OE0A 3HHVA 3W8SA 3FHKA 1KTEA 2IMFA 1B48A 3FZ9A 3H93A 2YWIA 5LCZA 1B4QA 3GX0A 3RBTA 2OADA 2XPDA 2LRTA 5FHIA 1EWXA 1GP1A 1PL1A 4GRFA 12GSA 5ECSA 2LUSA 6GSUA 1GTAA 2VCVA 1U87A 4IQAA 2A4VA 1E2YA 4AGSA 1ACVA 1LBKA 1HYUA 1O8XA 1ML6A 4WR4A 2FUG2 1DSBA 2NVLA 3PR8A 3DGQA 3NIVA 3HVSA 3LFLA 2YWOA 3WT2A 3VI5A 3QD9A 1Z3EA 5ECKB 3ZLPA 2GQKA 4IHUA 5F05A 2WCIA 2BJXA 5J4UA 2GSRA 4OFMA 4HJ2A 2YJHA 3WD6A 1W4VA 2N5AA 4IBPA 4J56E 1V98A 2MBTA 5ELAA 2FWFA 2B6MA 1T1VA 2DJ2A 1PSQA 2M80A 1QFNA 4MF6A 3Q6OA 4EKZA 17GSA 3U5RE 4TR4A 2H72A 3GA4A 4GWRA 3F6DA 2FWHA 2IWTA 1N8JA 2ZCTA 3IRAA 3ME7A 3LSZA 2B1KA 3TOUA 4LLRA 5AIVA 2WS2A 3J7Yb 3ZREA 4KDXA 1YEXA 2HNLA 5G1KA 5A4VA 2V6OA 2YPMA 3M1GA 2GTUA 2YV9A 4QQ7A 5D96A 3QFAC 5FT3A 1TOFA 1CQGA 2DIYA 1SKWB 4HDEA 4ML6A 5DBQA 4WR5A 5C00A 1G0TA 4F0BA 4FYUA 2L59A 4FYCA 2RUEA 5B8AA 5EPFA 2CX3A 2DJJA 3GKKA 1J0FA 4ZBDA 4WF5A 5DQYA 2GS3A 1TTZA 3HKRA 5EL8A 2QKEA 2LSTA 3TDGA 3DMLA 2TIRA 1EGOA 4CHSA 4MZWA 3HCZA 4K7OA 1H75A 2H1AA 4KSMA 3P7XA 3ERFA 2CV4A 3L78A 3ZZXA 1V9WA 3KH7A 1OYJA 1PKZA 2BTOT 1THOA 2MMOA 1EOGA 2NBSA 2PU9C 2I9HA 4KCEA 2H1DA 4KB3A 1USBA 1T00A 5IMZA 2H0GA 4ISDA 1A0RP 2FNOA 5J3RA 4MJEA 3KEBA 2X99A 4O92A 2GSQA 3KTLA 4I6XA 2R5GA 1PGTA 2LQQA 3R2QA 3GL3A 1MD4A 2AV4A 4ECCA 1MTCA 4DSSA 4EVMA 2G0FA 4JZQA 1A8LA 3G7IA 3LGCA 3TRXA 3TJJA 1FG4A 4Q5NA 3IOSA 5F8BA 1A23A 3EC3A 3HA9A 3D4TA 4TR1A 4WETA 4MJAA 1ZZYA 1T8EB 1HNBA 1WIKA 4BWSA 3EYTA 4Q5RA 3IDVA 1TK8B 2MYGA 1R5AA 2ALBA 3P90A 3APQA 3UVHA 4MH2A 4IJIA 2WDUA 5CRHA 2KP1A 5IPHA 5DCGA 1K0CA 3WGDA 1PX7A 5G1LA 3EMPA 5ECHB 2GGTA 2LRNA 3ZVJA 3VPTA 4GCIA 3DVWA 3PGTA 5KN2A 1VF3A 3ISOA 4PQHA 2H0IA 1O7UA 3M0FA 1PKWA 3KJYA 3KMOA 3WYWA 4MCUA 1SK0A 2LQOA 3FW2A 2H75A 2EIOA 3IC4A 1TK5B 1O81A 2VIMA 1GSEA 5CRGA 1PN9A 4AJ8A 2GVPA 5ID2B 1SENA 2VOCA 3IV4A 3DEXA 2CVKA 4ILFA 2CVBA 2NTOA 1EEJA 5D9WA 3HZ8A 4NWYA 1OC9B 1NHYA 4N11A 2GQMA 2IL3A 2XBQA 2YWMA 5D9VA 1ZOFA 2H8LA 3A2WA 3LYPA 1T4YA 2F51A 2J23A 2V41A 1X5EA 4HZ2A 5GAPD 2DJKA 3TGZA 2EIRA 1JHBA 1MD3A 5LNKe 2PWJA 1K0AA 1TU7A 3N5OA 4AJ7A 3BCKA 2VL2A 4PURA 3BD2A 4KCAA 4TXVA 2DJ1A 4BWQA 5CP1A 4O5RA 3P2AA 2QSIA 3EMXA 3GTUB 2P5RA 1X5CA 1KNGA 1PRXA 1YDKA 1I9DA 5E4WA 1GWCA 3HY2A 6GSXA 3VWXA 5ECOB 3TKSE 4E8EA 2GSSA 4NAXA 1JLWA 4KGIA 5KN0A 4X0XA 3KP8A 4OO5A 3CTGA 3UL3A 4MP4A 4BL7A 4G2EA 4IELA 4ECJA 3WT1A 3KMNA 1U6TA 5ECMB 3QAGA 4LL1B 3KIJA 3FEUA 2WB9A 1RQMA 4PNFA 5IMDA 3LG6A 3N9JA 3TOTA 2HRFA 2VM2A 2PVQA 3F4SA 2GT6A 3QR6A 2L4QA 5IQYA 3I6AA 2HXKA 3HVXA 1JZDA 10GSA 2RIIA 1TI1A 4QL9A 5J9CA 2VCWA 2M46A 3Q18A 3RAZA 4ACSA 5AIXA 5ECRB 3GSSA 1SJIA 2QGVA 4I5QA 1YEPA 2QC7A 4XS6A 2DJ3A 3VWVA 3ZYWA 2VL9A 1ILOA 3CSJA 2YZHA 2VD0A 3CYNA 1M0UA 3HYPA 1XOAA 4PUAA 1X9WB 2H6XA 1FW1A 5DVBA 5J5NA 5J41A 4EO3A 1BQ7A 1LJRA 4BA7A 5ECNB 3UAPA 4GQFA 5CRDA 3TB2A 1AW9A 3FR3A 2AB6A 5INYA 2AUVA 2J9HA 2PPTA 1GRXA 2OBKA 3GMFA 4K9ZA 3FY7A 3IPZA 4HUAA 4AF2A 1SYXA 3C8EA 5GAND 1K0DA 3IXRA 4KE3A 5CAXA 1XW5A 2H71A 4IP1A 4MZCA 2MZCA 2N5BA 4I2TA 3K8NA 4LMWA 6GSTA 3F3RA 4HI7A 3VPQA 4YAVA 1HNAA 4MDCA 3LQ7A 4KNDA 3VK9A 1OVNA 1K0OA 2HZEB 2KLXA 2ON5A 2P0GA 3QMXA 1TKDB 3TKPA 4ZB9A 1IYHA 1F37A 4MF5A 3UVTA 4EXJA 2KHPA 3DVXA 2OE1A 1KEBA 1ZYQB 2HT9A 3J7Yk 20GSA 1B9XC 2HYXA 3QDNA 2C0GA 4OD7A 2OE3A 4JRRA 3GIXA 1SK2A 5DALB 4N0VA 4IVFA 4WKWA 2XC2A 1TI3A 1EGRA 2H6YA 4K0NA 2NDOA 4EDZA 4POMA 4YQMA 1YKAA 4TXOB 5D9XA 2A2RA 2A2SA 1ZYEA 3FKFA 4WXTA 4ML1A 5EVOA 1G7EA 3MNGA 1EV9A 3KH9A 2H73A 3LEFA 2DC5A 5FWGA 1Z7PA 1WMJA 5G5EA 2PGTA 1BX9A 1EV4A 1GSFA 1QMVA 2MBSA 1YJ6A 1XIYA 2DMLA 5G2ZA 4JR4A 2LNSA 2YANA 4MH3A 2K6VA 1V58A 2OJLA 5IPGA 3F4RA 2IJYA 1GTUA 4O7HA 2VAFA 2CA8A 4ECBA 1GSDA 4XTSA 2HI7A 1A0FA 5CNWA 3SBCA 4K0GA 3A2XA 3F9UA 3KD0A 5KN1A 2YNXA 3O76A 1V2AA 1OC8A 1XXUA 2FWEA 1WOUA 4WBJA 4N30A 3LORA 1T3BA 4GSTA 1WJKA 2C0DA 1RW1A 1AQXA 2JU5A 2YWNA 1A2LA 4G19A 2D2ZA 4K7NA 4KDYA 2HZFA 2JL4A 1U88A 4L0WA 2FWGA 4Q5QA 1K3OA 3EE2A 1XVQA 3FK8A 3TJBA 4G10A 2L4CA 4PGTA 4EDYA 3RHCA 16GSA 3M9JA 1Y25A 2WRTA 1AAZA 1XWKA 4NXIA 1TJDA 1S3AA 3LXTA 2P31A 1X0RA 4XS4B 2B5EA 1TDIA 5DCHA 2H70A 4OCEA 3FZ5A 2CAQA 4MF7A 1GSUA 3F6FA 4IGJA 2DIZA 1J9BA 2GDRA 3TCOA 4F9ZA 1GSQA 2R4VA 1BEDA 5D8IA 6GSYA 2JACA 2X8HA 2LJRA 4N0ZA 2X8GA 1AXDA 2F3MA 4ZL8A 3RHBA 2EC4A 4PX1A 3GHAA 4PQIA 5JCWA 2YZUA 3PINA 3EWLA 2HLSA 1G6YA 3G7YA 5F07A 4TN8A 2GT5A 4BVXA 2C3NA 3M8NA 1GSSA 5ABRA 1GL8A 1JZOA 3JCML 4ZIJA 4HJMA 4V1Ap 3VWWA 1SK1A 14GSA 5JWQB 2WGRA 1B8XA 4G9HA 1TRUA 3GKMA 2F8FA 4JBBA 5IO2A 1SD9A 3ERGA 4I8BA 1THXA 2H74A 1IYIA 2H30A 3ZMLA 4X1UA 1C72A 2FY6A 1TRSA 2H6ZA 2E7PA 3EURA 1AUCA 5GSTA 3E9JB 2DJ0A 2CZ3A 1CQHA 1EEMA 2B7KA 3TKRA 1V40A 1FB6A 1URMA 2C8UA 3GRXA 2LKUA 1PD21 2X8CA 4D73B 5IM9A 1QUWA 1XOBA 3IBHA 3TKSA 3QAVA 4IW9A 4ID0A 1VRSD 4OWYA 5LD0A 1AQWA 1NW2A 3I69A 4MPGA 4OCFA 3O3TA 5JCUA 1JZWA 2KOKA 3HJOA 1M2AA 2ZNMA 5IMVA 2B5XA 2CQ9A 3FRCA 4MK3A 4XS1A 1F6MC 2ON7A 3ZL5A 2P5QA 4EUYA 1I5GA 4EE0A 4F2IA 5DAKB 2WJUA 4K7IA 2R2JA 3GV1A 3CSIA 4ZBBA 5IOXA 1KBNA 3ZTLA 5A4UA 2R6KA 3BJ5A 3KP9A 2C3QA 1Y6EA 4L5OA 3H4KA 2C3TA 4ZL9A 1U3IA 4ECIA 4XRAA 1JFUA 2FGXA 3F0IA 4K6XA 2FHEA 1TXXA 3G9BA 3DWVA 3LXZA 2L5OA 5HFKA 4NPBA 2PVOC 1WE0A 3UARA 4RQXA 1WRYA 3CRUA 2TRXA 4TKYA 4HQZA 1NHOA 1DUGA 1QXHA 5CREA 2YJ7A 3A3TA 2O7KA 4XCSA 3L9VA 1FB0A 3TJGA 2IFQB 1DBYA 9GSSA 3HDCA 4MMMA 1WWJA 1OAZA 4NHZA 4OO4A 2B1LA 3APSA 2KP2A 2OKAA 2VCXA 2C0EA 2X64A 4NMUA 3MWHA 1SJ6A 4PXOA 2E2GA 4KAEA 4HU9A 4K8MA 2B5YA 3M3MA 5AN1A 2IMDA 3GH9A 1ERUA 2LS5A 1NM3A 5ID2A 1GSYA 4KA0A 4KSOA 3CMIA 2HE3A 4TOPA 3C1RA 4FYBA 1UN2A 1AC1A 1K0BA 3ZFLA 1EZKA 1OC9A 4YQUA 5CO3A 3M9KA 4CW9A 4GQCA 1SKRB 3E3EA 1TK0B 1X9MB 2XHFA 1T7PB 3EU4A 3KCMA 2I1UA 3FYGA 4GXZA 3UBLA 2NPBA 5B6NA 5GZZB 3L9SA 1NSWA 2CAIA 4V2LA 2IIYA 1VF1A 3BBYA 2REMA 2WFCA 2C80A 4PNGA 1ERVA 1HQOA 3TUEA 1PMTA 5IMAA 3NOFA 3UMAA 3DD3A 3WGXA 2H66A 3HXSA 5H5RA 3TRQA 1A2JA 4X43A 1ERTA 3GTUA 1YKCA 5ECIB 4P3YB 2VL2C 3SWLA 2JADA 8GSSA 1RK4A 5IMFA 2VCQA 3GH6A 1HD2A 4AJ6A 2FA4A 1S3CA 1SKSB 4NV5A 2VCZA 2B7JA 2YOIA 1BJXA 1Z6NA 2E2MA 2RM6A 5G31A 5G30A 3LJRA 1W89A 3QOUA 2AYTA 2JZTA 3APOA 3MDKA 2K9FA 3IHQA 1JZRA 3I9V2 4ZXGA 4OFTA 3GURA 1PQNA 3D5JA 3FZAA 3KTBA 3DRNA 4EL1A 3C7MA 1XFLA 3D4MA 2CZ2A 4TW5A 4Z7XA 2PN8A 3IAM2 1B4PA 2DLXA 1UC7A 2VUPA 4NHWA 4KUNA 3ZIVA 5L71A 3DXBA 3H8QA 4OFNA 5EY6A 1GUKA 4JU5A 5C04A 4ULXA 13GSA 3C73A 4YAPA 3EINA 2E0QA 2VD1A 2G2QA 1S3DA 3G7JA 1MDKA 1YZXA 3IE3A 4DEJA 4EF0A 4IJ3A 1PA3A 1T4ZA 1GLPA 1H4OA 3EU3A 2PUKC 1PL2A 4IS0A 2MMNA 2C1YA 2KUCA 2JZSA 2VLVA 4BVYA 2H19A 2YP6A 5H5SA 4RQRA 11GSA 2ZUPA 4HZ4A 4WEYA 1X5DA 3LWAA 2FCHA 1XWBA 5CRWA 5B8BA 3CBUA 4DSRA 1R4WA 3TKQA 1PX6A 5ECPB 3HJMA 2AHEA 3H79A 4Q5FA 2VO4A 4V1Ag 2Z9SA 5D9TA 4L5LA 2LJAA 1SU9A 1BG5A 2YV7A 2DBCA 4O32A 4WBRD 1OKTA 4V2NA 2VCTA 3WGEA 1ON4A 4YH2A 2R3XA 2H0HA 2CX4A 1XVWA 2GQLA 4XRDA 2L5LA 5DJMA 2LRCA 4TR3A 1ST9A 1FHEA 3CRTA 3UIWA 1XWGA 3QPMA 5ENUA 4ZB8A 2HZEA 4FH8A 1A8YA 4J57E 1O8WA 4F82A 3LYKA 5E59A 5IO0A 2ES7A 3VWUA 3RDWA 3GFKA 2K18A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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